Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Torque Teno Vírus (TTV) foi primeiramente identificado em 1997, no Japão, em urn paciente com hepatite aguda pós-transfusão, de etiologia desconhecida, sendo após, caracterizado como urn pequeno vírus DNA circular de fita simples e não envelopado. Recentemente, o Torque Teno Vírus foi classificado em urn novo gênero chamado Anellovírus, que compreende também, o Torque Teno Mini Vírus (TTMV), Torque Teno Midi Vírus (TTMDV) e pequenos anelovírus (SAV). 0 TTV tern sido detectado em uma ampla gama de primatas nao humanos, bem como em animais domésticos. Este trabalho teve por objetivo pesquisar o TTV no soro e sangue total de primatas nao humanos e em plasma de frangos domésticos de corte (Gallus g. domesticus), pela aplicação da Nested-PCR da região não codificadora (UTR) e pel a Semi­Nested-PCR da região codificadora N22, seguido de seqüenciamento genômico e de análise filogenética. Através da Nested-PCR da região não codificadora (UTR) o DNA do TTV foi detectado no soro de 4 (5,3%) de 75 Cebus apella, 2 (40%) de 5 Alouata fusca, 1 (20%) de 5 Alouata caraya, 1 (5.2%) de 19 Callithrix penicilata, 1 (4%) de 25 Callithrix jacchus, 1 (20%) de 5 Saimiri sciureus e 1 (25%) de 4 Leontopithecus chrysomelas. Nao se obteve amplificação por PCR-UTR em nenhuma amostra de sangue total. A análise filogenética revelou que as seqüências detectadas em 8 amostras apresentaram maior identidade com as seqüências de TTV isoladas de macacos japoneses do novo mundo: So-TTV2 (Saüíinus oedipus) e At-TTV3 (Aotes Trivirgatus). Trt!!s seqüências (uma de Callithrix penicilata, uma de Leontopithecus crysomelas e uma de Cebus apella) mostraram similaridade com uma seqüência de Torque Teno Mini Vírus (TTMV) de humanos. Não se obteve amplificação por PCR-UTR em nenhuma amostra de plasma de frangos domésticos de corte (Gallus g. domesticus). Três amostras foram positivas pela amplificação da região ORF2. 0 DNA do TTV da região ORF2 foi detectado em uma amostra de soro de Cebus apella e em uma amostra de sangue total de Callithrix jacchus, e em uma de plasma de frango doméstico de corte (Gallus g. domesticus). As seqüências amplificadas pela região ORF2 nao mostraram diferenças entre as de humano, primatas nao humanos e de frango doméstico Pela Semi-Nested-PCR da região codificadora (N22), o DNA do TTV foi detectado no sangue total de 3 (4%) de 75 Cebus apella e de 1 (25%) de 4 Leontopithecus chrysomelas. Não se obteve amplificação por PCR em nenhuma amostra de soro. A análise filogenética revelou que uma amostra de Cebus apella agrupou-se com seqüências de macacos japoneses do novo mundo: Saguinus oedipus (So-TTV2) e Aotes trivirgatus (At-TTV3); duas amostras de Cebus apella mostraram similaridade com uma seqüência de Torque Teno Mini Vírus (TTMV) de humanos e uma (Cebus apella) mostrando similaridade com uma seqüência de chimpanzé (Pt-TTV6) e com uma seqüência de TTV de humano, cepa protótipo denominada TA278. Não se obteve amplificação por PCR-N22 em nenhuma amostra de plasma de frangos domésticos de corte (Gallus g. domesticus). Os resultados apresentados mostraram que este é o primeiro relato da ocorrência de Torque Teno Vírus e Torque Teno Mini Vírus em primatas não humanos do novo mundo e em frangos de corte (Gallus g. domesticus) no Brasil. / Torque Teno Virus (TTV) was first identified in the serum of a patient with acute post-transfusion hepatitis of unknown etiology in 1997 and was characterized as a small nonenveloped virus with a circular, single-stranded DNA. Recently, Torque Teno Virus has been classified to the newly genus called Anellovirus, which also comprises Torque Teno Mini Virus (TTMV), Torque Teno Midi Virus (TTMDV) and small Anellovirus. TTV has been detected in a range of non-human primates as well as domestic animals. The purpose of this study was to search TTV in the serum and total blood of nonhuman primates and in plasma of domestic chickens of cut (Gallus g. domesticus) by application the nested-PCR of the non-coding region (UTR) and by semi-nested-PCR of the coding region (N22), followed by a genomic sequence and phylogenetic analysis. By nested-PCR of non-coding region (UTR), the TTV DNA was detected in sera from 4 (5.3%) of 75 Cebus apella, 2 (40%) of 5 Alouata fusca, 1 (20%) of 5 Alouata caraya, 1 (5.2%) of 19 Callithrix penicilata, 1 (4%) of 25 Callithrix jacchus, 1 (20%) of 5 Saimiri sciureus e 1 (25%) of 4 Leontopithecus chrysomelas. No PCR-UTR amplification in any total blood sample was obtained. Phylogenetic analysis revealed that sequences detected in 8 samples had presented greater identity with TTV sequences isolated of Japanese new world non-human primates (So-TTV2 - Sagüínus oedipus and At-TTV3 - Aotes Trivirgatus). Three sequences (1 of Callithrix penicilata, 1 of Leontopithecus crysomelas and 1 of Cebus apella) showed similarity with a human Torque Teno Mini Virus (TTMV) sequence. No PCRUTR amplification in any domestic chicken plasma sample was obtained. Three additional samples were positive by the amplification of the ORF-2 region. TTV ORF2 DNA was detected in one sera sample of Cebus apella and one whole blood sample of Callithrix jacchus and in one plasma sample of domestic chicken of cut (Gallus g. domesticus). The sequences amplified by the ORF2 region showed no differences between human, non-human primates and domestic chicken. By semi-nested-PCR of coding region (N22), the TTV DNA was detected in total blood from 3 (4%) out of 75 Cebus apella and from 1 (25%) out of 4 Leontopithecus chrysomelas. No PCR amplification in any serum sample was obtained. Phylogenetic analysis revealed that one sample of Cebus apella clustered with sequences isolated of Japanese new world non-human primates (Saguinus oedipus - So-TTV2 and Aotes trivirgatus - At-TTV3); two samples of Cebus apella showed similarity with a human Torque Teno Mini Virus (TLMV) sequence. The other sample of Cebus apella showed similarity with one sequence of the chimpanzee (Pt-TTV6) and with the human TTV strain called TA278. No PCR amplification any domestic chicken plasma sample was obtained. The presented results showed that this is the first occurrence of Torque Teno Virus and Torque Teno Mini Virus in new world non-human primates and domestic chicken of cut (Gallus g. domesticus) in Brazil. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Torque teno virus (TTV) is a single stranded circular DNA virus and, despite its widespread nature in the human population, its pathogenesis is still unknown. Factors complicating TTV research include its huge genetic diversity, difficulties identifying an uninfected control population, the lack of a small animal model and lack of a good cell culture system for viral propagation. Recently we have identified a TTV homologue (RoTTV) in wild rodents. RoTTV was frequently observed in wood mice and field voles. RoTTV infections were also found in bank voles but not in Mus musculus populations. Analysis of complete genome sequencing shows that several genetic variants are found in wild rodent population with two distinct species containing several diverse genotypes. Furthermore, multiple variants were present in single individuals, consistent with infection patterns seen in humans. RoTTV transcripts in infected wild wood mice have also been detected and fully sequenced. Predicted protein coding regions from these transcripts have been expressed in cell culture and show the different expression patterns. Using cloned genomic DNA it has also been possible to observe the transcription from the virus in vitro and it was shown RoTTV viral titer in the supernatant of culture fluid increased. In addition, RoTTV propagation was observed by using the supernatant of culture fluid. Using cloned genomic DNA and the culture supernatant, an in vivo model system in naïve laboratory wood mice was developed.

Informe de Seminario para optar al grado de Licenciado en Historia / Seminario de grado: Procesos políticos y postmemorias autoritarias. Chile en la segunda mitad del siglo XX

La cantidad de recursos hídricos disponibles en una región es una variable de importancia que puede limitar el desarrollo de la vida y también incidir en el desarrollo de actividades productivas tales como agricultura, minería e hidroelectricidad. Por ello, resulta fundamental el análisis de cual será la disponibilidad futura de este vital elemento. En este estudio se intentó proveer la información necesaria para comprender los alcances del cambio climático, en términos de vulnerabilidad del sector de los recursos hídricos en la cuenca andina del Río Teno, caracterizada por la estación fluviométrica Río Teno después de Junta con Río Claro, con el fin de contribuir al proceso de toma de decisiones sobre medidas de adaptación frente al Cambio Climático. Para lograr este objetivo se usó un modelo de simulación hidrológica generado por el Instituto del Medio Ambiente SEI (Stockholm Environment Institute), conocido como Water Evaluation And Planning System o simplemente WEAP. El modelo fue calibrado y validado a partir de datos históricos mensuales representativos de la cuenca disponibles entre Abril de 1975 y Marzo de 2005. Los parámetros calibrados y validados fueron utilizados para simular la disponibilidad futura del recurso a base de escenarios futuros de las variables meteorológicas de entrada (precipitación y Temperatura) necesarias para la operación del modelo, derivados de datos obtenidos en el modelo PRECIS por el Departamento de Geofísica de la Universidad de Chile para el escenario A2 en los períodos 2036-2065 y 2071-2100. Los resultados mostraron una baja de los caudales medios mensuales futuros del Río Teno de un 30% y 40% para los periodos 2036-2065 y 2071-2100 respectivamente y un aumento en el número y prolongación de periodos secos en la cuenca, causados principalmente por la disminución de la precipitación anual y del aumento de la temperatura anual. A pesar de los cambios en las magnitudes del caudal, el régimen mixto nivo-pluvial del Río Teno no varió sustancialmente, salvo un desplazamiento del peak de primavera del mes de Diciembre a Noviembre.

Torque-teno viruses (TTVs) are small ubiquitous non-enveloped single-stranded circular DNA viruses. Since their discovery in a post-transfusion hepatitis patient, they have been isolated in several vertebrate hosts with over 90% prevalence, including swine. They have been detected in the environment, water sources, human drugs, vaccine and blood product as contaminants. Intriguingly, the role of TTVs in human disease causation is still not fully understood. Several epidemiological studies have associated TTVs to human diseases, like cancers, hepatitis, and autoimmune diseases, but no clear link between infection and clinical disease has been demonstrated yet. In contrast, experimental studies done in pigs demonstrated that swine TTVs (TTSuVs) could an act as sole pathogens. Other studies also demonstrated that TTSuVs could exacerbate symptoms of other viral pathogens in coinfections. Here, we showed that TTSuV1 could be zoonotic, as we detected TTSuV1 DNA in human serum samples. We also showed that TTSuV1 could replicate in human immune cells, and consequently suppress their ability to respond to immune stimuli. Further in-vivo studies, to elucidate host immune regulation by TTSuVs, showed a delayed antibody response and minimal viremia. Also, we found that viral sensing could be limited to interferon-inducing sensors (DHX36), while upregulation of PD-1 could demonstrate how these viruses may establish chronic infections. In another study, we showed the use of our novel recombinant TTSuV1 culture system to study the synergistic interactions between TTSuV1 and porcine circovirus 1 (PCV1). When both viruses were cultured together in-vitro, their respective viral titers were increased, compared to the single virus infections. We also demonstrated that increased in-vitro replication of TTSuV1 could be relying on expression of PCV1 replicase. In addition, molecular mechanisms were used to explain this synergistic relationship; a strong promoter activity by the putative major promoter of TTSuV1 was shown to be blocked PCV1 and TTSuV1 replicase proteins, but protein-DNA interaction assays need further optimizations to demonstrate physical interaction between these viruses. In conclusion, our result showed new information about TTSuV1 transmission, pathogenesis, host innate immune regulation, and their role in coinfections.

O Torque teno vírus suíno é classificado como pertencente à família Anelloviridae gênero Iotatorquevirus que compreende as espécies: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) e Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b); e o gênero Kapatorquevirus que compreende apenas a espécie Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). O TTSuV foi identificado como potencial agente causador de falhas reprodutivas em porcas, como agente desencadeante nos quadros de doenças associadas ao circovírus suíno tipo 2 (PCVAD) e em associação com outros agentes como o vírus da síndrome respiratória e reprodutiva dos suínos (PRRSV), vírus da influenza suína (SIV) e Mycoplasma hyopneumoniae como co-agentes na manifestação clínica do complexo respiratório suíno (PRDC). No presente estudo foi utilizada uma PCR direcionada a região não traduzida do genoma viral (UTR), e foi investigado um total de 391 amostras divididas entre fetos abortados e mumificados, leitões natimortos, soro, fezes e pulmão de suínos de dez propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Diferenças entre as frequências do TTSuV1 e do TTSuVk2 foram comparadas entre amostras de porcas com problemas reprodutivos (fetos abortados e mumificados e leitões natimortos), diferentes fases da criação de suínos (porcas, leitões da creche e crescimento), leitões apresentando ou não diarréia, entre animais da terminação vacinados ou não contra o PCV2 e ainda entre amostras positivas e negativas para o PCV2. Amostras positivas de pulmão de suíno e um pool de soro de Porco Monteiro do Pantanal foram submetidos a uma PCR para amplificação da ORF1 de ambos os gêneros do TTSuV, seguida pela clonagem e posterior sequenciamento para reconstrução da filogenia. Foi investigada a ocorrência de eventos de recombinação entre as amostras, pressão de seleção e propriedades da proteína relacionadas à ligação com anticorpos. O TTSuVk2 foi mais presente infectando tanto fetos abortados quanto leitões natimortos. Porcas e leitões da creche foram mais frequentemente infectados pelo TTSuV1 enquanto que leitões do crescimento pelo TTSuVk2. A coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) foi mais frequente em amostras fecais diarreicas que nas não diarreicas. Animais da terminação apresentaram alta frequência de coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2), sendo ainda maior na associação com o PCV2. A filogenia construída pelo método neighborjoing baseada na sequência da ORF1 revelou existir quatro tipos do TTSuV1 (1a, 1b, 1c e 1d) e sete subtipos do TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulantes nas populações de suínos domésticos e ferais do Brasil. Entre as estirpes virais circulantes foram detectados eventos de recombinação intra-hospedeiro, inter-hospedeiro, intra-genótipo e inter-genótipo. A região carboxi-terminal da proteína demonstrou agrupar características relacionadas à ligação com anticorpos. Este estudo é o primeiro a caracterizar geneticamente amostras de TTSuV circulantes em suínos domésticos e ferais do Brasil e contribui para um melhor entendimento sobre a epidemiologia do vírus. / The porcine torque teno virus is classified within the Anelloviridae family, genus Iotatorquevirus comprising the species: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) and Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b). The genus Kapatorquevirus comprises only one species, the Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). TTSuV was identified as a potential agent of reproductive failure causes in sows, as a trigger agent associated with porcine circovirus associated diseases (PCVAD) and in combination with other agents such as porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRSV), swine influenza virus (SIV) and Mycoplasm hyopneumoniae as a co-agent in the clinical manifestation of porcine respiratory disease complex (PRDC). In this study, PCR targeting the untranslated region (UTR) of the virus genome was used to investigate a total of 391 samples within aborted and mummified fetuses, stillborn piglets, serum, feces and lungs of pigs from ten different properties located at São Paulo State. Differences between frequencies of TTSuV1 and TTSuVk2 were compared among samples of sows with reproductive failure (aborted and mummified fetuses and stillborn piglets), different phases of pig breeding (sows, nursery and growing piglets), samples from piglets with diarrhea or not, finishing pigs vaccinated or not against PCV2 and between positive and negative samples for PCV2. Positive lung samples from pigs and a pool of sera from feral pigs were used to PCR amplification for the ORF1 of both genera of TTSuV, followed by cloning and subsequent sequencing to reconstruct the phylogeny. The occurrence of recombination events among the samples, selection pressure and protein-related antibodies binding properties was investigated. The TTSuVk2 was more frequent infecting both aborted fetuses as stillborn piglets. Sows and nursery piglets were frequently more infected by TTSuV1 while growing piglets by TTSuVk2. The coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) was more frequent in diarrheic stool samples than in the non-diarrheic. Finishing pigs showed high frequency of coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2) and and increase of the coinfection in association with PCV2. Phylogeny constructed by neighborjoing method based on the ORF1 sequence revealed the existence of four types TTSuV1 (1a, 1b, 1c and 1d) and seven subtypes of TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulating within populations of domestic and feral pigs in Brazil. Among circulating viral strains, intra-host, inter-host, intra-and inter-genotype recombination events were detected. The carboxy-terminal region of the protein showed the have characteristics related with antibodies binding activity. This study is the first to genetically characterize samples of TTSuV circulating in domestic and feral pigs from Brazil and contributes to a better understanding of the epidemiology of the virus.

Contexte : Le virus Torque Teno (TTV) est un petit virus à ADN fortement prévalent dont la réplication est étroitement liée à l'état immunitaire. Un nombre croissant de publications soulignent le potentiel de la charge virale du TTV en tant qu'indicateur d'immunosuppression chez les patients transplantés. Des tests cliniques sont nécessaires pour caractériser davantage son potentiel en tant que marqueur d'immunosuppression.Objectifs : Présentation de la faisabilité/optimisation et démonstration des performances analytiques et cliniques du premier test standardisé utilisé pour détecter et quantifier l'ADN du TTV humain dans le sang total et le plasma de diverses populations. La charge virale du TTV a été analysée sur des échantillons de sang total prélevés chez 31 volontaires sains, chez 53 donneurs de reins décédés et cours du suivi de 42 receveurs d’une greffe de rein.Résultats : La limite de détection de la trousse développée était de 2,2 log10 copies/ml dans le sang total et le plasma, la linéarité et la précision ont été démontrées entre 1,61 et 10,61 log10 copies/ml dans le sang total. La prévalence de l'ADN du TTV dans le sang variait significativement entre les groupes : 45% chez les volontaires sains, 74% chez les donneurs et 83% chez les receveurs de rein. Chez les receveurs de rein, les cinétiques TTV précoces étaient comparables à celles précédemment présentées dans la littérature (dans d'autres contextes de transplantation) : la charge virale est passée d'une moyenne de 4,3 log10 à 7,9 log10 copies/mL dans les 75 premiers jours post transplantation. L’analyse des séquences de TTV par séquençage haut débit nous a permis de décrire la prévalence des génotypes de TTV chez 20 donneur et receveurs appariés.Conclusion : Ce test TTV a montré une sensibilité analytique, une spécificité, une linéarité et une précision élevée. Avec ce test, la cinétique précoce chez les receveurs de rein est proche de celle précédemment décrite chez les receveurs de greffe de poumon. C'est un outil standardisé utile pour évaluer davantage la charge de TTV en tant que biomarqueur de l'état immunitaire qui pourrait améliorer la stratégie de traitement individuel. / Background: Torque teno viruses (TTV) are small DNA viruses with high prevalence whose replication is closely linked to immune status. A growing number of publications underlined the potential of TTV viral load as an indicator of immunosuppression. Clinical assays are necessary to further characterize their potential as immunosuppression markers.Objectives: To demonstrate the performance of the first standardized Research Use Only assay to detect and quantify human TTV DNA in whole blood and plasma.Study design: We established analytical and clinical performances for TTV load measurement in various populations. The TTV kinetics were followed in kidney recipients. TTV viral load was analyzed on whole blood samples from 31 healthy volunteers, 53 kidney deceased donors and 42 kidney recipients follow-up.Results: Limit of detection was 2.2 log copies/mL in whole blood and plasma, linearity and precision were demonstrated over the range 1.61 to 10.61 log10 copies/mL in whole blood. Prevalence of TTV DNA in blood differed significantly among groups: 45% in healthy volunteers, 74% in donors and 86% in kidney recipients. In kidney recipients, early TTV kinetics were comparable to those previously observed with in-house assays in other transplant settings: viral load increased from an average of 4.3 log10 to 7.9 log10 copies/mL within the first 75 days post transplantation. Sequence analysis of TTV by high throughput sequencing allowed us to describe the prevalence of TTV genotypes in 20 matched donors and recipients.Conclusion: This TTV assay showed high analytical sensitivity, specificity, linearity and precision. With this assay, early kinetics in kidney recipients are close to that previously described in lung transplant recipients. It is a useful standardized tool to further evaluate TTV load as a biomarker of immune status that could improve individual treatment strategy.

Estudos preliminares visando a identificação de possíveis agentes virais associados à síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS) revelaram uma possível associação inversa entre a presença de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Com base neste achado, foi formulada a hipótese de que o TTSuV1 poderia ser capaz de inibir a multiplicação do PCV2, impedindo assim o desenvolvimento da SMDS. Buscando esclarecer esta questão, seria necessário desenvolver um sistema eficiente de replicação para este vírus, até o presente ainda não disponível. Em vista disso, foi desenvolvido um método de detecção de infecções por TTSuV em cultivos celulares para a avaliação de possíveis linhagens a serem potencialmente utilizadas para isolamento e multiplicação destes vírus. Genomas de TTSuVs foram detectados em células de linhagem de origem suína e não suína assim como em um dos lotes de tripsina. Os soros utilizados como suplemento para o meio de cultivo não apresentaram genomas de TTSuV. Desta forma, o lote de tripsina contaminado pode ser considerado uma importante fonte de contaminação, principalmente em células de origem não suína. Com o objetivo de avaliar uma possível associação entre os TTSuVs e a ocorrência da SMDS, a frequência de detecção e quantificação de genomas de TTSuV1 e TTSuV2 em tecidos e soros de suínos com e sem SMDS foram determinadas. A análise feita nos diferentes tecidos de suínos revelou uma aparente correlação inversa entre a presença do genoma de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Quanto ao TTSuV2 em tecidos de suínos com e sem a SMDS, nenhuma diferença estatística foi observada. A distribuição do genoma de TTSuV1 e TTSuV2 nos diferentes tecidos examinados não revelou um órgão alvo específico. A frequência de detecção e a carga viral de TTSuV1 e 2 nas amostras de soro de suínos com e sem a SMDS não apresentaram diferença significativa. No entanto, a carga viral de TTSuV2 foi mais alta do que a carga viral de TTSuV1 nos soros de todos os grupos de animais estudados. Estes resultados indicam uma alta frequência de detecção de ambas as espécies de TTSuV em amostras de tecidos e soros de suínos com e sem a SMDS. / Preliminary studies aiming the identification of possible viral agents associated with the postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) revealed a possible negative association between TTSuV1 and occurrence of PMWS. Based on this finding was hypothesized that TTSuV1 might be able to inhibit the PCV2 multiplication, preventing the development of PMWS. To better clarify this, would be require an efficient system of replication for this virus, which has not been reported in the literature. In view of this, a method for detection of TTSuV infections in cell culture was developed to assess possible cell lineages to be potentially used for virus isolation and multiplication. TTSuV genomes were detected in cell lineages of porcine and nonporcine origin as well as a batch of trypsin. Sera used as media supplement was not found to contain TTSuV genomes. Thus, the contaminated batch of trypsin can be considered an important source of contamination, especially in cells of non-porcine origin. In order to evaluate a possible association between the TTSuVs and the occurrence of PMWS, the frequency of detection and quantification of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues and sera from pigs with and without PMWS were determined. The analysis in the different tissues of pigs reveal an apparent inverse correlation between the frequency of detection of TTSuV1 genomes and the occurrence of PMWS. Regarding TTSuV2 in tissues of PMWS and non-PMWS-affected animals no significant differences was observed. The distribution of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues did not reveal any particular target organ. The frequency of detection and viral load of TTSuV1 and TTSuV2 in sera samples were no significant statistically among animals PMWS-affected and healthy pig. The mean of TTSuV2 viral load was significantly highest than TTSuV1 in sera of all groups studied. These results indicate a high frequency of detection of both TTSuV species in tissues and sera samples from PMWS-affected and healthy pig.

Estudos preliminares visando a identificação de possíveis agentes virais associados à síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS) revelaram uma possível associação inversa entre a presença de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Com base neste achado, foi formulada a hipótese de que o TTSuV1 poderia ser capaz de inibir a multiplicação do PCV2, impedindo assim o desenvolvimento da SMDS. Buscando esclarecer esta questão, seria necessário desenvolver um sistema eficiente de replicação para este vírus, até o presente ainda não disponível. Em vista disso, foi desenvolvido um método de detecção de infecções por TTSuV em cultivos celulares para a avaliação de possíveis linhagens a serem potencialmente utilizadas para isolamento e multiplicação destes vírus. Genomas de TTSuVs foram detectados em células de linhagem de origem suína e não suína assim como em um dos lotes de tripsina. Os soros utilizados como suplemento para o meio de cultivo não apresentaram genomas de TTSuV. Desta forma, o lote de tripsina contaminado pode ser considerado uma importante fonte de contaminação, principalmente em células de origem não suína. Com o objetivo de avaliar uma possível associação entre os TTSuVs e a ocorrência da SMDS, a frequência de detecção e quantificação de genomas de TTSuV1 e TTSuV2 em tecidos e soros de suínos com e sem SMDS foram determinadas. A análise feita nos diferentes tecidos de suínos revelou uma aparente correlação inversa entre a presença do genoma de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Quanto ao TTSuV2 em tecidos de suínos com e sem a SMDS, nenhuma diferença estatística foi observada. A distribuição do genoma de TTSuV1 e TTSuV2 nos diferentes tecidos examinados não revelou um órgão alvo específico. A frequência de detecção e a carga viral de TTSuV1 e 2 nas amostras de soro de suínos com e sem a SMDS não apresentaram diferença significativa. No entanto, a carga viral de TTSuV2 foi mais alta do que a carga viral de TTSuV1 nos soros de todos os grupos de animais estudados. Estes resultados indicam uma alta frequência de detecção de ambas as espécies de TTSuV em amostras de tecidos e soros de suínos com e sem a SMDS. / Preliminary studies aiming the identification of possible viral agents associated with the postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) revealed a possible negative association between TTSuV1 and occurrence of PMWS. Based on this finding was hypothesized that TTSuV1 might be able to inhibit the PCV2 multiplication, preventing the development of PMWS. To better clarify this, would be require an efficient system of replication for this virus, which has not been reported in the literature. In view of this, a method for detection of TTSuV infections in cell culture was developed to assess possible cell lineages to be potentially used for virus isolation and multiplication. TTSuV genomes were detected in cell lineages of porcine and nonporcine origin as well as a batch of trypsin. Sera used as media supplement was not found to contain TTSuV genomes. Thus, the contaminated batch of trypsin can be considered an important source of contamination, especially in cells of non-porcine origin. In order to evaluate a possible association between the TTSuVs and the occurrence of PMWS, the frequency of detection and quantification of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues and sera from pigs with and without PMWS were determined. The analysis in the different tissues of pigs reveal an apparent inverse correlation between the frequency of detection of TTSuV1 genomes and the occurrence of PMWS. Regarding TTSuV2 in tissues of PMWS and non-PMWS-affected animals no significant differences was observed. The distribution of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues did not reveal any particular target organ. The frequency of detection and viral load of TTSuV1 and TTSuV2 in sera samples were no significant statistically among animals PMWS-affected and healthy pig. The mean of TTSuV2 viral load was significantly highest than TTSuV1 in sera of all groups studied. These results indicate a high frequency of detection of both TTSuV species in tissues and sera samples from PMWS-affected and healthy pig.

O Torque teno vírus suíno é classificado como pertencente à família Anelloviridae gênero Iotatorquevirus que compreende as espécies: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) e Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b); e o gênero Kapatorquevirus que compreende apenas a espécie Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). O TTSuV foi identificado como potencial agente causador de falhas reprodutivas em porcas, como agente desencadeante nos quadros de doenças associadas ao circovírus suíno tipo 2 (PCVAD) e em associação com outros agentes como o vírus da síndrome respiratória e reprodutiva dos suínos (PRRSV), vírus da influenza suína (SIV) e Mycoplasma hyopneumoniae como co-agentes na manifestação clínica do complexo respiratório suíno (PRDC). No presente estudo foi utilizada uma PCR direcionada a região não traduzida do genoma viral (UTR), e foi investigado um total de 391 amostras divididas entre fetos abortados e mumificados, leitões natimortos, soro, fezes e pulmão de suínos de dez propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Diferenças entre as frequências do TTSuV1 e do TTSuVk2 foram comparadas entre amostras de porcas com problemas reprodutivos (fetos abortados e mumificados e leitões natimortos), diferentes fases da criação de suínos (porcas, leitões da creche e crescimento), leitões apresentando ou não diarréia, entre animais da terminação vacinados ou não contra o PCV2 e ainda entre amostras positivas e negativas para o PCV2. Amostras positivas de pulmão de suíno e um pool de soro de Porco Monteiro do Pantanal foram submetidos a uma PCR para amplificação da ORF1 de ambos os gêneros do TTSuV, seguida pela clonagem e posterior sequenciamento para reconstrução da filogenia. Foi investigada a ocorrência de eventos de recombinação entre as amostras, pressão de seleção e propriedades da proteína relacionadas à ligação com anticorpos. O TTSuVk2 foi mais presente infectando tanto fetos abortados quanto leitões natimortos. Porcas e leitões da creche foram mais frequentemente infectados pelo TTSuV1 enquanto que leitões do crescimento pelo TTSuVk2. A coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) foi mais frequente em amostras fecais diarreicas que nas não diarreicas. Animais da terminação apresentaram alta frequência de coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2), sendo ainda maior na associação com o PCV2. A filogenia construída pelo método neighborjoing baseada na sequência da ORF1 revelou existir quatro tipos do TTSuV1 (1a, 1b, 1c e 1d) e sete subtipos do TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulantes nas populações de suínos domésticos e ferais do Brasil. Entre as estirpes virais circulantes foram detectados eventos de recombinação intra-hospedeiro, inter-hospedeiro, intra-genótipo e inter-genótipo. A região carboxi-terminal da proteína demonstrou agrupar características relacionadas à ligação com anticorpos. Este estudo é o primeiro a caracterizar geneticamente amostras de TTSuV circulantes em suínos domésticos e ferais do Brasil e contribui para um melhor entendimento sobre a epidemiologia do vírus. / The porcine torque teno virus is classified within the Anelloviridae family, genus Iotatorquevirus comprising the species: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) and Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b). The genus Kapatorquevirus comprises only one species, the Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). TTSuV was identified as a potential agent of reproductive failure causes in sows, as a trigger agent associated with porcine circovirus associated diseases (PCVAD) and in combination with other agents such as porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRSV), swine influenza virus (SIV) and Mycoplasm hyopneumoniae as a co-agent in the clinical manifestation of porcine respiratory disease complex (PRDC). In this study, PCR targeting the untranslated region (UTR) of the virus genome was used to investigate a total of 391 samples within aborted and mummified fetuses, stillborn piglets, serum, feces and lungs of pigs from ten different properties located at São Paulo State. Differences between frequencies of TTSuV1 and TTSuVk2 were compared among samples of sows with reproductive failure (aborted and mummified fetuses and stillborn piglets), different phases of pig breeding (sows, nursery and growing piglets), samples from piglets with diarrhea or not, finishing pigs vaccinated or not against PCV2 and between positive and negative samples for PCV2. Positive lung samples from pigs and a pool of sera from feral pigs were used to PCR amplification for the ORF1 of both genera of TTSuV, followed by cloning and subsequent sequencing to reconstruct the phylogeny. The occurrence of recombination events among the samples, selection pressure and protein-related antibodies binding properties was investigated. The TTSuVk2 was more frequent infecting both aborted fetuses as stillborn piglets. Sows and nursery piglets were frequently more infected by TTSuV1 while growing piglets by TTSuVk2. The coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) was more frequent in diarrheic stool samples than in the non-diarrheic. Finishing pigs showed high frequency of coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2) and and increase of the coinfection in association with PCV2. Phylogeny constructed by neighborjoing method based on the ORF1 sequence revealed the existence of four types TTSuV1 (1a, 1b, 1c and 1d) and seven subtypes of TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulating within populations of domestic and feral pigs in Brazil. Among circulating viral strains, intra-host, inter-host, intra-and inter-genotype recombination events were detected. The carboxy-terminal region of the protein showed the have characteristics related with antibodies binding activity. This study is the first to genetically characterize samples of TTSuV circulating in domestic and feral pigs from Brazil and contributes to a better understanding of the epidemiology of the virus.