La leptospirose est une zoonose d’importance médicale majeure dans les îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI) dont certaines enregistrent des incidences parmi les plus élevées au monde. Durant la dernière décennie, les données épidémiologiques moléculaires obtenues avec une approche « One Health » ont mis en évidence une grande diversité de lignées de leptospires ainsi que différentes chaines de transmission sur les différentes îles de la région. Les données moléculaires montrent la présence de leptospires pathogènes et de réservoirs animaux introduits ou endémiques de cette région. La distribution de ces différentes lignées de leptospires est associée à (i) un contraste épidémiologique incluant des différences dans la sévérité des cas humains et (ii) des niveaux de spécificité d’hôtes différents selon les leptospires considérés. Plus particulièrement, les leptospires endémiques du SOOI semblent être moins pathogènes chez les humains et montrent une plus forte affinité pour leur réservoir que les leptospires cosmopolites. Pour compléter nos connaissances sur l’histoire évolutive des leptospires du SOOI, nous avons produit des données provenant de chauves-souris de l’Afrique de l’Est. Ces données confirment la spécificité de certaines lignées de leptospires envers leurs hôtes chiroptères et suggèrent que les chauves-souris d’Afrique ont colonisé Madagascar tout en étant infectées par leurs leptospires. Afin de mieux comprendre le rôle des différents leptospires dans l’épidémiologie régionale de la leptospirose, nous avons mesuré la pathogénicité de trois souches de leptospires retrouvées dans cette région à l’aide d’un modèle hamster. Des souches de Leptospira mayottensis et Leptospira borgpetersenii ont été isolés respectivement de Tenrec ecaudatus (tenrec) et Triaenops menamena (chauve-souris), deux mammifères endémiques du SOOI. Une souche de Leptospira interrogans, dont le génotype est retrouvé dans la majorité des cas humains graves à la Réunion, a été isolée de Rattus rattus (rat). En cohérence avec les données épidémiologiques humaines de Mayotte et de La Réunion, les leptospires endémiques se sont révélées être significativement moins pathogènes que la souche L. interrogans. La spécificité d’hôte des deux souches isolées de mammifères endémiques a été mise à l’épreuve par des infections expérimentales de Rattus norvegicus, connu comme un réservoir important de leptospires. Les rats ont été infectés avec les trois isolats précédemment utilisés. Les rats infectés par les souches endémiques n’ont pas développé d’infection rénale chronique contrairement à la souche cosmopolite. Ces résultats montrent que la spécificité d’hôte des leptospires endémiques observée in natura est probablement due à des facteurs génétiques plutôt qu’à des facteurs écologiques, comme un manque de contacts physiques entre les réservoirs animaux endémiques et introduits. Enfin, le séquençage complet de souches de leptospires du SOOI a été réalisé afin d’identifier des caractéristiques génétiques pouvant être associées à la pathogénicité et la spécificité d’hôte des leptospires pathogènes. Une classification précise de souches de leptospires du SOOI a pu être réalisée sur la base des génomes complets. La comparaison de ces génomes a permis d’identifier des gènes spécifiques à un groupe ou une espèce de leptospires. Cependant des modifications génomiques complexes rendent difficiles l’identification de caractéristiques génomiques responsables d’un phénotype particulier tel que la virulence ou la spécificité d’hôte. / Leptospirosis is a zoonosis of main medical concern on several islands of southwestern Indian Ocean (SWIO), some of which recording among the highest human incidence worldwide. Over the last decade, molecular epidemiology investigations carried out under a One Health framework have revealed a wide variety of Leptospira lineages and distinct transmission chains throughout the islands of the region. These islands are home to pathogenic Leptospira lineages and animal reservoirs that are either introduced or endemic to the SWIO region. Interestingly, the regional distribution of Leptospira diversity is associated with (i) a contrasted severity of human cases and (ii) distinct levels of specificity of Leptospira towards their mammalian hosts. Specifically, endemic Leptospira appear less pathogenic in humans and display higher specificity towards their animal reservoirs than their cosmopolitan counterparts. To complete the dataset of Leptospira diversity in the SWIO region, we produced data from bats of eastern Africa. Results support the previously observed pattern of host specificity of Leptospira towards their bats hosts and, overlaid upon the biogeographic history of Malagasy bats, suggest that these volant mammals have colonized Madagascar from continental Africa while hosting pathogenic Leptospira. To better understand the role of distinct Leptospira lineages in the contrasted epidemiology observed in the SWIO, we investigated the pathogenicity of three Leptospira isolates from this region using a hamster model. Leptospira mayottensis and Leptospira borgpetersenii isolates were obtained from Tenrec ecaudatus (tenrec) on Mayotte and Triaenops menamena (bat) in Madagascar, respectively, both mammals endemic to the SWIO region. A Leptospira interrogans strain, which genotype has been reported in the majority of human acute cases on La Réunion, was isolated from the introduced Rattus rattus (rat). In keeping with a distinct severity of the disease on Mayotte and La Réunion, endemic bat-borne and tenrec-borne Leptospira were significantly less pathogenic than the control cosmopolitan rat-borne isolate. The host specificity of the isolates obtained from endemic hosts was addressed using experimental infection of Rattus norvegicus, a known reservoir of pathogenic Leptospira. This animal model was challenged with all three isolates and mostly failed in supporting chronic infection with bat-borne and tenrec-borne Leptospira. Hence, the strong host-specificity of endemic Leptospira toward their hosts observed in the wild likely results from genetic determinants shaped by long-term co-evolutionary processes rather than from ecological constraints such as a lack of physical contact between introduced and endemic animal reservoirs. Finally, we undertook full genome sequencing of regional strains in order to highlight genomic features that may be associated with virulence and host specificity. Whole genome sequencing allowed the accurate classification of Leptospira isolates obtained on SWIO islands. Comparative genomics allowed to identify genes specific to a group or species of Leptospira but complex changes in Leptospira genome make difficult the identification of genomic elements responsible for specific traits such as virulence and host specificity.

Ce travail s'inscrit dans le cadre du projet OUTPACE visant à caractériser les eaux du Pacifique tropical Sud-Ouest (WTSP) en termes de stocks et flux biogéochimiques, et de diversité biologique des diazotrophes le long d'un transect longitudinal Ouest-Est. Il est le fruit de la combinaison étroite de deux approches, l'une expérimentale et l'autre basée sur la modélisation, dans le but d'étudier le rôle de la diazotrophie dans la dynamique planctonique et les cycles biogéochimiques des eaux de surface du WTSP. Les analyses de plusieurs grandeurs mesurées lors de la campagne, et notamment la production primaire (PP) et du temps de turnover du phosphate inorganique dissous (DIP), ont permis d'observer un gradient Ouest-Est de productivité et de disponibilité nutritive, étroitement lié à la variabilité spatiale des taux de fixation de N$_2$. L'utilisation d'un modèle biogéochimique mécaniste (implémenté dans la plateforme Eco3M) incluant explicitement deux compartiments de diazotrophes, couplé à un modèle physique 1D vertical, a permis de mettre en évidence le fait que l'absence/présence de diazotrophie permettait d'expliquer le contraste observé entre les régions de l'Ouest de l'archipel Mélanésien (WMA) et de l'Ouest de la gyre du Pacifique Sud (WGY). Les résultats du modèle ont montré que les organismes non diazotrophes bénéficiaient de l'apport d'azote nouveau apporté par la fixation de N$_2$, et que la production planctonique de surface dépendait significativement de l'activité des diazotrophes, cette dernière contrôlée à l'Ouest par la disponibilité en phosphate et à l'Est par la disponibilité en fer. / This work is part of the OUTPACE project which aimed to characterize the western tropical south Pacific (WTSP) in terms of biogeochemical stocks and fluxes and biological diversity of diazotrophs along a West-East longitudinal transect. This work combines an experimental with a modeling approach in order to study the role of diazotrophy in the planktonic dynamics and biogeochemical cycles of the WTSP surface waters. The values measured during the campaign, iespecially those of primary production (PP) and dissolved inorganic phosphate (DIP) turnover time, revealed a West-East gradient of productivity and nutrient availability, closely related to the spatial variability of N$_2$ fixation rates. The use of a mechanistic biogeochemical model (implemented in the Eco3M platform) explicitly including two compartments of diazotrophs and coupled with a vertical 1D physical model, allowed to highlight the fact that the absence / presence of diazotrophy could explain the contrast between the western regions of the Melanesian Archipelago (WMA) and the west of the south Pacific gyre (WGY). ). The model results showed that non-diazotrophic organisms benefited from the new nitrogen supply provided by nitrogen fixers, and that the surface planktonic production depended significantly on diazotroph activity, which is controlled by the phosphate availability in the west and by the iron availability in the east of the WTSP.

Les concentrations élevées en pesticides dans les eaux de surface drainant des bassins versants agricoles sont devenues une préoccupation majeure en Europe depuis une cinquantaine d'années. Les pesticides sont transférés dans l'environnement par différentes voies (le ruissellement de surface et de sub-surface, le flux de nappe), soit en solution soit adsorbés aux particules de sol en suspension dans l'eau. Les eaux de ruissellement et de percolation entraînent avec elles des charges de contaminants dont les concentrations en solution peuvent s'avérer toxiques pour la faune et la flore aquatique et rendre l'eau impropre à la consommation humaine si le réseau de drainage est une source de captage pour l'alimentation en eau potable. Les crues constituent donc des événements hydrologiques de première importance dans la contamination des eaux continentales par les pesticides. Les objectifs de cette thèse ont été de (1) caractériser, à l'aide d'un modèle agro-hydrologique, la dynamique des transferts de pesticides à l'échelle du bassin versant dans une région agricole, notamment en période de crue ; (2) identifier les facteurs de contrôle du transfert de pesticides et (3) améliorer, le cas échéant, les équations formalisées dans le modèle. Deux approches ont été menées de front afin de répondre aux questions posées : l'analyse de données mesurées et modélisées sur le bassin versant agricole de la Save (sud-ouest de la France). Une étude de faisabilité réalisée en préliminaire a montré que le modèle Soil and Water Assessment Tool (SWAT - Arnold et al., 1998) était adapté à la modélisation du transfert de pesticides, dans les phases dissoute et particulaire, à l'échelle du bassin versant. L'hydrologie et les concentrations à l'exutoire des phases dissoute et particulaire (respectivement les nitrates et les matières en suspension) ont été calibrées. Les voies privilégiées de transfert des pesticides en fonction des conditions hydrologiques ont été identifiées. La modélisation a ensuite été mise en œuvre avec des itinéraires techniques plus détaillés en entrée du modèle et des mesures sub-journalières de pesticides en crue. Les différentes voies de transfert des pesticides dans les deux phases, ainsi que leurs facteurs de contrôle environnementaux, ont été étudiés. Deux facteurs de contrôle, respectivement dépendant des pratiques agricoles (la date d'application des pesticides, qui est un facteur anthropique) et intrinsèque aux molécules de pesticides (le coefficient Kd de partition entre phases dissoute et particulaire, qui est un facteur physico-chimique) ont été abordés plus en détail. Le rôle de la typologie du bassin versant sur les transferts est discuté. Des cartes de risque de contamination des eaux de surface par les pesticides sont présentées pour le bassin de la Save. Dans la perspective d'améliorer le formalisme des modèles de transfert des pesticides, une équation qui relie le coefficient Kd au coefficient de distribution octanol/eau Kow et à la concentration en matières en suspension a été proposée. / Rising pesticide levels in streams draining intensively managed agricultural land has become a widespread problem throughout Europe in recent decades. Pesticides are transferred into the environment through various pathways (surface and sub-surface runoff, groundwater return flow), either in solution or sorbed onto particles. Runoff and percolating water carry contaminants loads which concentrations in solution may be harmful to terrestrial and aquatic ecosystems rendering water unfit to human consumption if the draining network is a source for drinking water. Floods are hydrological events of major importance in continental waters contamination by pesticides. The objectives of this PhD thesis were (1) to characterise pesticides transfer dynamics at catchment scale in an agricultural area during floods; (2) to identify the factors controlling pesticides transfer and (3) to improve modelling by changing formalism with more suitable equations. Two approaches were set up: analysing both measured and simulated data sets, stemming from the River Save catchment (south-western France). A preliminary feasibility study showed that the Soil and Water Assessment Tool (SWAT - Arnold et al., 1998) was adapted for pesticides transfer modelling in both dissolved and sorbed phases, at catchment scale. Water discharge, dissolved and sorbed phases (respectively nitrate and suspended sediments) were calibrated. Pesticides transfer preferred pathways depending on hydrological conditions were identified. Modelling was then carried on more detailed management practices as input and on sub-daily pesticides concentration measurements during flood events. The various transfer pathways in both phases together with the environmental controlling factors were assessed. At last, two controlling factors, respectively depending on management practices (application date, an anthropogenic factor) and on an intrinsic pesticide molecule property (the partition coefficient Kd which is a physico-chemical factor) were studied. The role of catchment typology was discussed. Surface water contamination risk maps were drawn on Save catchment. In order to improve the formalism of pesticide transfer models, an equation was proposed that relates Kd to the octanol/water partition coefficient Kow and to suspended matter concentration.

Cette thèse explore les représentations sociales du handicap dans la société française en interrogeant la question fondamentale de l’altérité, notre regard de la différence, aux croisées des domaines de la politique et de la santé. L’observation participante menée dans le Sud-Ouest a mis en exergue l’héritage culturel dont sont issues les représentations actuelles du handicap : fantasmes, peurs, idée de contagion du handicap … La représentation sociale aurait donc peu évolué malgré la mondialisation de la culture (J.P. Warnier, 2008). Réduit à l’image du fauteuil roulant, la question du handicap repose davantage sur un enjeu politique et de santé puisqu’il est au cœur de l’évolution sociétale. En effet, la loi du 11 février 2005 impose aux collectivités leur accessibilité afin de permettre l’égalité des chances des personnes en situation de handicap. Par cette mise en conformité de l’environnement, l’image du handicap se réduit à la mobilité. Ainsi, il semblerait qu’il persiste une volonté inconsciente à ramener les personnes handicapées à la marge de la société. Par conséquent, nous pouvons confirmer que les représentations sociales détiennent toujours et encore une place importante dans le comportement collectif. Les faire évoluer passe alors par l’acquisition d’un savoir expérientiel. C’est pourquoi, nous avons souhaité vérifier cette hypothèse grâce à une enquête qualitative menée auprès des étudiants en soins infirmiers. / This thesis deals with the social representations of handicap in French society, by questionning the fundamental subject of otherness, our conception of difference, in both political and sanitary fields. The observation held in South West region highlighted the cultural and heritage of where the current representations of handicap come from : fantasies, fears, idea of a contagion of handicap... the social representation would therefore have barely progressed in spite of the globalization of culture (J.P. Warnier, 2008). Limited to the picture of a wheelchair, the subject of handicap consists more in a political and sanitary stake, since it is in the heart of the evolution of society. As a matter of fact, the law of February 11th 2005 impose on communities to assure their accessibility, in order to allow equal opportunities for handicapped people. Through this compliance of the environment, the conception of handicap is limited to mobility. Therefore, it seems that there is still an unconscious will to keep handicapped people at the margin of society. Therefore, we can claim that social representations still hold an important role in collective behavior. Their evolution requires to purchase an experiential knowledge. That's why we wanted to corroborate this statement thanks to a qualitative investigation organized with students in nursing school.

Cette thèse cherche à rendre compte des réponses que les Aborigènes Noongars du sud-ouest de l’Australie Occidentale déploient face aux discours sur la « tradition » et la « modernité » qui sont construits au sein des institutions et par les acteurs de l’État avec lesquels ils interagissent et auxquels ils sont tour à tour confrontés. L’étude de ces discours, des conditions de leur production et de leurs effets permet d’envisager les concepts de « tradition » et de « modernité » comme des moyens d’action et des techniques sociales mobilisés pour éliminer la différence culturelle dans la mise en œuvre d’un « devenir commun ».L’État australien produit ses propres définitions antagonistes de la « tradition » et de la « modernité », catégories pensées comme étant mutuellement exclusives. Dans certains contextes, il est attendu des Noongars d’être « traditionnels », alors que dans d’autres ils doivent se montrer « modernes ». Les Noongars se trouvent ainsi pris dans une contradiction : ils tendent vers la « modernité » pour rester « traditionnels » et, inversement, ils sont maintenus dans leurs « traditions » lorsqu’ils doivent faire preuve de « modernité ». Dans leurs diverses tentatives de s’intégrer à la nation australienne tout en conservant leurs spécificités, les Noongars redéfinissent leur « identité culturelle ». Pour cela, ils s’approprient, contestent et négocient l’image de l’Aboriginalité qui leur est présentée et se façonnent une identité contemporaine propre, sans pour autant s’opposer radicalement au mythe national de l’Aboriginalité.En analysant les divers processus par lesquels les Aborigènes Noongars revendiquent leur reconnaissance et tentent d’acquérir un degré de souveraineté au sein d’un État-nation, cette thèse enrichit les réflexions sur l’autochtonie en tant que catégorie politique et contingente. Il s’agit d’aborder les questions autochtones comme des réalités discursives devant être analysées dans les contextes ethnographiques particuliers où elles sont produites et articulées. / This thesis seeks to account for the responses that the Noongar Aborigines from the South West of Western Australia display to the discourses of "tradition" and "modernity" that are built within institutions and by state actors, with whom they interact and to which they are in turn confronted. The study of these discourses, the conditions of their production and their effects makes it possible to consider the concepts of “tradition” and “modernity” as means of action and social techniques mobilised to eliminate cultural difference in the implementation of a “common becoming”.The Australian state produces its own antagonistic definitions of “tradition” and “modernity”, categories thought to be mutually exclusive. In some contexts, Noongars are expected to be “traditional”, while in others they must be “modern”. The Noongars are thus caught in a contradiction: they tend towards “modernity” to remain “traditional” and, conversely, they are kept in their “traditions” when they have to show “modernity”. In their various attempts to integrate into the Australian nation, while retaining their specificities, the Noongars are redefining their “cultural identity”. For this, they appropriate, challenge, negotiate the image of the Aboriginality presented to them and shape their own contemporary identity, without radically opposing the national myth of Aboriginality.By analysing the various processes by which the Noongar Aborigines claim their recognition and attempt to acquire a degree of sovereignty within a nation-state, this thesis enriches reflections on Indigeneity as a political and contingent category. It is about addressing indigenous issues as discursive realities that need to be analysed in the particular ethnographic contexts in which they are produced and articulated.

Depuis la politique de réformes lancée par Deng Xiaoping à la fin 1978, la Chine s'est ouverte sur le monde et de nombreux touristes internationaux visitent aujourd'hui ce pays. Les statistiques officielles surestiment cependant la forme internationale du tourisme : il existe en effet un tourisme intérieur chinois qui est largement sous-estimé. Il est le produit de la nouvelle société de loisirs qui se développe dans les principales métropoles du pays. Les pratiques sociales et spatiales de ces nombreux touristes de l'intérieur sont encore méconnues, autant sur le plan de leurs formes que de leurs fondements ; en particulier dans les lieux fréquentés par les deux populations touristiques, mais encore plus dans les sites uniquement fréquentés par les Chinois. Cette thèse propose donc un travail pionnier sur cette question de la dissemblance des pratiques touristiques observées entre touristes intérieurs et touristes occidentaux, ainsi que sur les effets géographiques de cette dernière : selon qu'un site est orienté au profit de l'une ou l'autre de ces populations, les aménagements ne seront pas les mêmes, ce qui intéresse au premier titre la géographie de la Chine en général, l'approche géographique du tourisme en particulier. A partir de l'échelle nationale tout d'abord, puis à partir de deux provinces du sud-ouest du pays, ce travail entame un état des lieux du tourisme intérieur chinois. Il analyse ensuite les pratiques spatiales chinoises en face d'espaces naturels et urbains, notamment selon les différentes générations de touristes. Il démontre enfin que le tourisme intérieur chinois est un outil de développement dans le Sud-Ouest, un instrument qui a été utilisé par l'Etat pour produire des lieux urbains aux dynamiques spatiales méconnues.

La tortue verte (Chelonia mydas) constitue l‘un des espèces emblématiques de la vie marine, pourtant de nombreuses menaces pèsent de nos jours encore sur sa survie (braconnage, captures accidentelles). Ainsi, malgré l‘essor de mesures de protection menées à travers pour sa sauvegarde, la tortue verte constitue une espèce ‗en danger d‘extinction‘ et figure dans l‘Annexe I de la Convention de Washington (CITES). Afin d‘élaborer des plans de gestion et de conservation qui soient efficaces, il est important d‘avoir une parfaite connaissance de la biologie de la tortue verte, mais aussi de la structure de ses populations et de leurs caractéristiques. C‘est dans ce cadre que s‘inscrit la présente étude. L‘objectif de cette étude était d‘acquérir des connaissances sur la structure des populations de tortues vertes dans le sud-ouest de l‘océan Indien grâce à l‘utilisation de l‘outil génétique. Au total, 1551 échantillons de tissu ont été collectés dans la zone d‘étude et dans notre site témoin la Polynésie française (37 échantillons). Toutes les catégories d‘individus ont été échantillonnées (excepté les mâles en phase de reproduction) et les 15 sites d‘échantillonnage comprennent à la fois des sites de ponte, d‘alimentation et de développement pour les immatures. Deux types de marqueurs ont été utilisés : la région contrôle de l‘ADN mitochondrial et 6 loci microsatellites, afin d‘appréhender au mieux l‘apport des lignées maternelles et paternelles. Nous avons pu mettre en évidence la présence dans le sud-ouest de l‘océan Indien de 29 haplotypes distincts, appartenant à trois clades fortement divergents dont l‘un constitué d‘haplotypes originaires de l‘océan Atlantique. Parmi ces haplotypes, 7 ont été détectés pour la première fois dans la zone d‘étude, et 15 autres n‘ont jamais été précédemment décrits chez cette espèce. Ils sont présents dans chacun des 3 clades d‘haplotypes. Ces nouveaux haplotypes semblent spécifiques à la région, et en font une zone originale. On observe par ailleurs une grande richesse allélique dans les effectifs analysés. Ces résultats montrent que le sud-ouest de l‘océan Indien est une zone riche et très diversifiée. Cette région joue un rôle important dans la diversité génétique globale de l‘espèce. Le sud-ouest de l‘océan Indien constitue l‘une des deux seules zones connues à l‘heure actuelle de contact entre les deux métapopulations de tortues vertes (Atlantique-Méditerranée et Indo-Pacifique). Ce contact a entraîné la formation d‘un cline génétique portant principalement sur les fréquences relatives des haplotypes CM8 (Atlantique) et C3 (Indo-Pacifique). Les résultats obtenus lors de l‘analyse microsatellite de la différenciation entre les individus originaires des deux métapopulations montrent que le sud-ouest de l‘océan Indien constitue une zone d‘échanges génétiques entre les deux métapopulations, participant au brasage génétique de l‘espèce. L‘étude de facteurs, intrinsèques et extrinsèques, pouvant influencer la structuration des populations apportent de nombreuses informations qui pourraient s‘avérer utiles lors de l‘élaboration de plans de gestion. La structure des femelles et des mâles en alimentation ne diffère pas, contrairement à celle des immatures qui semble s‘organiser en ‗pools régionaux‘ qui seraient le fruit de l‘interaction d‘un comportement de philopatrie et d‘une influence des courants océaniques. La forte différenciation mitochondriale des femelles en ponte et la très faible différenciation microsatellite observée à l‘échelle de la région, indiquent l‘existence de flux de gènes via les mâles. La composition génétique d‘un site ne varie pas de manière significative au cours de l‘année. Par contre, elle peut varier d‘une année à l‘autre, signifiant l‘alternance dans certains sites de ponte de plusieurs populations distinctes. L‘évolution de la composition génétique d‘un groupe, au cours de 10 ou 20 ans, diffère selon le site considéré. La distance ne semble pas influencer de manière significative la structuration des populations au niveau microsatellite. Les femelles en ponte sur la plage de Saziley (Mayotte) diffèrent génétiquement de celles pondant sur les deux autres plages de l‘île. La structure observée des populations est en accord avec l‘organisation des courants océanique dans la région.

L'étude des réseaux trophiques nécessite une compréhension des phénomènes naturels relatifs à la distribution et l'abondance des organismes dans leur environnement. Les oiseaux marins tropicaux ont une distribution hiérarchique qui dépend de la position de leurs colonies vis à vis des structures physiques du milieu favorisant la production biologique, et de la capacité de dispersion des oiseaux, qui est fortement influencée par leur statut (reproducteur, migrateur, ...). A macro-échelle (103km) cette distribution reflète les limites de leurs habitats, à méso-échelle (10²km) la présence de structures qui agrègent les proies et à micro-échelle (101 km), la présence temporaire en surface, de proies rendues accessibles le plus souvent par les bancs de prédateurs en chasse, tels que les thons. Dans le sud-ouest de l'océan Indien, plus de 6 millions d'oiseaux sont présents, dont 99% sont des sternes fuligineuses. Elles se reproduisent de façon saisonnière en hiver austral aux Seychelles et à Europa, en été austral à Juan de Nova. La concentration en chlorophylle plus élevée autour des colonies saisonnières favorise le développement de chaînes alimentaires qui aboutissent aux sternes. La position des Glorieuses semble avoir favorisé une reproduction sub-annuelle,soutenue par la présence de proies autour des colonies toute l'année. Les rélèvements de biomasse effectués par les sternes en reproduction sont estimés à plus de 55 000 tonnes par an, dans le canal du Mozambique. Ces prélèvements concernent des calmars, des poissons pélagiques et des larves de poissons, avec des proportions variables suivant les sites.

Depuis une vingtaine d'années, la qualité de la prévision de la trajectoire des cyclones tropicaux a fortement progressé mais peu d'améliorations ont été apportées à la prévision de l'intensité. Cette thèse s'intéresse aux changements d'intensité des cyclones tropicaux du sud-ouest de l'océan Indien sous l'angle original de l'activité électrique. Une première étude climatologique s'appuyant sur les données du réseau de détection d'éclairs World Wide Lightning Location Network (WWLLN) a permis de valider la qualité de ces données et de montrer que les cyclones tropicaux pouvaient être une source importante de production d'éclairs à l'échelle du bassin. À partir de ce résultat, une étude ciblée a été menée en considérant la spécificité du bassin et trois régions ont été définies (océan ouvert, région à proximité de la côte est de Madagascar et Canal du Mozambique). L'activité électrique des cyclones tropicaux dépend de la région où ils se trouvent ainsi que de leur stade d'intensité. Les éclairs semblent être un marqueur des phases d'intensification et d'affaiblissement dans certains situations. La troisième étape de cette thèse a consisté à simuler de manière idéalisée un cyclone tropical mature et a tenté d'expliquer les processus physiques à l'origine de l'activité électrique. Le modèle reproduit bien le comportement sporadique des éclairs habituellement observé. Des bilans montrent que ce cyclone présente trois phases caractéristiques, chacune associée à un comportement dynamique, microphysique et électrique différent. Enfin, une deuxième étude purement numérique a tenté d'identifier des estimateurs de l'activité électrique. Pour celà deux approches ont été adoptées : une étude globale et une étude par cellule. Dans les deux cas, les meilleurs estimateurs sont la masse totale de graupel, le volume d'updraft et le produit des flux des masses de glace précipitante et non précipitante.

L'archipel volcanique actif du Vanuatu s'édifie au coeur du pacifique sud-ouest au niveau de la frontière convergente des plaques australienne et pacifique. Je présente ici une nouvelle étude géochimique des laves du Vanuatu à partir de la détermination des compositions en éléments majeurs et traces, et des compositions isotopiques (Sr-Nd-Hf-Pb) d'une centaine d'échantillons de laves (< 2 Ma).L'étude des magmas les plus primitifs a permis de mettre en évidence la variation de composition des sources mantelliques le long de l'arc et d'individualiser 3 segments : "central", dans la zone de collision de la ride D'Entrecasteaux, "sud" en face du bassin Nord Fidjien, et "extrême sud" en face du bassin Sud Fidjien. La composition des roches des différentes structures subductées influence celles des laves des volcans adjacents via le composant de subduction, sous forme de fluides et de produits de fusion. Les laves des îles situées en face de la ride D'Entrecasteaux sont issues d'un manteau enrichi ("type-MORB indien"), différent de celui échantillonné par les autres laves ("type-MORB pacifique"). Cette ride apporte probablement en subduction un composant ancien, pouvant être assimilé à un fragment de croûte inférieure.L'étude locale de certaines îles a permis de caractériser la différenciation des laves par cristallisation fractionnée, d'identifier des processus d'assimilation crustale, et de révéler la présence de magma provenant de portions de manteau distinctes, ayant subi un métasomatisme différent.Ces travaux révèlent une extrême hétérogénéité du manteau sous l'arc du Vanuatu, témoignant de la complexité des processus géologiques impliqués au niveau de cette zone de subduction.