En juin 2005, Loto-Québec a proposé au ministère des Finances le déménagement du Casino de Montréal au bassin Peel, vaste site abandonné et contaminé situé sur le territoire de l'arrondissement du Sud-Ouest. Avec ce projet, Loto-Québec voulait aménager un complexe récréotouristique ayant la signature artistique du Cirque du Soleil. En plus du casino, le bassin Peel aurait accueilli, notamment, un hôtel, un restaurant, un spa, un quai des artistes et une salle de spectacles. Aménager ce type d'infrastructure touristique en milieu urbain fait intervenir un grand nombre d'acteurs et implique, entre autres, des enjeux d'ordre économique, social et d'intégration urbaine. Ce projet, si l'autorisation avait été donnée, aurait pu engendrer des conséquences, positives ou négatives, difficilement réversibles. C'est dans ce contexte que l'analyse du projet s'inscrit sous l'angle de la sociologie politique. Cette dernière tente de comprendre des phénomènes sociaux qui sont reliés à une dynamique d'action des individus (l'aspect sociologique) dans un environnement collectif donné (l'aspect politique). Au cours des prochaines pages, nous répondrons à la question de recherche principale: pourquoi le projet de l'aménagement du bassin Peel par Loto-Québec ne s'est pas concrétisé. Pour y répondre, nous ferons appel à la sociologie de la traduction. Cette approche théorique comprend quatre étapes, soit la problématisation, l'intéressement, l'enrôlement et la mobilisation. L'analyse sera appuyée par les notions du processus décisionnel et de la gouvernance urbaine. Selon l'hypothèse retenue on s'interrogera dans un premier temps sur la capacité de Loto-Québec à présenter son projet comme étant un projet essentiel, puis deuxièmement, sur sa capacité de mobiliser suffisamment d'acteurs favorables au projet en vue de le concrétiser. À l'aide de recherches documentaires et d'entretiens semi-directifs, nous avons constaté que Loto-Québec n'a pas su problématiser son projet. Autrement dit, elle n'a pas su le rendre indispensable aux yeux de la majorité des acteurs concernée. La controverse entourant le projet de la société d'État et son incapacité à l'atténuer, notamment par des informations convaincantes, ont eu des conséquences sur la mobilisation des acteurs en faveur du projet. Cette situation a entraîné le retrait du Cirque du Soleil, forçant Loto-Québec à abandonner complètement le projet du Bassin Peel. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Loto-Québec, Casino de Montréal, Arrondissement du Sud-Ouest (Montréal, Québec), Sociologie de la traduction, Sociopolitique, Aménagement urbain.

L'agriculture est à l'interface de plusieurs éléments du milieu naturel (eau, sol, climat,...) mais aussi de la société (économie, politique, démographie,...). Si durant des siècles elle a surtout été soumise au milieu naturel et à ses fluctuations (notamment climatiques), l'évolution des sociétés et surtout des techniques l'en ont en partie détachée, rendant les éléments sociaux et économiques premiers. Cette évolution est nette depuis le lendemain de la seconde guerre mondiale. Cependant, à l'heure où l'on parle de changement climatique, de réchauffement global, le climat et l'agriculture sont-ils déconnectés l'un de l'autre ? L'originalité de notre étude tient à sa localisation, un bassin versant déficitaire, au type d'agriculture présente (polyculture et forte part des cultures irriguées) et à la démarche scientifique qui l'accompagne. Celle-ci fait appel à différentes techniques : enquêtes, entretiens, analyses de données climatologiques, hydrologiques) qui seront étudiées à travers leur mise en relation à travers l'approche systémique. L'approche systémique nous permet de mettre en évidence les rapports existant entre les différents éléments concernés mais aussi de nous situer dans le temps. Notre étude prend en compte la place de la sécheresse dans l'évolution des pratiques agricoles ; l'inscription des modifications des pratiques agricoles peuvent inscrire des modifications dans le milieu support de leurs activités ; la modification de la relation à la ressource en fonction de l'adaptation des pratiques agricoles , et l'inscription des relations de pouvoir dans l'espace et le temps.

Cette étude a pour but de documenter le climat à deux périodes clés de l'Holocène à partir d'archives biocarbonatées. Le potentiel du bénitier Tridacna maxima (géochimie et croissance) comme archive paléoclimatique a été montré. Des spécimens fossiles de cette espèce ont ensuite été utilisés pour documenter la variabilité climatique du Pacifique Sud-Ouest durant la transition Holocène inférieur-Holocène moyen (7.0-6.0 ka BP) et lors de la migration Lapita en Océanie Lointaine (3.5-2.5 ka BP) en complément d'enregistrements issus d'autres bénitiers et d'un corail massif Porites sp. Des enregistrements Sr/Ca de Porites sp. ont aussi été utilisés comme paléothermomètre. A 7.0-6.0 ka BP, la phase de réchauffement postglaciaire était terminée et la marge sud-est de la Warm Pool était dans sa position actuelle. L'influence saisonnière de la SPCZ était plus faible qu'actuellement dans le Pacifique S.O., montrant que la SPCZ était située au nord de sa position actuelle. La variabilité El Niño Southern Oscillation (ENSO) était réduite de 20-30% par rapport à la variabilité actuelle. La période coincidant avec l'émergence de la culture Lapita, 3.6-3.4 ka BP, est caractérisée par un état moyen de type La Niña sur le Pacifique S.O avec une forte variabilité ENSO. Le climat a donc pu agir comme déclencheur et/ou favoriser la migration Lapita à 3.2-2.7 ka BP. En effet, des conditions climatiques instables peuvent favoriser le développement et l'expansion de populations nomades dépendantes des ressources marines, comme l'était la population Lapita.

L’ophiolite de Nouvelle Calédonie présente une des plus grandes sections de manteau océanique obductées au monde, offrant une perspective unique pour l’étude des processus du manteau supérieur. Les roches du manteau appartiennent à une séquence ophiolitique “atypique”, dominée par des harzburgites réfractaires avec quelques lherzolites à spinelle et à plagioclase. À l'exception de quelques cumulats mafiques-ultramafiques, la partie crustale de l'ophiolite est totalement absente. Cette ophiolite a été étudiée depuis plusieurs décennies, toutefois sa nature ultra-appauvrie a rendu très difficile une caractérisation géochimique détaillée. La littérature scientifique ne regroupe que quelques données sur les éléments en trace et les données isotopiques sont totalement inexistantes. Dans ce travail de thèse, une étude géochimique exhaustive (éléments majeurs, en trace et isotopes Sr-Nd-Pb) des péridotites et des roches mafiques associées à l’ophiolite a été réalisée. Les péridotites sont des tectonites avec des textures porphyroclastiques. Les lherzolites à spinelle ont 7-8 vol.% de clinopyroxène riche en Na2O et Al2O3 (jusqu’à Na2O 0.5 wt.%; 6.5 wt.% Al2O3), teneur en Fo de l’olivine de 88.5 à 90.0 mol.%, bas valeurs du Cr# du spinelle (13-17), attestant la nature fertiles de ces roches. A l’inverse les harzburgites costituent des roches très réfractaires : ils ne contiennent pas de clinopyroxène primaire et les teneurs en Fo de l’olivine (90.9-92.9 mol.%), le Mg# de l’orthopyroxène et le Cr# du spinelle (39-71) sont élevés. Les spectres de concentrations en REE présentent des caractéristiques typiques de formation dans un environnement abyssal pour les lherzolites à spinelle, alors que les harzburgites ont des spectres en U typiques d’environnement d’avant-arc. Les compositions en REE des lherzolites à spinelle sont compatibles avec un bas degré de fusion fractionnée (8-9%) d'une source DMM, commençant dans le domaine de stabilité du grenat. Au contraire les concentrations en REE des harzburgites indiquent un haut degré de fusion d’une source DMM, en accord avec une fusion hydratée en environnement d’avant-arc. Les lherzolites à plagioclase présentent des microtextures d’imprégnation, des spinelles riches en Cr2O3 et TiO2 et un enrichissement progressif en REE, Ti, Y, Zr. Les modèles des éléments en trace indiquent que les lherzolites à plagioclase résultent des lherzolites à spinelle par séquestration des liquides MORB très appauvris au sein de la lithosphère océanique.Les roches intrusives sont des gabbronorites à olivine avec des compositions très appauvries (87.3≤Fo ol≤88.9 mol.%, 87.7≤Mg# Cpx≤92.2, An Pl=90-96 mol.%). Le haut Mg#, le bas teneur de TiO2 des pyroxènes, la composition en anorthite du plagioclase et le modèle des éléments en trace montrent que les magmas parents des gabbronorites sont des magmas primitifs, très appauvries, formés dans un environnement de subduction. / The New Caledonia ophiolite hosts one of the largest obducted mantle section in the world, hence providing a unique insight for the study of upper mantle processes. These mantle rocks belong to an “atypical” ophiolitic sequence, which is dominated by refractory harzburgites but it also includes minor spinel and plagioclase lherzolites. Upper crust is notably absent in the ophiolite, with the exception of some mafic-ultramafic cumulates cropping out in the southern part of the island. Although the New Caledonia ophiolite has been under investigation for decades, its ultra-depleted nature has made its characterization an analytical challenge, so that few trace element data are available, while isotopic data are completely missing. In this thesis a comprehensive geochemical study (major, trace element and Sr-Nd-Pb isotopes) of the peridotites and the associated intrusive mafic rocks from the New Caledonia ophiolite has been carried out. The peridotites are low-strain tectonites showing porphyroclastic textures. Spinel lherzolites are undepleted lithotypes, as attested by the presence of 7-8 vol.% of Na2O and Al2O3-rich clinopyroxene (up to 0.5 wt.% Na2O; 6.5 wt.% Al2O3), Fo content of olivine (88.5-90.0 mol.%) and low Cr# of spinel (13-17). Conversely, harzburgites display a refractory nature, proven by the remarkable absence of primary clinopyroxene, very high Fo content in olivine (90.9-92.9 mol.%), high Mg# in orthopyroxene (89.8-94.2) and Cr# in spinel (39-71). REE contents show abyssal-type patterns for spinel lherzolites, while harzburgites display U-shaped patterns, typical of fore-arc settings.Spinel lherzolites REE compositions are consistent with relatively low degree (8-9%) of fractional melting of a DMM source, starting in the garnet stability field. Conversely, REE models for harzburgites indicate high melting degrees (20-25%) of a DMM mantle source under spinel faies conditions, consistent with hydrous melting in forearc setting. Plagioclase lherzolites exhibit melt impregnation microtextures, Cr- and TiO2-enriched spinels and REE, Ti, Y, Zr progressive increase with respect to spinel lherzolites. Impregnation models indicate that plagioclase lherzolites may derive from spinel lherzolites by entrapment of highly depleted MORB melts in the shallow oceanic lithosphere. Mafic intrusives are olivine gabbronorites with a very refractory composition, as attested by high Fo content of olivine (87.3-88.9 mol.%), very high Mg# of clinopyroxene (87.7-92.2) and extreme anorthitic content of plagioclase (An = 90-96 mol.%). The high Mg#, low TiO2 concentrations in pyroxenes and the anorthitic composition of plagioclase point out an origin from ultra-depleted primitive magmas in a convergent setting. Geochemical trace element models show that the parental melts of gabbronorites are primitive magmas with striking depleted compositions, bearing only in part similarities with the primitive boninitic melts of Bonin Islands. The first Sr, Nd and Pb isotope data obtained for the New Caledonia ophiolite highlight the presence of DM mantle source variably modified by different processes.Nd-Sr-Pb isotopic ratios for the lherzolites (+6.98≤ƐNdi≤+10.97) indicate a DM source that suffered low-temperature hydrothermal reactions. Harzburgites are characterized by a wide variation of Sr, Nd and Pb isotopic values, extending from DM-type to EMII compositions (-0.82≤ƐNdi≤+17.55), suggesting that harzburgite source was strongly affected by subduction-related processes. Conversely, combined trace element and Sr-Nd-Pb isotopic data for gabbronorites indicate a derivation from a source with composition similar to Indian-type mantle, but affected by fluid input in subduction environment.

Trois cloîtres attribués aux couvents de "Trie-sur-Baïse", "Bonnefont-en-Comminges" (aux Cloisters, New York) et "Montréjeau" (Paradise Island, Bahamas) furent remontés outre-Atlantique au cours du XXe siècle. L'installation moderne de tels monuments en Amérique nous incitent à nous intéresser à ce goût, exprimé dés le début du XXe siècle, pour l’architecture médiévale. Selon les premières attributions, les pierres proviendraient d'abbayes des Pyrénées centrales, dont les vestiges furent dispersés au cours de l'Histoire. Les troubles des guerres de Religion, l’abandon progressif des établissements par les communautés religieuses, l’aliénation de leur temporel pendant la Révolution portèrent un coup sévère à l’intégrité des bâtiments monastiques ; mais, de la période post-révolutionnaire jusqu’au début du XXe siècle, ce sont bien les discrètes transactions entre particuliers et antiquaires, qui firent disparaître de la mémoire collective l’origine même des pierres, particulièrement celles des cloîtres en marbre, convoitées pour leur décor. Identifier leur provenance fut l'enjeu majeur de cette étude. Ces marbres sculptés présentent un programme iconographique riche et varié : les ensembles de "Bonnefont-en-Comminges" et de "Montréjeau" proposent un décor de feuillage stylisé tandis que celui de "Trie-sur-Baïse" expose des scènes figurées originales. Mener une analyse de ces sculptures a permis de les restituer dans leur contexte architectural originel. / Three cloisters attributed to the monasteries of "Trie-sur-Baise", " Bonnefont-en-Comminges" (the Cloisters, New York) and "Montréjeau" (Paradise Island, Bahamas) were purchased by American collectors and rebuilt, during the XXth century, in North America. The modern assembly of such monuments generates interest on the taste of these American amateurs, from the beginning of XXth century, for medieval European architecture. While respectively attributed to the monasteries of "Trie-sur-Baise", "Bonnefont-en-Comminges" (the Cloisters, New York) and "Montréjeau" (Paradise Island, Bahamas), the initial attribution states that the stones were from central Pyrenees monasteries, whose ruins were scattered throughout ancient times : the Hundred-year war as well as the wars of religion, the gradual desertion of religious institutions by their communities during the XVIIth and XVIIIth centuries and, at last, the alienation of their properties during the Revolution seriously damaged the integrity of monastic buildings. However, during the post-revolutionary period until the early XXth century, many discrete transactions between individuals and antique dealers further took away the stones real origin from the collective memory, especially cloisters sculptures coveted for their ornament. Identifying the cloisters provenance was the main subject of this study. The three carved marbles present various iconography ; while the "Bonnefont-en-Comminges" and "Montréjeau" ensembles both show stylized foliage ornaments, the "Trie-sur-Baise" cloister depicts original figurative scenes. Carrying out an in-depth study of these sculptures made it possible to accurately associate the cloisters to their original architectural set and production context.

Le Sud-Ouest de la France présente, au Second âge du Fer, une situation socio-économique particulièrement originale, dans un espace où circulent biens, hommes et idées. Plusieurs peuples sont ici en contact dont deux ethnies majeures, les Celtes et les Aquitains. Bien que la céramique soit de loin le mobilier le plus abondant sur les sites de cette époque, on connaît mal sa chaîne opératoire et son mode de diffusion. Le travail de thèse s'est ainsi attaché à réétudier dans un premier temps la production céramique à partir des ateliers de potier qui offrent dans le Sud-Ouest la concentration la plus importante de l’Europe celtique. La présence régulière de mobilier détritique dans ces ateliers peut suggérer que toute la céramique régionale n’est pas forcément le reflet de la production. Cette céramique a pu être analysée en suivant un protocole discriminant, notamment en relevant les macrotraces. Cette démarche a permis de dégager les conditions dans lesquelles on peut considérer que ces céramiques sont bien le reflet de la production des ateliers. La céramique a également été étudiée d’un point de vue technologique, typochronologique et stylistique. Dans le secteur du Toulousain, nous avons étendu la réflexion à des sites de consommation (habitats groupés et établissements ruraux), ce qui a permis d’étudier les relations entretenues entre ces sites, mais également avec les ateliers de potier du secteur. À travers le cas d’étude des jarres estampillées de type Aiguillon, la question de la diffusion régionale des productions céramiques a pu être abordée d’une manière plus concrète grâce à des analyses pétrographiques. Enfin, le travail de thèse a permis de relire l'histoire des sociétés du sud-ouest de la France en s’intéressant au statut des potiers, au rôle joué par les ateliers de potier dans l’économie de production céramique et enfin aux problèmes non résolus que posent les faciès de culture matérielle de la région. / In the Second Iron Age, the Southwest of France showed a particular socio-economic situation in a space where goods, men and ideas were circulating. Many peoples were in contact there, including two major ethnic groups, the Celts and the Aquitains. Although pottery is by far the most abundant furniture found in the settlements of this period, we do not know well its chaîne opératoire and its way of circulation. First, this Phd research focused on restudying the ceramic production based on potters’ workshops, as the Southwest concentrated the most numerous workshops in Celtic Europe. Wasted pieces of furniture have been found in these workshops and suggest that local ceramics encountered there did not necessarily represent the overall production. This ceramic has been analysed thanks to a discriminant protocol, including a focus on macro-traces. This approach has underlined the conditions in which these pieces of ceramic can be considered to be the reflection of the whole workshops’ production. Pottery has also been analysed from a technological, typo-chronological and stylistic point of view. In the area of Toulouse, we have extended the study to consumption sites (grouped settlements and rural settlements), which allowed us to study not only the relationships between these sites, but also between the pottery’s workshops within that area. Through the study case of Aiguillon type stamped jars, the question of the regional circulation of ceramic productions has been approached in a more concrete way thanks to petrology analysis. Finally, the history of the societies of Southwestern France has been reevaluated through the PhD research by paying a particular attention to potters’ social status, to the role played by pottery’s workshops in the economy of the ceramic production, and to unsolved issues about the facies of the material culture in the area.

Le lac insulaire constitue un objet géographique tout à fait original par sa structure d'isolat. Il est unevéritable réserve d'eau douce plus ou moins vaste, au sein d'espaces insulaires étroits dominés par unenvironnement maritime. D'origine naturelle ou anthropique, ces lacs s'inscrivent dans la problématiquecomplexe de la ressource en eau de ces territoires étroits soumis à des contraintes grandissantes(démographie, urbanisation, pollutions...). Le sud-ouest de l'océan Indien, composé d'îles trèsdifférentes, constitue un territoire privilégié pour une analyse comparative de ces lacs et de leur place ausein des sociétés insulaires. Ce travail a permis dans un premier temps de recenser et de classifier lesprincipales masses d'eau de la zone. A partir d'un échantillon de lacs, leurs spécificités ont étéobservées pour caractériser leur morphologie (cuvette lacustre et bassins d'alimentation), leurcomportement hydrologique et leurs écosystèmes. Cette analyse a permis de souligner la dimensionmontagneuse, tropicale et le poids de l'endémisme pour ces plans d'eau. La typicité de ces lacs apparaîtpar le croisement de ces composantes qui s'ajoutent au contexte insulaire où le stress hydrique imposedes valorisations spécifiques. L'étude des acteurs, des politiques de gestion et des contextes insulaires apermis de mieux appréhender la place du lac dans les sociétés du sud-ouest de l'océan Indien. En effet,ces plans d'eau, longtemps marginalisés par rapport au littoral, deviennent progressivement un atout etun véritable support au développement de ces territoires. Les contrastes de valorisation d'un lac à l'autreimposent une réflexion à long terme pour que les potentialités de ces masses d'eau soient adaptéesavec les besoins durables des populations insulaires. / The island lake constitutes an absolutely original geographical subject with its isolate system. It is a truefresh water reserve, that is more or less wide, inside narrow island areas dominated by a seaenvironment. Those lakes, which are from natural or anthropological origin, are inscribed in the complexproblem of the water resources of those narrow territories, that are subject to growing constraints –demography, urbanization, pollutions... Composed of very different islands, the South West of the IndianOcean makes up a privileged territory for a comparative analysis of those lakes and their place insideisland societies. First of all this work has allowed to list and classify the main bodies of water in the area.From a sample of lakes, their specificities have been examined to characterize their morphologies –lakeside depression and supply basin – their water performances and their ecosystem. This analysis hasallowed to highlight the mountainous and tropical dimensions and the weight of those lakes' endemism.Their typicality appears thanks to the intersecting of the components that can be added to the islandcontext in which the hydric stress imposes specific exploitation. The study of the actors, the managementpolicies and the island situation has allowed to better comprehend the place of the lake in the societies inthe South West of the Indian Ocean. Indeed those lakes, which have long been marginalized compared tothe coast, have progressively become an asset and a true medium to the development of those territories.The contrast of exploitations from a lake to another imposes a long-term reflection so that thepotentialities of those water bodies fit the sustainable needs of island populations.

La leptospirose est une zoonose d’importance médicale majeure dans les îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI) dont certaines enregistrent des incidences parmi les plus élevées au monde. Durant la dernière décennie, les données épidémiologiques moléculaires obtenues avec une approche « One Health » ont mis en évidence une grande diversité de lignées de leptospires ainsi que différentes chaines de transmission sur les différentes îles de la région. Les données moléculaires montrent la présence de leptospires pathogènes et de réservoirs animaux introduits ou endémiques de cette région. La distribution de ces différentes lignées de leptospires est associée à (i) un contraste épidémiologique incluant des différences dans la sévérité des cas humains et (ii) des niveaux de spécificité d’hôtes différents selon les leptospires considérés. Plus particulièrement, les leptospires endémiques du SOOI semblent être moins pathogènes chez les humains et montrent une plus forte affinité pour leur réservoir que les leptospires cosmopolites. Pour compléter nos connaissances sur l’histoire évolutive des leptospires du SOOI, nous avons produit des données provenant de chauves-souris de l’Afrique de l’Est. Ces données confirment la spécificité de certaines lignées de leptospires envers leurs hôtes chiroptères et suggèrent que les chauves-souris d’Afrique ont colonisé Madagascar tout en étant infectées par leurs leptospires. Afin de mieux comprendre le rôle des différents leptospires dans l’épidémiologie régionale de la leptospirose, nous avons mesuré la pathogénicité de trois souches de leptospires retrouvées dans cette région à l’aide d’un modèle hamster. Des souches de Leptospira mayottensis et Leptospira borgpetersenii ont été isolés respectivement de Tenrec ecaudatus (tenrec) et Triaenops menamena (chauve-souris), deux mammifères endémiques du SOOI. Une souche de Leptospira interrogans, dont le génotype est retrouvé dans la majorité des cas humains graves à la Réunion, a été isolée de Rattus rattus (rat). En cohérence avec les données épidémiologiques humaines de Mayotte et de La Réunion, les leptospires endémiques se sont révélées être significativement moins pathogènes que la souche L. interrogans. La spécificité d’hôte des deux souches isolées de mammifères endémiques a été mise à l’épreuve par des infections expérimentales de Rattus norvegicus, connu comme un réservoir important de leptospires. Les rats ont été infectés avec les trois isolats précédemment utilisés. Les rats infectés par les souches endémiques n’ont pas développé d’infection rénale chronique contrairement à la souche cosmopolite. Ces résultats montrent que la spécificité d’hôte des leptospires endémiques observée in natura est probablement due à des facteurs génétiques plutôt qu’à des facteurs écologiques, comme un manque de contacts physiques entre les réservoirs animaux endémiques et introduits. Enfin, le séquençage complet de souches de leptospires du SOOI a été réalisé afin d’identifier des caractéristiques génétiques pouvant être associées à la pathogénicité et la spécificité d’hôte des leptospires pathogènes. Une classification précise de souches de leptospires du SOOI a pu être réalisée sur la base des génomes complets. La comparaison de ces génomes a permis d’identifier des gènes spécifiques à un groupe ou une espèce de leptospires. Cependant des modifications génomiques complexes rendent difficiles l’identification de caractéristiques génomiques responsables d’un phénotype particulier tel que la virulence ou la spécificité d’hôte. / Leptospirosis is a zoonosis of main medical concern on several islands of southwestern Indian Ocean (SWIO), some of which recording among the highest human incidence worldwide. Over the last decade, molecular epidemiology investigations carried out under a One Health framework have revealed a wide variety of Leptospira lineages and distinct transmission chains throughout the islands of the region. These islands are home to pathogenic Leptospira lineages and animal reservoirs that are either introduced or endemic to the SWIO region. Interestingly, the regional distribution of Leptospira diversity is associated with (i) a contrasted severity of human cases and (ii) distinct levels of specificity of Leptospira towards their mammalian hosts. Specifically, endemic Leptospira appear less pathogenic in humans and display higher specificity towards their animal reservoirs than their cosmopolitan counterparts. To complete the dataset of Leptospira diversity in the SWIO region, we produced data from bats of eastern Africa. Results support the previously observed pattern of host specificity of Leptospira towards their bats hosts and, overlaid upon the biogeographic history of Malagasy bats, suggest that these volant mammals have colonized Madagascar from continental Africa while hosting pathogenic Leptospira. To better understand the role of distinct Leptospira lineages in the contrasted epidemiology observed in the SWIO, we investigated the pathogenicity of three Leptospira isolates from this region using a hamster model. Leptospira mayottensis and Leptospira borgpetersenii isolates were obtained from Tenrec ecaudatus (tenrec) on Mayotte and Triaenops menamena (bat) in Madagascar, respectively, both mammals endemic to the SWIO region. A Leptospira interrogans strain, which genotype has been reported in the majority of human acute cases on La Réunion, was isolated from the introduced Rattus rattus (rat). In keeping with a distinct severity of the disease on Mayotte and La Réunion, endemic bat-borne and tenrec-borne Leptospira were significantly less pathogenic than the control cosmopolitan rat-borne isolate. The host specificity of the isolates obtained from endemic hosts was addressed using experimental infection of Rattus norvegicus, a known reservoir of pathogenic Leptospira. This animal model was challenged with all three isolates and mostly failed in supporting chronic infection with bat-borne and tenrec-borne Leptospira. Hence, the strong host-specificity of endemic Leptospira toward their hosts observed in the wild likely results from genetic determinants shaped by long-term co-evolutionary processes rather than from ecological constraints such as a lack of physical contact between introduced and endemic animal reservoirs. Finally, we undertook full genome sequencing of regional strains in order to highlight genomic features that may be associated with virulence and host specificity. Whole genome sequencing allowed the accurate classification of Leptospira isolates obtained on SWIO islands. Comparative genomics allowed to identify genes specific to a group or species of Leptospira but complex changes in Leptospira genome make difficult the identification of genomic elements responsible for specific traits such as virulence and host specificity.

Ce travail s'inscrit dans le cadre du projet OUTPACE visant à caractériser les eaux du Pacifique tropical Sud-Ouest (WTSP) en termes de stocks et flux biogéochimiques, et de diversité biologique des diazotrophes le long d'un transect longitudinal Ouest-Est. Il est le fruit de la combinaison étroite de deux approches, l'une expérimentale et l'autre basée sur la modélisation, dans le but d'étudier le rôle de la diazotrophie dans la dynamique planctonique et les cycles biogéochimiques des eaux de surface du WTSP. Les analyses de plusieurs grandeurs mesurées lors de la campagne, et notamment la production primaire (PP) et du temps de turnover du phosphate inorganique dissous (DIP), ont permis d'observer un gradient Ouest-Est de productivité et de disponibilité nutritive, étroitement lié à la variabilité spatiale des taux de fixation de N$_2$. L'utilisation d'un modèle biogéochimique mécaniste (implémenté dans la plateforme Eco3M) incluant explicitement deux compartiments de diazotrophes, couplé à un modèle physique 1D vertical, a permis de mettre en évidence le fait que l'absence/présence de diazotrophie permettait d'expliquer le contraste observé entre les régions de l'Ouest de l'archipel Mélanésien (WMA) et de l'Ouest de la gyre du Pacifique Sud (WGY). Les résultats du modèle ont montré que les organismes non diazotrophes bénéficiaient de l'apport d'azote nouveau apporté par la fixation de N$_2$, et que la production planctonique de surface dépendait significativement de l'activité des diazotrophes, cette dernière contrôlée à l'Ouest par la disponibilité en phosphate et à l'Est par la disponibilité en fer. / This work is part of the OUTPACE project which aimed to characterize the western tropical south Pacific (WTSP) in terms of biogeochemical stocks and fluxes and biological diversity of diazotrophs along a West-East longitudinal transect. This work combines an experimental with a modeling approach in order to study the role of diazotrophy in the planktonic dynamics and biogeochemical cycles of the WTSP surface waters. The values measured during the campaign, iespecially those of primary production (PP) and dissolved inorganic phosphate (DIP) turnover time, revealed a West-East gradient of productivity and nutrient availability, closely related to the spatial variability of N$_2$ fixation rates. The use of a mechanistic biogeochemical model (implemented in the Eco3M platform) explicitly including two compartments of diazotrophs and coupled with a vertical 1D physical model, allowed to highlight the fact that the absence / presence of diazotrophy could explain the contrast between the western regions of the Melanesian Archipelago (WMA) and the west of the south Pacific gyre (WGY). ). The model results showed that non-diazotrophic organisms benefited from the new nitrogen supply provided by nitrogen fixers, and that the surface planktonic production depended significantly on diazotroph activity, which is controlled by the phosphate availability in the west and by the iron availability in the east of the WTSP.

Les concentrations élevées en pesticides dans les eaux de surface drainant des bassins versants agricoles sont devenues une préoccupation majeure en Europe depuis une cinquantaine d'années. Les pesticides sont transférés dans l'environnement par différentes voies (le ruissellement de surface et de sub-surface, le flux de nappe), soit en solution soit adsorbés aux particules de sol en suspension dans l'eau. Les eaux de ruissellement et de percolation entraînent avec elles des charges de contaminants dont les concentrations en solution peuvent s'avérer toxiques pour la faune et la flore aquatique et rendre l'eau impropre à la consommation humaine si le réseau de drainage est une source de captage pour l'alimentation en eau potable. Les crues constituent donc des événements hydrologiques de première importance dans la contamination des eaux continentales par les pesticides. Les objectifs de cette thèse ont été de (1) caractériser, à l'aide d'un modèle agro-hydrologique, la dynamique des transferts de pesticides à l'échelle du bassin versant dans une région agricole, notamment en période de crue ; (2) identifier les facteurs de contrôle du transfert de pesticides et (3) améliorer, le cas échéant, les équations formalisées dans le modèle. Deux approches ont été menées de front afin de répondre aux questions posées : l'analyse de données mesurées et modélisées sur le bassin versant agricole de la Save (sud-ouest de la France). Une étude de faisabilité réalisée en préliminaire a montré que le modèle Soil and Water Assessment Tool (SWAT - Arnold et al., 1998) était adapté à la modélisation du transfert de pesticides, dans les phases dissoute et particulaire, à l'échelle du bassin versant. L'hydrologie et les concentrations à l'exutoire des phases dissoute et particulaire (respectivement les nitrates et les matières en suspension) ont été calibrées. Les voies privilégiées de transfert des pesticides en fonction des conditions hydrologiques ont été identifiées. La modélisation a ensuite été mise en œuvre avec des itinéraires techniques plus détaillés en entrée du modèle et des mesures sub-journalières de pesticides en crue. Les différentes voies de transfert des pesticides dans les deux phases, ainsi que leurs facteurs de contrôle environnementaux, ont été étudiés. Deux facteurs de contrôle, respectivement dépendant des pratiques agricoles (la date d'application des pesticides, qui est un facteur anthropique) et intrinsèque aux molécules de pesticides (le coefficient Kd de partition entre phases dissoute et particulaire, qui est un facteur physico-chimique) ont été abordés plus en détail. Le rôle de la typologie du bassin versant sur les transferts est discuté. Des cartes de risque de contamination des eaux de surface par les pesticides sont présentées pour le bassin de la Save. Dans la perspective d'améliorer le formalisme des modèles de transfert des pesticides, une équation qui relie le coefficient Kd au coefficient de distribution octanol/eau Kow et à la concentration en matières en suspension a été proposée. / Rising pesticide levels in streams draining intensively managed agricultural land has become a widespread problem throughout Europe in recent decades. Pesticides are transferred into the environment through various pathways (surface and sub-surface runoff, groundwater return flow), either in solution or sorbed onto particles. Runoff and percolating water carry contaminants loads which concentrations in solution may be harmful to terrestrial and aquatic ecosystems rendering water unfit to human consumption if the draining network is a source for drinking water. Floods are hydrological events of major importance in continental waters contamination by pesticides. The objectives of this PhD thesis were (1) to characterise pesticides transfer dynamics at catchment scale in an agricultural area during floods; (2) to identify the factors controlling pesticides transfer and (3) to improve modelling by changing formalism with more suitable equations. Two approaches were set up: analysing both measured and simulated data sets, stemming from the River Save catchment (south-western France). A preliminary feasibility study showed that the Soil and Water Assessment Tool (SWAT - Arnold et al., 1998) was adapted for pesticides transfer modelling in both dissolved and sorbed phases, at catchment scale. Water discharge, dissolved and sorbed phases (respectively nitrate and suspended sediments) were calibrated. Pesticides transfer preferred pathways depending on hydrological conditions were identified. Modelling was then carried on more detailed management practices as input and on sub-daily pesticides concentration measurements during flood events. The various transfer pathways in both phases together with the environmental controlling factors were assessed. At last, two controlling factors, respectively depending on management practices (application date, an anthropogenic factor) and on an intrinsic pesticide molecule property (the partition coefficient Kd which is a physico-chemical factor) were studied. The role of catchment typology was discussed. Surface water contamination risk maps were drawn on Save catchment. In order to improve the formalism of pesticide transfer models, an equation was proposed that relates Kd to the octanol/water partition coefficient Kow and to suspended matter concentration.