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Caracterização genética de avestruzes (Struthio camelus) usando marcadores RAPD

FERREIRA, Silvaney Fonseca 02 April 2007 (has links)
Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-07-24T14:03:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaAvestruzes.pdf: 973425 bytes, checksum: f8295a545bb4133ddc9fab65006ac292 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-09-10T14:51:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaAvestruzes.pdf: 973425 bytes, checksum: f8295a545bb4133ddc9fab65006ac292 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-10T14:51:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaAvestruzes.pdf: 973425 bytes, checksum: f8295a545bb4133ddc9fab65006ac292 (MD5) Previous issue date: 2007 / O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de populações de avestruzes (Struthio camelus) por meio de marcadores RAPD (Polimorfismos de DNA amplificado ao acaso). Foram coletadas 121 amostras de indivíduos procedentes dos estados do Pará, Maranhão, Tocantins e Minas Gerais. O DNA genômico foi extraído a partir de sangue total. A triagem de iniciadores permitiu a seleção de 15 entre os 60 analisados que foram amplificados pelo método PCR. Os produtos da PCR foram visualizados em gel de agarose 1,5% e foi gerada uma matriz binária para os fragmentos amplificados com presença (1) e ausência (0) de banda. Para a verificação do número ótimo de bandas polimórficas foi realizada a análise de bootstrap por meio do software GQMOL. Para a análise dos dados foi utilizado o programa NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis Sistem), versão 2.02. A similaridade entre as amostras foi analisada através do coeficiente de Jaccard. Foi gerada uma matriz de distância cofenética, usando o módulo Sahncof, do programa NTSYS 2.2. Para realização da estruturação gênica o procedimento empregado foi a análise de variância molecular (AMOVA), processada no software Arlequin 2.0 (Schneider et al., 2000). Os 15 iniciadores geraram um total de 109 bandas polimórficas. A análise de bootstrap mostrou que a partir de 100 bandas o trabalho já se torna mais confiável, uma vez que a magnitude da correlação foi bem próxima do valor máximo (r=0,99), como também a soma de quadrados dos desvios (SQd) atingiu valor baixo 1,25 e o valor do estresse (E) foi de 0,05. Na análise entre pares de grupos, foi verificado que a maior e menor similaridade estão em torno, respectivamente, de 0,86 e 0,00. No que diz respeito à distribuição de freqüência das similaridades obtidas entre os 5.644 pares formados na matriz genética, pode-se verificar que 32,69 % dos pares ficaram incluídos nas classes com similaridades variando de 0,01 a 0,10. Nota-se que a maior porcentagem (85,59%) dos pares ficou distribuídos nas três primeiras classes das extremidades e que a minoria deles (14,41%) apresentou similaridades variando de 0,21 a 1,00. O teste de Mantel mostrou correlação de 0,81 e o dendrograma gerou 67 grupos delimitados pela Sm que foi de 0,49. A maior similaridade foi de 0,86 e a menor de 0,06. Os dados relativos à análise de variância molecular mostraram que a porcentagem de variação genética entre procedências foi baixa e significativa (24,03%, p < 0,0001), evidenciando que grande parte da variação encontra-se dentro das populações (75,97 %). Os marcadores RAPD foram eficientes na caracterização da similaridade genética. / The objective of this work was to evaluate the genetic variability of ostrich populations (Struthio camelus) through RAPD markers (Random Amplified Polymorphic DNA). 121 samples of individuals were used from Pará, Maranhão, Tocantins and Minas Gerais States. The genomic DNA was extracted from total blood. Fifteen primers were selected among the 60. The products of the PCR were visualized in agarose gel 1.5% and, a binary matrix was generated considering the presence (1) of a amplified fragment and its absence (0). The ideal number of polymorphic bands was estimated through the bootstrap analysis using the GQMOL software. The genetic similarity was estimated through the Jaccard coefficient using the NTSYS-PC (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) software, version 2.02. The origin of the genetic diversity was quantified by the analysis of molecular variance (AMOVA) using the Arlequin 2,0 software. The 15 primers generated a total of 109 polymorphic bands and the bootstrap analysis showed that at least 100 bands is the ideal number for sampling the genetic diversity, as determined by the high value of correlation (r=0,99), the low value of the squared deviation sum (1,25), and the low stress (0,05). The results suggest that the studied populations are from the same origin. Management measures must be adopted in these breeding, even using other molecular markers in the way to amplify the genetic variability and the conservation of this important genetic resource. RAPD.The bootstrap analysis showed that from 100 bands the work already becomes more trustworthy, a time that the magnitude of the correlation was well next to the maximum value (r=0,99), as also the addition of squares of shunting lines (SQd) reached low value 1,25 and the value of it estresse (e) was of 0,05. In the analysis between pairs of groups, it was verified that the greater and minor similarity are in lathe, respectively, of 0,86 and 0,00. In that it says respect to the distribution of frequency of the similarities gotten between the 5,644 pairs formed in the genetic matrix, it can be verified that 32,69 % of the pairs had been enclosed in the classrooms with similarities varying of 0,01 the 0,10. One notices that the biggest percentage (85,59%) of the pairs was distributed in the three first classrooms of the extremities and that the minority of them (14,41%) presented similarities varying of 0,21 the 1,00. The test of Mantel showed correlation of 0,81 and the dendrograma generated 67 groups delimited for the Sm that was of 0,49. The biggest 0,86 similarity was of and the minor of 0,06. The relative data to the analysis of molecular variance had shown that the percentage of genetic variation between origins was low and significant (24,03%, p < 0,0001), evidencing that great part of the variation meets inside of the populations (75,97 %). markers RAPD they had been efficient in the characterization of the genetic similarity.
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Phoma macdonaldii Boerema, проузроковач црне пегавости стабла сунцокрета – варијабилност популације и изналажење извора отпорности / Phoma macdonaldii Boerema, prouzrokovač crne pegavosti stabla suncokreta – varijabilnost populacije i iznalaženje izvora otpornosti / Phoma macdonaldii Boerema, causal agent of Phoma black stem on sunflower – population variability and sources of resistance

Dedić Boško 29 June 2016 (has links)
<p>Болести представљају један од најважнијих фактора који утичe на успешност производње сунцокрета. Црна пегавост стабла сунцокрета, коју проузрокује патогена гљива Phoma macdonaldii, представља болест која у појединим регионима распрострањења значајно смањује принос и квалитет сунцокрета. Ранија истраживања спроведена у агроеколошким условима Србије су идентификовала ову болест као широко распрострањену. Истовремено је утврђено да знатан број генотипова сунцокрета био осетљив.<br />Циљ рада је био да се установи степен отпорности инбред линија и хибрида према овој болести као и постојање извора отпорности код популација врста из рода Helianthus. Вишегодишње праћење болести на више локалитета и на већем броју хибрида за циљ је имало одређивање утицаја генотипа и спољашње средине на појаву и развој болести. Тестирана је могућност кориштења ергостерола као индикатора постојања отпорности. Праћењем концентрације фенолних једињења тестирана је реакција домаћина на присуство патогена са акцентом на период непосредно након инокулације. Други део истраживања је био фокусиран на патогена са циљем утврђивања варијабилности популације кориштењем различитих метода. Утврђена је агресивност изолата и генетска варијабилност патогена помоћу RAPD маркера. Постојање варијабилности је проверено и помоћу одгајивачких особина.<br />Тестирањем генотипова сунцокрета, применом метода вештачке инокулације у току четворогодишњег периода, утврђено је постојање статистички значајних разлика између генотипова. Од седамдесет инбред линија отпорност на највећем броју локалитета где је вршено тестирање испољиле су линије DOP-32-08, Ph-BC1-162, Ph-BC1-53, IMI-AB-12, CMS-3-8, BT-VL-2, DOP-33-08, BT-VL-24 и OD-DI-98. Реакција хибрида је варирала у односу на годину тестирања. Највећи степен отпорности су испољили хибриди Баћа и НС Брилијант. Смањење у напредовању болести у години са израженим дефицитом у падавинама је забележено код линија гајених у условима сувог ратарења. Тестирањем 181 популације 9 једногодишњих врста рода Helianthus у условима природне инфекције, утврђене су популације код свих одабраних врста код којих болест није била присутна. Утврђивањем количине ергостерола у оквиру симптома болести код биљака инбред линија у контролисаним условима утврђено је повећање количина овог једињења код осетљиве инбред линије у поређењу са линијама са одређеним степеном отпорности. Резултатима гајења 16 хибрида на већем броју локалитета у току четири године, установљено је постојање значајног утицаја средине и генотипа на појаву и интензитет<br />болести. Највећу отпорност у природним условима су испољили хибриди Баћа, НС-Х-111 и НС Фантазија. Гајењем биљака у условима различитог времена сетве, појава и интензитет црне пегавости стабла су имали тенденцију опадања са каснијом сетвом. Примена само азотних ђубрива највише је допринела порасту појаве и интензитета болести, а исти параметри су били највећи код најмање густине гајења биљака. Анализом фенолних једињења у ткиву листа, у одређеним временским интервалима, након вештачке инокулације биљака инбред линија са различитим степеном осетљивости, утврђен је повећан садржај хлорогене киселине у току прва 24 сата код узорака листа отпорне линије. Четири линије различитог степена осетљивости су инокулисане у контролисаним условима са различитим изолатима патогена. Установљено је постојање варијабилности у погледу агресивности, док су 4 четири од укупно 56 тестираних изолата испољили висок степен агресивности. Груписање изолата сличног степена агресивности према географском пореклу није установљено. Анализом генетске варијабилности помоћу RAPD маркера утврђен је висок степен полиморфизма код употребљених изолата. Од употребљених прајмера највећу информативност је имао прајмер OPE-04. Висок степен варијабилности је потврђен кластер анализом. AMOVA анализом утврђено је да се генетска варијабилност изолата гљиве односи највећим делом на варијабилност између изолата. Генетска варијабилност између изолата груписаних по регионима и агресивности је била занемарљива.<br />Слични обрасци су запажени и након утвђивања одгајивачких особина &bdquo;in vitro&ldquo;. Најбољи раст и продукција пикнида је забележена на подлози од овса. Између изолата су забележене значајне разлике у пречнику колонија и продукцији пикнида, али те разлике нису биле повезане са географским пореклом изолата.<br />Црна пегавост сунцокрета у Србији je сталан пратилац сунцокрета. Интензит болести је значајно условљен степеном отпорности генотипова сунцокрета, агресивношћу изолата и временским условима. Патоген испољава велик степен генетске варијабилности што га чини прилагодљивим за измене у генетској структури домаћина и средини. Однос сунцокрет-Phoma macdonaldii представља динамичан систем који захтева наставак истраживања уз мониториг.</p> / <p>Bolesti predstavljaju jedan od najvažnijih faktora koji utiče na uspešnost proizvodnje suncokreta. Crna pegavost stabla suncokreta, koju prouzrokuje patogena gljiva Phoma macdonaldii, predstavlja bolest koja u pojedinim regionima rasprostranjenja značajno smanjuje prinos i kvalitet suncokreta. Ranija istraživanja sprovedena u agroekološkim uslovima Srbije su identifikovala ovu bolest kao široko rasprostranjenu. Istovremeno je utvrđeno da znatan broj genotipova suncokreta bio osetljiv.<br />Cilj rada je bio da se ustanovi stepen otpornosti inbred linija i hibrida prema ovoj bolesti kao i postojanje izvora otpornosti kod populacija vrsta iz roda Helianthus. Višegodišnje praćenje bolesti na više lokaliteta i na većem broju hibrida za cilj je imalo određivanje uticaja genotipa i spoljašnje sredine na pojavu i razvoj bolesti. Testirana je mogućnost korištenja ergosterola kao indikatora postojanja otpornosti. Praćenjem koncentracije fenolnih jedinjenja testirana je reakcija domaćina na prisustvo patogena sa akcentom na period neposredno nakon inokulacije. Drugi deo istraživanja je bio fokusiran na patogena sa ciljem utvrđivanja varijabilnosti populacije korištenjem različitih metoda. Utvrđena je agresivnost izolata i genetska varijabilnost patogena pomoću RAPD markera. Postojanje varijabilnosti je provereno i pomoću odgajivačkih osobina.<br />Testiranjem genotipova suncokreta, primenom metoda veštačke inokulacije u toku četvorogodišnjeg perioda, utvrđeno je postojanje statistički značajnih razlika između genotipova. Od sedamdeset inbred linija otpornost na najvećem broju lokaliteta gde je vršeno testiranje ispoljile su linije DOP-32-08, Ph-BC1-162, Ph-BC1-53, IMI-AB-12, CMS-3-8, BT-VL-2, DOP-33-08, BT-VL-24 i OD-DI-98. Reakcija hibrida je varirala u odnosu na godinu testiranja. Najveći stepen otpornosti su ispoljili hibridi Baća i NS Brilijant. Smanjenje u napredovanju bolesti u godini sa izraženim deficitom u padavinama je zabeleženo kod linija gajenih u uslovima suvog ratarenja. Testiranjem 181 populacije 9 jednogodišnjih vrsta roda Helianthus u uslovima prirodne infekcije, utvrđene su populacije kod svih odabranih vrsta kod kojih bolest nije bila prisutna. Utvrđivanjem količine ergosterola u okviru simptoma bolesti kod biljaka inbred linija u kontrolisanim uslovima utvrđeno je povećanje količina ovog jedinjenja kod osetljive inbred linije u poređenju sa linijama sa određenim stepenom otpornosti. Rezultatima gajenja 16 hibrida na većem broju lokaliteta u toku četiri godine, ustanovljeno je postojanje značajnog uticaja sredine i genotipa na pojavu i intenzitet<br />bolesti. Najveću otpornost u prirodnim uslovima su ispoljili hibridi Baća, NS-H-111 i NS Fantazija. Gajenjem biljaka u uslovima različitog vremena setve, pojava i intenzitet crne pegavosti stabla su imali tendenciju opadanja sa kasnijom setvom. Primena samo azotnih đubriva najviše je doprinela porastu pojave i intenziteta bolesti, a isti parametri su bili najveći kod najmanje gustine gajenja biljaka. Analizom fenolnih jedinjenja u tkivu lista, u određenim vremenskim intervalima, nakon veštačke inokulacije biljaka inbred linija sa različitim stepenom osetljivosti, utvrđen je povećan sadržaj hlorogene kiseline u toku prva 24 sata kod uzoraka lista otporne linije. Četiri linije različitog stepena osetljivosti su inokulisane u kontrolisanim uslovima sa različitim izolatima patogena. Ustanovljeno je postojanje varijabilnosti u pogledu agresivnosti, dok su 4 četiri od ukupno 56 testiranih izolata ispoljili visok stepen agresivnosti. Grupisanje izolata sličnog stepena agresivnosti prema geografskom poreklu nije ustanovljeno. Analizom genetske varijabilnosti pomoću RAPD markera utvrđen je visok stepen polimorfizma kod upotrebljenih izolata. Od upotrebljenih prajmera najveću informativnost je imao prajmer OPE-04. Visok stepen varijabilnosti je potvrđen klaster analizom. AMOVA analizom utvrđeno je da se genetska varijabilnost izolata gljive odnosi najvećim delom na varijabilnost između izolata. Genetska varijabilnost između izolata grupisanih po regionima i agresivnosti je bila zanemarljiva.<br />Slični obrasci su zapaženi i nakon utvđivanja odgajivačkih osobina &bdquo;in vitro&ldquo;. Najbolji rast i produkcija piknida je zabeležena na podlozi od ovsa. Između izolata su zabeležene značajne razlike u prečniku kolonija i produkciji piknida, ali te razlike nisu bile povezane sa geografskim poreklom izolata.<br />Crna pegavost suncokreta u Srbiji je stalan pratilac suncokreta. Intenzit bolesti je značajno uslovljen stepenom otpornosti genotipova suncokreta, agresivnošću izolata i vremenskim uslovima. Patogen ispoljava velik stepen genetske varijabilnosti što ga čini prilagodljivim za izmene u genetskoj strukturi domaćina i sredini. Odnos suncokret-Phoma macdonaldii predstavlja dinamičan sistem koji zahteva nastavak istraživanja uz monitorig.</p> / <p>Diseases are a major constraint in sunflower production. Phoma black stem, caused by pathogenic fungus Phoma macdonaldii, is widely distributed disease known in some regions for extensive damage to sunflower yield and quality. Previous research conducted in Serbia and testing for resistance with isolates of pathogen coming from this region identitified disease as common. At the same time, reports on resistance to this disease suggested majority of tested genotipes to be susceptible.<br />Aim of this research was to quantify level of resitance in selected inbreed lines and hybrids as well as to find sources of resistance in species from genus Helianthus. Multiyear monitoring of disease on different hybrids and locations was conducted to determine significance of genotype and environment influence on incidence and severity od disease. Usage of ergosterol as indicator of resistance was also tested. Host reaction to disease was monitored by quantification of total soluble phenols and different phenolic compounds known to be impacted during disease progress in other host-pathogen systems. In this part of research emphasis was particularly on period of time following the inoculation. Secound part of research was focused on pathogen. Aim was to determine variability of pathogen population using several methods. Four inbreed lines varyng in level of susceptibility were used for determination of isolate aggressiveness and RAPD markers were used for genetic variability determination. Distinctions among isolates were define using cultural characteristics.<br />Results of sunflower genotypes survey after application of artificial inoculation methods during 4-year period confirmed presence of significant differences in resistance to phoma black stem among tested genotypes. Out of 70 tested sunflower, inbred lines with the highest level of resistance on majority of localities were DOP-32-08, Ph-BC1-162, Ph-BC1-53, IMI-AB-12, CMS-3-8, BT-VL-2, DOP-33-08, BT-VL-24 и OD-DI-98. Resistance of hybrids varied in each year with the highest level of resistance manifested by hybrids Baća and NS Brilijant. Differences between irrigated and rainfed trials were found in year characterized with drought periods after inoculation with decreased disease severity in rain fed experiment. Total of 181 populations of 9 Helianthus species was surveyed for disease incidence. Among the populations of each species ones without symptoms of disease were found. Positive correlation was found between quantity of ergosterol and level of resistance in selected sunflower inbred lines. Disease incidence and severity data of 16 hybrids from number of locations during 4-year period showed significant influence of both genotype and environment. Highest level of resistance had hybrids Baća, HS-H-111 and NS Fantazija.<br />Crop production practices influenced disease incidence and progress. Plants in experiment with different sowing times expressed different disease intensity. Both disease incidence and severity decreased along sowing timeline. Solely application of nitrogen fertilizers most enhanced disease intensity, and the same parameters were highest in plots with lowest plant density.<br />Analysis of phenolic compounds in leaf tissue revealed a significant increase in concentration of chlorogenic acid in first 24 h after inoculation of resistant genotype. In susceptible genotypes that parameter remained unchanged. Patterns of reaction of four inbred lines to disease revealed differences in aggresiveness, with 4 out of 56 tested isolates regarded as highly aggressive. Isolates with similar aggressiveness did not cluster according to geographic origin. Genetic variability analysis using RAPD markers on colected isolates revealed significant level of polymorphism, with primer OPE-04 as the most informative one. High level of genetic variability was confirmed after cluster analysis. Genetic variability among groups with similar agressiveness and geografic origin was insignificant while variability among isolates inside each group was significant according to AMOVA analysis. Similar patern was observed after determination of culturing characteristics &bdquo;in vitro&ldquo;. Pathogen growth and development was best on oat agar medium. Testing warious isolated for growth and production of picnidia revealed significant difference without corelation to geographic origin.<br />In conclusion, phoma black stem occurence on sunflower in Serbia is common. Disease incidence and severity depend on host resistance, isolate aggressiveness and environmental conditions. As a result of high level of genetic variability pathogen is addaptable to changes in host susceptibility and environment. Pathosystem sunflower-Phoma macdonaldii is highly dinamic and requires continuation of research and monitoring.</p>
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Paukščių muziejinės medžiagos panaudojimas genetiniams tyrimams / Application of birds museum piece for genetic analysis

Gedgaudaitė, Aušra 28 June 2008 (has links)
Šio darbo tikslas buvo įvertinti T. Ivanausko zoologijos muziejuje surinktą vištinių paukščių medžiagą ir išanalizuoti jos tinkamumą genetiniams tyrimams atlikti. Pagrindiniai darbo uždaviniai buvo nustatyti T. Ivanausko muziejaus vištinių paukščių eksponatų rūšinę sudėtį ir pagrindines radimvietes, išskirti DNR iš muziejinės ir šviežios medžiagos ir atlikti mikrosatelitinę ir AAPD analizę. Panaudojant Laird ir kt. 1991 metodiką su kai kuriomis modifikacijomis iš šviežios medžiagos, muziejinių plunksnų ir odos buvo išskirta DNR. Iš muziejinių plunksnų ir odos išsiskyrusi DNR yra fragmentuota, todėl netinkama AAPD analizei. Gali būti, jog neigiamą poveikį eksponatų DNR turi arsenas, kuris naudojamas kaip konservanatas paruošiant odas, ar netinkamos eksponatų laikymo salygos. Iš šaldytų, šviežiai išpeštų plunksnų ir spirite fiksuotų audinių išsiskyrusi DNR yra nefragmentuota ir yra tinkama AAPD analizei atlikti. Naudojant 3 pradmenis: ROTH 180-04, OPA04 ir OPA11, AAPD metodu buvo išanalizuotos 3 naminių vištų imtys (iš Suvalkų krašto ūkio ir Žemaitijos ūkio paimtos hibridinių vištų imtys ir LVA rodailendų veislės vištų imtis). Visos hibridinės vištos buvo fenetiškai panašios į rodailendų veislės vištas. Pagal visus tris pradmenis bendras lokusų skaičius buvo 42, iš kurių 32 buvo polimorfiniai Suvalkų krašto ūkio vištose, 14 polimorfinių Žemaitijos ūkio vištose. Visi LVA vištų lokusai buvo monomorfiniai. Iš filogenetinio medžio nustatyta, kad LVA vištos genetiškai buvo... [toliau žr. visą tekstą] / The aim of this study was to collect information about T.Ivanauskas zoo museum Galliformes and to evaluate the application of Galliformes museum piece for genetic analysis. The main tasks were to estimate the composition of species and the main finding places of Galliformes, to isolate DNA from museum feathers or skins and newly plucked feathers and to perform microsatellite or RAPD analysis. DNA from museum feathers and skins was fragmented and unsuitable for RAPD analysis. Museum specimens were salted with arsenic and it is known that arsenic inhibits DNA reparation. So, it might lead that arsenic or nonsuitable storage conditions might compromiseability to amplify DNA with PCR, further studies are needed to confirm this. DNA from newly plucked feathers and ethanol fixed tissues was suitable for RAPD analysis. Using RAPD method with 3 primers: ROTH 180-04, OPA04 ir OPA11 we evaluated 3 groups of chicken: 2 crossbred groups from Suvalkai farm and Zemaitija farm and group from LVA pedigree chickens. It was etimated 42 loci, 32 of them were polymorphic in the chicken group from Suvalkai farm, 14 polymorphic in the chickens from Zemaitija farm. All loci of LVA chickens were monomorphic and these chickens were genetically identic. The group of chickens from Zemaitija farm were more similar to LVA chickens than the group of chickens from Suvalkai farm. Using RAPD method ROTH 180-04, OPA04 ir OPA11 primers availability for other Galliformes (Tetrao tetrix and Tetrao urogallus)... [to full text]
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Caracterização molecular e susceptibilidade antimicrobiana de linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de produtos lácteos no RS

Nes, Fernanda de January 2008 (has links)
Caracterização molecular e susceptibilidade antimicrobiana de linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de alimentos no RS Mestranda: Fernanda De Nes Orientador: Jeverson Frazzon Listeria monocytogenes é o microrganismo causador de listeriose, uma doença infecciosa adquirida através do consumo de alimentos contaminados e que afeta principalmente pessoas com o sistema imunológico comprometido como gestantes e recém nascidos. É um microrganismo ambiental, podendo ser encontrado no solo, água e alimentos como vegetais, produtos cárneos, leites crus ou mal pasteurizados, queijos, entre outros. São bactérias invasivas e possuem facilidade para penetrar na célula hospedeira. O ataque a essas células é intermediado pelas internalinas, que são proteínas associadas a genes de virulência. As internalinas InlA e InlB, codificadas pelo gene inlAB, são proteínas associadas com a invasão e internalização da bactéria na célula hospedeira. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar um total de 19 linhagens de Listeria monocytogenes, sorovares 1/2b, 1/2a, 4b, 4c, isoladas de produtos lácteos do Rio Grande do Sul. Para a caracterização molecular foram utilizadas as técnicas moleculares de Amplificação Randômica do DNA Polimórfico (RAPD) e Análise por Enzimas de Restrição (PCRREA), com a amplificação de um segmento de 2916 pb que incluem partes dos genes inlA e inlB, utilizando para isso duas enzimas de restrição AluI e EcoRI. As técnicas moleculares utilizadas foram ferramentas úteis para caracterizar as linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de produtos lácteos do Rio Grande do Sul. Ainda, foi observado o perfil de resistência antimicrobiana desses microrganismos frente a vários antimicrobianos, das amostras analisadas todas foram susceptíveis aos antimicrobianos testados. / Listeria monocytogenes is a microorganism which causes listeriosis, an infection disease caused by consuming contaminated food and it mainly affects individuals with the immune system at risk like pregnant women and newborn infants. It is an environmental microorganism, being found in soil, water and food like vegetables, meat products, unpasteurized milk and cheese. They are invasive bacteria which have special facility to penetrate the host cell. The attack to those cells is carried out by internalins, which are proteins associated with virulence genes. The InlA and InlB internalins, codified by inlAB gene, are proteins associated with the invasion and internalization of the bacteria in the host cell. This work aimed at categorizing a total of 19 strains of Listeria monocytogenes, 1/2b, 1/2a, 4b and 4c serovars, isolated from dairy products from the State of Rio Grande do Sul. For the molecular categorization, it was used the molecular techniques of Polymorphic DNA Random Amplification (RAPD) and Restriction Enzymatic Analysis (PCR-REA), with the amplification of a segment of 2916 pb which includes part of inlA and inlB genes, using for that purpose two restriction enzymes, AluI and EcoRI. The molecular techniques applied were useful tools to categorize strains of L. monocytogenes isolated from dairy products of the State of Rio Grande do Sul. Furthermore, it was observed the antimicrobial resistant profile of those microorganisms in front of various antimicrobials. All of the analyzed samples were susceptible to tested antimicrobials.
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Caracterização da resistência genética à mancha-angular e desenvolvimento de marcadores microssatélites para regiões específicas do genoma do feijoeiro / Characterization of the genetic resistance to angular leaf spot and development of microsatellite markers in specific region of common bean genome

Caixeta, Eveline Teixeira 08 April 2002 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-17T14:52:31Z No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 520472 bytes, checksum: ca6b49db2464acf17c14f205573ca9f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-17T14:52:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 520472 bytes, checksum: ca6b49db2464acf17c14f205573ca9f2 (MD5) Previous issue date: 2002-04-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A alta incidência de doenças tem sido considerada um dos principais fatores responsáveis pela baixa produtividade do feijoeiro no Brasil. Dentre as doenças que ocorrem em Minas Gerais, a mancha-angular, tem sido apontada como a mais importante da parte aérea. A grande variabilidade genética do patógeno que causa a mancha-angular (Phaeoisariopsis griseola), motiva o constante desenvolvimento de novos cultivares resistentes. Visando dar subsídios a programas de m elhoramento, foram identificadas cinco fontes de resistência à mancha-angular: México 54, AND 277, MAR-2, Cornell 49-242 e BAT 332. Em trabalhos anteriores, foram conduzidos estudos independentes de caracterização genética das quatro primeiras variedades. No presente trabalho, foi estudada a herança da resistência de BAT 332, tendo sido encontrado um gene dominante responsável por essa característica. Para auxiliar programas de melhoramento, foram identificados dois marcadores moleculares do tipo RAPD, OPAA07 950 e OPAO12 950 , ligados em fase de acoplamento a esse gene a uma distância de 5,10 e 5,83 cM, respectivamente. Posteriormente, foram conduzidos testes de alelismo entre as cinco fontes de resistência com o objetivo de entender a relação entre os genes de resistência presentes nessas fontes. Os dados obtidos sugeriram maior complexidade que a encontrada demonstrado nos que estudos Cornell de 49-242 herança possui realizados apenas um anteriormente. gene Foi dominante, denominado de Phg-3, e México 54 três genes distintos, Phg-2, Phg-5 e Phg-6. Em MAR-2 foram encontrados dois genes, um independente denominado de Phg-4 e outro uma forma alélica de um dos genes de México 54, designado de Phg-5 2 . BAT 332 possui um gene dominante, Phg-6 2 , o qual é uma forma alélica de outro gene de México 54. AND 277 possui um alelo de México 54, Phg-2 2 , um de Cornell 49-242, Phg-3 2 , e um de MAR-2, Phg-4 2 . Esses resultados são de especial importância para programas de melhoramento cujo objetivo é a piramidação de genes de resistência. Conhecendo os genes de resistência presentes nas fontes e entendendo a relação entre eles, o melhorista tem a oportunidade de escolher os genitores de seu programa de forma a obter variedade com o maior número e melhor combinação possível de genes de resistência. A maioria dos marcadores moleculares disponíveis para os programas de melhoramento do feijoeiro é do tipo RAPD. A incorporação de marcadores que revelem um maior nível de polimorfismo permite que genótipos relacionados possam ser distinguidos, cruzamentos entre indivíduos aparentados possam ser analisados e marcadores mais próximos do gene de interesse sejam identificados. Os marcadores microssatélites apresentam esse alto polimorfismo e a facilidade típica de marcadores baseados em PCR, no entanto, não têm sido utilizados em feijão pela inexistência de primers microssatélites desenvolvidos para essa espécie. Propôs-se, portanto, na terceira parte deste trabalho, o desenvolvimento desses marcadores para o feijoeiro. Foram obtidos 21 pares de primers que amplificaram bandas únicas e bem definidas, sendo que 15 apresentaram bandas polimórficas e 7 monomórficas. O número de alelos por loco variou de um a seis. A disponibilidade de marcadores moleculares co-dominantes, altamente informativos e de fácil obtenção como os microssatélites será de grande utilidade para os melhoristas e geneticistas que se dedicam ao feijoeiro. / Diseases are among the major problems responsible for the low yield of common bean in Brazil. Angular leaf spot, caused by the fungus Phaeoisariopsis griseola, has been regarded as the most important disease in Brazil, especially in the State of Minas Gerais. The extensive pathogenic variability of this fungus requires the continuous development of new resistant cultivars. To assist breeding programs, five resistance sources for angular leaf spot were identified, México 54, AND 277, MAR-2, Cornell 49-242 and BAT 332. Genetic characterization of four of these sources was previously done. In the present work, the resistance inheritance of the fifth source, BAT 332, was carried out. The results demonstrate that a single dominant gene is responsible for angular leaf spot resistance in this genotype. Two RAPD markers, OPAA07 950 and OPAO12 950 , linked in coupling phase with this gene at 5.10 and 5.83 cM of distance, respectively, were identified. Alellism studies among the five resistance sources were conducted aiming to understand the relationship among these genes involved. Our data suggested a higher complexity than previously found by other authors. It was demonstrated that Cornell 49-242 has just one dominant gene, Phg-3, and Mexico 54 possesses three distinct genes, Phg-2, Phg-5 e Phg-6. For MAR-2, two genes were found, one was independent, Phg-4, and the other was allelic to one of the genes present in México 54, Phg-5 2 . The allele of the Mexico 54 gene was found in BAT 332, Phg-6 2 . AND 277 has one allele of México 54, Phg-2 2 , one of Cornell 49-242, Phg-3 2 , and another of MAR-2, Phg-4 2 . These results are especially important for breeding programs aiming at piramiding resistance genes. With the knowledge of the resistance genes present in the resistance sources and the understanding of the relationship among these genes, the breeder has opportunity to choose the parent for programs aiming to develop varieties with the largest number and the best combination of resistance genes. Most molecular markers developed to be used in bean breeding programs are RAPD markers. The incorporation of maker that shows a higher polymorphisms allows the distinction of closely related genotypes, the analysis of related plants crosses and the identification of molecular marker closer to the interested gene. Microsatellite markers have both high polymorphism and the easy to perform of PCR markers, however, they were not used in common beans due to the lack of primers for this species. In the third and last part of this study, it was to developed microsatellites for common beans. It was identify 21 primers that amplify single discrete band. From these primers, 15 amplified polymorphic bands and 7 monorphic bands. The number of alleles per locus varied from one to six. The existence of codominant, highly informative and easy to work molecular markers may facilitate the use of this tool for common bean breeders and geneticists.
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Caracterização molecular e susceptibilidade antimicrobiana de linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de produtos lácteos no RS

Nes, Fernanda de January 2008 (has links)
Caracterização molecular e susceptibilidade antimicrobiana de linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de alimentos no RS Mestranda: Fernanda De Nes Orientador: Jeverson Frazzon Listeria monocytogenes é o microrganismo causador de listeriose, uma doença infecciosa adquirida através do consumo de alimentos contaminados e que afeta principalmente pessoas com o sistema imunológico comprometido como gestantes e recém nascidos. É um microrganismo ambiental, podendo ser encontrado no solo, água e alimentos como vegetais, produtos cárneos, leites crus ou mal pasteurizados, queijos, entre outros. São bactérias invasivas e possuem facilidade para penetrar na célula hospedeira. O ataque a essas células é intermediado pelas internalinas, que são proteínas associadas a genes de virulência. As internalinas InlA e InlB, codificadas pelo gene inlAB, são proteínas associadas com a invasão e internalização da bactéria na célula hospedeira. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar um total de 19 linhagens de Listeria monocytogenes, sorovares 1/2b, 1/2a, 4b, 4c, isoladas de produtos lácteos do Rio Grande do Sul. Para a caracterização molecular foram utilizadas as técnicas moleculares de Amplificação Randômica do DNA Polimórfico (RAPD) e Análise por Enzimas de Restrição (PCRREA), com a amplificação de um segmento de 2916 pb que incluem partes dos genes inlA e inlB, utilizando para isso duas enzimas de restrição AluI e EcoRI. As técnicas moleculares utilizadas foram ferramentas úteis para caracterizar as linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de produtos lácteos do Rio Grande do Sul. Ainda, foi observado o perfil de resistência antimicrobiana desses microrganismos frente a vários antimicrobianos, das amostras analisadas todas foram susceptíveis aos antimicrobianos testados. / Listeria monocytogenes is a microorganism which causes listeriosis, an infection disease caused by consuming contaminated food and it mainly affects individuals with the immune system at risk like pregnant women and newborn infants. It is an environmental microorganism, being found in soil, water and food like vegetables, meat products, unpasteurized milk and cheese. They are invasive bacteria which have special facility to penetrate the host cell. The attack to those cells is carried out by internalins, which are proteins associated with virulence genes. The InlA and InlB internalins, codified by inlAB gene, are proteins associated with the invasion and internalization of the bacteria in the host cell. This work aimed at categorizing a total of 19 strains of Listeria monocytogenes, 1/2b, 1/2a, 4b and 4c serovars, isolated from dairy products from the State of Rio Grande do Sul. For the molecular categorization, it was used the molecular techniques of Polymorphic DNA Random Amplification (RAPD) and Restriction Enzymatic Analysis (PCR-REA), with the amplification of a segment of 2916 pb which includes part of inlA and inlB genes, using for that purpose two restriction enzymes, AluI and EcoRI. The molecular techniques applied were useful tools to categorize strains of L. monocytogenes isolated from dairy products of the State of Rio Grande do Sul. Furthermore, it was observed the antimicrobial resistant profile of those microorganisms in front of various antimicrobials. All of the analyzed samples were susceptible to tested antimicrobials.
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Identificação e caracterização da microbiota lática isolada de queijo mussarela de búfala /

Silva, Luana Faria. January 2010 (has links)
Orientador: Ana Lúcia Barretto Penna / Banca: Kátia Sivieri / Banca: Eleni Gomes / Resumo: No Brasil, o queijo Mussarela elaborado com leite de búfala, tem uma boa aceitação pelos consumidores e mercado em expansão. Entretanto, poucas são as pesquisas em âmbito nacional sobre a microbiota e influência das bactérias ácido-láticas utilizadas na produção, sobre a qualidade tecnológica deste queijo. O objetivo deste trabalho foi compor um banco de culturas representativo da microbiota isolada de queijo Mussarela fabricado com leite de búfala e efetuar a caracterização das bactérias ácido-láticas (BAL). Foram realizadas três coletas em dois laticínios (Laticínios A e B), em diferentes etapas do processo de fabricação, assim como no produto acabado (queijo Mussarela e soro de conservação) recém processado e com 14 e 28 dias de estocagem. Foi feita a contagem de colônias viáveis, isolamento dos mesófilos e termófilos, caracterização morfológica por coloração de Gram e teste de catalase. Foram obtidos 313 isolados que apresentaram características de BAL. As culturas isoladas das amostras do queijo do Laticínio B foram identificadas pela técnica de RAPD e sequenciamento do gene 16S rRNA e caracterizadas quanto à atividade acidificante, capacidade de utilizarem o citrato, atividade proteolítica e capacidade de produzirem compostos voláteis precursores de aromas. Para os dois laticínios, a população de microorganismos termófilos prevaleceu sobre os mesofilos. Os isolados foram identificados como Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei, Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus e Leuconostoc mesenteroides. A velocidade máxima de acidificação para os isolados variou de 0,0005 e 0,0305 unidades de pH por minuto após 20 min e 18 h 50 min do início do processo de fermentação, respectivamente para termófilos e mesófilos. O tempo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In Brazil, the Mozzarella cheese prepared with buffalo milk has a good acceptance and market expansion. However, there are few national studies about microflora and influence of lactic acid bacteria, used in production, on the technological quality of this cheese. The aim this study was to compose a representative bank of the microbial cultures isolated from Mozzarella cheese produced with buffalo milk and to characterize the lactic acid bacteria (LAB). Three collections were performed in two dairy (Dairy A and B) at different stages of the manufacturing process as well as the finished product (Mozzarella cheese and whey conservation) newly processed and with 14 and 28 days of storage. It was followed a count of viable colony, isolation of mesophiles and thermophiles, morphological characterization by Gram staining and catalase test. It was obtained 313 isolates that exhibited characteristics of LAB. The cultures isolated of the cheese samples of the cheese from the Dairy B were identified by RAPD and 16S rRNA gene sequencing and characterized by acidifying activity, ability to utilize citrate, proteolytic activity and ability to produce volatile compounds that are flavor precursors. At two dairies, the population of thermophilic microorganisms was higher than mesophylic. The isolates were identified as Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei, Lactobacillus casei, Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus and Leuconostoc mesenteroides. The top speed of acidification for the isolates ranged from 0.0005 and 0.0305 pH units per minute after 20 minutes and 18:50 of the beginning of the fermentation process, respectively for thermophiles and mesophiles. The time required to reach the pH 5.0 ranged from 4h50min to 60h the beginning of... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Caracterização Molecular e Citogenética de frutos de Caryocar brasiliense (Cambess) com e sem espinho no caroço

Londe, Luciana Nogueira 23 February 2010 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CHAPTER II: Pequi, Caryocar brasiliense, is one of the species of highlight at the biome of the Brazilian savannah due to its utilization in culinary, popular medicine, industry in general, and iron and steel industry. It presents an elevated index of exploration, being capable of entering the list of the endangered species. In the region of São José do Xingu (MT), a tree of pequi without thorn at the mesocarp was found and this enables to improve pequi not only for consumption, taking advantage of the high appreciation it already has. To detect the existing genomic differences between the pequi with and without the thorn at the endocarp, RADP markers were utilized. The generated polymorphisms were cloned and sequenced in order to identify the sequences responsible for the fenotypical alteration. It was observed that the pequi without thorn is genetically isolated from the other populations of pequi with thorn at the endocarp, proving that this characteristic is related to the genetic divergence of the species. Analysis in BLASTn evidenced the similarity of the Dof1 genes of Zea mays, in the population with thorn, and in the population without thorn, with the gene of phosphinotricin acetyl transferase of Z. mays. In the analysis of BLASTx, the similarity was verified with the proteins responsible for the deficiency in ferric reductase 4, in the pequi without thorn and catalase, in the pequi without thorn. CHAPTER III:The pequi, Cayocar brasiliense Cambess. Is a feature of Brazilian cerrado plant suffering extractive action, mainly for food. It is a plant very appreciated in the regions of Minas Gerais, especially in the north of this state. In the region of Sao Jose do Xingu, Mato Grosso, was found in a plant which had no thorns in the core and this allowed further research to discover the lack of thorns as it is an unwanted feature of the plant. Thus, the cytogenetic study, using conventional Giemsa staining, NOR, banda C, DAPI and CMA3 were used for comparison between the pequi with and without spines in the putamen. It was found that these differences are not attributed to chromosomal differences between the two types of pequi. Both have the same chromosome number, the marking of NOR, C banding was not verified due to the size of chromosomes and differences in staining with DAPI and CMA3 could not be verified although related to these characteristics. CHAPTER IV: The pequi is a species that is gathered and today is seen as a source for the production of biodiesel. The objective of this study was to identify sequences from a cDNA library that are involved in the metabolic pathways for production of pequi fruit, to gain a better understanding of the species and its biological and genetic properties. To do so, a cDNA library was created and the clones were cloned and sequenced. These identified sequences were deposited in GenBank. Most of the sequences found are associated with protection against oxidative stress in plants, some are transcription factors and others provide structural and pathogenic resistance. / CAPÍTULO II: O pequi, Caryocar brasiliense, é uma das espécies de destaque no bioma do Cerrado devido a sua utilização na culinária, medicina popular, indústria e siderurgia. Apresenta índice de exploração elevado, podendo entrar na lista das espécies ameaçadas de extinção. Na região de São José do Xingu (MT) foi encontrada uma árvore produzindo pequi sem espinho no endocarpo, o que levantou a possibilidade de melhorar o pequi para consumo aproveitando a alta apreciação que já possui. Com o objetivo de analisar as diferenças genômicas entre o pequi com e o sem espinho no endocarpo, utilizou-se marcadores RADP (Random Amplified Polymorphism DNA). As bandas polimórficas geradas foram isoladas, clonadas e seqüenciadas, buscando identificar sequências responsáveis pela alteração fenotípica. Observou-se que o pequi sem espinho fica isolado geneticamente das demais populações de pequi com espinho no caroço, comprovando que essa característica está relacionada à divergência genética da espécie. Análises em BLASTn mostraram a similaridade aos genes Dof1 de Zea mays, na população com espinho e com o gene da Acetiltransferase Fosfinotricina de Z. mays, na população sem espinho. As análises em BLASTx revelaram similaridade com as proteínas responsáveis pela Deficiência em Redutase Férrica 4, no pequi sem espinho e com catalase, no pequi com espinho. CAPÍTULO III: O pequizeiro, Cayocar brasiliense Cambess., é uma planta característica do cerrado brasileiro que sofre ação extrativista, principalmente, para a alimentação. É uma planta bastante apreciada em regiões de Minas Gerais, especialmente no Norte desse estado. Na região de São José do Xingu, Mato Grosso, foi encontrada uma planta produzindo pequi sem espinhos no caroço. O estudo citogenético, por meio de coloração convencional de Giemsa, NOR, banda C, DAPI e CMA3 foi utilizado para a comparação entre plantas produtoras de pequi com e sem espinhos no caroço. Verificou-se que essas diferenças não podem ser atribuídas à diferenças cromossômicas entre os dois tipos de pequi. Ambas as plantas têm o mesmo número cromossômico, mesma marcação de NOR. Não foi verificado bandeamento C devido ao tamanho dos cromossomos. Diferenças de coloração com DAPI e CMA3 foram detectadas, porém não é possível afirmar que estejam relacionadas com a presença ou ausência de espinhos no fruto. CAPÍTULO IV: O pequizeiro (Caryocar brasiliense Cambess.) é uma espécie nativa do cerrado brasilieiro e que possui importância alimentar e social para a população que dela depende. É uma espécie que sofre ação extrativista e que, atualmente, é considerada fonte para a produção de biodiesel. Nesse trabalho o objetivo foi identificar, a partir de uma bilbioteca de cDNA, seqüências que estejam envolvidas em vias metabólicas para produção do fruto do pequi, para conhecimento da espécie, suas propriedades biológicas e genéticas. Dessa forma foi construída biblioteca de cDNA e os clones foram clonados e seqüenciados. As sequências identificadas foram depositadas no GenBank. Algumas das sequências encontradas estão relacionadas à proteção contra o estresse oxidativo em plantas, outras são fatores de transcrição e algumas sequências expressas têm funções estruturais e de resistência a patógenos. / Doutor em Genética e Bioquímica
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Resistência a antimicrobianos em Staphylococcus aureus

Faria, Rafael César Bolleli 28 February 2008 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Multiple antibiotic resistant Staphylococcus aureus represent a big problem in the control of hospital infections. Resistance pattern of isolated S. aureus presented in central vascular catheter of patients interned in the Intensive Therapy Center of the School Hospital of the Universidade Federal do Triângulo Mineiro was evaluated by antimicrobial tests, in which it was possible to detect high level of resistance to penicillin (94.7%) and ampicillin (86.8%), only considering the samples that presented resistance, beyond one strain that presented resistance to vancomycin. The oxacillin resistance evaluation was confirmed by PCR with the presence of the gene mecA. The association of the results obtained in the phenotypic test with the presence of the gene mecA, considered the reference method, was confirmed through the Table of Contingency and the Test of &#935;2 with Yates correction. In 49 isolates evaluated, 23 were resistant to oxacillin, being possible to detect the mecA gene in 21 samples. The test of molecular screening by RAPD allowed the separation of the phenotypic groups in two different grouping patterns, the ones that presented resistance to antimicrobials and the sensible ones, with a dissimilarity of 73,3%. There is a higher genetic similarity between groups that present the same type of resistance, thus confirming the phenotypic analyses. Molecular markers for detection of resistance to oxacillin, like the gene mecA, were more sensitive than the phenotypic markers. / Staphylococcus aureus resistentes a múltiplos antibióticos representam um grande problema no controle das infecções hospitalares. O perfil de resistência a antimicrobianos de isolados de S. aureus presentes em cateteres vasculares central de pacientes internados em leitos do centro de terapia intensiva do Hospital Escola da Universidade Federal do Triângulo Mineiro foi avaliado por meio de testes antimicrobianos, pelos quais foi possível detectar um elevado nível de resistência à penicilina (94,7%) e ampicilina (86,8%), considerando-se somente as amostras que possuíam resistência, além de uma cepa resistente à vancomicina. A avaliação da resistência à oxacilina foi confirmada por PCR através da presença do gene mecA. A associação dos resultados obtidos no teste fenotípico com a presença do gene mecA, considerado um método de referência, foi confirmada através da Tabela de Contingência e do Teste de &#935;2 com correção de Yates. Em 49 amostras avaliadas, 23 apresentaram resistência à oxacilina, sendo possível detectar a presença do gene de resistência mecA em 21 amostras. O teste de tipagem molecular por RAPD permitiu a separação dos grupos fenotípicos em dois padrões diferentes de agrupamento, os que possuíam resistência e os sensíveis aos antimicrobianos, com uma dissimilaridade de 73,3%. Há maior similaridade genética entre grupos que apresentam o mesmo tipo de resistência, confirmando assim as análises fenotípicas. Marcadores moleculares para detecção de resistência à oxacilina, como o gene mecA, foram mais sensíveis que os marcadores fenotípicos. / Mestre em Genética e Bioquímica
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Caracterização molecular e susceptibilidade antimicrobiana de linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de produtos lácteos no RS

Nes, Fernanda de January 2008 (has links)
Caracterização molecular e susceptibilidade antimicrobiana de linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de alimentos no RS Mestranda: Fernanda De Nes Orientador: Jeverson Frazzon Listeria monocytogenes é o microrganismo causador de listeriose, uma doença infecciosa adquirida através do consumo de alimentos contaminados e que afeta principalmente pessoas com o sistema imunológico comprometido como gestantes e recém nascidos. É um microrganismo ambiental, podendo ser encontrado no solo, água e alimentos como vegetais, produtos cárneos, leites crus ou mal pasteurizados, queijos, entre outros. São bactérias invasivas e possuem facilidade para penetrar na célula hospedeira. O ataque a essas células é intermediado pelas internalinas, que são proteínas associadas a genes de virulência. As internalinas InlA e InlB, codificadas pelo gene inlAB, são proteínas associadas com a invasão e internalização da bactéria na célula hospedeira. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar um total de 19 linhagens de Listeria monocytogenes, sorovares 1/2b, 1/2a, 4b, 4c, isoladas de produtos lácteos do Rio Grande do Sul. Para a caracterização molecular foram utilizadas as técnicas moleculares de Amplificação Randômica do DNA Polimórfico (RAPD) e Análise por Enzimas de Restrição (PCRREA), com a amplificação de um segmento de 2916 pb que incluem partes dos genes inlA e inlB, utilizando para isso duas enzimas de restrição AluI e EcoRI. As técnicas moleculares utilizadas foram ferramentas úteis para caracterizar as linhagens de Listeria monocytogenes isoladas de produtos lácteos do Rio Grande do Sul. Ainda, foi observado o perfil de resistência antimicrobiana desses microrganismos frente a vários antimicrobianos, das amostras analisadas todas foram susceptíveis aos antimicrobianos testados. / Listeria monocytogenes is a microorganism which causes listeriosis, an infection disease caused by consuming contaminated food and it mainly affects individuals with the immune system at risk like pregnant women and newborn infants. It is an environmental microorganism, being found in soil, water and food like vegetables, meat products, unpasteurized milk and cheese. They are invasive bacteria which have special facility to penetrate the host cell. The attack to those cells is carried out by internalins, which are proteins associated with virulence genes. The InlA and InlB internalins, codified by inlAB gene, are proteins associated with the invasion and internalization of the bacteria in the host cell. This work aimed at categorizing a total of 19 strains of Listeria monocytogenes, 1/2b, 1/2a, 4b and 4c serovars, isolated from dairy products from the State of Rio Grande do Sul. For the molecular categorization, it was used the molecular techniques of Polymorphic DNA Random Amplification (RAPD) and Restriction Enzymatic Analysis (PCR-REA), with the amplification of a segment of 2916 pb which includes part of inlA and inlB genes, using for that purpose two restriction enzymes, AluI and EcoRI. The molecular techniques applied were useful tools to categorize strains of L. monocytogenes isolated from dairy products of the State of Rio Grande do Sul. Furthermore, it was observed the antimicrobial resistant profile of those microorganisms in front of various antimicrobials. All of the analyzed samples were susceptible to tested antimicrobials.

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