Thesis (MSc)--University of Stellenbosch, 2003. / ENGLISH ABSTRACT: The genetic information of plants is found in the nucleus, the mitochondria, and the plastids. The DNA of plastids is comprised of multiple copies of a double-stranded, circular, prokaryoticallyderived genome of -150 kb. The genome equivalents of plastid organelles in higher plant cells are an attractive target for genetic engineering as high protein expression levels are readily obtained due to the high genome copy number per organelle. The resultant proteins are contained within the plastid organelle and the corresponding transgenes are inherited, in most crop plants, uniparentally, preventing pollen transmission of DNA. Plastid transformation involves the uniform modification of all the plastid genome copies, a process facilitated by homologous recombination and the non-Mendelian segregation of plastids upon cell division. The plastid genomes are in a continuous state of inter- and intra-molecular exchange due to their common genetic complement. This enables the site-specific integration of any piece of DNA flanked by plastid targeting sequences, via homologous recombination. The attainment of homoplasmy, where all genomes are transformed, requires the inclusion of a plastid-specific selectable marker. Selective pressure favouring the propagation of the transformed genome copies, as well as the random segregation of plastids upon cell division, make it feasible to acquire uniformity and hence genetic stability. From this, a complete transplastomie line is obtained where all plastid genome copies present are transgenic, having eliminated all wild-type genome copies. The prokaryotic nature of the chloroplast genetic system enables expression of multiple proteins from polycistronic mRNAs, allowing the introduction of entire operons in a single transformation. Expression cassettes in vectors thus include single regulatory elements of plastid origin, and harbour genes encoding selectable and screenable markers, as well as one or more genes of interest. Each coding region is preceded by an appropriate translation control region to ensure efficient translation from the polycistronic mRNA. The function of a plastid transformation vector is to enable transfer and stable integration of foreign genes into the chloroplast genomes of higher plants. The expression vector constructed in this research is specific for the transformation of the grape chloroplast genome. Vitis vinifera L., from the family, Vitaceae, is the choice species for the production of wine and therefore our target for plastid transformation. All chloroplast derived regulatory elements and sequences included in the vector thus originated from this species. / AFRIKAANSE OPSOMMING: Die genetiese inligting van plante word gevind in die kern, die mitochondria, en die plastiede. Die DNA van plastiede bestaan uit veelvuldige kopieë van 'n ~ 150 kb dubbelstring, sirkulêre genoom van prokariotiese oorsprong. Die genoomekwivalente van plastiede in hoër plante is 'n aantreklike teiken vir genetiese manipulering, aangesien die hoë genoom kopiegetal per organel dit moontlik maak om gereeld hoë vlakke van proteïenuitdrukking te verkry. Hierdie proteïene word tot die plastied beperk, en die ooreenstemmende transgene word in die meeste plante sitoplasmies oorgeërf, sonder die oordrag van DNA deur die stuifmeel. Plastied transformasie behels die uniforme modifikasie van al die plastied genoomkopieë, 'n proses wat deur homoloë rekombinasie en die nie-Mendeliese segregasie van plastiede tydens seldeling gefasiliteer word. As gevolg van die gemeenskaplike genetiese komplement, vind aanhoudende interen intra-molekulêre uitruiling van plastiedgenome plaas. Dit maak die setel-spesifieke integrasie, via homoloë rekombinasie, van enige stuk DNA wat deur plastied teikenvolgordes begrens word, moontlik. Vir die verkrying van homoplasmie, waar alle genome getransformeer is, word die insluiting van 'n plastiedspesifieke selekteerbare merker benodig. Seleksiedruk wat die vermeerdering van die getransformeerde genoomkopieë bevoordeel, en die lukrake segregasie van plastiede tydens seldeling, maak dit moontlik om genetiese stabiliteit en uniformiteit van die genoom te verkry. Dit kan op sy beurt tot die verkryging van 'n volledige transplastomiese lyn lei, waar alle aanwesige plastiedgenome transgenies is, en wilde tipe genoomkopieë geëlimineer is. Die prokariotiese aard van die chloroplas genetiese sisteem maak die uitdrukking van veelvuldige proteïene vanaf polisistroniese mRNAs moontlik, wat die toevoeging van volledige operons in 'n enkele transformasie toelaat. Uitdrukkingskassette in vektore bevat dus enkel regulatoriese elemente van plastied oorsprong, gene wat kodeer vir selekteerbare en sifbare merkers, asook een of meer gene van belang (teikengene). Voor elke koderingsstreek, is daar ook 'n toepaslike translasie beheerstreek om doeltreffende translasie vanaf die polisistroniese mRNA te verseker. Die funksie van 'n plastied transformasie vektor is om die oordrag en stabiele integrasie van transgene in chloroplasgenome van hoër plante moontlik te maak. Die uitdrukkingsvektor wat in hierdie studie gekonstrueer is, is spesifiek vir die transformasie van die druif chloroplasgenoom. Vitis vinifera L., van die familie Vitaceae, is die voorkeur species vir die produksie van wyn, en daarom die teiken vir plastied transformasie. Alle chloroplast-afgeleide regulatoriese elemente en volgordes wat in hierdie vektor ingesluit is, het huloorsprong vanaf VUis vinifera L.

A partir de uma aplicação da Forma Canônica de Jordan, construímos uma base para o espaço atrator para operadores quânticos de dimensão finita. Essa base é formada pelos autoespaços correspondentes a autovalores de módulo 1. Com essa construção, descrevemos o comportamento da dinâmica assint otica dos operadores quânticos, obtendo assim, o resultado principal do texto. A dinâmica depende dos vetores duais, cuja definição não é feita a partir de uma forma explicita, mas por propriedades relacionadas ao traço. Investigando propriedades dos operadores estritamente positivos, definimos um produto interno que relaciona o produto interno de Hilbert-Schmidt com um operador estritamente positivo. Com isso, obtemos uma forma explícita para os vetores duais. / From an application of the Jordan Canonical Form, we construct a basis for the attractor space for quantum operations of nite dimension. This basis is formed by eigenspaces corresponding to eigenvalues of modulus 1. With this construction, we describe the behavior of the asymptotic dynamics of the quantum operations, thus obtaining the main result of the text. The dynamics depends on the dual vectors whose de nition is not made in an explicit form, but by properties related to the trace. Investigating the properties of strictly positive operators, we de ne an inner product that relates the Hilbert-Schmidt inner product with a strictly positive operator. Thus, we have an explicit form for the dual vectors.

Se por um lado as usinas hidrelétricas suprem as necessidades de energia do país, essas também são responsáveis pela proliferação de doenças cujos agentes são transmitidos, em sua grande maioria, por mosquitos que utilizam as áreas inundadas dessas usinas como criadouros. Pode-se observar tal cenário na UHE de Ourinhos, que está localizada no rio Paranapanema entre as cidades de Ourinhos, SP, e Jacarezinho, PR, onde foram definidas três estações de coleta usadas para a avaliação da dinâmica de população nos períodos pré e pós inundação do reservatório, a partir dos dados coletados descreveu-se as alterações ocorridas na população de culicídeos da UHE Ourinhos, diante dos impactos da inundação e calculou-se riqueza, dominância, diversidade e , IAEP e similaridade. Sendo que para captura de adultos utilizou-se armadilha de Shannon e aspirador à bateria, e para os imaturos conchas entomológicas em coleções de água estagnada. Entre as espécies de importância epidemiológica coletadas e identificadas temos: Aedes albopictus, Aedes scapularis, Anopheles albitarsis, Anopheles darlingi, Culex quinquefasciatus, Culex nigripalpus, Haemagogus leucocelaenus e Psorophora ferox. Destaca-se a redução do número de espécies no período pós enchimento, juntamente com a recolonização do nicho por novas espécies ou espécies antes raras, como exemplificado pelo surgimento do An. darlingi, e ascensão do An. albitarsis, espécies consideradas vetores primário e secundário da malária, no Brasil, respectivamente. Como conclusão, depreende-se que o lago formado pela represa de Ourinhos alterou a dinâmica de culicídeos do local, fato que pode representar menor contato desses hematófagos com a população no entorno do lago recém formado / If the hydroelectric power plants supply the needs of the country, they are also responsible for the proliferation of diseases whose pathogens are transferred, in most of time, by mosquitoes that using the flooded areas such as breeding. It can be observed this scenario in the HPP of Ourinhos, which is located on the Paranapanema river between the cities of Ourinhos, SP, and Jacarezinho, PR, where three stations were established to collect used for assessing the diversity of populations in the pre and post flooding of the reservoir from the data collected described the changes occurring in the population of Culicidae of Ourinhos HPP, before the impacts of flooding and it was estimated richness, dominance, and diversity, standardized index of abundance of species and similarity. Where to catch the adult was used the Shannons trap and vacuum, and for the immature forms \"entomological ladle\" in collections of stagnant water. Among the species of epidemiological importance have collected and identified: Aedes albopictus, Aedes scapularis, Anopheles albitarsis s.l, Anopheles darlingi, Culex quinquefasciatus, Culex nigripalpus, Haemagogus leucocelaenus and Psorophora ferox. It is reducing the number of species in the period after filling, together with the recolonization of the niche for new species or rare species before, as exemplified by the emergence of Anopheles(Nys.) darlingi and Anopheles albitarsis s.l rise of species, as primary and secondary vectors malaria in Brazil, respectively. In conclusion, it appears that the lake formed by the dam of Ourinhos changed the diversity of the mosquitoes in site, which may represent less contact with the blood of people around the newly formed lake

A partir de uma aplicação da Forma Canônica de Jordan, construímos uma base para o espaço atrator para operadores quânticos de dimensão finita. Essa base é formada pelos autoespaços correspondentes a autovalores de módulo 1. Com essa construção, descrevemos o comportamento da dinâmica assint otica dos operadores quânticos, obtendo assim, o resultado principal do texto. A dinâmica depende dos vetores duais, cuja definição não é feita a partir de uma forma explicita, mas por propriedades relacionadas ao traço. Investigando propriedades dos operadores estritamente positivos, definimos um produto interno que relaciona o produto interno de Hilbert-Schmidt com um operador estritamente positivo. Com isso, obtemos uma forma explícita para os vetores duais. / From an application of the Jordan Canonical Form, we construct a basis for the attractor space for quantum operations of nite dimension. This basis is formed by eigenspaces corresponding to eigenvalues of modulus 1. With this construction, we describe the behavior of the asymptotic dynamics of the quantum operations, thus obtaining the main result of the text. The dynamics depends on the dual vectors whose de nition is not made in an explicit form, but by properties related to the trace. Investigating the properties of strictly positive operators, we de ne an inner product that relates the Hilbert-Schmidt inner product with a strictly positive operator. Thus, we have an explicit form for the dual vectors.

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Anopheles marajoara vem ganhando destaque como vetor potencial de Plasmodium nas regiões onde ocorre. Tal fato está relacionado aos avanços na taxonomia do Complexo Albitarsis e aos estudos direcionados ao conhecimento dos hábitos da espécie. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a comunidade Culicidae, destacando An. marajoara, em função da heterogeneidade ambiental da Ilha Comprida. Para tanto, foram utilizados indicadores de diversidade aplicados às comunidades culicídeas imaturas e adultas presentes na ilha. Foi analisada a atividade hematofágica da espécie, considerando-se as interações interespecíficas naquela comunidade. An. marajoara se mostrou uma das espécies dominantes, com acentuada antropofilia. A espécie foi encontrada em criadouros artificiais, o que denota expressiva valência ecológica. Observou-se deslocamento do pico de atividade hematofágica em relação às populações de An. albitarsis s.l. de outros estados e países, provavelmente como estratégia para evitar competição com outras espécies, permitindo sua coexistência. An. marajoara e outros Culicidae têm potencial como vetores de Plasmodium e arbovírus, respectivamente, na Ilha Comprida, dadas as características das espécies e da localidade / Anopheles marajoara has been gaining prominence as the main vector of Plasmodium in the regions where it occurs. This fact is related to advances in the taxonomy of the Albitarsis complex and studies directed to understand the habits of the species. The aim of this study was to characterize the Culicidae community, emphasizing Anopheles marajoara, according to the heterogeneity of Comprida Island. For this, diversity indicators were applied to immature and adult Culicidae communities in the island. The biting activity of the species was analyzed, considering the interspecific interactions in this community. Anopheles marajoara was one of the dominant species, with marked anthropophily. The species was found in artificial breeding places, which indicates significant ecological plasticity. There was displacement of the peak biting activity in comparison with populations of Anopheles albitarsis s.l. from other states and countries, probably as a strategy to avoid competition with other species, allowing their coexistence. Anopheles marajoara and other Culicidae are potential vectors of Plasmodium and arboviruses, respectively, in Comprida Island, given the characteristics of the species and of the locality

CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / The present work aims to discuss the place from its geographical dynamics experienced under the comparison between the parties of Nossa Senhora da Conceicao and the symbolic representation of the Passion of Christ in Pacatuba-CearÃ, while symbolic reference and as comparative role of Christmas and June cycle parties. It is through the analysis of symbolic representation that the parties give to the place, we seek to understand how the spectacular party defies Pacatuba while heritage. In this sense, the study is directly connected to the Maffesoli metaphor: âthe place makes the link of intangible heritage and religiousâ, in addition to the contributions of Ferrara, Eliade, Di MÃo, Duvignaud and Canclini, and other authors working this issue. The cultural approach in geography, as well as the relevant aid other human sciences such as anthropology and sociology, allows us a required reading for understanding the spatiality of the party. To apprehend it, we held documentary research, systematic field observations, interview with organizers and representatives of the City Hall, in addition to surveys and questionnaires with both locals and visitors, were held. Thus, feature vector dynamics that influence the symbolic place, and who embodies the plot of intentionality, represented by the driving forces: Mythic / Religious, media / Ecosystem and Political / Tourism in an attempt of asset reorganization of this space. Is the challenge of reflection on the alter identity of the two parties put on the spectacle, thanks to or in spite of it, it is the research evidence. / O presente trabalho objetiva discutir o lugar a partir das dinÃmicas geogrÃficas vivenciadas entre as festas de Nossa Senhora da ConceiÃÃo e da EncenaÃÃo da PaixÃo de Cristo em Pacatuba â CearÃ, enquanto referÃncia simbÃlica e como papel comparativo das festas representantes dos ciclos natalino e junino. à atravÃs da analise da representaÃÃo simbÃlica que as festas dÃo ao lugar, que buscamos compreender de que maneira a festa espetacular desafia Pacatuba enquanto bem patrimonial. Nesse sentido, o estudo està diretamente ligado à metÃfora de Maffesoli: "o lugar faz o elo do patrimÃnio imaterial e religioso", alÃm das contribuiÃÃes de Ferrara, Eliade, Di MÃo, Duvignaud e Canclini, e de outros autores que trabalham essa temÃtica. A abordagem cultural em geografia, bem como o relevante auxÃlio de outras ciÃncias humanas a exemplo da Antropologia e Sociologia, nos permite uma leitura requerida para o entendimento da espacialidade festiva. Para apreendermos isso, pesquisa documental, constantes observaÃÃes em campo, entrevista com organizadores e representantes da prefeitura, alÃm de enquetes e questionÃrios com os moradores e visitantes, foram realizados. Destarte, caracterizamos as dinÃmicas vetoriais que influenciam o lugar simbÃlico, e que encarna a trama de intencionalidades sociais, representado pelas forÃas motrizes: MÃtico/Religioso, MidiÃtico/EcossistÃmico e PolÃtico/TurÃstico na tentativa da reorganizaÃÃo patrimonial desse espaÃo. à o desafio da reflexÃo sobre a alter identidade das duas festas diante da espetacularizaÃÃo posta, que graÃas a ela ou apesar dela, cabe à pesquisa evidenciar.

The study describes, under the view point of zoological systematics, the vectors involved in the main zoonosis of Sergipe and its distribution in the regional ecosystems. Additionally are commented related aspects to the etiologic agents, biology of the vectors, number of cases registered in Sergipe during 1999 2004 and the potential zoonosis. Animals belonging to 6 taxonomic orders are transmitters of zoonosis in Sergipe: Diptera (19 species), Hemiptera (9 species), Siphonaptera (7 species), Rodentia (3 species), Basomatophora (2 species) and Chiroptera (2 species). Restricted to the caatinga it were registered 5 species (Diptera 3, Hemiptera 2), 6 species are presented in the atlantic forest (Diptera 3, Hemiptera 3) and 31 species are distributed in both domains (Diptera 13, Hemiptera 4, Siphonaptera 7, Basomatophora 2, Rodentia 3 and Chiroptera 2). Artificial Identifications keys for recognizing orders, families, subfamilies, genus and species are presented. The main zoonosis presented in Sergipe are the classic and hemorrhagic dengue fever, cutaneous and visceral leishmaniosis, Chagas disease, schistossomosis and leptospirosis.The potential zoonosis are the urban yellow fever, malaria, filariosis, and human pest. It was not detected endemic zoonosis in the region; restricted to the northeast focuses are the Chagas disease and schistossomosis. The others zoonosis occur in all regions. / O presente estudo descreve sob o ponto de vista da sistemática zoológica os principais vetores que transmitem zoonoses em Sergipe e as distribuições destes nos ecossistemas regionais. Adicionalmente são comentados aspectos relacionados aos agentes etiológicos, biologia dos vetores, número de casos registrados em Sergipe durante 1999 2004 e as zoonoses potenciais. Animais pertencentes a 6 ordens taxonômicas são transmissores de zoonoses em Sergipe: Diptera (19 espécies), Hemiptera (9 espécies), Siphonaptera (7 espécies), Rodentia (3 espécies), Basomatophora (2 espécies) e Chiroptera (2 espécies). Restritas à caatinga foram registradas 5 espécies (Diptera 3, Hemiptera 2), 6 espécies estão presentes na mata atlântica (Diptera 3, Hemiptera 3) e 31 espécies estão distribuídas em ambos os domínios (Diptera 13, Hemiptera 4, Siphonaptera 7, Basomatophora 2, Rodentia 3 e Chiroptera 2). São apresentadas chaves artificiais de identificação para reconhecimento das ordens, famílias, subfamílias, gêneros e espécies. As principais zoonoses presentes em Sergipe são as dengues clássica e hemorrágica, leishmaniose visceral e cutânea, doença de Chagas, esquistossomose e leptospirose. As zoonoses potenciais são a febre amarela urbana, malária, filariose e peste humana. Não foram detectadas zoonoses endêmicas na região; restritas a focos do nordeste estão a doença de Chagas e a esquistossomose. As demais zoonoses ocorrem em todas as regiões.

A cada ano a dengue tem preocupado cada vez mais os países e levado os sistemas de vigilância da saúde, nas diversas esferas, a adotar várias medidas para o seu controle, tendo em vista a iminência de uma grande epidemia de febre hemorrágica no mundo. Os estudos epidemiológicos ajudam esses sistemas de vigilância a melhorar e direcionar as ações preventivas para o controle da doença. O objetivo desse trabalho foi realizar um estudo epidemiológico dos casos notificados e confirmados de dengue, a partir do banco de dados do SINAN, nos anos de 2000 a 2005 no Município de Guarulhos (SP). Para se analisar a ocorrência da doença segundo variáveis sócio-demográficas (sexo, raça, faixa etária e a densidade demográfica de cada bairro) foi realizada uma análise estatística onde se observou as diferenças entre os casos do banco de dados e os indivíduos da população do município para cada variável. Para a variável sexo, não foram observadas diferenças estatísticas significativas entre as proporções para cada sexo na amostra e na população do município (P=0,28); para a variável raça, não foi observada diferença estatística significativa entre as proporções de indivíduos das raças parda e indígena (P>0,05), porém nas outras comparações entre as raças (branca, negra, amarela e ignorado), foram observadas diferenças estatísticas (P<0,05) em comparação com a população do Estado. Para as faixas etárias, não foram observadas diferenças estatísticas significativas nas categorias de 15-19 anos, 20-24 anos, 25-29 anos, 55-59 anos, 60-64 anos e 70-74 anos (P>0,05) em relação às proporções nas faixas etárias correspondentes na população do município. Por outro lado, nas outras faixas etárias (0-4, 5-9, 10-14, 30-34, 40-44, 45-49, 50-54, 75+ anos) foram observadas diferenças estatísticas significativas (P<0,05). Procurou-se relacionar o número mensal de casos, ano a ano, tanto com o índice de Breteau quanto com os dados meteorológicos de precipitação total mensal e a temperatura média compensada mensal, porém foi observada uma baixa correlação estatística entre os casos da doença e este índice e entre os casos e a temperatura média compensada mensal e a precipitação total mensal. Também foi realizada uma análise da série histórica dos casos, onde foi possível observar o aumento de casos nos anos de 2002 e 2003. Na análise de sazonalidade foi observado que, nos meses de fevereiro a maio, o número de casos supera a média anual, ficando abaixo da média nos meses de junho a janeiro. Os casos foram distribuídos nos mapas georreferenciados por bairros e por ano de incidência e foi possível observar o processo de endemização da doença, com casos espalhados no município em todos os anos do estudo. / Dengue is a disease that concerns health authorities in many countries and the surveillance systems are adopting measures to control it, once a great epidemic of hemorrhagic fever is expected to occur. Epidemiologic studies help these surveillance systems to improve and to manage preventive actions to control the disease. The objective of this research was to carry out an epidemiologic study of notified and confirmed cases of dengue, from the database of SINAN, corresponding to the years from 2000 to 2005 in the City of Guarulhos (SP). To analyze the occurrence of the illness according to social-demographic variables (sex, race, age and demographic density of each district), a statistical analysis was performed, and, for each variable, the differences between the cases of the data base and the individuals of the population of the city were observed. For the variable \"sex\", statistically significant differences between the proportions for each sex in the data base and in the city population were not observed (P=0.28); for the variable \"race\", a statistically significant difference was not observed between the proportions of individuals of the races \"medium brown\" and \"indigenous\" (P>0.05), however in the other comparisons between races (\"white\", \"black color\", \" yellow\" and \"ignored\"), statistically significant differences were observed (P<0.05). For age, statistically significant differences were not observed in the categories of 15-19 years, 20-24 years, 25-29 years, 55-59 years, 60-64 years and 70-74 years (P>0.05) when compared with the corresponding age intervals in the city population. However, in the other age intervals (0-4, 5-9, 10-14, 30-34, 40-44, 45-49, 50-54, 75+ years) statistically significant differences were observed (P<0.05). We assessed whether there was a relationship between the monthly number of cases, for each year, and the Breteau index, the meteorological data of monthly total precipitation and monthly compensated average temperature. Low correlation coefficients, however, were observed between the cases and the Breteau index and between the cases and the monthly compensated average temperature and the monthly total precipitation for each year. An analysis of the time series of cases was carried out, and it was possible to observe an increase in the number of cases in years 2002 and 2003. In the seasonal analysis it was observed that, from February to May, the number of cases surpasses the annual mean, and that the number of cases from June and January are below the mean. The cases were distributed in georeferenced maps by district and year of incidence and it was possible to observe the process of increasing endemicity of the illness, with cases spread throughout the city in every year of the study.

Magister Scientiae - MSc / This thesis describes the cloning and recombinant expression of domains from the human RBBP6 protein for future in vitro binding studies with pRb and p53. RBBP6 is a splicing-associated protein that is known to interact with both p53 and the Retinoblastoma gene product (pRb), and has recently been shown to be highly upregulated in oesophageal cancer. The pRb binding domain (RbBD) and the p53 binding domain (p53BD) were each expressed using the glutathione-S-transferase (GST) tag affinity system, and affinity purified using a glutathione-linked agarose column. Purified fusion proteins were cleaved to separate the target protein from GST using PreScission™ Protease, for which there is a recognition sequence located immediately upstream of the multiple cloning site on the pGEX-6P series of plasmids. The pRb binding and p53 binding domains were further purified using cation exchange chromatography. Mass spectrometry confirmed that the RbBD was expressed as a single species of the expected molecular weight. However preliminary NMR analysis suggested that the domain was not fully folded. A total yield of 8 mg of protein was achieved from 1l of culture, which make it feasible to express 15N and 12C labelled samples for NMR. The p53BD was found to be expressed at lower levels and subject to C-terminal degradation, which suggest that the C-terminus is unstructured most likely due to the presence of poly-lysine tail. Human pRb protein was also successfully expressed and purified using the GST affinity system. Human p53 protein was expressed but was found to be insoluble and attempts to purify it were not pursued. Attempts to confirm the interactions between human RBBP6 and p53 and pRb proteins are on-going but fall outside the scope of this thesis. Expression constructs for the RING and zinc finger domains from human RBBP6 were also cloned into the pGEX system for future structural studies using NMR. Both domains were found to be expressed as soluble fusion proteins in preliminary expression studies. / South Africa