L'association échanges hydrogène/deutérium et spectrométrie de masse (HDX/MS) est devenue un outil analytique de choix pour l'étude de la structure et dynamique des protéines. L'approche classique "bottom-up" repose sur la digestion à la pepsine de la protéine deutérée et analyse des peptides protéolytiques par MS. Malheureusement, cette approche souffre de deux limitations majeures : (1) la résolution limitée par la taille des peptides après digestion et (2) l'échange inverse en solution avant l'analyse par MS. La MS en tandem classique ne peut pas être utilisée pour améliorer la résolution depuis que des expériences CID (Collision Induced Dissociation) sur des peptides deutérés ont montré une migration intramoléculaire des deutériums avant dissociation ("scrambling"). Par conséquent, il y a un grand intérêt à développer des approches HDX/MS alternatives pour améliorer les problèmes d'échange inverse, scrambling et résolution. Ce travail a donc consisté à mettre au point une méthode top-down HDX/MS robuste. Un nouveau système d'introduction des protéines deutérées dans le spectromètre de masse, appelé "cryosource", a été développé et les techniques d'activation basées sur la capture/transfert d'électron ont été utilisées. Il a récemment été montré que les méthodes ECD/ETD réduisaient le scrambling dans des conditions contrôlées avec une résolution à l'acide aminé près. L'utilisation de la cryosource a permis de diminuer l'échange inverse pendant des temps longs et avec des débits faibles. L'optimisation de tous les paramètres a été réalisée sur des peptides/protéine modèles. Notre objectif final était que notre approche soit applicable à l'analyse structurale du complexe aIF2.

Description pétrographique des formations .

Le contrôle traductionnel est une étape critique de la régulation de l'expression des gènes impliqués dans le développement embryonnaire et de nombreux processus cellulaires. Au cours de l'initiation de la traduction chez les eucaryotes, le facteur eIF4E (eukaryotic Initiation Factor 4E) fixe la coiffe des ARNm et recrute la protéine eIF4G pour former le complexe d'initiation. L' interaction eIF4E/eIF4G est une étape clé de la régulation traductionnelle, faisant du site de liaison à eIF4E un lieu de compétition entre eIF4G, le répresseur général de la traduction 4E-BP et d'autres régulateurs appelés 4E-IPs (4E-interacting partners), qui partagent avec eIF4G un motif consensus de liaison à eIF4E. Longtemps considérée comme une protéine désordonnée, nous avons montré au cours de cette thèse que 4E-BP adopte en réalité une conformation repliée lorsqu'il se lie à eIF4E, impliquant une surface d'interaction plus importante. Ces résultats ont apporté un nouveau regard sur les interactions qui s'établissent entre eIF4E et ses partenaires, et ont fourni des informations cruciales pour l'établissement de nouvelles thérapies, notamment celles développées dans le cadre des cancers. Mon travail de thèse a également permis l'établissement d'un criblage de nouvelles 4E-IPs, basé sur une approche alliant analyses structurales, bioinformatiques et biochimiques. Parmi les 4E-IPs détectées, nous avons caractérisé la protéine Angel1, membre d'une famille de déadénylases. Ces résultats ont ouvert de nombreuses perspectives pour la compréhension du métabolisme des ARNm mais aussi celle des régulations traductionnelles spécifiques prenant pour cible moléculaire eIF4E

L'ETUDE DES LINEATIONS D'ALLONGEMENT DES NAPPES-PLIS DE LA MONTAGNE NOIRE PRESENTE DEUX GROUPES D'ORIENTATION DISTINCTS. L'INTENSITE DE LA DEFORMATION AUGMENTE PRES DE LA ZONE AXIOLE. DE NOMBREUX CRITERES DE DEFORMATION NON COAXIALE SONT OBSERVES. LES ROTATIONS INDIQUENT UN CISAILLEMENT SEMESTRE, DANS CERTAINS PLUS LE SENS DE CISAILLEMENT S'INVERSE. LE PLISSEMENT EST SOIT TARDIF, SOIT CONTEMPORAIN DANS UNE DEFORMATION PROGRESSIVE ASSOCIANT UNE CONSTRICTION N-S A UN CISAILLEMENT. DEUX INTERPRETATIONS SONT ALORS POSSIBLE: OU LA LINEATION RESULTE D'UNE REORIENTATION LIEE A UNE SURRECTION OBLIQUE DE LA ZONE AXIALE POSTERIEUREMENT A LA MISE EN PLACE DES NAPPES OU ELLE REFLETE LA DIRECTION ET LE SENS DE TRANSLATION PRIMORDIAUX DES NAPPES

Orientations préférentielles des minéraux dans les différents faciès lherzolites, pyroxenolites, analyses chimiques des roches et des minéraux, analyses à la microsonde des mineraux. Examen des différents problèmes: histoire des rubanements pyroxénolitiques, processus de fusion partielle donnant naissance au gabbros et aux reliquats dunitiques, mécanisme de la déformation plastique dans les péridotites, mode d'intrusion du Massif de Lanzo dans le contexte alpin.

Les péridotites en enclaves dans les kimberlites sont classées en sept types structuraux qui constituent trois grands groupes: structures à gros grain (équante et tabulaire), structures de tectonite (porphyroclastique, en mosaïque et en mosaïque fluidale) et enfin structures secondaires (tabulaires et à gros grain), qui correspondent à différents états du manteau supérieur. Cette classification est fondée essentiellement sur l'olivine qui est le minéral le plus abondant, le plus ductile et le mieux connu du manteau supérieur. On compare les cortèges d'enclaves des différents pipes kimberlitiques entre eux, puis les xénolites des kimberlites avec ceux des basaltes: il en résulte que les structures de tectonites des premiers correspondent à des taux de déformation et des contraintes plus élevés que les structures des seconds.

Dans cette recherche, nous explorons la pertinence des méthodes de forage de texte pour l'étude des représentations sociales diffusées dans un corpus de presse. Nous nous questionnons à savoir si les méthodes de forage de textes permettent d'atteindre les trois niveaux d'analyse d'une méthode générale d'étude des représentations sociales. Nous émettons l'hypothèse que c'est effectivement le cas, mais seulement dans la mesure où des choix d'opérationnalisation spécifiques sont faits pour certaines étapes et opérations impliquées dans une chaîne de forage de texte. Pour évaluer cette hypothèse, nous articulons notre démarche autour de quatre (4) objectifs. Premièrement, nous présentons le cadre théorique des représentations sociales en insistant sur quatre concepts principaux: ceux de consonance sociocognitive, d'ancrage, d'objectivation et d'architecture. Deuxièmement, nous présentons le cadre méthodologique du forage de texte sous la forme d'une chaîne de traitement composée de six étapes: préparation du corpus, segmentation, indexation, vectorisation, réduction dimensionnelle de la matrice et classification automatique. Troisièmement, nous menons une analyse critique des apports du forage de texte jusqu'à maintenant dans le domaine d'étude des représentations sociales, en soulignant notamment plusieurs limites dans les choix d'opérationnalisation du logiciel principalement utilisé par les psychosociologues. Finalement, nous menons une expérimentation sur différents choix d'opérationnalisation de forage de texte, mieux adaptés à la théorie des représentations sociales. Nous développons deux techniques d'analyse des structures des représentations sociales, l'une basée sur une modélisation en termes de réseau cognitif de proximité sémantique, l'autre basée sur une modélisation en termes de réseau sociocognitif. Les résultats de l'expérimentation sont illustrés à partir d'une étude de cas: la représentation sociale des accommodements raisonnables dans trois journaux québécois. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Représentation sociale, Analyse de textes assistée par ordinateur, Analyse de réseaux, Méthodologie, Accommodements raisonnables.

La stabilité structurale du sol peut être utilisée pour estimer l'érodibilité du sol, paramètre clef des modèles d'érosion. Afin d'améliorer les connaissances sur les facteurs et processus contrôlant la stabilité structurale, cette thèse avait pour objectif d'étudier la variabilité de la stabilité structurale à pas de temps court (quelques jours) ainsi que les processus physico-chimiques qui en sont à l'origine. Des études de terrain ont permis de caractériser une dynamique rapide de la stabilité structurale pour un sol donné avec notamment : des différences importantes entre surface et sub-surface ; une forte variabilité selon la localisation du site (mais une faible variabilité pour un même site) ; et une forte variabilité à pas de temps court liée à la teneur en eau du sol. Les variations de stabilité structurale à pas de temps court apparaissent majoritairement contrôlées par des processus physico-chimiques fortement liés aux cycles d'humidité. Une synthèse bibliographique a montré que l'occurrence de certains de ces processus nécessitait d'être vérifiée, notamment pour le réarrangement particulaire. Des expérimentations en laboratoire ont montré que la structure interne des agrégats était affectée pas les cycles d'humidité à l'échelle millimétrique comme micrométrique. Cependant, les réarrangements de particules observés n'ont pas pu être strictement reliés aux variations de stabilité structurale. Les résultats de ces expérimentations confirment le suivi de terrain : la teneur en eau du sol a un rôle majeur dans les variations de stabilité structurale à pas de temps court. Dans la plupart des cas, les différences de stabilité mesurées correspondaient à des érodibilité du sol contrastées. Les modèles d'érosion devraient donc inclure cette variabilité pour améliorer leurs prédictions.

Ma thèse porte sur l'étude fonctionnelle et structurale des partenaires de la réaction d'aminoacylation spécifique de la tyrosine dans la mitochondrie humaine. Contrairement à ce qui a été observé pour les autres systèmes d'aminoacylation, les réactions de charges croisées entre bactéries et archaea/eucaryotes sont impossibles suite à la nature différente de la première paire de bases de l'ARNtTyr. La tyrosyl-ARNt synthétase (TyrRS) mitochondriale humaine est la première TyrRS connue à ce jour qui s'affranchisse de la barrière d'espèces et qui ne discrimine pas les ARNtTyr en fonction de la nature de leur première paire de bases. La TyrRS mitochondriale est un homodimère de forme allongée susceptible de fixer l'ARNtTyr à cheval sur ses deux monomères. Elle se distingue des autres TyrRS par la présence de deux insertions à sa surface, l'une potentiellement impliquée dans la reconnaissance de l'ARNtTyr et l'autre qui pourrait constituer une zone d'interaction avec un cofacteur.

Le modèle SIMPLE prévoit les levées de différentes cultures. Il comporte un module de prévision des levées sous croûte empirique, basé sur l'observation de levées de betterave sucrière dans un réseau de parcelles pour un type de sol de limons argileux. Ce module est donc assez sommaire bien qu'efficace et l'objectif de ce travail était de pouvoir étendre les prévisions à d'autres conditions de semis et pour d'autres cultures (types de lits de semences, types de sols, différentes caractéristiques des semences) étant donné l'importance des problèmes de levée liés au développement de croûtes à la surface des lits de semences de différentes cultures. Nous avons entrepris de caractériser les types de franchissement des plantules (pénétration, rupture et passage par fissure) au champ face à différents types de croûtes pour des cultures de printemps (betterave, lin et haricot) et d'automne (blé). Nous avons caractérisé sur ces mêmes parcelles la dynamique de formation des croûtes pour les différents états initiaux des lits de semences (granulométrie, humidité au semis) en fonction des pluies cumulées depuis le semis, en complétant les observations de nos deux campagnes d'expérimentation par celles acquises sur un essai de longue durée. Les croûtes ont été caractérisées par leur faciès, leur épaisseur et leur résistance à la pénétration. Des quantités de pluies cumulées, allant de 11 mm pour des lits de semences fins et secs à 27 mm pour des états de surface grossiers ont été mises en évidence pour obtenir la formation de croûtes structurales, qui suffisent déjà à pénaliser les levées si elles se dessèchent. Des expérimentations complémentaires ont été menées au laboratoire pour obtenir sous simulateur de pluie et caractériser des stades plus avancés de croûtes non observés au cours des deux années d'expérimentation au champ. Nous avons quantifié l'évolution du réseau de fissures se formant en fonction du degré de dégradation et des alternances humectation-dessication. Ces données ont permis de paramétrer et tester des modèles géométriques d'apparition de fissures. Les forces exercées par les plantules et leurs variations au cours du temps en fonction de la masse, des variétés et des espèces étudiées ont été mesurées avec des capteurs de force au laboratoire. Les différents éléments acquis par ces expérimentations ont permis d'élaborer un module intégrant des facteurs de variations non pris en compte jusqu'alors pour prévoir la formation d'une croûte et les levées. Ce module intègre des états initiaux de lits de semences variés (structure et teneur en eau), des cumuls de pluie différenciés aboutissant à des stades successifs de formation de la croûte. A chaque type de croûte est associé une distribution de résistances caractéristique. Pour chaque plantule arrivant à la surface, sa force maximum est tirée au sort dans une distribution puis diminue avec l'âge de la plantule. Cette valeur est confrontée jour après jour à la résistance du matériau via un coefficient qui permet d'établir si la plante passe ou reste bloquée. Ce coefficient résulte d'un ajustement aux données observées. Il a été établi sur la betterave, culture pour laquelle les données les plus nombreuses et précises étaient enregistrées. Les premières simulations réalisées à l'aide de ce nouveau module indiquent l'importance des effets des états du lit de semences initiaux sur les taux de levées. L'effet de différences de forces dues aux masses des semences est plus limité mais non négligeable dans certaines situations. On a ensuite testé la possibilité de l'utiliser pour prévoir la levée d'autres cultures, dont la force avait été mesurée. L'extension à d'autres espèces donne des résultats encourageants mais nécessite un travail supplémentaire. La possibilité d'utiliser différents paramètres mesurés au laboratoire sur le sol pour pouvoir adapter le modèle proposé à d'autres types de sol est discutée.