Actuellement estimés à environ 8 millions d'individus, les Peuls constituent un ensemble de populations réparties sur une vingtaine de pays de la zone sub-saharienne. À partir d'une origine qu'ils affirment commune et qui, selon l'hypothèse la plus couramment admise, se situerait en Égypte, ils auraient connu de multiples mouvements migratoires, mais en conservant dans tous les cas le souci d'organiser leur vie sociale autour de l'élevage bovin. Mieux qu'un symbole, la vache leur apparaît comme l'animal fondateur de leur personnalité ethnique. On remarque cependant des différences notables selon qu'ils sont nomades, sédentaires ou semi-nomades. Les dispersions connues au cours des siècles, pour des raisons diverses (entre autres : économiques, politiques, climatiques), ont eu pour conséquences des écarts culturels parfois profonds. En procédant à une comparaison des sédentarisés en Guinée, sur les plateaux du Fuuta-Jaloo, et des nomades et semi-nomades du Tchad, il s'agit de mettre en relief certaines de ces différences et, par contraste, de discerner les points communs qui pourraient révéler un patrimoine unique. Dans le cas particulier des sédentaires devenus citadins et ayant perdu pour cette raison toute implication dans une activité pastorale, la vache reste au centre de leur imaginaire. Elle persiste à influencer leurs discours par de nombreuses références dans le jeu des métaphores, dans les formules de politesse, dans la valorisation des conduites, etc. On le vérifie autant par l'observation de la vie quotidienne que par les initiatives de certains intellectuels Peuls qui ont créé des associations pour promouvoir ce patrimoine à la fois dans leur pays de résidence et à l'international, comme par la création de sites Web. Ils ont même tendance à gommer ou atténuer fortement les différences apparues historiquement entre les groupes, voire à minorer des métissages survenus de génération en génération, pour proposer comme une sorte de standard uniforme. Dès lors, ils renvoient eux aussi à un lointain passé, mais parfois avec des partis-pris idéologiques qui participent d'un militantisme politique ou religieux, l'intention avouée ou non étant de définir une « nation peule » qui, bien que fragmentée dans plusieurs États, gagnerait à prendre conscience de sa singularité en Afrique. Au fil de l'enquête de terrain, l'attention est portée autant sur des données événementielles caractéristiques, comme celles qui scandent les existences individuelles et collectives (naissance, mariage, décès), que sur des données organisationnelles (exercice de l'autorité, coopération des genres au sein de la famille et du clan, classes d'âge, interactions économiques, gestion du bétail, conception de l'espace et du temps, prédéterminations religieuses, etc.).Gagnent également à être précisées les influences exercées sur les Peuls par les autres populations côtoyés au gré de leurs déplacements ou de leur fixation sur un territoire, influences provoquant l'acquisition durable de manières ou de techniques. Nonobstant les emprunts linguistiques, elles sont flagrantes dans la construction de l'habitat, temporaire ou définitif, et dans le choix de l'habillement. Jusqu'à une époque récente, les peuls ne sont pas réputés pour avoir un artisanat propre. Les choix qu'ils font pour modifier leurs rapports aux objets fabriqués en dehors d'eux répondent à des besoins dont il s'agira d'exposer la nature. Par exemple, de nos jours, l'emploi du téléphone portable accélère considérablement les prises de décision lors des transhumances. Au final, sachant l'omniprésence de la vache dans la culture peule, quelles que soient l'évolution du contexte matériel et social, il conviendra de clarifier la fonction structurante qu'elle exerce donc à la fois sur la plupart des pratiques et sur les représentations symboliques. Elle polarise en quelque sorte la production culturelle revendiquée comme l'héritage d'une tradition multiséculaire. […] / Currently estimated at about 8 million, the Fulani people make up a population spread over twenty-odd countries in sub-Saharan Africa. Sharing a commonly claimed origin said to be situated in Egypt, they are to have experienced several multiple migrations, while maintaining in all cases the desire to organize their social life around bovine cattle-breading. More than just a symbol, the cow is seen as the founding pillar of their ethnic character. There are, however, noticeable differences depending on whether the people are nomad, sedentary or semi-sedentary. Well-documented population dispersions throughout the centuries for various reasons, (amongst others: economic, political, climatic...), have led to sometimes profound cultural differences.The objective of making a comparison of the sedentary populations of the Fuuta-Jaloo Plateau of Guinea and the nomads and semi-nomads of Chad is to highlight some of these differences and, on the contrary, to identify the common denominators which may be considered to reveal a unique heritage.Concerning the sedentary populations which have become urban dwellers and have, for this reason, lost all involvement in pastoral activity, the cow remains central in their psyche. It continues to have an influence on their speech with multiple references to be found in metaphors, expressions of common civilities, the evaluation of common codes of behavior, etc. This can be seen as much by observing daily life as through the initiatives ta ken by certain Fulani intellectuals who have created associations to promote this heritage on both a national and international scale via, for example, the creation of websites. There is even a tendency to erase or greatly reduce historical differences which have come to light between the groups, or to underestimate mixed-race populations throughout generations in order to offer a uniform standard. Accordingly, they also refer to a distant past, but sometimes with ideological biases which contribute to political or religious activism, the intention of which, whether admitted or not, being to define a « Fulani nation» which, although fragmented over several States, would gain from a recognition of its uniqueness in Africa.Throughout the fieldwork study, the focus is as much on data from characteristic events making up individual and collective life, (birth, marriage, death), as on the organization of everyday life, (exercise of authority, family and clan unity and cooperation, age-groups, economic interaction, livestock management, the concept of space and time, religious and other predeterminations, etc.).Also worth noting are the influences of other populations on the Fulani people during their migrations or attachments to a territory, influences leading to the lasting acquisition of living manners and techniques.Notwithstanding linguistic borrowings, the influences are obvious where temporary or permanent dwelling construction and choice of clothing are concerned. Until recently, the Fulani people were not renowned for having their own craft. The choices they make to modify their relationship with objects constructed by others being directly determined by the needs presented to them by nature. For example, nowadays, the mobile phone has considerably accelerated decision-making during transhumance.In conclusion, given the omnipresence of the cow in the Fulani culture, whatever the social and cultural evolution may be, it is worth clarifying the structural role that the cow plays on the majority of practices and symbolic representations. It somehow polarizes the cultural production claimed as the heritage of a multisecular tradition. Hence the concern expressed from the very first interviews of the field survey of a possible risk of loss or significant reduction of bovine cattle-breeding. They feel they will lose the founding stone of their identity.

Le méthane (CH4) est un puissant gaz à effet de serre produit lors de la fermentation microbienne anaérobie des aliments dans le rumen. L’un des enjeux majeurs pour le secteur de l’élevage est de trouver des stratégies (alimentaires, génétique) pour réduire les émissions de CH4 tout en maintenant les performances animales. Les techniques de mesure de ces émissions sont coûteuses et difficilement utilisables à grande échelle sur le terrain, d’où la nécessité de trouver des alternatives de mesure ou biomarqueurs pour prédire ces émissions. Les acides gras (AG) du lait ont déjà été identifiés comme indicateurs intéressants de la méthanogenèse chez la vache laitière, mais il convient d’améliorer la précision des équations de prédiction du CH4 existantes ainsi que d'élargir leur domaine d'application à tous types de rations. L'objectif de mon travail de thèse a été de confirmer la pertinence des AG du lait comme indicateurs périphériques de la méthanogénèse chez la vache laitière avec diverses conditions nutritionnelles. Deux bases de données regroupant des données individuelles (issues d’une collaboration scientifique internationale) et moyennes (issues de la littérature) de CH4, de composition en AG du lait et d’autres performances et caractéristiques de l’animal, ainsi que des données de composition chimique des rations, ont été créées. Parallèlement, l’acquisition in vivo de données en conditions expérimentales contrôlées pour des rations mal connues ont permis d’incrémenter la base de données individuelles. Des équations de prédiction des émissions de CH4 [en g/jour, g/kg de matière sèche ingérée (MSI), et g/kg de lait] ont été développées à partir de certains AG du lait, utilisés seuls ou combinés à d’autres variables d’ingestion et de performances laitières, représentant alors des modèles complexes. Des relations entre les émissions de CH4 et la teneur de différents AG du lait (C10:0, iso C17:0 + trans-9 C16:1, iso C16:0, cis-11 C18:1, cis-15 C18:1, cis-9,cis-12 C18:2, et trans-11,cis-15 C18 :2) ont été mises en évidence, confirmant des voies métaboliques communes dans le rumen entre méthanogenèse et métabolisme lipidique. Les équations sont également liées aux types de régimes à partir desquels elles ont été développées. Les équations simples (AG du lait uniquement) sont moins précises que les complexes (erreurs résiduelles de prédiction, respectivement, de 58.6 g/jour, 2.8 g/kg MSI et 3.7 g/kg lait vs. 42.8 g/jour, 2.5 g/kg MSI et 3.3 g/kg lait). Une différence minimum de 16% de CH4 entre stratégies de réduction pourra être mise en évidence par la meilleure équation de prédiction développée. Des équations basées sur des AG bien déterminés par les méthodes infrarouges devront être testées pour évaluer, en routine et à grande échelle, de nouvelles stratégies de réduction des émissions de CH4 entérique chez la vache laitière. / Methane (CH4) is a potent greenhouse gas coming from the anaerobic microbial fermentation of the diet in the rumen. One of the main current challenge for the dairy sector is to find CH4 mitigation strategies (diets or genetics) without altering animal performance. Enteric methane measurement methods are costly and very difficult to apply on a large scale on field. Thus, there is a need to develop alternative measurement methods, such as equations based on proxies to predict CH4 emissions. Milk fatty acids (FA) have been identified as potential predictors of the methanogenesis in dairy cattle, but the prediction ability of extant published CH4 equations must be improved, and their domain of applicability must be enlarged to a wide range of diets. The objective of this PhD thesis was to confirm the potential of milk FA as proxies to predict enteric CH4 emissions in dairy cows fed a wide range of diets. Two databases (based on individual and mean data, respectively) were built thanks to an international collaboration, and gathered data on CH4, milk FA composition, dairy performances, diet and animal characteristics. Two in vivo experiments were conducted with the aim to study the effect of dietary strategies poorly documented, on methanogenesis and milk FA. The data from these experiments were included in the created database. Firstly, simple CH4 prediction equations were developed [g/d, g/kg of DMI (DMI), and g/kg of milk] based only on milk FA, and secondly other variables related to cow intake or characteristics, and dairy performance were added and constituted complex equations. Relationships between CH4 and several milk FA (C10:0, iso C17:0 + trans-9 C16:1, iso C16:0, cis-11 C18:1, cis-15 C18:1, cis-9,cis-12 C18:2, and trans-11,cis-15 C18 :2) were found, confirming common rumen metabolic pathways between methanogenesis and lipid metabolism. Equations were also closely related to the diets included in the database used for their development. Simple equations were less accurate than complex ones (prediction error of 58.6 g/d, 2.8 g/kg DMI and 3.7 g/kg milk vs 42.8 g/d, 2.5 g/kg DMI and 3.3 g/kg milk, respectively). A minimum difference of 16% in CH4 emissions between mitigating strategies can be evidenced with the best prediction equation developed in this PhD. Methane prediction equations based on milk FA well determined by infrared spectrometry methods need to be developed in order to be used on a routine basis and on a large scale. These prediction equations would allow studying the effect of novel mitigation strategies of enteric CH4 emissions in dairy cows.

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L’endométrite est une maladie affectant les performances en reproduction chez la vache laitière. Elle est définie par la présence d’inflammation excessive au niveau de l’utérus durant la période post-partum. Le traitement antibiotique sous forme d’infusion intra-utérine est l’une des approches curatives les plus utilisées et améliore les performances de reproduction subséquentes. Considérant les enjeux modernes en lien avec l’antibiorésistance et la réduction de l’utilisation d’antibiotiques en productions animales, il est justifiable de remettre en question l’utilisation d’une méthode diagnostique de l’endométrite basée uniquement sur la présence d’inflammation en vue de déterminer si un traitement antibiotique doit être utilisé. En ce sens, l’objectif principal de ce projet de recherche était de valider l’exactitude des résultats de milieux de culture bactériologique utilisés à la ferme (Tri-plate et Petrifilm) en se basant sur ceux obtenus en laboratoire diagnostique. Un objectif secondaire était de vérifier la concordance entre les résultats bactériens de laboratoire et ceux cytologiques. Pour ce faire, une étude observationnelle transversale a été réalisée au sein de deux troupeaux laitiers commerciaux faisant partie de la clientèle de la Clinique ambulatoire bovine de la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal. Un total de 189 vaches en période post-partum (30 à 43 jours de lactation) ont été enrôlées de façon systématique afin de recueillir 2 échantillons utérins à partir de cytobrosses lors d’un même examen. La première cytobrosse était utilisée pour inoculer directement le milieu de culture Tri-plate et ensuite être envoyée au laboratoire du Service diagnostic de la FMV de l’Université de Montréal pour culture bactérienne aérobique. La seconde cytobrosse était utilisée pour l’analyse cytologique (proportion de cellules polymorphonucléaires; PMNL), puis était diluée dans 1 ml de solution saline pour inoculer le milieu Petrifilm. Après une période d’incubation de 24h, le décompte de colonies était fait pour chaque milieu de culture. À partir de ces données, les analyses statistiques ont été complétées dans le but d’optimiser la sommation de sensibilité et spécificité (Se+Sp) des deux milieux de culture en fonction des résultats du laboratoire de référence. Pour le milieu Tri-plate, le seuil de ˃ 90 colonies a permis d’obtenir la Se+Sp maximale, soit 167,7. Pour le milieu Petrifilm, le seuil de ˃100 colonies a donné la Se+Sp maximale, soit 129. En ce qui concerne la concordance entre le diagnostic cytologique et bactériologique, les résultats de notre projet montrent que 64,3% des vaches positives au niveau cytologique (˃6% PMNL) se sont avérées négatives à la culture bactérienne, démontrant un manque de concordance. En conclusion, les résultats de notre étude supportent la faisabilité et le potentiel de la culture bactérienne d’échantillons de l’endomètre à la ferme. Notre projet met également en évidence que l’utilisation d’un dépistage cytologique de l’endométrite afin d’utiliser un traitement antibiotique puisse causer un manque d’optimisation dans l’efficacité des traitements. Il semble donc pertinent que d’autres projets soient complétés afin d’approfondir le dépistage bactériologique de l’endométrite et d’analyser le potentiel diagnostique de celui-ci. / Endometritis is a disease affecting reproductive performance in dairy cows. It is defined by the presence of excessive inflammation in the uterine body during the postpartum period. From a curative point of view, the use of antibiotic treatment in the form of intrauterine infusion is one of the most widely used methods which has a beneficial effect on subsequent reproductive performance in positive cases of endometritis. Considering the modern issues concerning the use of antibiotics in animal production, the use of a diagnostic method based on the presence of inflammation in order to administer antibiotic treatment is questionable. In that sense, the main objective of this research project was to validate the accuracy of the results of bacteriological culture medium used on the farm (Tri-plate and Petrifilm) based on the ones from diagnosis laboratory. A secondary objective was to verify the concordance between the bacterial and cytological results. To do this, a cross-sectional observational study was set up within two commercial dairy herds followed by the bovine outpatient clinic of the Faculty of Veterinary Medicine of the Université de Montréal. A total of 189 cows in the postpartum period (30 to 43 days in milk) were systematically enrolled in order to collect 2 uterine samples from cytobrush during the same examination. The first cytobrush was used to directly inoculate the Tri-plate medium and then be sent to the reference laboratory (Diagnostic service of the FVM of the Université de Montréal) for aerobic bacterial analysis. The second cytobrush was initially used to make a microscopic smear for cytological analysis (polymorphonuclear cell proportion (PMNL)) and subsequently diluted in 1 ml of saline to inoculate the Petrifilm medium. After an incubation period of 24 hours, the colony count was made for each culture medium. From these data, statistical analyses were completed in order to optimize the summation of sensitivity and specificity (Se + Sp) of the two culture medium according to the results of the reference laboratory. For the Tri-plate medium, the cutoff of ˃ 90 colonies resulted in the maximum Se + Sp, which was 167.7. For the Petrifilm medium, the threshold of ˃100 colonies gave the maximum Se + Sp, which was 129. Regarding the concordance between the cytological and bacterial diagnosis, the results of our project show that 64.3% of cows positive for cytological criteria (˃6% PMNL) were found to be negative from a bacterial point of view. In conclusion, this study shows that Tri-plate and Petrifilm medium used on-farms were best to reproduce the results obtained by laboratory analysis using 90 and 100 colony threshold respectively. Our results also support a lack of agreement between cytological and bacterial diagnosis. It therefore seems relevant that other projects are completed in order to deepen the bacterial screening for endometritis and to analyze its diagnostic potential.

Avec la mise en place de la nouvelle limite maximale de 400 000 cellules somatiques par millilitres de lait (c/mL) au réservoir, le mois d’août 2012 a marqué une étape importante en termes de qualité du lait pour les producteurs de bovins laitiers du Canada. L’objectif de cette étude consistait en l’établissement d’un modèle de prédiction de la violation de cette limite au réservoir à l’aide des données individuelles et mensuelles de comptages en cellules somatiques (CCS) obtenues au contrôle laitier des mois précédents. Une banque de donnée DSA comprenant 924 troupeaux de laitiers québécois, en 2008, a été utilisée pour construire un modèle de régression logistique, adapté pour les mesures répétées, de la probabilité d’excéder 400 000 c/mL au réservoir. Le modèle final comprend 6 variables : le pointage linéaire moyen au test précédent, la proportion de CCS > 500 000 c/mL au test précédent, la production annuelle moyenne de lait par vache par jour, le nombre de jours en lait moyen (JEL) au test précédent ainsi que les proportions de vaches saines et de vaches infectées de manière chronique au test précédant. Le modèle montre une excellente discrimination entre les troupeaux qui excèdent ou n’excèdent pas la limite lors d’un test et pourrait être aisément utilisé comme outil supplémentaire de gestion de la santé mammaire à la ferme. / August 2012 represents an in important step in terms of milk quality for the Canadian bovine dairy producers because the upper tolerance limit for bulk tank somatic cell count (BTSCC) was lowered to 400 000 somatic cells per millilitre (c/mL). The objective of this study was to develop a predictive model of exceeding the BTSCC limit based on monthly individuals somatic cell count (SCC) measures obtained in the previous months. A database including DHI data from the year 2008 of 924 dairy herds in Québec, Canada was used. A logistic regression model for repeated measures was constructed. The final model included 6 variables related to monthly individual cow somatic cell count: mean individual linear score at the previous test, proportion of cows over 500 000 cells/mL at the previous test, mean herd annual daily milk production per cow, average days in milk at the previous test, proportion of healthy cows at previous test, proportion of chronic cows at previous test. The model has excellent discrimination between herd that exceeded and herd that did not exceed 400 000 cells/mL and can be use to advise dairy producers of impending risks of exceeding the BTSCC limit.

Il existe plusieurs moyens d'augmenter la rentabilité d'une exploitation laitière. Parmi celles-ci, la réforme peut avoir un effet sur la production moyenne du troupeau et par conséquent sur les coûts de production de par la modulation de la structure du troupeau qu'elle entraîne. Afin de déterminer une rentabilité optimale des troupeaux, il est donc important de quantifier la réforme et de comprendre les mécanismes qui amènent à réformer un animal. Cette thèse a pour objectif principal de décrire la réforme dans les troupeaux laitiers du Québec. Plus précisément, elle vise à quantifier le taux de réforme, à explorer la relation entre le troupeau, le taux de réforme et le risque individuel de réforme, à déterminer l'effet causal de la mammite clinique sur la réforme, et à identifier les critères de décision utilisés lors de la réforme par les producteurs et les différents intervenants à la ferme. Une étude rétrospective longitudinale a été menée à partir des informations de santé et de production des vaches des troupeaux laitiers du Québec (Canada). Dix années de données, entre 2001 et 2010, ont été utilisées afin de déterminer des profils de troupeau et leurs taux de réforme, et un éventuel lien entre ceux-ci. L'influence du troupeau sur le risque individuel de réforme d'une part, et l'effet causal de la mammite clinique sur la réforme d'autre part, ont été explorés respectivement par analyse contextuelle et à l'aide d'un modèle marginal structural. Les critères de décision de réforme communs entre les producteurs, vétérinaires et autres conseillers ont été identifiés grâce à la méthodologie Q, qui permet de révéler la structure décisionnelle des individus. Cette étude a permis de quantifier un taux de réforme moyen de 32% sur les dix années de suivi de la cohorte, avec des variations importantes entre troupeaux. Il n'a pas été possible de déterminer des profils spécifiques de troupeaux en fonction d'un ensemble de caractéristiques liées à leurs performances de reproduction, de production, à leur gestion et indicateurs de santé. Il est, par contre, possible de les distinguer en fonction de certaines caractéristiques prise une à une et d'y associer le taux de réforme, notamment pour la gestion, la reproduction et la quantité de lait produite. Ces caractéristiques peuvent servir de variables contextuelles dans des analyses multiniveaux. Un effet contextuel du troupeau est présent dans le risque individuel de réforme, mais limité. Il résulte essentiellement de la pression exercée par les primipares arrivant dans le troupeau. Le risque de réforme dû à la mammite clinique, évalué dans le cadre contrefactuel d'une étude longitudinale où l'exposition est dépendante du temps, est comparable entre primipares et multipares. Pour ce risque, la production laitière a moins d'influence chez les primipares que chez les multipares. Les producteurs et leurs conseillers se réfère à un cadre de décision commun pour réformer une vache, se référant essentiellement à la santé mammaire de la vache et à sa production de lait. Le taux de réforme du troupeau n'intervient pas dans la décision de réformer une vache particulière. / There are several ways to increase the profitability of dairy farms. Among them, culling can affect the average herd production and therefore the costs of production, by modifying the herd structure. In order to determine an optimal herd profitability, it is important to quantify the culling rates and to understand the mechanisms leading to the culling of an animal. The main objective of this thesis is to describe culling in Québec dairy herds. Specifically, it aims to quantify the culling rates, to explore relationship between the herd, the culling rate, and the individual culling risk, to determine the causal effect of clinical mastitis on culling, and to identify the decision-making criteria used by producers and farm advisers. A retrospective longitudinal study was conducted on health and production data from cows in dairy herds from Québec, Canada. Ten years of data, between 2001 and 2010, were used to determine herd profiles and their culling rates, and their potential relationship. Herd influence on individual culling risk and the causal effect of clinical mastitis were explored respectively by contextual analysis and by using a marginal structural model. Shared criteria on culling decisions held by dairy producers, veterinarians and other advisers were identified with the help of the Q-methodology, which provides a means to reveal the decision structure of individuals. This study quantified an average culling rate of 32% based on ten years of follow-up, with significant variations between herds. Specific herd profiles according to a set of characteristics related to their reproductive and production performances, management and health indicators could not be determined. It is however possible to distinguish herds against certain unique feature taken one by one and to relate it to the culling rate, including herd management, reproduction performances, and milk production. These indicators can be considered as contextual variables in multilevel analyses. A herd contextual effect is present in the cow culling risk, but limited. It is mainly due to the pressure of heifers coming into the herd. Culling risk due to clinical mastitis, considered in the counterfactual framework of a longitudinal study where exposure is time-varying, is comparable between primiparous and multiparous cows. For this risk, dairy production has less influence in primiparous that in multiparous cows. Producers and their advisers share a common framework for culling decision-making, referring essentially to cow's udder health and her milk production. Herd culling rate is not involved in the decision to cull a specific cow.

Huit cent trente et un troupeaux de vaches laitières répartis dans 5 états américains ont été enrôlés dans une étude de cohorte prospective. Un modèle d’équations d'estimation généralisées a été utilisé pour étudier l'association entre les signes cliniques et la détection de salmonelles dans les fèces des animaux soupçonnés de salmonellose clinique. La sensibilité et la spécificité de la culture bactériologique ont été estimées à l’aide d’un modèle de classes latentes. Dix-huit pour cent des 874 échantillons provenant de veaux et 29% des 1479 échantillons de vaches adultes étaient positifs pour Salmonella spp. Il n’a pas été possible d’établir une association claire entre les différents signes cliniques observés et la détection de salmonelles. Les 2 sérotypes les plus fréquemment isolés étaient Typhimurium et Newport. La probabilité de détecter des salmonelles était plus élevée chez les veaux où un autre agent entéropathogène était également détecté. La proportion d’échantillons positifs était plus élevée parmi les vaches ayant reçu des antibiotiques dans les jours précédant l’échantillonnage. La sensibilité de la culture a été estimée à 0,48 (intervalle de crédibilité à 95% [ICr95%]: 0,22-0,95) pour les veaux et 0,78 (ICr95%: 0,55-0,99) pour les vaches. La spécificité de la culture était de 0,94 (ICr95%: 0,87-1,00) pour les veaux et de 0,96 (ICr95%: 0,90-1,00) pour les vaches. Malgré une sensibilité imparfaite, la culture bactériologique demeure utile pour obtenir une meilleure estimation de la probabilité post-test de salmonellose clinique chez un bovin laitier, par rapport à la probabilité estimée suite au seul examen clinique. / Eight hundred and thirty-one dairy herds in 5 states in the northeast USA were enrolled in a prospective cohort study. A generalized estimating equations model including herd as a random effect was built to study the association between clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces of animals suspected of clinical salmonellosis. The sensitivity and specificity of the bacteriological culture were estimated using a latent class model. Eighteen percent of the 874 samples from calves and 29% of the 1479 samples from adult cows were positive for Salmonella spp. It was not possible to establish a clear association between the various clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces. The two most frequently isolated serotypes were Typhimurium and Newport. The probability of detecting salmonellas was higher for calves when another enteric pathogen was also detected. The proportion of positive samples was higher among cows that received antibiotics in the days preceding the sampling. The sensitivity of the bacteriological culture was estimated at 0.48 (95% credibility interval [95%CrI]: 0.22 to 0.95) for calves and 0.78 (95%CrI 0.55 to 0.99) for cows. The specificity of the culture was 0.94 (95%CrI: 0.87 to 1.00) for calves and 0.96 (95%CrI: 0.90 to 1.00) for cows. Despite imperfect sensitivity, bacterial culture remains useful to obtain a better estimate of the post-test probability of clinical salmonellosis in dairy cattle, compared to the estimated probability following the clinical examination alone.

Comprendre les événements paracriniens qui régulent la fertilité chez la vache est nécessaire non seulement en raison de l'importance agricole de cette espèce, mais aussi pour son utilisation potentielle comme modèle chez l’humain. L'oxyde nitrique (NO), un gaz de radicaux libres, a été impliqué dans la croissance folliculaire et l'ovulation chez les rongeurs et d'autres espèces, mais chez la vache c’est une énigme fascinante : le NO est produit par les cellules de la granulosa bovine et est régulé par la FSH, mais la présence et le profil d'expression des enzymes responsables de la synthèse de NO (NOS) dans les cellules de la granulosa tout au long de la croissance folliculaire ne sont pas claires. Les objectifs de cette thèse sont: (1) élucider le mécanisme de contrôle des NOS et les conséquences de la production d'oxyde nitrique pour le fonctionnement des cellules de la granulosa au cours du développement folliculaire chez la vache et (2) déterminer la régulation des NOS pendant la cascade ovulatoire induite par LH chez les cellules de la granulosa bovine et si l'activité des NOS pour l’expression des gènes critiques dans la cascade ovulatoire chez cette espèce. Les résultats sont séparés en 2 articles. Dans le premier article, la régulation de NOS2 dans les cellules de la granulosa bovine a été explorée. L'abondance des ARNm codant pour NOS2 a été stimulée par la FSH et l’IGF1 en augmentant l’estradiol, et un blocage de l'action de l’estradiol a conséquemment réduit les niveaux d'ARNm codant pour NOS2. De plus, l'inhibition de l'activité des NOS a augmenté l'apoptose dans les cellules de la granulosa in vitro. Dans le second article, il a été démontré que le pic de LH induit une activation des NOS dans les cellules de la granulosa, et que l'activité de NOS induit la production de NO, ce qui est essentiel pour l’expression des gènes critiques dans la cascade ovulatoire induite par LH comme EREG/AREG/PTGS2. Ensemble, les résultats présentés dans ces 2 articles suggèrent que les niveaux physiologiques d'activité des NOS peuvent contribuer à la croissance et la survie des cellules de la granulosa et indiquent également que NO peut être essentiel pour l'ovulation chez les bovins. / Understanding the paracrine events that regulate fertility in the cow is necessary not only because of the agricultural importance of this species, but also its potential use as a model for humans. Nitric oxide (NO), a free-radical gas, has been implicated in follicular growth and ovulation in rodents and other species, but the cow is an intriguing enigma: NO is produced by bovine granulosa cells and is regulated by FSH, but the presence and the expression pattern in granulosa cells of the enzymes responsible for NO synthesis (NOS) throughout follicular growth are unclear. The objectives of the present thesis were (1) to elucidate the mechanism of control of NOS and the consequences of nitric oxide production for granulosa cell function during follicle development in cattle; and (2) to determine the regulation of NOS during the LH-induced ovulatory cascade in bovine granulosa cells and whether NOS activity is critical for the ovulatory cascade in this species. The results are separated in 2 articles. In the first article, the regulation of NOS2 in bovine granulosa cells was explored. Abundance of mRNA encoding NOS2 was stimulated by FSH and IGF1 through increased estradiol, and a blockade of estradiol action consequently lowered NOS2 mRNA levels. Further, inhibition of NOS activity increased apoptosis in granulosa cells in vitro. In the second article, it was demonstrated that the LH surge induces NOS activation in granulosa cells, and that NOS activity induces the production of NO, which is essential for EREG/AREG/PTGS2 expression, critical genes in the LH-induced ovulatory cascade. Together, the results presented in these 2 articles suggest that physiological levels of NOS activity may contribute to growth and survival of granulosa cells, and also indicate that NO may be essential for ovulation in cattle.

Les objectifs de cette étude ont été de : (1) déterminer s’il existe une association entre la présence intra-utérine d'Escherichia coli dans la 1 ère semaine postpartum et le développement de la métrite postpartum, (2) déterminer s’il y a une association entre les gènes de virulence d'E. coli et la métrite postpartum, et (3) d'évaluer si les analyses bactériologiques (bactéries et gènes de virulence d'E. coli) pourraient prédire la métrite postpartum chez la vache laitière. Des écouvillons utérins ont été prélevés dans la première semaine postpartum sur 486 vaches de race Holstein et soumis au laboratoire pour détection de E. coli. Les gènes de virulence d'E. coli ont été identifiés par la technique d'hybridation des sondes radioactives. Un total de 252 vaches (52%) ont été positives à E. coli et 67 vaches positives à la métrite postpartum (13,7%). Les vaches positives à E. coli intra-utérin dès la première semaine postpartum avaient un risque 2,6 fois plus élevé de développer la métrite postpartum que les vaches sans E. coli. La plupart des E. coli possédaient un ou plusieurs gènes des E. coli d'origine extra-intestinale (ExPEC) dont fimH (89%), HlyE (87%) et iss (70%). Parmi les autres gènes ExPEC, on a retrouvé sitA (23%), fepC (20%) hra1 (20%) malX (14%) tsh (11%) et bien d'autres. Les gènes de virulence kpsMTII et hra1 ont été associés à la métrite postpartum avec un rapport de cote de 4,3 chacun. La présence d'E. coli dans l'utérus avait une valeur prédictive positive de 18% tandis que la présence des gènes kpsMTII et hra1 avait une valeur prédictive positive de 36% et 31% respectivement. La détection de certains gènes de virulence d'E. coli dans les prélèvements utérins pourrait renseigner sur le risque de développement de la métrite postpartum chez la vache laitière. Les études ultérieures pourraient tester encore plus de gènes et viser à développer des tests de dépistage simple, facilement et rapidement applicable à la ferme. / The objectives of this study were to (1) determine whether there is an association between the presence of intra-uterine Escherichia coli in the first week postpartum and the occurrence of postpartum metritis in the subsequent weeks, (2) determine whether there is an association between E. coli virulence genes and postpartum metritis, and (3) to assess whether the presence of these E. coli virulence genes could predict the occurrence of postpartum metritis in dairy cows. Uterine swabs were collected in the first week postpartum from 486 Holstein cows and submitted to the laboratory for detection of E. coli. Virulence genes of E. coli were identified using the radioactive probe hybridization method. A total of 252 cows (52%) were positive for intra-uterine E. coli and 67 cows (13.7%) were positive for postpartum metritis. Cows positive for intra-uterine E. coli in the first week postpartum had 2.6 times the odds of developing postpartum metritis compared to negative cows. Most intra-uterine E. coli possessed one or more ExPEC genes, among which FimH (89%), hlyE (87%), and iss (70%). Other ExPEC genes such as sitA (23%), fePC (20%) hra1 (20%) malX (14%) tsh (11%) and others were found with low prevalence. The presence of the virulence genes kpsMTII and hra1 was associated with 4.3 times each the odds of developing postpartum metritis compared to negative cows. The presence of E. coli in the uterus had a positive predictive value of 18%, while the presence of the genes kpsMTII and hra1 had a positive predictive value of 36% and 31% respectively. The detection of certain virulence genes of E. coli in uterine swabs could inform about the risk of developing postpartum metritis in dairy cattle. Further studies could test more virulence genes and aim at developing molecular tests that would be simple, quickly and easily applicable on farm.

Ce travail a pour objectif d'étudier les effets d’une supplémentation en acides gras polyinsaturés (AGPI) n-3 à longues chaines sur la production d’embryons chez les vaches laitières. Le régime enrichi en AGPI n-3 a eu tendance à augmenter le nombre moyen des complexes ovocyte-cumulus récupérés par vache par session d’OPU par rapport au groupe témoin AGPI n-6. Une tendance à augmenter le nombre moyen par vache par session d’OPU de blastocystes et de blastocystes expansés avec une augmentation significative de blastocystes de qualité 1 et 2 ont été notés dans le groupe n-3. De même, les taux de blastocystes, de blastocystes expansés et de blastocystes de qualité 1 et 2 ont été significativement augmentés dans le groupe n-3. Nous avons aussi montré que l’addition d’acide docosahexaénoïque (DHA, C22:6 n-3) à une faible concentration (1μM) pendant la maturation in vitro des ovocytes bovins augmente significativement le taux de clivage et le taux et la qualité de blastocyste. La stimulation de FFAR4 (free fatty acid receptor 4), au cours de la MIV, par un agoniste spécifique (TUG 891), a entrainé des effets bénéfiques similaires à ceux du DHA (1μM) sur la compétence ovocytaire. Cela suggère que l’effet bénéfique du DHA pourrait passer, au moins partiellement, par l’activation du FFAR4. / We aimed to investigate whether dietary n-3 PUFA, in Prim‘Holstein dairy cattle in lactation, could influence reproductive performance in terms of embryo production. We showed that n-3 PUFA-enriched diet had a tendency to increase the average number of oocyte-cumulus complexes recovered per cow per OPU session. A tendency to increase the average numbers per cow per OPU session of blastocysts and expanded blastocysts with significantly increase of blastocysts of quality 1 and 2 were noted in the n-3 group compared to the n-6 group. Similarly, the rate of blastocysts, expanded blastocysts and blastocysts of quality 1 and 2 were significantly increased in the n-3 group compared to the n-6 group. We also showed that the addition of docosahexaenoic acid (DHA, C22:6 n-3) at low concentration (1μM) during IVM of bovine oocytes increased cleavage rate, blastocyst rate and embryo quality. DHA and free fatty acid receptor 4 (FFAR4) agonist TUG- 891 (1 or 5 μM) supplied during IVM similarly improved in vitro embryo development, suggesting that FFAR4 may, at least partially, mediate DHA beneficial effects on OCC, through activation of signaling pathways.