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Exploring Mechanisms of Bacterial Adaptation to Seasonal Temperature ChangeYung, Cheuk Man January 2016 (has links)
<p>This research examines three potential mechanisms by which bacteria can adapt to different temperatures: changes in strain-level population structure, gene regulation and particle colonization. For the first two mechanisms, I utilize bacterial strains from the Vibrionaceae family due to their ease of culturability, ubiquity in coastal environments and status as a model system for marine bacteria. I first examine vibrio seasonal dynamics in temperate, coastal water and compare the thermal performance of strains that occupy different thermal environments. Our results suggest that there are tradeoffs in adaptation to specific temperatures and that thermal specialization can occur at a very fine phylogenetic scale. The observed thermal specialization over relatively short evolutionary time-scales indicates that few genes or cellular processes may limit expansion to a different thermal niche. I then compare the genomic and transcriptional changes associated with thermal adaptation in closely-related vibrio strains under heat and cold stress. The two vibrio strains have very similar genomes and overall exhibit similar transcriptional profiles in response to temperature stress but their temperature preferences are determined by differential transcriptional responses in shared genes as well as temperature-dependent regulation of unique genes. Finally, I investigate the temporal dynamics of particle-attached and free-living bacterial community in coastal seawater and find that microhabitats exert a stronger forcing on microbial communities than environmental variability, suggesting that particle-attachment could buffer the impacts of environmental changes and particle-associated communities likely respond to the presence of distinct eukaryotes rather than commonly-measured environmental parameters. Integrating these results will offer new perspectives on the mechanisms by which bacteria respond to seasonal temperature changes as well as potential adaptations to climate change-driven warming of the surface oceans.</p> / Dissertation
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Epidemiologia das Leucemias Infantis de 1997 a 2013, São Paulo, Brasil / Not AvailableSilva, Franciane Figueiredo da 07 February 2019 (has links)
Introdução: A leucemia é o tipo mais comum de câncer em crianças de 0 a 14 anos. Estudos apontam que, em diversos países do mundo, as taxas de incidência estão aumentando, ou se mantêm estáveis, e que, por outro lado, as taxas de mortalidade estão caindo. Em países desenvolvidos, a leucemia é considerada uma doença curável, possuindo taxas de sobrevida superiores a 80%. Objetivos: Descrever a epidemiologia da leucemia na infância no município de São Paulo, no período de 1997 a 2013, analisando as tendências de incidência e mortalidade, e as taxas de sobrevida, segundo sexo, faixa etária, tipo de leucemia e região administrativa. Métodos: As taxas brutas e ajustadas de incidência e mortalidade foram calculadas segundo sexo e idade. Foram estimados modelos de regressão polinomial e calculados os percentuais anuais de mudança (Annual Percentual Change, APC) das taxas de incidência e mortalidade. Foi calculado o estimador não paramétrico produto limite de Kaplan-Meier e utilizado o teste de logrank para comparação das curvas de sobrevida. Foi construído o modelo de riscos proporcionais de Cox para estimar as hazard ratios de cada variável de estudo. Resultados: Foram contabilizados 2028 casos novos e 660 óbitos por leucemias, em crianças de 0 a 14 anos, no município de São Paulo, no período estudado. A taxa de incidência foi de 49,8 casos por 1 milhão de crianças e a taxa de mortalidade foi de 15,7 óbitos por 1 milhão de crianças, sendo mais frequente o subtipo leucemia linfoide aguda, entre o sexo masculino, na faixa etária de 0 a 4 anos. No período de 1997 a 2013, a taxa de incidência por leucemia em crianças no município de São Paulo foi decrescente (APC= -2,7%). Já a taxa de mortalidade, no geral, se manteve estável, mas foi decrescente para algumas características específicas, tais como, para sexo masculino (APC= -1,9%) e para o subtipo das leucemias mieloides agudas (APC= -1,8%). As taxas de sobrevida foram de 86%, 73% e 68%, respectivamente, após 12, 36 e 60 meses, bem abaixo do que se observa nos países desenvolvidos. Conclusão: Os percentuais e taxas de mortalidade e incidência da leucemia em crianças no município de São Paulo se assemelham aos valores encontrados na América Latina. O comportamento da tendência das taxas de incidência se difere ao encontrado na maioria dos países e o comportamento da tendência das taxas de mortalidade acompanha o padrão mundial. A leucemia em crianças é considerada uma doença curável, porém as taxas de sobrevida encontradas estão bem abaixo do esperado. Esta análise com dados do registro de câncer de base populacional mostra o panorama da leucemia em crianças no município de São Paulo. Estes resultados poderão ser utilizados desde a gestão dos serviços de saúde, a dar suporte a pesquisas futuras, sobre etiologia da doença. / Introduction: Leukemia is the most common type of cancer in children 0-14 years old. Studies show that, in several countries around the world, incidence rates are increasing, or remain stable, and that, on the other hand, mortality rates are decreasing. In developed countries, leukemia is considered a curable disease, with survival rates above 80%. Objectives: To describe the epidemiology of childhood leukemia in the city of São Paulo from 1997 to 2013, analyzing trends in incidence and mortality, and survival rates, according to sex, age group, type of leukemia and administrative region. Methods: Crude and adjusted rates of incidence and mortality were calculated according to sex and age. Polynomial regression models were estimated and the Annual Percentual Change (APC) of the incidence and mortality rates were calculated. It was estimated the non-parametric Kaplan-Meier limit product estimator and the logrank test was used to compare the survival curves. The Cox proportional hazards model was constructed to estimate the hazard ratios of each study variable. Results: A total of 2028 new cases and 660 deaths by leukemias were recorded in children aged 0 to 14 years, in the city of São Paulo, during the period studied. The incidence rate was 49.8 cases per 1 million children and the mortality rate was 15.7 deaths per 1 million children, which most frequent being the acute lymphoid leukemia subtype among males in the age group of 0 to 4 years old, living in the Southeast region of the city of São Paulo. In the period from 1997 to 2013, the incidence rate by leukemia in children in the city of São Paulo decreased (APC = -2.7%). The overall mortality rate remained stable, and decreased to some specific characteristics, such as for males (APC = -1.9%) and for the acute myeloid leukemia subtype (APC = -1.8% ). Survival rates were 86%, 73% and 68%, respectively, after 12, 36 and 60 months, below of those observed in developed countries. Conclusion: The percentages and mortality and incidence rates by leukemia in children in the city of São Paulo are similar to those found in Latin America. The trends of incidence rates differs from that found in most countries and the trends of mortality rates follows the world standard. Leukemia in children is considered a curable disease, but the survival rates found are below of the developed countries. This analysis with data from the population-based cancer registry shows the picture of leukemia in children in the city of São Paulo. These results can be used since the management of the health services, to support future research on the etiology of the disease.
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Tendências da incidência e da Mortalidade do câncer de estômago no município de São Paulo / Trends in stomach cancer incidence and mortality in Sao PauloTahara, Emi Igarashi 09 March 2015 (has links)
INTRODUÇÃO: o câncer de estômago já foi, mundialmente, a neoplasia com maior ocorrência na população. Ao longo das décadas, a incidência deste câncer apresenta tendência de decréscimo significativo, sendo que, atualmente, é o quinto tumor maligno mais frequente no mundo. A mortalidade não acompanhou a tendência de decréscimo na mesma velocidade e ainda é considerada a terceira principal causa de morte por câncer. O Brasil acompanhou a tendência mundial, registrando o declínio significativo da incidência e da mortalidade. O município de São Paulo apresenta as mais altas taxas de incidência e mortalidade do país. Apesar disso, existem poucos estudos de tendências de incidência dessa neoplasia para São Paulo e este é o primeiro estudo que investiga as tendências de incidência e mortalidade por sexo, por faixas etárias e por tipo histológico. OBJETIVO: analisar as tendências dos coeficientes de incidência e mortalidade do câncer de estômago, segundo sexo, faixa etária e tipo histológico pela classificação de Lauren. MÉTODOS: estudo ecológico de séries temporais. Foram analisados os novos casos de câncer de estômago, diagnosticados no período de 1997 a 2011, no município de São Paulo, cadastrados no Registro de Câncer de Base Populacional de São Paulo, e os óbitos por câncer de estômago do período de 1980 a 2011, de residentes no Município de São Paulo, obtidos do site do Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde (DATASUS) do Ministério da Saúde. Foram feitas análises de séries temporais por sexo, faixa etária e tipo histológico utilizando a classificação de Lauren. Os coeficientes brutos e padronizados foram calculados e utilizados nas análises de tendências, através dos modelos de regressão linear e do cálculo da mudança percentual anual (APC). RESULTADOS: foram analisados 24.512 casos incidentes e 31.215 óbitos. Houve redução da incidência (APC -8,3 por cento em homens e -6,5 por cento em mulheres) e da mortalidade (APC -2,3 por cento em homens e -2,5 por cento em mulheres). Houve tendência de queda em todas as faixas etárias, com exceção da faixa etária mais jovem (20-29 anos), que apresentou estabilidade da incidência e da mortalidade. A estabilidade na faixa etária mais jovem também foi identificada nos tipos intestinal e difuso. O tipo difuso apresentou estabilidade também nas faixas etárias: 30-39, 40-49 e 80 anos do sexo feminino. CONCLUSÃO: São Paulo acompanhou a tendência mundial de decréscimo na incidência e na mortalidade, entretanto, a mesma tendência não foi observada entre adultos jovens, principalmente a faixa etária de 20 a 29 anos. Atenção especial deve ser dada ao tipo difuso, que não apresentou queda na tendência de incidência do câncer de estômago para as mulheres de 20 a 49 anos. / INTRODUCTION: the stomach cancer was once considered as the most incident neoplasm worldwide. Over the decades, the stomach cancer incidence has been showing a significant decreasing trend, and is currently the fifth most common malignancy in the world. Mortality has not followed this decreasing trend at the same speed and is still considered the third leading cause of cancer death. Brazil follows this global trend, having a significant decline both in incidence and mortality. Across the regions of Brazil, the city of São Paulo has one of the highest incidence and mortality rates. Nevertheless, there are few studies on trends of this neoplasm in Sao Paulo and this is the first study to investigate the trends of incidence and mortality by sex, age group and histological type. OBJECTIVE: to analyze the trends in stomach cancer incidence and mortality, according to gender, age group and histological type of Lauren\'s classification. METHODS: this is an ecological time-series study. We analyzed the new cases of stomach cancer diagnosed between 1997 and 2011 in São Paulo registered in the Population Based Cancer Registry of São Paulo and deaths from stomach cancer from 1980 to 2011, in the city of São Paulo, obtained from the Ministry of Health website - Department of the Unified Health System (DATASUS). Time series analyzes were performed by gender, age group and histological type using the Lauren classification of intestinal-type and diffuse type. Crude and agestandardized rates were calculated and used in time trend analysis, through linear regression models and the annual percentage change (APC). RESULTS: we analyzed 24,512 incident cases and 31,215 deaths. There was a reduction in the incidence (APC -8.3 per cent men and -6.5 per cent women) and mortality (APC -2.3 per cent men and 2.5 per cent women). A decreasing trend was observed for all age groups, except for the youngest (20-29 years) for which stability was observed. Both intestinal and diffuse types remained stable in the youngest age group. The diffuse type was stable also in the age groups: 30-39, 40-49 and 80 years female. CONCLUSION: São Paulo followed the global trend of decrease in incidence and mortality, however, the same trend was not observed among young adults, especially the age group 20-29 years. Special attention should be given to diffuse type that showed no reduction in the incidence trend of stomach cancer for women 20-49 years female.
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Epidemiologia das Leucemias Infantis de 1997 a 2013, São Paulo, Brasil / Not AvailableFranciane Figueiredo da Silva 07 February 2019 (has links)
Introdução: A leucemia é o tipo mais comum de câncer em crianças de 0 a 14 anos. Estudos apontam que, em diversos países do mundo, as taxas de incidência estão aumentando, ou se mantêm estáveis, e que, por outro lado, as taxas de mortalidade estão caindo. Em países desenvolvidos, a leucemia é considerada uma doença curável, possuindo taxas de sobrevida superiores a 80%. Objetivos: Descrever a epidemiologia da leucemia na infância no município de São Paulo, no período de 1997 a 2013, analisando as tendências de incidência e mortalidade, e as taxas de sobrevida, segundo sexo, faixa etária, tipo de leucemia e região administrativa. Métodos: As taxas brutas e ajustadas de incidência e mortalidade foram calculadas segundo sexo e idade. Foram estimados modelos de regressão polinomial e calculados os percentuais anuais de mudança (Annual Percentual Change, APC) das taxas de incidência e mortalidade. Foi calculado o estimador não paramétrico produto limite de Kaplan-Meier e utilizado o teste de logrank para comparação das curvas de sobrevida. Foi construído o modelo de riscos proporcionais de Cox para estimar as hazard ratios de cada variável de estudo. Resultados: Foram contabilizados 2028 casos novos e 660 óbitos por leucemias, em crianças de 0 a 14 anos, no município de São Paulo, no período estudado. A taxa de incidência foi de 49,8 casos por 1 milhão de crianças e a taxa de mortalidade foi de 15,7 óbitos por 1 milhão de crianças, sendo mais frequente o subtipo leucemia linfoide aguda, entre o sexo masculino, na faixa etária de 0 a 4 anos. No período de 1997 a 2013, a taxa de incidência por leucemia em crianças no município de São Paulo foi decrescente (APC= -2,7%). Já a taxa de mortalidade, no geral, se manteve estável, mas foi decrescente para algumas características específicas, tais como, para sexo masculino (APC= -1,9%) e para o subtipo das leucemias mieloides agudas (APC= -1,8%). As taxas de sobrevida foram de 86%, 73% e 68%, respectivamente, após 12, 36 e 60 meses, bem abaixo do que se observa nos países desenvolvidos. Conclusão: Os percentuais e taxas de mortalidade e incidência da leucemia em crianças no município de São Paulo se assemelham aos valores encontrados na América Latina. O comportamento da tendência das taxas de incidência se difere ao encontrado na maioria dos países e o comportamento da tendência das taxas de mortalidade acompanha o padrão mundial. A leucemia em crianças é considerada uma doença curável, porém as taxas de sobrevida encontradas estão bem abaixo do esperado. Esta análise com dados do registro de câncer de base populacional mostra o panorama da leucemia em crianças no município de São Paulo. Estes resultados poderão ser utilizados desde a gestão dos serviços de saúde, a dar suporte a pesquisas futuras, sobre etiologia da doença. / Introduction: Leukemia is the most common type of cancer in children 0-14 years old. Studies show that, in several countries around the world, incidence rates are increasing, or remain stable, and that, on the other hand, mortality rates are decreasing. In developed countries, leukemia is considered a curable disease, with survival rates above 80%. Objectives: To describe the epidemiology of childhood leukemia in the city of São Paulo from 1997 to 2013, analyzing trends in incidence and mortality, and survival rates, according to sex, age group, type of leukemia and administrative region. Methods: Crude and adjusted rates of incidence and mortality were calculated according to sex and age. Polynomial regression models were estimated and the Annual Percentual Change (APC) of the incidence and mortality rates were calculated. It was estimated the non-parametric Kaplan-Meier limit product estimator and the logrank test was used to compare the survival curves. The Cox proportional hazards model was constructed to estimate the hazard ratios of each study variable. Results: A total of 2028 new cases and 660 deaths by leukemias were recorded in children aged 0 to 14 years, in the city of São Paulo, during the period studied. The incidence rate was 49.8 cases per 1 million children and the mortality rate was 15.7 deaths per 1 million children, which most frequent being the acute lymphoid leukemia subtype among males in the age group of 0 to 4 years old, living in the Southeast region of the city of São Paulo. In the period from 1997 to 2013, the incidence rate by leukemia in children in the city of São Paulo decreased (APC = -2.7%). The overall mortality rate remained stable, and decreased to some specific characteristics, such as for males (APC = -1.9%) and for the acute myeloid leukemia subtype (APC = -1.8% ). Survival rates were 86%, 73% and 68%, respectively, after 12, 36 and 60 months, below of those observed in developed countries. Conclusion: The percentages and mortality and incidence rates by leukemia in children in the city of São Paulo are similar to those found in Latin America. The trends of incidence rates differs from that found in most countries and the trends of mortality rates follows the world standard. Leukemia in children is considered a curable disease, but the survival rates found are below of the developed countries. This analysis with data from the population-based cancer registry shows the picture of leukemia in children in the city of São Paulo. These results can be used since the management of the health services, to support future research on the etiology of the disease.
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Epidemiologia e distribuiÃÃo espacial da mortalidade relacionada à doenÃa de Chagas no Brasil, 1999 a 2007 / Epidemiology and spatial distribution of mortality related to Chagas disease in Brazil from 1999 to 2007Francisco RogerlÃndio Martins de Melo 17 October 2011 (has links)
A doenÃa de Chagas continua sendo uma DoenÃa Tropical Negligenciada e um problema de saÃde pÃblica, com significativas implicaÃÃes socioeconÃmicas na maioria dos paÃses latinoamericanos, incluindo o Brasil. Objetivou-se caracterizar a magnitude e os padrÃes da mortalidade relacionada à doenÃa de Chagas no Brasil. Foi realizado estudo descritivo e analÃtico com dados de mortalidade obtidos do Sistema de InformaÃÃo sobre Mortalidade do MinistÃrio da SaÃde (SIM/DATASUS/MS), alÃm de anÃlise espacial utilizando os municÃpios como unidades de observaÃÃo. Foram analisados todos os Ãbitos ocorridos no Brasil entre 1999 e 2007, nos quais a doenÃa de Chagas foi mencionada como causa bÃsica ou associada de morte. Foram calculados os coeficientes de mortalidade especÃficos e a mortalidade proporcional para analisar as tendÃncias temporais por meio de regressÃo polinomial. Investigaram-se os fatores associados ao Ãbito pela doenÃa de Chagas, comparando-os com os Ãbitos gerais. Foram descritas as causas de morte que frequentemente se associaram com a doenÃa de Chagas. Para anÃlise de autocorrelaÃÃo espacial foram utilizados os mÃtodos: Moran global, Getis-Ord General G, Moran local e estatÃstica Gi*. Entre 1999 e 2007, ocorreram 53.930 Ãbitos relacionados à doenÃa de Chagas no Brasil (44.543 como causa bÃsica e 9.387 como causa associada), com coeficiente mÃdio de mortalidade de 3,78/100.000 habitantes e mortalidade proporcional de 0,6%. Durante o perÃodo de estudo, a mortalidade apresentou tendÃncia de declÃnio a nÃvel nacional (p=0,011), porÃm com padrÃes diferenciados entre as regiÃes. Observou-se reduÃÃo da mortalidade nas regiÃes Centro-Oeste (p=0,001), Sudeste (p=0,007) e Sul (p=0,028), mas a regiÃo Nordeste apresentou tendÃncia de crescimento (p=0,047) e a regiÃo Norte apresentou tendÃncia de estabilidade (p=0,309). Na anÃlise multivariada foram independentemente associados à mortalidade: idade >30 anos (OR ajustada=10,60; IC 95%: 9,90-11,33; p<0,001); residir nos estados de Minas Gerais, GoiÃs e Distrito Federal (OR ajustada=4,89; IC 95%: 4,81-4,98; p<0,001); nÃo morar em capital de estado (OR ajustada=1,04; IC 95%: 1,02-1,06; p<0,001) e sexo masculino (OR ajustada=1,02; IC 95%: 1,00-1,03; p=0,045). As principais causas associadas à doenÃa de Chagas como causa bÃsica foram as complicaÃÃes diretas do envolvimento cardÃaco, como os transtornos de conduÃÃo/arritmias (41,4%) e a insuficiÃncia cardÃaca (37,7%). As doenÃas cerebrovasculares (13,2%), isquÃmicas do coraÃÃo (13,2%) e hipertensivas (9,3%) foram as principais causas bÃsicas nos Ãbitos em que a doenÃa de Chagas foi causa associada. A anÃlise espacial identificou um extenso agregado espacial (cluster) de alto risco para mortalidade relacionada à doenÃa de Chagas envolvendo oito estados na regiÃo central do Brasil e mais quatro clusters menores. Apesar do declÃnio da mortalidade relacionada à doenÃa de Chagas no Brasil, esta continua sendo uma importante causa de morte em Ãreas endÃmicas e com marcantes diferenÃas regionais. Com o declÃnio da transmissÃo vetorial, as deficiÃncias no sistema pÃblico para a prevenÃÃo, controle e tratamento da doenÃa de Chagas, principalmente nas regiÃes Norte e Nordeste, precisam ser superadas. O desafio à garantir acesso adequado aos serviÃos de saÃde e assistÃncia social para o grande nÃmero de indivÃduos com doenÃa de Chagas na fase crÃnica que se acumularam durante as Ãltimas dÃcadas. / Chagasâ disease is a Neglected Tropical Disease and a public health problem with significant socioeconomic implications in most Latin American countries, including Brazil. This study aimed to characterize the magnitude and patterns of mortality associated with Chagas disease in Brazil. A descriptive and analytical study was performed based on mortality data obtained from the Mortality Information System of the Ministry of Health (SIM/DATASUS/MS), and a spatial analysis with municipalities as the unit of observation. We studied all deaths occurring in Brazil from 1999 to 2007, where Chagasâ disease was mentioned as underlying or associated cause of death. We calculated mortality rates and proportional mortality and described time trends, using polynomial regression. Factors associated with death from Chagasâ disease were identified, as compared to deaths by other causes. We also described causes of death frequently associated with Chagas disease. For spatial analysis we used the following methods: Global Moran, Getis-Ord General G, local Moran and Gi* statistic. Between 1999 and 2007, 53,930 deaths occurred related to Chagas disease in Brazil (44,543 as underlying cause of death, and 9.387 as associated cause), with a mean mortality of 3.78/100,000/year, and a proportional mortality of 0.6%. Mortality showed a declining trend at national level (p=0.011), but with different patterns between regions. There was a reduction of mortality in the Central West (p=0.001), Southeast (p=0.007) and South (p=0.028), whereas the Northeast showed an increasing trend (p=0.047), and the North a tendency of stabilization (p=0.309). In multivariable analysis, factors independently associated with mortality were: age >30 years (adjusted OR = 10.60; 95% CI: 9.90-11.33, p <0.001); residence in the states of Minas Gerais, GoiÃs and Distrito Federal (adjusted OR = 4.89; 95% CI: 4.81-4.98, p <0.001); not living in a state capital (adjusted OR = 1.04; 95% CI: 1,02-1,06; p<0,001); and male sex (adjusted OR=1.02; 95% CI: 1,00-1,03; p=0,045). The main conditions associated with Chagas disease as underlying cause of death were cardiac complications, such as conduct disorders/arrhythmias (41.4%) and heart failure (37.7%). Cerebrovascular complications(13.2%), ischemic heart disease (13.2%) and hypertensive disorders (9.3%) were the main underlying causes of death in which Chagasâ disease was an associated cause. Spatial analysis identified a major cluster of high risk for mortality related to Chagasâ disease involving eight states in the central region of Brazil, and four smaller clusters of high risk in the surrounding area. Despite the decline in mortality associated with Chagasâ disease in Brazil, the disease remains an important cause of death in endemic areas and with marked regional differences. With decreasing importance of vector-borne transmission, the deficiencies of the public system in prevention, control and treatment of Chagas disease, mainly in North and Northeast regions, remain a challenge. Adequate access to health services and social assistance need to be guaranteed for the large number of individuals with chronic Chagasâ disease that have accumulated during the last decades.
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Tendências da incidência e da Mortalidade do câncer de estômago no município de São Paulo / Trends in stomach cancer incidence and mortality in Sao PauloEmi Igarashi Tahara 09 March 2015 (has links)
INTRODUÇÃO: o câncer de estômago já foi, mundialmente, a neoplasia com maior ocorrência na população. Ao longo das décadas, a incidência deste câncer apresenta tendência de decréscimo significativo, sendo que, atualmente, é o quinto tumor maligno mais frequente no mundo. A mortalidade não acompanhou a tendência de decréscimo na mesma velocidade e ainda é considerada a terceira principal causa de morte por câncer. O Brasil acompanhou a tendência mundial, registrando o declínio significativo da incidência e da mortalidade. O município de São Paulo apresenta as mais altas taxas de incidência e mortalidade do país. Apesar disso, existem poucos estudos de tendências de incidência dessa neoplasia para São Paulo e este é o primeiro estudo que investiga as tendências de incidência e mortalidade por sexo, por faixas etárias e por tipo histológico. OBJETIVO: analisar as tendências dos coeficientes de incidência e mortalidade do câncer de estômago, segundo sexo, faixa etária e tipo histológico pela classificação de Lauren. MÉTODOS: estudo ecológico de séries temporais. Foram analisados os novos casos de câncer de estômago, diagnosticados no período de 1997 a 2011, no município de São Paulo, cadastrados no Registro de Câncer de Base Populacional de São Paulo, e os óbitos por câncer de estômago do período de 1980 a 2011, de residentes no Município de São Paulo, obtidos do site do Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde (DATASUS) do Ministério da Saúde. Foram feitas análises de séries temporais por sexo, faixa etária e tipo histológico utilizando a classificação de Lauren. Os coeficientes brutos e padronizados foram calculados e utilizados nas análises de tendências, através dos modelos de regressão linear e do cálculo da mudança percentual anual (APC). RESULTADOS: foram analisados 24.512 casos incidentes e 31.215 óbitos. Houve redução da incidência (APC -8,3 por cento em homens e -6,5 por cento em mulheres) e da mortalidade (APC -2,3 por cento em homens e -2,5 por cento em mulheres). Houve tendência de queda em todas as faixas etárias, com exceção da faixa etária mais jovem (20-29 anos), que apresentou estabilidade da incidência e da mortalidade. A estabilidade na faixa etária mais jovem também foi identificada nos tipos intestinal e difuso. O tipo difuso apresentou estabilidade também nas faixas etárias: 30-39, 40-49 e 80 anos do sexo feminino. CONCLUSÃO: São Paulo acompanhou a tendência mundial de decréscimo na incidência e na mortalidade, entretanto, a mesma tendência não foi observada entre adultos jovens, principalmente a faixa etária de 20 a 29 anos. Atenção especial deve ser dada ao tipo difuso, que não apresentou queda na tendência de incidência do câncer de estômago para as mulheres de 20 a 49 anos. / INTRODUCTION: the stomach cancer was once considered as the most incident neoplasm worldwide. Over the decades, the stomach cancer incidence has been showing a significant decreasing trend, and is currently the fifth most common malignancy in the world. Mortality has not followed this decreasing trend at the same speed and is still considered the third leading cause of cancer death. Brazil follows this global trend, having a significant decline both in incidence and mortality. Across the regions of Brazil, the city of São Paulo has one of the highest incidence and mortality rates. Nevertheless, there are few studies on trends of this neoplasm in Sao Paulo and this is the first study to investigate the trends of incidence and mortality by sex, age group and histological type. OBJECTIVE: to analyze the trends in stomach cancer incidence and mortality, according to gender, age group and histological type of Lauren\'s classification. METHODS: this is an ecological time-series study. We analyzed the new cases of stomach cancer diagnosed between 1997 and 2011 in São Paulo registered in the Population Based Cancer Registry of São Paulo and deaths from stomach cancer from 1980 to 2011, in the city of São Paulo, obtained from the Ministry of Health website - Department of the Unified Health System (DATASUS). Time series analyzes were performed by gender, age group and histological type using the Lauren classification of intestinal-type and diffuse type. Crude and agestandardized rates were calculated and used in time trend analysis, through linear regression models and the annual percentage change (APC). RESULTS: we analyzed 24,512 incident cases and 31,215 deaths. There was a reduction in the incidence (APC -8.3 per cent men and -6.5 per cent women) and mortality (APC -2.3 per cent men and 2.5 per cent women). A decreasing trend was observed for all age groups, except for the youngest (20-29 years) for which stability was observed. Both intestinal and diffuse types remained stable in the youngest age group. The diffuse type was stable also in the age groups: 30-39, 40-49 and 80 years female. CONCLUSION: São Paulo followed the global trend of decrease in incidence and mortality, however, the same trend was not observed among young adults, especially the age group 20-29 years. Special attention should be given to diffuse type that showed no reduction in the incidence trend of stomach cancer for women 20-49 years female.
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Mortalidade relacionada Ãs doenÃas tropicais negligenciadas no Brasil, 2000-2011: magnitude, padrÃes espaÃo-temporais e fatores associados. / Mortality related to neglected tropical diseases in Brazil, 2000-2011: magnitude, spatio-temporal patterns and associated factorsFrancisco RogerlÃndio Martins de Melo 14 August 2015 (has links)
nÃo hà / O Brasil à responsÃvel pela maior parte da carga de doenÃa relacionada Ãs DoenÃas Tropicais Negligenciadas (DTNs) na AmÃrica Latina. Foram analisadas as tendÃncias temporais, padrÃes espaÃo-temporais e fatores associados à mortalidade relacionada Ãs DTNs no Brasil. Foi realizada uma sÃrie de estudos ecolÃgicos baseados em dados secundÃrios de mortalidade provenientes do Sistema de InformaÃÃes sobre Mortalidade. Foram incluÃdos todos os Ãbitos relacionados Ãs DTNs registrados no Brasil no perÃodo de 2000 a 2011. A tese foi organizada em sete eixos temÃticos de acordo com suas especificidades metodolÃgicas e doenÃas analisadas: tendÃncias temporais e padrÃes espaÃo-temporais da mortalidade relacionada ao grupo de DTNs (Eixo 1) e DTNs especÃficas com elevado impacto de mortalidade no Brasil (esquistossomose, hansenÃase, neurocisticercose, leishmaniose visceral e coinfecÃÃo leishmaniose visceral e HIV/aids) (Eixos 2 a 6); anÃlise dos fatores socioeconÃmicos, demogrÃficos, ambientais/climÃticos e de assistÃncia à saÃde associados à mortalidade relacionada Ãs DTNs em nÃvel municipal no Brasil, utilizando modelos de regressÃo linear multivariada e regressÃo espacial local (Eixo 7). No perÃodo de estudo, 12.491.280 Ãbitos foram registrados no Brasil. Foram identificadas 100.814 (0,81%) declaraÃÃes de Ãbitos em que pelo menos uma causa de morte relacionada Ãs DTNs foi mencionada. A doenÃa de Chagas foi a DTN mais mencionada (72.827; 72,0%), seguido pela esquistossomose (8.756; 8,7%) e hansenÃase (7.732; 7,6%). O coeficiente mÃdio padronizado de mortalidade foi de 5,67 Ãbitos/100.000 habitantes (intervalo de confianÃa de 95% [IC 95%]: 5,56-5,77). Os maiores coeficientes de mortalidade foram observados em pessoas do sexo masculino, com ≥70 anos de idade, raÃa/cor preta e residente na regiÃo Centro-Oeste. Os coeficientes de mortalidade apresentaram tendÃncia de declÃnio significativo em nÃvel nacional no perÃodo (variaÃÃo percentual anual [APC]: -2,1%; IC 95%: -2,8; -1,3), com diminuiÃÃo da mortalidade nas regiÃes Sudeste, Sul e Centro-Oeste, aumento na regiÃo Norte e estabilidade na regiÃo Nordeste. Foram identificados clusters de alto risco em todas as regiÃes brasileiras, destacando-se um cluster que abrange uma ampla Ãrea geogrÃfica na regiÃo central do Brasil. A anÃlise de regressÃo linear multivariada mostrou uma associaÃÃo global positiva entre a mortalidade relacionada Ãs DTNs e a taxa de urbanizaÃÃo, migraÃÃo, Ãndice de Gini, taxa de desemprego, saneamento inadequado, populaÃÃo de raÃa/cor preta, cobertura do Programa Bolsa FamÃlia e temperatura, enquanto houve uma relaÃÃo negativa com a renda domiciliar, densidade de mÃdicos, extrema pobreza, densidade domiciliar, umidade e precipitaÃÃo. Os resultados da RegressÃo Geograficamente Ponderada (GWR) indicaram variaÃÃes espaciais significativas em todas as associaÃÃes entre as variÃveis explicativas e a mortalidade por DTNs ao longo de todo o paÃs, em que cada fator ecolÃgico teve efeito diferente sobre a mortalidade em diferentes regiÃes brasileiras. As DTNs continuam sendo importantes causas de morte prevenÃveis e um problema de saÃde pÃblica no Brasil. A sobreposiÃÃo geogrÃfica e as Ãreas de alto risco para Ãbitos relacionados Ãs DTNs chamam atenÃÃo para implementaÃÃo de medidas integradas de controle nas Ãreas com maior morbidade e mortalidade. A distribuiÃÃo espacial da mortalidade relacionada Ãs DTNs nos municÃpios brasileiros està correlacionada com indicadores socioeconÃmicos, demogrÃficos e ambientais/climÃticos, com variaÃÃes geogrÃficas significativas. EstratÃgias locais abrangentes e medidas de prevenÃÃo e controle para DTNs devem ser formuladas de acordo com essas caracterÃsticas nas regiÃes endÃmicas brasileiras. / Brazil accounts for most of the disease burden related to Neglected Tropical Diseases (NTDs) in Latin America. We analyzed temporal trends, spatiotemporal patterns and associated factors to NTD-related mortality in Brazil. We performed a series of ecological studies based on secondary mortality data from the Mortality Information System. We included all NTD-related deaths recorded in Brazil from 2000 to 2011. The thesis is organized into seven Thematic Axes according to their methodological characteristics and diseases analyzed: Time trends and spatiotemporal patterns of mortality related to NTDsâ group (Axis 1) and specific NTDs with high mortality impact in Brazil (schistosomiasis, leprosy, neurocysticercosis, visceral leishmaniasis, and visceral leishmaniasis and HIV/AIDS co-infection) (Axes 2 to 6); analysis of socioeconomic, demographic, environmental and health care ecological factors associated with the NTD-related mortality at municipal level in Brazil, using multivariate linear regression and local spatial regression models (Axis 7). During the study period, 12,491,280 deaths were recorded in Brazil. We identified 100,814 (0.81%) death certificates in which at least one cause of death related to NTDs was mentioned. Chagas disease was the most commonly mentioned NTD (72,827; 72.0%), followed by schistosomiasis (8,756, 8.7%) and leprosy (7,732; 7.6%). The average annual age-adjusted mortality rate was 5.67 deaths/100.000 inhabitants (95% confidence interval [95% CI]: 5.56-5.77). The highest mortality rates were observed in males, age group ≥70 years, black race/color and residents in the Central-West region. The mortality rates presented a significant decreasing trend at national level during the period (annual percentage change [APC]: -2.1%; 95% CI: -2.8; -1.3), with decreasing mortality in the Southeast, South and Central-West regions, increase in the North region and stability in the Northeast region. We identified high-risk clusters in all Brazilian regions, highlighting a major cluster covering a wide geographical area in central Brazil. The multivariate linear regression analysis indicated a global positive relationship between NTD-related mortality rates and urbanization, migration, Gini index, unemployment, inadequate sanitation, black population, Bolsa FamÃlia Program coverage and temperature, while there was a negative relationship with household income, density of physicians, extreme poverty, household density, humidity and precipitation. The results of the Geographically Weighted Regression (GWR) models indicated significant spatial variations in all associations between the explanatory variables and NTD-related mortality throughout the country; each ecological factor had a different effect on mortality in the different regions. NTDs remain important causes of preventable death and a public health problem in Brazil. The geographical overlap and areas of high-risk for NTD-related deaths identified call attention to implementation of integrated measures of control in areas with higher morbidity and mortality. The spatial distribution of NTD-related mortality in Brazilian municipalities is correlated with socioeconomic, demographic and environmental/climate factors, with significant geographic variations. Comprehensive local strategies and control and prevention measures for NTDs should be planned according to these characteristics in Brazilian endemic regions.
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Avaliação de coberturas vacinais aos 12 e 24 meses de idade por meio de um sistema informatizado de imunização em Araraquara (SP) / Assessment of vaccine coverage at 12 and 24 months of age using an immunization information system in AraraquaraFerreira, Vinícius Leati de Rossi 18 August 2016 (has links)
Introdução: Nas últimas quatro décadas o Programa Nacional de Imunização (PNI) apresentou grande evolução, alcançando ótimas estimativas de cobertura vacinal calculadas por meio de dados administrativos. Este método, entretanto, não permite o cálculo da proporção de crianças com esquema completo e a avaliação da oportunidade (vacinação na idade preconizada). Sistemas informatizados de imunização (SII) permitem uma avaliação mais acurada da cobertura vacinal. Objetivos: Descrever e avaliar a cobertura vacinal, tanto de vacinas específicas quanto do esquema completo, assim como a oportunidade de vacinação, em crianças aos 12 e 24 meses de idade no Município de Araraquara nascidas entre 1998 e 2013. Métodos: Este estudo de série temporal usou dados de um SII, Sistema Juarez, do Município de Araraquara. Para cada coorte de nascimento, considerou-se o calendário vacinal do PNI vigente. Verificou-se a validade das doses e analisaram-se as coberturas vacinais oportunas e atualizadas para vacinas específicas e esquema completo. As tendências das coberturas vacinais foram analisadas por meio do método Prais-Winsten e a oportunidade do esquema completo foi apresentada por uma adaptação do método Kaplan-Meier. Resultados: Todas as coberturas de vacinas específicas apresentaram tendência crescente aos 12 meses de idade. Aos 24 meses, as coberturas atualizadas apresentaram tendência crescente e as oportunas, estacionárias. As coberturas oportunas e atualizadas do esquema completo no período foram de 62por cento e 84por cento aos 12 meses, respectivamente, e de 41por cento e 78por cento aos 24 meses, e apresentaram tendência estacionária, principalmente por conta da limitação de idade na aplicação da vacina Rotavírus. O método Kaplan-Meier permitiu visualizar que as vacinas aplicadas a partir dos seis meses de idade representam o momento de quedas mais acentuadas nas coberturas e que a introdução de novas vacinas não apresentou efeito negativo constante nas mesmas. As quedas nas coberturas foram mais relacionadas à idade de aplicação da dose do que ao número de doses de uma vacina. A porcentagem de crianças que receberam doses inválidas e com doses em atraso foi menor do que a encontrada na literatura. Conclusões: Este estudo mostrou as potencialidades de um SII numa cidade de médio porte, que permite análises mais complexas e acuradas das coberturas vacinais. / Introduction: The national immunization program (NIP) has improved in the last four decades, reaching high estimates of vaccination coverage calculated by administrative data. However, this method does not allow to assess timeliness, i.e. in the recommended age, and the proportion of children with complete vaccination schedules. Immunization information systems (IIS) enable a more accurate assessment of vaccination coverage. Objectives: To describe and assess vaccination coverage, both the specifics vaccines and the complete vaccination schedule, as well as timeliness of coverage, in children 12 and 24 months old in Araraquara city born between 1998 and 2013. Methods: This time series study used data from an IIS, Juarez System, in Araraquara city. For each birth cohort, it was considered respective NIP vaccination schedules. It was assessed the validity of doses and timely and up-to-date vaccination coverage for specific vaccines and complete schedule. Trends in vaccination coverage were analyzed using the Prais-Winsten method. Timeliness of complete schedule was presented by Kaplan- Meier method. Results: All specific vaccine coverages showed increasing trend at 12 months old. At 24 months, only up-to-date coverages increased. The average coverages of timely and up-to-date complete schedule over the studied period were 62per cent and 84per cent at 12 months old, respectively, and 41per cent and 78per cent at 24 months, and no trend was found, mainly due to strict age limits for receipt of rotavirus vaccine. The Kaplan-Meier method showed that vaccines administered from six months of age caused significant decrease in coverage and the introduction of new vaccines did not present a constant negative effect on the coverage. Recommended age appeared to affect vaccine delay more than number of doses. The proportion of children undervaccinated and who received invalid was lower than in other studies. Conclusions: This study showed the potential of an IIS in the assessment of vaccine coverage in a medium-sized city, presenting more accurate forms of analysis.
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Coinfecção TB-HIV: análise espacial e temporal no município de São Paulo / TB-HIV Coinfection: spatial and temporal analysis in the city of São PauloRoberta Figueiredo Cavalin 22 May 2018 (has links)
Introdução - A tuberculose (TB) e a Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS) são os agravos de origem infecciosa com maior mortalidade no mundo. O vírus da imunodeficiência humana (HIV) compromete o sistema imunológico e favorece o adoecimento por TB e, nesta perspectiva, a coinfecção TB-HIV constitui uma associação potencialmente fatal. Objetivos - Descrever os casos novos de TB coinfectados pelo HIV e analisar os padrões de distribuição espacial e temporal da coinfecção no município de São Paulo. Método - Estudo descritivo, analítico e de série temporal com dados do Sistema de Notificação e Acompanhamento dos Casos de Tuberculose (TBWEB). Foram incluídos todos os casos novos de TB coinfectados pelo HIV residentes no município de São Paulo, no período de 2007 a 2015. Foram calculadas as proporções de infecção pelo HIV entre os casos novos de TB e as taxas anuais de incidência de coinfecção TB-HIV, e a tendência temporal foi analisada por regressão de Prais-Winsten. Casos foram descritos segundo as características sociodemográficas, clínicas e epidemiológicas, e casos com e sem residência fixa foram comparados pelo teste de qui-quadrado de Pearson ou teste exato de Fisher. Casos sem residência fixa foram espacialmente distribuídos segundo o distrito administrativo de tratamento da TB. Casos com residência fixa foram geocodificados pelo endereço de residência, e foram utilizados para o cálculo das taxas brutas de incidência e taxas suavizadas pelo Método Bayesiano Empírico Local. Índices de Moran Global e Local avaliaram a autocorrelação espacial dos dados. O nível de significância adotado foi de 5%. Resultados - Foram analisados 6.092 casos novos de coinfecção TB-HIV: 5.609 indivíduos com residência fixa e 483 sem residência fixa. A proporção de coinfecção TB-HIV variou de 13,7%, em 2007, a 10,5%, em 2015, com queda de 3,0%/ano. A proporção de coinfecção pelo HIV entre casos de TB sem residência fixa foi maior em todo o período, com queda de 4,3%/ano, enquanto na população com residência fixa a diminuição anual foi de 3,3%. As taxas brutas de incidência de coinfecção TB-HIV apresentaram diminuição de 3,6% ao ano, passando de 7,0 em 2007, para 5,3 em 2015 (por 100 mil habitantes/ano). A população coinfectada por TB-HIV alcançou baixas taxas de cura (<60,0%), e o óbito e o abandono foram desfechos de tratamento para uma parcela importante dos casos (>20,0%). O perfil dos indivíduos sem residência fixa diferiu em alguns aspectos daqueles com residência, e foram, sobretudo, atendidos nas regiões Centro, Oeste e Sudeste do município. A incidência da coinfecção TB-HIV na população com residência fixa apresentou autocorrelação espacial positiva e significativa em todo o período, com um padrão espacial heterogêneo, e com um aglomerado de alto risco na região central do município. Conclusões - A tendência de queda na coinfecção TB-HIV indica importante avanço no controle da TB e do HIV/AIDS entre 2007 e 2015 no município de São Paulo. As análises revelaram áreas que se apresentaram contínua e desigualmente afetadas pelo agravo, e que devem ser priorizadas nas formulações de políticas para o aprimoramento das ações de prevenção e controle da coinfecção TB-HIV. / Introduction - Tuberculosis (TB) and the Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) are the infectious diseases with the highest mortality in the world. Human immunodeficiency virus (HIV) affects the immune system and facilitates the progress to active TB, therefore TB-HIV coinfection is a potentially fatal association. Objectives - Describing the new TB-HIV coinfected cases and analyzing the spatial and temporal patterns of coinfection in the city of São Paulo. Method - Descriptive, analytical and time series study with data from the reporting and monitoring system of TB cases (TBWEB). All new cases of TB with HIV coinfection living in the city of São Paulo were included, in the period from 2007 to 2015. The HIV infection proportions among new TB cases and annual incidence rates of TB-HIV coinfection were calculated, and temporal trends were analyzed by Prais-Winsten regression. The cases were described according to sociodemographic, clinical and epidemiological characteristics, and cases with fixed residence and homeless cases were compared by the Pearson\'s chi-square test or Fisher\'s exact test. Homeless cases were spatially distributed according to the district of TB treatment. Cases with fixed residence were geocoded by the home address, and used to calculate the crude incidence rates and the Empirical Bayes smoothed rates. Global and Local Moran indexes evaluated the spatial autocorrelation. The level of significance was 5%. Results - A total of 6,092 new cases of TB-HIV coinfection were analyzed: 5,609 had fixed residence and 483 were homeless. The proportion of TB-HIV coinfection ranged from 13.7% in 2007 to 10.5% in 2015, with a decrease of 3.0%/year. Coinfection by HIV among homeless TB cases was higher in the entire period, but decreasing 4.3% per year, while in the population with fixed residence the annual decline was equal to 3.3%. The incidence rates of TB-HIV coinfection presented a decrease of 3.6% per year, ranging from 7.0 in 2007 to 5.3 in 2015 (per 100 thousand people/year). The TB-HIV coinfected population achieved low rates of cure (<60.0%), and death and treatment dropout were final outcomes for an important portion of cases (> 20.0%). The profile of homeless cases differed in some aspects from those with a fixed residence, and they were mainly attended in the Central, West and Southeast regions of the city. Incidence rates of TB-HIV coinfection among the population with fixed residence presented positive and significant spatial autocorrelation throughout the period, with a heterogeneous spatial pattern, and a high-risk cluster in the central region of the city. Conclusions - Decreasing trend of TB-HIV coinfection indicates an important advance in TB and HIV/AIDS control from 2007 to 2015 in the city of São Paulo. Spatial and temporal analyzes revealed areas continuously and unequally affected by disease, and should be prioritized for guiding policy formulation in order to improve prevention and control actions of TB-HIV coinfection.
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Coinfecção TB-HIV: análise espacial e temporal no município de São Paulo / TB-HIV Coinfection: spatial and temporal analysis in the city of São PauloCavalin, Roberta Figueiredo 22 May 2018 (has links)
Introdução - A tuberculose (TB) e a Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS) são os agravos de origem infecciosa com maior mortalidade no mundo. O vírus da imunodeficiência humana (HIV) compromete o sistema imunológico e favorece o adoecimento por TB e, nesta perspectiva, a coinfecção TB-HIV constitui uma associação potencialmente fatal. Objetivos - Descrever os casos novos de TB coinfectados pelo HIV e analisar os padrões de distribuição espacial e temporal da coinfecção no município de São Paulo. Método - Estudo descritivo, analítico e de série temporal com dados do Sistema de Notificação e Acompanhamento dos Casos de Tuberculose (TBWEB). Foram incluídos todos os casos novos de TB coinfectados pelo HIV residentes no município de São Paulo, no período de 2007 a 2015. Foram calculadas as proporções de infecção pelo HIV entre os casos novos de TB e as taxas anuais de incidência de coinfecção TB-HIV, e a tendência temporal foi analisada por regressão de Prais-Winsten. Casos foram descritos segundo as características sociodemográficas, clínicas e epidemiológicas, e casos com e sem residência fixa foram comparados pelo teste de qui-quadrado de Pearson ou teste exato de Fisher. Casos sem residência fixa foram espacialmente distribuídos segundo o distrito administrativo de tratamento da TB. Casos com residência fixa foram geocodificados pelo endereço de residência, e foram utilizados para o cálculo das taxas brutas de incidência e taxas suavizadas pelo Método Bayesiano Empírico Local. Índices de Moran Global e Local avaliaram a autocorrelação espacial dos dados. O nível de significância adotado foi de 5%. Resultados - Foram analisados 6.092 casos novos de coinfecção TB-HIV: 5.609 indivíduos com residência fixa e 483 sem residência fixa. A proporção de coinfecção TB-HIV variou de 13,7%, em 2007, a 10,5%, em 2015, com queda de 3,0%/ano. A proporção de coinfecção pelo HIV entre casos de TB sem residência fixa foi maior em todo o período, com queda de 4,3%/ano, enquanto na população com residência fixa a diminuição anual foi de 3,3%. As taxas brutas de incidência de coinfecção TB-HIV apresentaram diminuição de 3,6% ao ano, passando de 7,0 em 2007, para 5,3 em 2015 (por 100 mil habitantes/ano). A população coinfectada por TB-HIV alcançou baixas taxas de cura (<60,0%), e o óbito e o abandono foram desfechos de tratamento para uma parcela importante dos casos (>20,0%). O perfil dos indivíduos sem residência fixa diferiu em alguns aspectos daqueles com residência, e foram, sobretudo, atendidos nas regiões Centro, Oeste e Sudeste do município. A incidência da coinfecção TB-HIV na população com residência fixa apresentou autocorrelação espacial positiva e significativa em todo o período, com um padrão espacial heterogêneo, e com um aglomerado de alto risco na região central do município. Conclusões - A tendência de queda na coinfecção TB-HIV indica importante avanço no controle da TB e do HIV/AIDS entre 2007 e 2015 no município de São Paulo. As análises revelaram áreas que se apresentaram contínua e desigualmente afetadas pelo agravo, e que devem ser priorizadas nas formulações de políticas para o aprimoramento das ações de prevenção e controle da coinfecção TB-HIV. / Introduction - Tuberculosis (TB) and the Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) are the infectious diseases with the highest mortality in the world. Human immunodeficiency virus (HIV) affects the immune system and facilitates the progress to active TB, therefore TB-HIV coinfection is a potentially fatal association. Objectives - Describing the new TB-HIV coinfected cases and analyzing the spatial and temporal patterns of coinfection in the city of São Paulo. Method - Descriptive, analytical and time series study with data from the reporting and monitoring system of TB cases (TBWEB). All new cases of TB with HIV coinfection living in the city of São Paulo were included, in the period from 2007 to 2015. The HIV infection proportions among new TB cases and annual incidence rates of TB-HIV coinfection were calculated, and temporal trends were analyzed by Prais-Winsten regression. The cases were described according to sociodemographic, clinical and epidemiological characteristics, and cases with fixed residence and homeless cases were compared by the Pearson\'s chi-square test or Fisher\'s exact test. Homeless cases were spatially distributed according to the district of TB treatment. Cases with fixed residence were geocoded by the home address, and used to calculate the crude incidence rates and the Empirical Bayes smoothed rates. Global and Local Moran indexes evaluated the spatial autocorrelation. The level of significance was 5%. Results - A total of 6,092 new cases of TB-HIV coinfection were analyzed: 5,609 had fixed residence and 483 were homeless. The proportion of TB-HIV coinfection ranged from 13.7% in 2007 to 10.5% in 2015, with a decrease of 3.0%/year. Coinfection by HIV among homeless TB cases was higher in the entire period, but decreasing 4.3% per year, while in the population with fixed residence the annual decline was equal to 3.3%. The incidence rates of TB-HIV coinfection presented a decrease of 3.6% per year, ranging from 7.0 in 2007 to 5.3 in 2015 (per 100 thousand people/year). The TB-HIV coinfected population achieved low rates of cure (<60.0%), and death and treatment dropout were final outcomes for an important portion of cases (> 20.0%). The profile of homeless cases differed in some aspects from those with a fixed residence, and they were mainly attended in the Central, West and Southeast regions of the city. Incidence rates of TB-HIV coinfection among the population with fixed residence presented positive and significant spatial autocorrelation throughout the period, with a heterogeneous spatial pattern, and a high-risk cluster in the central region of the city. Conclusions - Decreasing trend of TB-HIV coinfection indicates an important advance in TB and HIV/AIDS control from 2007 to 2015 in the city of São Paulo. Spatial and temporal analyzes revealed areas continuously and unequally affected by disease, and should be prioritized for guiding policy formulation in order to improve prevention and control actions of TB-HIV coinfection.
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