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The Music of the Stars : Spectroscopy of Pulsations in gamma Doradus Stars

Brunsden, Emily January 2013 (has links)
The mysteries of the interior structures of stars are being tackled with asteroseismology. The observable parameters of the surface pulsations of stars inform us of the interior characteristics of numerous classes of stars. The main-sequence gamma Doradus stars, just a little hotter than the Sun, offer the potential of determining stellar structure right down to the core. To determine the structural profile of a star, the observed frequencies and a full geometric description must be determined. This is only possible with long-term spectroscopic monitoring and careful analysis of the pulsation signature in spectral lines. This work seeks to identify the pulsational geometry of several gamma Doradus stars and to identify areas of improvement for current observation, analysis and modelling techniques. More than 4500 spectra were gathered on five stars for this purpose. For three stars a successful multi-frequency and mode identification solution was determined and significant progress has been made towards the understanding of a binary system involving a gammaDoradus star. A hybrid gamma Doradus/\delta Scuti pulsator was also intensely monitored and results from this work raise important questions about the classification of this type of star. Current analysis techniques were found to be fit-for-purpose for pure gamma Doradus stars, but stars with complexities such as hybrid pulsations and/or fast rotation require future development of the current models.
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Characterization of myocardial infarction and its repair in pig models using MRI and optical spectroscopy and imaging

Yang, Yanmin 08 July 2010 (has links)
The goals of the thesis were to, in pig models, (1) assess manganese-enhanced magnetic resonance imaging (MEMRI) in the characterization of acute and chronic ischemia-induced myocardial infarction (MI), (2) characterize cryoinjury-induced MI with contrast-enhanced MRI and optical methods, and (3) observe the effects of locally released angiogenic factors on the repair of cryoinjury-induced MI. Firstly, after acute MI was established by occlusion of the coronary artery branches, the pig hearts were isolated and mounted onto an ex vivo perfusion system inside a 7T magnet. After administration of MnCl2, T1-weighted MR images showed gradual enhancement of signal intensity within the normal myocardium, whereas the ischemic counterpart remained hypointense. During chronic MI progression, the intensity increased slowly after exposure to MnCl2 within the infarcted myocardium. Secondly, a new MI model was tested via direct 2-min contact of left ventricular epicardium with a liquid nitrogen-cooled aluminum bar. Subsequent in vivo Gd-enhanced MRI showed a uniform hypointense area (~10 mm in depth) surrounded by a hyperintense rim. Histology showed erythrocytes embolism within the cryolesion with a thin necrotic rim neighboring the normal myocardium. Four weeks later, the cryoinjured myocardium was replaced by scar tissue. Thirdly, in vivo MEMRI was tested on this cryoinjury model. After intravenous administration of MnCl2 via intermittent bolus or continuous infusion, normal myocardium showed prolonged hyperintense, which led to significant signal contrast between it and cryoinjured myocardium. Continuous infusion scheme minimized hemodynamic fluctuation. Finally, angiogenic therapy was assessed by anchoring of vascular growth factors-loaded alginate beads or adipose-derived stem cells (ADSCs)-loaded agarose patch on top of the cryoinjured myocardium. Gd-enhanced MRI revealed (1) growth of new tissue wrapping the growth factors-loaded alginate beads and (2) higher perfusion within the ADSCs-treated cryoinjured myocardium as compared with the growth factors-treated counterpart. Histological and fluorescent microsphere examination revealed that ADSCs induced more significant growth of mature microvasculature within the cryoinjured myocardium. These results indicate that MnCl2 could characterize MI ex vivo and in vivo. Epicardial implantation of ADSCs-loaded agarose hydrogel can induce angiogenesis within the cryoinjured myocardium, a form of MI with similar progression features as that induced by ischemia.
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Capturing molecules with templated materials: analysis and rational design of molecularly imprinted polymers

Wei, Shuting 09 July 2007 (has links)
Advantages such as chemical, mechanical and thermal stability together with high selectivity for the templated analyte render molecularly imprinted polymers MIPs interesting alternatives to routinely applied separation materials or antibodies. Nevertheless, many factors such as the choice of functional monomer, cross-linker, and porogenic solvent, as well as the ratio between template, functional monomer, and cross-linker will affect the resulting imprinting efficiency and polymer particle size and morphology. The research described in this thesis contributes to the development of new synthetic strategies for the generation of imprinted micro- and nanospheres for 17beta-estradiol (E2) focusing on accurate control and optimization of the governing parameters for precipitation polymerization, including the polymerization temperature and the cross-linker, yielding a one-step synthetic approach with superior control on the bead diameter, shape, monodispersity and imprinting efficiency. Thus synthesized imprinting materials for E2 were successfully applied in HPLC separation, solid phase extraction and radioligand binding assays. As the optimization of imprinted materials is based on fundamental understanding of the binding site properties, the investigations is aimed at establishing a more rational basis for further tailoring imprinted materials to the desired analytical application. The relationships between the particle porosity and rebinding properties were detailed, providing useful guidelines for controlling the particle properties for the desired application including, SPE pre-concentration, HPLC separations, and biomimetic binding assays. Furthermore, analytical techniques (1H-NMR and IR, etc.) and molecular modeling were combined in this thesis to facilitate advanced understanding of the fundamental principles governing selective recognition of molecularly imprinted polymers at a molecular level. The molecular interactions involved in the templating process of molecularly imprinted polymers based on the self-assembly approach were simulated in molecular dynamic simulation model by building a modeling system include all the imprinting components with correct ratio, which has never been reported before. Molecular level interactions such as hydrogen bonding, π-π stacking interactions as well as the free energy governing complex formation of E2 with the functional monomers 4-vinylpyridine (4VP) and methacrylic acid (MAA), and the cross-linker divinylbenzene (DVB) were discussed.
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Estudo das substâncias húmicas em pedo-paisagem podzolizada na bacia do Alto Rio Negro- AM, Brasil / Study of humic substances in pedo-landscape podzolization from Upper Negro River Basin- AM, Brazil / Étude des las substances humiques dans le paysage podzolizé dans le bassin du Alto Rio Negro - AM, Brésil

Rossin, Bruna Gomes [UNESP] 08 November 2017 (has links)
Submitted by BRUNA GOMES ROSSIN null (brurossin@yahoo.com.br) on 2018-01-16T21:28:42Z No. of bitstreams: 1 tese_rossin__revisada.pdf: 2060097 bytes, checksum: ccf018e79ba7d548495e8a9622085918 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-01-17T17:03:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 rossin_bg_dr_rcla.pdf: 2036057 bytes, checksum: 0b476182ea6a3e7de27d4108efe72124 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-17T17:03:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rossin_bg_dr_rcla.pdf: 2036057 bytes, checksum: 0b476182ea6a3e7de27d4108efe72124 (MD5) Previous issue date: 2017-11-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / L'Amazonie est la plus grande forêt tropicale du monde, principalement en raison de sa biodiversité et contribue par exemple, à la dynamique du climat, séquestration du carbone et la régulation du cycle des éléments nutritifs et de l'eau à l'échelle mondiale. Les sols présents dans cet écosystème ont une participation importante à l'équilibre de l'eau et au transport du carbone. Ainsi, le but de cette étude était de comprendre la répartition des sols dans un micro-bassin d'eau sombre, le comportement des matériaux organiques en mettant l'accent sur les fractions d'acide fulvique et des acides humiques dans système podzolizé de sol en tenant compte des caractéristiques du sol et d'étudier la capacité de complexation des substances humiques avec Cu2 + et Al3 +. Pour cela, conséquent, nous avons utilisé des méthodes classiques de pédologique et des méthodes spectroscopiques, Infrarouge à transformèe de Fourier (FTIR), absorbance UV-visible et Fluorescence Quenching avec le traitement CP / PARAFAC pour atteindre les objectifs: (i) déterminer les étapes de traitement de pedo -paisage à travers l'étude des sols et la distribution spatiale des sols podzolisés et du gleysol dans un bassin versant (ii) caractériser substances humiques et comprendre les schémas de distribution des acides fulviens et humiques dans une séquence de sol podzols le long des profils et dans les horizons du sols en tenant compte des caractéristiques morphologiques, de la texture, du pH, carbone variation total et souterraine dans les horizons des sols d'une séquence de sols podzols; (iii) étudier la capacite de complexation des substances humiques (acides fulviques et humiques) des échantillons de sol de podzols dans le bassin du Alto Rio Negro, en identifiant les composants fluorescents des substances humiques, en évaluant les capacités et les constantes complexantes de ces substances avec les métaux Cu 2+ et Al 3+ et la comparaison avec les groupes fonctionnels avec la fluorescence infrarouge à transformée de Fourier (FTIR).Les résultats indiquent que le courant de masse du micro correspondent à une deuxième génération podzols qui se superposent sur gleysols et caractéristiques de distribution des acides fulviques et humiques sont liées à une partie des caractéristiques du sol telles que la texture et la variation de la nappe phréatique, de ce fait la distribution de substances humiques dans les différences de provaca du sol dans la dynamique de complexation des métaux entre l'acide fulvique et d'acide humique. Ainsi, alors que l'évolution des pédo-paysage n'a pas de lien direct avec les caractéristiques des substances humiques différences géochimiques entre l'acide fulvique et l'acide humique accompagner les transformations des sols présents dans le micro-bassin et sont importantes pour maintenir l'équilibre de pédo- paysage. / A Amazônia é a maior floresta tropical do mundo devido principalmente a sua biodiversidade, e contribui por exemplo, para a dinâmica do clima, sequestro de carbono e regulação do ciclo de nutrientes e água em escala global. Os solos presente neste ecossistema possuem significativa participação no balanço da água e transporte de carbono. Dessa maneira, o propósito deste estudo foi compreender a distribuição dos solos em uma micro-bacia de águas escuras, o comportamento das matérias orgânicas com o foco nas frações de ácidos fúlvicos e ácidos húmicos em sistema de solos podzolizados levando em conta as características dos solos e investigar a capacidade de complexação das substâncias húmicas, com Cu2+ e Al3+. Para tanto foram usados métodos convencionais da pedologia e métodos espectroscópicos, de espectroscopia de absorbância uv-visível infravermelho com transformada de Fourier e fluorescência quenching e o tratamento CP/PARAFAC, para se atingir os objetivos: (i) determinar as etapas de transformação da pedo-paisagem através do estudo dos solos e da distribuição espacial de solos podzolizados e gleisolos em micro-bacia de drenagem; (ii) caracterizar as substâncias húmicas e entender as regras de distribuição de ácidos fúlvicos e húmicos em sequência de espodossolos, ao longo de uma encosta, e nos horizontes ao longo dos perfis dos solos levando em consideração as características morfológicas, textura, pH, C total e variação do lençol freático; (iii) estudar a capacidade de complexação das substâncias húmicas (ácidos fúlvicos e húmicos) de amostras de solos podzóis na Bacia do Alto Rio Negro, através da identificação dos componentes fluorescentes das substâncias húmicas, da avaliação das capacidades e constantes de complexação destas substâncias com os metais Cu2+ e Al3+, e da comparação com os grupos funcionais obtidos com a fluorescência de Infravermelho com transformada de Fourier (FTIR).O resultados indicam que os solos atuais da microbacia correspondem a uma segunda geração de espodossolos que estão superimpondo sobre gleisolos e que a distribuição das características dos ácidos fúlvicos e húmicos estão relacionadas a algumas das características dos solos, como a textura e a variação do lençol freático, consequentemente essa distribuição das substâncias húmicas nos solos provaca diferenças na dinâmica de complexação dos metais entre os ácidos fúlvicos e ácidos húmicos. Portanto, embora a evolução da pedo-paisagem não tenha relação direta com as características das substâncias húmicas as diferenças geoquímicas entre os ácidos fúlvicos e ácidos húmicos acompanham as transformações dos solos presentes na micro-bacia e são importantes para a manutenção do equilíbrio da pedo-paisagem. / The Amazon is the largest rainforest in the world especially because of its biodiversity, and for instance, it contributes to the climate dynamic’s, carbon sequestration and regulation of nutrients and water cycle in global scale. The soils present in this ecosystem have significant participation in water balance and carbon transport. Therefore, the purpose of this study is to understand the behavior of fulvic and humic acid fractions in a podzolized soils system, taking into account soils characteristics and to investigate the complexing capacity of Cu + 2 and Al + 3. For this purpose, conventional pedology and spectroscopic methods, Uv- Visible absorbance Spectroscopy, Fourier Transform Infrared Spectrometry (FTIR) and Quenching Fluorescence using the CP/PARAFAC treatment were used to achieve the objectives: (i) to determine the stages of transformation of the pedo-landscape through the study of soils and the spatial distribution of podzolized soils and gleysol in a drainage basin; (ii) to characterize SH and to understand the distribution patterns of fulvic and humic acids in a podzolized soil sequence along a slope and in the horizons along the soil profiles taking into account the morphological characteristics, texture, pH, carbon total and groundwater variation in the horizons of the soils of a sequence of podzols soils; (iii) to study the complexing capacity of humic substances (fulvic and humic acids) of podzol soils samples in the Alto Rio Negro Basin, by identifying the fluorescent components of humic substances, evaluating capacities and complexing constants of these substances with the Cu 2+ and Al 3+ metals, and the comparison with the functional groups obtained with FTIR. The results indicate that the current soils of the micro-basin correspond to a second generation of podzol soil that are superimposing gleysols, and that its distribution characteristics of fulvic and humic acids are related to some of the soils characteristics, such as texture and variation of the water table, consequently this distribution of the humic substances in the soils causes differences in the metals complexing dynamics among fulvic and humic acids. Therefore, although the evolution of the soilscape has no straight connection with the characteristics of the humic substances and the geochemical differences among fulvic and humic acids follow the soils transformations present in the micro-basin and are important to the maintenance of the soilscape balance.
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Contribuição ao estudo fitoquímico de Richardia grandiflora (Cham.&Scltdl.) Steud.(Rubiaceae)

Pereira, Lázaro Robson de Araújo Brito 28 February 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2015-05-14T13:00:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 parte1.pdf: 1831171 bytes, checksum: 228d3280be1b514141d6d1e465f701b6 (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Medicinal plants are an alternative therapy for the prevention and cure of disease since the beginning of humanity. This relationship is so intimate that mingles with the own evolution of man. Brazil has a great diversity on plants that possess non-researched medicinal potential and are promising sources of therapeutic and pharmacological innovations. The Rubiaceae family is considered the biggest one of the order Gentianales, presenting around 637 genera and 10,700 species. The species Richardia grandiflora (Cham. & Schltdl.) Steud., known popularly as ervanço , poaia or ipeca-mirim , has ethnopharmacological indications to use as decoction against hemorrhoids and as vermifuge. Aiming at contributing to the chemotaxonomic study of the the family Rubiaceae and considering the small amount of data in literature about the chemical constitution of the species Richardia grandiflora, the latter was submitted to a phytochemical study to isolate its chemical constituents, through usual chromatographic methods, and after identifying them by means of spectroscopic methods such as IR and 1H and 13C NMR, besides comparison with literature data. Three constituents were isolated through this phytochemical study: oleanolic acid, ursolic acid, unpublished in the species, and 132-hydroxy-(132-S)-phaeophytin (a), isolated for the first time from the genre. / As plantas medicinais constituem uma alternativa terapêutica para a prevenção e cura de doenças desde o início da humanidade. Tal relacionamento é tão íntimo que se confunde com a própria evolução do homem. O Brasil tem grande diversidade de plantas com potenciais medicinais, não-pesquisadas, e que são promissoras fontes de inovações terapêuticas e farmacológicas. A família Rubiaceae, considerada a maior da ordem Gentianales, possui cerca de 637 gêneros e 10.700 espécies. A espécie Richardia grandiflora (Cham. & Schltdl.) Steud., conhecida popularmente como ervanço, poaia ou ipeca-mirim, tem indicações etnofarmacológicas para uso contra hemorróidas e como vermífugo na forma de decocto. Visando a contribuir com o estudo quimiotaxonômico da família Rubiaceae e tendo em vista a pouca quantidade de dados na literatura acerca da constituição química da espécie Richardia grandiflora, esta foi submetida a um estudo fitoquímico para o isolamento de seus constituintes químicos, através dos métodos cromatográficos usuais, e posterior identificação estrutural dos mesmos, utilizando-se os métodos espectroscópicos de IV e RMN 1H e 13C, além de comparações com modelos da literatura. Deste estudo foram isolados e identificados três constituintes: o ácido oleanólico, o ácido ursólico, inéditos na espécie, e a 132-hidroxi- (132-S)-feofitina (a), inédita no gênero.
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Caracterização estrutural de peptídeos melanotrópicos e suas interações com agregados anfifílicos: um estudo por fluorescência e ressonância paramagnética eletrônica / Structural caracterization of melanotropic peptides and their interaction with amphilic aggregates: a study by fluorescence and electron spin resonance

Roberto Morato Fernandez 31 January 2002 (has links)
Neste trabalho são apresentados vários estudos com o peptídeo melanotrópico catiônico alfa-MSH (hormônio estimulador de melanócito) e análogos biologicamente mais ativos. Foram utilizadas as técnicas de fluorescência estática e resolvida no tempo, e RPE (ressonância paramagnética eletrônica). Com fluorescência, foi monitorado o aminoácido Trp (triptofano), presente em todos os peptídeos, e o aminoácido D-Nal (D-naphtul alanine), presente nos análogos cíclicos aqui estudados, para a obtenção de informações estruturais. Com RPE, utilizou-se marcadores de spin incorporados a dispersões lipídicas aniônicas de DMPG (1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phospho-rac-glycerol), para o estudo da estrutura dos agregados anfifílicos e da interação peptídeo/lipídio, e o aminoácido paramagnético Toac (2,2,6,6-tetramethylpiperidine-1-oxyl-4-amino-4-carboxylic acid), ligado covalentemente ao alfaMSH e a seu análogo linear MSH-I (Nle POT.4, DPhe POT.7-alfa-MSH), para o estudo comparativo da conformação destes peptídeos. Com marcadores de spin, foi feito um estudo sobre modificações que o alfa-MSH causa em vesículas de DMPG, correlacionando o aumento da concentração de moléculas de água, em toda a extensão da cadeia hidrocarbônica, com a diminuição da fluidez da bicamada lipídica. O perfil de polaridade da bicamada lipídica, medido em amostras congeladas, foi encontrado ser diferente do observado em lipídeos na fase fluida, particularmente na presença de moléculas polares. É mostrado aqui que fosfolipídeos paramagnéticos, marcados no 16o. carbono da cadeia acila, incorporados em vesículas, monitoram a presença de duas populações, na chamada fase intermediária do DMPG (entre a fase gel e a líquido-cristal). A presença das duas populações fica evidente com a comparação dos espectros de RPE obtidos na presença e ausência de alfa-MSH: o peptídeo parece fazer desaparecer um dos ambientes monitorados pelo marcador de spin. ) As estruturas de análogos cíclicos do alfa-MSH, contendo, além do Trp, o fluoróforo D-Nal, foram estudadas em solução aquosa e em presença de vesículas de DMPG, e comparadas com a do peptídeo natural. Medidas de fluorescência do Trp indicam que, em meio aquoso, a estrutura dos análogos cíclicos (na região do Trp) está próxima da conformação adquirida pelo alfa-MSH em bicamadas lipídicas, sugerindo que os peptídeos cíclicos encontram-se, em solução, em uma forma mais adequada para penetração na membrana. Comparando com resultados obtidos com alfa-MSH, nos peptídeos cíclicos, o Trp parece penetrar mais profundamente na membrana lipídica. O aminoácido D-Nal penetra na bicamada lipídica, tendo seu espectro de fluorescência, e tempo de vida do estado excitado, drasticamente alterados pela presença de vesículas de DMPG. Tanto por RPE do Toac, como através da fluorescência do Trp, observa-se dependência da conformação do alfa-MSH e MSH-I com o pH do meio, o que é atribuído a titulação de cadeias laterais dos peptídeos. A análise das curvas de titulação dos peptídeos alfa-MSH e MSH-I, por fluorescência do Trp, sugere pequenas diferenças conformacionais entre estes dois peptídeos em meio aquoso, sendo maior o efeito observado em pH alcalino. Mostra também que as estruturas dos análogos marcados com a sonda paramagnética, em solução aquosa, são ligeiramente diferentes daquelas dos peptídeos originais, apesar de ter sido observado que a inserção do Toac em peptídeos melanotrópicos não altera a atividade biológica dos mesmos / Some studies with the cationic melanotropic peptide a-MSH (a-melanocyte stimulating hormone), and analogues biologically more active are presented here. Steady-state and time resolved fluorescence and EPR (electron paramagnetic resonance) have been used. Peptide structural information was obtained by the fluorescence spectroscopy of both the amino acid Trp (tryptophan), present in all the peptides monitored here, and that of D-Nal (D-naphtyl alanine), present only in cyclic analogues. EPR of spin labels incorporated in anionic lipid dispersions of DMPG (1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phospho-rac-glycerol) has been used to study amphiphilic aggregate structure and peptide/lipid interaction. EPR was also applied to a comparative structural study of the paramagnetic amino acid Toac (2,2 ,6,6-tetramethylpiperidine-1-oxyl-4-amino-4-carboxylic acid), covalently bound to a-MSH and its linear analogue MSH-1 (Nle4, DPhe7-a-MSH). With spin labels incorporated into the bilayers, it is shown that there is a correlation between the packing of fluid DMPG membranes, caused by a-MSH/lipid interaction, and the increase in bilayer interchain hydration. In frozen samples, alterations on the lipid bilayer polarity profile are shown to be different from those obtained at room temperature, particularly in the presence of polar molecules. It is shown here that paramagnetic phospholipids labeled at the 16th carbon of the acylchain, incorporated in DMPG vesicles, monitor the presence of two distinct sites in the lipid bilayer intermediate phase (between the gel and liquid crystal phases) . The presence of the two different spin populations is evident comparing the EPR spectra obtained in the presence and absence of a-MSH, as the peptide seems to make disappear one of the microenvironments monitored by the spin label.
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Plantaricina 149 e análogos: atividade antimicrobiana, estudos estruturais e mecanismos de ação / Plantaricin 149 and analogs: antimicrobial activity, structural studies and mechanisms of action.

José Luiz de Souza Lopes 19 March 2010 (has links)
Peptídeos antimicrobianos são vistos como alternativas promissoras a serem empregadas pela iindústria farmacêutica no controle de infecções causadas por microrganismos, como também na indústria alimentícia, onde podem desempenhar papéis como conservantes naturais de alimentos. Plantaricina149 é um membro deste grupo, sendo composto por 22 resíduos de aminoácidos, com natureza catiônica e atividade inibitória sobre algumas bactérias patogênicas. Neste trabalho, foram sintetizados diferentes peptídeos análogos à Plantaricina149 para investigar suas ações sobre microrganismos (bactérias e fungos), a fim de correlacionar estes estudos com a ação lítica do peptídeo em modelos de membrana diversos (monocamadas e vesículas fosfolipídicas). A interação de Plantaricina149 com estes sistemas foi monitorada pelas espectroscopias de dicroísmo circular e fluorescência, ensaios de tensão superficial, calorimetria e ressonância plasmônica de superfície, e mostrou ser altamente específica para superfícies fosfolipídicas que apresentam densidade de cargas negativas, tais como a membrana celular de bactérias. A interação eletrostática inicial que se estabelece entre o peptídeo e os fosfolipídios é de extrema importância, sendo capaz de induzir uma estruturação helicoidal na região C-terminal do peptídeo, enquanto a região Nterminal contribui com as interações hidrofóbicas necessárias para a penetração do peptídeo nas camadas fosfolipídicas levando a ruptura das mesmas. De forma semelhante, a atividade antimicrobiana de Plantaricina149a (e alguns de seus análogos) também mostrou ser resultado das interações das duas regiões da molécula, e foi afetada com a retirada ou modificação da região N-terminal do peptídeo. Com a deleção desta região, o peptídeo passou a ter somente ação bacteriostática sobre Staphylococcus aureus e Pseudomonas aeruginosa, perdendo a capacidade bactericida. / Antimicrobial peptides are seen as promising alternatives to be employed in pharmaceutical industry for controlling infections caused by microorganisms, and also in food industry, where they can play roles as natural food preservatives. Plantaricina149 is a member of this group, constituted of 22 amino acid residues, cationic in nature and presenting inhibitory activity against some pathogenic bacteria. In this work, different Plantaricina149 analog peptides were synthesized to investigate their action against microorganisms (bacteria and fungi), with the aim of correlating these studies with the lytic action of the peptide on several membrane models (phospholipid monolayers and vesicles). The Plantaricina149 interaction with these systems was monitored by circular dichroism and fluorescence spectroscopies, surface tension assays, calorimetry and surface plasmon resonance, and showed to be highly specific to phospholipid surfaces that present negative charge density, such as the bacteria cell membrane. The initial peptide-phospholipids electrostatic interaction is extremely important, and it is capable of inducing a helical structure in the peptide C-terminal region, while the Nterminal region contributes with the hydrophobic interactions needed to the peptide penetration in the phospholipid layers and to the disruption of them. Similarly, the Plantaricina149 antimicrobial activity has also proved to be a result of the interactions from the two regions of the molecule, and it was strongly affected by the removal or modification of the peptide N-terminal region. Promoting the deletion of this region has left the peptide only with a bacteriostatic action against Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa, removing its bactericide ability.
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Estudo conformacional e espectroscópico do dipiridamol : uma visão semiempírica / CONFORMATIONAL ANALYSIS AND SPECTROSCOPY DIPYRIDAMOLE: a vision semiempirical.

Santos, Luciano 02 August 2010 (has links)
Dipyridamole, 2,6 - bis(diethanolamine) - 4,8- dipiperidinedinapyrimide - [5,4-d] pyrimidine (DIP) is a clinically approved drug for use in cardiology, belonging to the class of heterocyclics with interesting antioxidant properties. In this work we studied the relative stability and properties of six conformational structures of DIP and also aimed to understand the effect of the different conformations on some molecular properties such as the ionization potential. In this study, we used semiempirical methods such as AM1, PM3, PM6 and RM1, all available in the MOPAC2009 program. The solvent effect on the relative stabilities of conformations as well as on the properties of the drug was evaluated using the continuum medium approximation and a sequential Monte Carlo procedure and quantum mechanics (MC/QM). The MC procedure has been used in order to yield liquid configurations, allowing the calculation of average values of solution properties which indicated the possibility of hydrogen bonding involving DIP nitrogen atoms. All calculations performed both in vacuum and in implicit solvent suggest the occurrence of a mixture of possible conformations since the energy difference between them is low. The preferential protonation occurs in nitrogens atoms of the heteroaromatic ring but this preference changes with conformation. In general the greater stabilizations occur when the protons bind to N2 and N7 atoms, in agreement with the calculation considering the solvent. The spectroscopic analysis in water has shown that all three DIP bands exhibit a slight solvatochromism and that only the first solvent layer contributes to those shifts. The charge distribution and the ionization potential under the water effect as solvent were carried out for the 125 structures derived from the MC procedure using PM3 and AM1 methods. It has been found that the distribution of Mulliken charges in PM3 points out that the electron leaves the nitrogen atom more effectively, independently of in aromatic or aliphatic position, while the distribution according to AM1 suggests that the electron preferentially leaves the N2 and N7 atoms, according to the HOMO molecular orbital. / O dipiridamol, 2,6-bis(dietanolamina)-4,8-dipiperidinadinapirimida-[5,4-d] pirimidina (DIP), é utilizado como fármaco clinicamente aprovado para utilização na cardiologia, pertencendo a classe de heterocíclicos que apresentam atividades interessantes tais como antioxidante. Neste trabalho, estudou-se estabilidade relativa entre seis estruturas conformacionais do DIP e buscou-se entender como afetam algumas de suas propriedades, como por exemplo, potencial de ionização. Neste estudo utilizamos os métodos semiempíricos AM1, PM3, PM6 e RM1 disponíveis no programa MOPAC2009, procurou-se, também, verificar o efeito do solvente sobre a estabilidade relativa e as propriedades do DIP, para isso usou-se a aproximação do meio contínuo e um procedimento seqüencial de Monte Carlo e mecânica quântica (MC/QM) que gerou as configurações do líquido e propriedades médias em solução foram calculadas e ainda foi verificada a possibilidade de ligações de hidrogênio intermoleculares nos nitrogênios do DIP. Todos os cálculos, sejam no vácuo ou em solvente, sugerem que há uma mistura de conformações, uma vez que a diferença de energia entre elas é pequena. A protonação é preferencial nos nitrogênios do anel aromático, a preferência muda com a conformação, porém a estabilização é, em geral, maior quando o próton liga-se aos N2 e N7. O cálculo com o solvente, também, sugerem que normalmente os N2 e N7 são os nitrogênios mais disponíveis para ligação de hidrogênio. A análise espectroscópica, em água, mostrou que as três bandas do DIP apresentam um pequeno solvatocromismo e que apenas a primeira camada do solvente contribui para os deslocamentos solvatocrômicos. A distribuição de cargas e o calculo do potencial de ionização do DIP, sob efeito do solvente água, foram feitos para as 125 estruturas derivadas do MC usando o PM3 e o AM1, sendo que a distribuição de cargas de Mulliken no PM3 aponta para uma saída mais efetiva do elétron nos nitrogênios quer seja aromático ou não, enquanto que a distribuição AM1 sugerem que o elétron sai preferencialmente dos N2 e N7, conforme o orbital molecular do HOMO.
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Propriedades do modelo simplético e seus submodelos, quando aplicados a núcleos leves. / Properties of the sympletic model and its submodels, when applied to light nuclei.

Sidney dos Santos Avancini 19 December 1990 (has links)
Analisamos de maneira qualitativa as propriedades da base de estados do modelo simplético SCM, através de um cálculo em seu submodelo Sp(l,R) que aplicamos à descrição das propriedades espectroscópicas do núcleo 12 ANTPOT C. Através de um cálculo em uma base deformada, mostramos que a necessidade de considerarmos estados de base altamente excitados para descrevermos os observáveis pelo SCM, se devia a uma falta de otimização da base. A base otimizada é dada pela projeção em momento angular de estados de fonons deformados, determinados pelo método da projeção antes da variação. Esses fonons estão relacionados com as ressonâncias gigantes monopolares e quadrupolares. Mostramos que para descrevermos adequadamente as transições eletromagnéticas entre estados pertencentes a representações irredutíveis distintas de Sp(3,R) , era necessário considerar a mistura de representações. Através de um cálculo exploratório, analisamos o efeito dessa mistura nas transições monopolares e quadrupolares entre o estado intruso O IND 2 POT + , que é associado a uma representação prolata de Sp(l,R) e os estados da banda rotacional fundamental, que são associados a uma representação oblata de Sp(l,R). / In this thesis, we present a qualitative analysis of an Sp(l,R) calculation, applied to the description of the spectroscopic properties of 12 ANTPOT C . Based on a calculation in a deformed harmonic oscillator basis, we show that, the need to include highly excited basis states to describe the properties of 12 ANTPOT C, is due to a lack of optimization of the spherical basis. The optimized basis is given by the angular momentum projection of deformed phonon states, determined by the method of variation after projection, where the deformed phonons are associated to giant monopole and quadrupole resonances. We have also shown that, for an adequate description of the electromagnetic transitions between states belonging to different irreducible representations of Sp(3,R), it is necessary to consider mixture of representations. In a preliminary calculation we discuss the effect of this mixture to the monopole and quadrupole transitions between the intruder state 0 IND 2 POT + and the states of the ground rotational band associated, respectively, to a prolate and oblate representations.
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Estudo de mecanismos de reação nuclear no sistema 7Li+120Sn utilizando coincidências -partícula / studies on nuclear reactions mechanisms in the system 7Li+120Sn using gamma-particle coincidences

Vinicius Antonio Bocaline Zagatto 02 April 2015 (has links)
Medidas em coincidência gamma-partícula da reação 7Li+120Sn foram realizadas na faixa de energia de 2.6 a 3.9 MeV por nucleon. Além do canal inelástico, foram observados os canais de pick-up de próton e stripping de um e dois nêutrons, sendo que, para o último caso, cálculos teóricos de DWBA e CRC comparados com o canal elástico demonstram que esta transferência ocorre de maneira sequencial (two-step) e não direta. Este trabalho consolida a existência de canais já anteriormente observados (pick-up de próton e stripping de um nêutron) além de observar pela primeira vez a existência do canal de strippinp de dois nêutrons, no entanto, ele tem um caráter pioneiro pois é o primeiro a medir distribuições angulares de todos esses canais. Tanto o pick-up de próton quanto o stripping de dois nêutrons tiveram de levar em conta na análise cálculos de Monte Carlo que simulassem o efeito da quebra dos projéteis 8Be e 5Li, respectivamente. Fatores espectroscópicos para alguns estados desses canais foram obtidos e são condizentes com os valores esperados considerando o modelo de single particle e a indistinguibilidade de partículas nos casos dos núcleos 119In e 122Sn. Por outro lado, são muito pequenos (ordem de 10e-2) para estados do 121Sn, fato esse gerado pela provável falta de acoplamento de mais canais de reação que reduzem o fluxo da transferência de nêutron. Foram observados também núcleos gerados a partir da transferência seguida de emissão de partículas. / $\\gamma$-particle coincidence measurements of the $^7$Li$+^{120}$Sn reaction were made in the $2.6$ to $3.9$ MeV/nucleon energy range. Besides the inelastic channel, the proton {\\it pick-up} and one/two neutron {\\it stripping} were observed, whereas, for the last case, DWBA and CRC calculations were compared to experimental elastic scattering data and demonstrated that this transfer occurs in a sequential ({\\it two-step}) rather than a direct way. This work consolidates the existence of some channels that have already been observed (proton {\\it pick-up} and neutron {\\it stripping}) and also observes for the first time the existence of the two neutron {\\it stripping} channel, however, it still retains its pioneering as it is the first one to measure the angular distributions for all these channels. The proton {\\it pick-up} and the two neutron {\\it stripping} channels had to take into account in their analysis Monte Carlo calculations to simulate the projectile breaking effect ($^8$Be and $^5$Li, respectively). Spectroscopic factors for some states of these channels were found and are consistent with the expected values considering the {\\it single particle} model and the particle indistinguishability for the $^{119}$In and $^{122}$Sn cases, however, these factors are too small (magnitude order of $10^{-2}$) for the $^{121}$Sn case. This was generated most likely by the lack of coupling of some of the reaction channels that would reduce the one neutron transfer flux. Nuclei generated by the transfer followed by particle emission were also observed.

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