Orientadores: Emilio Carlos Elias Baracat, Clarice Weis Arns / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-06T23:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Riccetto_AdrianaGutLopes_D.pdf: 18036035 bytes, checksum: 951a577babe97ac325d8f7e4a0ea459c (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Infecções respiratórias agudas são a causa mais comum de internação hospitalar em pediatria.O Vírus Sincicial Respiratório (VSR) é o principal agente destas infecções, com apresentação clínica de bronquiolite ou pneumonia. Os casos graves ocorrem principalmente em pacientes prematuros, com pneumopatias crônicas, cardiopatias e imunodeficiências. Uma proporção de pacientes internados necessita de ventilação pulmonar mecânica invasiva (VPMI). O acompanhamento após a fase aguda mostra frequentemente obstrução respiratória recorrente. Objetivos: Descrever as características epidemiológicas e clínicas de lactentes menores de 12 meses, hospitalizados com doença respiratória aguda baixa, determinando fatores associados à ventilação mecânica e à infecção pelo VSR, e as características evolutivas tardias desta população. Casuística e métodos: Estudo de corte prospectivo, realizado de 01 de abril a 30 de setembro de 2004, em dois hospitais universitários da região de Campinas, São Paulo, Brasil. Foram avaliados 152 lactentes de 0 a 12 meses internados com diagnóstico inicial de doença respiratória aguda baixa. Realizou-se avaliação clínica e pesquisa do VSR, por imunofluorescência direta (EFD), em secreção nasofaríngea Os pacientes foram divididos em dois grupos, de acordo com a necessidade de VPMI e presença do VSR, comparando-se os fatores prognósticos. Seis a 12 meses após a internação hospitalar, os pacientes com IFD positiva para VSR e os submetidos à VPMI foram convocados e avaliados quanto à presença de sibilância recorrente. A associação entre fatores de risco e desfecho estudado foi analisada por Risco Relativo (RR) e intervalos de confiança (IC95%). Para comparação de proporções foi utilizado o teste Qui-quadrado e teste Exato de Fischer. Para comparação das medidas contínuas entre dois grupos foi aplicado o teste de Mann-Whitney. O nível de significância adotado para os testes estatísticos foi de 5%. Resultados. A pesquisa de VSR foi realizada em 149 lactentes, com positividade de 17,4% (26 pacientes) Vinte e um pacientes (13,8%) foram submetidos à VPMI e os fatores significativamente associados ã VPMI foram: idade menor de 3 meses (RR=2,35, IC95%: 1,06-5,22) e tempo de aleitamento materno menor que um mês (RR=3,15, IC95%: 1,35-7,35). Na comparação dos grupos com e sem a presença de VSR os fatores associados à infecção foram: idade gestacional abaixo de 35 semanas (RR=4,17, IC95%:2,21-7,87), peso ao nascer menor de 2500g (RR=2,69, IC95%: 1,34-5,37) e escolaridade materna menor que 5 anos (RR=2,28, IC 95%: 1,13-4,59). Na evolução clínica em seguimento ambulatorial, 26 de 41 convocados compareceram (63,4%), destes 19,2% eram não sibilantes, 57,7% eram sibilantes intermitentes e 23,1% sibilantes persistentes. Na comparação entre os grupos não sibilantes e sibilantes intermitentes, ocorreu diferença significativa na variável hospitalização após a alta, ocorrendo apenas no segundo grupo de pacientes. Na comparação entre os grupos não sibilantes e sibilantes persistentes leves/moderados, não ocorreram diferenças significativas nas variáveis analisadas. Conclusões: A incidência do VSR foi de 17,5% entre os lactentes internados com doença respiratória aguda baixa. Os fatores associados à VPM1 foram: idade menor que 3 meses e tempo de aleitamento materno menor que 1 mês Os fatores associados à aquisição do VSR foram idade gestacional abaixo de 35 semanas, peso ao nascer menor de 2500g e escolaridade materna menor que 5 anos. Na evolução clínica tardia, os lactentes com pesquisa positiva para VSR e os lactentes submetidos à VPMI apresentaram-se como sibilantes intermitentes, sem necessidade de corticoterapia inalatória e com maior número de hospitalizações após a alta / Abstract: In pediatrics, acute respiratory infections are the most common cause of hospitalization. The Respiratory Syncytial Virus (RSV) is the main agent responsible for these infections that are clinically manifested as bronchiolitis or pneumonia Severe cases occur mostly in premature patients who have chronic pneumopathies, cardiopathies and immunodeficiencies. Some of the hospitalized patients require invasive mechanical ventilation (IMV) Follow up after the acute phase often demonstrates recurring respiratory obstruction. Objectives: to describe the epidemiological and clinical characteristics of infants under the age of 12 months hospitalized with acute lower respiratory tract infections, determine factors related to mechanical ventilation and RSV as well as delayed evolutional characteristics of this population. Methods and Cases: This was a prospective cohort study conducted from 2001 April to 2001 September at two university hospitals in the region of Campinas, Sao Paulo. An evaluation was performed of 152 infants aged 0 to 12 months, hospitalized with an initial diagnosis of acute lower respiratory tract diseases Direct Immunofluorescence Assay (DFA) was used to perform a clinical research and assess RSV in the nasopharyngeal secretion. The patients were divided into two groups according to the need for IMV as well as the presence of RSV and their prognostic factors were compared. Six to twelve months after hospitalization, patients with DFA positive for RSV as well as patients who were subjected to IMV were recalled and checked for the presence of recurrent wheezing. The relation between risk factors and outcome was analyzed by applying Relative Risk (RR) and Confidence Intervals (CI 95%). The chi-square test and the Fisher Exact test were used for comparing proportions. Continuous measures were compared using the Mann Whitney test. The significance level adopted for statistical tests was 5%. Results: RSV research was conducted on 149 infants, revealing 17.4% positivity (26 patients). Twenty-one patients (13 8%) were subjected to IMV' and factors significantly associated were age below three months (RR=2.35, IC 95%: 1.06-5.22) and breastfeeding period less than one month (RR=3.15; IC95%: 1.35-7.35). When both groups were compared with and without the presence of RSV, the factors associated with infection were: gestational age less than 35 weeks (RR=4 17, IC95%: 2.21-7.87), birth weight less than 2,500g (RR=2.69, 1C95%: 1.34 -5.37) and maternal education less than five years (RR=2 28, IC 95%: 1 13-4.59). Only 26 (63.4%) out of 41 patients reported for follow up of clinical evolution. Of these, 19.2% were non-sibilants, 57.7% were intermittent sibilants and 23.1% were persistent sibilants When the non-sibilant groups were compared with the intermittent sibilants, a significant difference was observed in relation to the variable - hospitalization after discharge, which only occurred in the second group. No significant difference was observed regarding the variables analyzed when non-sibilant groups were compared with moderate/mild persistent sibilants. Conclusions: The incidence of RSV was 17.5% in infants hospitalized with acute lower respiratory tract infections. Factors associated with IMV were age below three months and breastfeeding period less than one month Factors associated with acquisition of RSV were: gestational age less than 35 weeks, birth weight below 2,500 gm; maternal education level less than five years. Delayed clinical evolution revealed that infants who were positive for RSV and infants subjected to IMV demonstrated intermittent wheezing with no need for inhalation corticotherapy and also a higher number of hospitalizations after discharge / Doutorado / Saude da Criança e do Adolescente / Doutor em Saude da Criança e do Adolescente

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-05-25 / O Vírus Sincicial Respiratório (VSR) é o principal agente em infecções agudas do trato respiratório inferior (IATRI) antes de dois anos, com altas taxas de internação e óbito em crianças de alto risco para infecção grave pelo VSR. Objetivo: Identificar os vírus envolvidos nos quadros de infecções agudas de trato respiratório (IATR) e analisar taxas de internação e óbito em crianças submetidas à profilaxia com palivizumabe. Métodos: Coorte prospectiva com 198 crianças menores de um ano de idade nascidas antes de 29 semanas de idade gestacional e crianças menores de 2 anos de idade com cardiopatia hemodinamicamente instável ou doença pulmonar crônica que receberam palivizumabe para profilaxia contra infecções graves pelo VSR em 2008. Nesse período, em cada episódio de IATR foi coletado aspirado de nasofaringe (NPA) para identificação de VSR, adenovírus, parainfluenza 1, 2 e 3, influenza A e B por imunofluorescência direta, e rinovírus e metapneumovírus por RT-PCR. Foram monitoradas internações e óbitos nesse grupo. Resultados: Das 198 crianças acompanhadas, 117 (59,1%) apresentaram IATR, totalizando 175 episódios. Das 76 NAPs coletadas, 37 foram positivas, encontrando-se, rinovírus em 75,7% dessas amostras, VSR (18,9%), parainfluenza (28,1%), adenovírus (2,7%), metapneumovírus (2,7%) e co-infecção em três amostras. Das 48 internações, 18 ocorreram por causa respiratória, sendo apenas 1 por VSR. Em nenhuma das duas crianças que evoluíram para óbito detectou-se o VSR. Conclusão: Na vigência de profilaxia com palivizumabe, a frequência de isolamento de VSR em crianças de alto risco com IATR e naquelas que necessitaram de internação hospitalar foi baixa. / Respiratory Syncytial Virus (RSV) is the most important etiologic agent in acute lower respiratory tract infections (ALRTIs) in children under two years, with high rates of hospitalization and death in high risk children for severe RSV infection. Objective: To identify the virus present in acute respiratory tract infections (ARTIs) and to analyze rates of hospitalization and death in children who received palivizumab prophylaxis. Methods: Prospective cohort of 198 infants up to 1 year old born before 29 weeks gestation and infants less than two years of age with hemodynamically instable cardiopathy or chronic pulmonary disease, who received prophylactic palivizumab against severe RSV infections in 2008. During this period, a nasopharyngeal aspirate (NPA) was collected in each episode of ARTI for identification of RSV, adenovirus, parainfluenza 1, 2 and 3, influenza A and B by direct immunofluorescence, and rhinovirus and metapneumovirus for RT-PCR. Data regarding hospitalization and death were collected. Results: Of the 198 infants included, 117 (59,1%) presented ARTIs, with a total of 175 episodes. Of 76 NPAs collected, 35 were positive, being rhinovirus (75.7%), RSV (18.9%), parainfluenza (8.1%), adenovirus 2 (2.7%), metapneumovirus (2.7%) and 3 samples presented multiple agents. Of 48 hospitalizations, 18 presented respiratory causes, but in only one child was found RSV. None of the 2 children who died had RSV. Conclusion: During the palivizumab prophylaxis period, the frequency of RSV detected in high risk children with ARTIs and those who were hospitalized was low. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Introdução: As infecções respiratórias causam elevadas morbidade e mortalidade, sendo os vírus os principais agentes destas doenças. O monitoramento e vigilância de vírus respiratórios, desde os mais conhecidos até os emergentes, são importantes para a gestão em saúde, orientando tempo de profilaxia e minimizando o impacto de epidemias nas comunidades. Objetivos: Estudar a epidemiologia molecular do vírus sincicial respiratório (VSR) e descrever a epidemiologia dos seguintes vírus: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovírus (AdV) e parainfluenza (PIV) no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Para isso foram conduzidos três estudos: (1) caracterização das infecções respiratórias causadas por VSR, IF, AdV e PIV em crianças; (2) validação de uma técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para detecção de VSR A/B e IF A/B e (3) caracterização de genótipos do VRS em crianças com infecções comunitárias e hospitalares. Métodos: No primeiro estudo foram levantadas as seguintes variáveis: casos de infecções respiratórias por VSR, AdV, PIV ou IF e H1N1; internações em enfermarias hospitalares e internações em unidades de terapia intensiva (UTI); infecções hospitalares e taxas de letalidade. As variáveis foram coletadas durante o atendimento de crianças (idade 0-12 anos) no HCPA entre 2007 e 2010. No segundo estudo, os alvos do ensaio de RT-PCR foram: o gene da proteína da matriz de IFA, o gene da hemaglutinina do IFB e o gene da nucleoproteína de RSVA/B. A especificidade do ensaio e seu limite de detecção foram determinados. Uma comparação entre RT-PCR e imunofluorescência indireta foi realizada. No terceiro estudo, 63 isolados de VSR (21 de origem nosocomial e 42 adquiridos na comunidade) foram sequenciados para estabelecer uma análise filogenética deste vírus. Resultados: Cada um dos vírus estudados apresentou um comportamento diferente. O VSR demonstrou ser o principal agente envolvido em infecções nosocomiais. Já os pacientes com AdV, bem como o VSR, apresentaram altas taxas de admissão em UTI em 2007 e 2010. O AdV e o H1N1 tiveram as maiores taxas de letalidade. O ensaio de RT-PCR mostrou-se específico e foi mais sensível do que a imunofluorescência, sendo capaz de detectar co-infecções. Os seguintes limites de detecção foram obtidos: 1 cópia/mL para a IFA, 10 cópias/mL para IFB, 5 cópias/mL para RSVA e 250 cópias/mL para RSVB. A investigação dos genótipos de VSR revelou que todos os isolados VSRA circulantes eram do mesmo grupo filogenético, o genótipo NA1 de origem japonesa. Por outro lado, os isolados VSRB foram distribuídos em grupos diferentes: BA4, POA1, POA2, POA3 e POA4. Este estudo foi o primeiro que descreveu a circulação do genótipo NA1 no Brasil, bem como quatro novos genótipos (POA1, POA2, POA3 e POA4). Conclusão: Os resultados obtidos no primeiro estudo demonstram o impacto das epidemias sazonais de vírus respiratórios. O segundo estudo corroborou relatos da literatura que técnicas moleculares, como RT-PCR, são adequadas para a detecção de vírus respiratórios. O terceiro estudo relatou genótipos emergentes de VSR. Estudos de vigilância como os descritos acima deveriam ser conduzidos periodicamente para acompanhar o padrão de comportamento dos vírus na população alvo. / Background: Respiratory tract infections of viral origin are a major cause of morbidity and mortality worldwide. Surveillance of well-known viruses and emerging threats is important for management, prophylaxis and to minimize impact on the community. Objective: To study the molecular epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and describe the epidemiology of viruses: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovirus (AdV) and parainfluenza (PIV) at Hospital de Clinicas de Porto Alegre. Three studies were performed: (1) characterization of respiratory infections caused by RSV, IF, AdV and PIV in children, (2) validation of a technique of polymerase chain reaction in real-time (RT-PCR) to detect RSVA/B and IFA/B and (3) detection of genotypes of RSV in children with communityand hospital-acquired infection. Methods: In the first study, variables such as number of cases of viral (RSV, AdV, PIV or IF and H1N1) infection, hospitalizations in general wards and intensive care units (ICUs), nosocomial infections and lethality rates were collected. These variables obtained from each children (age 0-12 years) between 2007 and 2010. In the second study the assay RT-PCR was used to target the matrix gene of IFA, the hemagglutinin gene of IFB and the nucleoprotein gene of RSVA/B. The specificity of the assay and its limit of detection were determined. A comparison of RT-PCR and indirect immunofluorescence was performed. In the third study, 63 RSV isolates (21 nosocomial and 42 community-acquired) were submitted to sequencing to establish a phylogenetic analysis of this virus. Results: The different viruses presented a diversity of behaviors according to hospitalization, nosocomial outbreaks or lethality in children. RSV accounted for most nosocomial infections. Rates of ICU admission for AdV and RSV infection were highest in 2007 and 2010. During 2008–2009, H1N1 and AdV had the highest ICU admission rates. AdV and H1N1 had the highest lethality rates. The RT-PCR assay was more sensitive than immunofluorescence and it was able to detect viral co-infections. Futhermore, the limits of detection were 1 copy/μL for IFA, 10 copies/μL for IFB, 5 copies/μL for RSVA, and 250 copies/μL for RSVB. The genotyping study showed that hospital- and community-acquired RSVA isolates were from the same phylogenetic group (the same group of the NA1 Japanese isolates). Conversely, RSVB isolates were distributed across different groups: BA4, POA1, POA2, POA3 and POA4. This was the first study to describe circulation of the NA1 genotype in Brazil, as well as four RSVB genotypes: POA1, POA2, POA3 and POA4. Conclusion: The results obtained in the first study demonstrate the impact of seasonal epidemics of respiratory viruses. The second study confirmed that molecular techniques such as RT-PCR, are suitable for the detection of respiratory viruses. The third study reported emerging genotypes of RSV. Surveillance studies such as this should be performed periodically to monitor the behavior pattern of the virus in the target population.

In Brazil, the few studies conducted have used viral etiology, in general, traditional methods (imunofluorescense techniques and and viral cultures) in hospitalized children. The purpose of the present study was to investigate the presence of respiratory viruses using indirect immunofluorescence techniques and the reverse transcription followed by polymerase chain reaction in nasopharyngeal aspirates of children with acute respiratory disease attendet in public institutions of primary and secondary care in the city of Uberlândia. Between february, 2008 to may, 2010 were obtained a convenience sample, nasopharyngeal aspirates from children under five years old with symptoms of acute respiratory disease, attended at Unidade Básica de Saúde da Família - Granada 1, Unidade de Atendimento Integrado-Pampulha and in Clinica Infantil Don Bosco in Uberlândia. Acute respiratory disease was defined by the presence of coryza, coughing, breathing difficulties and/or sibilance, with or without fever. The indirect immunofluorescence techniques and the reverse transcription followed by polymerase chain reaction were used to test for the presence of respiratory viruses. A total of 43 children (53,5% male and 46,5% female) between two and 60 months of age (average: 18,3 months; median 15 months; DP±16). The clinical diagnosis for admission was common cold for 23 children (53,4%), tracheobronchitis in four (9,3%); pneumonia in 12 (28%) and bronchiolitis in four (9,3%). At least one respiratory virus was detected in 22 (51,1%) of the samples. A total of 26 viruses were identified. Ten (38,4%) samples were positive for the respiratory syncytial virus; ten (38,4%) for rhinovirus, three (11,5%) for parainfluenzavirus; two (7,7%) for adenovirus and one (3,8%) for influenzavirus. Co-infection occurred in three of the samples. The indirect immunofluorescence techniques identified nine (21,0%) and the reverse transcription followed by polymerase chain reaction 19 (44,1%) of the respiratory viruses. The rhinovirus and respiratory syncytial virus were the respiratory virus most prevalent in children with acute respiratory disease in public institutions of primary and secondary care. The use of molecular method permitted a two fold increase in the capacity for detection of the viral agent collected from the nasopharyngeal aspirates. / No Brasil, os poucos estudos conduzidos com o objetivo de verificar a etiologia viral das doenças respiratórias agudas utilizaram, em geral, métodos tradicionais (imunofluorescência e cultura viral) em crianças hospitalizadas. O objetivo geral do presente estudo foi investigar a presença de vírus respiratórios por meio das técnicas de imunofluorescência indireta e da transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase em aspirados de nasofaringe de crianças com doença respiratória aguda atendidas em serviços públicos de atenção primária e secundária na cidade de Uberlândia, MG. Entre fevereiro de 2008 a maio de 2010 foram obtidos, por meio de uma amostra de conveniência, aspirados de nasofaringe de crianças menores de cinco anos com sintomas de doença respiratória aguda, atendidas na Unidade Básica de Saúde da Família - Granada 1, Unidade de Atendimento Integrado-Pampulha e Clínica Infantil Dom Bosco Uberlândia. Doença respiratória aguda foi definida pela presença de coriza, tosse, dificuldade para respirar ou sibilância, com ou sem febre. A imunofluorescência e a transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase foram utilizadas para testar a presença de vírus respiratórios. Partiparam do estudo 43 crianças (53,5% do gênero masculino e 46,5% gênero feminino) com idade entre dois a 60 meses (média = 18,3 meses; mediana = 15 meses; DP=±16). O diagnóstico clínico à admissão foi de resfriado comum em 23 crianças (53,4%), traqueobronquite, em quatro (9,3%), pneumonia, em doze (28%) e bronquiolite, em quatro (9,3%). Pelo menos um vírus respiratório foi detectado em 22 (51,1%) amostras, sendo que 26 vírus foram identificados. Dez (38,4%) amostras foram positivas para o vírus respiratório sincicial, dez (38,4%) para o rinivirus, três (11,5%) para o parainfluenzavírus; duas (7,7%) para adenovírus e uma (3,8%), para o influenzavírus. A presença de co-infecção ocorreu em três amostras. A imunofluorescência identificou nove (21%) e a transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase dezenove (44,1%) vírus respiratórios. O rinovírus e o vírus respiratório sincicial foram os vírus mais prevalentes em crianças com doença respiratória aguda em serviços de atenção primária e secundária. A utilização de método molecular permitiu dobrar a capacidade de detecção de agente viral nos aspirados de nasofaringe. / Mestre em Ciências da Saúde

Introdução: As infecções respiratórias causam elevadas morbidade e mortalidade, sendo os vírus os principais agentes destas doenças. O monitoramento e vigilância de vírus respiratórios, desde os mais conhecidos até os emergentes, são importantes para a gestão em saúde, orientando tempo de profilaxia e minimizando o impacto de epidemias nas comunidades. Objetivos: Estudar a epidemiologia molecular do vírus sincicial respiratório (VSR) e descrever a epidemiologia dos seguintes vírus: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovírus (AdV) e parainfluenza (PIV) no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Para isso foram conduzidos três estudos: (1) caracterização das infecções respiratórias causadas por VSR, IF, AdV e PIV em crianças; (2) validação de uma técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para detecção de VSR A/B e IF A/B e (3) caracterização de genótipos do VRS em crianças com infecções comunitárias e hospitalares. Métodos: No primeiro estudo foram levantadas as seguintes variáveis: casos de infecções respiratórias por VSR, AdV, PIV ou IF e H1N1; internações em enfermarias hospitalares e internações em unidades de terapia intensiva (UTI); infecções hospitalares e taxas de letalidade. As variáveis foram coletadas durante o atendimento de crianças (idade 0-12 anos) no HCPA entre 2007 e 2010. No segundo estudo, os alvos do ensaio de RT-PCR foram: o gene da proteína da matriz de IFA, o gene da hemaglutinina do IFB e o gene da nucleoproteína de RSVA/B. A especificidade do ensaio e seu limite de detecção foram determinados. Uma comparação entre RT-PCR e imunofluorescência indireta foi realizada. No terceiro estudo, 63 isolados de VSR (21 de origem nosocomial e 42 adquiridos na comunidade) foram sequenciados para estabelecer uma análise filogenética deste vírus. Resultados: Cada um dos vírus estudados apresentou um comportamento diferente. O VSR demonstrou ser o principal agente envolvido em infecções nosocomiais. Já os pacientes com AdV, bem como o VSR, apresentaram altas taxas de admissão em UTI em 2007 e 2010. O AdV e o H1N1 tiveram as maiores taxas de letalidade. O ensaio de RT-PCR mostrou-se específico e foi mais sensível do que a imunofluorescência, sendo capaz de detectar co-infecções. Os seguintes limites de detecção foram obtidos: 1 cópia/mL para a IFA, 10 cópias/mL para IFB, 5 cópias/mL para RSVA e 250 cópias/mL para RSVB. A investigação dos genótipos de VSR revelou que todos os isolados VSRA circulantes eram do mesmo grupo filogenético, o genótipo NA1 de origem japonesa. Por outro lado, os isolados VSRB foram distribuídos em grupos diferentes: BA4, POA1, POA2, POA3 e POA4. Este estudo foi o primeiro que descreveu a circulação do genótipo NA1 no Brasil, bem como quatro novos genótipos (POA1, POA2, POA3 e POA4). Conclusão: Os resultados obtidos no primeiro estudo demonstram o impacto das epidemias sazonais de vírus respiratórios. O segundo estudo corroborou relatos da literatura que técnicas moleculares, como RT-PCR, são adequadas para a detecção de vírus respiratórios. O terceiro estudo relatou genótipos emergentes de VSR. Estudos de vigilância como os descritos acima deveriam ser conduzidos periodicamente para acompanhar o padrão de comportamento dos vírus na população alvo. / Background: Respiratory tract infections of viral origin are a major cause of morbidity and mortality worldwide. Surveillance of well-known viruses and emerging threats is important for management, prophylaxis and to minimize impact on the community. Objective: To study the molecular epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and describe the epidemiology of viruses: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovirus (AdV) and parainfluenza (PIV) at Hospital de Clinicas de Porto Alegre. Three studies were performed: (1) characterization of respiratory infections caused by RSV, IF, AdV and PIV in children, (2) validation of a technique of polymerase chain reaction in real-time (RT-PCR) to detect RSVA/B and IFA/B and (3) detection of genotypes of RSV in children with communityand hospital-acquired infection. Methods: In the first study, variables such as number of cases of viral (RSV, AdV, PIV or IF and H1N1) infection, hospitalizations in general wards and intensive care units (ICUs), nosocomial infections and lethality rates were collected. These variables obtained from each children (age 0-12 years) between 2007 and 2010. In the second study the assay RT-PCR was used to target the matrix gene of IFA, the hemagglutinin gene of IFB and the nucleoprotein gene of RSVA/B. The specificity of the assay and its limit of detection were determined. A comparison of RT-PCR and indirect immunofluorescence was performed. In the third study, 63 RSV isolates (21 nosocomial and 42 community-acquired) were submitted to sequencing to establish a phylogenetic analysis of this virus. Results: The different viruses presented a diversity of behaviors according to hospitalization, nosocomial outbreaks or lethality in children. RSV accounted for most nosocomial infections. Rates of ICU admission for AdV and RSV infection were highest in 2007 and 2010. During 2008–2009, H1N1 and AdV had the highest ICU admission rates. AdV and H1N1 had the highest lethality rates. The RT-PCR assay was more sensitive than immunofluorescence and it was able to detect viral co-infections. Futhermore, the limits of detection were 1 copy/μL for IFA, 10 copies/μL for IFB, 5 copies/μL for RSVA, and 250 copies/μL for RSVB. The genotyping study showed that hospital- and community-acquired RSVA isolates were from the same phylogenetic group (the same group of the NA1 Japanese isolates). Conversely, RSVB isolates were distributed across different groups: BA4, POA1, POA2, POA3 and POA4. This was the first study to describe circulation of the NA1 genotype in Brazil, as well as four RSVB genotypes: POA1, POA2, POA3 and POA4. Conclusion: The results obtained in the first study demonstrate the impact of seasonal epidemics of respiratory viruses. The second study confirmed that molecular techniques such as RT-PCR, are suitable for the detection of respiratory viruses. The third study reported emerging genotypes of RSV. Surveillance studies such as this should be performed periodically to monitor the behavior pattern of the virus in the target population.

Introdução: As infecções respiratórias causam elevadas morbidade e mortalidade, sendo os vírus os principais agentes destas doenças. O monitoramento e vigilância de vírus respiratórios, desde os mais conhecidos até os emergentes, são importantes para a gestão em saúde, orientando tempo de profilaxia e minimizando o impacto de epidemias nas comunidades. Objetivos: Estudar a epidemiologia molecular do vírus sincicial respiratório (VSR) e descrever a epidemiologia dos seguintes vírus: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovírus (AdV) e parainfluenza (PIV) no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Para isso foram conduzidos três estudos: (1) caracterização das infecções respiratórias causadas por VSR, IF, AdV e PIV em crianças; (2) validação de uma técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para detecção de VSR A/B e IF A/B e (3) caracterização de genótipos do VRS em crianças com infecções comunitárias e hospitalares. Métodos: No primeiro estudo foram levantadas as seguintes variáveis: casos de infecções respiratórias por VSR, AdV, PIV ou IF e H1N1; internações em enfermarias hospitalares e internações em unidades de terapia intensiva (UTI); infecções hospitalares e taxas de letalidade. As variáveis foram coletadas durante o atendimento de crianças (idade 0-12 anos) no HCPA entre 2007 e 2010. No segundo estudo, os alvos do ensaio de RT-PCR foram: o gene da proteína da matriz de IFA, o gene da hemaglutinina do IFB e o gene da nucleoproteína de RSVA/B. A especificidade do ensaio e seu limite de detecção foram determinados. Uma comparação entre RT-PCR e imunofluorescência indireta foi realizada. No terceiro estudo, 63 isolados de VSR (21 de origem nosocomial e 42 adquiridos na comunidade) foram sequenciados para estabelecer uma análise filogenética deste vírus. Resultados: Cada um dos vírus estudados apresentou um comportamento diferente. O VSR demonstrou ser o principal agente envolvido em infecções nosocomiais. Já os pacientes com AdV, bem como o VSR, apresentaram altas taxas de admissão em UTI em 2007 e 2010. O AdV e o H1N1 tiveram as maiores taxas de letalidade. O ensaio de RT-PCR mostrou-se específico e foi mais sensível do que a imunofluorescência, sendo capaz de detectar co-infecções. Os seguintes limites de detecção foram obtidos: 1 cópia/mL para a IFA, 10 cópias/mL para IFB, 5 cópias/mL para RSVA e 250 cópias/mL para RSVB. A investigação dos genótipos de VSR revelou que todos os isolados VSRA circulantes eram do mesmo grupo filogenético, o genótipo NA1 de origem japonesa. Por outro lado, os isolados VSRB foram distribuídos em grupos diferentes: BA4, POA1, POA2, POA3 e POA4. Este estudo foi o primeiro que descreveu a circulação do genótipo NA1 no Brasil, bem como quatro novos genótipos (POA1, POA2, POA3 e POA4). Conclusão: Os resultados obtidos no primeiro estudo demonstram o impacto das epidemias sazonais de vírus respiratórios. O segundo estudo corroborou relatos da literatura que técnicas moleculares, como RT-PCR, são adequadas para a detecção de vírus respiratórios. O terceiro estudo relatou genótipos emergentes de VSR. Estudos de vigilância como os descritos acima deveriam ser conduzidos periodicamente para acompanhar o padrão de comportamento dos vírus na população alvo. / Background: Respiratory tract infections of viral origin are a major cause of morbidity and mortality worldwide. Surveillance of well-known viruses and emerging threats is important for management, prophylaxis and to minimize impact on the community. Objective: To study the molecular epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and describe the epidemiology of viruses: influenza (IF), influenza A (H1N1), adenovirus (AdV) and parainfluenza (PIV) at Hospital de Clinicas de Porto Alegre. Three studies were performed: (1) characterization of respiratory infections caused by RSV, IF, AdV and PIV in children, (2) validation of a technique of polymerase chain reaction in real-time (RT-PCR) to detect RSVA/B and IFA/B and (3) detection of genotypes of RSV in children with communityand hospital-acquired infection. Methods: In the first study, variables such as number of cases of viral (RSV, AdV, PIV or IF and H1N1) infection, hospitalizations in general wards and intensive care units (ICUs), nosocomial infections and lethality rates were collected. These variables obtained from each children (age 0-12 years) between 2007 and 2010. In the second study the assay RT-PCR was used to target the matrix gene of IFA, the hemagglutinin gene of IFB and the nucleoprotein gene of RSVA/B. The specificity of the assay and its limit of detection were determined. A comparison of RT-PCR and indirect immunofluorescence was performed. In the third study, 63 RSV isolates (21 nosocomial and 42 community-acquired) were submitted to sequencing to establish a phylogenetic analysis of this virus. Results: The different viruses presented a diversity of behaviors according to hospitalization, nosocomial outbreaks or lethality in children. RSV accounted for most nosocomial infections. Rates of ICU admission for AdV and RSV infection were highest in 2007 and 2010. During 2008–2009, H1N1 and AdV had the highest ICU admission rates. AdV and H1N1 had the highest lethality rates. The RT-PCR assay was more sensitive than immunofluorescence and it was able to detect viral co-infections. Futhermore, the limits of detection were 1 copy/μL for IFA, 10 copies/μL for IFB, 5 copies/μL for RSVA, and 250 copies/μL for RSVB. The genotyping study showed that hospital- and community-acquired RSVA isolates were from the same phylogenetic group (the same group of the NA1 Japanese isolates). Conversely, RSVB isolates were distributed across different groups: BA4, POA1, POA2, POA3 and POA4. This was the first study to describe circulation of the NA1 genotype in Brazil, as well as four RSVB genotypes: POA1, POA2, POA3 and POA4. Conclusion: The results obtained in the first study demonstrate the impact of seasonal epidemics of respiratory viruses. The second study confirmed that molecular techniques such as RT-PCR, are suitable for the detection of respiratory viruses. The third study reported emerging genotypes of RSV. Surveillance studies such as this should be performed periodically to monitor the behavior pattern of the virus in the target population.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 joaobatistasalomaojunior_tese.pdf: 726701 bytes, checksum: be09a3fcaa3d491c8ac2601eb72d7961 (MD5) Previous issue date: 2008-02-08 / Acute lower respiratory tract disease (ALRTD) accounts for high infantile mortality and morbidity rate worldwidely. Respiratory syncytial virus (RSV) is frequently found among pathogens. Objectives: The objectives were: 1) to evaluate the RSV frequency in children from 0 to 6 years hospitalized due to acute lower respiratory disease in São José do Rio Preto, SP; 2) to characterize the virus seasoning in this city and 3) to verify possible association among epidemiologic, clinical and diagnostic data with this viral agent. Casuistic and Method: From May 2004 to September 2005, 278 children aged from 0 to 6 years with ALRTD were studied. They have contracted the disease in the community, hospitalized in the children s ward, emergency room and Pediatric Intensive Care Unit of Hospital de Base, São José do Rio Preto. They were asymptomatic in a 7-day period before the beginning of the disease. Questionnaires were used for the children's characterization and their clinical presentation. Samples of nasopharyngeal secretion were collected to identify RSV, using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Results: The results showed that in the 290 hospitalizations of ALRTD, RSV was positive in 29.3%. ALRTD was more frequent in infants (average = 13.5 months) and male (57.6%). RSV was more frequent in bronchiolitis cases (64%). RSV+ infections were more frequent in the first year of life (35%). In RSV + infections, pneumonia frequency varied from 19.5 to 26.2% in the studied age groups; acute wheezing was observed in 31.8% of children aged over 2 years; bronchiolitis was registered in 62.5% of the children younger than 1 year; pneumonia with pleural effusion was noticed in 18.7% of the children aged over 2 years. Conclusions: The frequency of RSV in children from 0 to 6 years hospitalized due to ALRTD was 29.3% in São José do Rio Preto, SP. The ALRTD were more frequent between June and November 2004. In 2005, the hospitalizations occurred mainly starting from March decreasing in September. There was RSV prevalence in children younger than 2 years, male and with bronchiolitis. The RSV frequency in the hospitalizations was higher in 2004 than in 2005. In the RSV+ infections, the cases of pneumonia had similar occurrence in the studied age groups. There was reduction of the RSV frequency as age increases in the cases of pneumonia with pleural effusion and increase in the cases of acute wheezing; in bronchiolitis most of the RSV+ cases occurred in children younger than1 year. The clinical and radiological data obtained did not allow the proper identification of the infection by RSV. Laboratory examination by means of RT-PCR was necessary to identify it. / As doenças agudas do aparelho respiratório inferior (DARI) são responsáveis por altos índices de mortalidade e morbidade infantil em todo mundo. Dentre os patógenos predominantes encontra-se o vírus sincicial respiratório (VSR). Objetivos: Os objetivos foram: 1) avaliar a freqüência do VSR em crianças de 0 a 6 anos hospitalizadas por DARI em São José do Rio Preto, SP; 2) caracterizar a sazonalidade do vírus nessa cidade e 3) evidenciar possível associação de dados epidemiológicos, clínicos e diagnósticos e este agente viral. Casuística e Método: No período de maio de 2004 a setembro de 2005 foram estudadas 278 crianças de 0 a 6 anos com DARI adquirida na comunidade, internadas na enfermaria, emergência e Unidade de Terapia Intensiva Pediátrica do Hospital de Base de São José do Rio Preto, que estavam assintomáticas por um período de 7 dias antes do início da doença. Foram utilizados questionários para caracterização das crianças e do quadro clínico. Para identificação do VSR foram coletadas amostras de secreção de nasofaringe, utilizando-se a técnica de Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Resultados: Os resultados mostraram que nas 290 internações por DARI, o VSR foi positivo em 29,3%. DARI foi mais freqüente em lactentes (mediana = 13,5 meses) e do gênero masculino (57,6%). O VSR foi mais freqüente nos casos de bronquiolite (64%). As infecções VSR+ foram mais freqüentes no primeiro ano de vida (35%). Nas infecções VSR+, a freqüência de pneumonia variou de 19,5 a 26,2% nas faixas etárias estudadas; em 31,8% das crianças maiores de 2 anos observou-se sibilância aguda; bronquiolite foi registrada em 62,5% das crianças menores de 1 ano; pneumonia com derrame pleural foi notada em 18,7% das crianças maiores de 2 anos. Conclusões: A freqüência do VSR em crianças de 0 a 6 anos hospitalizadas por DARI em São José do Rio Preto, SP, foi 29,3%. As DARI foram mais freqüentes entre junho e novembro de 2004. Em 2005, as internações ocorreram principalmente a partir de março, com queda em setembro. Houve predomínio do VSR em crianças de 0 a 2 anos, do gênero masculino e com bronquiolite. A freqüência do VSR nas internações foi maior em 2004 que em 2005. Nas infecções VSR+ os casos de pneumonia tiveram ocorrência semelhante nas faixas etárias estudadas. Houve redução da freqüência do VSR com aumento da idade nos casos de pneumonia com derrame pleural e aumento nos casos de sibilância aguda; na bronquiolite a maioria dos casos VSR+ ocorreu em crianças menores de 1 ano. Os dados clínicos e radiológicos encontrados não permitiram a identificação correta da infecção pelo VSR, havendo necessidade do exame laboratorial pela técnica RT-PCR para sua identificação.