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Método para processamento e análise computacinal de imagens histopatológicas visando apoiar o diagnóstico de câncer de colo de útero / A Method for Processing and Computational Analysis of histopathological images to support the diagnosis of Cervical CancerMiranda, Gisele Helena Barboni 24 November 2011 (has links)
A histopatologia é considerada um dos recursos diagnósticos mais importantes na prática médica e caracteriza-se pelo estudo das alterações estruturais e morfológicas das células e dos tecidos causadas por doenças. Atualmente, o principal método utilizado no diagnóstico histopatológico de imagens microscópicas, obtidas por meio de amostras em exames convencionais, é a avaliação visual do patologista, a qual se baseia na experiência do mesmo. O uso de técnicas de processamento computacional de imagens possibilita a identificação de elementos estruturais e a determinação de características inerentes, subsidiando o estudo da organização estrutural das células e de suas variações patológicas. A utilização de métodos computacionais no auxílio ao diagnóstico visa diminuir a subjetividade do processo de avaliação e classificação realizado pelo médico. Diferentes características dos tecidos podem ser mapeadas por meio de métricas específicas que poderão ser utilizadas em sistemas de reconhecimento de padrões. Dentro desta perspectiva, o objetivo geral deste trabalho inclui a proposta, a implementação e a avaliação de um método para a identificação e a análise de estruturas histológicas, a ser utilizado para a análise de lesões neoplásicas do colo do útero (NICs) a partir de amostras histopatológicas. Este trabalho foi desenvolvido em colaboração com uma equipe de patologistas, especialistas do domínio. As imagens microscópicas digitalizadas foram adquiridas a partir de lâminas previamente fixadas, contendo amostras de biópsias. Para segmentação dos núcleos celulares, foi implementado um pipeline de operadores morfológicos. Métodos de segmentação baseados em cor também foram testados e comparados à abordagem morfológica. Foi proposta e implementada uma abordagem baseada em camadas para representação do tecido, adotando-se a Triangulação de Delaunay (TD) como modelo de grafo de vizinhança. A TD apresenta algumas propriedades particulares que permitem a extração de métricas específicas. Foram utilizados algoritmos de agrupamento e morfologia de grafos, adotando-se critérios de semelhança e relações de adjacência entre os triângulos da rede, a fim de se obter a fronteira entre as camadas histológicas do tecido epitelial de forma automática. As seguintes métricas foram extraídas dos agrupamentos resultantes: grau médio, entropia e taxa de ocupação dos triângulos da rede. Finalmente, foi projetado um classificador estatístico levando-se em consideração os diferentes agrupamentos que poderiam ser obtidos a partir das imagens de treinamento. Valores de acurácia, sensitividade e especificidade foram utilizadas para avaliação dos resultados obtidos. Foi implementada validação cruzada em todos os experimentos realizados e foi utilizado um total de 116 imagens. Primeiro, foi avaliado a acurácia da metodologia proposta na determinação correta da presença de anomalia no tecido, para isto, todas as imagens que apresentavam NICs foram agrupadas em uma mesma classe. A maior taxa de acurácia obtida neste experimento foi de 88%. Em uma segunda etapa, foram realizadas avaliações entre as seguintes classes: Normal e NIC-I; NIC-I e NIC-II, e, NIC-II e NIC-III, obtendo-se taxas de acurácia máximas de 73%, 77% e 86%, respectivamente. Além disso, foi verificada também, a acurácia na discriminação entre os três tipos de NICs e regiões normais, obtendo-se acurácia de 64%. As taxas de ocupação relativas aos agrupamentos representativos das camadas basais e superficiais, foram os atributos que levaram às maiores taxas de acurácia. Os resultados obtidos permitem verificar a adequação do método proposto na representação e análise do processo de evolução das NICs no tecido epitelial do colo uterino. / Histopathology is considered one of the most important diagnostic tools in medical routine and is characterized by the study of structural and morphological changes of the cells in biological tissues caused by diseases. Currently, the visual assessment of the pathologist is the main method used in the histopathological diagnosis of microscopic images obtained from biopsy samples. This diagnosis is usually based on the experience of the pathologist. The use of computational techniques in the processing of these images allows the identification of structural elements and the determination of inherent characteristics, supporting the study of the structural organization of tissues and their pathological changes. Also, the use of computational methods to improve diagnosis aims to reduce the subjectivity of the evaluation made by the physician. Besides, different tissue characteristics can be mapped through specific metrics that can be used in pattern recognition systems. Within this perspective, the overall objective of this work includes the proposal, the implementation and the evaluation of a methodology for the identification and analysis of histological structures. This methodology includes the specification of a method for the analysis of cervical intraepithelial neoplasias (CINs) from histopathological samples. This work was developed in collaboration with a team of pathologists. Microscopic images were acquired from blades previously stained, containing samples of biopsy examinations. For the segmentation of cell nuclei, a pipeline of morphological operators were implemented. Segmentation techniques based on color were also tested and compared to the morphological approach. For the representation of the tissue architecture an approach based on the tissue layers was proposed and implemented adopting the Delaunay Triangulation (DT) as neighborhood graph. The DT has some special properties that allow the extraction of specific metrics. Clustering algorithms and graph morphology were used in order to automatically obtain the boundary between the histological layers of the epithelial tissue. For this purpose, similarity criteria and adjacency relations between the triangles of the network were explored. The following metrics were extracted from the resulting clusters: mean degree, entropy and the occupation rate of the clusters. Finally, a statistical classifier was designed taking into account the different combinations of clusters that could be obtained from the training process. Values of accuracy, sensitivity and specificity were used to evaluate the results. All the experiments were taken in a cross-validation process (5-fold) and a total of 116 images were used. First, it was evaluated the accuracy in determining the correct presence of abnormalities in the tissue. For this, all images presenting CINs were grouped in the same class. The highest accuracy rate obtained for this evaluation was 88%. In a second step, the discrimination between the following classes were analyzed: Normal/CIN 1; CIN 1/CIN 2, and, CIN 2/CIN 3, which represents the histological grading of the CINs. In a similar way, the highest accuracy rates obtained were 73%, 77% and 86%, respectively. In addition, it was also calculated the accuracy rate in discriminating between the four classes analyzed in this work: the three types of CINs and the normal region. In this last case, it was obtained a rate of 64%.The occupation rate for the basal and superficial layers were the attributes that led to the highest accuracy rates. The results obtained shows the adequacy of the proposed method in the representation and classification of the CINs evolution in the cervical epithelial tissue.
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A formação da coleção latino-americana do Museu de Arte Moderna de Nova York: cultura e política (1931-1943) / The making of the Latin American collection of the Museum of Modern Art, New York: culture and politics (1931-1943)Cota Junior, Eustáquio Ornelas 16 September 2016 (has links)
Este projeto tem como objetivo central analisar a formação da coleção latino-americana do Museu de Arte Moderna de Nova York (MoMA), entre 1931 e 1943, buscando entender as relações entre política e cultura. Essas balizas cronológicas se abrem com a primeira exposição do pintor mexicano, Diego Rivera, ocorrida em 1931, e se fecham com a primeira exposição coletiva de artistas da América Latina no MoMA, em 1943. Por meio da análise do extenso catálogo publicado sobre a coleção, pretendemos acompanhar a sua criação e os principais atores envolvidos nesse empreendimento. Pensamos que o texto tinha a finalidade de justificar artisticamente a formação da coleção e de mostrar uma determinada visão sobre a arte da América Latina. Entendemos que a coleção está conectada com as perspectivas da chamada Política da Boa Vizinhança, que marcou as relações entre os Estados Unidos e os países da América Latina nesse período. / This dissertation aims to analyze the making of the Latin American Collection of the Museum of Modern Art (MoMA) in New York, between 1931 and 1943, emphasizing the relationship between politics and culture. It begins with the first exhibition of a Mexican artist, Diego Rivera, at the Museum, which took place in 1931, and it ends with the first exhibition of Latin America artists in 1943. Our main source is the extensive catalog of the collection that presents the actors and the ideas involved in the project. The relevance of the collection is connected to the so called Good Neighbor Policy, which designed the international relations between the United States and the countries of Latin America in the period between 1933 and 1945.
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Para a defesa das Américas: o Herói-Soldado-Cidadão na Revista em Guarda (1941-1945)Barros, Ibere Moreno Rosario e 20 March 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This research analyzes the representation of the american soldiers as an image of the role model to the latin-americans. In this perspective, that the speech presented in the texts and images of the analyzed publication is part of the Good Neighbor Policy, it can be disclosed in the debate around the representation transmited and the internal influences that build it. The investigation arrises from the observation of the 48 editions of Em Guarda, the magazine published between 1941 and 1945, by the Office of the Coordinatior of Inter American Affairs. Starting from a quantitative analysis, in which it was identified the relapses, some of the editions were picked, based on the soldiers thematic, and the texts and imagens were put under a qualitative analysis. Understanding that this soldiers were presented as Heros-Citizen-Soldiers, the work focused on the debate of this concept, from the founding myth of being americans, and as a reference to the image of the cowboy. By this measures, its possible to understand some process and intentions of the americanization of the continent / Esta pesquisa se propõe a analisar a representação dos soldados americanos como a imagem de indivíduo modelar para os latino-americanos. Dentro da perspectiva de que o discurso apresentado na publicação analisada, tanto das imagens como dos textos, é parte da Política de Boa Vizinhança, pode-se desdobrar sobre a representação transmitida e as influências internas que a construíram. A problematização surge a partir observação das 48 edições da revista Em Guarda, produzida entre 1941 e 1945, pelo Office of the Coordinator of Inter American Affairs. A partir de uma análise quantitativa, na qual foram identificadas as reincidências, realizou-se uma seleção e uma análise qualitativa das imagens e textos então categorizados como parte da temática do soldado. Compreendendo que esses soldados são apresentados como Heróis-Soldados-Cidadãos, passou-se a trabalhar com o conceito, retomando questões desde os mitos fundadores do ser americano, se centrando na imagem do cowboy. Possibilita-se assim a compreensão de alguns pontos dos processos e das intenções da americanização por todo o continente
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Pela Navalha - Cotidiano, Moradia e Intimidade.Spinosa, Vanessa 12 April 2005 (has links)
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Previous issue date: 2005-04-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The challenge of this work is to discuss the daily life of Belém of Para in the 30´s and also the urban growing of the city that was appearing between changes and permanence. This research intends to contribute for Amazon regional historiography and also discuss about daily life, family, sensibilities, urbanity and popular way of life. Thus, the research has focused crime process of deflower and body lesion among other various historical sources: magazines, memories, albums, statistic boards. This rich and diverse documental framework was able to investigate different dimensions of popular way of life in Belém, their stile of life, their residences, their intimacy, their relationships and feelings. Therefore, historical agents and their residences places were emphasized, especially those who lives in pensions, tenement house, giving a especial attention to details of intimate spaces and the straight relations between it and the dwellers. The neighborhood was another essential point of the analyzes, seeking the comprehension of personal relationship, such as assistance and solidarity, vigilance and interferences, tensions and love affair among different agents with different jobs, such as public functionary, homemaker and stevedore. In additions to this, the research tried to raise questions of sensibility, discussing behaviors, love and affective choices, and how conjugal relationship used to happen among common people. The ideals of marriage and the concubinage were explained, giving evidence to how love and conjugal choices were made, and also how were consolidated the multiples ways of familiar constitutions, some more related to the living together and others related to the choices that were legitimated by the society and by those social agents that where close to them. / Discutir o cotidiano de Belém do Pará na década de 1930 é o desafio desses escritos, bem como a expansão urbana da cidade, que foi aparecendo com suas contradições entre mudanças e permanências. Essa investigação busca contribuir para a historiografia regional da Amazônia, também com as discussões sobre cotidiano, família, sensibilidades, urbanidade e modos de vida nas camadas populares. Para tanto, a pesquisa focalizou processos-crime de defloramento e de lesão corporal, entre diversas outras fontes: revistas, memórias, álbum e tabelas censitárias. Esse vasto e diversificado arcabouço documental possibilitou a investigação de diferentes dimensões do cotidiano dos populares na cidade, suas formas de vida e moradia, suas intimidades, seus relacionamentos e suas afetividades. Nesse sentido, os sujeitos históricos e seus locais de moradia foram enfatizados, tendo destacado o morar em pensões, casas e estâncias, com um detalhamento dos espaços íntimos e da relação direta deles com seus moradores. A vizinhança foi outro ponto essencial da análise, buscando-se perceber os relacionamentos interpessoais, as formas de apoio e solidariedade, vigilância e interferências, tensões e relacionamentos amorosos, entre diferentes sujeitos sociais de várias ocupações, tais como funcionários públicos, donas de casa e estivadores. Buscou-se, ainda, destacar as questões das sensibilidades, discutindo os comportamentos, as escolhas amorosas e afetivas e como se efetivavam os vínculos conjugais entre os populares. Os ideais de união matrimonial e os amasiamentos foram aventados, ressaltando-se como eram feitas as opções amorosas e/ou conjugais e como eram consolidadas as várias formas de vida a dois, os múltiplos arranjos familiares, alguns mais atrelados ao morar junto , e a escolhas legitimadas pelo meio social e com quem os sujeitos conviviam e circulavam no cotidiano.
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Situações de vizinhança no condomínio edilício: soluções de conflito, mediação e paz social - aspectos filosóficos, urbanísticos e ambientaisWagner, Michel Rosenthal 17 September 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-09-17 / The study of the neighborhood situation in the multi-ownership condominium aims at
drawing a parallel between the provisions of the Civil Code on the subject in terms of
ensuring health, peace and safety in the use of real estate. The work seeks to draw
attention to the responsibilities of the condominiums for the construction of cities;
therefore, several objections involving such living spaces included in the urbanization
are analyzed.
The Brazilians prefer the vertical model of urban construction with condominiums,
and such model has been multiplying, resulting in a high population density.
The cities are characterized by being a meeting and exchange point between people,
urban citizens, and should be prepared for good living, working and entertaining;
however, urban violence has been growing at rates never recorded before in the
Brazilian society creating new nuances in the neighborhood status. Therefore, the
mediation in conflicts emerging in condominiums is a tool that reunites and promotes
dialogue among their residents who find there a private and protected space to
submit their issues.
These themes are dealt with, aiming at pointing out social peace as responsibility
shared between the Law and those working with it as the need to draft a more
effective legislation concerning this objective within the Private Law sphere, indicating
the need for the corresponding public policies.
The right to sustainable cities is clear in the Brazilian legislation. The most
disseminated concept of sustainable development is defined as the one meeting the
existent needs without compromising the capacity of future generations to meet their
own needs. The sustainable development is shown in the environment, economic,
social, political, cultural and historic spheres, and based on such focus some ideas
appear guiding this life model and the relationship among urban people. The theme
is closely related to the diffuse and collective Human Rights and to the human life
condition.
The work was outlined under the view of theoretic and philosophic grounds about
urban life, describing how the neighborhood has been built and developed in the
perspective of sustainability, the multi-ownership condominium as a dwelling model
and its corresponding responsibilities in the presented situations, the condominium
and urban conflicts as well as their appreciation for mediation / O estudo das situações de vizinhança no condomínio edilício objetiva traçar um
paralelo entre os dispositivos do Código Civil que tratam do tema, do ponto de vista da
garantia da saúde, sossego e segurança no uso da propriedade imobiliária. O trabalho
procura chamar a atenção para as responsabilidades dos condomínios com a
construção das cidades, e para tanto, são analisadas diversas contrariedades que
envolvem estes espaços de habitação inseridos na urbanização.
O modelo verticalizado de construção das cidades com condomínios tem sido a
preferência da população brasileira. Esta matriz tem se multiplicado e promovido o
hiperadensamento populacional.
As cidades são caracterizadas como ponto de encontro e troca entre as gentes,
cidadãos urbanos, e devem servir para bem morar, trabalhar e se recrear. Porém, a
violência urbana tem crescido em índices jamais registrados na sociedade brasileira
criando novas nuances nas situações de vizinhança. Por conseguinte, a mediação dos
conflitos emergentes em condomínios demonstra ser uma ferramenta de aproximação e
promoção de diálogo entre seus moradores, que encontra, neste ambiente, um espaço
privativo e protegido para colocarem suas questões.
Estes temas são abordados com o objetivo de ressaltar a paz social como
responsabilidade compartilhada pelo Direito e seus operadores, e a necessidade de
produzir uma legislação mais efetiva no que concerne a este objetivo, no âmbito do
Direito Privado, com indicação da necessidade de políticas públicas correspondentes.
O direito às cidades sustentáveis é patente na legislação brasileira. O conceito de
desenvolvimento sustentável mais difundido é definido como aquele que satisfaz as
necessidades presentes, sem comprometer a capacidade das gerações futuras de suprir
suas próprias necessidades. O desenvolvimento sustentável se manifesta nas
dimensões ambiental, econômica, social, política, cultural e histórica, e, de acordo com
este enfoque, são trazidas algumas ideias que norteiam a ordenação deste modelo de
viver humano, do relacionamento entre as gentes das cidades. A temática relaciona-se
intimamente com os Direitos Humanos difusos e coletivos e com a condição de vida
humana.
O trabalho foi delineado sob a ótica de fundamentos teóricos e filosóficos a
respeito da vida humana nas cidades, abordando-se como as situações de vizinhança
têm sido construídas, e desenvolvidas a partir da perspectiva de sua sustentabilidade; o
condomínio edilício como modelo de habitação e suas correspondentes
responsabilidades nas situações em que se insere; os conflitos de vizinhança
condominial e urbana, e o encaminhamento de seu tratamento para a mediação
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Capital social, características do local de residência e autopercepção do estado de Saúde / Social capital, neighborhood characteristics and self rated healthSantos, Carla Graciane dos 05 April 2017 (has links)
Introdução. Capital social é definido como as características das associações e cooperações humanas que podem ter efeito na saúde. Estudos realizados na última década apontam para uma associação positiva entre maior capital social e melhores indicadores de saúde. Entretanto, algumas características da vizinhança de residência podem atuar como mediadores dessa associação, um tema ainda pouco analisado na literatura científica. Estudos nessa área podem ajudar a melhor entender o efeito do capital social em uma sociedade com altos índices de desigualdade e violência, como é o caso da brasileira. Objetivo. Analisar se as características da vizinhança atuam como mediadores da associação entre o capital social e a autopercepção de saúde. Metodologia. Foram usados os dados da linha de base (2008-2010) do Estudo Longitudinal de Saúde do Adulto (ELSA-Brasil). O ELSA-Brasil é uma coorte multicêntrica, composta por 15.105 funcionários públicos, ativos e aposentados, de ambos os sexos e com idades entre 35-74 anos vinculados a seis diferentes instituições de ensino e pesquisa brasileiras. As variáveis independentes de interesse foram os domínios de apoio social e de prestígio e educação e de coesão social de vizinhança individual, todos analisados no nível individual. Para a análise dos efeitos da vizinhança foram considerados apenas os indivíduos residentes no mesmo endereço há pelo menos cinco anos. As características de vizinhança estudadas foram: ambiente para atividade física, disponibilidade de alimentos saudáveis, segurança, violência percebida e vitimização. Modelos regressão logísticos foram sequencialmente ajustados para cada uma das características de vizinhança de interesse. Resultados. Os modelos apontam para uma associação consistente entre indicadores mais elevados de apoio e coesão social de vizinhança e melhor autopercepção de saúde, mesmo após o ajuste pelas características do local de residência. Por outro lado, a dimensão referente a prestigio e educação não apresentou uma associação significativa com a situação de saúde em nenhum dos modelos. O apoio social apresentou, na maioria dos modelos, um odds ratio (OR) de 0,81 (95 por cento , IC: 0,69-0,95) em indivíduos com apoio social moderado e OR de 0,62 (95 por cento , IC: 0,52-0,74) em indivíduos com apoio social elevado, mesmo após o controle pelas características da vizinhança. A coesão social da vizinhança também não apresentou modificação em seus efeitos e manteve para a maioria dos modelos um OR de 0,76 (95 por cento , IC: 0,67 0,85) para os indivíduos com coesão social moderada e OR de 0,82 (95 por cento , IC: 0,72 0,93) para os indivíduos com coesão social elevada. Apesar de todas as características de vizinhança terem apresentado associação significativa com a autopercepção de saúde, nenhuma causou modificação significante na associação entre os domínios de capital social e autopercepção de saúde. Conclusão. As características de vizinhança não alteraram significativamente a associação entre capital social e autopercepção de saúde, o que aponta para um efeito do capital social na saúde independentemente das características do local de residência. Entretanto, novos estudos são necessários para que os detalhes dos mecanismos envolvidos, principalmente em relação à possibilidade de causalidade reversa e ao tempo de exposição à vizinhança, sejam plenamente elucidados / Introduction. Social capital can be defined as the characteristics of human associations and cooperation that may have an effect on people\'s health. Studies conducted in the last decade point to a positive association between higher social capital and better health indicators. However, some characteristics of the neighborhood in which people live can act as mediators of this association, an area not yet analyzed in the scientific literature. Studies that analyze this association can help to improve the understanding of the effect of social capital in a society with high levels of inequality and violence, as is the Brazilian society. Objective. The aim of this thesis is to analyze whether neighborhood characteristics act as mediators of the association between social capital and self-perception of health. Methodology. Baseline data (2008-2010) from the Brazilian Longitudinal Study for Adult Health (ELSA-Brasil) was analyzed. ELSA-Brasil is a multi-center cohort of 15,105 active and retired civil servants of both sexes aged between 35-74 years linked to six different Brazilian teaching and research institutions. The multiple variables were the domains of social support, prestige and education and social cohesion of individual neighborhood, all analyzed at the individual level. For the analysis of neighborhood effects, only individuals residing at the same postal address for at least five years were included. The neighborhood characteristics studied were: physical activity environment, availability of healthy foods, safety, perceived violence and victimization. Logistic regression models were sequentially adjusted for each of the neighborhood characteristics of interest. Results. The models point to a consistent association between both higher support indicators and social neighborhood cohesion with better health status, even after adjusting for neighborhood characteristics. On the other hand, the dimension of prestige and education did not present a significant association with health situation in any of the models. Social support presented an odds ratio (OR) of 0.81 (95 per cent , CI: 0.69-0.95) for individuals with moderate social support and an OR of 0.62 (95 per cent CI, CI: 0.52-0.74) for individuals with high social support, even after controlling for neighborhood characteristics. Neighborhood social cohesion also did not presented modifications in its effects and remained stable in most OR models: 0.76 (95 per cent CI 0.67-0.85) for individuals with moderate social cohesion and 0,82 (95 per cent , CI: 0.72-0.93) for individuals with high social cohesion. Although all neighborhood characteristics presented a significant association with self-perception of health, none caused a change in the association between social capital domains and self- perception of health. Conclusions. The results indicate that neighborhood characteristics did not significantly alter the association between social capital and self-perception of health, which points to an effect of social capital on health regardless of neighborhood characteristics. However, new studies are needed in order to fully elucidate the details of the mechanisms involved, especially in relation to reverse causation and exposure time within a neighborhood
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A formação da coleção latino-americana do Museu de Arte Moderna de Nova York: cultura e política (1931-1943) / The making of the Latin American collection of the Museum of Modern Art, New York: culture and politics (1931-1943)Eustáquio Ornelas Cota Junior 16 September 2016 (has links)
Este projeto tem como objetivo central analisar a formação da coleção latino-americana do Museu de Arte Moderna de Nova York (MoMA), entre 1931 e 1943, buscando entender as relações entre política e cultura. Essas balizas cronológicas se abrem com a primeira exposição do pintor mexicano, Diego Rivera, ocorrida em 1931, e se fecham com a primeira exposição coletiva de artistas da América Latina no MoMA, em 1943. Por meio da análise do extenso catálogo publicado sobre a coleção, pretendemos acompanhar a sua criação e os principais atores envolvidos nesse empreendimento. Pensamos que o texto tinha a finalidade de justificar artisticamente a formação da coleção e de mostrar uma determinada visão sobre a arte da América Latina. Entendemos que a coleção está conectada com as perspectivas da chamada Política da Boa Vizinhança, que marcou as relações entre os Estados Unidos e os países da América Latina nesse período. / This dissertation aims to analyze the making of the Latin American Collection of the Museum of Modern Art (MoMA) in New York, between 1931 and 1943, emphasizing the relationship between politics and culture. It begins with the first exhibition of a Mexican artist, Diego Rivera, at the Museum, which took place in 1931, and it ends with the first exhibition of Latin America artists in 1943. Our main source is the extensive catalog of the collection that presents the actors and the ideas involved in the project. The relevance of the collection is connected to the so called Good Neighbor Policy, which designed the international relations between the United States and the countries of Latin America in the period between 1933 and 1945.
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Método para processamento e análise computacinal de imagens histopatológicas visando apoiar o diagnóstico de câncer de colo de útero / A Method for Processing and Computational Analysis of histopathological images to support the diagnosis of Cervical CancerGisele Helena Barboni Miranda 24 November 2011 (has links)
A histopatologia é considerada um dos recursos diagnósticos mais importantes na prática médica e caracteriza-se pelo estudo das alterações estruturais e morfológicas das células e dos tecidos causadas por doenças. Atualmente, o principal método utilizado no diagnóstico histopatológico de imagens microscópicas, obtidas por meio de amostras em exames convencionais, é a avaliação visual do patologista, a qual se baseia na experiência do mesmo. O uso de técnicas de processamento computacional de imagens possibilita a identificação de elementos estruturais e a determinação de características inerentes, subsidiando o estudo da organização estrutural das células e de suas variações patológicas. A utilização de métodos computacionais no auxílio ao diagnóstico visa diminuir a subjetividade do processo de avaliação e classificação realizado pelo médico. Diferentes características dos tecidos podem ser mapeadas por meio de métricas específicas que poderão ser utilizadas em sistemas de reconhecimento de padrões. Dentro desta perspectiva, o objetivo geral deste trabalho inclui a proposta, a implementação e a avaliação de um método para a identificação e a análise de estruturas histológicas, a ser utilizado para a análise de lesões neoplásicas do colo do útero (NICs) a partir de amostras histopatológicas. Este trabalho foi desenvolvido em colaboração com uma equipe de patologistas, especialistas do domínio. As imagens microscópicas digitalizadas foram adquiridas a partir de lâminas previamente fixadas, contendo amostras de biópsias. Para segmentação dos núcleos celulares, foi implementado um pipeline de operadores morfológicos. Métodos de segmentação baseados em cor também foram testados e comparados à abordagem morfológica. Foi proposta e implementada uma abordagem baseada em camadas para representação do tecido, adotando-se a Triangulação de Delaunay (TD) como modelo de grafo de vizinhança. A TD apresenta algumas propriedades particulares que permitem a extração de métricas específicas. Foram utilizados algoritmos de agrupamento e morfologia de grafos, adotando-se critérios de semelhança e relações de adjacência entre os triângulos da rede, a fim de se obter a fronteira entre as camadas histológicas do tecido epitelial de forma automática. As seguintes métricas foram extraídas dos agrupamentos resultantes: grau médio, entropia e taxa de ocupação dos triângulos da rede. Finalmente, foi projetado um classificador estatístico levando-se em consideração os diferentes agrupamentos que poderiam ser obtidos a partir das imagens de treinamento. Valores de acurácia, sensitividade e especificidade foram utilizadas para avaliação dos resultados obtidos. Foi implementada validação cruzada em todos os experimentos realizados e foi utilizado um total de 116 imagens. Primeiro, foi avaliado a acurácia da metodologia proposta na determinação correta da presença de anomalia no tecido, para isto, todas as imagens que apresentavam NICs foram agrupadas em uma mesma classe. A maior taxa de acurácia obtida neste experimento foi de 88%. Em uma segunda etapa, foram realizadas avaliações entre as seguintes classes: Normal e NIC-I; NIC-I e NIC-II, e, NIC-II e NIC-III, obtendo-se taxas de acurácia máximas de 73%, 77% e 86%, respectivamente. Além disso, foi verificada também, a acurácia na discriminação entre os três tipos de NICs e regiões normais, obtendo-se acurácia de 64%. As taxas de ocupação relativas aos agrupamentos representativos das camadas basais e superficiais, foram os atributos que levaram às maiores taxas de acurácia. Os resultados obtidos permitem verificar a adequação do método proposto na representação e análise do processo de evolução das NICs no tecido epitelial do colo uterino. / Histopathology is considered one of the most important diagnostic tools in medical routine and is characterized by the study of structural and morphological changes of the cells in biological tissues caused by diseases. Currently, the visual assessment of the pathologist is the main method used in the histopathological diagnosis of microscopic images obtained from biopsy samples. This diagnosis is usually based on the experience of the pathologist. The use of computational techniques in the processing of these images allows the identification of structural elements and the determination of inherent characteristics, supporting the study of the structural organization of tissues and their pathological changes. Also, the use of computational methods to improve diagnosis aims to reduce the subjectivity of the evaluation made by the physician. Besides, different tissue characteristics can be mapped through specific metrics that can be used in pattern recognition systems. Within this perspective, the overall objective of this work includes the proposal, the implementation and the evaluation of a methodology for the identification and analysis of histological structures. This methodology includes the specification of a method for the analysis of cervical intraepithelial neoplasias (CINs) from histopathological samples. This work was developed in collaboration with a team of pathologists. Microscopic images were acquired from blades previously stained, containing samples of biopsy examinations. For the segmentation of cell nuclei, a pipeline of morphological operators were implemented. Segmentation techniques based on color were also tested and compared to the morphological approach. For the representation of the tissue architecture an approach based on the tissue layers was proposed and implemented adopting the Delaunay Triangulation (DT) as neighborhood graph. The DT has some special properties that allow the extraction of specific metrics. Clustering algorithms and graph morphology were used in order to automatically obtain the boundary between the histological layers of the epithelial tissue. For this purpose, similarity criteria and adjacency relations between the triangles of the network were explored. The following metrics were extracted from the resulting clusters: mean degree, entropy and the occupation rate of the clusters. Finally, a statistical classifier was designed taking into account the different combinations of clusters that could be obtained from the training process. Values of accuracy, sensitivity and specificity were used to evaluate the results. All the experiments were taken in a cross-validation process (5-fold) and a total of 116 images were used. First, it was evaluated the accuracy in determining the correct presence of abnormalities in the tissue. For this, all images presenting CINs were grouped in the same class. The highest accuracy rate obtained for this evaluation was 88%. In a second step, the discrimination between the following classes were analyzed: Normal/CIN 1; CIN 1/CIN 2, and, CIN 2/CIN 3, which represents the histological grading of the CINs. In a similar way, the highest accuracy rates obtained were 73%, 77% and 86%, respectively. In addition, it was also calculated the accuracy rate in discriminating between the four classes analyzed in this work: the three types of CINs and the normal region. In this last case, it was obtained a rate of 64%.The occupation rate for the basal and superficial layers were the attributes that led to the highest accuracy rates. The results obtained shows the adequacy of the proposed method in the representation and classification of the CINs evolution in the cervical epithelial tissue.
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Contexto histórico, sob o enfoque urbanístico, da formulação e legalização do estudo de impacto de vizinhança / Historical context, under the urbanity view, of the formulation and legalization of the neighborhood impact studyPatricia Maroja Barata Chamié 20 May 2010 (has links)
O Estudo de Impacto de Vizinhança (EIV) é um instrumento urbanístico instituído pela Lei Federal nº 10.257/2001, denominada Estatuto da Cidade, e se adéqua perfeitamente a algumas das diretrizes gerais fixadas por esta Lei, como por exemplo, a garantia do direito à cidades sustentáveis, a gestão democrática, o planejamento das cidades e o desenvolvimento das funções sociais da cidade e da propriedade, demonstrando que se faz necessário estabelecer um ponto de equilíbrio entre os interesses econômico e social, retratando, assim, o objetivo fundamental da política urbana. O EIV deve avaliar os efeitos positivos e negativos de um empreendimento ou atividade no meio ambiente urbano. Essa dissertação procura ampliar a possibilidade de aplicação deste Instrumento buscando a definição de critérios para identificação dos empreendimentos ou atividades que devam ser submetidos ao Estudo, a identificação e delimitação de sua área de influência e dos objetos de impacto, e a apresentação de uma metodologia adequada na definição e elaboração dos itens que devam ser abordados na aplicabilidade do instrumento. E a partir de consulta a material bibliográfico, sites, e análise da legislação pertinente ao assunto, em algumas cidades brasileiras, verifica-se que mesmo sendo o EIV um instrumento que surge com o objetivo de instrumentalizar o diálogo em torno das disputas de interesses, através do princípio das cidades sustentáveis, devendo envolver a preocupação com a garantia de direitos às presentes e futuras gerações, não vem sendo este, um instrumento cuja formulação e legalização estejam sendo feitas de modo completo e eficiente, ainda sendo um grande desconhecido da população e do meio técnico. Assemelha-se ao Estudo de Impacto ambiental (EIA) no que diz respeito à avaliação de impactos, mas diverge significativamente quanto aos objetivos, não devendo, portanto o EIA excluir a necessidade de elaboração do EIV. Conclui-se que, avaliar impactos passou a ser uma exigência contemporânea e acima de tudo uma necessidade diante da escassez de recursos naturais, do esgotamento dos grandes centros urbanos e da degradação das relações de vizinhança, devendo o EIV ser um instrumento de mobilização popular e um mecanismo de controle social sobre o desenvolvimento urbano, e que seja de tal forma eficiente, que supere a visão fragmentada da cidade, permitindo o controle dos impactos ao meio ambiente urbano, ao desenvolvimento econômico, e à coletividade. / The Neighborhood Impact Study (NIS) is an urban instrument created by Federal Law number 10.257/2001, named City Statute, and it fits perfectly to some general directress established by this law, such as, the guarantee of the right of sustainable cities, the democratic management, the city planning and the development of the social functions of the city and property, demonstrating that it is necessary to establish a balance between the social and economic interests, showing therefore the main goal of urban political. The NIS should evaluate the positive and negative effects of a building or activity in the urban environment. This dissertation tries to enlarge the possibility of applying this Instrument searching for definition of criteria for identification of the buildings or activities that should be submitted to the Study, the identification and delimitation of the range area and of the impact objects, and the presentation of the appropriate methodology for the definition and development of the items that have to be approached in the instrumental use. Through consulting bibliographic material, sites, and analysis of the legislation about the topic, it is noticed that in some Brazilian cities, even being an instrument that appears with the aim of implementing the dialogue over the interest disputes, by the principle of sustainable cities, the NIS, which should involve the concern about the guarantee of rights for the present and future generations, is not being in fact an instrument that has been used in a complete and efficient way, concerning its formulation and legalization, being still widely unknown by the population and by the technical area. It looks like the Environmental Impact Study (EIS) relating to the evaluation of impacts, but it differs significantly about the objectives, so the EIS should not exclude the need of the development of the NIS. As a conclusion, evaluating impacts is now a contemporary demand and above all, it is a need in the face of the scarcity of natural resources, the exhaustion of the huge urban centers and the deterioration of the neighborhood relations, so the NIS should be an instrument of popular mobilization and a mechanism of social control over the urban development, hoping it is so efficient that it overcomes the fragmented vision of the city, allowing the control of impacts on the urban environment, on the economic development, and on the collective.
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Construção de redes baseadas em vizinhança para o aprendizado semissupervisionado / Graph construction based on neighborhood for semisupervisedLilian Berton 25 January 2016 (has links)
Com o aumento da capacidade de armazenamento, as bases de dados são cada vez maiores e, em muitas situações, apenas um pequeno subconjunto de itens de dados pode ser rotulado. Isto acontece devido ao processo de rotulagem ser frequentemente caro, demorado e necessitar do envolvimento de especialistas humanos. Com isso, diversos algoritmos semissupervisionados foram propostos, mostrando que é possível obter bons resultados empregando conhecimento prévio, relativo à pequena fração de dados rotulados. Dentre esses algoritmos, os que têm ganhado bastante destaque na área têm sido aqueles baseados em redes. Tal interesse, justifica-se pelas vantagens oferecidas pela representação via redes, tais como, a possibilidade de capturar a estrutura topológica dos dados, representar estruturas hierárquicas, bem como modelar manifolds no espaço multi-dimensional. No entanto, existe uma grande quantidade de dados representados em tabelas atributo-valor, nos quais não se poderia aplicar os algoritmos baseados em redes sem antes construir uma rede a partir desses dados. Como a geração das redes, assim como sua relação com o desempenho dos algoritmos têm sido pouco estudadas, esta tese investigou esses aspectos e propôs novos métodos para construção de redes, considerando características ainda não exploradas na literatura. Foram propostos três métodos para construção de redes com diferentes topologias: 1) S-kNN (Sequential k Nearest Neighbors), que gera redes regulares; 2) GBILI (Graph Based on the Informativeness of Labeled Instances) e RGCLI (Robust Graph that Considers Labeled Instances), que exploram os rótulos disponíveis gerando redes com distribuição de grau lei de potência; 3) GBLP (Graph Based on Link Prediction), que se baseia em medidas de predição de links gerando redes com propriedades mundo-pequeno. As estratégias de construção de redes propostas foram analisadas por meio de medidas de teoria dos grafos e redes complexas e validadas por meio da classificação semissupervisionada. Os métodos foram aplicados em benchmarks da área e também na classificação de gêneros musicais e segmentação de imagens. Os resultados mostram que a topologia da rede influencia diretamente os algoritmos de classificação e as estratégias propostas alcançam boa acurácia. / With the increase capacity of storage, databases are getting larger and, in many situations, only a small subset of data items can be labeled. This happens because the labeling process is often expensive, time consuming and requires the involvement of human experts. Hence, several semi-supervised algorithms have been proposed, showing that it is possible to achieve good results by using prior knowledge. Among these algorithms, those based on graphs have gained prominence in the area. Such interest is justified by the benefits provided by the representation via graphs, such as the ability to capture the topological structure of the data, represent hierarchical structures, as well as model manifold in high dimensional spaces. Nevertheless, most of available data is represented by attribute-value tables, making necessary the study of graph construction techniques in order to convert these tabular data into graphs for applying such algorithms. As the generation of the weight matrix and the sparse graph, and their relation to the performance of the algorithms have been little studied, this thesis investigated these aspects and proposed new methods for graph construction with characteristics litle explored in the literature yet. We have proposed three methods for graph construction with different topologies: 1) S-kNN (Sequential k Nearest Neighbors) that generates regular graphs; 2) GBILI (Graph Based on the informativeness of Labeled Instances) and RGCLI (Robust Graph that Considers Labeled Instances), which exploit the labels available generating power-law graphs; 3) GBLP (Graph Based on Link Prediction), which are based on link prediction measures and generates small-world graphs. The strategies proposed were analyzed by graph theory and complex networks measures and validated in semi-supervised classification tasks. The methods were applied in benchmarks of the area and also in the music genre classification and image segmentation. The results show that the topology of the graph directly affects the classification algorithms and the proposed strategies achieve good accuracy.
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