Dans le roman Bar Italia 90, Giulia se sépare de son mari Neri, quitte ses enfants et ses parents, part de la campagne d'Alessandria et déménage à Turin, ville de l'Italie du nord. Elle rencontre sa voisine Mara, pour laquelle elle développe une grande fascination. Giulia raconte les aventures nocturnes qu'elle vit avec d'autres trentenaires déraciné⸳e⸳s, fuyant leur famille, pour certain⸳e⸳s d'origine étrangère. Iels passent leurs journées au bar Italia 90, géré par Meddur. Au centre de ce microcosme, Mara joue le rôle de coryphée, organise les sorties et capte l'attention des client⸳e⸳s du bar grâce à ses récits fantastiques. Après avoir entamé une histoire d'amour avec Mara, Giulia perd sa trace. Dix ans après, une femme à l'identité changeante, s'appelant Giulia ou Mara selon les occasions, vit à Montréal. De l'époque du bar Italia 90, elle garde une amitié avec Meddur, lequel habite aussi au Québec et entretient avec elle un rituel de rencontres imaginaires avec leurs ancien⸳ne⸳s ami⸳e⸳s italien⸳ne⸳s. L'expérience de l'amitié se déploie dans l'alternance de chapitres se déroulant à Turin dans les années 2000 et à Montréal en 2018. Progressivement, on découvre un drame qui a marqué à jamais l'existence des personnages. La seconde partie de la thèse est un essai questionnant un processus de création littéraire nourri par des exercices issus de l'éducation somatique. Ce processus a permis l'écriture du roman. Nous enseignons notre méthode dans des ateliers somatiques d'écriture. Dans Du corps à l'écriture. L'apport des pratiques somatiques à la création littéraire, nous documentons l'origine de notre travail pédagogique en lien avec nos expériences de chercheur en études en danse. Nous soulevons un questionnement éthique autour de l'acte de création de l'écrivain⸳e et de sa relation au milieu littéraire. D'un chapitre à l'autre, nous présentons l'éducation somatique et deux cycles d'ateliers, organisés en 2018 (Italie) et en 2019 (Québec), durant lesquels des auteurices exécutent des exercices de yoga, de Feldenkrais et des automassages Do-In, et écrivent des œuvres littéraires. Ces deux expériences nous ont permis de concevoir le terrain de recherche conclusif de notre doctorat, organisé à l'été 2020, où nous avons convié cinq auteurices professionnel⸳le⸳s pour avoir leur avis critique. Dans l'essai, nous analysons les créations et les documents réflexifs produits par les participant⸳e⸳s. Nous définissons un « paradigme somatique » en littérature, entendu comme un questionnement et un point de vue sur l'écrivain⸳e par un dispositif mouvement+écriture. Notre thèse se clôt avec des suggestions d'introduction de l'éducation somatique dans des cours théoriques et pratiques en études littéraires. / In the novel Bar Italia 90, Giulia separates from her husband Neri, leaves her children and parents, moves from the countryside of Alessandria to Turin, a city in northern Italy. She meets her neighbour Mara, for whom she develops a great fascination. Giulia, the narrator of the novel, recounts the nightly adventures she has with other rootless thirty-somethings, fleeing their families, some of them of foreign origin. They spend their days in the Italia 90 bar, managed by Meddur. At the center of this microcosm, Mara plays the role of coryphée, organizing the outings and capturing the attention of the bar's customers with her fantastic stories. After having started a love story with Mara, Giulia loses track of her. Ten years later, a woman with a shifting identity, calling herself Giulia or Mara depending on the occasion, lives in Montreal. From the time of the Italia 90 bar, she keeps a friendship with Meddur, who also lives in Quebec and maintains with her a ritual of imaginary meetings with their old Italian friends. The experience of friendship unfolds in alternating chapters taking place in Turin in the 2000s and in Montreal in 2018. Gradually, we discover a drama that has forever marked the existence of the characters. The second part of the thesis is an essay questioning a creative writing process enhanced by exercises from somatic education. This process allowed the writing of the novel. We teach our method in somatic writing workshops. In Du corps à l'écriture. L'apport des pratiques somatiques à la création littéraire, we document the origin of our pedagogical work in relation to our experiences as researcher in dance studies. We also raise an ethical questioning around the writer's act of creation and his relationship to the literary milieu. From one chapter to the next, we present somatic education and two cycles of workshops, organized in 2018 (Italy) and 2019 (Quebec), during which authors perform yoga, Feldenkrais, and Do-In self-massage exercises, and write literary works. These two experiences allowed us to design the concluding research field of our PhD, organized in the summer of 2020, where we invited five professional authors to get their critical opinions. In the essay, we analyze the creations and reflective documents produced by the participants. We define a "somatic paradigm" in literature, understood as a questioning and view of the writer through a movement+writing device. Our thesis closes with suggestions for introducing somatic education into theoretical and practical courses in literary studies.

Dans le roman Bar Italia 90, Giulia se sépare de son mari Neri, quitte ses enfants et ses parents, part de la campagne d'Alessandria et déménage à Turin, ville de l'Italie du nord. Elle rencontre sa voisine Mara, pour laquelle elle développe une grande fascination. Giulia raconte les aventures nocturnes qu'elle vit avec d'autres trentenaires déraciné·e·s, fuyant leur famille, pour certain·e·s d'origine étrangère. Iels passent leurs journées au bar Italia 90, géré par Meddur. Au centre de ce microcosme, Mara joue le rôle de coryphée, organise les sorties et capte l'attention des client·e·s du bar grâce à ses récits fantastiques. Après avoir entamé une histoire d'amour avec Mara, Giulia perd sa trace. Dix ans après, une femme à l'identité changeante, s'appelant Giulia ou Mara selon les occasions, vit à Montréal. De l'époque du bar Italia 90, elle garde une amitié avec Meddur, lequel habite aussi au Québec et entretient avec elle un rituel de rencontres imaginaires avec leurs ancien·ne·s ami·e·s italien·ne·s. L'expérience de l'amitié se déploie dans l'alternance de chapitres se déroulant à Turin dans les années 2000 et à Montréal en 2018. Progressivement, on découvre un drame qui a marqué à jamais l'existence des personnages. La seconde partie de la thèse est un essai questionnant un processus de création littéraire nourri par des exercices issus de l'éducation somatique. Ce processus a permis l'écriture du roman. Nous enseignons notre méthode dans des ateliers somatiques d'écriture. Dans Du corps à l'écriture. L'apport des pratiques somatiques à la création littéraire, nous documentons l'origine de notre travail pédagogique en lien avec nos expériences de chercheur en études en danse. Nous soulevons un questionnement éthique autour de l'acte de création de l'écrivain·e et de sa relation au milieu littéraire. D'un chapitre à l'autre, nous présentons l'éducation somatique et deux cycles d'ateliers, organisés en 2018 (Italie) et en 2019 (Québec), durant lesquels des auteurices exécutent des exercices de yoga, de Feldenkrais et des automassages Do-In, et écrivent des œuvres littéraires. Ces deux expériences nous ont permis de concevoir le terrain de recherche conclusif de notre doctorat, organisé à l'été 2020, où nous avons convié cinq auteurices professionnel·le·s pour avoir leur avis critique. Dans l'essai, nous analysons les créations et les documents réflexifs produits par les participant·e·s. Nous définissons un « paradigme somatique » en littérature, entendu comme un questionnement et un point de vue sur l'écrivain·e par un dispositif mouvement+écriture. Notre thèse se clôt avec des suggestions d'introduction de l'éducation somatique dans des cours théoriques et pratiques en études littéraires. / In the novel Bar Italia 90, Giulia separates from her husband Neri, leaves her children and parents, moves from the countryside of Alessandria to Turin, a city in northern Italy. She meets her neighbour Mara, for whom she develops a great fascination. Giulia, the narrator of the novel, recounts the nightly adventures she has with other rootless thirty-somethings, fleeing their families, some of them of foreign origin. They spend their days in the Italia 90 bar, managed by Meddur. At the center of this microcosm, Mara plays the role of coryphée, organizing the outings and capturing the attention of the bar's customers with her fantastic stories. After having started a love story with Mara, Giulia loses track of her. Ten years later, a woman with a shifting identity, calling herself Giulia or Mara depending on the occasion, lives in Montreal. From the time of the Italia 90 bar, she keeps a friendship with Meddur, who also lives in Quebec and maintains with her a ritual of imaginary meetings with their old Italian friends. The experience of friendship unfolds in alternating chapters taking place in Turin in the 2000s and in Montreal in 2018. Gradually, we discover a drama that has forever marked the existence of the characters. The second part of the thesis is an essay questioning a creative writing process enhanced by exercises from somatic education. This process allowed the writing of the novel. We teach our method in somatic writing workshops. In Du corps à l'écriture. L'apport des pratiques somatiques à la création littéraire, we document the origin of our pedagogical work in relation to our experiences as researcher in dance studies. We also raise an ethical questioning around the writer's act of creation and his relationship to the literary milieu. From one chapter to the next, we present somatic education and two cycles of workshops, organized in 2018 (Italy) and 2019 (Quebec), during which authors perform yoga, Feldenkrais, and Do-In self-massage exercises, and write literary works. These two experiences allowed us to design the concluding research field of our PhD, organized in the summer of 2020, where we invited five professional authors to get their critical opinions. In the essay, we analyze the creations and reflective documents produced by the participants. We define a "somatic paradigm" in literature, understood as a questioning and view of the writer through a movement+writing device. Our thesis closes with suggestions for introducing somatic education into theoretical and practical courses in literary studies.

Chez le pin maritime l’embryogenèse somatique, méthode de multiplication végétative performante, n’est pas optimisée la limite étant le contrôle du développement des embryons somatiques (ES). Nos objectifs ont été 1) d’étudier les mécanismes physiologiques, cellulaires et moléculaires précoces contrôlant la différenciation des ES en réponse à une disponibilité en eau réduite 2) d’évaluer pour l'ES cotylédonaire de 12 semaines son état de maturité, son protéome afin de les comparer à l'embryon zygotique (EZ). 1) Pour le 1er objectif, le rapprochement de données de transcriptomique et de protéomique a été entrepris. Nous avons observé une réponse physiologique et moléculaire ABA-dépendante entrainant une transition précoce de la prolifération vers la différenciation des ES (surexpression de protéines impliquées dans la division cellulaire, l'embryogenèse et la synthèse de l'amidon). Une protéine de type germine et une ubiquitine ligase apparaissent comme marqueurs potentiels de l’embryogenèse somatique précoce du pin maritime, alors que la protéine phosphatase 2C marque la réponse adaptative à l’environnement de culture. 2) La maturité de l’ES cotylédonaire a été étudiée aux niveaux physiologiques (masse sèche, teneur en eau) et biochimiques (teneur en protéines totales, en sucres solubles). Des ES de 10, 12 ou 14 semaines se révèlent semblables. Une méthode de classification hiérarchique ascendante basée sur 9 variables explicatives, montre que l’ES est similaire à l’EZ cotylédonaire frais (protéomes présentant 94% d’homologie). Parmi les protéines communes, 3 familles ont été identifiées (protéines de réserve, protéines de réponse au stress HSP, protéines LEA) ainsi que l’aldose réductase et l’adénosine kinase. Nous les proposons comme marqueurs génériques du stade cotylédonaire de l'embryogenèse tardive du pin maritime. L’ensemble des résultats contribue à une meilleure compréhension de l’embryogenèse somatique du pin maritime. / In maritime pine somatic embryogenesis, a powerful method of vegetative propagation, is not optimized the limitation being the control of the somatic embryo (SE) development. Our objectives were 1) To study the early physiological, cellular and molecular mechanisms controlling SE differentiation in response to a reduced water availability 2) to estimate for cotyledonary SE 12 weeks old, its maturity, its proteome to compare them to the zygotique embryo (ZE). 1) For the 1st objective, transcriptomic and proteomic data were combined. We observed a physiological and molecular answer ABA-dependent, inducing an early transition from proliferation towards SE differentiation (surexpression of proteins involved in the cellular division, the embryogenesis and in starch synthesis). A protein of germin type and an ubiquitine ligase appear as potential markers of the early somatic embryogenesis of maritime pine, while the phosphatase protein 2C stands out the adaptive answer to the environment of culture. 2) Cotyledonary SE maturity was studied at the physiological (dry weight, water content) and biochemical levels (total protein content, soluble sugars). SE of 10, 12 or 14 weeks old appeared very similar. A hierarchical ascendant cluster analysis based on 9 explanatory variables, shows that SE is similar to the fresh cotyledonary EZ; proteome profiling further confirmed high similarity (94.5%) between them. Protein profiling revealed biomarkers belonging to 3 large families of proteins (HSP, LEA and storage proteins) or the aldose reductase and the adenosine kinase. We propose them as generic markers of the cotyledonary stage of the late embryogenesis of the maritime pine. All the results contribute to a better understanding of the somatic embryogenesis of maritime pine.

L’anorexie mentale est une pathologie affectant à la fois la santé mentale et la santé physique. Les formes les plus sévères alors qu’elles nécessitent des soins hospitaliers longs, ont un taux d’échappement aux soins très élevé (20% des adolescents et 60% des adultes) et sont celles présentant le plus mauvais pronostic. Or cet échappement aux soins (ou sortie prématurée) génère à la fois des rechutes et une chronicisation. Si le devenir à long terme de ces patients est documenté, les études centrées sur les formes les plus sévères sont peu nombreuses, et parmi elles, celles prenant en compte simultanément les aspects somatiques et psychiques de leur évolution sont quasi inexistantes. C’est pourquoi, après une mise au point sur les données épidémiologiques, concernant l’anorexie mentale, nous avons choisi de centrer notre travail de thèse sur d’une part la recherche de facteurs expliquant l’échappement aux soins, et pouvant devenir des cibles thérapeutiques, et d’autre part le devenir physique et psychique de ces sujets dix ans après une hospitalisation.La première étude portant sur 180 patients issus de dix centres français prenant en charge des patients anorexiques sévères, s’est appuyé sur une étude d’épidémiologie clinique prospective multicentrique appelée EVALHOSPITAM. Notre objectif était d’identifier des facteurs prédictifs de l’échappement prématuré aux soins lors d’une hospitalisation pour anorexie mentale. En effet, la prise en compte de tels facteurs dès l’admission permettrait peut-être de diminuer l’échappement prématuré aux soins en cours d’hospitalisation, et par là contribuerait à améliorer le pronostic de ces sujets. La seconde étude expose les résultats d’une étude de devenir de ces patients hospitalisés à l’adolescence neuf années en moyenne après une hospitalisation. Notre travail se centre sur le devenir somatique à long terme de patients ayant souffert d’anorexie mentale, son lien avec le devenir psychique et une comparaison avec un échantillon issu de la population générale de même âge et de même sexe. / Anorexia nervosa is a disease that affects both mental and physical health. The most severe forms as they require long hospital care, with a drop-out rate very high (20% of adolescents and 60% of adults) are those with the worst prognosis. But this drop-out (or early exit) generates both relapse and a chronicisation. If the long-term outcome of these patients is documented, studies focusing on the most severe forms are few, and among them, those taking into account both the somatic and psychic aspects of their outcome are almost nonexistent. That’s why, after focusing on epidemiological data on anorexia nervosa, we chose to focus our thesis on first the search for factors explaining the drop-out and may become therapeutic targets, and second the physical and psychological outcome of these subjects ten years after hospitalization.The first study of 180 patients from ten centers taking care of severe anorexic patients, relied on a prospective clinical multicenter epidemiological study called EVALHOSPITAM. Our objective was to identify predictors of drop-out during hospitalization for anorexia nervosa. Indeed, taking into account such factors upon admission might help reduce drop-out during hospitalization, and thus help to improve the prognosis of these subjects.The second study presents the results of an outcome study of patients hospitalized during adolescence on average nine years before. Our work focuses on the somatic outcome of long-term patients who suffered from anorexia nervosa, its link to psychiatric outcome and finally a comparison with a sample from the general population of the same age and sex.

Le virus Nipah (NiV) est un virus hautement pathogène responsable d’encéphalites et de syndromes respiratoires sévères chez l’humain. Les chauves-souris appartenant au genre Pteropus sont le réservoir naturel du NiV et ne développent pas de symptômes cliniques d’infection. Comprendre les relations entre l’hôte réservoir et le pathogène requiert la disponibilité de modèles pertinents pour l’étude des interactions. Les études portent à la fois sur le virus et son hôte. Ainsi, nous avons caractérisé phylogénétiquement la souche cambodgienne du NiV isolée de chauves-souris Pteropus et nous l’avons comparée avec les souches isolées chez l’homme. De plus, en absence du génome de référence pour l’espèce de chauve-souris Pteropus giganteus, nous avons séquencé et assemblé le génome de cette espèce, hôte réservoir de la souche NiV-Bangladesh, qui est en circulation actuellement. Enfin, afin d’obtenir des phénotypes cellulaires plus pertinents que des cellules immortalisées pour l’étude des interactions entre le NiV et les chauves-souris du genre Pteropus – les seules disponibles actuellement - nous avons utilisé la reprogrammation somatique sur des cellules primaires de chauve-souris Pteropus. Cette technique permet d’obtenir des cellules souches présentant la capacité d’autorenouvellement et de différenciation. En utilisant une combinaison originale de trois facteurs de transcription, nous avons généré les premières cellules reprogrammées de chauves-souris Pteropus exprimant des caractéristiques de cellules souches. Nous avons démontré que ces cellules sont très susceptibles à l’infection par le NiV mais incapables de produire de l’interféron et d’activer les cascades de signalisations antivirales en réponse à une stimulation avec de l’ARN double brin, contrairement aux cellules primaires. Le développement de ce modèle original ouvre de nouvelles perspectives pour l’étude des interactions entre l’hôte réservoir et le pathogène et pour l’identification de facteurs contrôlant la susceptibilité à l’infection par le NiV, et potentiellement par d’autres virus hébergés par des chauves-souris. / Nipah virus (NiV) is a highly pathogenic virus that causes encephalitis and severe respiratory syndromes in humans. Pteropus bats are the reservoir of NiV and do not show any clinical symptoms. In order to understand the host reservoir - pathogen interactions, the relevant models are needed. Such studies focus on both the virus and its host. A phylogenetically characterization of the NiV Cambodian strain obtained from Pteropus bats was performed and this virus was compared with human ones. In addition, we sequenced and assembled the genome of Pteropus giganteus bat, the natural host of the NiV-Bangladesh strain, which is currently circulating. Up to date, most studies have used immortalized primary cells that are not natural target of the virus. In order to get reprogrammed stem cells, a somatic reprogramming approach was applied to various Pteropus primary cells. The reprogrammed cells are capable of self-renew and differente in different cell lineages. Using an original mix of transcription factors, we derived reprogrammed cells exhibiting stem cells features. We demonstrated the high susceptibly of these cells to henipavirus infections compared with the very low level of infection of the initial primary cells. Generated bat reprogrammed cells do not induce interferon production and signalisation in response to dsRNA. The development of this original model opens new perspectives on virus-host interaction studies, especially that of cellular anti-viral response by identifying factors controlling either susceptibility or restriction to the NiV infection, and possibly other viruses hosted by bats.

Summary : The wild diploïd species Gossypium australe carry interesting agronomic characters such as resistance to wilt fusarium and "delay of the gossypol glands morphogenesis in the seed " that makes it an important source of variability for the genetic improvement of the main cultivated cotton species G. hirsutum. One of the approach to introgress these characters is to isolate and exploit monosomic alien addition lines (MAAL). In order to isolate new MAAL of G. australe in G. hirsutum, the [2(G.hirsutum x G.australe)x G.hirsutum] pentaploid was backcrossed as male parent to G. hirsutum. Among the 253 BC1 derivatives obtained, 106 plants (42%) presented morphological alterations attributed to presence of G. australe chromatin. To define an SSR linkage group for each of the 13 G. australe chromosomes, 42 plants representative of the phenotypic variability observed in the BC1 generation and seven alien addition lines already isolated in our laboratory were analyzed using SSR markers developed from the G. hirsutum species. Out of the 150 SSR markers used, 100 % amplified G. australe DNA and 84 (56 %) generated 89 polymorphic loci. All these loci but two have been assigned, by means of an cluster algorithm, to 13 linkage groups assumed to match up to the 13 chromosomes of the diploid species. On this basis, about 60% of the analyzed plants were multisomic addition lines, 20%, MAAL while 20 % carrying no markers were supposed to be euploid. The newly isolated MAAL appeared to be the same as those already available. Five disomic alien addition plants carrying at least one additional chromosome different from the chromosomes of G. australe previously isolated in a monosomic addition configuration were selfed and the BC1S1 progenies obtained have been analyzed with SSR markers and GISH. Five new MAAL of G. australe in G. hirsutum have thus been isolated. In order to monitor the potentialities of using MAAL for the transfer of genetic material from the additional chromosome to the genetic background, the transmission frequency and integrity of the supernumerary chromosome have been analyzed with SSR markers in the self-progeny of five MAAL. Three of them revealed a transmission frequency significantly lower than the 3:1 expected ratio, one MAAL presented an exclusive preferential transmission of the additional chromosome. In these four MAAL the alien chromosome was transmitted almost unaltered. With the fifth MAAL the alien chromosome was normally transmitted but was altered in half of the plants containing G. australe chromatin. One of the investigated MAAL characterized by its brown fiber produced few plants carrying also white fibers. It has been shown that this mosaicism was due to the loss of the alien supernumerary chromosome. The complete loss of this chromosome seems to be linked to its fragmentation. Résumé : L'espèce diploïde sauvage Gossypium australe possède des caractères agronomiques d'intérêt tels que la résistance au fusarium et le "retard à la morphogenèse des glandes à gossypol" qui en font une importante source de variabilité pour l'amélioration génétique de la principale espèce de cotonnier cultivé G. hirsutum. Une des approches pour l'introgression de ces caractères est la production et l'exploitation de lignées monosomiques d'addition (LMA). Pour isoler les LMA de G. australe sur G. hirsutum, le pentaploïde [2(G.hirsutum x G.australe)x G.hirsutum] a été rétrocroisé comme parent mâle avec l'espèce tétraploïde. Sur les 253 graines obtenues, 106 (42%) ont donné des plantes présentant une morphologie nettement distincte de celle de G. hirsutum. Cette différence a été attribuée à la présence de chromosomes de G. australe. Afin de définir des groupes de liaison pour chacun des chromosomes de G. australe, 42 plantes représentatives de la variabilité phénotypique observée ainsi que 7 lignées d'addition déjà isolées ont été sélectionnées et analysées avec des marqueurs SSR développés sur l'espèce tétraploïde. Tous les 150 marqueurs utilisés ont amplifié l'ADN de G. australe et 84 (56%) ont généré 89 loci polymorphes. Tous ces loci, sauf deux, ont pu être assignés, par classification numérique, à 13 groupes de liaison supposés correspondre aux 13 chromosomes de l'espèce diploïde. Sur cette base, 60% des plantes analysées sont des plurisomiques d'addition; 20%, des LMA tandis que 20 % ne portant aucun marqueur ont été supposées euploïdes. Les nouvelles LMA isolées s'étant révélées être identiques à celles déjà isolées, 5 plantes disomiques d'addition portant au moins un chromosome non-encore isolé à l'état monosomique d'addition ont été autofécondées et leur descendance analysée avec des marqueurs SSR et par la GISH. Cinq nouvelles LMA ont pu ainsi être isolées. Afin d'étudier les potentialités d'utilisation de la méthode des LMA pour le transfert de matériel génétique de l'espèce sauvage vers l'espèce cultivée, la fréquence de transmission et l'intégrité du chromosome surnuméraire, a été analysée avec des marqueurs SSR dans une génération autofécondée de cinq LMA. Trois lignées ont donné un taux de transmission inférieur au ratio attendu de 3:1, chez la quatrième lignée le chromosome surnuméraire a été transmis à toute la descendance. Pour ces quatre lignées le chromosome additionnel a été transmis presque inaltéré. Avec la cinquième lignée, le chromosome additionnel a été transmis suivant le taux attendu mais a été altéré dans la moitié des plantes contenant de la chromatine de G. australe. Une des lignées analysées caractérisée par la couleur brune de ses fibres a produit quelques plantes portant également des fibres blanches. Il a été montré que ce mosaïcisme de la couleur des fibres était dû à la perte du chromosome additionnel. Cette perte semble être liée à une fragmentation du chromosome.

L'anorexie mentale est une pathologie affectant à la fois la santé mentale et la santé physique. Les formes les plus sévères alors qu'elles nécessitent des soins hospitaliers longs, ont un taux d'échappement aux soins très élevé (20% des adolescents et 60% des adultes) et sont celles présentant le plus mauvais pronostic. Or cet échappement aux soins (ou sortie prématurée) génère à la fois des rechutes et une chronicisation. Si le devenir à long terme de ces patients est documenté, les études centrées sur les formes les plus sévères sont peu nombreuses, et parmi elles, celles prenant en compte simultanément les aspects somatiques et psychiques de leur évolution sont quasi inexistantes. C'est pourquoi, après une mise au point sur les données épidémiologiques, concernant l'anorexie mentale, nous avons choisi de centrer notre travail de thèse sur d'une part la recherche de facteurs expliquant l'échappement aux soins, et pouvant devenir des cibles thérapeutiques, et d'autre part le devenir physique et psychique de ces sujets dix ans après une hospitalisation.La première étude portant sur 180 patients issus de dix centres français prenant en charge des patients anorexiques sévères, s'est appuyé sur une étude d'épidémiologie clinique prospective multicentrique appelée EVALHOSPITAM. Notre objectif était d'identifier des facteurs prédictifs de l'échappement prématuré aux soins lors d'une hospitalisation pour anorexie mentale. En effet, la prise en compte de tels facteurs dès l'admission permettrait peut-être de diminuer l'échappement prématuré aux soins en cours d'hospitalisation, et par là contribuerait à améliorer le pronostic de ces sujets. La seconde étude expose les résultats d'une étude de devenir de ces patients hospitalisés à l'adolescence neuf années en moyenne après une hospitalisation. Notre travail se centre sur le devenir somatique à long terme de patients ayant souffert d'anorexie mentale, son lien avec le devenir psychique et une comparaison avec un échantillon issu de la population générale de même âge et de même sexe.

Pour augmenter l'affinité des anticorps sécrétés en réponse à un antigène, les gènes d'immunoglobulines subissent l'hypermutation somatique, une mutagénèse adaptative initiée par l'action de l'activation-induced cytidine deaminase (AID). L'uracile provenant de la désamination des cytosines par cette enzyme est réparé de façon erronée par la suite : si il est pris en charge par l'uracile N-glycosylase (UNG), enzyme à l'origine d'une réparation poursuivie habituellement par des composantes de la voie du "base-excision repair", il reste à sa place un site abasique franchissable par les ADN polymérases translésionnelles avec un taux d'erreur très élevé. Si le mésappariement U:G est reconnu par la voie du " mismatch repair ", le brin d'ADN entourant le U est dégradé puis néo-synthétisé par une autre ADN polymérase translésionnelle particulièrement mutagène en face des bases T et A, la polymérase eta. Nous avons proposé que le choix entre ces deux voies de réparation mutagènes puisse être régulé en fonction du cycle cellulaire: les mutations des paires A:T seraient introduites dans les gènes d'immunoglobulines par la voie du mismatch repair en phase G1 alors que la voie erronée d'UN introduirait les autres mutations lors de la phase S. Nous sommes parvenus à restreindre l'activité de l'AID à deux parties distinctes du cycle, la phase G1 ou les phases S/G2/M, et nous avons établi le fonctionnement de ce système dans le modèle murin. De façon surprenante, nous avons détecté un taux de mutation proche du bruit de fond chez toutes les souris dont l'AID opérait uniquement dans les phases S/G2/M. Par contre, les souris dont l'AID a été restreinte en G1 présentaient un spectre de mutation diversifié sur les quatre bases et similaire au normal. A la lumière de ces résultats, nous proposons que les lésions introduites tout au long du cycle par l'AID soient diversifiées par les acteurs de l'hypermutation somatique pendant la phase G1, alors que les lésions seraient soit réparées de façon fidèle en dehors de cette phase-là, soit de faible impact. Afin d'expliquer le biais de brin dans l'hypermutation somatique observé pour les mutations sur les bases A :T, nous proposons pour l'ADN polymérase eta un rôle inhabituel de réparation du brin portant la " lésion ", et non de synthèse translésionnelle classique en face de cette lésion. Nous avons analysé le profil, le taux et la distribution des mutations introduites par Pol eta sur un oligonucléotide cible pour l'hypermutation, qui a été inséré au locus des immunoglobulines et utilisé pour l'établissement des souris knock-in avec un fond génétique déficient ou non en UNG. Nos résultats, selon lesquels Pol eta continue de cibler le brin codant indépendamment de la localisation des " points d'entrée " en forme d'uraciles, contredisent les rapports déjà publiés sur ce sujet. De façon inattendue, nos résultats mettent en évidence une coopération entre les voies UNG et et les activités endonucléasique du mismatch repair, fournissant la cassure simple brin qui va permettre d'initier la resynthèse à fort taux d'erreur à l'origine de la mutagénèse A/T. Ces résultats résolvent aussi le paradoxe de la non-participation apparente du complexe effecteur du mismatch repair (Mlh1/Pms2) dans le processus d'hypermutation, en proposant qu'il fonctionne en redondance avec UNG, dans une distribution des tâches qui dépend du contexte de la séquence ciblée et de la densité du processus de deamination.

Chez le pin maritime l'embryogenèse somatique, méthode de multiplication végétative performante, n'est pas optimisée la limite étant le contrôle du développement des embryons somatiques (ES). Nos objectifs ont été 1) d'étudier les mécanismes physiologiques, cellulaires et moléculaires précoces contrôlant la différenciation des ES en réponse à une disponibilité en eau réduite 2) d'évaluer pour l'ES cotylédonaire de 12 semaines son état de maturité, son protéome afin de les comparer à l'embryon zygotique (EZ). 1) Pour le 1er objectif, le rapprochement de données de transcriptomique et de protéomique a été entrepris. Nous avons observé une réponse physiologique et moléculaire ABA-dépendante entrainant une transition précoce de la prolifération vers la différenciation des ES (surexpression de protéines impliquées dans la division cellulaire, l'embryogenèse et la synthèse de l'amidon). Une protéine de type germine et une ubiquitine ligase apparaissent comme marqueurs potentiels de l'embryogenèse somatique précoce du pin maritime, alors que la protéine phosphatase 2C marque la réponse adaptative à l'environnement de culture. 2) La maturité de l'ES cotylédonaire a été étudiée aux niveaux physiologiques (masse sèche, teneur en eau) et biochimiques (teneur en protéines totales, en sucres solubles). Des ES de 10, 12 ou 14 semaines se révèlent semblables. Une méthode de classification hiérarchique ascendante basée sur 9 variables explicatives, montre que l'ES est similaire à l'EZ cotylédonaire frais (protéomes présentant 94% d'homologie). Parmi les protéines communes, 3 familles ont été identifiées (protéines de réserve, protéines de réponse au stress HSP, protéines LEA) ainsi que l'aldose réductase et l'adénosine kinase. Nous les proposons comme marqueurs génériques du stade cotylédonaire de l'embryogenèse tardive du pin maritime. L'ensemble des résultats contribue à une meilleure compréhension de l'embryogenèse somatique du pin maritime.

Pour augmenter l'affinité des anticorps sécrétés en réponse à un antigène, les gènes d'immunoglobulines subissent l'hypermutation somatique, une mutagénèse adaptative initiée par l'action de l'activation-induced cytidine deaminase (AID). L'uracile provenant de la désamination des cytosines par cette enzyme est réparé de façon erronée par la suite : si il est pris en charge par l'uracile N-glycosylase (UNG), enzyme à l'origine d'une réparation poursuivie habituellement par des composantes de la voie du "base-excision repair", il reste à sa place un site abasique franchissable par les ADN polymérases translésionnelles avec un taux d'erreur très élevé. Si le mésappariement U:G est reconnu par la voie du " mismatch repair ", le brin d'ADN entourant le U est dégradé puis néo-synthétisé par une autre ADN polymérase translésionnelle particulièrement mutagène en face des bases T et A, la polymérase eta. Nous avons proposé que le choix entre ces deux voies de réparation mutagènes puisse être régulé en fonction du cycle cellulaire: les mutations des paires A:T seraient introduites dans les gènes d'immunoglobulines par la voie du mismatch repair en phase G1 alors que la voie erronée d'UN introduirait les autres mutations lors de la phase S. Nous sommes parvenus à restreindre l'activité de l'AID à deux parties distinctes du cycle, la phase G1 ou les phases S/G2/M, et nous avons établi le fonctionnement de ce système dans le modèle murin. De façon surprenante, nous avons détecté un taux de mutation proche du bruit de fond chez toutes les souris dont l'AID opérait uniquement dans les phases S/G2/M. Par contre, les souris dont l'AID a été restreinte en G1 présentaient un spectre de mutation diversifié sur les quatre bases et similaire au normal. A la lumière de ces résultats, nous proposons que les lésions introduites tout au long du cycle par l'AID soient diversifiées par les acteurs de l'hypermutation somatique pendant la phase G1, alors que les lésions seraient soit réparées de façon fidèle en dehors de cette phase-là, soit de faible impact. Afin d'expliquer le biais de brin dans l'hypermutation somatique observé pour les mutations sur les bases A :T, nous proposons pour l'ADN polymérase eta un rôle inhabituel de réparation du brin portant la " lésion ", et non de synthèse translésionnelle classique en face de cette lésion. Nous avons analysé le profil, le taux et la distribution des mutations introduites par Pol eta sur un oligonucléotide cible pour l'hypermutation, qui a été inséré au locus des immunoglobulines et utilisé pour l'établissement des souris knock-in avec un fond génétique déficient ou non en UNG. Nos résultats, selon lesquels Pol eta continue de cibler le brin codant indépendamment de la localisation des " points d'entrée " en forme d'uraciles, contredisent les rapports déjà publiés sur ce sujet. De façon inattendue, nos résultats mettent en évidence une coopération entre les voies UNG et et les activités endonucléasique du mismatch repair, fournissant la cassure simple brin qui va permettre d'initier la resynthèse à fort taux d'erreur à l'origine de la mutagénèse A/T. Ces résultats résolvent aussi le paradoxe de la non-participation apparente du complexe effecteur du mismatch repair (Mlh1/Pms2) dans le processus d'hypermutation, en proposant qu'il fonctionne en redondance avec UNG, dans une distribution des tâches qui dépend du contexte de la séquence ciblée et de la densité du processus de deamination.