Le sujet de ma thèse était de décrire sur le plan moléculaire le processus d'embryogenèse somatique chez la vigne. Pour cela, les étapes-clés d'entrée et de sortie du cycle d'embryogenèse secondaire ont été caractérisées par l'analyse de l'expression de quelques gènes impliqués dans le développement ou la défense, en particulier les gènes PR10.Grâce à l'exploitation de la séquence complète du génome de Vitis vinifèra disponible sur le site du Genoscope, j'ai pu caractériser exhaustivement la famille multigènique des PR10. Celle-ci est composée de 17 séquences disposées en tandem et formant un cluster compact sur le chromosome 5, dont 3 pseudogènes et au moins 13 séquences transcrites. L'expression de 10 de ces gènes a d'abord été analysée par RT-PCR semi-quantitative dans différents organes de la plante et dans des tissus traités au 2,4-D. Elle suggère une diversification fonctionnelle marquée. De plus, le niveau d'expression de plusieurs gènes PR10 est élevé dans les cals embryogènes, suggérant qu'ils pourraient jouer un rôle lors de l'embryogenèse somatique. L'étude de l'expression des gènes PR10 par RT-PCR quantitative en temps réel dans différents tissus ayant montré une capacité embryogénique variable lorsqu'ils sont soumis à un traitement par le 2,4-D met en évidence que le niveau d'expression varie entre les gènes et selon les tissus. L'expression de certains gènes est fortement induite par le 2,4-D dans les tissus à capacité embryogénique et seulement faiblement dans les tissus ne donnant jamais d'embryons somatiques, ce qui suggère fortement que ceux-ci pourraient être des marqueurs de la capacité embryogénique chez la vigne.

L'exploitation de la variation clonale est une des voies d'amélioration utilisée chez un grand nombre de plantes d'intérêts agronomiques telles que la pomme de terre, le café et la vigne. En effet, après plusieurs cycles de reproduction végétative, des caractéristiques agronomiques stables apparaissent donnant naissance à une diversité phénotypique remarquable, appelée « diversité clonale ». Chez la vigne, cette diversité clonale est d'une importance majeure pour les viticulteurs puisqu'elle permet une amélioration variétale sans changer d'identité de cépage en conformité avec la réglementation fixée par Appellations d'Origine Protégée. L'hypothèse la plus parcimonieuse expliquant cette diversité phénotypique clonale est l'accumulation de mutations somatiques au cours des cycles de reproduction végétative. L'objectif de cette thèse a été de dresser un panorama le plus exhaustif possible des différents polymorphismes moléculaires entre les génomes de plusieurs clones. Dans un premier temps trois clones de Pinot ont été séquencés par la technique 454 GS-FLX puis dans un second temps 11 clones de quatre cépages ont été séquencés la technique Illumina HiSeq 2000. Afin d'analyser la grande quantité de données obtenues, nous avons construit un pipeline d'analyse (Bacchus pipeline) permettant d'identifier tous les types de polymorphismes moléculaires entre les différents génomes.Nos résultats permettent, pour la première fois un inventaire exhaustif des polymorphismes moléculaires dans un contexte multiplication végétatif. L'ensemble des mutations polymorphes entre deux clones a pu être identifié, SNPs, indels (2,5 SNPs et 11,5 indels par Mb en moyenne) ainsi que des variations d'ordre structural (larges insertions ou délétions) représentant la classe la plus fréquente (129 évènements par Mb entre deux clones en moyenne). Afin d'évaluer le polymorphisme d'insertion généré par ces éléments nous en avons étudié quatre par une approche S-SAP sur plusieurs niveaux de diversité (inter-espèces, inter-cépages, inter-clones et entre plusieurs tissus d'un même individu). L'analyse phylogénétique au niveau des espèces est conforme à celle réalisée avec d'autres types de marqueurs moléculaires (SSR, SNP). Cependant, une forte instabilité de ces insertions a été confirmée entre les clones et entre les tissus d'un même d'individu. L'identification des clones par une méthodologie moléculaire serait d'une grande importance pour la filère. Pour cet objectif, nos résultats indiquent que les mutations de types SNP et petits indels qui sont certes moins fréquentes que les variations structurales mais qui sont plus stables semblent plus pertinentes pour la mise en place d'une méthodologie d'identification des clones / Clonal variation is considered as an effective contribution to breeding programs of vegetatively propagated species with major agronomical interest such as banana, potato, coffee and grape. Indeed, after several propagation cycles, stable and heritable phenotypic variations appear giving rise to a phenotypic variation termed “clonal diversity”. This clonal diversity is very important for wine-growers because it allows preserving cultivars identity in the strict respect of Appellation (A.O.P) wines specifications The most parsimonious hypothesis explaining clonal phenotypic diversity is the accumulation of somatic mutations. The objective of my thesis was to provide a broad description of molecular polymorphisms in the context of vegetative propagation. Three clones were first sequenced by 454 GS-FLX technology and eleven clones were then sequenced with Illumina Hiseq2000 technique. To analyse the high quantity of data obtained, we built a pipeline (Bacchus pipeline) allowing the identification of all existing molecular polymorphisms between different genomes.All polymorphism types were observed: indels and SNPs which have a low polymorphism frequency (2.5 SNPs and 11.5 indels per Mb between two clones in average) and structural variations (large insertions or deletions) which have a high polymorphism frequency (129 per Mb between two clones in average) but are unstable. To evaluate stability and polymorphism level of these transposable elements, we have studied 4 elements using S-SAP method at different diversity levels (inter-species, inter-cultivars, inter-clones and between organs/tissues of a single individual). Our interspecific phylogenetic analysis is similar to other phylogenies performed with SSR or SNPs markers. However, we confirm the high instability of these elements between clones and between tissues in single individuals.Clone identification through molecular methods would be of high significance for the wine industry. SNP or small indels mutations are less frequent but more stable than structural variation and could be used for accurate clone identification.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Dans cette étude, nous avons dans un premier temps adapte le protocole d'embryogenèse somatique primaire a différentes variétés d'hybrides porte-greffes (3309C, 110R, Fercal, 41B et SO4) en nous appuyant sur l'expérience acquise au laboratoire sur Vitis vinifera cv Chardonnay. Les résultats montrent que le génotype, le type d'explant (étamine, fleur ou nœud), le type et la dose d'auxine utilisés dans le milieu d’induction (2,4-D ou 2,4,5-T) ont une influence sur les efficacités d'embryogenèse somatique. En effet, pour le 3309C, l'utilisation du 2,4,5-T dans le milieu d'induction a montré une efficacité embryogène supérieure à partir de nœuds par rapport à celle obtenue à partir d'étamines. Cependant la meilleure efficacité a été obtenue à partir de fleurs de cette variété, sur un milieu d'induction contenant du 2,4-D. De plus, le protocole d'embryogenèse somatique secondaire utilise de manière récurrente au laboratoire nous a permis d'obtenir des masses embryogènes ainsi que des embryons somatiques secondaires de ces porte-greffes. Le protocole de conversion des embryons en plantes, en présence de 4,5 uM de cytokinine (BAP) s'est avère efficace pour le 11OR et le 41B. Dans un second temps, nous avons co-cultivé le matériel embryogène obtenu pour quatre de ces génotypes (110R, 3309C, Fercal et 41B), avec Agrobacterium tumefaciens contenant trois constructions génétiques : (i) une copie d'une séquence partielle (1020 pb) du gène de la coque protéique du virus en orientation sens; (ii) une partie courte en sens et en anti-sens (280 pb) de cette même séquence formant une structure en épingle a cheveux (hpRNA = hairpin RNA) ; (iii) un amiRNA ciblant une séquence virale. Le gène bactérien codant la néomycine phosphotransférase et conférant la résistance à un antibiotique, la kanamycine, a été utilisé comme gène de sélection. Les conditions de sélection a la kanamycine ont nécessité des adaptations expérimentales telles que l’ajustement de la concentration en antibiotique puisque la sélection avec 75 mg.L-1 de kanamycine s'avère insuffisamment drastique dans Ia plupart de nos expériences de co-cullture. Les résultats d'analyse moléculaire par PCR ont montré l'amplification probable des fragments d'intérêt (CPGFLV et amiRI1TA-71) dans des échantillons de 11OR et de 41B résistants à la kanamycine. Cependant des analyses moléculaires supplémentaires par AL-PCR ne nous ont pas renseignées sur une éventuelle intégration du transgène amiRATA-71 dans des masses embryogènes de 41B. / In this study, we initially adapted the protocol of primary somatic embryogenesis in different varieties of hybrid rootstocks (3309C, 110R, Fercal, 41B and SO4) building on the experience gained in the laboratory on Vitis vinifera cv Chardonnay. The results show that the genotype, the explant type (stamen, flower or node), the type and the dose of auxin used in the induction medium (2,4-D or 2,4,5-T) influence the efficiency of somatic embryogenesis. Indeed, for the 3309C, the use of 2,4,5-T in the induction medium showed a higher efficiency from embryogenic nodes compared to that obtained from stamens. However, the better efficiency was obtained from the flowers of this variety on an induction medium containing 2,4-D. In addition, a protocol used in the laboratory for secondary somatic embryogenesis allowed us to obtain embryogenic masses as well as secondary somatic embryos from these rootstocks. The protocol conversion of embryos into plants, in the presence of 4.5 [tM of cytokinin (BAP), was effective for the 110R and 41B. In a second step, we co-cultivated embryogenic material obtained for four of these genotypes (110R, 3309C, Fercal and 41B), with Agrobacteriwn tumefaciens containing three genetic constructs: (i) a copy of a partial sequence (1020 bp) of the coat protein gene of the virus in the sense orientation, (ii) a short part-way and antisense (280 bp) of the same sequence forming a hairpin structure (hairpin RNA = hpRNA) (iii) one amiRNA targeting a viral sequence. The nptll bacterial gene encoding neomycin phosphotransferase and conferring resistance to the antibiotic kanamycin, was used as the selection gene. The selection conditions to kanamycin have required experimental adaptations such as adjusting the concentration of antibiotic because the selection with 75 mg.L-1 of kanamycin was not enough drastic in most of our experiments of co-culture. The results of molecular analysis by PCR showed probable amplification of fragments of interest (CPGFLV and amiRNA-71) in samples of 11OR and 41B resistant to kanamycin. However, additional molecular analysis by AL-PCR did not inform us about a possible integration of the transgene amiRNA-71 in embryogenic masses of 41B.

Au cours des prochaines décennies, les besoins en bois vont entraîner une pression considérable sur la production forestière. Pour le Douglas (Pseudotsuga menziesii), deuxième essence utilisée pour le reboisement des forêts françaises, le développement et la diffusion de variétés améliorées par sélection classique est lente. Chez les conifères l’embryogenèse somatique, méthode de multiplication végétative la plus performante, a été développée avec succès. Cependant elle n’est obtenue à ce jour qu’à partir de matériel juvénile (graines) malgré les nombreux travaux engagés. Les objectifs de ce travail de thèse ont été de 1) caractériser à différentes échelles l’aptitude à l’embryogenèse somatique en comparant des masses embryogènes (ME) et des cals non-embryogènes (NE) isogéniques, 2) caractériser les marqueurs responsables de la variation du potentiel embryogène en comparant aux niveaux cellulaire et moléculaire, les ME primaires à des ME secondaires et tertiaires obtenues lors de la ré initiation de l’embryogenèse somatique à partir d’ES cotylédonaires. 1) Pour le premier objectif, nous avons rapproché des données de protéomique et de transcriptomique, que nous avons complétées par des observations biologiques (potentiel embryogène), histologiques, et biochimiques (teneur en eau, glucides, régulateurs de croissance). Nous avons observé chez les ME une surexpression des marqueurs impliqués dans la différenciation (hormones, facteurs de transcription) et la division cellulaire (évènements de mitose, teneur en glucides, information génétique). Nous avons retrouvé certains facteurs de transcription marqueurs de l’embryogenèse somatique : WOX, LEC1, SERK1, BBM. En comparaison, les NE sont caractérisés par la réponse aux stimuli (ABA, phénols, protection contre les ROS), mais aussi par le stockage de réserves carbonées (amidon). 2) Le potentiel embryogène des ME secondaires et tertiaires augmente significativement. Au niveau cellulaire, cela se traduit par une amélioration de la structuration des ES (diminution de centres polyembryogènes au profit d’ES isolés). Le rapprochement des données de protéomique et de transcriptomique ont mis en évidence que lors de cette reprogrammation cellulaire il y a surexpression du métabolisme des protéines, oxydatif, et hormonal. La présence de facteurs de transcription associés à la maturation de l’ES (WRKY, NAC, ARF, ERF et MYB) surexprimés précocement pourrait aussi être une caractéristique ciblant un plus fort potentiel embryogène chez le Douglas. Nos résultats contribuent à une meilleure compréhension de l’aptitude à l’embryogenèse somatique du Douglas. Ils pourraient permettre in fine d’initier l’embryogenèse somatique à partir de matériel âgé. / Résumé anglais non communiqué

Le sujet de ma thèse était de décrire sur le plan moléculaire le processus d'embryogenèse somatique chez la vigne. Pour cela, les étapes-clés d'entrée et de sortie du cycle d'embryogenèse secondaire ont été caractérisées par l'analyse de l'expression de quelques gènes impliqués dans le développement ou la défense, en particulier les gènes PR10.Grâce à l'exploitation de la séquence complète du génome de Vitis vinifèra disponible sur le site du Genoscope, j'ai pu caractériser exhaustivement la famille multigènique des PR10. Celle-ci est composée de 17 séquences disposées en tandem et formant un cluster compact sur le chromosome 5, dont 3 pseudogènes et au moins 13 séquences transcrites. L'expression de 10 de ces gènes a d'abord été analysée par RT-PCR semi-quantitative dans différents organes de la plante et dans des tissus traités au 2,4-D. Elle suggère une diversification fonctionnelle marquée. De plus, le niveau d'expression de plusieurs gènes PR10 est élevé dans les cals embryogènes, suggérant qu'ils pourraient jouer un rôle lors de l'embryogenèse somatique. L'étude de l'expression des gènes PR10 par RT-PCR quantitative en temps réel dans différents tissus ayant montré une capacité embryogénique variable lorsqu'ils sont soumis à un traitement par le 2,4-D met en évidence que le niveau d'expression varie entre les gènes et selon les tissus. L'expression de certains gènes est fortement induite par le 2,4-D dans les tissus à capacité embryogénique et seulement faiblement dans les tissus ne donnant jamais d'embryons somatiques, ce qui suggère fortement que ceux-ci pourraient être des marqueurs de la capacité embryogénique chez la vigne. / The objective of my work was to analyse the somatic embryogenesis process of Vitis vinifera at a molecular scale. Thus, the expression of genes implied in development or defence, especially PR10 genes, was monitored during the key-steps of entrance and exit of secondary somatic embryogenesis. The complete sequence of the Vitis vinifera genome available on the Genoscope website allowed the exhaustive characterization of the PR10 multigene family, which is constituted by 17 sequences localised on a tandem array on the chromosome 5. Among these 17 sequences, 3 are pseudogenesand at !east 13 are transcribed sequences. The expression of 10 PR10 genes was first monitored in various grapevine tissues and in tissues after 2,4-D treatment using semi-quantitative RT-PCR. The results suggest a strong functional diversification. Moreover, the expression of several PR10 genes is high in embryogenic calli, suggesting that these genes could intervene in somatic embryogenesis. The expression of PR10 genes was also monitored in tissues showing different somatic embryogenic capabilities under 2,4-D treatment using quantitative RT-PCR. The results show that regulation of PR10 genes is dependent of the gene and tissue considered. Moreover, the expression of some genes is highly induced by 2,4-D treatment in tissues having embryogenic capability, white it is only weakly induced in tissues having no embryogenic capability, suggesting that these gene could be markers of embryogenic capability in grapevine.

Dans ce mémoire, j'examine quels ont été les impacts de l'éducation somatique sur mon rapport au corps incestué et mon mal-être. Je partage en quoi mes apprentissages somatiques ont contribué à une meilleure compréhension de la relation entretenue avec moi-même ainsi qu'à l'assainissement d'habitudes visant à engourdir et abstraire le corps. La littérature qui porte sur les conséquences de l'inceste et de l'agression sexuelle aborde généralement le corps d'un œil externe; peu de travaux scientifiques se fondent sur l'expérience de la personne agressée pour étudier la relation au corps. S'il est question des problèmes psychologiques ainsi que des conduites addictives et destructrices observées chez les victimes, rares sont les écrits où la personne est abordée d'un point de vue somatique. Il apparaît pourtant pertinent de considérer cet angle, l'agression sexuelle étant à la base une transgression corporelle intime. La méthodologie autoethnographique s'inscrit dans le paradigme postpositiviste. Elle accepte favorablement la subjectivité du chercheur en reconnaissant que la neutralité est impossible et qu'il existe une pluralité de points de vue. En se basant sur l'expérience du chercheur, l'autoethnographie propose une compréhension par l'interprétation personnelle d'un phénomène et vise ainsi à produire autrement des savoirs lorsque comparée à une perspective objectiviste. Elle puise sa force dans un vécu exposé et s'avère ainsi susceptible de toucher plusieurs personnes. Mon étude autoethnographique est constituée de diverses expériences somatiques et se fonde sur des données recueillies selon trois phases distinctes, soit des données qualifiées de « conscientes » et « hyper conscientes » colligées depuis mon entrée au programme en éducation somatique à l'hiver 2008, ainsi que des données « pré-éducation somatique », soit antérieures à mes études supérieures. Ce processus m'a d'abord permis d'apprendre à sentir mon corps pour ensuite rendre possible l'identification d'habitudes et comportements problématiques qui nourrissaient inconsciemment une fuite et un contrôle du corps. Prendre conscience de moi par l'expérience du mouvement a favorisé une ré-harmonisation de ma personne et un plus grand pouvoir d'action sur moi (empowerment). Mes différents apprentissages somatiques ont rendu possibles des changements profonds dans ma façon de vivre le corps en plus de favoriser un mieux-être au quotidien. À la lumière de mon expérience, le développement d'une conscience somatique est un sujet d'investigation qui mérite d'être approfondi chez les victimes d'agression sexuelle. Si la méthode Feldenkrais est l'approche d'éducation somatique utilisée dans ce mémoire, d'autres approches pourraient être pertinentes pour ce genre d'étude. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : autoethnographie, inceste, éducation somatique, rapport au corps, méthode Feldenkrais, conscience de soi.

La maladie de Huntington (MH) est une maladie neurodégénérative fatale, causée par l’expansion des répétitions CAG du gène de Huntingtine. La longueur de l’expansion est instable et proportionnelle à la gravité de la maladie. L’instabilité varie selon les tissus, p.ex. le striatum est très instable et dégénère, alors que le cervelet a une instabilité limitée et est épargné par la maladie. Nous avons étudié le rôle des lésions oxydantes et du mécanisme de réparation par excision de base (BER) dans la sélectivité tissulaire de l'instabilité dans ces deux tissus de souris R6/1. Le niveau des lésions était similaire dans ces tissus, alors que les niveaux et les activités des principales protéines BER étaient globalement diminués dans le striatum. L’efficacité de réparation dépendait de la stoechiométrie de BER, la position de la lésion et la séquence d’ADN. Nos résultats suggèrent une faible coopération entre les activités BER associée à la spécificité tissulaire de l’instabilité de la MH. / Huntington’s disease (HD) is a neurodegenerative fatal disease caused by the expansion of CAG repeats in the Huntingtin gene. The expansion length is unstable and proportional to the disease severity. The instability affects differently several tissues, among which the striatum that shows a high instability and degenerates, whereas the cerebellum that shows limited instability is spared from the disease. We addressed the role of oxidative lesions and Base Excision Repair (BER) in the tissue-selectivity of the instability in striatum and cerebellum of R6/1 mouse model. Interestingly, we observed a similar level of oxidative lesions at both tissues. Levels and activities of main BER proteins were globally decreased in striatum relative to cerebellum. Moreover we found that repair outcome is dependent upon BER stoichiometries, lesion location and sequence. Our results suggest a poor cooperation between BER activities that could underlie tissue-specificity of somatic instability in HD.

Hevea brasiliensis est une culture industrielle majeure pour la production de caoutchouc naturel (CN). La stimulation par l'éthéphon, un libérateur d'éthylène, est utilisée pour augmenter la production de latex en prolongeant son écoulement et en stimulant le métabolisme pour la régénération du latex. Cependant, le mécanisme d'action de l'éthylène n'est pas clairement élucidé chez l'hévéa. L'éthylène est un signal important qui régule le développement des plantes. Les facteurs de transcription AP2/ERF, et plus particulièrement les Ethylene Response Factors, jouent un rôle crucial dans le développement et la réponse aux stress biotiques et abiotiques chez les plantes. La production d'éthylène et sa signalisation sont aussi importantes en embryogenèse somatique et tout spécialement chez les espèces récalcitrantes à la culture in vitro.Dans cette étude, le transcriptome de référence a été amélioré par addition des fragments de séquence d'ARN issus de tissus reproducteurs lors d'un nouvel assemblage. Les 30.342 contigs ont été annotés par la base de données Gene Ontology. L'analyse des facteurs de transcription a permis d'identifier 2.448 contigs qui ont été classés en 58 familles de facteurs de transcription. Six pourcents de ces facteurs de transcription correspondent aux membres de la superfamille des AP2/ERF. L'accumulation de transcrits des gènes AP2/ERF a été analysée au cours du processus d'embryogenèse somatique chez des lignées de cal avec différents potentiels de régénération et dans différents tissus végétatifs et reproducteurs. L'analyse de l'abondance relative de transcrits dans les différents tissus montre que les ERFs des groupes I, VII et VIII sont fortement présents à tous les stades de l'embryogenèse somatique et dans les tissus immatures et matures de fleurs males et femelle, d'embryons zygotiques, de feuilles, d'écorce et de latex. Quarante gènes AP2/ERF représentent des marqueurs d'expression génique pour le potentiel de régénération de plantes de lignées de cal à différents stades du processus d'embryogenèse somatique. Quatorze marqueurs d'expression génique permettent même de prédire la capacité de régénération dès le stade de multiplication du cal. Cinquante-neuf marqueurs d'expression géniques sont spécifiquement exprimés dans les différents tissus de l'hévéa, et plusieurs AP2/ERFs ont les transcrits fortement accumulés dans le latex. La plupart des marqueurs de l'expression génique du latex appartient aux ERF du groupe VII. Les ERFs de ce groupe ont un motif conservé en N-terminal (MCGGAII), lequel est impliqué dans la voie N-end rule. Les analyses de localisation subcellulaire et de transactivation suggèrent que ces gènes HbERF-VII codent pour des facteurs de transcription fonctionnels potentiellement impliqués dans la réponse à l'hypoxie dans le latex. / Hevea brasiliensis is the major industrial crop for natural rubber (NR) production. Ethephon stimulation, an ethylene releaser, is used for increasing latex production by prolonging latex flow and stimulating the metabolism required for the latex regeneration. However, the mechanism of ethylene action is not clearly elucidated in this species. Ethylene is an important signal regulating the plant development. AP2/ERF transcription factors, and especially Ethylene-Response Factors, play a crucial role in plant development and response to biotic and abiotic stresses. Ethylene production and signalling are also important to somatic embryogenesis, especially for species that are recalcitrant in in vitro culture.In this study, a comprehensive Hevea transcriptome was improved using additional RNA reads from reproductive tissues in a new assembly. The 30,342 contigs were annotated in the Gene Ontology database. The analysis of transcription factors led to 2,448 contigs being identified, which were classed in 58 transcription factor families. Six percent of the transcription factors corresponded to members from the AP2/ERF superfamily. The transcript accumulation of AP2/ERF genes was analyzed during somatic embryogenesis for callus lines with different regeneration potential and in various vegetative and reproductive tissue of Hevea. The relative transcript abundance were studied and showed that ERFs from group I, VII and VIII were abundant at all stages of the somatic embryogenesis as well as, in both immature and mature male and female flowers, zygotic embryos, leaf, bark and latex. Forty genes were identified as expression marker for callus with different plant regeneration potential regeneration capacity. Interestingly, fourteen expression marker genes were found that be able to predict the regeneration capacity of callus at proliferating calli, the early stage of somatic embryogenesis process. Fifty-nine expression marker genes were found in the various plant tissues. Several AP2/ERF genes were shown highly transcript accumulation in latex and were assigned as latex expression marker genes. Almost of latex expression marker genes belong to the ERF group VII. Base on conserved motif analysis showed this ERF group contained the conserved N-terminal motif (MCGGAII) involved in the N-end rule pathway. Subcellular localization and transactivation analyses suggested that HbERF-VII candidate genes encoded functional transcription factors.

En introduisant fréquemment des mutations ponctuelles dans les régions variables des gènes d'immunoglobulines (Ig), le processus d'hypermutation somatique (SHM, initié par la déaminase AID) est essentiel pour augmenter l'affinité des anticorps. En marge de ses cibles physiologiques (les gênes d'Ig), AID peut induire des "dommages collatéraux" au niveau de cibles "illégitimes" qui sont appelées "off targets" (dont certains oncogènes, tel que Bcl6 fréquemment muté dans les lymphomes B). Le risque élevé de dommages collatéraux dans le génome des cellules B implique que les remaniements géniques soient précisément surveillés. Parmi les éléments cis-régulateurs impliqués dans cette surveillance, on compte l'activateur cEμ au locus des chaînes lourdes des Ig (IgH) et ses régions flanquantes d'attachement à la matrice nucléaire MARsEμ (étudiés en détails dans nos modèles de souris KO). Nous montrons que la délétion des régions MARsEμ diminue non seulement les mutations au locus des chaines lourdes des Ig (effet physiologique en cis) mais également au locus des chaines légères Ig situé sur un chromosome différent (effet de trans). A l'aide d'une outil bioinformatique (DeMinEr) que nous avons développé dans le but d'identifier des mutations rares, nous montrons également que les régions MARsEμ sont impliquées dans les dommages collatéraux infligés aux "off targets" des cellules B. Grâce à la technique de FISH 3D, nous proposons que les régions MARsEμ participent à la régulation de la SHM en influençant la position des cibles de AID dans le noyau des cellules B. Notre étude met en évidence un niveau de régulation spatiale du processus de SHM médié par les régions MARsEμ du locus IgH. / By introducing frequent point mutations into the variable regions of immunoglobulin (Ig) genes, somatic hypermutation (SHM, initiated by the AID deaminase) is a driving force for antibody affinity maturation. It is now admitted that AID-induces mutations in germinal centre B cells could affect in parallel to their Ig genes physiological targets, illegitimates targets (including oncogenes) so calles "off targets" (such as Bcl6 with frequent point mutation in B lymphomas). The high risk of "collateral damage" in the B cell genome implies that remodeling events are precisely surveyed. Among cisregulatory elements involved (transcriptional enhancers and chromatin isolators and anchors...), one best candidate is the intronic region including the cEμ enhancer and iths flanking MARsEμ regions that we have been studying extensively using mouse KO model. We recently showed that MARsEμ deletion decreases SHM not only at Ig Heavy chain locus IgH (physiological cis effect) but surprisingly also at the Ig Light chain Kappa locus Ig, located on a different chromosome (trans effect). To extend the study of this intriguing trans effect, we developed a bioinformatic tool called DeMinEr that unveiled that MARsEμ regions were also involved in AID-induced collateral damages to "off-targets". Using FISH 3D, we show that MARsEμ regions harboured the potential not only to locally recruit SHM but also to cause dynamic changes of nuclear structures. The surprising cis and trans effect of MARsEμ deletion, impacting simultaneously nuclear positioning and SHM, revealed an additional level of regulation for targeting mutations to Ig and "off-targets" genes.