Le lac insulaire constitue un objet géographique tout à fait original par sa structure d'isolat. Il est unevéritable réserve d'eau douce plus ou moins vaste, au sein d'espaces insulaires étroits dominés par unenvironnement maritime. D'origine naturelle ou anthropique, ces lacs s'inscrivent dans la problématiquecomplexe de la ressource en eau de ces territoires étroits soumis à des contraintes grandissantes(démographie, urbanisation, pollutions...). Le sud-ouest de l'océan Indien, composé d'îles trèsdifférentes, constitue un territoire privilégié pour une analyse comparative de ces lacs et de leur place ausein des sociétés insulaires. Ce travail a permis dans un premier temps de recenser et de classifier lesprincipales masses d'eau de la zone. A partir d'un échantillon de lacs, leurs spécificités ont étéobservées pour caractériser leur morphologie (cuvette lacustre et bassins d'alimentation), leurcomportement hydrologique et leurs écosystèmes. Cette analyse a permis de souligner la dimensionmontagneuse, tropicale et le poids de l'endémisme pour ces plans d'eau. La typicité de ces lacs apparaîtpar le croisement de ces composantes qui s'ajoutent au contexte insulaire où le stress hydrique imposedes valorisations spécifiques. L'étude des acteurs, des politiques de gestion et des contextes insulaires apermis de mieux appréhender la place du lac dans les sociétés du sud-ouest de l'océan Indien. En effet,ces plans d'eau, longtemps marginalisés par rapport au littoral, deviennent progressivement un atout etun véritable support au développement de ces territoires. Les contrastes de valorisation d'un lac à l'autreimposent une réflexion à long terme pour que les potentialités de ces masses d'eau soient adaptéesavec les besoins durables des populations insulaires.

Ce travail de thèse porte sur l'étude de l'interaction entre l'île et le cyclone DINA qui avait bénéficié pour la première fois d'une couverture radar Doppler lors de son passage en Janvier 2002. Des simulations hautes résolutions ont été menées avec le modèle Méso-NH. Il a été montré que la présence de l'île induit une tendance générale à la stabilisation de la circulation cyclonique naturelle en relation avec un affaiblissement du système. Il a aussi été montré que la circulation des vents et la localisation des précipitations sur l'île en cas cyclonique sont entièrement définies par la topographie. De plus une étude approfondie a montré que l'évolution de la structure du mur de l'oeil en interaction avec le relief découlait de perturbations de l'anneau cyclonique de PV par des bandes de PV anticyclonique générées par l'île.

Cette recherche doctorale entend caractériser les fluctuations morphologiques des rennes paléolithiques du Sud-Ouest de la France consécutives aux changements climatiques. En effet, le dernier Pléniglaciaire et le Tardiglaciaire (entre 21 500 - 13 000 cal. BP) ont constitué des périodes de contraintes paléoclimatiques et paléoenvironnementales particulièrement fortes, qui ont occasionné, directement ou indirectement, des répercussions sur la taille corporelle des populations de rennes. Les séries analysées dans le cadre de ce travail proviennent tant du registre actuel que fossile. Plusieurs échantillons de populations actuelles (Norvège, Finlande, Groenland) ont ainsi été analysés, afin de tester la méthodologie et d'envisager des comparaisons morphologiques avec les populations passées. Le corpus paléolithique comporte 29 assemblages naturels et anthropiques du Sud-Ouest de la France, datés majoritairement du dernier Pléniglaciaire et du Tardiglaciaire. La méthode du Variability Size Index appliquée récemment sur le renne paléolithique posant des problèmes, s'agissant notamment de la détermination du sex-ratio d'un assemblage, du caractère significatif ou non des différences morphologiques -isométriques et allométriques - observées, etc., nous avons eu recours à une nouvelle méthodologie combinant plusieurs outils statistiques appliqués à un nouvel indice de taille (VSI* : Variability Size Index modifié). Les analyses ostéométriques et statistiques effectuées tendent à identifier des fluctuations morphologiques temporelles attestant d'adaptations de l'espèce. D'un point de vue synchronique, les résultats permettent de rejeter l'hypothèse précédemment soutenue de différences entre les rennes tardiglaciaires des Landes d'une part et du secteur Dordogne/Gironde d'autre part. Les données saisonnières tendent toutefois à indiquer une absence de migrations de grande ampleur des rennes selon cet axe Nord/Sud. L'existence de populations distinctes est toutefois proposée entre les rennes des Landes et ceux du Bassin de l'Aude. Le Sud-Ouest de la France, à la fin du Paléolithique supérieur, aurait été occupé de manière pérenne par des troupeaux de rennes, dont le comportement migratoire reste cependant à déterminer plus précisément.

Depuis une vingtaine d'années, la qualité de la prévision de la trajectoire des cyclones tropicaux a fortement progressé mais peu d'améliorations ont été apportées à la prévision de l'intensité. Cette thèse s'intéresse aux changements d'intensité des cyclones tropicaux du sud-ouest de l'océan Indien sous l'angle original de l'activité électrique.Une première étude climatologique s'appuyant sur les données du réseau de détection d'éclairs World Wide Lightning Location Network (WWLLN) a permis de valider la qualité de ces données et de montrer que les cyclones tropicaux pouvaient être une source importante de production d'éclairs à l'échelle du bassin. À partir de ce résultat, une étude ciblée a été menée en considérant la spécificité du bassin et trois régions ont été définis (océan ouvert, région à proximité de la côte est de Madagascar et Canal du Mozambique). L'activité électrique des cyclones tropicaux dépend de la région où ils se trouvent ainsi que de leur stade d'intensité. Les éclairs semblent être un marqueur des phases d'intensification et d'affaiblissement dans certains situations. La troisième étape de cette thèse a consisté à simuler de manière idéalisée un cyclone tropical mature et a tenté d'expliquer les processus physiques à l'origine de l'activité électrique. Le modèle reproduit bien le comportement sporadique des éclairs habituellement observé. Des bilans montrent que ce cyclone présente trois phases caractéristiques, chacune associée à un comportement dynamique, microphysique et électrique différent. Enfin, une deuxième étude purement numérique a tenté d'identifier des estimateurs de l'activité électrique. Pourcelà deux approches ont été adoptées : une étude globale et une étude par cellule. Dans les deux cas, les meilleurs estimateurs sont la masse totale de graupel, le volume d'updraft et le produit des flux des masses de glace précipitante et non précipitante.

Les relations interspécifiques sont un indicateur naturel de l'état de santé d'un écosystème et de son éventuelle évolution. Dans le contexte actuel de changement climatique et d'intensification des activités humaines, nous décrivons, par une approche intégrée, les interactions existant entre les tortues vertes et leurs ressources trophiques, afin de contribuer à la compréhension de la dynamique de la biodiversité marine. La tortue verte est la seule tortue marine herbivore aux stades sub-adulte et adulte. Elle se nourrit principalement sur des herbiers de phanérogames marines et des algueraies en milieu côtier relativement peu profonds et constitue ainsi un modèle privilégié pour étudier l'écologie trophique et fonctionnelle des tortues marines en conditions naturelles. Le travail présenté dans ce manuscrit étudie deux populations de tortues vertes : la première s'alimentant de phanérogames marines sur le site de N'Gouja à Mayotte et la seconde d'algues benthiques sur la côte ouest de l'Ile de La Réunion. A ce stade de l'étude, le système tortues vertes-herbier est le mieux connu. Nous proposons une synthèse des relations existant entre le comportement de plongée et d'alimentation d'individus juvéniles et adultes avec la disponibilité trophique au sein d'un herbier marin plurispécifique. Ceci a été obtenu à partir de systèmes d'acquisition embarqués, d'observation directes de tortues vertes et de relevés phyto-écologiques conventionnels. Par ailleurs, notre étude a permis d'engager le suivi du système tortues vertes - herbier marin de N'Gouja et d'en décrire les premières tendances. En quatre ans, une diminution de près de 80 % de la biomasse végétale du site de N'Gouja accentue la pression d'herbivorie des tortues vertes sur l'herbier. Ce phénomène entraîne l'appauvrissement de la diversité spécifique des phanérogames en faveur des espèces végétales pionnières. La diminution parallèle de l'effectif de la population de tortues vertes du site de N'Gouja suggère un modèle alimentaire basé sur le principe de densité-dépendance. Les conséquences d'une surexploitation de l'herbier par les tortues vertes sont alors en opposition avec celles obtenues suite à la simulation d'une pression d'herbivorie nulle. Nous montrons que sous une pression d'herbivorie modérée, un stade successionel intermédiaire de l'herbier est maintenu et la diversité spécifique est favorisée par la diminution des capacités compétitives des espèces consommées. Il découle ainsi de notre étude des indicateurs du stade phytodynamique d'un herbier plurispécifique et de la pression d'herbivorie exercée par les tortues vertes qui permettent d'envisager les réponses écosystémiques d'un système tel que celui de N'Gouja sous différents scénarios environnementaux. Enfin, dans un cadre plus large, nous posons la question de savoir si l'évolution statutaire de Mayotte peut contribuer à approfondir et pérenniser la protection des tortues marines qui se trouvent sur son territoire. Nous décrivons la départementalisation comme un moyen d'accentuer le processus de clarification du droit applicable à Mayotte et d'assurer des moyens humains, matériels, et financiers nécessaires à la protection de l'environnement. Des recensements aériens réalisés au dessus de la côte ouest de l'île de La Réunion révèlent la présence d'individus sexuellement matures et immatures, dont le nombre augmente depuis 1996. Cette approche nous aura permis d'identifier une fréquentation préférentielle des habitats coralliens et de décrire, à partir d'observations sous-marines parallèles, la côte ouest de l'île comme un site d'alimentation d'individus matures et d'individus en phase de croissance. Ce travail renforce les bases scientifiques nécessaires à la mise en place de stratégies de conservation des tortues marines et de leurs habitats.

Considéré comme la matérialité de l’espace, le sol est un élément déterminant en archéologie pour la compréhension de l’habitat. Au regard « de l’absence » des sols néolithiques, les recherches sur l’habitat dans le Nord de la France sont basées sur les structures en creux. Pour la fin du Néolithique, ceci est un problème puisque seuls quelques plans de bâtiments sont connus et les fréquents sites peu stratifiés à concentrations de mobilier sont peu documentés. Dans trois quarts des cas, les attributs du mobilier (à plat, domestique…) suggèreraient des sols d’occupation préservés, et donc des habitats potentiels. En questionnant la relation Société-Sol, la démarche géoarchéologique, fondée sur la micromorphologie, vise à déterminer les processus de formation de ces couches pour interroger le caractère préservé des sols d’occupation ainsi que la nature des activités humaines enregistrées. Ces recherches s’assoient sur l’étude de cinq sites à concentrations de mobilier (Gas, Sours, Poupry, Pussigny et Maillé), découverts en Beauce et en Touraine par l’archéologie préventive. L’élaboration d’un modèle qualitatif du sol néolithique, exprimé par une classification de micro-ethnofaciès, a permis d’identifier sa nature, de confirmer le statut d’habitat de ces sites et de discuter des modes d’occupation des sols. La pratique des terrassements pour l’implantation des habitats semble généralisée, tout comme l’emploi de la terre crue pour la construction des sols et des bases de murs. Si des variations semblent apparaitre dans les espaces intérieurs, les résultats pour les sols extérieurs permettent de proposer un modèle théorique de l’organisation spatiale de l’espace de cour. / Considered as the materiality of space, floor is a crucial element in archaeology to understand the settlement. Regarding the “lack” of neolithic floors, the researches of settlements in North of France, are established from negative features. For the end of Neolithic, this is truly a problem because only few plans of buildings are discovered and the sites with very thin and massive anthropogenic layers are common, but not well documented. In three-quarters of cases, the characteristics of materials (flat, domestic…) would suggest preserved floors, and so, potential settlements. Answering the relation Society-Soil, the geoarchaeological approach, based on micromorphology of soil, pursue to characterise the processes of formation of thin layers to question the preserved aspect of floors and the nature of human activities recorded. The searches are seated on the study of five sites à thin layer with concentrations of materials, discovered in Beauce and Touraine by survey archaeology. The elaboration of qualitative models of neolithic floor, expressed by a classification of micro-ethnofaciès, leads to identify its nature, to confirm the status of the settlement of its type of sites. The earthwork practice of the implantation of a settlement seems extensive, as well as, the use of earthen materials to the construction of floors and walls. If spatial organisation of interior space remains difficult to approach, the results lead to propose a theoretical model of courtyard spaces.

Dans les îles du sud-ouest de l'océan Indien (SOOI) (Comores, Maurice, Mayotte, Réunion, Rodrigues et Seychelles), le flétrissement bactérien causé par le complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) est une phytobactériose considérée comme l'une des plus nuisibles pour les productions vivrières ou d'exportation. Les travaux de thèse présentés dans ce manuscrit avaient pour principal objectif l'exploration du niveau et de la distribution de la diversité génétique du ce Rs et de la structure génétique de ses populations dans le SOOI. Nous avons mené de vastes campagnes d'échantillonnage qui ont permis de constituer une large collection de 1704 isolats, principalement à partir de Solanacées (tomate, pomme de terre, piment, aubergine, poivron) et de géranium rosat. L'assignation phylogénétique des isolats a montré une très forte prévalence du phylotype I (88 %), qui est distribué dans chaque île du SOOI, tandis que les phylotypes II (9 %) et III (3 %) ne sont trouvés qu'à La Réunion. Deux souches de phylotype IV ont par ailleurs été signalées à l'île Maurice, représentant le premier rapport de ce groupe phylogénétique dans le SOOI. Une approche phylogénétique et de génotypage (MLSA/MLST) basée sur l'analyse de séquences de 6 gènes de ménage et 1 gène associé à la virulence (egl) a permis de révéler les relations génétiques entre 145 souches représentatives (diversité géographique + hôte d'isolement) du SOOI et 90 souches mondiales de référence. Le développement et l'application d'un schéma MLVA basé sur 17 séquences répétées en tandem (VNTR) sur près de 1300 souches a permis de révéler que les populations de phylotype I sont organisées en complexes clonaux dans le SOOI et que le niveau de diversité génétique est très contrasté selon les îles, Maurice présentant la plus forte diversité génétique. Un résultat majeur de cette thèse est la mise en évidence du déploiement d’une lignée génétique (sequevar I-31 ; STI-13 ; MT-035), surreprésentée dans les îles du SOOI, qui pourrait avoir été introduite via du matériel végétal contaminé depuis l'Afrique de Sud ou l’Afrique de l'Ouest. Nos études préliminaires montrent que l'haplotype majoritaire MT-035 (i) est le probable haplotype fondateur du complexe clonal le plus prévalent dans le SOOI, (ii) présente un pouvoir pathogène élevé (large gamme d'hôtes comprenant des plantes cultivées et des adventices, et forte agressivité sur Solanacées) et (iii) possède une forte aptitude à la compétition dans l'environnement via la production de bactériocines. Ces travaux permettront in fine de renforcer l'épidémiosurveillance et orienter les stratégies de lutte vis-à-vis de cet agent phytopathogène, notamment via le déploiement de cultivars résistants. / In the southwest Indian Ocean (SWIO) islands (Comoros, Mauritius, Mayotte, Réunion, Rodrigues and Seychelles), bacterial wilt caused by the Ralstonia solanacearum species complex (Rssc) is considered one of the most harmful plant disease for food crops or export. The main objective of this work presented in this manuscript was to explore the level and the distribution of the genetic diversity of Rssc and the genetic structure of its populations in SWIO. We conducted extensive sampling campaigns that resulted in a large collection of 1704 isolates, mainly from Solanaceae (tomato, potato, chilli, eggplant, pepper) and geranium rosat. The phylogenetic assignment of the isolates showed a very high prevalence of phylotype I (88 %), which is distributed in each island of the SWIO, while phylotypes II (9 %) and III (3 %) are found only in Réunion. Two phylotype IV strains have also been reported in Mauritius, representing the first report of this phylogenetic group in SWIO. A phylogenetic and genotyping approach (MLSA/MLST) based on sequence analysis of 6 housekeeping genes and 1 gene associated with virulence (egl) revealed the genetic relationships between 145 representative SWIO strains (geographic diversity + host) and 90 global reference strains. The development and application of MLVA scheme based on 17 variable number of tandem repeat sequences (VNTR) on nearly 1300 strains revealed that phylotype I populations are organized into clonal complexes in SWIO and that the level of genetic diversity is highly contrasted according to the islands, with Mauritius having the highest genetic diversity. This work highlights the deployment of a genetic lineage (Sequevar I-31, STI-13, MT-035), overrepresented in SWIO islands, which could have been introduced via contaminated plant material from South Africa or West Africa. Our preliminary studies show that the main haplotype MT-035 (i) is the probable founding haplotype of the most prevalent clonal complex in SWIO, (ii) has high pathogenicity (wide range of hosts including cultivated plants and weeds, and high aggressiveness on Solanaceae) and (iii) has a strong ability to compete in the environment via the production of bacteriocins. This work will ultimately strengthen epidemiosurveillance and guide control strategies of this plant pathogen, including the deployment of resistant cultivars.

L’objectif de cette thèse est double : d’une part, il s’agit de faire la synthèse des connaissances disponibles à ce jour sur la période du premier âge du Fer (800/425 a.C. environ) dans la zone géographique étudiée ; d’autre part, il est question d’analyser les modalités et les dynamiques d’occupation du sol au cours de cette période et dans cet espace. La démarche comporte plusieurs étapes de travail. La première consiste à inventorier les données disponibles, sous la forme d’une base de données relationnelle. Un référentiel chronologique propre, reposant sur l’analyse typologique fine du corpus céramique et d’un certain nombre d’autres catégories d’objets (armement, parure, outillage notamment), est ensuite établi. L’étude typo-chronologique du mobilier issu des sites funéraires et des sites d’habitat a permis l’élaboration d’un cadre chronologique régional indépendant des grands systèmes continentaux. L’analyse spatiale, dernière étape du travail, s’appuie sur la trame chronologique ainsi dégagée et a pour objectifs, d’une part, l’identification et l’étude de faciès mobiliers locaux et de leur évolution dans le temps, et d’autre part, la recherche et l’étude d’éventuels schémas récurrents d’organisation spatiale. Les faciès mobiliers sont étudiés au moyen d’analyses de données multivariées prenant comme données de départ la typologie des objets et leur localisation dans l’espace. Le thème de l’organisation spatiale est quant à lui abordé par diverses méthodes d’analyse mises en œuvre via un Système d’Information Géographique (SIG), en déclinant des approches complémentaires (hiérarchisation des sites, emprise visuelle des sites de hauteur, relations entre sites funéraires et sites d’habitat…). / The objective of this PhD research is twofold. First, it aims to synthesize the available knowledge on the Early Iron Age period on the studied area. Secondly, it deals with the analysis of modes and dynamics of settlement during this period and in this geographical area. The research process is made of several steps. The first one consists in the development of relational database made from the inventory of available data. Then, a chronological framework is established form a precise typological analysis of the pottery and some others categories of artefacts (weapons, jewelry, tools…). The typo-chronological study of the material found on burial sites and settlements allows to define a specific regional chronological framework which is independent from the main continental chronological systems. Lastly, the spatial analysis based on this chronological framework aims the identification and study of the sub-regional facies and their evolution throughout time and secondly, the search for reccurent spatial organization patterns. The archaeological facies are studied with multivariate data analysis and, as starting dataset, the typology of the artefacts and their localization in space. The spatial organization is studied with diverse analysis methods within a GIS (Geographic Information System), using complementary approaches (settlement hierarchy, viewshed of the hillforts, relations between burial and domestic sites…).

Si la présence d’une activité verrière ne semble être connue qu’à partir du XIVème siècle dans le quart sud ouest de la France, c’est véritablement au XVIème siècle qu’elle prend toute son ampleur et atteint son apogée, au vu des nombreux ateliers établis à cette période. En confrontant les archives écrites et les « archives du sol », cette étude vise à apporter un éclairage sur l’évolution de la production du verre entre la période médiévale et la période moderne, et sur les relations qui régissent les maitres verriers, les marchands et les producteurs de matières premières entrant dans la composition du verre. Les flux d’échanges issus de cette activité verrière mettent en relief l’activité économique importante générée au départ d’installations ancrées localement à proximité des ressources forestières indispensables au fonctionnement des fours des verriers, et qui pourtant irriguent l’économie régionale en favorisant les échanges commerciaux et en développant un écosystème autour du transport, de l’activité bancaire, et du troc de marchandises. L’une des caractéristiques fortes de ces échanges commerciaux est qu’ils allient deux espaces maritimes, mer méditerranée et océan atlantique, sur un axe reliant La Rochelle à Narbonne. L’étude des objets en verre fabriqués dans cette zone géographique tend plutôt à montrer que la fabrication est diversifiée, tant vis-à-vis des types d’objets que dans les formes réalisées. Seules quelques productions locales particulières semblent s’adresser à un marché local ou régional. / If the presence of a glass activity seems known only from the 14th century on in the South-West of France, it's truly in the 16th century that it spread and reached its peak, given the numerous workshops established at this time. Comparing the written archives and « ground archives », this study aims to shed light on the evolution of glass production between medieval times and modern times, and on the connections between glass-blowers, merchants and producers of raw materials necessary to the production of glass. The trade flows springing from this glass activity highlight the significant economic activity generated from local plants near forest ressources necessary for the working of glass ovens. These local plants supply regional economy favouring trade and developing an ecosystem based around transport, banking and bartering. One of the main characteristics of this trade is that it linked up two maritime areas, the Mediterranean sea and the Atlantic Ocean, on an axis from La Rochelle to Narbonne. The study of the glass objects made in this geographical area tends to show that the production is varied, both in terms of the types of objects and of the shapes created. Only a few particular local productions seem to be destined to a local or regional market.

L’archipel volcanique actif du Vanuatu s’édifie au coeur du pacifique sud-ouest au niveau de la frontière convergente des plaques australienne et pacifique. Je présente ici une nouvelle étude géochimique des laves du Vanuatu à partir de la détermination des compositions en éléments majeurs et traces, et des compositions isotopiques (Sr-Nd-Hf-Pb) d’une centaine d’échantillons de laves (< 2 Ma).L’étude des magmas les plus primitifs a permis de mettre en évidence la variation de composition des sources mantelliques le long de l’arc et d’individualiser 3 segments : "central", dans la zone de collision de la ride D’Entrecasteaux, "sud" en face du bassin Nord Fidjien, et "extrême sud" en face du bassin Sud Fidjien. La composition des roches des différentes structures subductées influence celles des laves des volcans adjacents via le composant de subduction, sous forme de fluides et de produits de fusion. Les laves des îles situées en face de la ride D’Entrecasteaux sont issues d’un manteau enrichi ("type-MORB indien"), différent de celui échantillonné par les autres laves ("type-MORB pacifique"). Cette ride apporte probablement en subduction un composant ancien, pouvant être assimilé à un fragment de croûte inférieure.L’étude locale de certaines îles a permis de caractériser la différenciation des laves par cristallisation fractionnée, d’identifier des processus d’assimilation crustale, et de révéler la présence de magma provenant de portions de manteau distinctes, ayant subi un métasomatisme différent.Ces travaux révèlent une extrême hétérogénéité du manteau sous l’arc du Vanuatu, témoignant de la complexité des processus géologiques impliqués au niveau de cette zone de subduction. / The Vanuatu island arc is located in the SW Pacific at the convergent boundary between the Australian and Pacific plates. I present here a new geochemical study of the Vanuatu lavas based on major and trace element as well as isotopic (Sr-Nd-Hf-Pb) analyses of approximately one hundred lava samples (< 2 My).Examination of the most primitive magmas reveals the variation of the mantle source composition along the arc and demarcates three segments: a "central" segment in front the d’Entrecasteaux ridge, a "south" segment in front of the North Fiji Basin, and a "far south" segment in front of the South Fiji Basin. The composition of the different subducted basins highly influenced those of the adjacent volcanoes via mass transfer of aqueous fluid and melt subduction components. Lavas from islands facing the D'Entrecasteaux Ridge come from an enriched mantle (Indian MORB-like), distinct from that sampled at other islands (Pacific MORB-like). Additionally, this ridge likely carries with it an ancient component that may reflect entrainment of lower crust material.Localized study of some volcanic islands reveals processes related to the differentiation of lavas by fractional crystallization, processes related to crustal assimilation, and indicates the presence of magma coming from different portions of mantle with slightly different metasomatic histories.This body of work highlights extreme mantle heterogeneity under Vanuatu islands arc and testifies to the complex nature of its associated geological processes.