Este trabalho faz parte do projeto Biota/FAPESP, Métodos de Inventário da Biodiversidade de Espécies Arbóreas, e analisou a diferença na estrutura florística entre as áreas estudadas. Na Estação Ecológica de Assis, SP, área de Cerradão, foram amostradas 102 espécies, 72 gêneros e 43 famílias; 67% das espécies foram exclusivas desta fitofisionomia. Na Floresta Estacional Semidecidual da Estação Ecológica dos Caetetus, município de Gália-SP, foram amostradas 208 espécies, 138 gêneros e 49 famílias; sendo 65% das espécies exclusivas. Na Floresta Ombrófila Densa do Parque Estadual de Carlos Botelho, município de São Miguel Arcanjo-SP, foram encontradas 410 espécies, pertencentes a 152 gêneros e 64 famílias; 84% das espécies exclusivas desta fitofisionomia. A Floresta Estacional apresentou maior similaridade com a Floresta Ombrófila do que com o Cerradão. Apesar de apresentar maior número de espécies, a Floresta Ombrófila Densa apresenta concentração de espécies nas famílias Myrtaceae e Lauraceae. Em outra análise foram calculados os índices de distinção taxonômica nas 5 grades amostrais para os métodos de amostragem testados. O método de Bitterlich apresentou tendência nos índices de diversidade e distinção taxonômica, conforme a diversidade taxonômica do sub-bosque. Esses índices apresentaram média independente e variância decrescente com o aumento da amostra. Os índices de distinção taxonômica média e variância da distinção taxonômica média também apresentaram variância decrescente. Porém, a estabilização da média ocorreu com amostras de maior tamanho, principalmente para as parcelas de área fixa na Estação Ecológica dos Caetetus. Na Floresta Ombrófila Densa, a distinção taxonômica média foi menor e a variância da distinção taxonômica média foi maior, devido a alta concentração de espécies de Myrtales e Laurales nesta fitofisionomia. / This research is part of the project Biota / FAPESP, \"Tree Species Biodiversity Inventory Methods, and analised floristic structural differences among three areas. In Assis Ecological Station, Forest Savanna area were sampled 102 species, 72 genus and 43 families, 67% of this species were exclusive of this phytophisiognomy. Semideciduous seasonal forest in the Caetetus Ecological Station, 208 species were sampled, 138 genus and 49 families, with 65% of exclusive species. Rain Forest in the Carlos Botelho State Park, were found 410 species, belonging to 152 genus and 64 families, 84% of exclusive species. The seasonal forest showed greater similarity to the rain forest than the Savanna. In spite of the greater number of species, the Rain Forest presents concentration of species in the Myrtaceae and Lauraceae families. In another analysis were calculated the taxonomic indices in tree species data provided by sampling methods tested in five sampling grids. The Bitterlich sampling method was tendecious in estimates the taxonomic diversity and taxonomic distinctness indices because the taxonomic diversity in the understory. These indices showed average independent and variance decreasing with increasing sample. The average taxonomic distinctness and variation in taxonomic distinctness also showed decreased, but the stabilization of the average occurred with samples of greater size, mainly for fixed area plots at Caetetus Ecological Station. In the Rain Forest the average taxonomic distinctness was lower and the variation of taxonomic distinctness was higher due to high concentration of species of Myrtales and Laurales in this phytophisiognomy.

Enquanto muitas espécies de mosquitos são conhecidas por sua importância epidemiológica, a capacidade vetorial de algumas ainda não é clara. A identificação taxonômica, bem como a sexagem dos espécimes de Culicidae são essenciais para qualquer estudo ou ação, entretanto muitas vezes caracteres-chave estão danificados ou são restritos a uma fase de vida do animal. Em espécies crípticas, a identificação dos espécimes também pode ser prejudicada, o que dificulta, sobretudo, a compreensão da atividade vetorial em mosquitos. A morfometria geométrica alar, uma técnica barata e precisa para identificação de sutis dissimilaridades morfológicas, pode contribuir para a resolução destes tipos de problemas. O grupo de pesquisa MosquitoLab aplica esta técnica há mais de 10 anos e acumulou milhares imagens de asas com seus respectivos metadados. Estas informações, se organizadas como banco de dados relacional, podem permitir a sistematização do uso, consulta e armazenamento dos dados, além de viabilizar novos estudos e servir também como base para aplicações de identificação automática de mosquitos. Portanto, os objetivos deste trabalho foram avaliar a utilidade da morfometria geométrica alar para a resolução de dois problemas biológicos: dimorfismo sexual e espécies crípticas, e desenvolver um protótipo de plataforma para armazenamento de dados biológicos relacionados à morfometria de asa, por meio de um banco de dados relacional e um sistema web nomeado WingBank. Com base na técnica de morfometria geométrica alar, dois estudos de caso foram realizados: a) avaliação do dimorfismo sexual de 10 espécies de mosquitos de interesse médico e, b) diferenciação morfológica alar de Anopheles strodei s.s. e Anopheles arthuri s.l. com base em dois diferentes conjuntos de pontos anatômicos. Para construção do protótipo do WingBank uma equipe multidisciplinar realizou levantamento de requisitos, modelagem e criação do banco de dados relacional, e implementação de uma plataforma web. Os resultados referentes ao dimorfismo sexual alar apresentaram significativa diferenciação entre os sexos e padrões específicos de forma alar em todas as espécies estudadas. Os pontos anatômicos alares mais variáveis foram os das regiões proximal e distal das veias mediana e radial. Fêmeas apresentaram asas significativamente mais largas e curtas do que os machos. Diferenciação morfológica alar entre as espécies crípticas avaliadas foi observada em ambos os conjuntos de dados (18 e 22 pontos), sendo que no conjunto de 22 pontos com alometria, foi mais evidente. Os pontos anatômicos mais variáveis nas análises com os conjuntos de 18 e 22 pontos foram 1, 2 e 17, e 1, 2, 19, respectivamente. Finalmente, o protótipo WingBank foi implementado com dados referentes a 77 espécies pertencentes a 15 gêneros de Culicidae. Ao todo foram catalogados 13.287 registros de asas, dos quais 2.138 já estão disponibilizados a partir do presente trabalho, para uso de terceiros. Globalmente, este é o maior banco de dados de asas de Culicidae de que temos conhecimento. / While many species of mosquitoes are known for their epidemiological importance, the vector capacity of some is still unclear. Taxonomic identification and sexing of Culicidae specimens are essential for any study or action; however, often key characters are damaged or restricted to a stage of life of the animal. In cryptic species, the identification of specimens can also be damaged, which makes it difficult to understand the vector activity in mosquitoes. Geometric morphometry, an cheap and precise technique for identifying subtle morphological dissimilarities, may contribute to the resolution of these types of problems. The MosquitoLab research group has applied this technique for more than 10 years and has accumulated thousands of wing images with their metadata. This information, if organized as a relational database, may allow the systematization of the use, consultation and storage of the data, besides making possible new studies and lso serve as a basis for applications of automatic identification of mosquitoes. Therefore, the aims of this work were to evaluate the usefulness of the geometric morphometry to solve two biological problems: sexual dimorphism and cryptic species, and to develop a prototype of plataform for the storage of biological data related to wing morphometry, by means of a relational database and a web system named \"WingBank\". Based on the technique of wing geometric morphometry, two case studies were carried out: a) evaluation of the sexual dimorphism of 10 species of mosquitoes of medical importance and b) wing morphological differentiation of Anopheles strodei s.s. and Anopheles arthuri s.l. based on two different sets of landmarks. In order to build the WingBank prototype a multidisciplinary team performed requirements survey, modeling and creation of the relational database, and implemented a web platform. The results regarding wing sexual dimorphism showed significant differentiation between the sexes and specific patterns of wing shape in all species studied. The most variable landmarks were those of the proximal and distal regions of the medial and radial veins. Females showed slightly and significantly wider and shorter wings than males. Wing morphological differentiation between An. strodei s.s. and An. arthuri s.l. was observed in both sets of data (18 and 22 landmarks), but in the set of 22 with allometry, it was more evident. The most variable landmarks in the analyzes with the sets of 18 and 22 landmarks were 1, 2 and 17, and 1, 2, 19, respectively. Finally, the WingBank prototype was implemented with data referring to 77 species belonging to 15 genera of Culicidae. In all, 13,287 wing records were cataloged, of which 2,138 are from the present work, already available for use by third parties. Globally, as far as we know, this is the largest database of Culicidae wings.

RESUMO – (O gênero Cestrum L. (Solanaceae) no Brasil extra-amazônico). O gênero Cestrum L. (Solanaceae) é exclusivamente americano e pertence à tribo Cestreae (Cestroideae). O Brasil extra-amazônico é formado pelos biomas Caatinga, Cerrado, Pampa, Pantanal e Mata Atlântica, sendo este último o bioma com a maior diversidade específica do gênero. A necessidade de uma revisão taxonômica para as espécies de Cestrum, ocorrentes nesta área, motivou a realização deste trabalho, visando o reconhecimento e identificação das mesmas. Para o Brasil extraamazônico são reconhecidas 25 espécies nativas de Cestrum, C. axillare Vell., C. bracteatum Link & Otto, C. corcovadense Miers, C. corymbosum Schltdl., C. euanthes Schltdl., C. gardneri Sendtn., C. intermedium Sendtn., C. latifolium Lam., C. mariquitense Kunth, C. martii Sendtn., C. obovatum Sendtn., C. parqui L’Hér., C. pedicellatum Sendtn., C. reflexum Sendtn., C. retrofractum Dunal, C. salzmannii Dunal, C. schlechtendalii G. Don, C. strictum Schott ex Sendtn., C. strigilatum Ruiz & Pav., C. subpulverulentum Mart., C. subumbellatum Vignoli-Silva & M. Nee, C. tenuifolium Francey, C. tubulosum Sendtn., C. velutinum Hiern e C. viminale Sendtn. As características do indumento, das nervuras secundárias das folhas, das pseudoestípulas, das inflorescências, dos hipsofilos, do cálice, da corola e dos grãos de pólen são relevantes para a identificação das espécies. São apresentadas chaves analíticas para as espécies nativas e duas cultivadas (C. diurnum L. e C. nocturnum L.), descrições para o gênero e para as espécies nativas, discussões sobre a morfologia das espécies, hábitat e distribuição geográfica, além de comentários, ilustrações e material examinado. São propostos 79 lectotipificações, quatro neotipificações, uma epitipificação, um nome novo e 57 novos sinônimos. Os dados sobre a revisão nomenclatural dos nomes de espécies citados para o Brasil extra-amazônico, assim como sobre a morfologia polínica de 23 espécies nativas são apresentados e discutidos detalhadamente. O estudo polínico permite concluir que os táxons estudados apresentam certa heterogeneidade polínica quanto à forma, aos atributos das aberturas e à ornamentação da sexina, o que possibilita identificar palinologicamente as espécies. / (The genus Cestrum L. (Solanaceae) in extra-Amazonian Brazil). The genus Cestrum L. (Solanaceae) occurs only in America and belongs to the tribe Cestreae (Cestroideae). The extra-Amazonian Brazil is formed by the biomas “Caatinga”, “Cerrado”, “Pampa”, “Pantanal” and “Mata Atlântica”, being this last the bioma with the biggest of specific Cestrum richness. The goal of this paper is to provide a taxonomic review that allows the recognition and identification of the extra-Amazonian Brazilian species. In this region, 25 native species are found: C. axillare Vell., C. bracteatum Link & Otto, C. corcovadense Miers, C. corymbosum 10 Schltdl., C. euanthes Schltdl., C. gardneri Sendtn., C. intermedium Sendtn., C. latifolium Lam., C. mariquitense Kunth, C. martii Sendtn., C. obovatum Sendtn., C. parqui L’Hér., C. pedicellatum Sendtn., C. reflexum Sendtn., C. retrofractum Dunal, C. salzmannii Dunal, C. schlechtendalii G. Don, C. strictum Schott ex Sendtn., C. strigilatum Ruiz & Pav., C. subpulverulentum Mart., C. subumbellatum Vignoli-Silva & M. Nee, C. tenuifolium Francey, C. tubulosum Sendtn., C. velutinum Hiern and C. viminale Sendtn Attributes of the indument, secondary veins of leaves, pseudostipules, inflorescences, hipsophylls, calyx, corolla and pollen grains are important for the identification. This study presents an analytical keys for native species and for two cultivated ones (C. diurnum L. and C. nocturnum L.), descriptions for the genus and the native species, discussion on the species morphology, habitat and geographic distribution, as well as commentaries, illustrations and a list of the examined material. are proposed 79 lectotypifications, four neotypifications, a epitypification, a new name and 57 new synonymous. The data about nomenclatural revision of the species names cited for extra-Amazonian Brazil, along with a pollinic morphology of 23 native species, is presented and discussed in detail. The polynic study confirm that the taxa presents some pollinic heterogeneity in the form, attributes of aperture and sexine ornamentation which can be used in the genus taxonomy.

Les avancées des nouvelles techniques de séquençage (NGS) ont permis dans le cadre des études en écologie microbienne de passer de l'analyse de quelques centaines de séquences par étude à des centaines de millions de séquences. Cette différence quantitative des données produites a induit des différences qualitatives quant aux études réalisées. En effet, avec le changement du type de données, les approches classiques d'analyse ne peuvent être appliquées et il est devenu nécessaire de définir de nouvelles stratégies en tenant compte des contraintes que posent ces données. Alors qu'il était possible d'insérer classiquement quelques dizaines de séquences issues des techniques de première génération dans des phylogénies expertisées, le nombre de séquences généré aujourd'hui par les NGS à chaque expérience rend cette tâche irréalisable et nécessite la mise en place de nouvelles stratégies et l'utilisation d'outils adaptés. Par ailleurs, les outils disponibles d'analyse de la diversité microbienne adaptés aux amplicons de nouvelle génération, implémentent des approches probabilistes et/ou de recherche de similitude pour l'identification des séquences environnementales. L'approche phylogénétique quant à elle, bien qu'elle soit la plus robuste, n'est pas utilisée pour l'annotation taxonomique de ce type de données du fait de ses besoins en temps et en ressources de calcul. Au-delà de l'approche d'annotation taxonomique, les nouvelles techniques de séquençage posent également le problème de la qualité des séquences produites et son impact sur l'estimation de la diversité. Ainsi, ce travail de thèse avait pour objectif la définition d'une stratégie d'analyse bioinformatique de données de séquençage massif dans le contexte de l'étude de la diversité microbienne, en tenant compte des limitations imposées par les ressources informatiques actuelles (matérielles et logicielles) d'un côté, et de l'avantage des méthodes phylogénétiques par rapport aux autres approches d'annotation taxonomique. Ce travail a donné lieu au développement d'une chaîne de traitement proposant une série d'analyses allant des séquences brutes jusqu'à la visualisation des résultats, tout en replaçant les séquences environnementales dans un contexte évolutif. L'approche développée a été optimisée pour la gestion de gros volumes de données, et a été comparée en terme de précision d'affiliation aux autres approches communément utilisées en écologie microbienne. Les tests et simulations ont montré qu'à partir d'une taille d'amplicons de 400 pb, l'affiliation phylogénétique avait les meilleurs résultats mais aussi, que la qualité de cette affiliation différait selon la région hypervariable ciblée. La chaîne de traitements mise en place a ensuite été par implémentée dans un contexte de calcul à haute performance, notamment sur un cluster de calcul, pour proposer un service web dédié à l'analyse de la diversité microbienne. / The characterization of microbial community structure via SSU rRNA gene profiling has been greatly advanced in recent years by the introduction of NGS amplicons, leading to a better representation of sample diversity at a lower cost. This progress in method development has provided a new window into the composition of microbial communities and sparked interest in the members of the rare biosphere. Concurrently, the processing of such amount of data has become an important bottleneck for the effectiveness of microbial ecology studies, and a multitude of analysis platforms have been developed for the handling of these data. As implemented, these tools have a steep learning curve for the biologist who is not computationally inclined, as they require extensive user intervention and consume many CPU hours due to dataset analysis and complexity, which can present a significant barrier to researchers. Moreover, although phylogenetic affiliation has been shown to be more accurate for the taxonomic assignment of NGS reads, the existing tools assign taxonomy by either a similarity search or a probabilistic approach, with the phylogenies being restricted to samples' comparison. Beyond the taxonomic assignment, the new sequencing technologies also arise the problem of the quality of the generated sequences and its impact on the richness estimation. In this work, we aimed to define a strategy for the bioinformatic analysis of high-throughput sequences in order to depict the microbial diversity, taking into account both the limitations imposed by current computer resources (hardware and software), and the advantage of the phylogenetic methods over the other taxonomic annotation approaches. This work has led to the development of a pipeline offering a set of analyzes ranging from raw sequences processing to the visualization of the results, while replacing the environmental sequences in an evolutionary framework. The developed approach was optimized for managing large volumes of data, and has been compared in term of the accuracy of taxonomic assignment to the approaches commonly used in the field of microbial ecology. This pipeline was then used to the developement of a dedicated web server for high-throughput sequencing analysis, that relies on a computing cluster and performs large-scale phylogeny-based analyses of rRNA genes with no need for specialized informatics expertise, and uses the phylogenies for both the taxonomy assessment and the delineation of monophyletic groups to highlight clades of interest.

Submitted by Nadiele Pacheco (nadielep@gmail.com) on 2018-10-31T21:27:11Z No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Nadiele_FINAL.pdf: 2852381 bytes, checksum: 135bd00a8e4219d8895560af7517c1db (MD5) carta_encaminhamento.tif: 485261 bytes, checksum: 7f5b58ea9cfeede6a19ee02a9116c6ac (MD5) / Rejected by PPGCIFA Ciências Florestais e Ambientais (ppgcifa@ufam.edu.br), reason: Retificar o Departamento para FCA ( Faculdade de Ciências Agrárias) on 2018-12-01T02:29:57Z (GMT) / Submitted by Nadiele Pacheco (nadielep@gmail.com) on 2018-12-01T02:32:48Z No. of bitstreams: 3 Dissertação_Nadiele_FINAL.pdf: 2852381 bytes, checksum: 135bd00a8e4219d8895560af7517c1db (MD5) carta_encaminhamento.tif: 485261 bytes, checksum: 7f5b58ea9cfeede6a19ee02a9116c6ac (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by PPGCIFA Ciências Florestais e Ambientais (ppgcifa@ufam.edu.br) on 2018-12-01T02:36:32Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Dissertação_Nadiele_FINAL.pdf: 2852381 bytes, checksum: 135bd00a8e4219d8895560af7517c1db (MD5) carta_encaminhamento.tif: 485261 bytes, checksum: 7f5b58ea9cfeede6a19ee02a9116c6ac (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Rejected by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br), reason: O campo "Áreas de conhecimento de acordo com tabela do CNPq" deve ser preenchido com texto da Tabela e não com números. Dúvidas? ddbc@ufam.edu.br on 2018-12-03T12:47:37Z (GMT) / Submitted by Nadiele Pacheco (nadielep@gmail.com) on 2018-12-03T13:17:54Z No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Nadiele_FINAL.pdf: 2852381 bytes, checksum: 135bd00a8e4219d8895560af7517c1db (MD5) carta_encaminhamento.tif: 485261 bytes, checksum: 7f5b58ea9cfeede6a19ee02a9116c6ac (MD5) / Approved for entry into archive by PPGCIFA Ciências Florestais e Ambientais (ppgcifa@ufam.edu.br) on 2018-12-03T14:41:27Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Nadiele_FINAL.pdf: 2852381 bytes, checksum: 135bd00a8e4219d8895560af7517c1db (MD5) carta_encaminhamento.tif: 485261 bytes, checksum: 7f5b58ea9cfeede6a19ee02a9116c6ac (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-12-03T14:54:03Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Nadiele_FINAL.pdf: 2852381 bytes, checksum: 135bd00a8e4219d8895560af7517c1db (MD5) carta_encaminhamento.tif: 485261 bytes, checksum: 7f5b58ea9cfeede6a19ee02a9116c6ac (MD5) / Made available in DSpace on 2018-12-03T14:54:03Z (GMT). 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It also sought to identify the existence of a taxonomic pattern associated with focal Brazil nuts trees, selected according to classes of fruit production, whose information is important for decision making in the application of public policies to favor the conservation and management of these Brazil nuts florests and to improve the quality of life of the agro-extractivists. The research was conducted in the main Brazil nut production regions of the State of Amazonas: Piagaçu Purus Sustainable Development Reserve (Anori city), Jutica Property (Tefé city), Jatuarana Community (Manicoré city), Sítio Gostoso (Amaturá city), Mufuá Community (Lábrea city), Extractive Reserve of Rio Unini (Barcelos city). The floristic diferences were analyzed through cluster analysis and non-metric multidimensional scaling (nMDS) and the taxonomic pattern through indival indicator species, which allows the identification of species or associations of these representative of fruit production classes. The multivariate variance analysis, based on permutations (Permanova), was used to analyze the significant differences among Brazil nuts florests, at 5% probability, using floristic dissimilarity analysis called Adonis. In this context, all individuals with DBH≥ 10 cm, neighboring the selected Brazil nuts trees, were marked and identified in 15 circular plots of 15 meters radius in each Brazil nuts florests. The plots were installed around Brazil nuts trees selected from the fruit production class (5 high, 5 medium and 5 low productivity). As a result, 3039 individuals were recorded in the six Brazil nuts florests, and the Jatuarana locality was the one with the highest number of individuals (577) represented in 133 species. The species Trymatococcus amazonicus (Pama) stood out among the five most abundant species in four of the six Brazil nuts florests: Jatuarana, Mufuá, Sítio Gostoso and Uixi. The Brazil nuts florests with the highest floristic similarity were Sítio Gostoso and Mufuá. However, in the context of the production classes there was no pattern of grouping of plots of the same class, as evidenced by nMDS. As far as local (alpha) diversity is concerned, the forest environments studied have great floristic diversity, since they presented a Shannon-Weaver index between 3.65 and 4.19; these values of diversity were not statistically significant (Kruskal Wallis test) among the localities. However, in the case of floristic diferences, significant diferences were observed among the six localities, according to (remains / andonis p-value = 0.001). The analysis of a taxonomic pattern associated to the production classes showed interesting results in each Brazil nut florests, especially Unini, where a clear pattern was not obtained, with only one (01) species meeting the selection criteria; this may be the reflection of the lower alpha diversity observed at this site and the arrangement, which should be investigated in future works. Goupia glabra is a species that has been associated to areas of medium and high productivity in the Brazil nut florests Jutica, Sítio Gostoso and Uixi, which deserves additional studies in order to investigate its ecological association with the Brazil nuts trees of these different localities. / Bertholletia excelsa, conhecida popularmente como castanheira, é uma espécie florestal que produz um fruto chamado ouriço, o qual é coletado por populações tradicionais que comercializam suas amêndoas, castanha-do-brasil, como alternativa na composição da renda familiar. Este estudo avaliou a diversidade vegetal associada a castanheiras nativas no Amazonas, por meio da comparação das diferenças florísticas entre e dentro de seis castanhais. Buscou também identificar a existência de um padrão taxonômico associado às castanheiras focais, selecionadas segundo classes de produção de frutos, cujas informações são importantes para tomadas de decisões na aplicação de políticas públicas a favorecer a conservação e manejo desses castanhais e para melhoria da qualidade de vida dos agroextrativistas. A pesquisa foi conduzida nas principais regiões produtoras de castanha-do-brasil do Estado do Amazonas: Reserva de Desenvolvimento Sustentável Piagaçu Purus (Anori), Propriedade do Jutica (Tefé), Comunidade Jatuarana (Manicoré), Sítio Gostoso (Amaturá), Comunidade Mufuá (Lábrea), Reserva Extrativista do Rio Unini (Barcelos). As diferenças florísticas foram analisadas por meio da análise cluster e Escalonamento Multidimensional Não Métrico – nMDS e o padrão taxonômico por meio do método espécies indicadoras-IndVal, que permite identificar espécies ou associações destas representativas das classes de produção de frutos. Empregou-se a análise de variância multivariada, baseada em permutações (Permanova), para analisar as diferenças significativas entre os castanhais, a 5% de probabilidade, usando análise de dissimilaridade florística chamada Adonis. Neste contexto, todos os indivíduos com DAP≥ 10 cm, vizinhos às castanheiras selecionadas, foram marcados e identificados em 15 parcelas circulares de 15 metros de raio em cada castanhal. As parcelas foram instaladas ao redor de castanheiras selecionadas a partir da classe de produção de frutos (5 de alta, 5 de média e 5 de baixa produtividade). Como resultados, foram registrados 3039 indivíduos nos seis castanhais, sendo que a localidade Jatuarana foi a que apresentou o maior número de indivíduos (577) representados em 133 espécies. A espécie Trymatococcus amazonicus (Pama) se destacou entre as cinco primeiras espécies mais abundantes em quatro dos seis castanhais: Jatuarana, Mufuá, Sítio Gostoso e Uixi. Os castanhais com maior similaridade florística foram Sítio Gostoso e Mufuá. Porém, no contexto das classes de produção não se observou um padrão de agrupamento das parcelas de mesma classe, conforme evidenciado pelo nMDS. No que compete à diversidade local (alfa), os ambientes florestais estudados possuem grande diversidade florística, pois apresentaram índice de Shannon-Weaver entre de 3,65 a 4,19; estes valores de diversidade não foram estatisticamente significativos (teste Kruskal Wallis) entre as localidades. Entretanto, em se tratando das diferenças florísticas, observou-se diferenças significativas entre as seis localidades, segundo (permanova/adonis p-valor = 0,001). As análises buscando um padrão taxonômico associado às classes de produção, revelou resultados interessantes em cada castanhal, destacando-se o Unini, localidade onde não se obteve um padrão mais evidente, com apenas uma (01) espécie atendendo aos critérios de seleção; isto pode ser o reflexo da menor diversidade alfa observada neste local e pelo arranjo composicional, que deve ser investigado em trabalhos futuros. Goupia glabra é uma espécie que apareceu associada a áreas de média e alta produtividade nos castanhais Jutica, Sítio Gostoso e Uixi, a qual merece estudos adicionais a fim de se investigar sua associação ecológica com as castanheiras destas diferentes localidades.

Submitted by Rosivalda Pereira (mrs.pereira@ufma.br) on 2017-08-15T20:12:06Z No. of bitstreams: 1 IvoJoseCunha.pdf: 14173001 bytes, checksum: 931d704f4e5fdefacca2b8ab283f31c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-15T20:12:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IvoJoseCunha.pdf: 14173001 bytes, checksum: 931d704f4e5fdefacca2b8ab283f31c4 (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / Learngin Non-Taxonomic Relationship is a sub-field of ontology learning and is an approach to automate the extraction of these relationships from textual information sources. Techniques for learning non-taxonomic relationships just like others in the area of Ontology Learning are subject to a great amount of noise since the source of information from which the relationships are extract is unstructured. Therefore, customizable solutions are needed for theses techniques to be applicable to the wideste variety of situations. This Thesis presents TARNT, a Techinique for Learning for Non-Taxonomic Relationship of ontologies from texts in English that employs techniques from Natural Language Processing and statistics to structure text and to select relationship that should be recommended. The control over the execution of its extraction rules and consequently on the recall and precision in the phase "Extraction of candidate relationships", the "apostrophe rule", which gives particular treatment to extractions that have greater probability to be valid ones and "Bag of labels", a refinement technique that has the potential to achieve greater effectiveness than those that operate on relationships consisting of a pair of concepts and a label, are among its positive aspects. Experimental evaluations of TARNT were performed according to two procedures based on the principle of comparing the learned relationship consisting of a pair of concepts and a label, are among its positive aspects. Experimental evaluations of TARNT were performed according to two procedures based on the principle of comparing the learned relationships with reference ones. These experiments consisted in measuring with recall and precision, the effectiveness of the technique in learning non-taxonomic relationships from two corpora in the domains of biology and family law. The results were compared to thet of another approach that uses and algorithm for the extraction of association rules in the Refinement phase. This Thesis also demonstrate the hypothesis that solutions to the Refinement phase that use relationships composed of two ontology concepts and a label are less effective than those that refine relationships composed of only two concepts, since they tend to have lower values for the evaluation measures when considering the same corpus and reference ontology. The demonstration was conducted by a theoretical exposition that consisted of the generalization of the observations made on the results obtained by two techniques that refine relationships of the two types considered. / A Aprendizagem de Relacionamentos Não-Taxonômicos é um sub-campo da Aprendizagem de ontologia e constitui uma abordagem para automatizar a extração desses relacionamentos a partir de fontes de informações textuais. As técnicas de aprendizagem de relacionamentos não taxonômicos, da mesma forma que outras na área de Aprendizagem de Ontologias estão sujeitas a uma grande quantidade de ruído uma vez que a fonte de informação da qual extraem os relacionamentos ser desestruturada. Portanto, soluções customizáveis são necessárias para que essas técnicas sejam aplicáveis a maior variedade possível de situações. O presente trabalho apresentou TARNT, uma Técnica para a Aprendizagem de Relacionamentos Não-Taxonômicos de ontologias a partir de textos na língua inglesa que emprega técnicas de Processamento de Linguagem Natural e estatísticas para etiquetar o texto e selecionar os relacionamentos a serem recomendados. o controle sobre execução de suas regras de extração e consequentemente sobre o recall e precisão na fase "Extração de relacionamentos candidatos"; a "regra de apóstrofo", que confere tratamento particular às extrações que tem maior probabilidade de serem relacionamentos válidos e Bag of labels, solução para a fase de "Refinamento" que apresenta o potencial de obter maior efetividade que as que operam sore relacionamentos compostos por um par de conceitos e um rótulo, estão entre seus aspectos positivos. Avaliações experimentais de TARNT foram realizadas conforme dois procedimentos baseados no princípio de comparação dos relacionamentos aprendidos com os de referência. Esses experimentos consistiram em mensurar com as medidas de avaliação recall e precisão, a efetividade da técnica na aprendizagem de relacionamentos não-taxonômicos a partir de dois corpora nos domínio da biologia e o direito da família. Os resultados obtidos foram ainda comparados aos de outra abordagem que utiliza o algoritmo de extração de regras de associação na fase de "Refinamento". Esse trabalho demostrou ainda a hipótese de pesquisa de que: soluções para a fase de "Refinamento" que utilizam relacionamentos compostos por dois conceitos de uma ontologia e um rótulo são menos efetivas que as que refinam relacionamentos compostos apenas pro dois conceitos, uma vez que esses tendem a apresentar menores valores para as medidas de avaliação quando considerados os mesmos corpus e ontologia de referência. A demonstração foi realizada por meio de uma exposição teórica que consistiu na generalização das observações realizadas sobre os resultados obtidos por duas técnicas que refinam relacionamentos dos dois tipos considerados.

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2016-08-29T11:54:58Z No. of bitstreams: 1 2011- Kelly Cristina da Silva.pdf: 7307607 bytes, checksum: 8d84ec46e5af2c80b3625d586980819b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-29T11:54:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011- Kelly Cristina da Silva.pdf: 7307607 bytes, checksum: 8d84ec46e5af2c80b3625d586980819b (MD5) Previous issue date: 2011-03-30 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The Atlantic Forest is one of the world's biodiversity hotspots because of the diversity and high degrees of endemism and threat. Melastomataceae is a plant family typical of this biome, and it is represented by more than 500 species that occur from restingas (sandy coastal plain habitats) to the upper montane forests and high-altitude grasslands. Despite this broad representation, there are few taxonomic studies of this family for this biome, and especially of the flora of Rio de Janeiro state. The present study aims to survey the Melastomataceae at Marambaia, an island included in the Atlantic Forest biome, as well as taxonomic and floristic similarity studies. It has significant ecological importance as a natural refuge for several plant species of the Tropical Moist Forest and for the preservation of genetic heritage. The vegetation types are Submontane Tropical Moist Forest and restinga, and the Melastomataceae is represented by seven genera and 25 species, of which 13 (52%) represent new records for the area. Miconia is the largest genus with 10 species, followed by Tibouchina (6 spp.), Leandra (4 spp.), Clidemia (2spp.) and Huberia, Marcetia and Ossaea (1 sp. each). Descriptions, illustrations, and a key to identify the taxa are provided. Morphological characteristics of leaves, inflorescences, buds, petals, hypanthium, stamens, indumentum, fruits, and seeds are diagnostic to distinguish the taxa. Comments on morphological peculiarities of species and geographical, phenological, and conservation status data are also presented. Three species are cited on the list of endangered species of Rio de Janeiro municipality. Among the vegetation formations, the Submontane Tropical Moist Forest has the highest species richness (23 species), while in restingas the richness is lower, with eight species in forest formations, five species in shrubby formations, and only two species in herbaceous formations. Similarity between the vegetation formations of Marambaia was low, ranging between 4.2% and 40%. Despite the strong relationship between these formations and their physical proximity, the four areas at Marambaia have low species similarity. Key words: Atlantic / A Floresta Atl?ntica ? um dos hotspots mundiais de biodiversidade devido ? elevada diversidade e graus de endemismo e amea?a. Dentre as fam?lias vegetais t?picas desse bioma est? Melastomataceae, com mais de 500 esp?cies e que ocorrem desde as restingas at? as florestas altomontanas e campos de altitude. Apesar dessa numerosa representatividade, poucos s?o os estudos taxon?micos sobre esta fam?lia na flora fluminense. Desse modo, o presente estudo tem como objetivo realizar o levantamento flor?stico da fam?lia Melastomataceae na Marambaia, uma regi?o insular integrada no bioma Floresta Atl?ntica, bem como estudos taxon?micos e de similaridade flor?stica. Ela desempenha significativa import?ncia ecol?gica como um ref?gio natural para diversas esp?cies de plantas da Mata Pluvial e atua na preserva??o do patrim?nio gen?tico. Nessa regi?o insular, onde a cobertura vegetal ? de Floresta Ombr?fila Densa Submontana e Restinga, a representatividade da fam?lia Melastomataceae mostra-se expressiva, constitu?da de sete g?neros e 25 esp?cies, das quais 13 correspondem a novos registros para a ?rea. Miconia ? o g?nero mais numeroso, com 10 esp?cies, seguido por Tibouchina (6 spp.), Leandra (4 spp.), Clidemia ( 2spp.) e Huberia, Marcetia e Ossaea (1 sp. cada). S?o apresentadas descri??es, ilustra??es e chaves para identifica??o dos t?xons. Caracter?sticas morfol?gicas das folhas, infloresc?ncias, ?pice dos bot?es florais e p?talas, hipanto, estames, tipos de indumento, frutos e sementes mostram-se diagn?sticas para a identifica??o dos t?xons. Coment?rios sobre particularidades morfol?gicas das esp?cies e dados geogr?ficos, fenol?gicos e sobre o estado de conserva??o das esp?cies, tamb?m s?o apresentados. Tr?s esp?cies s?o citadas na lista das esp?cies amea?adas de extin??o para o munic?pio do Rio de Janeiro. Dentre as forma??es vegetais analisadas, a Floresta Ombr?fila Densa Submontana apresentou a maior riqueza de esp?cies (23 esp?cies), enquanto nas restingas a riqueza foi menor, com oito esp?cies nas Forma??es Florestais, cinco esp?cies nas Forma??es Arbustivas e apenas duas esp?cies nas Forma??es Herb?ceas. A similaridade entre as forma??es vegetais da Marambaia foi baixa, variando entre 4,2% e 40%. Apesar da elevada rela??o entre essas forma??es e suas proximidades f?sicas na Marambaia, as quatro ?reas guardam poucas semelhan?as na composi??o de esp?cies

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2017-01-17T16:12:27Z No. of bitstreams: 1 2016 - Kelly Cristina da Silva Goncalves.pdf: 8978579 bytes, checksum: 967d7d009f51a3bbc8ce5255976e502f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-17T16:12:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Kelly Cristina da Silva Goncalves.pdf: 8978579 bytes, checksum: 967d7d009f51a3bbc8ce5255976e502f (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Over the past decades, several authors have tried to explain the altitudinal distribution patterns and the factors that influence the distribution of species over the elevation gradients. In general, studies show that the richness distribution curve has the shape of a "hump", with intermediate altitudes with higher rates of diversity. Few are those who relate the Melastomataceae with elevation gradient and none addresses the family distribution in Brazil and, consequently, in the Atlantic Forest. The present study had two main objectives: (a) increase the knowledge of the taxonomic diversity of Melastomataceae in the study areas, providing an identification key for the genera, descriptions and evaluating the richness and peculiarities of the taxa, as well as the conservation status (Chapter I); and (b) to analyze the distribution pattern of the diversity of Melastomataceae along the altitudinal variation of a wooded stretch of Serra dos ?rg?os, in the mountainous region of the state of Rio de Janeiro (Chapter II). A floristic survey was done in contiguous protected areas, belonging to Central Fluminense Conservation Units Mosaic: Guapia?? Ecological Reserve (REGUA), Tr?s Picos State Park (PETP) and Serra dos ?rg?os National Park (PARNASO). Periodic collections in the study areas were made using methods of fixed installments and traversal, traversing up primary and secondary trails. In 11 altitudinal allotments distributed between 0-2000 m, were performed a 290 m transect per allotment, following the level curve, where 15 plots of 10 x 10 m were placed, totaling 165 plots placed and 1,65 ha sampled. Moreover, fields located above altitude of 2,100 m were also exploited for a better sampling of the species. The collected material was herborized and identified in laboratory using morphological analysis of vegetative and reproductive parts, subsequently deposited in the RBR Herbarium, with duplicates in RB. Species richness of Melastomataceae raised for the studied area is represented by 152 species belonging to 22 genera. Eight species are cited as vulnerable on the list of endangered species for the city of Rio de Janeiro, one species (Bertolonia leuzeana (Bonpl.) Cogn.) is considered Endangered on the Red Book of Brazil?s Flora and 22 endemic species of Rio de Janeiro are with some degree of threat, by the evaluation of the National Center for Conservation of Flora-CNCFlora. In all altitudinal installments Melastomataceae species were collected, with the highest richness being registered in the 1000m altitudinal installment (57 spp.). The species' altitudinal distribution curve presented a pattern shaped like a ?hump?. REGUA, PETP and PARNASO are located in a region with the largest forest remnants preserved from state of Rio de Janeiro and, because they are legally protected, they have high biological diversity under custody. Despite that in all altitudinal installments Melastomataceae species were collected, it is possible that with increased sampling effort in areas not yet visited or little explored, the number of species of Melastomataceae cited for localities may increase as well as the registration of new species and/or occurrences / Ao longo das ?ltimas d?cadas, v?rios autores t?m procurado explicar os padr?es de distribui??o altitudinal e os fatores que influenciam na distribui??o das esp?cies ao longo dos gradientes de eleva??o. Em geral, os estudos apontam que a curva de distribui??o da riqueza possui o formato de ?corcova?, com as altitudes intermedi?rias apresentando os maiores valores de diversidade. Poucos s?o os que relacionam as Melastomataceae com gradiente de eleva??o e nenhum aborda a distribui??o da fam?lia no Brasil e, consequentemente, na Floresta Atl?ntica. O presente estudo teve dois objetivos principais: (a) ampliar o conhecimento sobre a diversidade taxon?mica das Melastomataceae na ?rea de estudo, fornecendo uma chave de identifica??o para os g?neros, descri??es e avaliando a riqueza e peculiaridades dos t?xons, bem como o estado de conserva??o das esp?cies (Cap?tulo I); e (b) analisar o padr?o de distribui??o da diversidade das Melastomataceae ao longo da varia??o altitudinal de um trecho florestal da Serra dos ?rg?os, na Regi?o Serrana do estado do Rio de Janeiro (Cap?tulo II). Realizou-se o levantamento flor?stico em Unidades de Conserva??o cont?guas, pertencentes ao Mosaico de Unidades de Conserva??o Central Fluminense: Reserva Ecol?gica de Guapia?? (REGUA), Parque Estadual dos Tr?s Picos (PETP) e Parque Nacional da Serra dos ?rg?os (PARNASO). Realizaram-se coletas de campo peri?dicas na ?rea de estudo, por m?todos de parcelas fixas e do caminhamento, percorrendo-se trilhas prim?rias e secund?rias. Em 11 cotas altitudinais, distribu?das entre 0-2000 m de altitude, efetuou-se uma transec??o de 290 m por cota, acompanhando-se a curva de n?vel, onde foram alocadas 15 parcelas de 10 x 10 m, totalizando 165 parcelas alocadas e 1,65 ha amostrados. Al?m disso, os Campos de Altitude localizados acima de 2100 m tamb?m foram explorados, para uma melhor amostragem das esp?cies. O material coletado foi herborizado e identificado em laborat?rio atrav?s de an?lise morfol?gica das partes vegetativas e reprodutivas, sendo posteriormente depositado no Herb?rio RBR, com duplicata no RB. A riqueza de esp?cies de Melastomataceae levantada para a ?rea de estudo est? representada por 152 esp?cies pertencentes a 22 g?neros. Oito esp?cies s?o citadas como vulner?vel na lista das esp?cies amea?adas de extin??o para o munic?pio do Rio de Janeiro, uma esp?cie (Bertolonia leuzeana (Bonpl.) Cogn.) ? citada como Em Perigo, no Livro Vermelho da Flora do Brasil e 22 esp?cies end?micas do Rio de Janeiro encontram-se com algum grau de amea?a, pela avalia??o do Centro Nacional de Conserva??o da Flora - CNCFlora. Em todas as cotas altitudinais foram coletadas esp?cies de Melastomataceae, sendo a maior riqueza registrada na cota 1000 m altitude (57 spp). A curva de distribui??o altitudinal das esp?cies apresentou o padr?o em forma de "corcova". A REGUA, o PETP e o PARNASO est?o localizados numa regi?o que apresenta os maiores remanescentes florestais conservados do estado fluminense e, por serem legalmente protegidos, tem sob a guarda elevada diversidade biol?gica. Apesar de em todas as cotas altitudinais terem sido coletadas esp?cies de Melastomataceae, ? poss?vel que com o aumento do esfor?o amostral em ?reas ainda n?o visitadas, de dif?cil acesso e/ou pouco exploradas, o n?mero de esp?cies seja ampliado, bem como o registro de novas esp?cies e/ou ocorr?ncias.

Les activités sidérurgiques du siècle dernier ont laissé derrière elles des sols de friches multi-contaminés. Cette multi-pollution a dû conduire à une adaptation des communautés microbiennes, pouvant impacter leurs diversités et in fine le fonctionnement des sols. Dans ce contexte, les objectifs de mes travaux de thèse étaient : i) d’étudier la diversité taxonomique des communautés microbiennes mais aussi leur diversité fonctionnelle en lien avec le cycle du carbone, ii) d’identifier les éventuels liens qui unissent ces deux diversités et iii) de comprendre comment les caractéristiques des sols et leur pollution pouvaient modifier ces liens. Une collection de sols présentant un gradient de pollution par des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) et des éléments traces métalliques (ETM) a été étudiée. La diversité taxonomique des communautés bactériennes et fongiques a été obtenue par séquençage Illumina MiSeq et la diversité fonctionnelle métabolique a été estimée à l’aide des outils Biolog® et MicroResp™. La dégradation de deux substrats carbonés modèles, le phénanthrène (PHE) et la cellulose (CEL) marqués au 13C, a également été analysée par la technique de Stable Isotope Probing, qui en identifiant les microorganismes impliqués dans la dégradation de ces composés, permet de lier la diversité taxonomique à une fonction. Globalement, en sélectionnant les microorganismes, le niveau de contamination a modulé positivement ou négativement l’abondance relative de différents taxons bactériens et fongiques. Contrairement aux HAP, les ETM ont induit une diminution de la diversité fonctionnelle métabolique, mais aussi une tolérance accrue au zinc. Le potentiel fonctionnel de dégradation des HAP était positivement corrélé à la teneur en HAP des sols alors que les fonctions de dégradation du PHE et de la CEL étaient présentes dans tous les sols, quel que soit leur niveau de contamination. Les taux de dégradation de ces composés étaient positivement corrélés à l’abondance et la richesse microbienne, mais sans lien avec la pollution des sols. En outre, le taux de dégradation du PHE était expliqué par les abondances relatives des genres Massilia et Mycobacterium identifiés parmi les bactéries dégradantes. En conclusion, nous avons observé une diminution de l’intensité de dégradation de plusieurs composés carbonés, voire la disparition totale de la fonction, suggérant un possible dysfonctionnement du cycle du carbone dans certains des sols les plus pollués / The iron and steel activities of the last century have left behind multi-contaminated brownfields. This multi-pollution must have led to an adaptation of microbial communities, potentially impacting their diversities and ultimately the soil functioning. In this context, the objectives of my PhD thesis were: i) to study the taxonomic diversity of microbial communities, but also their functional diversity in relation to the carbon cycle, ii) to identify the possible relationships between these two diversities and (iii) to understand the impact of soil characteristics and pollution on communities. In this way, a collection of ten multi-contaminated soils, with both polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) and metallic trace elements (MTE) gradients, was studied. The bacterial and fungal taxonomic diversities were obtained using Illumina MiSeq sequencing and the metabolic functional diversity was estimated through Biolog® and MicroResp™ assays. The degradation of two model carbon substrates, namely 13C-labeled phenanthrene (PHE) and 13C-labeled cellulose (CEL), was also analyzed using Stable Isotope Probing technique, which, by identifying the microorganisms involved in the substrate degradation, allows to link function with taxonomic diversity. Overall, by selecting microorganisms, the contamination level positively and negatively modulated the relative abundance of different bacterial and fungal taxa. Unlike PAH, MTE induced a decrease of metabolic functional diversity, but also a greater zinc tolerance. The functional potential of PAH degradation was positively correlated with the PAH concentration in soils, while the PHE and CEL degradation functions were present in all soils, irrespective of their contamination level. Degradation rates of these compounds were positively correlated with microbial abundance and richness, but not linked to soil pollution. In addition, the PHE degradation rate was explained by the relative abundances of the Massilia and Mycobacterium genera, identified among the active PHE-degrading bacteria. In conclusion, we observed a decrease in the degradation intensity of several carbon compounds, or even the total disappearance of various functions, suggesting a potential dysfunction of carbon cycle in some of the most polluted soils

Orientador: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Maria Teresa de Paiva Azevedo / Banca: Carlos Eduardo de Mattos Bicudo / Resumo: Grande parte dos estudos sobre algas aerofíticas aborda a flora de solos de ambientes áridos de regiões temperadas. A diversidade de algas e cianobactérias em ambientes terrestres é ainda pobremente conhecida em regiões tropicais, e no Brasil existem apenas alguns poucos trabalhos abordando estes organismos. O principal objetivo deste trabalho foi contribuir com o conhecimento taxonômico das comunidades aerofíticas através do levantamento dos seus principais componentes encontrados em florestas estacionais semideciduais no noroeste do estado de São Paulo. Adicionalmente, este estudo também visou o levantamento de dados sobre a riqueza e abundância destes organismos nos fragmentos, a comparação da estrutura das comunidades e a avaliação das possíveis relações entre os parâmetros bióticos (riqueza, abundância e diversidade) e características ambientais (tamanho do fragmento, cobertura do dossel, umidade, pH e temperatura) que determinam a distribuição geográfica. O levantamento foi realizado em dez remanescentes florestais (quatro com área total entre 50 e 150ha e seis com área total maior que 200ha). 30 árvores (substrato potencial para crescimento epífita) aleatoriamente escolhidas foram analisadas em cada fragmento em três alturas pré-estabelecidas (50cm, 100cm e 150cm) quanto à presença/ausência e abundância (cobertura percentual) de crescimentos algais. Dados de temperatura, umidade relativa do ar e pH do substrato (casca) foram também coletados. Além do levantamento taxonômico, as áreas foram caracterizadas e comparadas através de suas diversidades alfa e beta, uniformidade da distribuição de espécies (equitabilidade) e dominância, enquanto análises de similaridade foram conduzidas utilizando-se os coeficientes de Jaccard e Bray-Curtis. A distribuição de abundância das algas e cianobactérias ao longo dos substratos foi comparada dentro... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Many studies on terrestrial algal communities reggarding soil flora from arid environments in temperate regions. The algal and cyanobacterial diversity is still poorly known and in Brazil there are only some few works dealing with these organisms. The main objective of this work was to contribute with the taxonomic knowledge of the aerophytic epiphytic communities through the survey of the main components of these assemblages found in fragments of seasonal semidecidual forest in northwestern São Paulo State. In addition, this study also aimed to the assessment of richness and abundance of the organisms in the fragments, the comparison of the structure of the communities and the evaluation of the possible relationships among biotic parameters (richness, abundance and species diversity) and environmental characteristics (fragment size, canopy cover, humidity, pH and temperature) that determine geographical distribution. The survey was conducted in ten forest reminiscents (four with total area from 50 to 150ha and six with total area higher than 200ha). 30 trees (potential substratum for epiphytic growth) randomly found were analyzed in each fragment in three prefixed highs (50cm, 100cm and 150cm) for presence/absence and abundance (percentage cover) of algal growths. Data about temperature, relative air humidity and substrate (cork) pH were also collected. Besides the taxonomic survey, the areas were characterized and compared by their alpha and beta diversities, species distribution uniformity (evenness) and dominance, while the analysis of similarity was conducted by applying Jaccard and Bray-Curtis coefficients. The abundance distribution of the algae and cyanobacteria along the substrata was compared within a single fragment and considering the same high among all fragments by using Kruskal-Wallis non-parametric analysis of variance. Pearson's r correlation was applied to investigate... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre