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61	Microbial diversity in ground water at the deep-well monitoring site S15 of the radioactive waste depository Tomsk-7, Siberia, Russia Nedelkova, Marta 25 November 2009 (has links) (PDF) Im Grundwasser des radioaktiven Endlagers Tomsk-7, Sibirien, Russland wurde die mikrobielle Diversität mittels der 16Sr DNA-Analyse untersucht. Die Ergebnisse zeigen die Dominanz von Betaproteobakterien, Bacteroidetes und einer neuen "Cyanobacteria-ähnlichen" Gruppe. Methanogene und verschiedene Cluster von Crenarcheota bestimmen die Archaeenpopulation. Autotrophe Bakterien wurden mit der RubisCO-Methode identifiziert und damit die Dominanz der Betaproteobakterien bestätigt. Aus den Gruppen der Alphaproteo- und Aktinobakterien wurden oligotrophe Bakterien isoliert. Diese tolerieren relativ hohe Konzentrationen unterschiedlicher Schwermetalle und wechselwirken effektiv mit Uran. EXAFS-Analysen haben gezeigt, dass bei pH 4,5 die Stämme U(VI) in Form von meta-Autunite immobilisieren. Bei pH 2 wurde das Uran an organische Phosphatreste gebunden. In der Umgebung des Endlagers Tomsk-7 wurden damit Mikroorganismen gefunden, die ein hohes Potential zur Bindung und zum Transport von Radionukliden haben. mikrobielle Diversität autotrophe Bakterien - RubisCO Wechselwirkung mit Schwermetallen Tomsk Endlager Radioaktiver Abfall Vielfalt ddc:620 rvk:AR 22460
62	Structure, biogenèse et expression de la protéine T du complexe de la Glycine décarboxylase des plantes supérieures (Pisum sativum) Vauclare, Pierre 29 March 1996 (has links) (PDF) Nous avons utilisé des anticorps polyclonaux dirigés contre la protéine T du complexe de la glycine décarboxylase (GDC) pour isoler un ADNc de 1430 pb codant pour la protéine T de pois. L'analyse de la séquence nucléotidique a montré que la protéine T était synthétisée sous forme d'un précurseur comportant un peptide de transit mitochondriale de 30 aminoacides précédant la protéine T mature qui comporte 378 aminoacides. La masse déduite de la séquence primaire est de 40 961 Da et correspond exactement à la valeur mesurée au spectromètre de masse, ce qui indique que le cofacteur de la protéine T, le tétrahydrofolate n'est pas fixé de manière covalente sur la protéine. La structure primaire de la protéine T a pu également être confirmée par analyse en HPLC-ESI/MS et par microséquençage des fragments générés par protéolyse chimique de la protéine T purifiée. Des homologies de séquences avec les protéines T de foie de poulet, de boeuf et de pomme de terre, nous ont permis de localiser des régions hautement conservées comportant des résidus chargés positivement qui pourrait être impliquées dans les intéractions avec le tétrahydrofolate. L'étude de l'expression de la protéine T par Northern et Western-blot a montré que la protéine T et les messagers correspondants était principalement présents dans les tissus foliaires et subissaient une forte induction (8 à 10 fois) à la lumière. Disposant de tous les outils moléculaires nécessaires à l'étude de la biogénèse de la GDC, nous avons étudié les modalités de mise en place du complexe au cours du développement de la feuille de pois. Nous avons observé que la capacité d'oxydation des mitochondries de tissus foliaires durant les premiers stades était négligeable pour augmenter de façon dramatique lorsque la feuille était pleinement ouverte (9 jours). En effet, contrairement à la Rubisco qui est présente dans les chloroplastes dès les tout premiers stades du développement, les protéines de la GDC se mettent en place beaucoup plus tardivement au sein de la matrice mitochondriale. Ce chargement en GDC des mitochondries est tellement important qu'il se traduit par une augmentation de leur densité. L'analyse des transcrits des gènes codant pour les protéines de la GDC (P, H et T) et la petite sous unité de la Rubisco révèle qu'ils sont exprimés dès le 4ième jour de croissance, stade où les mitochondries sont incapables d'oxyder la glycine. Cela suggère l'existence d'un contrôle post-transcriptionnel de l'expression des gènes codant pour les protéines P, H et T de la GDC. Nous avons isolé le gène codant pour la protéine T qui est composé de 4 exons et dont la taille approximative est de 3 kpb. Nous avons détecté deux démarrages de transcription dont l'un présente une séquence riche en pyrimidine proche de la séquence Inr (Initiator element). L'analyse de la région promotrice du gène révèle essentiellement trois régions consensus, découvertes chez les gènes nucléaires codant pour la petite sous-unité de la Rubisco et pour la protéine liant les chlorophylles a/b : une région riche en nucléotide AT, un motif GATA en tandem et la boîte II (GGTTAA). Ces séquences semblent être impliquées dans la réponse à la lumière et dans la spécificité tissulaire. L'incubation de la région riche en nucléotides AT et de la boîte II avec un extrait nucléaire provenant de feuilles vertes a permis de caractériser certains facteurs de transcription similaires à ceux présents chez rbcS3,6 et rbcS3A. Dans la perspective de l'étude structurale de la protéine T, nous avons réussi à surexprimer chez E. coli la protéine T, seule ou en tandem avec la protéine H. La présence de nombreux codons rares dans la séquence nucléotidique, nous a amené à construire des vecteurs coexprimant l'ARNt codant pour l'arginine, de façon à permettre la traduction de la protéine dans la bactérie. [SDV:BC] Life Sciences/Cellular Biology protéine T Rubisco
63	Leaf Rubisco turnover variation in a perennial ryegrass (Lolium perenne L.) population : analysis of quantitative trait loci, implications for productivity, and potential for manipulation : a thesis presented in partial fulfilment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Plant Science, Massey University, Institute of Natural Resources, College of Sciences, Palmerston North, New Zealand Khaembah, Edith Nanjala January 2009 (has links) The Grasslands II perennial ryegrass (Lolium perenne L.) mapping population comprising F1 progeny with the two parents (one plant each from the cultivars Samson and Impact) (Crush et al., 2007) was used to detect putative quantitative trait loci (QTL) for leaf Rubisco turnover and herbage yield traits. Rubisco turnover was described by three mathematical parameters: d (maximum Rubisco content), g (time of d) and f (a measure of curve width). All three parameters exhibited continuous variation among the F1 progeny. Sixteen QTL were detected, seven for Rubisco turnover and nine for herbage yield traits. Support interval overlap on linkage group (LG) 1 and close location on LG2 for plant dry weight (DW) QTL in this study and in a previous analysis (Sartie, 2007) of the same mapping population suggests DW QTL stability across environments. Some QTL identified by Sartie (2007) were not re-confirmed in this study, but new QTL were identified. This suggests genotype x environment interaction generated by variable expression of genes in different environments. Clusters of QTL with overlapping support intervals were found on LG2 and LG5. The cluster on LG2 included QTL for herbage yield traits leaf lamina length (LL), tiller number (TN), productivity index (PI) and DW. The cluster on LG5 included QTL for DW, PI, TN, and d. These two regions offer potential for plant breeding applications. Apart from the QTL for d on LG5, there was no co-location of Rubisco turnover and herbage yield QTL. However, principal component analysis indicated plants with lower d tended to have higher DW; thus Rubisco turnover effects on plant productivity may relate to energy cost of Rubisco synthesis rather than photosynthetic capacity. DW was generally unrelated to f and g; therefore, hypothesised nitrogen use inefficiencies arising from premature Rubisco degradation, or retention of Rubisco at leaf senescence, were not confirmed. LG5 and LG7 on which QTL for d were located have conserved syntenic regions with rice chromosomes 8 and 9 where QTL for Rubisco content at different stages during heading were mapped by Ishimaru et al (2001a). Lolium perenne L. Rubisco turnover Plant productivity
64	Microbial diversity in ground water at the deep-well monitoring site S15 of the radioactive waste depository Tomsk-7, Siberia, Russia Nedelkova, Marta 28 October 2005 (has links) Im Grundwasser des radioaktiven Endlagers Tomsk-7, Sibirien, Russland wurde die mikrobielle Diversität mittels der 16Sr DNA-Analyse untersucht. Die Ergebnisse zeigen die Dominanz von Betaproteobakterien, Bacteroidetes und einer neuen "Cyanobacteria-ähnlichen" Gruppe. Methanogene und verschiedene Cluster von Crenarcheota bestimmen die Archaeenpopulation. Autotrophe Bakterien wurden mit der RubisCO-Methode identifiziert und damit die Dominanz der Betaproteobakterien bestätigt. Aus den Gruppen der Alphaproteo- und Aktinobakterien wurden oligotrophe Bakterien isoliert. Diese tolerieren relativ hohe Konzentrationen unterschiedlicher Schwermetalle und wechselwirken effektiv mit Uran. EXAFS-Analysen haben gezeigt, dass bei pH 4,5 die Stämme U(VI) in Form von meta-Autunite immobilisieren. Bei pH 2 wurde das Uran an organische Phosphatreste gebunden. In der Umgebung des Endlagers Tomsk-7 wurden damit Mikroorganismen gefunden, die ein hohes Potential zur Bindung und zum Transport von Radionukliden haben. info:eu-repo/classification/ddc/620 ddc:620
65	Diversity and Mechanism of the Photosynthetic Induction Response among Various Soybean [Glycine max (L.) Merr.] Genotypes / 多様なダイズ遺伝子型における光合成誘導反応の多様性とその機構 Mochamad, Arief Soleh 23 March 2016 (has links) 京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(農学) / 甲第19781号 / 農博第2177号 / 新制\|\|農\|\|1041(附属図書館) / 学位論文\|\|H28\|\|N4997(農学部図書室) / 32817 / 京都大学大学院農学研究科農学専攻 / (主査)教授白岩立彦, 教授奥本裕, 教授稲村達也 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Agricultural Science / Kyoto University / DFAM Photosynthetic induction response Photosynthetic capacity Non-steady state photosynthesis SoyNAM parents Light fluctuating Cumulative CO2 fixation (CCF) Rubisco activase 610
66	Genetic Variations and Physiological Mechanisms Underlying Photosynthetic Capacity in Soybean (Glycine max (L.) Merrill) / ダイズの光合成能力の遺伝変異とその生理的機構に関する研究 SHAMIM, MOHAMMAD JAN 26 September 2022 (has links) 京都大学 / 新制・課程博士 / 博士(農学) / 甲第24240号 / 農博第2519号 / 新制\|\|農\|\|1094(附属図書館) / 学位論文\|\|R4\|\|N5411(農学部図書室) / 京都大学大学院農学研究科農学専攻 / (主査)教授白岩立彦, 教授土井元章, 教授那須田周平 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Agricultural Science / Kyoto University / DFAM soybean and Glycine tomentella Hayata Gas Exchange Soybean core collection GWAS RNA Expression K-Means Clustering Rubisco and nitrogen content 610
67	Interactive Control of Carbon Assimilation, Redox Balance, CBB Expression, Nitrogenase Complex Biosynthesis, Hydrogen Production, and Sulfur Metabolism in RubisCO Compromised Mutant Strains of Nonsulfur Purple Bacteria Laguna, Rick 02 November 2010 (has links) No description available. Microbiology carbon assimilation: redox balance CBB expression nitrogenase complex hydrogen production sulfur metabolism, RubisCO nonsulfur purple bacteria
68	Ecophysiological traits and their responses to drought in species from the Balearic Islands with different growth forms Galmés Galmés, Jeroni 13 March 2006 (has links) Amb l'objectiu d'analitzar com la biodiversitat i l'adaptació al clima mediterrani es tradueixen en una diversitat de trets ecofisiològics i la seva resposta a la sequera, i d'estudiar si aquesta diversitat està relacionada amb formes de creixement i amb la història evolutiva de les espècies, es van seleccionar 24 espècies mediterrànies de les Illes Balears. Es va analitzar la capacitat germinativa, els efectes de la sequera en el creixement de plàntules, respostes ecofisiològiques a la sequera a nivell foliar i l'adaptació de l'especificitat de la Rubisco. Es va observar una elevada variabilitat entre espècies, la meitat de la qual associada a les diferents formes de creixement. No s'observà cap diferenciació entre les espècies endèmiques i les no endèmiques. Aquesta elevada diversitat en els trets ecofisiològics i la seva resposta a la sequera suposa un recurs potencial per identificar caràcters adaptatius i un banc genètic per millorar la productivitat de cultius. / Con el objetivo de analizar como la biodiversidad y la adaptación al clima mediterráneo se traducen en una diversidad de caracteres ecofisiológicos y su respuesta a la sequía, y de estudiar si esta diversidad está relacionada con formas de crecimiento y con la historia evolutiva de las especies, se seleccionaron 24 especies mediterráneas de las Islas Baleares. Se analizaron la capacidad germinativa, los efectos de la sequía sobre el crecimiento de las plántulas, las respuestas ecofisiológicas a la sequía a nivel foliar y la adaptación de la especificidad de la Rubisco. Se observó una elevada variabilidad entre especies, la mitad de la cual asociada a las diferentes formas de crecimiento. No se encontraron diferencias entre las especies endémicas y las no endémicas. Esta elevada biodiversidad en respuesta a la sequía supone un recurso potencial para identificar caracteres adaptativos y un banco genético para la mejora de la productividad de cultivos. / The objectives of this work were to analyze how biodiversity and adaptation to Mediterranean climate is reflected in a diversity of ecophysiological traits and their responses to drought, and to study whether such diversity was related to growth forms and endemicity. The analysis covered the germination capacity, the effects of drought on seedling growth, the leaf ecophysiological responses to drought, and the adaptation of Rubisco specificity, in 24 Mediterranean species from the Balearic Islands. A wide range of variation has been observed among the species, with about half of this variability associated to different growth forms. However, no differentiation was found between endemic and non-endemic species of the Balearic Islands. The high diversity in the ecophysiological traits and their responses to drought found among Mediterranean species must be considered as a 'resource' to identify target adaptive traits for breeding plans, but also as a genetic bank to improve crop productivity. biodiversidad Adaptación water stress stress stomata Rubisco respiration pigments photosynthesis plant Mediterranean Lysimachia minoricensis Limonium germination drought Digitalis minor endemic ecophysiology biodiversity Balearic Islands Adaptation sequera Rubisco respiració pigments planta mediterrània Lysimachia minoricensis Limonium Illes Balears germinació fotosíntesi estrès Digitalis minor dèficit hídric estoma endemisme ecofisiologia biodiversitat Adaptació ecofisiología endemismo estoma déficit hídrico Digitalis minor estrés fotosíntesis germinación Illes Balears Limonium Lysimachia minoricensis Mediterráneo planta pigmentos respiración Rubisco sequía Producció Vegetal 57
69	Diffusion du CO2 dans le mésophylle des plantes à métabolisme C3 PIEL, Clément 15 November 2002 (has links) (PDF) L'activité photosynthétique foliaire est fonction de la disponibilité en CO2 au niveau de la Rubisco dans le chloroplaste. La disponibilité en CO2 est déterminée par une série de limitations au transfert du CO2 entre l'air ambiant et les sites enzymatiques de la Rubisco, qui sont à l'origine d'un gradient de concentration. La limitation à la diffusion du CO2 dans le mésophylle, d'abord dans le réseau des espaces gazeux intercellulaires puis dans la cellule, contribue de manière très significative à ce gradient. Cette limitation est quantifiée sous la forme d'une conductance au transfert du CO2 : la conductance interne (gi). Ce travail de thèse a été consacré à l'étude de la diffusion du CO2 dans le mésophylle des plantes ayant un métabolisme photosynthétique de type C3. Nous avons tout d'abord amélioré l'estimation de gi grâce une méthode d'analyse simultanée des échanges gazeux et de la fluorescence chlorophyllienne. Nous avons ensuite analysé les deux composantes déterminant gi : la limitation dans les espaces gazeux intercellulaires du mésophylle, et la limitation en phase liquide cellulaire. Nous montrons, grâce à une approche originale d'estimation de gi dans une atmosphère à base d'hélium, chez le peuplier, le rosier, le chêne vert et le laurier rose, que la totalité de gi est déterminée par la limitation en phase liquide cellulaire. Enfin, nous avons étudié la variabilité interspécifique et phénotypique de gi. Nous confirmons l'existence d'une corrélation entre gi et l'assimilation maximale pour les différentes espèces étudiées (espèces citées ci-dessus, et chez le noyer et le lamier), et nous montrons que la présumée distinction entre ligneux présentant une faible gi et herbacées présentant une forte gi n'est pas pertinente. Nous montrons également que chez le noyer, une réponse de gi accompagne l'acclimatation foliaire à l'environnement lumineux, et proposons une paramétrisation de gi pour modéliser la photosynthèse. [SDV:BV] Life Sciences/Vegetal Biology photosynthèse foliaire transfert du CO2 conductance interne mésophylle rubisco respiration acclimatation à la lumière échanges gazeux
70	Diversity and production of phytoplankton in the offshore Mississippi River plume and coastal environments [electronic resource] / by Boris Wawrik. Wawrik, Boris. January 2003 (has links) Includes vita. / Title from PDF of title page. / Document formatted into pages; contains 329 pages. / Thesis (Ph.D.)--University of South Florida, 2003. / Includes bibliographical references. / Text (Electronic thesis) in PDF format. / ABSTRACT: River discharge leads to extensive phytoplankton blooms often observed in ocean color satellite images to extend far into the open ocean as high chlorophyll plumes. We investigated diversity, distribution and ecology of phytoplankton populations in the Mississippi River plume, both spatially and in the water column using molecular tools. A method was developed for the quantification of diatom/pelagophyte rbcL (large subunit of Ribulose-1,5-bisphosphate Carboxylase/Oxygenase) mRNA using quantitative PCR and applied to cultures and in the plume. The vertical structure of phytoplankton species in the Mississippi River plume was described by flow cytometry, pigments, rbcL mRNA and rbcL cDNA libraries. High productivity in the plume was associated with a large population of Synechococcus and elevated levels of cellular form IA rbcL mRNA. / ABSTRACT: rbcL cDNA libraries indicated two vertically separated clades of Prochlorococcus (high-light and low-light adapted) in addition to a diverse group of prymnesiophytes and a microdiverse clade of prasinophytes, which may have dominated the SCM (Subsurface Chlorophyll Maximum). In situ sampling and satellite image analysis were used to estimate that the plume accounted for 41% and 13% of all surface water column ix productivity in the oligotrophic Gulf of Mexico, while covering less than 3% of its area. Coastally the plume is dominated by diatoms, which are replaced by a bloom of Synechococcus as the plume moves offshore. Diatoms as indicated by pigments and rbcL clone libraries again dominated the offshore, least productive plume. 15N uptake measurements indicated that rapid recycling of ammonium despite higher levels of nitrate primarily drives production in the offshore plume. / ABSTRACT: rbcL mRNA levels and photosynthetic capacity displayed strong diel patters in three out of four time series sampled during the GRIST (Geochemical Rate/mRNA Integrated Study). In addition it was demonstrated that transcriptional regulation of the global nitrogen regulatory protein NtcA in Synechococcus WH7803 may involve a small cis-encoded anti-sense mRNA. Methods for the generation of large insert BAC (Bacterial Artificial Chromosome) from cultures and the environment were refined. Partial sequencing and genomic comparison of an ntcA containing BAC clone obtained from Synechococcus WH7803 indicated that ntcA is not part of a larger nitrogen assimilation operon in cyanobacteria. / System requirements: World Wide Web browser and PDF reader. / Mode of access: World Wide Web. picoplankton. phytoplankton. gulf of mexico. prochlorococcus. rubisco. gene expression. real-time pcr. microdiversity. recycled production. synechococcus. coastal plume. ntca. grist.

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