Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:19:15Z : No. of bitstreams: 1 santana_am_me_jabo.pdf: 1036969 bytes, checksum: 219ad2d9cc666bb8a7c481a54c0a4cf9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo, constituindo-se em um animal de tripla aptidão. Recentemente, a construção de um painel de células somáticas híbridas irradiadas (linhagens celulares) contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo, pela primeira vez, o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos. A utilização desse painel de células associado a análises estatísticas, está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para gerar grupos de ligação com os marcadores mapeados no cromossomo 9 bubalino e assim comparar a organização dos grupos de ligação obtidos com aqueles já descritos para o cromossomo 7 bovino. Para tal, foram testados com DNA bubalino, seqüências de “primers” para PCR de 26 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 7 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao cromossomo 9 de búfalo. Do total de marcadores testados, 18 geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000, sendo que destes 18, foi possível a genotipagem final de 10 marcadores. A partir das análises de ligação com os 10 marcadores genotipados, foi possível distribuir os mesmos em três grupos de ligação no BBU9. A análise comparativa entre os grupos de ligação do BBU9 e do BTA7 revelou a presença dos mesmos grupos de ligação nos cromossomos de ambas espécies, evidenciando conservação de sintenia. / The river buffalo (Bubalus bubalis), a member of the Bovidae family, is an economically important livestock specie useful to produce milk and meat, as well as source of labor, comprising an animal of triple aptness. The recent construction of a whole-genome 5000-rad radiation hybrid somatic cell panel for the river buffalo genome (BBURH5000), is allowing for the first time the mapping of all chromosomes from the specie. The use of BBURH5000 panel associated with statistical analyses is generating high-resolution RH maps integrating different types of molecular markers. The goal of this study was to genarate linkage groups with the markers mapped on the river buffalo chromosome 9 (BBU9), using the BBURH5000 panel, and then compare these groups with those already described in BTA7. Previous studies have identified bovine chromosome 7 as homologous to BBU9. Cattle derived PCR primers from 26 markers, previously mapped in cattle, were tested with buffalo DNA. A total of 18 of the 26 markers amplified PCR products suitable for RH mapping. From these 18 markers, it was possible the genotyping of 10. The analyses of linkage with the 10 markers genotyped turned possible to distribute them in three linkage groups on the BBU9. The comparative analyses between the linkage groups of BBU9 and BTA7 revealed the presence of the same linkage groups on the chromosome of both species, revealing conservation of synteny between them.

Resumo: O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo, constituindo-se em um animal de tripla aptidão. Recentemente, a construção de um painel de células somáticas híbridas irradiadas (linhagens celulares) contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo, pela primeira vez, o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos. A utilização desse painel de células associado a análises estatísticas, está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para gerar grupos de ligação com os marcadores mapeados no cromossomo 9 bubalino e assim comparar a organização dos grupos de ligação obtidos com aqueles já descritos para o cromossomo 7 bovino. Para tal, foram testados com DNA bubalino, seqüências de "primers" para PCR de 26 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 7 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao cromossomo 9 de búfalo. Do total de marcadores testados, 18 geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000, sendo que destes 18, foi possível a genotipagem final de 10 marcadores. A partir das análises de ligação com os 10 marcadores genotipados, foi possível distribuir os mesmos em três grupos de ligação no BBU9. A análise comparativa entre os grupos de ligação do BBU9 e do BTA7 revelou a presença dos mesmos grupos de ligação nos cromossomos de ambas espécies, evidenciando conservação de sintenia. / Abstract: The river buffalo (Bubalus bubalis), a member of the Bovidae family, is an economically important livestock specie useful to produce milk and meat, as well as source of labor, comprising an animal of triple aptness. The recent construction of a whole-genome 5000-rad radiation hybrid somatic cell panel for the river buffalo genome (BBURH5000), is allowing for the first time the mapping of all chromosomes from the specie. The use of BBURH5000 panel associated with statistical analyses is generating high-resolution RH maps integrating different types of molecular markers. The goal of this study was to genarate linkage groups with the markers mapped on the river buffalo chromosome 9 (BBU9), using the BBURH5000 panel, and then compare these groups with those already described in BTA7. Previous studies have identified bovine chromosome 7 as homologous to BBU9. Cattle derived PCR primers from 26 markers, previously mapped in cattle, were tested with buffalo DNA. A total of 18 of the 26 markers amplified PCR products suitable for RH mapping. From these 18 markers, it was possible the genotyping of 10. The analyses of linkage with the 10 markers genotyped turned possible to distribute them in three linkage groups on the BBU9. The comparative analyses between the linkage groups of BBU9 and BTA7 revealed the presence of the same linkage groups on the chromosome of both species, revealing conservation of synteny between them. / Orientadora: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientadora: Vera Fernanda Martins H. de Lima / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Mestre

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:34:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ManoelPN_DISSERT.pdf: 1337463 bytes, checksum: aaed50bece00427adf0672e0a99b898a (MD5) Previous issue date: 2012-06-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / We analyzed the quality of raw milk from eight dairy farms in Rio Grande do Norte stored in a cooling tank , in order to evaluate methods for determining somatic cell counts (SCC). The Somaticell? kit and a portable Direct Cell Counter (DCC) were compared with each other and with the MilkoScanTM FT+ (FOSS Denmark), which uses Fourier Transform Infrared (FTIR) spectroscopy). Direct cell counter data were processed for somatic cell scores (log-transformed somatic cell count) and analyzed with the SAS?, statistical package , Statistical Analysis System, (SAS, INSTITUTE, 1998). Comparison of means and correlation of somatic cell scores were conducted using Pearson s correlation coefficient and the Tukey Test at 1 %. No significant difference was observed for comparison of means. The correlation between somatic cell scores was significant, that is, 0.907 and 0.876 between the MilkoScanTM FT+ and the Somaticell? kit and Direct Cell Count (DCC) respectively, and 0.943 between the Somaticell? kit and Direct Cell Count (DCC). The methods can be recommended for monitoring the quality of raw milk kept in a cooling tank in the production unit / A qualidade do leite cru mantido em tanque de resfriamento de oito propriedades do Rio Grande do Norte foi analisada, com o objetivo de avaliar m?todos para determina??o da contagem de c?lulas som?ticas (CCS). Foram usados o kit Somaticell? e o equipamento port?til Direct Cell Counter (DCC), sendo comparados entre si e com o MilkoScanTM FT+ (FOSS Denmark) que usa a metodologia do Infravermelho com Transformada de Fourier (IVTF). Os dados de CCS foram transformados para escore de c?lulas som?ticas ECS log (CCS) e analisados pelo pacote estat?stico SAS? Statical Analisys System, (SAS, INSTITUTE, 1998). Foram feitas a compara??o das m?dias e a correla??o dos escores de c?lulas som?ticas por meio do coeficiente de correla??o de Pearson, sendo aplicado o Teste de Tukey a 1%. N?o foi observada diferen?a significativa para a compara??o das m?dias. A correla??o entre os escores de c?lulas som?ticas foi significativa, sendo de 0,907 e 0,876 entre o MilkoScanTM FT+ e o kit Somaticell? e o Direct Cell Count (DCC) respectivamente, e de 0,943 entre o kit Somaticell? e o Direct Cell Count (DCC). Os m?todos avaliados podem ser recomendados para o monitoramento da qualidade do leite cru refrigerado mantido em tanque de resfriamento em n?vel de unidade produtiva

A cadeia do leite tem um importante papel na ordem econômica e social do agronegócio brasileiro. A qualidade do leite produzido no Brasil ainda está abaixo do tecnicamente recomendável, fazendo com que fique comprometida a inocuidade dos alimentos lácteos ofertados à população e também às possibilidades do Brasil de se estabelecer como um forte competidor no mercado internacional. A melhoria da qualidade sanitária do leite está relacionada a adoção de Boas Práticas Agropecuárias (BPA), visando prevenir possíveis falhas no processo de produção. O objetivo deste trabalho foi identificar as características das propriedades produtoras de leite associadas a uma Cooperativa do estado do RS, bem como avaliar a eficácia da implantação do Programa Alimentos Seguros (PAS Leite Campo), no âmbito dos critérios legais de conformidade na qualidade higiênico-sanitária do leite produzido. Para isto foi utilizada a metodologia de Implantação Orientada desenvolvida pelo PAS Campo – Leite, em 59 produtores. No início e no final da implantação foram identificados dados para caracterização das propriedades e avaliados os indicadores de percentagem de conformidade dos itens da lista de verificação das BPA, que foram divididos em localização e instalações; segurança da água; capacitação e saúde do trabalhador; manejo da ordenha; higiene de equipamentos e utensílios; refrigeração e estocagem; controle de pragas; manejo sanitário e armazenamento dos alimentos, bem como da qualidade higiênico-sanitária da matéria-prima (leite), através de análises de contagem de células somáticas (CCS) e contagem de bactérias totais (CBT), antes e no decorrer da implantação do programa Para analisar os dados foi utilizado o software “Statistical Package for the Social Sciences” (SPSS), através do teste de ANOVA, a fim de identificar a diferença estatística entre resultados com significância de 5% para análise das médias. Todas as propriedades estudadas possuíam ordenha mecânica e equipamento de refrigeração, uma produção média de 22,91 L/vaca /dia, em um plantel de 3.127 vacas, sendo 1.577 em lactação, totalizando a produção de 36.130 litros por dia. Os resultados de conformidade geral apresentaram uma evolução positiva de 64,41% inicialmente e alcançaram no final da implantação 96,20% do total. As contagens de CCS e CBT apresentaram quedas significativas no desenvolver do projeto. Com base no exposto, pode-se concluir que a adoção da BPA através do PAS foi eficaz para adequação das propriedades produtoras de leite aos critérios legais, bem como para a melhoria-higiênico sanitária do leite. / Milk food chain has an important role in the economic and social order of Brazilian agrobusiness. Sanitary quality of milk produced in Brazil still remains well below the technically recommended, compromising both the harmlessness of dairy products offered to population and Brazil’s possibilities to be established as a strong competitor in international market. Improvements in milk sanitary quality are linked with the adoption of Good Agricultural Practices (GAP), aiming to correct possible flaws in the production process. The objective of the present study was to identify the characteristics of milk producing proprieties associated with a state’s Cooperative from Rio Grande do Sul (RS), as well as evaluate the efficacy of the implantation of the Safe Food Program (SFP Milk - Field) in the scope of conformity legal criteria in the hygienic-sanitary quality of milk produced. For that, methodology of Oriented Implantation developed by the SFP Milk - Field was used, in 59 milk producers. At the start and ending of the implantation, data for the characterization of proprieties was identified, whereas indicators of the conformity percentage of items from the verification list of GAP were evaluated, the last being divided in localization and installations; water safety; health and capacity of workers; milking handling; hygiene of equipment and utensils; refrigeration and storage; plague control; sanitary handling and food storage, as well as hygienic-sanitary quality of raw material (milk), through the analyses of somatic cell count (SCC) and total bacterial count (TBC), before and during the program’s implantation For data tabulation, software “Statistical Package for the Social Sciences” (SPSS) was used together with ANOVA test, aiming to identify the statistical difference between results with significance of 5% for average analysis. All proprieties studied had mechanical milking and refrigeration equipment; average milk production was of 21.81 L/cow/day, in a herd of 3,127 cows, being 1,577 in lactation, totalizing a production of 36,130 Liters per day. General conformity results showed a positive evolution of 64.41%, reaching up to 96.20% at the end of implantation. SCC and TBC counting showed significant decreases with the development of the project. Based on the exposed, it is possible to conclude that the adoption of GAP through SFP is effective for the adequacy of milk producing proprieties to legal criteria, as well as to the improvement of milk hygienic and sanitary quality.

The objective of my study was to analyse the influence of selected factors in relation to somatic cell counts (SCC) in bulk milk samples of raw cow´s milk. Milk samples were tested in eight cowsheds with different technology of breeding and milking for a period of three years. The SCC values were determined by the Fluoro-opto-electronic method using the apparatus Fossomatic. A significant factor influencing the SCC was the season. The highest average values of the SCC were found in the summer months. The lowest average values of the SCC were determined in the loose bedded cubicle housing (250.103.ml-1), while the difference in the SCC compared to the loose bedding-free slatted floor housing (SCC average 317.103.ml-1) was highly statistically significant (p < 0,001). In the tie stall with bedding was the SCC average 292.103.ml-1. A highly statistically significant difference in the SCC (p < 0,001) was also demonstrated between breeds in the milking parlour (SCC average 265.103.ml-1) and breeds in the milking stall in the pipeline systems (SCC average 292.103.ml-1). It also showed a statistically highly significant difference in the SCC (p < 0,001) between breeds dominated by the Holstein breed cows (SCC average 285.103.ml-1) and breeds with breed prevalence of the Czech Fleckvieh cows (SCC average 265.103.ml-1). The level of yield was also affected by the SCC. There was no statistically significant difference among the farms using grazing and breeding without any possibility of keeping cows on pasture.

The aim of my thesis was to analyze the quality parameters of raw bulk milk with a focus on hygienic and microbiological quality. For this purpose we choose two markers: somatic cell count (SCC) and total bacterial count (TBC). Data were obtained from two dairy farms Dolní Bukovsko and Popovice for the period from June 2008 to February 2011. For statistical evaluation was used MS Excel and Statistics 6.0. SCC and the average TBC values were recorded at higher density in Dolní Bukovsko. However, the averages for these two breeds are consistent with the legislation of the European Union and the Czech Republic (both TBC (?100,000/ml) and SCC (?400,000/ml)). Even though the average TBC value exceeded the limit of the breeding herd health PSB ? 200 thousand / ml, indicating the possible presence of subclinical mastitis and bonded with the considerable economic losses in milk production.

A mastite subclínica (MS) é a doença mais prevalente em rebanhos leiteiros e pode ser identificada pela contagem de células somáticas (CCS) individual das vacas. A partir disso, indicadores podem ser calculados como, por exemplo, prevalência e incidência. A prevalência diz respeito à proporção do rebanho infectada em determinado momento, enquanto que a incidência estima a taxa de novas infecções intramamárias ao longo do tempo. Altos valores de prevalência e incidência acabam resultando em elevada CCS do tanque de resfriamento (CCST), que por consequência leva a penalizações oriundas dos programas de pagamento por qualidade do leite (PPQL). Desta forma, estimar os valores atuais de prevalência e incidência de MS relacionados com valores futuros de CCST e as perdas financeiras oriundas dos PPQLs se torna importante para estimular a melhoria da qualidade do leite produzido no Brasil. Portando, o objetivo deste trabalho é estimar os indicadores epidemiológicos de MS em rebanhos leiteiros brasileiros, além prever a CCST relacionando-a as perdas financeiras devidas ao PPQL. Para isso, foram utilizados dois bancos de dados, sendo o primeiro com dados de CCS individual de vacas para estimação da prevalência e incidência de MS, e o segundo com dados de CCST para a previsão e cálculo de perdas financeiras devido ao PPQL. Como análise estatística, foi utilizado o modelo linear generalizado misto para comparar a prevalência e incidência de MS entre anos, regiões, tamanho de rebanhos e categorias de número de testes enviados durante o período de estudo, além de modelos de séries temporais para previsão da CCST e regressão linear múltipla para prever a probabilidade de mudança de classe de pagamento por qualidade do leite do PPQL. Os resultados encontrados indicam que, ambos, prevalência e incidência de MS permaneceram elevados e com leve tendência de aumento ao longo dos anos estudados, sendo que não houve diferenças entre regiões e tamanho de rebanhos. Por outro lado, rebanhos que realizaram mais testes ao longo do período estudado apresentaram menor prevalência, mostrando a importância da análise rotineira de CCS individual. Para CCST, os valores tem se mantido altos nos recentes anos e sem tendência de melhora. A probabilidade de mudança de classe foi fortemente afetada pela média e desvio padrão de CCST para as classes 1 e 2 (1.000 a 200.000 e 201.000 a 400.000 céls/mL, respectivamente). Os modelos de séries temporais indicaram que em algum ponto do ano, as fazendas não podiam permanecer na sua classe atual do PPQL e acumulavam perdas financeiras. Por fim, este estudo permite concluir que prevalência e incidência de MS estão elevadas e não melhoram ao longo dos anos, sendo que isto acaba elevando os valores de CCST. Além disso, existem perdas financeiras em todas as classes do PPQL, mostrando que os produtores não tem sido eficientes em captar a bonificação máxima dos PPQLs. Por isso, o desenvolvimento de programas de qualidade do leite deve ser uma prioridade em busca da melhoria da qualidade do leite de rebanhos brasileiros. / Subclinical mastitis (SM) is the most prevalent disease in dairy herds and can be identified by individual somatic cell counts (SCC) of cows. From this, indicators can be calculated as, for example, prevalence and incidence. Prevalence refers to the number of infected cows in a herd at a given time, while the incidence estimates the rate of new intramammary infections over time. High prevalence and incidence values result in high bulk tank SCC (BTSCC), which consequently leads to penalties from payment programs based on milk quality (PPBMQ). In this way, estimating current values of prevalence and incidence of SM related to future values of BTSCC and financial losses from PPBMQs becomes important to stimulate the improvement of the quality of milk produced in Brazil. Therefore, the objective of this study is to estimate the epidemiological indicators of SM in Brazilian dairy herds, besides to predicting the BTSCC and relating it to the financial losses due to the PPBMQ. For this, two databases were used, the first one with individual SCC data from cows to estimate the prevalence and incidence of SM, and the second with BTSCC data for prediction and calculation of financial losses due to PPBMQ. For statistical analysis, the mixed generalized linear model was used to compare the prevalence and incidence of SM between years, regions, herd size and number of test-day categories sent during the studied period, as well as time series models for prediction of BTSCC and multiple linear regressions to predict the probability of changing the current payment class for milk quality. The results indicate that both prevalence and incidence of SM remained high and with a slight tendency to increase over the years studied, and there were no differences between regions and herd sizes. On the other hand, herds that performed more test-day during the studied period presented a lower prevalence, showing the importance of the routine analysis of individual SCC. For BTSCC, values have remained high in recent years and no trend for improvement. The probability of class change was strongly affected by the mean and standard deviation of BTSCC for classes 1 and 2 (1,000 to 200,000 and 201,000 to 400,000 cells/mL, respectively). Time series models indicated that at some point of the year, farms could not remain in their current class and accumulated financial losses due to PPBMQ. Finally, this study allows to conclude that the prevalence and incidence of SM are high and do not improve over the years, and this ends up increasing the BTSCC values. In addition, there are financial losses in all classes of PPBMQ, showing that producers have not been efficient in capturing the maximum PPBMQs bonus. Therefore, the development of milk quality programs should be a priority in order to improve the quality of milk from Brazilian herds.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO CAROLINE PAIXAO.pdf: 741126 bytes, checksum: 0154ad21ce6f65d6ccd81764c04eae83 (MD5) Previous issue date: 2008-08-21 / In a globalization context, producing food only focused on quantity makes no more sense. At the same time, the quality becomes the most important step on food processing chain, since it s essential to guarantee life quality. Then, we purposed this study to verify the effect of private technical assistance on milk quality. The study was carried out during the dry and rain periods of the year, on 40 dairy farms located at the counties of Bela Vista de Goiás, São Miguel do Passa Quatro, Piracanjuba and Cristianópolis, in Goiás State, Brazil. The farms were randomly selected from herds with high results of somatic cell count (SCC) and total bacterial count (TBC). The effect of technical assistance on milk quality was evaluated using the results of milk analyses before and after visits of technicians on the farms. Milk samples were taken from bulk milk tanks and analyzed to somatic cell count (SCC) and total bacterial count (TBC) in electronic devices. We observed a significant decrease on the SCC and TBC after farmers had received technical assistance on milking procedures and mastitis control. The rain period didn t affect the observed results. As the SCC decreased, we observed an increase on SNF values of milk. So, we confirmed that technical assistance leaves to better milk quality, in any time of the year / No mundo globalizado, produzir alimentos com a visão única voltada para a quantidade não faz sentido. A qualidade torna-se a etapa mais importante do processo industrial, pois constitui garantia da qualidade de vida. Objetivou-se com o presente estudo verificar o efeito da assistência técnica privada na qualidade do leite. Foram acompanhadas 40 propriedades rurais localizadas nos municípios goianos de Bela Vista de Goiás, São Miguel do Passa Quatro, Piracanjuba e Cristianópolis, no período de secas e águas. Os produtores foram previamente selecionados por sorteio dentre aqueles que apresentavam elevadas contagens de células somáticas (CCS) e bacteriana total (CBT) no leite. O efeito da assistência técnica foi avaliado por meio de análises realizadas no leite antes e após os produtores receberem as visitas dos técnicos. Amostras de leite foram colhidas em tanques de refrigeração por expansão direta e submetidas às análises de CBT e CCS, em equipamentos eletrônicos. Observou-se que os valores de CBT e CCS diminuíram significativamente após os produtores receberem assistência técnica. A intensidade das chuvas não interferiu nos resultados de CCS e CBT. Concomitantemente à redução dos valores de CCS, houve aumento nos valores do extrato seco desengordurado do leite. Verificou-se que a assistência técnica privada proporcionou melhoria da qualidade do leite, independentemente da época do ano

O objetivo geral do estudo foi avaliar os fatores de risco associados com práticas de manejo e a qualidade higiênica do leite cru, e caracterizar o nível de conhecimento e opiniões de produtores de leite sobre controle de mastite e qualidade do leite. Os objetivos específicos foram avaliar os fatores de risco associados com a qualidade higiênica do leite, determinar o efeito do tipo de agente causador de mastite sobre a qualidade do leite cru, e avaliar a associação entre o nível de conhecimento dos produtores e a contagem de células somáticas (CCS) do leite de tanque. O presente estudo foi dividido em três experimentos. No experimento 1, para avaliação de práticas de manejo associadas à qualidade higiênica do leite cru em rebanhos leiteiros, foram selecionados 120 rebanhos de acordo com a média geométrica da contagem bacteriana total (CBT) de 10 amostras de leite/ rebanho coletadas durante dois meses consecutivos, para compor dois grupos: 60 com alta CBT (1,11x104 UFC/mL) e 60 com baixa CBT (4,4x103 UFC/mL). Após a seleção, amostras de leite foram coletadas uma vez por semana durante dois meses para determinação da CBT, contagem do leite com incubação preliminar (CIP), contagem do leite pasteurizado (CLP), contagem de coliformes (CC), CCS e de concentrações de gordura, proteína e sólidos totais. Após a realização das análises, 63 rebanhos foram selecionados e visitados para aplicação de questionário sobre: a) informações gerais de manejo do rebanho; b) manejo de ordenha; c) procedimentos de limpeza de equipamento de ordenha e utensílios; d) programa de controle da mastite; e) condições de limpeza do úbere. Para o experimento 2, o nível de conhecimento e as opiniões dos produtores de leite sobre mastite e qualidade do leite, foram avaliados em 63 rebanhos selecionados e distribuídos de acordo com as médias geométricas da CCS (8 coletas semanais consecutivas durante dois meses) em três grupos: a) baixa CCS: &#8804; 250.000 céls/mL(n = 16); b) média CCS: >250.000 &#8804; 400.000 céls/mL (n = 24); c) alta CCS: > 400.000 céls/mL(n = 23). Nos rebanhos selecionados, foram aplicados questionários aos responsáveis pelo manejo do rebanho, com questões sobre: características socioeconômicas, conhecimentos a respeito de CCS, CBT e mastite e comportamentos dos produtores com relação a práticas de prevenção da mastite. No experimento 3, para avaliação da associação entre patógenos causadores de mastite e qualidade do leite, foram selecionados 90 rebanhos com base na CCS do tanque de 10 amostras/ rebanho coletadas durante dois meses consecutivos, para compor os seguintes grupos: a) &#8804; 250.000 céls/mL (n = 30); b) >250.000 &#8804; 600.000 céls/mL (n = 30); c) >600.000 céls/mL (n = 30). As amostras do leite de tanque foram coletadas, a cada 15 dias por um período de 3 meses, para determinação da contagem de Staphylococcus aureus, contagem de Streptococcus agalactiae, contagem de estafilococos coagulase-negativa, contagem de estreptococos ambientais, contagem de Escherichia coli, contagem de coliformes totais, CBT, CCS e de concentrações de gordura, proteína e sólidos totais. A alta quantidade de matéria orgânica presente na válvula de saída do tanque de expansão é um fator de risco para a qualidade higiênica do leite cru; o uso do desinfetante de tetos pré e pós-ordenha são práticas de manejo que reduzem a contagem dos principais indicadores de qualidade higiênica do leite e a prática de ordenha com o bezerro ao pé da vaca está associada ao aumento de CBT, CIP e CC. Outros fatores socioeconômicos como ter o leite como principal atividade econômica na propriedade, o tipo de ordenha utilizada no rebanho, o uso de métodos para detecção de mastite e o conhecimento das exigências legais de CCS e CBT foram fatores associados à CCS do leite de tanque. Adicionalmente, altas contagens de Streptococcus agalactiae reduzem a qualidade do leite de tanque por estarem correlacionadas com o aumento de CCS. / The overall objectve of this study was to evaluate risk factors associated with management practices and hygienic raw milk quality, and to caracterize the farmer\'s knowledge and opinions about mastitis control and milk quality. The specific objectives were to evaluate the risk factors associated with hygienic milk quality, to determine the effect of mastitis pathogens on raw milk quality and to assess the association between framers knowledge about mastitis control and somatic cell count (SCC) of bulk tank. Therefore, we proposed three experiments. For experiment 1, to evaluate management practices associated with hygienic quality of raw milk in dairy farms, 120 dairy herds were selected according to the geometric mean of the total bacterial count (TBC) from 10 milk samples collected during two consecutive months, which were distributed in two groups: high TBC (1.11 x104 CFU / mL, n = 60) and low TBC (4.4 x103 CFU / mL, n = 60). After selection of herds, milk samples were collected weekly for two months to perform analyzes of TBC, preliminary incubation count (PIC), laboratory pasteurization count (LPC), coliform count (CC), somatic cell count (SCC) and fat, protein and total solids concentrations. After laboratory analysis, 63 herds were visited for on-farm data collection by a questionnaire about: a) general aspects of farm management; b) milking management; c) milking equipment and utensils cleaning procedures; d) mastitis control; e) udder cleaning conditions. For experiment 2, to evaluate the knowledge and opinions of dairy farmers about mastitis control and milk quality, 63 herds were selected and distributed according to geometric means of SCC (8 weekly milk sampling during two consecutive months) into three groups: a) low SCC: &#8804; 250,000 cells / mL (n = 16); b) medium SCC: >250,000 &#8804; 400,000 cells / mL (n = 24); c) high SCC:> 400,000 cells / mL (n = 23). Previously formulated questionnaires were submitted to the herd manager, with questions about the following topics: socioeconomic characteristics, knowledge about SCC, TBC, mastitis and mastitis prevention practices. For experiment 3, to evaluate the association between mastitis pathogens, SCC and TBC, 90 herds were selected based on the SCC of 10 milk samples collected during two consecutive months, to compose the following groups: a) &#8804; 250,000 cells / mL (n = 30), b) >250,000 &#8804; 600,000 cells / mL (n = 30), c)> 600,000 cells / mL (n = 30). Bulk Tank milk samples were collected every 15 days for a period of three months, for Staphylococcus aureus count, Streptococcus agalactiae count, coagulase-negative staphylococci count, environmental streptococci count, Escherichia coli count, coliform count, TBC, SCC and fat, protein and total solids concentrations. The high amount of organic matter in the bulk tank outlet valve is a risk factor for the raw milk hygienic quality, the use of pre and post teat dipping is associated with a reduction of major indicators of raw milk hygienic quality and the presence of suckling calves before milking was associated with increased TBC, PIC and CC. Other social and economical factors, such as the milk as main economic activity in the farm, type of milking procedures used, the use of methods for mastitis detection and knowledge about legal requirements for SCC and TBC were correlated with CCS in bulk tank milk. Additionally, high Streptococcus agalactiae counts is associated with reduced bulk tank milk quality because of increased SCC.

A reprogramação nuclear de uma célula somática a um estado embrionário tem diversas aplicações, como pesquisas básicas na biologia do desenvolvimento, terapia celular, melhoramento genético em animais de produção e conservação de espécies. As principais técnicas utilizadas para a reprogramação nuclear são a transferência nuclear de células somáticas (TNCS) e a geração de células tronco pluripotente induzidas (iPS). Muitos trabalhos têm mostrado uma baixa eficiência no processo de reprogramação nuclear nas duas técnicas, além disso, modificações epigenéticas tem sido apontada como a principal barreira para uma reprogramação nuclear eficiente. Por esse motivo, medidas como a utilização de células menos diferenciadas e/ou alteração do perfil epigenético das células somáticas podem aumentar a eficiência destas técnicas. Por isso, o objetivo deste trabalho foi investigar a influência de marcas epigenéticas em células bovinas utilizadas na reprogramação nuclear mediada por TNCS ou superexpressão de genes relacionados a pluripotêcia (iPS). Para isso, utilizamos 3 abordagens. Primeiro, analisamos marcações epigenéticas relacionadas ao desenvolvimento embrionário e pluripotência (H3K9me2, H3K9me3, H3K9ac, 5mC e 5hmC) em diferentes tipos celulares, analisamos a expressão gênica de genes responsáveis por essas marcações em células de diferentes tecidos (ex. células tronco mesenquimais (MSC) e fibroblastos) e as utilizamos como doadoras de núcleo na TNCS. Na segunda e a terceira abordagem, utilizamos células com menores níveis de H3K9me2 para a geração de iPS e na TNCS, respectivamente. Além disso, por se mostrar eficiente na TNCS, analisamos o efeito da sincronização do ciclo celular por privação de soro fetal bovino (SFB) na geração de células iPS. Com o intuito de diminuir os níveis de H3K9me2, as células foram tratadas com UNC0638, um inibidor especifico das metiltransferases de histona G9a/GLP. Nossos resultados do primeiro experimento mostraram que as MSC podem ser utilizadas como doadoras de núcleo na TNCS, no entanto, mesmo com algumas diferenças na expressão gênica em relação aos fibroblastos, a produção de blastocistos não foi diferente entre as duas células. No segundo experimento, as células privadas de SFB geraram mais colônias que as células controle, enquanto que as células tratadas não apresentaram diferença. Por último, as células tratadas com o UNC0638 apresentaram um menor nível de metilação no DNA em zigotos em relação às células controle. Os resultados encontrados neste trabalho podem contribuir para o melhor entendimento dos mecanismos epigenéticos envolvidos na reprogramação nuclear de bovinos / Nuclear reprogramming of somatic cells to embryonic state has several aplications, such as basic research on developmental biology, cell therapy, genetic improvement in livestock animals and preservation of endangered species. The principal techniques utilized to achieve nuclear reprogramming are Somatic Cell Nuclear Transfer (SCNT) and induced pluripotency. Several works has reported low efficiency rates of nuclear reprogramming when these techniques are used to reprogram somatic cells. Moreover, epigenetic modifications acquired during development act as epigenetic barrier to the complete reprogramming process. For this reason, strategies such as use of less differentiated cells and/or modification of epigenetic profile of somatic cells might increase the efficiency these techniques. The objective of this work was investigate the influence of epigenetic marks in bovine cells utilized on nuclear reprogramming experiments mediated by SCNT or induced pluripotency. To investigate it, we used three approaches. First, we analyzed the epigenetic marks related to the embryonic development and pluripotency (e.g H3K9me2, H3K9me3, H3K9ac, 5mC and 5hmC), gene expression of genes involved in these epigenetic marks in different tissues (i.e. mesenchymal stem cells (MSC) and fibroblasts) and their use as nuclear donor cells on SCNT procedure. Regarding the second and the third approach, we utilized cells with reduced levels of H3K9me2 to generate iPS cells and cloned embryos, respectively. Furthermore, since serum starvation has been demonstrated increase SCNT developmental rates, we assessed the effect of cell cycle synchronization mediated by serum starvation on nuclear reprogramming using iPS cells. Aiming decrease the levels of H3K9me2, cells were treated with UNC0638, a chemical probe that works as a specific inhibitor of the histone methyltransferases G9a and its counterpartner GLP. Our results showed that MSC are suitable to be used as nuclear donors on SCNT procedures, however, in spite of differences on gene expression comparing with fibroblasts, the embryonic developmental rates were not improved. On the second experiment, cells privated of fetal calf serum produced more iPS cells colonies than control cells, whereas cells treated with UNC did not show differences when compared with untreated cells. Lastly, UNC treated donor cells treated produced cloned zygotes with lower levels of DNA methylation compared to zygotes derivated from untreated cells. The results presented here will contribute to the better understanding of the epigenetic mechanisms involved on bovine nuclear reprogramming