Dans les pays du Sud, l'élevage est soumis au défi de l'augmentation de la demande en produits animaux, qui devrait doubler à l'horizon 2050. Parallèlement, face aux changements globaux en cours (climat, démographie et pression sur les ressources, urbanisation), la question de la vulnérabilité des populations qui vivent de l'élevage se pose comme une question de plus en plus forte. Cette thèse se propose d'étudier les systèmes d'élevages pastoraux au regard de ces deux enjeux, de production et de sécurisation, et de répondre à la question suivante : quelles sont les relations entre les moyens de sécurisation mis en place par les campements pastoraux et la gestion technique et économique des troupeaux ? Cette question est traitée pour le cas de la communauté rurale de Tessekre, située dans la réserve sylvo-pastorale du Ferlo, au Sénégal, en zone sahélienne. Cette zone est quasi-exclusivement dédiée à l'élevage pastoral et fournit 25 % de la viande consommée à Dakar. Une approche pluri-disciplinaire a été mise en place, associant des travaux en zootechnie système sur le troupeau et des travaux en socio-économie sur la sécurisation des ménages. Le concept de sécurisation mobilisé dans ce travail se définit comme la capacité à durer sur le long terme en mobilisant différents moyens de sécurisation que sont: l'accumulation des troupeaux ; la diversification des activités et des revenus ; la mobilité à grande distance ; l'organisation de la famille. Dans une première partie du travail, des trajectoires sur le long terme des campements, de leurs activités et de leurs troupeaux ont été établies sur 16 campements. Ces trajectoires ont permis de voir comment étaient combinés les moyens de sécurisation dans les campements et d'établir des profils de sécurisation des campements. Couplées à une analyse statistique de la diversité des systèmes d'activités pour 508 campements de Tessekre, ces étapes ont permis de caractériser la diversité des contributions des troupeaux à la sécurisation. Dans une deuxième partie du travail, un suivi zootechnique de 10 campements a permis de caractériser la conduite technique et la gestion économique des troupeaux pendant une période d'un an. Cette étude a montré que, même une bonne année sur le plan climatique, et même pour des profils sécurisés, il n'y a pas forcément d'épargne réalisée grâce au troupeau. De plus, les troupeaux ovins sont apparus très exploités. Une épargne a pu être réalisée pour une partie seulement des troupeaux bovins ; et, même s'ils sont épargnés, les bovins contribuent à satisfaire les besoins monétaires des campements. De plus, des éléments de conduite technique (gardiennage, grande transhumance au Saloum, opérations des béliers Tabaski) ont été traités et reflètent les contraintes notamment d'organisation de la main d'œuvre familiale auxquels sont soumis les éleveurs. L'étude fine des opérations Tabaski en élevage ovin montre une diversité dans les façons de commercialiser et acheter les mâles alors que la conduite est plus homogène. Seuls les profils sécurisés ont pu mettre en place des opérations de grande ampleur. Dans une dernière partie, c'est un moyen de sécurisation particulier qui a été traité : celui de la mobilité des jeunes migrants à la recherche de diversification. Des entretiens ont été menés avec 12 personnes, dans les campements et en milieu urbain. Ces entretiens révèlent les différences de points de vue au sein du campement notamment en ce qui concerne la commercialisation des animaux : entre jeunes plus attirés par les modes de vie urbains, plus « gaspilleurs » ; et chefs de famille, garants de la sécurisation des campements et plus favorables à l'accumulation des troupeaux. Ce travail permet d'établir des ponts entre la sécurisation des campements, qui est un objet plus habituel des sciences humaines et le troupeau, objet des zootechniciens. / In tropical countries, the livestock sector has to answer to a great challenge: an increase in animal products demand from the markets, which is predicted to double until 2050. Simultaneously, global changes such as climate changes, demographic increase and pressure over natural resources highlight vulnerability issues of rural population depending on livestock activities. Therefore, livestock activities have to face to this double challenge. This thesis proposes to study pastoral livestock systems regarding this double challenge. In this thesis, our aim is to answer to the following question: what are the relations between security means used by pastoral settlements and the technical and economical management of the herds? This question is applied on the rural community of Tessekre, in the sylvopastoral reserve of Ferlo, Senegal. This Sahelian zone of Ferlo is nearly exclusively dedicated to pastoral livestock activities and provides 25 % of the meat consumption of Dakar. A pluri-disciplinary approach is here presented : we associated livestock farming systems approaches to study the herd, to socioeconomic approaches in order to study the security of pastoral settlements. Concept of security used in this thesis is defined as: the ability for pastoral settlements to last over the long term, using four different security means. These security means are: accumulation of the herds, diversification of activities and incomes, long distance mobility; familial organization.In a first step, long term trajectories of settlements, their herds and activities have been established for 16 settlements. It was therefore possible to describe how the means of security were used and combined in the settlements and to establish distinct security profiles. This approach was coupled with a statistical analysis of the diversity of systems of activities of the 508 settlements in Tessekre and resulted in the characterization of the diversity of possible contributions of the herds to settlements security. In a second step, a monitoring of the herds in 10 settlements was realized during one year. This study gave data about technical and economic management of the herds. We showed that, even during a year marked by good climatic conditions, and even for secured profiles, accumulation of the herds was not always possible. High off-take rates of sheep herds were always realized during the year of monitoring. Regarding bovine herds, accumulation was possible for a part of the herds; in all cases, even if they were accumulated, bovine contributed to monetary needs of the settlements. Technical management was studied through several elements: sheepherding, long distance transhumance to Saloum, Tabaski rams sales. This study highlights constraints in the organization of familial workers. The study on Tabaski sales showed a diversity in the ways herders sell and purchase rams, whereas herd technical management is more homogeneous. Only the secured profiles are able to realize Tabaski sales at a great scale. In a third step, a particular security means was studied: the mobility of young migrants looking for diversification. 12 interviews were realized both in the settlements and in Dakar. These interviews revealed the different point of views existing in the settlements, regarding animal sales: the ones of the young more attracted by urban and consumerists ways of life and the ones of the family chieves, more attached to the accumulation of the herds, a warranty for settlement's security.

L'objectif de cette thèse était de construire un modèle de fonctionnement de troupeau de truies qui permette d'explorer l'effet de combinaisons de pratiques d'élevage, cohérentes avec les attentes des éleveurs, sur la production et la répartition des tâches périodiques au cours du temps. Pour y parvenir nous avons réalisé un premier modèle à partir des données de la bibliographie. Ce modèle permet de représenter le fonctionnement des troupeaux de truies quelles que soient la conduite en bandes et la durée de lactation, les deux facteurs les plus importants vis-à-vis du rythme de travail inter hebdomadaire. Il produit des résultats sur la productivité des truies et la répartition des tâches périodiques et permet ainsi de comparer les différentes conduites en bandes sur ces critères. Nous avons soumis le modèle et ses résultats à l'avis d'experts de la filière. Ceux-ci ont proposé d'améliorer i) la représentation des attentes des éleveurs en lien avec les pratiques ; ii) la représentation de la carrière des animaux et son effet sur la productivité. Ceci nous a conduits à réaliser une enquête auprès d'éleveurs et une analyse de la base de données de la Gestion Technique des Troupeaux de Truies. L'enquête a permis d'identifier deux types d'attentes des éleveurs : i) vis-à-vis de la répartition intra hebdomadaire du travail en lien avec les pratiques autour de l'insémination ; ii) vis-à-vis de la productivité des truies en lien avec les pratiques autour de la mise bas. Nous avons aussi identifié une relation entre le nombre de bandes et les pratiques de renouvellement et de réforme. L'analyse de la base de données a fourni les éléments nécessaires à la prise en compte des effets de la carrière sur la productivité des truies, mais aussi des références techniques par type de conduite en bandes qui n'étaient pas disponibles jusqu'alors. L'ensemble de ces résultats nous a permis de proposer la maquette d'un modèle conceptuel qui reprend les bases du premier modèle en y intégrant i) une représentation des attentes des éleveurs reliées à des cohérences de pratiques, ii) une plus grande diversité des pratiques et iii) l'effet des pratiques des éleveurs et de la carrière des truies sur les performances.

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INTRODUCTION La production biologique contribue de façon significative aux défis du développement durable. Les infections à Mycobacterium avium sous-espèce paratuberculosis (MAP), Neospora caninum (NC), au virus de la diarrhée virale bovine (BVD) et au virus de la rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) sont bien reconnues pour affecter de manière significative la production dans les élevages laitiers. Il n’existe toutefois aucune donnée sur l’importance de ces pathogènes dans les troupeaux biologiques. HYPOTHESE Ces quatre pathogènes sont présents dans les troupeaux laitiers biologiques, mais leur prévalence est moindre par rapport à l’élevage conventionnel. OBJECTIFS Estimer les séroprévalences de NC, MAP, BVD, IBR dans les troupeaux laitiers biologiques québécois. MÉTHODOLOGIE Dans la province du Québec, 60 troupeaux laitiers biologiques ont été sélectionnés aléatoirement. Un échantillon sanguin a été prélevé sur 30 vaches adultes, pour l’évaluation de NC et MAP, et sur 5 animaux plus de 6 mois non vaccinés, pour l’évaluation de BVD et IBR. Une détection d’anticorps par ELISA, pour NC et MAP, et par séroneutralisation pour BVD et IBR a été réalisée sur les sérums obtenus. Un questionnaire a été rempli par chaque éleveur. RÉSULTATS La séroprévalence individuelle de NC et MAP, avec un intervalle de confiance de 95%, étaient de 4.1% (3.2%-5.2%) et 0.8% respectivement (0.0%-1.3%). La séroprévalence de troupeau de NC, MAP, BVD, IBR, si au moins un animal est positif dans un troupeau étaient de 50.8%, 20.3%, 37.3%, 31.0% respectivement. Ces séroprévalences étaient de 30.5%, 3.4%, 28.8% et 18.9%, respectivement, si au moins deux animaux sont positifs. La taille du troupeau a un effet significatif sur le statut de BVD (p=0.02) et il y a une bonne corrélation entre le statut BVD et IBR (Kappa-0.54). DISCUSSION/CONCLUSION La séroprévalence individuelle de NC, MAP, IBR semblent être moindre dans les troupeaux laitiers biologiques comparativement au conventionnel. Il ne semble pas y avoir de grandes différences entre la séroprévalence du BVD des troupeaux biologiques et celle des conventionnels. / INTRODUCTION Organic herds are important component of sustainable development. Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP), Neospora caninum (NC), bovine viral diarrhoea (BVD) virus and infectious bovine rhinotracheitis (IBR) virus infections are well known to have major impact on dairy production. However, there are actually no data on the prevalence of these pathogens in organic dairy herds. HYPOTHESIS These four pathogens are present among cattle organic herds but their prevalence is less than among conventional cattle herds. OBJECTIVE To evaluate the seroprevalence of NC, MAP, BVD, IBR in cattle organic herds in Québec province. METHODOLOGY In the province of Québec, 60 organic herds were randomly sampled. Thirty adult cows, to estimate NC and MAP, and 5 unvaccinated animals more than 6 months old, for BVD and IBR, were bled. An ELISA test, for NC and MAP, and seroneutralisation test for BVD and IBR were used to analyse the serum. A questionnaire was filled in by farmers. RESULTS Individual prevalence of NC and MAP (IC=95%) were 4.1% (3.2%-5.2%) and 0.8% (0.0%-1.3%) respectively. Herd level prevalence of NC, MAP, BVD, IBR, based on a herd-test cut point of 1 positive animal, were 50.8%, 20.3%, 37.3%, and 31.0% respectively. Based on a herd-test cut point of 2 positive animals, these prevalence were 30.5%, 3.4%, 28.8% and 18.9% respectively. Herd size was significantly associated with BVD herd prevalence (p=0.02).... There was a good correlation between herd prevalence of BVD and herd prevalence of IBR (Kappa=0.54). DISCUSSION/CONCLUSION Prevalence of NC, MAP, and IBR seem to be less among cattle organic herds than in cattle conventional herds. It seems that there is no difference between prevalence of BVD among organic herds and conventional herds.

INTRODUCTION La production biologique contribue de façon significative aux défis du développement durable. Les infections à Mycobacterium avium sous-espèce paratuberculosis (MAP), Neospora caninum (NC), au virus de la diarrhée virale bovine (BVD) et au virus de la rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) sont bien reconnues pour affecter de manière significative la production dans les élevages laitiers. Il n’existe toutefois aucune donnée sur l’importance de ces pathogènes dans les troupeaux biologiques. HYPOTHESE Ces quatre pathogènes sont présents dans les troupeaux laitiers biologiques, mais leur prévalence est moindre par rapport à l’élevage conventionnel. OBJECTIFS Estimer les séroprévalences de NC, MAP, BVD, IBR dans les troupeaux laitiers biologiques québécois. MÉTHODOLOGIE Dans la province du Québec, 60 troupeaux laitiers biologiques ont été sélectionnés aléatoirement. Un échantillon sanguin a été prélevé sur 30 vaches adultes, pour l’évaluation de NC et MAP, et sur 5 animaux plus de 6 mois non vaccinés, pour l’évaluation de BVD et IBR. Une détection d’anticorps par ELISA, pour NC et MAP, et par séroneutralisation pour BVD et IBR a été réalisée sur les sérums obtenus. Un questionnaire a été rempli par chaque éleveur. RÉSULTATS La séroprévalence individuelle de NC et MAP, avec un intervalle de confiance de 95%, étaient de 4.1% (3.2%-5.2%) et 0.8% respectivement (0.0%-1.3%). La séroprévalence de troupeau de NC, MAP, BVD, IBR, si au moins un animal est positif dans un troupeau étaient de 50.8%, 20.3%, 37.3%, 31.0% respectivement. Ces séroprévalences étaient de 30.5%, 3.4%, 28.8% et 18.9%, respectivement, si au moins deux animaux sont positifs. La taille du troupeau a un effet significatif sur le statut de BVD (p=0.02) et il y a une bonne corrélation entre le statut BVD et IBR (Kappa-0.54). DISCUSSION/CONCLUSION La séroprévalence individuelle de NC, MAP, IBR semblent être moindre dans les troupeaux laitiers biologiques comparativement au conventionnel. Il ne semble pas y avoir de grandes différences entre la séroprévalence du BVD des troupeaux biologiques et celle des conventionnels. / INTRODUCTION Organic herds are important component of sustainable development. Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP), Neospora caninum (NC), bovine viral diarrhoea (BVD) virus and infectious bovine rhinotracheitis (IBR) virus infections are well known to have major impact on dairy production. However, there are actually no data on the prevalence of these pathogens in organic dairy herds. HYPOTHESIS These four pathogens are present among cattle organic herds but their prevalence is less than among conventional cattle herds. OBJECTIVE To evaluate the seroprevalence of NC, MAP, BVD, IBR in cattle organic herds in Québec province. METHODOLOGY In the province of Québec, 60 organic herds were randomly sampled. Thirty adult cows, to estimate NC and MAP, and 5 unvaccinated animals more than 6 months old, for BVD and IBR, were bled. An ELISA test, for NC and MAP, and seroneutralisation test for BVD and IBR were used to analyse the serum. A questionnaire was filled in by farmers. RESULTS Individual prevalence of NC and MAP (IC=95%) were 4.1% (3.2%-5.2%) and 0.8% (0.0%-1.3%) respectively. Herd level prevalence of NC, MAP, BVD, IBR, based on a herd-test cut point of 1 positive animal, were 50.8%, 20.3%, 37.3%, and 31.0% respectively. Based on a herd-test cut point of 2 positive animals, these prevalence were 30.5%, 3.4%, 28.8% and 18.9% respectively. Herd size was significantly associated with BVD herd prevalence (p=0.02).... There was a good correlation between herd prevalence of BVD and herd prevalence of IBR (Kappa=0.54). DISCUSSION/CONCLUSION Prevalence of NC, MAP, and IBR seem to be less among cattle organic herds than in cattle conventional herds. It seems that there is no difference between prevalence of BVD among organic herds and conventional herds.

Ce travail a pour objectif de mieux comprendre l’économie animale dans le monde égéen néolithique. Il s’appuie d’une part sur l’étude archéozoologique de trois sites localisés dans le Péloponnèse et en Macédoine : Kouphovouno, Pigi Athinas et Kryoneri. D’autre part, des analyses de micro-usures ont été réalisées sur les dents d’animaux des assemblages ostéologiques de Kouphovouno, Lerne, Kitsos, Pigi Athinas, Kryoneri et Sitagroi afin de restituer les conditions d’élevage et l’environnement passé. Ces données ont ensuite été intégrées dans une perspective géographique et chronologique plus large, ce qui nous a permis de révéler une adaptation optimale de l’homme au milieu et aux contraintes socio-économiques tant dans les choix d’élevage que dans l’exploitation de la faune elle-même / The objective of this work is to increase our knowledge of animal economy during the Neolithic in the Aegean. This study is uses archaeozoological studies of three settlements located in Peloponnese (Kouphovouno) and Macedonia (Pigi Athinas and Kryoneri) as well as, dental microwear on the animal teeth from six assemblages, Kouphovouno, Lerna, Kitsos, Pigi Athinas, Kryoneri and Sitagroi in order to reconstruct conditions of breeding and the paleoenvironment. These data are then placed in the context of a wider geographical and chronological perspective, what allows us to reveal an optimal adaptation of man to his environment and to socio-economic constraints both in choices of breeding and in exploitation of the fauna itself.

Durant des siècles, la steppe algérienne a été exploitée par des tribus nomades qui vivaient de l'élevage pastoral transhumant des petits ruminants. Fractionnée et déstabilisée par des politiques et des projets inappropriés pendant et après la colonisation française, cette exploitation collective et régulée des parcours a cédé la place à un mode d'exploitation familial concurrentiel. Pour répondre à une demande croissante de viande ovine, consécutive à un fort accroissement démographique, les éleveurs ont accru leurs troupeaux, étendu la céréaliculture fourragère motorisée et multiplié les achats de céréales fourragères. Surchargés, les parcours qui fournissaient l'essentiel de l'alimentation des animaux, ont été dégradés, la transhumance réduite et les petits éleveurs appauvris. Aujourd'hui, l'interdiction de la céréaliculture sur les terres fragiles et la mise en défens des pâturages dégradés sont plus que nécessaires. Elles ne seront cependant ni assez respectées pour protéger ou restaurer la fertilité de la steppe, ni suffisantes pour améliorer les conditions d'existence des agropasteurs, et elles le resteront tant que les ressources inexploitées en terres cultivables et en pâturages de la région n'auront pas été durablement mobilisées pour accroitre et réguler les disponibilités fourragères. Ainsi rendu possible, le développement durable de l'élevage agropastoral dans la steppe serait grandement facilité par l'élaboration et la réalisation participatives d'un ensemble coordonné de programmes et de projets, intégré aux stratégies de développement durable de la région et du pays.

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Le déplacement cohérent dirigé au sein de troupeaux, d’essaims, de nuées, prend place à toutes les échelles du vivant. En cherchant à rationaliser l’émergence de tels mouvements collectifs, les physiciens ont décrit ces assemblées comme des matériaux actifs. Ces matériaux sont formés de constituants auto-propulsés qui se déplacent spontanément dans une direction commune. Cette thèse expérimentale s’appuie sur la réalisation de troupeaux synthétiques pour explorer les propriétés de la matière active polaire dans des situations défavorables à son auto-organisation : leur dynamique en milieux désordonnés et leur réponse à des perturbations externes. Des rouleurs colloïdaux aux interactions d’alignement sont confinés au sein de dispositifs microfluidiques. Au-delà d’une densité seuil, ils forment un troupeau caractérisé par l’émergence d’un ordre en orientation de longue portée. Ces troupeaux colloïdaux font office de prototypes de la matière active polaire. Nous avons étudié la réponse d’un liquide actif polaire assemblé à partir de rouleurs colloïdaux. Nous avons montré que face à une perturbation longitudinale leur réponse est hystérétique. Nous avons expliqué théoriquement ce comportement non-linéaire et l’avons exploité pour réaliser des oscillateurs microfluidiques autonomes. Nous avons également étudié la dynamique de troupeaux colloïdaux qui se propagent dans des environnements hétérogènes. La présence d’obstacles distribués aléatoirement focalise les troupeaux le long de chemins privilégiés qui forment un réseau épars et tortueux. Augmenter le désordre conduit à la destruction du troupeau. Nous avons démontré que la suppression du mouvement collectif consiste en une transition discontinue, générique à tous les matériaux actifs polaires. / Directed collected motion within herds, swarms and flocks, is a phenomenon that takes place at all scales in living systems. Physicists have rationalized the emergence of such collective behavior. They have described these systems as active materials. These materials are assembled from self-propelled units that spontaneously move in the same direction. By experimentally studying synthetic flocks, this work uncovers some properties of polar active materials in situations that disfavor their self-organization: their dynamics in disordered environments and their response to external perturbations. Colloidal rollers with alignment interactions are confined within microfluidic devices. At high density, they spontaneously form a flock which is characterized by the emergence of orientational long-ranged order. These colloidal flocks are prototypical realizations of polar active matter. We have studied the response of a polar active liquid assembled from colloidal rollers. We have shown that they display a hysteretic response to longitudinal perturbations. We have theoretically accounted for this non-linear behavior. We have used this behavior to realize autonomous microfluidic oscillators. We have also studied the dynamics of colloidal flocks that propagate through heterogeneous environments. Randomly positioned obstacles focalize flocks along favored channels that form a sparse and tortuous network. Increasing disorder leads to the destruction of flocks. We have demonstrated that the suppression of collective motion is a discontinuous transition generic to all polar active materials.

La vie en collectivité confère de nombreux avantages, mais aussi des inconvénients avec lesquels l’animal doit s’accommoder. Afin de maintenir la cohésion sociale, les membres d’un groupe doivent donc faire des compromis et résoudre rapidement les conflits d’intérêts. Comprendre comment les individus arrivent à des décisions communes et optimales permet d’en savoir plus sur l’organisation sociale, les patterns de mouvements et l’utilisation de l’habitat de l’espèce. En retour, ces informations sont essentielles au développement de nouvelles stratégies de gestion. Dans ce contexte, je me suis intéressée à la vie de groupe et aux déplacements collectifs chez le bison d’Europe, espèce expérimentant son grand retour sur son continent d’origine. Mes travaux ont pu mettre en évidence que (1) les liens matrilinéaires étaient au cœur de la vie sociale de l’espèce, (2) le bison européen, contrairement à l’idée populaire, était loin d’être un animal strictement forestier et (3) les déplacements de groupe étaient préférentiellement menés par les femelles dominantes les plus âgées et ayant un veau à leur charge. La prise en compte de ces résultats pourrait grandement améliorer la réintroduction et la gestion des populations de bisons et permettre, par là même, une meilleure cohabitation avec l’Homme. / Community life gives many advantages, but also disadvantages with which animal must accommodate. In order to maintain social cohesion, group members must therefore make compromise and resolve quickly conflicts of interest. Understanding how individuals reach common and optimal decisions helps to learn more about the social organization, movement patterns and habitat use of the species. In return, this information is essential to the development of new management strategies. In this context, I was interested in group life and collective movements of the European bison, species which experiencing its great come back on its continent of origin. My works have shown that (1) matrilineal ties were at the core of the species’ social life, (2) the European bison, contrary to popular opinion, was far from a strictly forest animal and (3) group movements were preferentially lead by the oldest dominant females which had a calf. Taking into account these results could be greatly improve the reintroduction and management of bison populations and, thereby, allow a better cohabitation with humans.