Made available in DSpace on 2016-08-17T14:53:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joao Rodrigo Ferreira.pdf: 1547613 bytes, checksum: a9c7e73154b7e9a72733f9f2e20a55fe (MD5) Previous issue date: 2007-12-07 / The lung cancer is a disorder with significant prevalence in several countries worldwide. The hard treatment and the fast progress of the disease increase the mortality rates. The main factor contributing to a successful treatment is an early diagnosis. However possible omissions in the scan analysis can lead to late diagnosis, compromising all the treatment. In order to present a computational tool aimed at nodules detection, that can be used as a second opinion to the specialist, this master thesis proposes a methodology for nodules detection that is totally automatic, robust and consistent. The methodology is based on successive refinements for the segmentation of computed tomography images using morphologic techniques to obtain nodule candidates. The false positive reduction is achieved by SVM based on geometric and texture features. The tests, performed with real scans, indicate the feasibility of the proposed method. In automatic detection performed on 33 cases the methodology reached 95.21% of correctness with 0.42 false positives and 0.15 false negative per scan. / O câncer de pulmão é uma enfermidade com prevalência significativa em diversos países no mundo todo. O difícil tratamento e a progressão rápida da doença fazem com que os índices de mortalidade das pessoas acometidas por este mal sejam muito altos. O principal fator contribuinte para um tratamento de sucesso, entretanto, é o diagnóstico precoce. Contudo possíveis omissões na análise dos exames podem levar a um diagnóstico tardio, comprometendo todo o tratamento. Com o intuito de oferecer uma alternativa computacional de auxílio à detecção de nódulos, servindo como uma segunda opinião para o médico, este trabalho propõe uma metodologia totalmente automática, robusta e consistente. A metodologia é fundamentada em refinamentos sucessivos da segmentação sobre imagens de tomografia computadorizada utilizando técnicas morfológicas para a obtenção de candidatos a nódulo. A redução de falsos positivos é efetivada pelo SVM com base em características geométricas e de textura. Os testes realizados com exames reais indicam a viabilidade da solução proposta. Na detecção automática realizada sobre 33 casos a metodologia atingiu 95,21% de acerto com uma média de 0,42 falsos positivos e 0,15 falsos negativos por exame.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-02T19:31:32Z No. of bitstreams: 1 virginiafernandesmota.pdf: 2597727 bytes, checksum: df1d36b8c756398774e8649591f66a32 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-06T20:02:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 virginiafernandesmota.pdf: 2597727 bytes, checksum: df1d36b8c756398774e8649591f66a32 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-06T20:02:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 virginiafernandesmota.pdf: 2597727 bytes, checksum: df1d36b8c756398774e8649591f66a32 (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Movimento é uma das características fundamentais que refletem a informação semântica em vídeos. Uma das técnicas de estimativa do movimento é o cálculo do fluxo óptico. Este é uma representação 2D (bidimensional) das velocidades aparentes de uma sequência de quadros (frames) adjacentes, ou seja, a projeção 2D do movimento 3D (tridimensional) projetado na câmera. Neste trabalho é proposto um descritor global de movimento baseado no tensor de orientação. O mesmo é formado à partir dos coeficientes dos polinômios de Legendre calculados para cada quadro de um vídeo. Os coeficientes são encontrados através da projeção do fluxo óptico nos polinômios de Legendre, obtendo-se uma representação polinomial do movimento. O descritor tensorial criado é avaliado classificando-se a base de vídeos KTH com um classificador SVM (máquina de vetor de suporte). É possível concluir que a precisão da abordagem deste trabalho supera às encontradas pelos descritores globais encontrados na literatura. / Motion is one of the main characteristics that describe the semantic information of videos. One of the techniques of motion estimation is the extraction of optical flow. The optical flow is a bidimensional representation of velocities in a sequence of adjacent frames, in other words, is the 2D projection of the 3D motion projected on the camera. In this work it is proposed a global video descriptor based on orientation tensor. This descriptor is composed by coefficients of Legendre polynomials calculated for each video frame. The coefficients are found though the projection of the optical flow on Legendre polynomials, obtaining a polynomial representation of the motion. The tensorial descriptor created is evaluated by a classification of the KTH video database with a SVM (support vector machine) classifier. Results show that the precision of our approach is greater than those obtained by global descriptors in the literature.

When forensic examiners try to identify the perpetrator of a felony, they use individual facial marks when comparing the suspect with the perpetrator. Facial marks are often used for identification and they are nowadays found manually. To speed up this process, it is desired to detect interesting facial marks automatically. This master thesis describes a method to automatically detect and separate permanent and non-permanent marks. It uses a fast radial symmetry algorithm as a core element in the mark detector. After candidate skin mark extraction, the false detections are removed depending on their size, shape and number of hair pixels. The classification of the skin marks is done with a support vector machine and the different features are examined. The results show that the facial mark detector has a good recall while the precision is poor. The elimination methods of false detection were analysed as well as the different features for the classifier. One can conclude that the color of facial marks is more relevant than the structure when classifying them into permanent and non-permanent marks. / När forensiker försöker identifiera förövaren till ett brott använder de individuella ansiktsmärken när de jämför den misstänkta med förövaren. Dessa ansiktsmärken identifieras och lokaliseras oftast manuellt idag. För att effektivisera denna process, är det önskvärt att detektera ansiktsmärken automatiskt. I rapporten beskrivs en framtagen metod som möjliggör automatiskt detektion och separation av permanenta och icke-permanenta ansiktsmärken. Metoden som är framtagen använder en snabb radial symmetri algoritm som en huvuddel i detektorn. När kandidater av ansiktsmärken har tagits, elimineras alla falska detektioner utifrån deras storlek, form och hårinnehåll. Utifrån studiens resultat visar sig detektorn ha en god känslighet men dålig precision. Eliminationsmetoderna av falska detektioner analyserades och olika attribut användes till klassificeraren. I rapporten kan det fastställas att färgskiftningar på ansiktsmärkena har en större inverkan än formen när det gäller att sortera dem i permanenta och icke-permanenta märken.

L’imagerie multi-modale Tomographie par émission de positons (TEP)/ Tomodensitométrie(TDM) est la modalité d’imagerie la plus utilisée pour le diagnostic et le suivi des patients en oncologie. Les images obtenues par cette méthode offrent une cartographie à la fois de la densité des tissus (modalité TDM) mais également une information sur l’activité métabolique des lésions tumorales (modalité TEP). L’analyse plus approfondie de ces images acquises en routine clinique a permis d’extraire des informations supplémentaires quant à la survie du patient ou à la réponse au(x) traitement(s). Toutes ces nouvelles données permettent de décrire le phénotype d’une lésion de façon non invasive et sont regroupées sous le terme de Radiomics. Cependant, le nombre de paramètres caractérisant la forme ou la texture des lésions n’a cessé d’augmenter ces dernières années et ces données peuvent être sensibles à la méthode d’extraction ou encore à la modalité d’imagerie employée. Pour ces travaux de thèse, la variabilité de ces caractéristiques a donc été évaluée sur les images TDM et TEP à l’aide d’une cohorte test-retest : pour chaque patient, deux examens effectués dans les mêmes conditions, espacés d’un intervalle de l’ordre de quelques jours sont disponibles. Les métriques reconnues comme fiables à la suite de cette analyse sont exploitées pour l’étude de la survie des patients dans le cadre du cancer du poumon. La construction d’un modèle pronostique à l’aide de ces métriques a permis, dans un premier temps, d’étudier la complémentarité des informations fournies par les deux modalités. Ce nomogramme a cependant été généré par simple addition des facteurs de risque. Dans un second temps, les mêmes données ont été exploitées afin de construire un modèle pronostique à l’aide d’une méthode d’apprentissage reconnue comme robuste : les machines à vecteurs de support ou SVM (support vector machine). Les modèles ainsi générés ont ensuite été testés sur une cohorte prospective en cours de recrutement afin d’obtenir des résultats préliminaires sur la robustesse de ces nomogrammes. / Positron emission tomography (PET) / Computed tomography (CT) multi-modality imaging is the most commonly used imaging technique to diagnose and monitor patients in oncology. PET/CT images provide a global tissue density description (CT images) and a characterization of tumor metabolic activity (PET images). Further analysis of those images acquired in clinical routine supplied additional data as regards patient survival or treatment response. All those new data allow to describe the tumor phenotype and are generally grouped under the generic name of Radiomics. Nevertheless, the number of shape descriptors and texture features characterising tumors have significantly increased in recent years and those parameters can be sensitive to exctraction method or whether to imaging modality. During this thesis, parameters variability, computed on PET and CT images, was assessed thanks to a test-retest cohort : for each patient, two groups of PET/CT images, acquired under the same conditions but generated with an interval of few minutes, were available. Parameters classified as reliable after this analysis were exploited for survival analysis of patients in the context of non-small cell lug cancer (NSCLC).The construction of a prognostic model with those metrics permitted first to study the complementarity of PET and CT texture features. However, this nomogram has been generated by simply adding risk factors and not with a robust multi-parametric analysis method. In the second part, the same data were exploited to build a prognostic model using support vector machine (SVM) algorithm. The models thus generated were then tested on a prospective cohort currently being recruited to obtain preliminary results as regards the robustness of those nomograms.

Une utilisation efficace et coordonnée des systèmes installés dans le bâtiment doit permettre d’améliorer le confort des occupants tout en consommant moins d’énergie. Ces objectifs à optimiser sont pourtant antagonistes. Le problème résultant peut être alors vu comme un problème d’optimisation multicritères. Par ailleurs, pour répondre aux enjeux industriels, il devra être résolu non seulement dans une optique d’implémentation simple et peu coûteuse, avec notamment un nombre réduit de capteurs, mais aussi dans un souci de portabilité pour que le contrôleur résultant puisse être implanté dans des bâtiments d’orientation différente et situés dans des lieux géographiques variés.L’approche choisie est de type commande prédictive (MPC, Model Predictive Control) dont l’efficacité pour le contrôle du bâtiment a déjà été illustrée dans de nombreux travaux, elle requiert cependant des efforts de calcul trop important. Cette thèse propose une méthodologie pour la synthèse des contrôleurs, qui doivent apporter une performance satisfaisante en imitant les comportements du MPC, tout en répondant à des contraintes industriels. Elle est divisée deux grandes étapes :1. La première étape consiste à développer un contrôleur MPC. De nombreux défis doivent être relevés tels que la modélisation, le réglage des paramètres et la résolution du problème d’optimisation.2. La deuxième étape applique différents algorithmes d’apprentissage automatique (l’arbre de décision, AdaBoost et SVM) sur une base de données obtenue à partir de simulations utilisant le contrôleur prédictif développé. Les grands points levés sont la construction de la base de données, le choix de l’algorithme de l’apprentissage et le développement du contrôleur logique.La méthodologie est appliquée dans un premier temps à un cas simple pour piloter un volet,puis validée dans un cas plus complexe : le contrôle coordonné du volet, de l’ouvrant et dusystème de ventilation. / An efficient and coordinated control of systems in buildings should improve occupant comfort while consuming less energy. However, these objectives are antagonistic. It can then be formulated as a multi-criteria optimization problem. Moreover, it should be solved not only in a simple and cheap implementation perspective, but also for the sake of adaptability of the controller which can be installed in buildings with different orientations and different geographic locations.The MPC (Model Predictive Control) approach is shown well suited for building control in the state of the art but it requires a big computing effort. This thesis presents a methodology to develop logical controllers for equipments in buildings. It helps to get a satisfactory performance by mimicking the MPC behaviors while dealing with industrial constraints. Two keys steps are required :1. In the first step, an optimal controller is developed with hybrid MPC technique. There are challenges in modeling, parameters tuning and solving the optimization problem.2. In the second step, different Machine Learning algorithms (Decision tree, AdaBoost, SVM) are tested on database which is obtained with the simulation with the MPC controller. The main points are the construction of the database, the choice of learning algorithm and the development of logic controller.First, our methodology is tested on a simple case study to control a blind. Then, it is validatedwith a more complex case : development of a coordinated controller for a blind, natural ventilationand mechanical ventilation.

With the continuous expansion of data availability in many large-scale, complex, and networked systems, such as surveillance, security, the Internet, and finance, it becomes critical to advance the fundamental understanding of knowledge discovery and analysis from raw data to support decision-making processes. Existing knowledge discovery and data analyzing techniques have shown great success in many real-world applications such as applying Automatic Target Recognition (ATR) methods to detect targets of interest in imagery, drug activity prediction, computer vision recognition, and so on. Among these techniques, Multiple-Instance (MI) learning is different from standard classification since it uses a set of bags containing many instances as input. The instances in each bag are not labeled | instead the bags themselves are labeled. In this area many researchers have accomplished a lot of work and made a lot of progress. However, there still exist some areas which are not covered. In this thesis, we focus on two topics of MI learning: (1) Investigating the relationship between MI learning and other multiple pattern learning methods, which include multi-view learning, data fusion method and multi-kernel SVM. (2) Dealing with the class imbalance problem of MI learning. In the first topic, three different learning frameworks will be presented for general MI learning. The first uses multiple view approaches to deal with MI problem, the second is a data fusion framework, and the third framework, which is an extension of the first framework, uses multiple-kernel SVM. Experimental results show that the approaches presented work well on solving MI problem. The second topic is concerned with the imbalanced MI problem. Here we investigate the performance of learning algorithms in the presence of underrepresented data and severe class distribution skews. For this problem, we propose three solution frameworks: a data re-sampling framework, a cost-sensitive boosting framework and an adaptive instance-weighted boosting SVM (with the name IB_SVM) for MI learning. Experimental results - on both benchmark datasets and application datasets - show that the proposed frameworks are proved to be effective solutions for the imbalanced problem of MI learning.

Depuis 2007, une nouvelle génération de capteurs RSO (RADAR à Synthèse d'Ouverture) a été mise en orbite. Ces capteurs (TerraSAR-X, Cosmo-SkyMed, RADARSAT-2, Sentinel) sont caractérisés par des résolutions spatiales métriques à la différence des capteurs précédents (ERS, JERS, ALOS, ASAR) de résolution spatiale d'une vingtaine de mètres. La résolution spatiale métrique met en évidence une information texturale intéressante qui était inaccessible avec les RSO satellitaires existants précédemment. Les travaux de cette thèse ont pour but d'évaluer le potentiel de l'analyse texturale des images RADAR à haute résolution spatiale, pour la classification des forêts tropicales. Trois différents sites d'étude avec différentes problématiques ont été choisis pour évaluer l'apport de l'analyse texturale au Cambodge, Cameroun et Brésil. La méthode d'analyse texturale des images est réalisé moyennant les paramètres de texture de Haralick, paramètres statistique de second ordre. Une classification supervisée, en utilisant la méthode SVM (Support Vector Machine) a été adopté pour évaluer l'apport des paramètres de texture utilisés / Since 2007, a new generation of SAR sensors (Synthetic Aperture RADAR) was launched. These sensors (TerraSAR-X, Cosmo-SkyMed, RADARSAT-2, and Sentinel) are characterized by metric spatial resolutions unlike previous sensors (ERS, JERS, ALOS, ASAR) with a spatial resolution of about twenty meters. Metric spatial resolution highlights interesting textural information that was inaccessible with the previously existing SAR sensors. This thesis aims at evaluating the contribution of textural analysis from high spatial resolution images for tropical forests mapping. Three different study sites with different problematic have been chosen to evaluate the textural analysis in Cambodia, Cameroun and Brazil. Indeed, the contribution of the analysis of textural information for classification has been emphasized. The latter is understood through the analysis of Haralick textural parameters, second order statistic parameters. The retained algorithm of classification is the SVM (Support Vector Machine), as it allows taking into account numerous parameters, which can be heterogeneous with respect to their physical dimension

Rapporten undersöker hur man ska gå tillväga för att implementera en support vector machinesom kan klassificera olika former i bilder med hjälp av OpenCV libraryt i Python. Dettakommer att göras genom att beräkna scale-invariant features. De scale-invariant features somkommer undersökas är simple features och Hu moments. Dessa features ska sedantillsammans med sina tillhörande labels matas in i en SVM för träning. SVM ska därefterkunna urskilja mellan olika former baserat på deras scale-invariant feature. Rapportenundersöker även vilken av Hu moments och simple features som fungerar bäst för attklassificera former i bilder. Rapporten tittar också på tidigare forskning i området ochrapporter som täcker olika sätt att extrahera former ut bilder.Nyckelord: Flerklass klassificering, SVM, stödvektormaskin, övervakat / The report examines the possibility to implement a support vector machine that can classifydifferent shapes in images, with the help of the OpenCV library in Python. This will be donethrough calculating scale-invariant features. The scale-invariant features that will beimplemented are simple features and Hu moments. These features will in combination withtheir labels be fed to the SVM for training. The SVM should then be able to distinguishbetween different shapes based on scale-invariant features. The report will also examinewhich of the Hu moments and simple features give the best results in classifying shapes inimages. The report also looks at earlier reports in the same area and reports covering differentways of detecting shapes in images.

Aktinomyzeten sind ein Teil der residenten Flora des menschlichen Verdauungstraktes, des Urogenitalsystems und der Haut. Die zeitraubende Isolation und Identifikation der Aktinomyzeten durch konventionelle Methoden stellt sich häufig als sehr schwierig dar. In den letzten Jahren hat sich jedoch die Matrix-unterstützte Laser-Desorption/Ionisation-Flugzeit-Massenspektrometrie (MALDI-TOF-MS) als Alternative zu etablierten Verfahren entwickelt und stellt heutzutage eine schnelle und simple Methode zur Bakterienidentifikation dar. Unsere Studie untersucht den Nutzen dieser Methode für eine schnelle und zuverlässige Identifizierung von oralen Aktinomyzeten, die aus dem subgingivalen Biofilm parodontal erkrankter Patienten isoliert wurden. In dieser Studie wurden elf verschiedene Referenzstämme aus den Stammsammlungen ATCC und DSMZ und 674 klinische Stämme untersucht. Alle Stämme wurden durch biochemische Methoden vorab identifiziert und anschließend ausgehend von den erhobenen MALDI-TOF-MS-Daten durch Ähnlichkeitsanalysen und Klassifikationsmethoden identifiziert und klassifiziert. Der Genotyp der Referenzstämme und von 232 klinischen Stämmen wurde durch Sequenzierung der 16S rDNA bestimmt. Die Sequenzierung bestätigte die Identifizierung der Referenzstämme. Diese und die zweifelsfrei durch 16S rDNA Sequenzierung identifizierten Aktinomyzeten wurden verwendet, um eine MALDI-TOF-MS-Datenbank zu erstellen. Methoden der Klassifikation wurden angewandt, um eine Differenzierung und Identifikation zu ermöglichen. Unsere Ergebnisse zeigen, dass eine Kombination aus Datenerhebung mittels MALDI-TOF-MS und deren Verarbeitung mittels SVM-Algorithmen eine gute Möglichkeit für die Identifikation und Differenzierung von oralen Aktinomyzeten darstellt.

Cette thèse présente une étude pour l'interprétation automatique d'images en milieu urbain. Nous proposons une application permettant de reconnaître différents monuments au sein d'images représentant des scènes complexes. La problématique principale est ici de différencier l'information locale extraite des points d'intérêt du bâtiment recherché parmi tous les points extraits de l'image. En effet, la particularité d'une image en milieu urbain vient de la nature publique de la scène. L'objet que l'on cherche à identifier est au milieu de divers autres objets pouvant interférer avec ce dernier. Nous présentons dans une première partie un état de l'art des méthodes de reconnaissance d’images en se concentrant sur l'utilisation de points d'intérêts locaux ainsi que des bases de données pouvant être employées lors des phases d'expérimentation. Nous retenons au final le modèle de sac de mots (BOW) appliqué aux descripteurs locaux SIFT (Scale-Invariant Feature Transform). Dans un second temps nous proposons une approche de classification des données locales faisant intervenir le modèle de machine à vecteurs de support (SVM). L'intérêt présenté dans cette approche proposée est le faible nombre de données requises lors de la phase d'entraînement des modèles. Différentes stratégies d'entraînement et de classification sont exposées ici. Une troisième partie suggère l'ajout d'une correction géométrique de la classification obtenue précédemment. Nous obtenons ainsi une classification non seulement de l'information locale mais aussi visuelle permettant ainsi une cohérence géométrique de la distribution des points d'intérêt. Enfin, un dernier chapitre présente les résultats expérimentaux obtenus, notamment sur des bâtiments de Paris et d'Oxford / This thesis presents a study for an automatic interpretation of urban images. We propose an application for the retrieval of different landmarks in images representing complex scenes. The main issue here is to differentiate the local information extracted from the key-points of the desired building from all the points extracted within the entire image. Indeed, an urban area image is specific by the public nature of the scene depicted. The object sought to be identified is fused within various other objects that can interfere. First of all, we present a state of the art about image recognition and retrieval methods focusing on local points of interest. Databases that can be used during the phases of experimentation are also exposed in a second chapter. We finally retain the Bag of Words modèle applied to local SIFT descriptors. In a second part, we propose a local data classification approach involving the Support Vector Machine model. The interest shown with this proposed approach is the low number of data required during the training phase of the models. Different training and classification strategies are also discussed. A third step suggests the addition of a geometric correction on the classification obtained previously. We thus obtain a classification not only for the local information but also for the visual information allowing thereby a geometric consistency of the points of interest. Finally, a last chapter presents the experimental results obtained, in particular involving images of buildings in Paris and Oxford