Un índice de genes de camote Ipomoea batatas (L.) Lam. ha sido establecido basado en el pirosecuenciamiento. Dos colecciones normalizadas de cDNA de tallos y hojas de camote cultivar Tanzania que habían sido expuestos a sequía, dieron 524,209 reads. Después del establecimiento de los parámetros óptimos de ensamblaje, estos reads fueron ensamblados junto con 22,094 EST disponibles públicamente en el GenBank, dando como resultado del ensamblaje 31,685 contigs y 34,733 singletons. Las comparaciones usando Blastx en la base de datos del UniRef100 permitió la anotación de 23,957 contigs y 15,342 singletons, resultando en 24,657 genes únicos. Además, 27,119 secuencias no tienen ninguna coincidencia con las secuencias proteicas del Uniref100. La anotación de 24,763 secuencias incluye la atribución de GO terms. Adicionalmente, se han encontrado 293 genes involucrados en la respuesta a estrés hídrico. Basado en este índice de genes, se ha identificado 195 marcadores microsatélites que fueron amplificados exitosamente y evaluados en un grupo de seis hexaploides de Ipomoea batatas y dos diploides de Ipomoea trífida. Palabras claves: anotación de genes, ensamblaje de transcriptoma, Ipomoea batatas, Ipomoea trífida, marcadores microsatélites, pirosecuenciamiento 454, recursos genéticos. / --- A sweetpotato Ipomoea batatas (L.) Lam. gene index was established based on pyrosequencing. Two normalized cDNA collections from stems and leaves were produced from drought stressed sweetpotato cultivar Tanzania and yielded 524,209 pyrosequencing reads. After establishment of the optimal assembly parameters, these reads were assembled together with 22,094 publically available expressed sequence tags into 31,685 sets of overlapping DNA segments and 34,733 unassembled sequences. Blastx comparisons with the UniRef100 database allowed annotation of 23,957 contigs and 15,342 singletons resulting in 24,657 putatively unique genes. Further 27,119 sequences had no match to protein sequences of UniRef100 database. Annotation of 24,763 sequences included the attribution of gene ontology terms to as many sequences as possible. In adition it was found 293 genes involved in water response. Based on this gene index, we have identified 195 gene-based microsatellite markers that could be successfully amplified and scored in a test panel of six hexaploid I. batatas and 2 diploid I. trifida genotypes. Key words: Ipomoea batatas, Ipomoea trífida, gene annotation, genetic resources, microsatellite markers, 454 pyrosequencing, transcriptome assembly.

Las variedades tradicionales de maíz se han adaptado a través de los años al manejo, selección y a las condiciones climáticas donde son cultivadas, encontrándose en ellas características de adaptación y resistencia, así como una base genética más amplia que las variedades comerciales. La caracterización morfológica permite un entendimiento de las relaciones genético-ambientales existentes entre las poblaciones, facilitando así el uso de ellas por parte de mejoradores. En este trabajo se evaluó la variabilidad morfológica de 34 accesiones de maíces nativos de raza Choclero, recolectados entre la III y VIII región. El ensayo se realizó durante la temporada primavera-verano de 2005-2006 utilizando semilla obtenida del Banco Base de Germoplasma de INIA, CRI- Intihuasi. El diseño experimental se basó en bloques completos al azar con tres repeticiones, midiéndose un total de 37 caracteres morfológicos de tipo reproductivo, vegetativo y fenológico de acuerdo a los descriptores establecidos por el IPGRI (International Plant Genetic Resources Institute). Las pruebas de hipótesis indicaron diferencias significativas para todos los caracteres cuantitativos a excepción del índice de macollamiento y el número de mazorcas por macollo. Los coeficientes de correlación fueron calculados para todas las variables cuantitativas, descartando aquellas que se encontraron altamente correlacionadas (r >0,6). Once caracteres fueron escogidos por esta vía, y con ellos se realizó un análisis de componentes principales (ACP) en base a la matriz de correlaciones y un análisis de conglomerados, previa estandarización de las variables. El dendrograma arrojado mostró tres grupos principales, los cuales tuvieron cierta correspondencia con el agrupamiento observado en la figura de los dos primeros ejes del ACP. La descripción de los grupos fue complementada con descripciones de caracteres cualitativos relevantes para cada grupo. Los resultados mostraron la existencia de variabilidad inter poblacional dentro de la raza Choclero evidenciada por la formación de grupos claramente diferenciables explicados en parte por la diversidad de ambientes de recolección, siendo tres los principales: maíz pequeño (grupo A), con accesiones precoces a intermedias y mazorcas gruesas y cortas, principalmente del tipo cónico, sus zonas de origen son de altas temperaturas y baja humedad relativa; maíz intermedio-grande (grupo C) con plantas intermedias- altas, tallos gruesos, panojas grandes, granos de alto peso y mazorcas de tamaños intermedio a largo; maíz intermedio (grupo B), con características menos acorde para la raza probablemente debido a la introgresión de genes de otras razas como Diente de Caballo, mazorcas de menor diámetro, de tamaño intermedio a largo y panojas pequeñas de pocas ramificaciones, así como algunas accesiones con mazorcas cilíndricas y con hileras irregulares a regulares. Para validar el agrupamiento obtenido se realizó un análisis discriminante con los grupos formados a dos distancias diferentes en el análisis de conglomerados. Éste clasificó correctamente la mayoría de los grupos salvo en los grupos 5 y 6 (grupo C), donde la diferenciación no fue clara. Dentro de las explicaciones posibles está la distancia genética que pudiera existir entre ellos o la falta de discriminación de los caracteres elegidos.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-08-15T13:29:22Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2391913 bytes, checksum: ace78f1e7c36b68481d8fc7ecf68fda5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-15T13:29:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2391913 bytes, checksum: ace78f1e7c36b68481d8fc7ecf68fda5 (MD5) Previous issue date: 2016-10-03 / O cultivo de plantas in vitro vem sendo amplamente utilizado, proporcionando produção em larga escala de diversas espécies de plantas, como também manutenção de banco de germoplasma, sendo, na maioria das vezes mais vantajoso que a produção e manutenção tradicional. Nesse sentido, a criopreservação é considerada o método mais eficaz e seguro para preservação, em longo prazo, de material biológico, tendo como principal vantagem sua aplicabilidade para diferentes espécies sem a necessidade de subcultivos. Dentre as espécies vegetais com potencial para a criopreservação está a Pfaffia glomerata (Spreng.) Pedersen, a qual apresenta grande interesse para a indústria farmacêutica devido às suas propriedades medicinais. Contudo a obtenção de plantas de P. glomerata para uso comercial está sendo realizada de forma indiscriminada e extrativista, podendo causar erosão genética e extinção dentre outros danos. Nesse contexto, esse trabalho vislumbrou o estabelecimento de um protocolo eficiente para criopreservação de genótipos de P. glomerata, testando diferentes soluções criogênicas combinadas à aclimatização sob técnicas de cultivo mínimo, adaptando baixas temperaturas combinadas com reguladores de crescimento (ABA e SA) com a finalidade de obter maiores níveis de regeneração de explantes após os processos de criopreservação. Por outro lado, o cultivo de plantas em biorreatores de imersão temporária, tem por finalidade aumentar a produção dos explantes, uma vez que ocorre o contato de curta duração entre o meio de cultura líquido e o explante, renovando o ambiente interno do equipamento e garantindo o fornecimento adequado de nutrientes. Da mesma forma, nesse sistema de cultivo, a utilização de reguladores de crescimento, em especial as citocininas, otimiza protocolos e maximiza a produção de várias espécies de plantas ornamentais. Nesse sentido, Zingiber spectabile vem sendo amplamente utilizada como planta ornamental, por ser possuidora de grande beleza, utilizada tanto como flores de corte como também em composições de paisagem. Sob cultivo in vitro, essa espécie apresenta elevado potencial de multiplicação, em especial quando utilizados reguladores de crescimento. Desse modo, o presente trabalho buscou compreender e desenvolver a condição ideal de cultivo em biorreatores de imersão temporária para a espécie utilizando concentrações variáveis de sacarose como também diferentes fontes de citocinina. / The in vitro cultivation of plants has been widely used, providing large-scale production of several plant species, as well as germplasm maintenance being often more advantageous than traditional production. In this sense, cryopreservation has been considered the most effective and safe method for long-term preservation of biological material, the main advantage of its applicability to different plant without the need of subcultures. Among the plant species with potential for cryopreservation is the Pfaffia glomerata (Spreng.) Pedersen, which shows great interest to the pharmaceutical industry due to medicinal properties. However, obtaining P. glomerata plants for commercial use has been carried out in an indiscriminate and extractivist way, which may lead to genetic erosion and even extinction, among other damages. In this context, this work presents the establishment of an efficient protocol for cryopreservation of P. glomerata accessions, evaluating various cryogenic solutions combined with acclimatization under minimum cultivation techniques growth regulators in order to obtain higher level explant regeneration after cryopreservation procedures. On the other hand, the cultivation of plants in a temporary immersion bioreactor, aiming to increase the yield of propagules by means of a quick contact between the liquid culture medium and the explant, renewing the internal culture environment and ensuring adequate supply of nutrients. Likewise, the use of growth regulators, particularly cytokinins, in this culture system has been optimizing protocols and maximizing the production of various species of ornamental plants. In this sense, Zingiber spectabile has been widely used as an ornamental plant, because it holds great beauty, both used as cut flowers as well as in scenery compositions. In in vitro culture, this species has a high potential for multiplication, especially when growth regulators are used. Thus, this study aim to understand and develop an ideal condition for the cultivation in temporary immersion bioreactors for the species using varying sucrose concentrations as well as different sources of cytokinin.

O Brasil é país detentor de grande biodiversidade, no entanto pequena parcela dessa já foi estudada e catalogada. Os recentes avanços antrópicos sobre os ecossistemas naturais tem levado a sua rápida fragmentação e eliminação de alguns biótipos ainda não estudados ou catalogados. Nessa realidade de erosão genética acelerada encontra-se também espécies de jabuticabeira (Plinia sp.) que são endêmicas do Centro Sul/Sudoeste do Paraná, no ecossistema Floresta com Araucária. Medidas de conservação de germoplasma para uso atual e futuro, bem como táticas de manejo e conservação dos recursos naturais são preponderantes para reduzir ao mínimo os danos causados a biodiversidade brasileira. Para tanto é necessário entender a diversidade genética existente nos ecossistemas naturais, que é o insumo básico para a sobrevivência e evolução entre os indivíduos frente as modificações ambientais. No presente trabalho foi realizado a caracterização genética de 110 jabuticabeiras que constituem o banco ativo de germoplasma desta espécie na UTFPR – Câmpus Dois Vizinhos. Foi possível identificar a transferibilidade de 9 marcadores moleculares microssatélites (SSR) com caráter polimórfico para a população estudada, e realizar a padronização de reação de PCR para cada um deles. Da análise das jabuticabeiras do banco ativo de germoplasma chegou-se a conclusão de que o mesmo abrigou valor considerável de diversidade alélica. No entanto tal diversidade está mal distribuída, já que 11 indivíduos sozinhos já são capazes de representar 59,2% de todos alelos da coleção de 110 plantas. Os valores encontrados de heterozigosidade observada e conteúdo informativo (PIC) nessa subpopulação de 11 indivíduos foram superiores aos valores encontrados para o conjunto integral do banco ativo. O agrupamento dos indivíduos mostrou a existência de 8 diferentes grupos, sendo que 89 indivíduos ficaram no grupo 1, demonstrando o seu possível grau de parentesco e baixo nível de diversidade genética. / Brazil is a country of great biodiversity holder, however small portion of that has been studied and cataloged. Recent advances human activities on natural ecosystems has led to its rapid fragmentation and elimination of some biotypes still, not it studied or cataloged. In this reality of genetic erosion is also accelerated jabuticaba tree species (Plinia sp.). That are endemic from South Central / Southeastern Paraná State, in Araucaria forest ecosystem. Germplasm conservation measures for current and future use, as well as tactics for management and conservation of natural resources are crucial to minimize the damage caused to Brazilian biodiversity. So it is necessary to understand the genetic diversity in natural ecosystems, which is the basic input for the survival and evolution among individuals facing environmental changes. In the present study was to characterize genetic of 110 jabuticaba tree fruit, that constitute the germoplasm bank of jabuticaba tree fruit from UTFPR - Câmpus Dois Vizinhos. It was possible to identify transferability of 9 microsatellite markers (SSR) with polymorphic character for the population studied, and it carry out standardization of PCR reaction for each of them. The analysis of plant germoplasm bank came to the conclusion that houses a considerable amount of allelic diversity, but this diversity is poorly distributed, since 11 individuals alone are already able to represent 59.2% of all alleles of the collection of 110 plant. The found values of, observed heterozygosity and information content (PIC) in this subpopulation of 11 individuals were higher than the values found for the full set of the germoplasm bank. The grouping of individuals showed the existence of 8 different groups, and 89 subjects were in group 1, demonstrating a possible relationship and low level of genetic diversity.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-25T13:08:11Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 580358 bytes, checksum: a0c8dadd8e551b397a84b1273307e0d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-25T13:08:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 580358 bytes, checksum: a0c8dadd8e551b397a84b1273307e0d5 (MD5) Previous issue date: 2012-07-24 / Objetivou – se com este estudo verificar se a antocianina tem efeito sobre a integridade da membrana plasmática dos espermatozoides de caprinos e investigar o potencial desse antioxidantes no uso de meios diluidores de criopreservação de sêmen caprino. Dez ejaculados de cada reprodutor foram obtidos e denominados partidas, onde no final do experimento foram congeladas 10 palhetas de 0,25mL de cada partida totalizando 400 palhetas congeladas de cada tratamento e controle, sendo após a diluição na proporção de 1:1 (sêmen x Bovimix) determinou-se a concentração espermática. Em seguida, o sêmen fresco foi diluído com o diluidor Bovimix® (controle); Bovimix® + 2,5% de antocinina (tratamento 1); Bovimix® +2,5% antocianina + 2,5% de ciclodextrina (tratamento 2); Bovimix® +2,5% antocianina + 2,5% de ciclodextrina (atomizado) (tratamento 3). Após as diluições finais, o sêmen foi envasado, resfriado e congelado. Após sete dias, as partidas foram descongeladas em banho - Maria a 37oC para avaliação do sêmen pós – descongelamento (motilidade espermática progressiva retilínea, vigor espermático, teste supra vital, fluorescência, e morfologia espermática). Foi verificado diferença (p<0,05) nas médias da motilidade espermática, entre os tratamento 1 (49,8±10,6%), tratamento 2 (50,2±12,1%) e o controle (40,7±12,4%), enquanto que não houve diferença (p>0,05) nos valores médios do vigor, entre os tratamentos 1 (3,5±0,4), 2 (3,5±0,4) e o controle (3,4±0,5); houve diferença (p<0,5) dos valores médios entre os tratamentos 1 (3,5±0,4) e 2 (3,5±0,4), onde o tratamento 2 apresentou um vigor espermático melhor. No teste supra vital observou–se diferença nos valores médios da porcentagem de espermatozóides vivos entre os tratamentos 1 (44,8±10,7%), 2 (45,8±13,1%) e o controle (36,9±13,3%). Em relação ao teste hiposmótico os tratamentos 1 (51,3±10,3%) e tratamento 2 (49,2±12,01%), não apresentaram diferença (p>0,05), porém diferem (p<0,05) do controle (42,4±12,1%). Nos defeitos espermáticos todos os tratamentos se mantiveram dentro dos parâmetros aceitáveis para defeitos maiores, menores e defeitos totais. Já no teste de fluorescência o controle apresentou a maior porcentagem de espermatozóides com baixa atividade mitocondrial e membrana integra (BAMI) ou membrana lesada (BAML), respectivamente (25,2±14,9%) e (50,2±16,0%) do que os tratamentos; 1 (11,3±11,2; 33,8±13,9%), 2 (15,3±11,5; 35,1±12,9%), 3 (17,6±11,7; 50,1±18,8%). Quanto aos padrões de alta atividade mitocondrial membrana integra (AAMI), o grupo controle (23,2±13,6%) obteve médias inferiores aos tratamentos 1 (51,3±18,6; 3,2±4,5%) e 2 (47,3±16,3; 2,3±4,3). Porém nos padrões de alta atividade mitocôndria e membrana lesada (AAML) não houve diferença (p>0,05) entre o controle (1,5±2,0%) e os tratamentos; 1 (3,2±4,5%), 2 (2,3±4,3%) e 3 (1,8±3,9%). A adição de antocianina proveniente do açaí ao diluente contribuiu para melhorar a preservação da integridade das membranas na congelação do sêmen Caprino. / The aim of the study was to verify whether the anthocyanin has an effect on the plasma membrane integrity of goats spermatozoa and investigate the potential use of antioxidants in diluents goats semen cryopreservation. The semen from each collection was named after player game, where at the end of the experiment were 10 frozen straws of 0.25 mL of each game totaling 400 frozen straws of each treatment and control. After dilution 1:1 (sperm x diluent ) determined sperm concentration. Then, the fresh semen was diluted with tinner Bovimix® (control); Bovimix® + 2.5% de antocinina (treatment 1); Bovimix® +2.5% antocianina + 2.5% de ciclodextrina (treatment 2 ); Bovimix® +2.5% antocianina + 2.5% de ciclodextrina (atomizado) (treatment 3). After the final dilution, the semen was submitted to the filling, cooling and freezing. After seven days, the matches were thawed in a water bath - Maria at 37 ° C for semen evaluation post - thawing (total sperm motility, progressive straight, sperm vigor, supra vital test, fluorescence, and morphology). has shown a significant difference (p<0.05) between treatment 1 (49.8±10.6%), treatment 2 (50.2±12.1%) and control (40.7±12.4%), while there was no statistical difference (p>0.05) between the force of group 1 (3.2±0.4), 2 (3.4±0.4), and control (3.3±0.5); there was a difference between treatments (3.2±0.4) and 2 (3.4±0.4), where treatment 2 showed a better effect. In the test above was vital - difference in the percentage of live sperm between treatment 1 (44.8±10.7%), 2 (45.8±13.1%) and control (36.9±13.3%). Regarding testing a hypoosmotic treatment (51.3±10.3) and treatment 2 (49.2±12.1%), not different (p<0.05), but differ (p>0.05) from control (42,4±12.1%), in sperm defects All treatments were maintained within acceptable parameters for defects and total defects, since the fluorescent assay control had the highest percentage of sperm with low mitochondrial activity and membrane includes (Bami) or damaged membrane (BAML), respectively (14.9±25.2%) and (50.2±16.1%) of the treatments: 1 (11.3±11.2; 33.8±13.9%) , 2 (15.3±11.5; 35.1±12.9%), 3 (17.6±11.7; 50.1±18.8%). The standards mitochondrial membrane integrates high activity (AAMI), the control group (23.2±13.6%) averaged less than the first treatment (51.3±18.6; 3.2±4.5%) and 2 (47.3±16.3; 2.3±4.3%). But the standards high activity and mitochondrial membrane damaged (AAML) was not different (p>0.05) between control (1.5±2,0%) and treatments; 1 (3.2±4.5%), 2 (2.3±4.3%) and 3 (1.8±3.%). The anthocyanins additions from acai to the diluent improved the membrane integrity preservation in Caprino semen freezing.

La papa (Solanum spp.) tiene una gran importancia alimenticia y es de gran utilidad en el mejoramiento genético, esta representado por 8 especies cultivadas y alrededor de 200 especies silvestres con gran diversidad de caracteres. El “Proyecto de Conservación In Situ de los cultivos nativos y sus parientes silvestres” se viene desarrollando como respuesta a la amenaza latente de perdida de la diversidad genética y busca fortalecer la conservación de las especies nativas más importantes en las chacras de los campesinos. Una de las primeras acciones ha sido inventariar y caracterizar la diversidad y variabilidad de los cultivos priorizados. Para el caso de la papa, los inventarios y el uso de marcadores morfológicos han demostrado un alto grado de diversidad genética mantenida por los agricultores andinos, sin embargo, debido a que estas características morfológicas son afectadas por el ambiente se hace necesario corroborar los resultados obtenidos mediante otras técnicas que no se encuentren bajo la presión ambiental. Por tal motivo, se decidió analizar el grado de diversidad genética presentada en una muestra aleatoria de 79 variedades nominales de papa nativa (Solanum spp.) procedente de cinco zonas del Perú (Ayacucho, Cajamarca, Cuzco, Huancavelica y Puno) cultivadas en las chacras de los agricultores que forman parte del Proyecto de “Conservación In situ de los cultivos nativos y sus parientes silvestres”, mediante el uso de 18 marcadores moleculares microsatélites-SSR Los microsatélites son secuencia cortas de di, tri o tetranucleótidos que están distribuidas en tandem a lo largo del genoma, siguen una herencia mendeliana, no son afectados por factores ambientales, son de carácter codominante y tienen un alta tasa polimórfica. Las secuencias son detectadas mediante PCR con el uso de iniciadores específicos, separación en geles de poliacrilamida y tinción con plata. Los análisis de agrupamiento, riqueza alélica y análisis de diversidad genética realizados a partir de los datos obtenidos de 19 locus microsatélites registrados, demostraron el alto grado de diversidad genética que presenta la muestra colectada y corrobora los resultados obtenidos en el proyecto In situ. Además la comparación de la riqueza alélica mantenida por cada región de colecta hace presumir que existe un flujo génico constante entre estos lugares.

Un set de 18 marcadores microsatélite (SSR, del inglés “simple sequence repeat”, repetición de secuencia simple) identificados en Solanum tuberosum (papa cultivada) y que cubren sus 12 cromosomas fue desarrollado previamente para genotipificar el germoplasma de la papa cultivada. Hemos evaluado su utilidad a diferentes distancias filogenéticas de su especie originaria, la papa cultivada S. tuberosum, en una muestra de 50 especies de papa silvestre y otras 2 especies del mismo género. Los marcadores SSR produjeron amplicones en 27% a 100% de las 52 especies, dependiendo del marcador. Se comprobó mediante secuenciación de una muestra de amplicones que los motivos repetitivos estuvieron presentes en la mayoría de los fragmentos secuenciados. Además, se observó un alto grado de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP, del inglés “single nucleotide polymorphism”, polimorfismo de un solo nucleótido) e inserciones / supresiones (indel, del inglés insertion / deletion) entre los motivos repetitivos y la secuencia de los iniciadores (primers). Estos resultados indican, en primer lugar, que los 18 loci microsatélites producen amplicones en loci homólogos. En segundo lugar el alto grado de polimorfismo fuera del motivo repetitivo indica que existe un considerable grado de homoplasia que reducirá extensamente la utilidad del set de SSR para papa cultivada en estudios filogenéticos en especies de papa silvestre distanciadas de la base de germoplasma de la papa cultivada. A pesar de esto, el análisis de distancia genética usando el índice de similitud de Jaccard y el método de agrupamiento Neighbor Joining, produjo dendrogramas que coinciden con hipótesis de relaciones cladísticas basadas en recientes filogenias moleculares, pero no así con relaciones anteriores basadas en series. / --- A kit of 18 microsatellite markers, also referred to as simple sequence repeats (SSR), covering all 12 chromosomes of the potato was previously developed for genotyping the cultivated potato. We have assessed its utility on a sample of 50 wild potato species and 2 other species of the same genus at varying phylogenetic distances from its source, the cultivated potato Solanum tuberosum. The SSR markers produced amplicons in 27% to 100% of the 52 species. A sample of them was sequenced. Although repeat motifs were present in most of the amplicons sequenced, a high degree of single nucleotide polymorphism (SNP) and insertion / deletion events (indel) was observed between the repeat motifs and the primer sequence. These results indicate that: firstly, the 18 microsatellite loci produce amplicons in homologous loci; and secondly, homoplasy will be relatively frequent and hence reduce largely the utility of the cultivated potato SSR kit for phylogenetic studies in wild potato species distant from the cultivated potato germplasm base. Despite this, genetic distance analyses using Jaccard similarity index and Neighbor Joining clustering method produced trees roughly matching hypotheses of cladistic relationships based on recent molecular phylogenies, but not on prior series relationships.

La papa (Solanum spp.) es uno de los 4 cultivos alimenticios de mayor importancia en el mundo. La caracterización morfológica y molecular es útil para estudiar la diversidad de este cultivo. El presente trabajo se realizó en las instalaciones del Centro Internacional de la Papa con la finalidad de caracterizar molecularmente una colección de 168 variedades de papa cultivada, de interés socioeconómico en el Perú, mediante marcadores microsatélites. Se extrajo DNA genómico de cada variedad a partir de sus hojas y por PCR se amplificaron 23 regiones microsatélites. Los fragmentos amplificados fueron cargados en geles de poliacrilamida para determinar su tamaño en pares de bases, obteniéndose así la caracterización molecular, y en base a ésta se analizó la diversidad genética, la varianza molecular (AMOVA) y el patrón de agrupamiento de las variedades en estudio. Dichos análisis se realizaron desde dos enfoques: por regiones (Norte, Centro y Sur) y por tipo de variedad (nativa y mejorada). Se pudo caracterizar a las 168 variedades de papas con los 23 SSR. Se encontró la mayor diversidad genética en la región Sur; mientras que la mayor fuente de variación genética es interna entre las regiones, y la mayor variación genética interregional se dio entre Norte y Centro. Por otro lado, se apreció que las variedades nativas tienen una mayor diversidad genética que las mejoradas y la variación genética entre ellas es considerable. En el análisis de agrupamiento se observó una tendencia de las papas diploides a formar un grupo distinto al de las tetraploides y que las variedades mejoradas tienden a formar un grupo estructurado en el dendrograma. Estos resultados sugieren que la diversidad genética se mantiene entre las regiones, que las frecuencias alélicas de las variedades diploides se diferencian de las tetraploides y que la mayor fuente de variación genética poblacional es interna. Palabras clave: Solanum spp, caracterización molecular, microsatélites, diversidad genética, AMOVA, análisis de agrupamiento. / Potato (Solanum spp.) is one of the four most important food crops in the world. The Morphological and molecular characterization is useful for studying the diversity of this crop. This work was performed at the facilities of the International Center of Potato in order to molecularly characterize a collection of168 cultivated potato varieties, from socioeconomic interests in Peru, using microsatellite markers. Genomic DNA was extracted from each variety leaves and were amplified by PCR 23 microsatellite regions. The amplified fragments were loaded onto polyacrylamide gels to determine its size in base pairs, thus obtaining the molecular characterization, and based on this we analyzed the genetic diversity, molecular variance (AMOVA) and the pattern of clustering of the varieties under study. These analyzes were conducted from two perspectives: by region (North, Central and South) and by category (native and improved). It was possible to characterize the 168 varieties of potatoes with 23 SSR. We found the greatest genetic diversity in the South, while the highest genetic variation is inside regions, and the interregional greater genetic variation occurred between North and Center. Furthermore, it was found that native varieties have greater genetic diversity than improved and genetic variation between them is considerable. In the cluster analysis was showed that diploid potatoes have a tendency to form a group distinct from the tetraploid potatoes and improved varieties tend to form a structured group in the dendrogram. These results suggest that genetic diversity is maintained between the regions, the allele frequencies of diploid varieties differ from the tetraploid and that the major source of population genetic variation is internal. Keywords: Solanum spp, molecular characterization, microsatellites, genetic diversity, AMOVA, cluster analysis.

Orientador: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Banca: Everlon Cid Rigobelo / Banca: Viviane Formice Vianna / Resumo: A soja destaca-se como a oleaginosa de maior importância no mundo, tendo em vista sua relevância nutricional e econômica. Devido ao aumento da área cultivada e, consequentemente da produtividade, o Brasil atualmente, é considerado o maior exportador de soja. No entanto, observa-se que a base genética da soja é restrita, devido à indisponibilidade de alelos capazes de enfrentar estresses bióticos e abióticos de forma totalmente eficiente. Desta forma, os programas de melhoramento visam aumentar a variabilidade genética para o desenvolvimento de cultivares mais produtivas e adaptadas. Estudos a respeito de novas fontes de germoplasma, como as Plant Introductions - PIs, tornam-se necessários para a identificação de características agronômicas de interesse para os melhoristas. Sendo assim, o presente trabalho possui como objetivo geral a avaliação do desempenho agronômico e a divergência genética de 93 acessos de soja, pertencentes a um painel de diversidade visando a obtenção de dados que possam ser utilizados no incremento de programas de melhoramento de soja brasileiros / Abstract: Soybean stands out as the most important oilseed in the world, given its nutritional and economic importance. Due to increased acreage and hence productivity, today, Brazil is the largest exporter of soybeans. However, it is observed that the genetic basis of soybean is restricted due to the unavailability of alleles able to cope with biotic and abiotic stresses fully efficiently. Thus, breeding programs aimed at increasing the genetic variability for the development of more productive and adapted cultivars. Studies regarding new sources of germplasm, such as Plant Introductions - PIs, become necessary for the identification of agronomic traits of interest to breeders. Therefore, the present work has as main objective the evaluation of agronomic performance and the genetic diversity of 93 accesses of soybean, belonging to a panel of diversity in order to obtain data that can be used in the growth of Brazilian soybean breeding programs / Mestre

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Banca: Mauro Alexandre Xavier / Banca: Luciana Aparecida Carlini Garcia / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda / Resumo: A demanda crescente pelo etanol combustível como fonte de energia renovável traz uma série de novos desafios aos programas de melhoramento, uma vez que, atrelado ao aumento da produtividade será necessário o desenvolvimento de novos cultivares de cana-de-açúcar com maior produção de biomassa para sua utilização na produção de energia elétrica e etanol celulósico ou de segunda geração. A incorporação de germoplasma selvagem, como fontes de genes relacionados à fibra, perfilhamento, entre outros, constitui uma das estratégias para promover aumentos significativos de biomassa. Diante deste fato, é de suma importância a caracterização do germoplasma básico, constituído pelos acessos selvagens de cana-de-açúcar (Complexo Saccharum) para a sua utilização como genitores em cruzamentos. O trabalho em questão teve como objetivo a caracterização agronômica, citogenética e molecular de acessos do Complexo Saccharum. Para tanto, foram avaliados os atributos de produção e de qualidade de acessos selvagens de cana, bem como, a magnitude da diversidade genética obtida por marcadores do tipo microssatélites destes acessos e de cultivares comerciais de interesse a serem utilizados no processo de introgressão genética. Paralelamente, foram caracterizados por meio da técnica de citogenética, acessos de cultivares comerciais, citótipos de S.spontaneum e híbridos de indivíduos selecionados de famílias oriundas de cruzamentos entre cultivares comerciais e acessos selvagens. Os resultados aqui obtidos darão suporte ao Programa de Introgressão Genética do Programa de Melhoramento de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico de Campinas (IAC), para desenvolvimento de cultivares com níveis maiores de biomassa / Abstract: The growing demand for ethanol fuel as a renewable source of energy brings several new challenges to the breeding programs, since aside to the productivity increase there is a need to develop new sugarcane cultivars with high biomass production to be used in electricity production and cellulosic ethanol from second generation. The introduction of wild germplasm as a source of new genes for fiber, tillering among others constitutes one of the strategies to promote significant increases in biomass. Therefore, it is of imperative importance to characterize the basic germplasm composed by sugarcane wild accessions focusing on their use as parents in crosses. This project had as objective the characterization at the agronomic, cytogenetic and molecular level of accessions from the Saccharum Complex. The biometric and quality atrtributes of the wild accessions were evaluate at field experiments. The magnitude of the genetic variability of the wild accessions and commercial cultivars used as parents in the IAC genetic introgression program were obtain through microsatellite molecular markers. In addition, commercial varieties, cytotypes of S.spontaneum and hybrids selected from families derived from crosses between cultivars and wild accessions were characterizing by cytogenetic techniques. The obtained results will give support to the Genetic Introgression Program from the IAC Sugarcane Breeding Program in the development of high biomass cultivars / Doutor