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Diversidade do gênero Hypnea (Gigartinales, Rhodophyta) do estado de São Paulo baseada em marcadores moleculares e morfologia / Diversity of the genus Hypnea (Gigartinales, Rhodophyta) from São Paulo State, based on molecular markers and morphologyGuimarães, Natália Rodrigues 13 September 2011 (has links)
O gênero Hypnea J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), com cerca de 67 espécies descritas, apresenta ampla distribuição geográfica pelas costas marinhas de águas quentes ao redor do mundo. Algumas espécies de Hypnea são usadas para a produção de carragenanas, hidrocolóides de grande importância na indústria atual. A taxonomia do gênero é bastante problemática e a identificação das espécies é complicada devido a uma morfologia relativamente simples que muitas vezes é influenciada pelas condições do habitat onde se encontram. Apesar das revisões regionais já realizadas, o número certo de espécies e o status de algumas delas permanece em dúvida. Estudos moleculares já foram realizados com o gênero Hypnea principalmente para região da Ásia. A técnica do \"DNA barcoding\" tem sido testada em Rhodophyta com sucesso para identificação rápida de espécies, utilizando a região 5´ do gene mitocondrial da citocromo c oxidase subunidade I, o marcador cox1. Outro marcador recentemente testado como \"DNA barcode\" é o domínio V do gene plastidial 23S, o marcador UPA. Além destes, o marcador plastidial rbcL tem sido utilizado como ferramenta para estudos filogenéticos do gênero Hypnea. No presente trabalho, foram sequenciadas para o marcador cox1, 49 amostras provenientes do no litoral do estado de São Paulo, uma amostra proveniente do estado do Rio de Janeiro e cinco amostras mantidas em cultura provenientes dos litorais dos estados de São Paulo e Espírito Santo. Foram identificados seis grupos taxonômicos diferentes segundo o marcador cox1. Representantes de cada um desses grupos foram sequenciados para os marcadores UPA e rbcL. A divergência interespecífica encontrada entre as amostras sequenciadas neste estudo para o marcador cox1 foi 62 - 100 pb (10,1 - 16,3%); para o marcador UPA foi 9 - 16 pb (2,5-4,4%) e para o marcador rbcL foi 42 - 88 pb (3,2 - 6,7%). As divergências intraespecíficas das amostras obtidas neste estudo foram, 0 - 5 pb (0 - 0,9 %) para o marcador cox1, 0 - 1pb (0 - 0,3%) para o marcador UPA e 0 - 6 pb (0 - 0,5%) para o marcador rbcL. As divergências observadas corroboram a existência de seis entidades taxonômicas diferentes. Após análise da morfologia e comparação com sequências disponíveis no GenBank as espécies do gênero Hypnea foram nomeadas como: H. cervicornis, H.flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp.1 e Hypnea sp.2. Sendo a espécie Hypnea flexicaulis a primeira citação para o Oceano Atlântico. Baseado nos estudos moleculares e morfológicos, concluímos que a espécie H. nigrescens, anteriormente citada para o Estado de São Paulo, é na verdade uma variação morfológica de H. musciformis. Ainda, concluímos que as espécies de H. cervicornis e H. spinella não devem ser colocadas em sinonímia uma vez que suas características morfológicas e as diferenças nas sequências obtidas através dos três marcadores utilizados mostram que são duas espécies distintas / The genus J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), comprises 67 described species, has a wide geographical distribution on the tropical shores around the world. Some species of Hypnea are used for the production of carrageenan, hydrocolloids of great importance in today´s industry. The taxonomy of the genus is very problematic and Hypnea species identification is complicated by a relatively simple morphology that is often influenced by the conditions of the habitat. Although some regional reviews have been carried out, the right number of species and the status of some species remain in doubt. Molecular studies have been carried out mainly dealing with species from Asia. The technique of \"DNA barcoding\" has been successfully tested in Rhodophyta for rapid identification of species using the 5 \'region of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I, the marker cox1. Recently, another marker tested as \"DNA barcode\" is the domain V of the plastidial 23S gene, the marker UPA. In addition, the plastidial marker rbcL has been used as a tool for phylogenetic studies of the genus Hypnea. In this study, were sequenced for the marker cox1, 49 samples from the coast of São Paulo State, a sample from the State of Rio de Janeiro and five samples maintained in culture from the coastal states from the States of São Paulo and Espirito Santo. We identified six different taxonomic groups according to the marker cox1. Representatives of each of these groups were sequenced for the UPA and rbcL markers. The divergence found among the cox1 sequences in this study was from 62 to 100 bp (10.1 - 16.3%), for the UPA marker was from 9 to 16 bp (2.5 to 4.4%), and for the rbcL marker was 42 to 88 bp (3.2 - 6.7%). The intraspecific divergences for the samples sequenced in this study were 0-5 bp (0 -0.9%) for the cox1, 0-1 bp (0 - 0.3%) for the UPA and 0-6 bp (0 - 0.5%) for the rbcL. The observed divergences for the three molecular markers confirm the existence of six different taxonomic entities. After analysis of the morphology and comparison with sequences available in GenBank for the genus Hypnea these taxonomic entities were named as: H. cervicornis, H. flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp. 1 and sp2. As the species Hypnea flexicaulis this is the first citation to the Atlantic Ocean. Based on morphological and molecular studies, we conclude that the species H.nigrescens, quoted earlier for the State of São Paulo, is actually a morphological variation of H. musciformis. Still, we conclude that the species H. cervicornis and H.spinella should not be placed in synonymy since its morphological characteristics and differences in the sequences obtained from the three molecular markers show that they are two distinct species
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Diversidade de macroalgas da Baía do Almirantado, ilha Rei George, Península Antártica, baseada em 'DNA barcoding' e outros marcadores moleculares / Macroalgae diversity of admiralty bay, King George Island, Antarctic Peninsula based on DNA Barcoding and other molecular markersMedeiros, Amanda da Silva 22 October 2013 (has links)
Baseado em estudos morfológicos, as macroalgas marinhas da Baía do Almirantado (Ilha Rei George, Península Antártica) estão representadas por 55 táxons, sendo 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae e 9 Chlorophyta. Recentemente foi proposta a utilização de 'DNA barcode' para uma rápida e acurada identificação de espécies de macroalgas. Sendo a região 5\' do gene mitocondrial cox 1utilizado para identificação de algas vermelhas e pardas; o gene plastidial tufA utilizado na identificação de algas verdes; e o domínio V do gene 23S rRNA - UPA, universal plastid amplicon, utilizado na identificação de organismos fotossintetizantes. O objetivo desse trabalho foi obter sequências do tipo 'DNA barcodes' e de outros marcadores filogenéticos para a formação do primeiro banco de dados moleculares para as macroalgas da Baía do Almirantado, Antártica. Cerca de 100 espécimes de macroalgas foram coletados, em diversos pontos da baía, durante as OPERANTARes XXV e XXIX, que ocorreram durante dezembro de 2006 a junho de 2007 e dezembro de 2010 a janeiro de 2011, respectivamente. No presente trabalho, foi obtido um total de 209 sequências, cobrindo 29 espécies das 55 citadas para o local, sendo que 157 sequências são para marcadores moleculares do tipo 'DNA barcode', das quais 95 sequências são para o marcador do cloroplasto UPA, 39 sequências para o marcador mitocondrial cox1 e 23 sequências para o tufA. As sequências consenso dos 'DNA barcodes' foram submetidas à análise de distância para determinar os agrupamentos genéticos. Após a análise dos agrupamentos obtidos para os 'DNA barcodes', foram selecionados espécimes, representando cada táxon, para o sequenciamento dos marcadores filogenéticos rbcL, SSU ou ITS totalizando 52 sequências. Neste estudo, foram obtidos dados moleculares para 8 espécies de Chlorophyta, 9 espécies de Phaeophyceae e 14 espécies de Rhodophyta. Entre as espécies de Chlorophyta, Prasiola sp. e Protomonostroma rosulatum (citada anteriormente como P. undulatum), de Phaeophyceae Chordaria linearis e as Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis e Callophyllis sp. (citada anteriormente como Callophyllis atrosanguinea) são novas citações para a Baía do Almirantado. Sendo que a espécie Callophyllis sp. é possivelmente uma nova espécie. Outras duas espécies previamente citadas, baseado nos resultados moleculares, não ocorrem no local, Desmarestia chordalis e Pyropia woolhousiae. Com os resultados obtidos neste trabalho o número de espécies que ocorrem na Baía do Almirantado passa a 57 táxons / Based on morphological studies, the marine macroalgae of Admiralty Bay ( King George Island , Antarctic Peninsula ) are represented by 55 taxa: 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae and 9 Chlorophyta. It was recently proposed the use of DNA barcodes for quick and accurate identification of seaweeds. The 5\' end region of mitochondrial cox1 gene is used to identify brown and red algae, the plastid gene tufA is used in identifying green algae, and the V domain of the 23S rRNA gene - UPA universal plastid amplicon is used to identify photosynthetic organisms in general. The aim of this study was to obtain sequences of DNA barcodes and other phylogenetic markers for the formation of the first molecular database for macroalgae of Admiralty Bay, Antarctica. About 100 specimens of macroalgae were collected at various points of the bay during the OPERANTARs XXV and XXIX , which occurred during December 2006 to June 2007 and December 2010 and January 2011 respectively. In this study, we obtained a total of 209 sequences, covering 29 of the 55 species cited for the site. Of those 157 sequences are DNA barcodes, of which 95 are for the marker sequences of chloroplast UPA, 39 sequences for the mitochondrial markercox1 and 23 sequences for the tufA. The consensus sequences of the DNA barcodes were subjected to distance analysis to determine the genetic groupings.After analyzing the clusters obtained for the DNA barcodes, specimens representing each taxon were selected to the sequencing of phylogenetic markers rbcL, SSU and/or ITS sequences totaling 52 sequences for those markers. In this study, molecular data were obtained for 8 species of Chlorophyta , 9 species of Phaeophyceae and 14 species of Rhodophyta. Among the Chlorophyta species, Prasiola sp. and Protomonostroma rosulatum> (previously cited as P. undulatum), the Phaeophyceae Chordaria linearis and the Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis and Callophyllis sp. (previously cited as Callophyllis atrosanguinea) are new records for the Admiralty Bay. And the species Callophyllis sp. is possibly a new species. Other two species previously mentioned, based on molecular results, Desmarestia chordalis and Pyropia woolhousiae do not occur at the site. With the results obtained in this work the number of species that occur in Admiralty Bay are of 57 taxa.
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Diversidade do gênero Hypnea (Gigartinales, Rhodophyta) do estado de São Paulo baseada em marcadores moleculares e morfologia / Diversity of the genus Hypnea (Gigartinales, Rhodophyta) from São Paulo State, based on molecular markers and morphologyNatália Rodrigues Guimarães 13 September 2011 (has links)
O gênero Hypnea J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), com cerca de 67 espécies descritas, apresenta ampla distribuição geográfica pelas costas marinhas de águas quentes ao redor do mundo. Algumas espécies de Hypnea são usadas para a produção de carragenanas, hidrocolóides de grande importância na indústria atual. A taxonomia do gênero é bastante problemática e a identificação das espécies é complicada devido a uma morfologia relativamente simples que muitas vezes é influenciada pelas condições do habitat onde se encontram. Apesar das revisões regionais já realizadas, o número certo de espécies e o status de algumas delas permanece em dúvida. Estudos moleculares já foram realizados com o gênero Hypnea principalmente para região da Ásia. A técnica do \"DNA barcoding\" tem sido testada em Rhodophyta com sucesso para identificação rápida de espécies, utilizando a região 5´ do gene mitocondrial da citocromo c oxidase subunidade I, o marcador cox1. Outro marcador recentemente testado como \"DNA barcode\" é o domínio V do gene plastidial 23S, o marcador UPA. Além destes, o marcador plastidial rbcL tem sido utilizado como ferramenta para estudos filogenéticos do gênero Hypnea. No presente trabalho, foram sequenciadas para o marcador cox1, 49 amostras provenientes do no litoral do estado de São Paulo, uma amostra proveniente do estado do Rio de Janeiro e cinco amostras mantidas em cultura provenientes dos litorais dos estados de São Paulo e Espírito Santo. Foram identificados seis grupos taxonômicos diferentes segundo o marcador cox1. Representantes de cada um desses grupos foram sequenciados para os marcadores UPA e rbcL. A divergência interespecífica encontrada entre as amostras sequenciadas neste estudo para o marcador cox1 foi 62 - 100 pb (10,1 - 16,3%); para o marcador UPA foi 9 - 16 pb (2,5-4,4%) e para o marcador rbcL foi 42 - 88 pb (3,2 - 6,7%). As divergências intraespecíficas das amostras obtidas neste estudo foram, 0 - 5 pb (0 - 0,9 %) para o marcador cox1, 0 - 1pb (0 - 0,3%) para o marcador UPA e 0 - 6 pb (0 - 0,5%) para o marcador rbcL. As divergências observadas corroboram a existência de seis entidades taxonômicas diferentes. Após análise da morfologia e comparação com sequências disponíveis no GenBank as espécies do gênero Hypnea foram nomeadas como: H. cervicornis, H.flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp.1 e Hypnea sp.2. Sendo a espécie Hypnea flexicaulis a primeira citação para o Oceano Atlântico. Baseado nos estudos moleculares e morfológicos, concluímos que a espécie H. nigrescens, anteriormente citada para o Estado de São Paulo, é na verdade uma variação morfológica de H. musciformis. Ainda, concluímos que as espécies de H. cervicornis e H. spinella não devem ser colocadas em sinonímia uma vez que suas características morfológicas e as diferenças nas sequências obtidas através dos três marcadores utilizados mostram que são duas espécies distintas / The genus J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), comprises 67 described species, has a wide geographical distribution on the tropical shores around the world. Some species of Hypnea are used for the production of carrageenan, hydrocolloids of great importance in today´s industry. The taxonomy of the genus is very problematic and Hypnea species identification is complicated by a relatively simple morphology that is often influenced by the conditions of the habitat. Although some regional reviews have been carried out, the right number of species and the status of some species remain in doubt. Molecular studies have been carried out mainly dealing with species from Asia. The technique of \"DNA barcoding\" has been successfully tested in Rhodophyta for rapid identification of species using the 5 \'region of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I, the marker cox1. Recently, another marker tested as \"DNA barcode\" is the domain V of the plastidial 23S gene, the marker UPA. In addition, the plastidial marker rbcL has been used as a tool for phylogenetic studies of the genus Hypnea. In this study, were sequenced for the marker cox1, 49 samples from the coast of São Paulo State, a sample from the State of Rio de Janeiro and five samples maintained in culture from the coastal states from the States of São Paulo and Espirito Santo. We identified six different taxonomic groups according to the marker cox1. Representatives of each of these groups were sequenced for the UPA and rbcL markers. The divergence found among the cox1 sequences in this study was from 62 to 100 bp (10.1 - 16.3%), for the UPA marker was from 9 to 16 bp (2.5 to 4.4%), and for the rbcL marker was 42 to 88 bp (3.2 - 6.7%). The intraspecific divergences for the samples sequenced in this study were 0-5 bp (0 -0.9%) for the cox1, 0-1 bp (0 - 0.3%) for the UPA and 0-6 bp (0 - 0.5%) for the rbcL. The observed divergences for the three molecular markers confirm the existence of six different taxonomic entities. After analysis of the morphology and comparison with sequences available in GenBank for the genus Hypnea these taxonomic entities were named as: H. cervicornis, H. flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp. 1 and sp2. As the species Hypnea flexicaulis this is the first citation to the Atlantic Ocean. Based on morphological and molecular studies, we conclude that the species H.nigrescens, quoted earlier for the State of São Paulo, is actually a morphological variation of H. musciformis. Still, we conclude that the species H. cervicornis and H.spinella should not be placed in synonymy since its morphological characteristics and differences in the sequences obtained from the three molecular markers show that they are two distinct species
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Diversidade de macroalgas da Baía do Almirantado, ilha Rei George, Península Antártica, baseada em 'DNA barcoding' e outros marcadores moleculares / Macroalgae diversity of admiralty bay, King George Island, Antarctic Peninsula based on DNA Barcoding and other molecular markersAmanda da Silva Medeiros 22 October 2013 (has links)
Baseado em estudos morfológicos, as macroalgas marinhas da Baía do Almirantado (Ilha Rei George, Península Antártica) estão representadas por 55 táxons, sendo 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae e 9 Chlorophyta. Recentemente foi proposta a utilização de 'DNA barcode' para uma rápida e acurada identificação de espécies de macroalgas. Sendo a região 5\' do gene mitocondrial cox 1utilizado para identificação de algas vermelhas e pardas; o gene plastidial tufA utilizado na identificação de algas verdes; e o domínio V do gene 23S rRNA - UPA, universal plastid amplicon, utilizado na identificação de organismos fotossintetizantes. O objetivo desse trabalho foi obter sequências do tipo 'DNA barcodes' e de outros marcadores filogenéticos para a formação do primeiro banco de dados moleculares para as macroalgas da Baía do Almirantado, Antártica. Cerca de 100 espécimes de macroalgas foram coletados, em diversos pontos da baía, durante as OPERANTARes XXV e XXIX, que ocorreram durante dezembro de 2006 a junho de 2007 e dezembro de 2010 a janeiro de 2011, respectivamente. No presente trabalho, foi obtido um total de 209 sequências, cobrindo 29 espécies das 55 citadas para o local, sendo que 157 sequências são para marcadores moleculares do tipo 'DNA barcode', das quais 95 sequências são para o marcador do cloroplasto UPA, 39 sequências para o marcador mitocondrial cox1 e 23 sequências para o tufA. As sequências consenso dos 'DNA barcodes' foram submetidas à análise de distância para determinar os agrupamentos genéticos. Após a análise dos agrupamentos obtidos para os 'DNA barcodes', foram selecionados espécimes, representando cada táxon, para o sequenciamento dos marcadores filogenéticos rbcL, SSU ou ITS totalizando 52 sequências. Neste estudo, foram obtidos dados moleculares para 8 espécies de Chlorophyta, 9 espécies de Phaeophyceae e 14 espécies de Rhodophyta. Entre as espécies de Chlorophyta, Prasiola sp. e Protomonostroma rosulatum (citada anteriormente como P. undulatum), de Phaeophyceae Chordaria linearis e as Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis e Callophyllis sp. (citada anteriormente como Callophyllis atrosanguinea) são novas citações para a Baía do Almirantado. Sendo que a espécie Callophyllis sp. é possivelmente uma nova espécie. Outras duas espécies previamente citadas, baseado nos resultados moleculares, não ocorrem no local, Desmarestia chordalis e Pyropia woolhousiae. Com os resultados obtidos neste trabalho o número de espécies que ocorrem na Baía do Almirantado passa a 57 táxons / Based on morphological studies, the marine macroalgae of Admiralty Bay ( King George Island , Antarctic Peninsula ) are represented by 55 taxa: 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae and 9 Chlorophyta. It was recently proposed the use of DNA barcodes for quick and accurate identification of seaweeds. The 5\' end region of mitochondrial cox1 gene is used to identify brown and red algae, the plastid gene tufA is used in identifying green algae, and the V domain of the 23S rRNA gene - UPA universal plastid amplicon is used to identify photosynthetic organisms in general. The aim of this study was to obtain sequences of DNA barcodes and other phylogenetic markers for the formation of the first molecular database for macroalgae of Admiralty Bay, Antarctica. About 100 specimens of macroalgae were collected at various points of the bay during the OPERANTARs XXV and XXIX , which occurred during December 2006 to June 2007 and December 2010 and January 2011 respectively. In this study, we obtained a total of 209 sequences, covering 29 of the 55 species cited for the site. Of those 157 sequences are DNA barcodes, of which 95 are for the marker sequences of chloroplast UPA, 39 sequences for the mitochondrial markercox1 and 23 sequences for the tufA. The consensus sequences of the DNA barcodes were subjected to distance analysis to determine the genetic groupings.After analyzing the clusters obtained for the DNA barcodes, specimens representing each taxon were selected to the sequencing of phylogenetic markers rbcL, SSU and/or ITS sequences totaling 52 sequences for those markers. In this study, molecular data were obtained for 8 species of Chlorophyta , 9 species of Phaeophyceae and 14 species of Rhodophyta. Among the Chlorophyta species, Prasiola sp. and Protomonostroma rosulatum> (previously cited as P. undulatum), the Phaeophyceae Chordaria linearis and the Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis and Callophyllis sp. (previously cited as Callophyllis atrosanguinea) are new records for the Admiralty Bay. And the species Callophyllis sp. is possibly a new species. Other two species previously mentioned, based on molecular results, Desmarestia chordalis and Pyropia woolhousiae do not occur at the site. With the results obtained in this work the number of species that occur in Admiralty Bay are of 57 taxa.
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Diversidade e filogenia da ordem Halymeniales (Rhodophyta) no litoral do Brasil / Diversity and phylogeny of the order Halymeniales (Rhodophyta) on the Brazilian CoastAzevedo, Carolina Angélica Araújo de 02 May 2016 (has links)
As algas da ordem Halymeniales (Rhodophyta) apresentam grande importância ecológica e econômica como produtores primários e de compostos bioativos, além de incluírem espécies invasoras em várias localidades do mundo. A taxonomia do grupo é bastante problemática, com vários registros de identificações equivocadas e mudanças nomenclaturais. Em virtude disso, diversos estudos têm incluído ferramentas moleculares como auxílio à taxonomia morfológica do grupo. O objetivo deste estudo é investigar por meio de técnicas moleculares e morfológicas a diversidade da ordem Halymeniales no litoral do Brasil de forma, a contribuir para o conhecimento da flora marinha do país. Para isso, foram sequenciados três marcadores moleculares, UPA, COI-5P e rbcL, cujos dados, combinados com a observação de caracteres morfológicos, resultaram na delimitação de 26 espécies. Dessas, 11 são espécies novas para a ciência: Corynomorpha cf. clavata, dois táxons morfologicamente identificados como \"Cryptonemia\" crenulata, dois táxons morfologicamente identificados como Cryptonemia seminervis, Halymenia ignifera, Halymenia pinnatifida, Halymenia silviae, Grateloupia cf. dichotoma, Grateloupia cf. filicina 1 e Grateloupia cf. filicina 2. Pelo menos sete gêneros novos foram encontrados, representados pelos táxons: \"Cryptonemia\" bengryi, integrantes do complexo \"Cryptonemia\" crenulata, \"Cryptonemia\" delicatula, \"Halymenia\" elongata, \"Halymenia\" floridana, Halymeniales sp. 1 e Halymeniales sp. 2. Foram encontradas três espécies cuja localidade-tipo é a Ásia: Grateloupia orientalis, Grateloupia turuturu e Grateloupia yangjiangensis. Entre os táxons previamente citados para a costa brasileira, nove não foram encontrados. Se os táxons não encontrados constituírem espécies válidas, a diversidade da ordem no Brasil será de 35 espécies. As análises filogenéticas mostraram que os gêneros Cryptonemia, Halymenia e Grateloupia constituem grupos não-monofiléticos. Os resultados demonstraram a existência de ampla diversidade críptica e pseudo-críptica e de espécies e gêneros novos para a ciência, além de revelarem a ocorrência de espécies não nativas. Este estudo contribui substancialmente para o conhecimento da diversidade de algas marinhas na costa brasileira / Algae of Halymeniales (Rhodophyta) present a wide ecological and economic importance, as primary producers and bioactive compounds producers, and include invasive species worldwide. Its taxonomy is quite problematic, with reports of misidentifications and nomenclatural changes. Therefore, studies have included molecular tools to assist the morphological taxonomy of this order. This study aims to investigate through molecular and morphological techniques the diversity of Halymeniales along the Brazilian coast, in order to contribute to the knowledge of native marine flora. Three molecular markers were sequenced, UPA, COI-5P and rbcL, whose data were allied to morphological characters and resulted in 26 delimited species. There are 11 new species to science: Corynomorpha cf. clavata, two taxa morphologically identified as \"Cryptonemia\" crenulata, two taxa morphologically identified as Cryptonemia seminervis, Halymenia ignifera, Halymenia pinnatifida, Halymenia silviae, Grateloupia cf. dichotoma, Grateloupia cf. filicina 1 and Grateloupia cf. filicina 2. At least seven new genera were found, represented by the following taxa: \"Cryptonemia\" bengryi, representatives of \"Cryptonemia\" crenulata complex, \"Cryptonemia\" delicatula, \"Halymenia\" elongata, \"Halymenia\" floridana, Halymeniales sp. 1 and Halymeniales sp. 2. Three species whose type locality is Asia were detected: Grateloupia orientalis, Grateloupia turuturu and Grateloupia yangjiangensis. Among taxa previously recorded to Brazilian coast, nine were not found. If those taxa constitute valid species, the diversity of the order in Brazil will be represented by 35 species. Phylogenetic analyses showed that Cryptonemia, Halymenia and Grateloupia constitute non-monophyletic groups. Results demonstrated the existence of wide cryptic and pseudo-cryptic diversity as well as novel species and genera, and revealed the presence of non-native species
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Die Bedeutung des Serumantigens des Onkoproteins HER-2/neu für die Diagnostik und Therapie des MammakarzinomsLüftner, Diana 12 February 2004 (has links)
Diese Arbeit beschäftigt sich mit der prognostischen und prädiktiven Bedeutung der Serummessung des shed antigens des Onkoproteins HER-2/neu (s-HER-2/neu) für Mammakarzinompatientinnen in unterschiedlichen Erkrankungsstadien sowie unter verschiedenen Formen der Systemtherapie inklusive der Behandlung mit dem monoklonalen Antikörper Herceptin. Hierbei wurde der Stellenwert von s-HER-2/neu mit weiteren biochemischen Serummarkern (s-EGFR, s-uPA, CA 27.29) und etablierten Prognosefaktoren des Mammakarzinoms verglichen. Da HER-2/neu zu verschiedenen Zeitpunkten der Erkrankung mit verschiedenen Methoden an unterschiedlichen Materialien bestimmt werden kann, mußte schwerpunktmäßig auch die differentielle Wertigkeit von s-HER-2/neu im Vergleich zu Methoden der HER-2/neu-Bestimmung am Tumormaterial untersucht werden. Hierbei wurde insbesondere hinterfragt, ob die verschiedenen Methoden der HER-2/neu-Diagnostik stets zum gleichen Ergebnis führen, welche biologischen und technischen Ursachen möglichen Diskordanzen zugrunde liegen, und welche Konsequenzen diese Diskordanzen für die Therapiewahl (vor allem mit Herceptin beim metastasierten Mammakarzinom) mit sich bringen. Es wurden folgende Ergebnisse erzielt: - Grenzwerte: s-HER-2/neu: 50 ng/ml mit großer Wahrscheinlichkeit auch eine HER-2/neu-Überexpression am Tumorgewebe aufweisen. - Insgesamt 70% der Patientinnen mit HER-2/neu-negativen Tumoren hatten bei der späteren Fernmetastasierung einen erhöhten s-HER-2/neu-Spiegel. Diese Zunahme des Nachweises der HER-2/neu-Positivität zwischen Gewebenachweis am Primärtumor und dem Serumnachweis im Stadium IV ist nicht zufällig (p=0,001) und allenfalls teilweise durch den Einfluß der Tumormasse erklärbar. Klonale Veränderungen müssen in Erwägung gezogen werden. / This work focuses on the prognostic and predictive impact of the determination of the shed antigen of the oncoprotein HER-2/neu in serum (s-HER-2/neu) for breast cancer patients in different stages of the disease as well as under different forms of systemic therapy including treatment with the monocloncal antibody Herceptin. The biological meaning of s-HER-2/neu was compared to other serum markers (s-EGFR, s-uPA, CA 27.29) and established prognostic markers in breast cancer. As HER-2/neu can be measured at different times during the course of the disease using different methods and material, the differential meaning of s-HER-2/neu had to be investigated in relation to methods of HER-2/neu determination in tissue. Key questions were whether different methods of HER-2/neu testing lead to the same result, what biological and/or technical reason may lead to discordances, and if so, which are the consequences of these discordances for therapeutic decision making (before all Herceptin therapy in metastatic breast cancer). The results of the investigations are as follows: - Cut-offs of normal: s-HER-2/neu: 50 ng/ml are most probably HER-2/neu-positive in tissue. - Altogether, 70% of the patients with HER-2/neu negative tumors showed elevated s-HER-2/neu concentrations at later metastatic spread. This increase of the number of HER-2/neu positivity between tissue determination at the primary tumor and the serum results at stage IV disease cannot be explained by pure coincidence (p=0.001) and can only in part be explained by the influence of tumor burden . Clonal changes during the course of the disease must be considered.
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Localização de uma Unidade de Pronto Atendimento - UPA 24h: uma aplicação de método multicritério de tomada de decisão / Location of an Intermediate Care Unity UPA 24h: an application of one multicriteria method of decision makingBriozo, Rodrigo Amancio 18 October 2013 (has links)
A localização de instalações é uma das principais decisões que devem ser tomadas pelos gestores, sejam eles públicos ou privados, quando existe a necessidade de ampliação ou criação de uma nova unidade de negócios ou serviços. Tal tarefa se enquadra dentro de uma visão estratégica, quando analisada pela ótica de um sistema logístico. A decisão locacional tomada de forma sub-ótima pode acarretar prejuízos e problemas graves, dado que tal decisão tem consequências no médio e longo prazo. Desta forma, a tomada de decisão voltada para a localização de instalações deve ocorrer sob critérios e restrições específicos a cada situação. Neste sentido, a utilização de métodos multicritérios de tomada de decisão minimiza a possibilidade de erros e aumenta a eficácia no processo decisório. Partindo dessa premissa o presente estudo objetivou desenvolver a aplicação de método multicritério de tomada de decisão na localização de uma Unidade de Pronto Atendimento - UPA 24h no município de Amparo-SP, a partir de critérios e subcritérios definidos em conjunto com gestores públicos, profissionais da saúde e representantes da sociedade. O método multicritério utilizado neste estudo foi o Analytic Hierarchy Process AHP. A condução da pesquisa utilizou uma abordagem qualitativa, aplicando o método AHP a partir de seminários e da definição dos critérios considerados relevantes. Após o desenvolvimento da aplicação do método chegou-se a um ordenamento dos locais ideais, sugerindo-se o local 1 como o mais adequado para a localização da UPA 24h no município de Amparo-SP. / The facility location is one of the main decisions to be taken by managers, whether in the public or private system, when it comes to an expansion or creation of a new business unit or service. This task could be fitted in a strategic vision when analyzed in the perspective of a logistics system. The locational decision is taken in a sub-optimal way and may result in losses and serious problems, since this kind of decision carry medium and long term effects. Therefore, the decision-making related to the location of facilities must take place under rules and specific restrictions in each situation. In this context, the use of multicriteria methods of decision-making minimizes the possibility of errors occurrence and enhance efficiency in this specific process. Considering this context, the main objective of this paper is to develop an application of multicriteria method in the process of decision-making in an Intermediate Care Unit - UPA 24h in Amparo-SP, regarding to criteria and sub-criteria defined with public authorities, health professionals and civil society representatives. The multicriteria method used in this study was the Analytic Hierarchy Process AHP. The research brings a qualitative approach, applying the AHP method from seminars and definition of criteria considered relevant. After development of the method we have reached a ranking of ideal locations, suggesting site 1 as the most suitable for the location of UPA 24h in the city of Amparo SP
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Impact des isoformes du récepteur de la progestérone sur la progression métastatique du cancer du sein : étude in vitro de la motilité de la lignée MDA-MB-231 / Progesterone receptor isoforms implication in breast cancer metastasis : in vitro studies in MDA-MB 231 cellsBellance, Catherine 02 December 2011 (has links)
Le récepteur de la progestérone (PR) est un acteur majeur du développement de la glande mammaire. Dans les cellules épithéliales normales, PR est exprimé sous deux isoformes PRA (94 kDa) et PRB (116 kDa) de façon équimolaire. Il est établi que celles-ci ont un impact important sur le développement des cancers du sein, mais leurs rôles dans l’évolution métastatique reste très mal connus. Le ratio d’expression PRA/PRB étant souvent déséquilibré dans les tumeurs mammaires, nous avons analysé le turnover des deux isoformes. Nous avons démontré que PRA et PRB sont les cibles de modifications post-traductionnelles dirigées par les MAPK qui tendent à stabiliser l’une ou l’autre isoforme de manière sélective. Ainsi, Erk1/2 (p42/44) inhibe la dégradation de PRB tandis que la p38 stabilise PRA. Il en résulte que le ratio PRA/PRB varie de façon importante en fonction des signalisations extracellulaires impliquant les facteurs de croissance et les cytokines inflammatoires souvent exacerbés dans les cancers. Pour mieux étudier les effets différentiels de PRA et PRB, nous avons établi un modèle cellulaire original exprimant de manière bi-inductible l’une ou l’autre isoforme de PR, à partir de la lignée cellulaire MDA-MB 231 provenant d’une métastase de cancer du sein. En étudiant les variations induites par PRA ou PRB sur le transcriptome de ces cellules, nous avons identifié les gènes cibles spécifiques de ces isoformes. Parmi-eux se trouvent de nombreux gènes impliqués dans les cancers, notamment agissant sur la prolifération, la survie et la motilité cellulaires comme uPA et PAI-1. De plus, en analysant la migration cellulaire, nous avons mis en évidence un effet pro-migratoire de PRB particulièrement important en absence d’hormone. En recherchant la cause de ces effets, nous avons découvert que PRB était colocalisé et interagissait avec la kinase d’adhésion focale (FAK) qu’il active au niveau des points d’adhésion focaux. Ces travaux soulignent l’incidence du ratio PRA/PRB et du statut du ligand sur les métastases du cancer du sein, aussi bien au niveau de la sélectivité transcriptionnelle que celui des régulations non génomiques impactant la migration cellulaire. Nous suggérons la possibilité de cibler les tumeurs mammaires par des antagonistes sélectifs de PR et des inhibiteurs des voies de signalisation des MAPK ou de FAK. / Progesterone receptor (PR) is a major actor of mammary gland development. PR is equally expressed as two main isoforms PRA (94 kDa) and PRB (116kDa) in the mammary gland epithelium. However, breast cancer progression has been associated with abnormalities of their expression ratio through undefined mechanisms. In this study, using a stably transfected cell line, we showed that PRA and PRB stabilizations are differentially regulated by Erk1/2 (p42/44) and p38 MAPKs respectively, leading to strongly influence PRA/PRB ratio. These results highlight the impact of growth factors and inflammatory cytokines on PRA/PRB imbalance in cancer cells. To study the differential effect of PR isoforms, we established an original bi-inducible cell line expressing either PRA and/or PRB. By analyzing variations induced by PRA and PRB on such cell transcriptomes, we identified the isoform-specific targets genes by DNA microarrays. Most of them are implicated in cancers, notably acting on cell proliferation, survival and motility. Furthermore, focusing our studies on cell migration, we showed that PRB acts as a pro-migratory factor particularly powerful in the absence of ligand. We discovered that PRB colocalized and interacted with the focal adhesion kinase (FAK) that was activated in focal adhesion points. Our results highlight the impacts of both PRA/PRB ratio and ligand status on metastatic evolution, in the contexts of transcriptional regulation as well as non-genomic events. We suggest the possibility to target mammary tumors by PR-selective antagonists and/or inhibitors of MAPK and FAK signalings.
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Localização de uma Unidade de Pronto Atendimento - UPA 24h: uma aplicação de método multicritério de tomada de decisão / Location of an Intermediate Care Unity UPA 24h: an application of one multicriteria method of decision makingRodrigo Amancio Briozo 18 October 2013 (has links)
A localização de instalações é uma das principais decisões que devem ser tomadas pelos gestores, sejam eles públicos ou privados, quando existe a necessidade de ampliação ou criação de uma nova unidade de negócios ou serviços. Tal tarefa se enquadra dentro de uma visão estratégica, quando analisada pela ótica de um sistema logístico. A decisão locacional tomada de forma sub-ótima pode acarretar prejuízos e problemas graves, dado que tal decisão tem consequências no médio e longo prazo. Desta forma, a tomada de decisão voltada para a localização de instalações deve ocorrer sob critérios e restrições específicos a cada situação. Neste sentido, a utilização de métodos multicritérios de tomada de decisão minimiza a possibilidade de erros e aumenta a eficácia no processo decisório. Partindo dessa premissa o presente estudo objetivou desenvolver a aplicação de método multicritério de tomada de decisão na localização de uma Unidade de Pronto Atendimento - UPA 24h no município de Amparo-SP, a partir de critérios e subcritérios definidos em conjunto com gestores públicos, profissionais da saúde e representantes da sociedade. O método multicritério utilizado neste estudo foi o Analytic Hierarchy Process AHP. A condução da pesquisa utilizou uma abordagem qualitativa, aplicando o método AHP a partir de seminários e da definição dos critérios considerados relevantes. Após o desenvolvimento da aplicação do método chegou-se a um ordenamento dos locais ideais, sugerindo-se o local 1 como o mais adequado para a localização da UPA 24h no município de Amparo-SP. / The facility location is one of the main decisions to be taken by managers, whether in the public or private system, when it comes to an expansion or creation of a new business unit or service. This task could be fitted in a strategic vision when analyzed in the perspective of a logistics system. The locational decision is taken in a sub-optimal way and may result in losses and serious problems, since this kind of decision carry medium and long term effects. Therefore, the decision-making related to the location of facilities must take place under rules and specific restrictions in each situation. In this context, the use of multicriteria methods of decision-making minimizes the possibility of errors occurrence and enhance efficiency in this specific process. Considering this context, the main objective of this paper is to develop an application of multicriteria method in the process of decision-making in an Intermediate Care Unit - UPA 24h in Amparo-SP, regarding to criteria and sub-criteria defined with public authorities, health professionals and civil society representatives. The multicriteria method used in this study was the Analytic Hierarchy Process AHP. The research brings a qualitative approach, applying the AHP method from seminars and definition of criteria considered relevant. After development of the method we have reached a ranking of ideal locations, suggesting site 1 as the most suitable for the location of UPA 24h in the city of Amparo SP
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Diversidade de espécies de macroalgas associadas ao Manguezal da Ilha Barnabé, Baixada Santista, SP, Brasil, com base em \"DNA Barcode\" / Diversity of macroalgae species associated with the mangrove of Barnabé Island, Baixada Santista, SP, Brazil, based on \"DNA barcode\"Sena, Fernando Santos de 08 April 2016 (has links)
Estudos sobre a diversidade de macroalgas de manguezais no Brasil tem-se baseado apenas em abordagens morfológicas, nas quais os caracteres empregados são instáveis e pouco informativos para a identificação e delimitação de espécies. Neste contexto, macroalgas de manguezais foram investigadas pela primeira vez no litoral brasileiro usando uma abordagem molecular, tendo como alvo de estudo o manguezal da Ilha Barnabé, Baixada Santista, São Paulo. Foram utilizados marcadores moleculares do tipo Barcode, UPA e COI-5P, além do rbcL, amplamente empregado para inferências filogenéticas, e o SSU rDNA. Além desses, os marcadores ITS e tufA foram empregados exclusivamente para as algas verdes, este último sem sucesso. Quinze espécies foram registradas para a área estudada, sendo dez Rhodophyta e cinco Chlorophyta. Destas, duas não novas ocorrências para o Estado de São Paulo, Caloglossa apomeiotica e Boodleopsis vaucherioidea. Das quatro espécies do gênero Bostrychia identificadas neste estudo: \"Bostrychia calliptera\", B. montagnei, B. moritziana e B. radicans, apenas B. montagnei revelou-se uma espécie molecular e morfologicamente bem definida. As demais formaram complexos de espécies com linhagens moleculares distintas. Para B. radicans e B. moritziana as análises relevaram três e duas linhagens moleculares, respectivamente, das sete identificadas para o complexo B. radicans/B. moritziana na literatura. O táxon identificado como \"B. calliptera\" mostrou alta divergência molecular com sequências de B. calliptera do Brasil, apresentando morfologia \"B. pinnata\", um táxon atualmente reduzido a sinônimo de B. calliptera. Espécies do gênero Caloglossa, excetuando C. ogasawaraensis, são de difícil identificação morfológica devido aos tênues caracteres considerados de valor diagnóstico e a sua considerável plasticidade fenotípica. Caloglossa apomeiotica, C. confusa e C. leprieurii foram identificadas essencialmente com o emprego de marcadores moleculares. Caloglossa apomeiotica pode ser segregada das demais pela presença de biesporângios, o que impossibilita uma identificação morfológica segura quando coletados talos inférteis, enquanto C. confusa possui nós fortemente contritos. Os dados moleculares obtidos para Catenella caespitosa a partir de sequências de SSU sugerem que as citações dessa espécie para o litoral brasileiro podem estar equivocadas já que apresentam alta divergência intraespecífica com C. caespitosa do banco de dados. A falta de sequências da localidade tipo, de sequências com marcadores do tipo Barcode e de uma maior amostragem molecular das espécies de Catenella nos bancos de dados, nos impossibilitaram chegar a um resultado conclusivo. A obtenção de sequências para as algas verdes foi extremamente problemática, inviabilizando uma comparação mais ampla entres as espécies coletadas. Das duas espécies coletadas de Boodleopsis foram obtidas apenas duas sequências parciais de rbcL para B. vaucherioidea e nenhuma para B. pusilla. A comparação com a única sequência de Boodleopsis depositada nos bancos de dados, uma sequência parcial de rbcL de B. pusilla, revelou baixa divergência molecular com as nossas sequências de B. vaucherioidea. Além da necessidade de obtenção de sequências completas de rbcL de ambas espécies da área estudada para comparação, uma maior amostragem e o emprego de outros marcadores moleculares são necessários para esclarecer o posicionamento taxonômicos desses dois táxons, cuja coespecificidade não pode ser descartada. Morfologicamente, \"Cladophoropsis membranacea\" é uma espécie facilmente identificada, entretanto sequências de ITS obtidas neste estudo são não comparáveis a nenhuma sequência dessa espécie depositada nos bancos de dados, incluindo sequências da localidade tipo. Reconhecidamente Chadophoropsis é um gênero polifilético e integra o complexo Boodlea que inclui diferentes gêneros de Boodleaceae. A obtenção de sequências de outros marcadores como o SSU rDNA e LSU rDNA assim como uma maior amostragem podem ser informativas para esclarecer a posição das \"C. membranacea\" brasileiras dentro das Cladophorales. Mesmo após inúmeras tentativas não foi possível obter sequências para as duas espécies de Rhizoclonium encontradas, R. africanum e R. riparium, cuja identificação foi feita com base em caracteres morfológicos tradicionais / Studies on the diversity of macroalgae from mangroves in Brazil have been based only on morphological approaches, in which characters used are unstable and uninformative for the species identification and delimitation. In this context, macroalgae of mangroves were investigated for the first time in the Brazilian coast using a molecular approach, having as target of our study the mangrove of the Barnabé Island, Santos, São Paulo. DNA Barcode markers UPA and COI-5P were used, besides the rbcL, largely used for phylogenetic inferences, and also SSU rDNA. In addition to these, the ITS and tufA markers were used exclusively for the green algae, the latter unsuccessfully. Fifteen species were recorded for the studied area, ten Rhodophyta and five Chlorophyta. Of these, two are new records for the State of São Paulo, Caloglossa apomeiotica e Boodleopsis vaucherioidea. Of the four species of the genus Bostrychia identified in this study: \"Bostrychia calliptera\", B. montagnei, B. moritziana and B. radicans, only B. montagnei proved to be a molecular and morphologically well-defined species. The other species formed complexes with different molecular lineages. For B. radicans and B. moritziana, the analyses showed three and two molecular lineages, respectively, of the seven identified for the B. radicans/B. moritziana complex in the literature. The taxon identified as \"B. calliptera\" showed high molecular divergence with sequences of B. calliptera from Brazil, presenting morphology \"B. pinnata\", a taxon currently reduced to a synonym of B. calliptera. Caloglossa species, except C. ogasawaraensis, are difficult to identify due to the subtle morphological characters considered of diagnostic value, and their considerable phenotypic plasticity. Caloglossa apomeiotica, C. confusa and C. leprieurii were identified primarily by the use of molecular markers. Caloglossa apomeiotica can be segregated from the others by the presence of bisporangia, which makes unreliable morphological identification when collected infertile thalli, while C. confusa has strongly constricted thallus nodes. The molecular data obtained for Catenella caespitosa from SSU sequences suggest that the citations of this species for the Brazilian coast may be misleading since they have high intraspecific divergence with C. caespitosa from database. Due to the lack of sequences from the type locality, sequences of DNA barcode markers, and a major molecular sampling of Catenella species in databases, became impossible to reach a conclusive result. The obtaining of sequences for green algae was extremely problematic, making impracticable a broader comparison between the collected species. Of the two collected species of Boodleopsis, only two partial sequences of rbcL were obtained for B. vaucherioidea and none for B. pusilla. The comparison with the unique sequence of Boodleopsis deposited in databases, a partial rbcL sequence of B. pusilla, revealed low molecular divergence with our sequences of B. vaucherioidea. Besides the need to obtain complete sequences of rbcL from both species from the studied area for comparison, an increased sampling and the use of other molecular markers are needed to clarify the taxonomic position of these two taxa, whose conspecificity cannot be disregarded. Morphologically, \"Cladophoropsis membranacea\" is an easily identified species, however, ITS sequences obtained in this study are not comparable to any sequence of this species deposited in databases, including sequences from the type locality. Admittedly. Chadophoropsis is a polyphyletic genus and integrates the Boodlea complex that includes different genera of Boodleaceae. The obtaining of sequences from other markers, such as SSU rDNA and LSU rDNA, well as a larger sampling, may be informative to clarify the taxonomic position of \"C. membranacea\" within the Brazilian Cladophorales. Even after numerous attempts we could not get sequences for the two Rhizoclonium species found in the studied area: R. africanum and R. riparium, whose identification was made based on traditional morphological characters
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