Made available in DSpace on 2016-04-07T13:21:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 monete_gomes_ioc_dout_2014.pdf: 17494099 bytes, checksum: f62cd38280e24c9b275f4d31899e443a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Protozoários são organismos unicelulares que causam várias doenças que atingem tanto humanos como animais. Essas doenças causam ônus econômicos principalmente em regiões tropicais e subtropicais. Atualmente, não existem vacinas comercialmente disponíveis e não há tratamento eficaz para tais doenças. Isso se deve ao fato dos fármacos disponíveis apresentarem muitos efeitos colaterais e estarem propensos ao desenvolvimento de resistência. A maioria desses fármacos foi descoberta através da seleção de um grande número de compostos contra parasitas íntegros. Porém, nos últimos anos, uma nova abordagem vem ganhando espaço sob o termo de \201Cdesenho racional de fármacos\201D. Este termo representa a busca por compostos contra alvos moleculares específicos, visando diferença bioquímicas e fisiológicas entre o parasita e o hospedeiro. A era pós-genômica gerou uma grande quantidade de informações que vem permitindo a identificação de novos alvos. Neste contexto, a partir de dados dos proteomas de 23 protozoários dos gêneros Entamoeba, Giardia, Trichomonas, Trypanosoma, Leishmania, Cryptosporidium, Plasmodium, Toxoplasma, Babesia e Theileria, realizamos buscas para a identificação de enzimas isofuncionais não-homólogas (NISE) que possam ser futuramente priorizadas como alvos terapêuticos. Em nossa metodologia utilizamos a ferramenta AnEnPi localmente para buscar nas sequencias proteicas por enzimas funcionalmente análogas. Utilizando os dados provindos do KEGG, primeiro houve uma etapa de clusterização das estruturas primárias de todas as enzimas anotadas com o mesmo EC (Enzyme comission). Para isso utilizou-se uma pontuação (score) de similaridade no BLASTP de 120, como parâmetros de corte Encontramos 812 Ecs com mais de um cluster e 1778 com um único cluster. Após isso, foi realizado um passo de inferência funcional na qual um novo BLASTP foi feito e assumido como ponto de corte o e-value de 10-20. Nesse BLASTP foram comparadas todas as proteínas preditas nos protozoários contra todos os clusters. Desses dados identificamos, inicialmente, 54 potenciais NISEs, e a partir destes fizemos as validações no SUPERFAMILY manualmente. Confirmamos 24 ECs com casos de NISE como potenciais alvos para estudos futuros de validação deste e proposição de fármacos. Além disso, buscamos em 3 bancos de dados principais de alvos terapêuticos, TDTARGETS, TTD e PDTD pelos ECs identificados como possíveis alvos, e encontramos a ocorrência de algumas dessas enzimas já sendo estudadas como alvos. Além disso, selecionamos alguns casos de NISE de acordo com critérios estabelecidos por nós para modelagem comparativa através da ferramenta MODELLER, para a visualização da diferença em suas estruturas 3D. A maioria dos modelos obtidos, de acordo com os resultados dos programas de validação PROCHECK e ERRAT, precisaram ser refinados. Utilizamos a minimização de energia para tal tarefa através do portal KoBaMIN. Todas as enzimas modeladas tiveram diferenças ou na topologia geral, ou nos cofatores e coenzimas utilizados para sua atividade catalítica / Protozoa are unicellular organisms that cause several diseases affecting both humans and animals. These diseases cause economic burden mainly in subtropical and tropical regions. Currently there are no commercially available vaccines and there is no effective treatment for such diseases. This is because the available drugs present many side effects and are prone to development of resistance. Most of these drugs were discovered through the selection of a large number of compounds against entire parasites. However, in recent years, a new approach has been gaining ground within the term "rational drug design". This term represents the search for compounds against specific molecular targets, aiming biochemical and physiological differences between the parasite and the host. The post-genomic era has generated a large amount of information which has been enabling identification of new targets. In this context, from the proteomes data of 23 protozoa from genera Entamoeba, Giardia, Trichomonas, Trypanosoma, Leishmania, Crytptosporidium, Plasmodium, Toxoplasma, Babesia and Theileria, we perform searches to identify non-homologous isofunctional enzymes (NISE) that may be in future prioritized as therapeutical targets. In our methodology we use the tool AnEnPi locally to search in protein sequences for functionally analogous enzymes. Using the data from the KEGG, there was a first clustering step of all the enzymes primary structures annotated with the same EC (Enzyme Comission). For this we used a score similarity in BLASTP of 120 as cut-off. We found 812 EC with more than one cluster and 1778 with a single cluster. After this, we performed a functional inference step in which a new BLASTP was done and assumed as a cutoff the e-value of 10-20. On this BLASTP all protozoa predicted proteins were compared against all clusters. From these data we identify, initially, 54 potential NISEs, and from these we did the validation on SUPERFAMILY database manually. We confirmed 24 ECs with NISE cases as potential targets for future validation studies and proposition of drugs. In addition, we searched in 3 major databases of therapeutical targets, TDRTARGETS, TTD and PDTD for the ECs identified as possible targets, and we found the occurrence of some of these enzymes already have been studied as targets. Also we selected some cases of NISEs according to criteria settled by us to comparative modeling by MODELLER tool, for visualization of the difference in their 3D structures. Most models obtained, in accordance with the validation results from softwares PROCHECK and ERRAT, needed to be refined. We use minimizing energy for such task through the KoBaMIN portal. All enzymes modeled had differences or in the overall topology, or in the cofactors and the coenzymes used.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias Agrarias. Programa de Pós-Graduação em Ciência dos Alimentos / Made available in DSpace on 2013-07-15T23:27:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 227380.pdf: 266908 bytes, checksum: 387bb3c5ce33225c021495a54880ce31 (MD5) / A percepção do gosto, sabor, aroma, textura, sensações térmicas e picantes provocadas por alimentos apresentam mudanças dinâmicas em intensidade com o tempo. O método tempointensidade (TI), em desenvolvimento desde a década de 50, tem se mostrado uma ferramenta indispensável para estudos dinâmicos em análise sensorial. Seu desenvolvimento inicia-se com a coleta manual de dados, avança com o desenvolvimento da informática e a tecnologia web. Junto ao desenvolvimento tecnológico, surgem novas técnicas de análise e interpretação dos dados tempo-intensidade. A disponibilidade de sistemas computadorizados de coleta e tratamento de dados tem dispertado interesse dos pesquisadores para a realização de estudos sensoriais dinâmicos. A maioria dos sistemas comerciais de análise sensorial incluem o método tempointensidade, porém, possuem um custo muito elevado. O protótipo TI-Web foi desenvolvido como uma solução de baixo custo para viabilizar estudos sensoriais com o método tempointensidade. O protótipo possibilita a programação de testes sensoriais, a coleta de dados através de uma escala de tempo-intensidade, a visualização de dados coletados e das curvas TI e a extração de alguns parâmetros das curvas. O protótipo TI-Web foi utilizado com sucesso na obtenção de parâmetros curvas TI para o atributo doçura, permitindo a seleção de julgadores para estudos futuros com edulcorantes. A validação do protótipo TI-Web foi realizada a partir de um estudo de avaliação de características dinâmicas do gosto doce em soluções de sacarose, aspartame e da mistura ciclamato/sacarina 2:1 em equivalência de doçura através da metodologia de tempo-intensidade. Os resultados tempo-intensidade revelaram um cenário mais compreensivo das características de doçura das amostras estudadas. Através deste estudo pôde-se concluir que a amostra de sacarose apresentou uma persistência significativamente maior na intensidade do gosto doce do que a amostra ciclamato/sacarina 2:1. O protótipo TI-Web permitiu a coleta de dados e a extração dos parâmetros de tempo-intensidade.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias Agrarias. Programa de Pós-Graduação em Ciência dos Alimentos / Made available in DSpace on 2013-07-15T23:41:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 214340.pdf: 266908 bytes, checksum: 387bb3c5ce33225c021495a54880ce31 (MD5) / A percepção do gosto, sabor, aroma, textura, sensações térmicas e picantes provocadas por alimentos apresentam mudanças dinâmicas em intensidade com o tempo. O método tempointensidade (TI), em desenvolvimento desde a década de 50, tem se mostrado uma ferramenta indispensável para estudos dinâmicos em análise sensorial. Seu desenvolvimento inicia-se com a coleta manual de dados, avança com o desenvolvimento da informática e a tecnologia web. Junto ao desenvolvimento tecnológico, surgem novas técnicas de análise e interpretação dos dados tempo-intensidade. A disponibilidade de sistemas computadorizados de coleta e tratamento de dados tem dispertado interesse dos pesquisadores para a realização de estudos sensoriais dinâmicos. A maioria dos sistemas comerciais de análise sensorial incluem o método tempointensidade, porém, possuem um custo muito elevado. O protótipo TI-Web foi desenvolvido como uma solução de baixo custo para viabilizar estudos sensoriais com o método tempointensidade. O protótipo possibilita a programação de testes sensoriais, a coleta de dados através de uma escala de tempo-intensidade, a visualização de dados coletados e das curvas TI e a

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-graduação em Engenharia Mecânica / Made available in DSpace on 2012-10-20T19:20:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 209020.pdf: 24136712 bytes, checksum: fc907e87f6a29821430128da6a521565 (MD5) / A qualidade do ar em interiores é um dos temas mais discutidos atualmente em condicionamento de ambientes, principalmente devido ao recrudescimento de diversos problemas a ela relacionados. Neste trabalho, o assunto foi analisado em profundidade, envolvendo aspectos como sua evolução histórica, os problemas mais comuns, as soluções, os métodos de análise e os instrumentos empregados para verificá-la. Através deste conjunto de conhecimentos, identificou-se a poluição biológica do ar ambiente como a linha a ser explorada, com ênfase para a transmissão de doenças infecciosas. Como a maioria dos estudos na área apresenta-se como análises epidemiológicas de casos já diagnosticados e em função da quase completa ausência de ferramentas para previsão do risco de transmissão em ambientes ocupados, propõe-se aqui a simulação numérica como método alternativo para avaliá-lo. Restringindo-se à transmissão de doenças infecciosas do aparelho respiratório, foi realizada uma ampla revisão bibliográfica sobre os processos físicos, químicos e biológicos relacionados ao mesmo. Desta revisão, a tuberculose foi escolhida como alvo de aplicação final do trabalho. Apesar deste direcionamento para a tuberculose, a modelação foi desenvolvida de forma a adaptar-se para o estudo de outras doenças transmitidas pelo ar. Conhecimentos específicos sobre a emissão de aerossóis contaminados, a etiologia das doenças, a aerobiologia de interiores, a microbiologia de espécies patogênicas, o transporte de particulado, a interação aerossol-ar, dentre outros, formam a base teórica do presente modelo. Cada um dos processos envolvidos no ciclo de transmissão da doença (produção de aerossol contaminado, evolução da viabilidade dos microorganismos, transporte partícula-ar, dispersão de partículas contaminadas, escoamento turbulento, transporte de calor e massa em ambientes e deposição de partículas no trato respiratório humano) foi representado por sub-modelos. O trabalho aplica o modelo a uma situação simplificada e apresenta como resultados mais importantes, a previsão do risco de infecção da tuberculose e da influência de alguns parâmetros do problema sobre o mesmo.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica. / Made available in DSpace on 2012-10-22T02:07:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 204479.pdf: 2741599 bytes, checksum: 2c2cde6645e67b7ffdef64b986645070 (MD5) / O objetivo do trabalho é propor um Sistema de Apoio à Decisão (SAD), com abordagem híbrida, utilizando Simulação e Redes de Petri como técnicas de modelagem de processos de fabricação e um Sistema Especialista para auxiliar em sua utilização. O SAD proporciona uma interface amigável para o usuário que, a partir da seleção de parâmetros de entrada, obtém como resposta uma série de dados sobre o processo de fabricação, que auxiliam na avaliação de seu desempenho. Para validar a proposta do SAD, alguns cenários particulares ao modelo de uma empresa foram testados, com objetivo de elaborar um conjunto de propostas para aprimorar o desempenho do seu sistema produtivo, avaliar impactos de alterações de parâmetros do modelo e prover melhor compreensão do sistema como um todo para auxiliar no processo de tomada de decisão e documentação da planta produtiva. Algumas alterações significativas foram sugeridas a partir de resultados obtidos na avaliação destes cenários. O sistema mantém um histórico de dados com os parâmetros selecionados e com os resultados obtidos, para que não seja necessário repetir testes com cenários já executados e com objetivo de estabelecer um comparativo entre resultados alcançados. Simulação, que constitui o principal módulo do protótipo, mostrou-se uma ferramenta adequada para construir o modelo do processo e servir de apoio na resolução de questões típicas do tipo what-if. Redes de Petri foram eficientes para validar estruturalmente os cenários do modelo proposto no simulador. O SAD possibilita que gestores, sem conhecimento de técnicas de modelagem, possam manipular dados e interagir com o modelo desenvolvido. O protótipo desenvolvido é genérico para processos de fabricação, sendo sua utilização possível para qualquer planta industrial, desde que os parâmetros do modelo sejam ajustados, com auxílio da interface de entrada de dados do sistema. Os resultados alcançados na utilização do SAD mostraram-se adequados para o modelo da empresa considerada como case de validação do protótipo, pois várias considerações sobre o desempenho do processo foram possíveis através de sua utilização.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. / Made available in DSpace on 2012-10-18T21:49:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2016-01-09T04:33:03Z : No. of bitstreams: 1 171161.pdf: 52869014 bytes, checksum: fe3f0cb9d69340606f60583e2003afb8 (MD5) / Este trabalho trata da apresentação e o desenvolvimento de uma metodologia para o estudo de problemas com frentes livres existentes em processos em que há o enchimento de uma cavidade, como em processos de fundição ou injeção de plástico. Na primeira parte do texto são detalhados vários aspectos da aplicação do método de volumes finitos usando malhas de Voronoi para o mapeamento do domínio. Problemas clássicos da mecânica dos fluidos computacional são simulados usando esta metodologia. Problemas bi e tridimensionais são investigados. Na continuação do texto, uma metodologia para a captura de frente livre de escoamento é adaptada para o uso de malhas de Voronoi e investigado o enchimento de uma cavidade com fluidos newtonianos e não-newtonianos. Para esta última classe de fluidos foram realizadas comparações com os resultados obtidos utilizando-se um código computacional comercial.

Resumo: Nas regiões tropicais, como a Bacia Litorânea do Estado do Paraná os fenômenos pluviométricos são naturalmente mais intensos do que nas regiões temperadas, provocando assim um desequilíbrio mas acentuados no ciclo hidrológico. A presença da Serra do Mar na Bacia Hidrográfica Litorânea do Estado do Paraná faz os fenômenos fluviométricos serem acelerados devido a topografia bem acentuada. Desta forma, o processo chuva-vazão é violentamente rápido e intenso. Entretanto, não há até hoje, nenhum trabalho que desenvolvesse um modelo matemático sobre o processo chuva-vazão da região. O presente trabalho teve como principal objetivo desenvolver um programa computacional do Modelo de Tanque, que seja adequado para as Bacias Marumbi e Nhundiaquara pertencentes a Bacia Hidrográfica Litorânea do Estado do Paraná, e avaliar o processo chuva-vazão das mesmas. A calibração do modelo foi realizado pelo método de tentativa e erro e teve como dados de entrada precipitação, vazão medida, ETR estimada. A calibração apresentou razoavelmente bons resultados, principalmente na parte de recessão dos hidrogramas. A função erro utilizada no Modelo de Tanque apresentou uma média de 44 % para Fi e 38 % para F2 na Bacia Marumbi e 44 % para Fi e 36 % para F2 na Bacia Nhundiaquara. Os coeficientes de escoamento e infiltração utilizados para calibrar o modelo tiveram comportamentos semelhantes nos anos estudados (1978 a 1995). O escoamento de base ficou em média com 61,53 % do escoamento total na Bacia Marumbi e 57,3 % na Bacia Nhundiaquara, indicando que ambas bacias tem boa capacidade de armazenamento.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:02:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4156.pdf: 3631906 bytes, checksum: bf30574504bf3edbe32d001686b535f4 (MD5) Previous issue date: 2011-05-12 / The aim of this dissertation is to introduce a simulation tool called Easy Java Simulations (EJS), created by Francisco Esquembre, and also to provide guidelines to Physics teacher at the High School level in how it could be used by promoting differentiated learning activities for his students. An analysis of the strength of the tool EJS is performed and it is introduced the whole basic and necessary procedure for constructing a simulation, from the mathematical modeling of the evolution of the physical system until the elaboration of the interface that allows the visualization of the graphic elements. As a final product of the dissertation, it is presented an introductory guide to EJS for all teachers interested in learning and applying it within the classroom. It is intended that this work could motivate the teacher to improve his professional practice, breaking up with the actual classroom environment, based essentially on lectures and recitation classes, and through a continuous work of study and reflection, he could turn Physics teaching more efficient at the High School, since a significant portion of the students has shown little or none interest in studying Physics. Keywords: EJS. Easy Java Simulations. Physics Teaching. Teacher Preparation. Physics Simulation / O objetivo deste trabalho é apresentar a ferramenta de simulação Easy Java Simulations (EJS), criada por Francisco Esquembre, e mostrar ao professor do Ensino Médio, através de alguns exemplos e de um guia básico sobre o EJS, como ele pode usá-la para preparar atividades de aprendizagem diferenciadas aos seus alunos. Faz-se uma análise da potencialidade da ferramenta EJS e apresenta-se todo o procedimento básico e necessário para a construção de uma simulação, desde o modelo matemático usado para modelar a evolução do sistema físico em estudo, até a preparação da interface gráfica que permite a visualização dos elementos gráficos. Como produto final da dissertação do Mestrado Profissional, apresenta-se um guia básico do EJS para aquele professor que estiver disposto e motivado em aprender os rudimentos do EJS e aplicá-los em sala de aula. Espera-se que este trabalho seja um convite para o professor melhorar a sua prática profissional, rompendo-se com uma formação ambiental, de caráter repetitivo, e que, a partir de um trabalho contínuo de estudo e de reflexão, ele possa tornar o Ensino de Física no Ensino Médio eficiente, já que uma parcela significativa dos alunos demonstra pouco, ou nenhum, interesse pelo estudo de Física.

Modelos computacionais de aqüíferos subterrâneos podem ser construídos para auxiliar a tomada de decisão na gestão de recursos hídricos, simulando situações variadas em condições adversas e visando propor soluções para acidentes ambientais, tais como problemas de contaminação por substâncias tóxicas que afetem a qualidade da água a ser consumida. Os modelos computacionais para aqüíferos consideram o escoamento da água num meio poroso e o transporte do contaminante na água. Modelos de aproximação e discretização no tempo e no espaço como o modelo de diferenças finitas, volumes finitos e elementos finitos são geralmente utilizados com este propósito. Este trabalho apresenta uma metodologia que envolve simulações computacionais pelo método dos elementos finitos e um algoritmo genético paralelizado, para a seleção da solução mais adequada na alocação de poços de remediação, os quais irão retirar a água contaminada do aqüífero. É levado em consideração o custo financeiro como uma restrição ao esquema de despoluição buscado e a função objetivo consiste na minimização do custo e maior redução de poluente, considerando-se restrições no domínio para a alocação dos poços, variação do número de poços e capacidade de bombeamento em cada um deles. / Aquifers underground computational models can be built to help the decision making on water resource management, simulating varied situation in adverse conditions, in order to propose environmental accidents solutions, such as contamination by toxic substances problems that affect the consumed water quality. Computer models for aquifers consider the water disposal in porous medium and contaminants transport in the water. Rapprochement models and time and space discretization, as the finite differences model, finite volume and element are generally used for this purpose. This work presents a methodology involving computer simulations by the finite elements method and parallelized genetic algorithm , in order to select the most appropriate solution in well remediation allocation, which will withdraw the contaminated water from the aquifer. It was taken into account the financial cost as a restriction of the sought depollution and the objective function is to minimize the cost and increase the pollutant reduction, considering area restrictions for wells allocation, variation in the number of wells and ability to pumping in each.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-08-31Bitstream added on 2014-06-13T20:29:09Z : No. of bitstreams: 1 lima_val_me_ilha.pdf: 399126 bytes, checksum: 5597e5f619ca9aa5e433432ef064a3bf (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O objetivo deste trabalho é o desenvolvimento de uma arquitetura reconfigurável estaticamente, de um elemento de processamento (MPH) para o ambiente de simulação de circuitos ABACUS. Este elemento de processamento consiste de um conjunto de unidades funcionais que podem ser relacionadas por meio de algumas palavras de controle armazenadas na ROM, e cuja interconexão pode ser alterada para que o hardware de processamento se adapte ao modelo do elemento de circuito a ser simulado. O projeto foi descrito em linguagem VHDL e simulado com o auxílio do software QUARTUS II. / The aim of this work is the development of a statically reconfigurable architecture, of a processing element (MPH) for the ABACUS circuit simulation environment. This processing element consists of a set of functional units that can be related by means of some control words stored in the ROM, and whose interconnection can be modified so that the processing hardware be adapted to the model of the circuit element to be simulated. The project was described in VHDL, and simulated with the aid of Quartus II software.