Orientador: Leo Pini Magalhães / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-10T11:59:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pelluzi_DennisGuimaraes_M.pdf: 2207338 bytes, checksum: e4656cffaa84f29e86a7fef7fc189ee2 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Este trabalho aborda o problema da coordenação de atividades interdependentes em processos computacionais. As interdependências entre atividades podem ser temporais, de recursos, de bloqueio e de mútua exclusão, entre outras. Exemplos de processos computacionais com atividades interdependentes são ambientes multimídias, ferramentas de suporte ao trabalho colaborativo, workflows, vídeo games, animação computacional e composição de web services. Uma das dificuldades em projetar o mecanismo de coordenação é garantir que tal mecanismo seja consistente com a especificação do processo. Vários trabalhos sugerem o uso de ferramentas de modelagem como redes de Petri ou linguagens de coordenação para construir um mecanismo de coordenação. Um desse trabalhos apresenta a metodologia Grafo de Relações (GR) que trata das dependências temporais entre atividades. Esta dissertação apresenta uma extensão da metodologia GR para lidar com dependências de recursos, uma ferramenta para automatizar a modelagem do mecanismo de coordenação e uma proposta para o coordenador (componente de software responsável pela coordenação das atividades) / Abstract: This work approaches the problem of coordination of activities in computational processes. The coordination necessity appears when there are interdependencies among activities. The type of interdependencies can be temporal, of resources, blockage and mutual exclusion, among others. Processes with interdependent activities occur in multimedia environments, collaborative work support tools, workflows, video games, computational animation and web services composition. One of the difficulties in designing coordination mechanisms is to guarantee that such mechanisms are consistent with the specification of the process. Some works suggest the use of modeling tools such as Petri Nets or coordination languages to construct a coordination mechanism. One of them presents the methodology of Relations Graph which deals with the temporal dependencies among activities. This work presents an extension for the methodology of GR to deal with dependencies of resources, a tool which automates the modeling of the coordination mechanism and proposes a coordinator (software component which coordinates activities) / Mestrado / Engenharia de Computação / Mestre em Engenharia Elétrica

Até os dias de hoje, diversos algoritmos de mineração de modelos de processos já foram propostos para extrair conhecimento a partir de logs de eventos. O conhecimento que tais algoritmos são capazes de obter incluem modelos de processos de negócio, assim como aspectos da estrutura organizacional, como atores e papéis. A mineração de processos pode se beneficiar de uma estratégia incremental, especialmente quando as informações sobre um ou mais processos de negócio presentes no código fonte de um sistema de informação são logicamente complexas (diversas ramificações e atividades paralelas e/ou alternativas). Neste cenário, são necessárias muitas execuções da aplicação para a coleta de um grande conjunto de dados no arquivo de log, a fim de que o algoritmo de mineração possa descobrir e apresentar o processo de negócio completo. Outra situação que torna necessária a mineração incremental é a constante evolução dos processos de negócio, ocasionada geralmente por alterações nas regras de negócio de uma ou mais aplicações. Neste caso, o log pode apresentar novos fluxos de atividades, ou fluxos alterados ou simplesmente fluxos que não são mais executados. Estas mudanças devem ser refletidas no modelo do processo a fim de garantir a sincronização entre a aplicação (processo executado) e o modelo. A mineração incremental de processos pode ainda ser útil quando se faz necessária a extração gradual de um modelo de processo completo, extraindo modelos parciais (fragmentos de processo com início e fim) em um primeiro passo e integrando conhecimento adicional ao modelo em etapas até a obtenção do modelo completo. Contudo, os algoritmos atuais de mineração incremental de processos não apresentam total efetividade quanto aos aspectos acima citados, apresentando algumas limitações. Dentre elas podemos citar a não remoção de elementos obsoletos do modelo de processo descoberto, gerados após a atualização do processo executado, e também a descoberta de informações da estrutura organizacional associada ao processo como, por exemplo, os atores que executam as atividades. Este trabalho propõe um algoritmo incremental para a mineração de processos de negócio a partir de logs de execução. Ele permite a atualização completa de um modelo existente, bem como o incremento de um modelo de processo na medida em que novas instâncias são adicionadas ao log. Desta forma, podemos manter ambos, modelo de processo e o processo executado sincronizados, além de diminuirmos o tempo total de processamento uma vez que apenas novas instâncias de processo devem ser consideradas. Por fim, com este algoritmo é possível extrair modelos com acurácia igual ou superior aqueles que podem ser extraídos pelos algoritmos incrementais atuais. / Even today, several process mining algorithms have been proposed to extract knowledge from event logs of applications. The knowledge that such algorithms are able to discovery includes business process models, business rules, as well as aspects of organizational structure, such actors and roles of processes. These process mining algorithms can be divided into two: non-incremental and incremental. The mining process can benefit from an incremental strategy, especially when information about the process structure available in the system source code is logically complex (several branches and parallel activities). In this scenario, its necessary several executions of the application, to collect a large set of log data, so that the mining algorithm can discover and present the complete business process. Another use case where incremental mining is usefull is during the changing structure of the process, caused by the change in the business logic of an application. In this case, the log may provide new traces of activities, modified traces or simply traces that are no longer running. These changes must be reflected in the process model being generated to ensure synchronization between the application and model. The incremental process mining can also be useful when it is necessary to extract a complete process model in a gradual way, extracting partial models (process fragments with begin and end) in a first step and integrating additional knowledge to the model in stages to obtain the complete model. However, existing incremental process mining algorithms are not effective to all aspects mentioned above. All of them have limitations with respect to certain aspects of incremental mining, such as deletion of elements in the process model (process model update). Additionally, most of them do not extract all the information present in the structure of the process, such as the actors who perform the activities. This paper proposes an incremental process mining algorithm from execution logs of information systems. The new algorithm allows the full update (adding and removing elements) of an existing model, as well as the increment of a process model as new records are added to the log. Thus, we can keep process models and process execution syncronized, while reducting the total processing time, since only new process instances must be processed. Finally, are expected the extraction of process models with similar or higher accuracy compared to current incremental mining algorithms.

A construção de aplicações Web é algo complexo, pois envolve requisitos não previstos na modelagem de sistemas convencionais. O ambiente Web agrega características como: navegabilidade, estruturação de hiperdocumentos, workflow, acessibilidade, escalabilidade, usabilidade, compatibilidade, interoperabilidade, segurança, aspectos culturais, entre outros. O presente trabalho propõe que a modelagem de sistemas de informação na Internet incorpore características existentes na modelagem de sistemas de gerência de workflow manipulando hiperdocumentos. A notação utilizada é uma extensão à notação da UML (Unified Modeling Language). Esta consiste de novos estereótipos que modelem hiperdocumentos e sistemas de gerência de workflow em sistemas de informação na Web. A extensão propõe a utilização de diagrama de atividades estendido para modelar o workflow de atividades, o qual manipula hiperdocumentos envolvidos no domínio de uma aplicação Web. Os hiperdocumentos são modelados através de diagramas de estrutura de documentos, que são derivados do diagrama de classes da UML. A navegabilidade dos documentos é desenhada através dos diagramas de contexto de navegação e restrições de acessos de em casos de uso. Finalizando a modelagem, o diagrama de estrutura de documentos recebe todas as características dinâmicas, estáticas e de ligação que são modeladas através dos diagramas estendidos bem como pelos diagramas comportamentais e estáticos da UML. A modelagem segue a notação da UML, sendo sugerido que numa primeira etapa, modele-se os hiperdocumentos e sua estruturação preliminar. Na seqüência, com auxílio do diagrama de casos de uso, modela-se o fluxo de atividades através do diagrama de atividades estendido. Após este levantamento, tanto de documentos quanto de atividades envolvidas no domínio da aplicação, modela-se o contexto de navegação e restrições em acessos de casos de uso, que evidenciam os componentes de ligação necessários à navegabilidade entre os hiperdocumentos. Através da extensão proposta à notação da UML, que considera aspectos de workflow, estruturação de hiperdocumentos e navegabilidade, as fases de projeto e implementação de software, sofrem menos alterações e interferências de adaptação às características das ferramentas de implementação para este novo ambiente. / Implementation of Web applications is a complex task since it involves requirements not previously accounted for modelling conventional systems. The Web environment possesses characteristics such as ease of navigation, hyperdocument structuring, workflow, access and scale facilities, usability, compatibility and interoperability, safety and cultural aspects amongst others. The present work proposes that modelling of information systems in the Internet incorporate the existing characteristics of modelling workflow management systems to handle structured hyperdocuments. The notation used is an extension to the UML (Unified Modelling Language) notation, which consists in new stereotypes for hyperdocument modelling and incorporated workflow in information systems. The extension proposes use of the extended diagram of activities to model the activity workflow which will handle the hyperdocuments involved in the domain of a Web application. The hyperdocuments will be modelled using diagrams of document structure, which are derived from the UML class diagrams. The navigation of documents is designed using the surfing context diagrams and access restriction associated to the use cases. Modelling is finalised by adding to the document structure all the dynamic, static and link characteristics which are modelled though the extended diagrams, as far as the behaviour and static diagrams of the UML. The modelling procedure follows the UML notation, being suggested that, in a first step, the modelling of a preliminary document structuring. In sequence, using the diagram of use cases, the activity flow is modelled by using the extended diagram of activities. After the research procedures associated to documents and activities related to the application domain, the surfing contexts and access restrictions of the use cases are modelled to evince the link components necessary to the navigation amongst documents. The use of the proposed extension to the UML notation, which accounts for workflow aspects, hyperdocument structuring and its navigation, will lead to less changes of the project development and software implementation to account for the characteristics of the implementation tools for this new environment.

A tecnologia de workflow tem-se mostrado cada vez mais importante para o mercado de automação de processos e para que as organizações desempenhem suas funções da melhor maneira possível (MUTSCHLER, 2008). A modelagem de processos ganhou em importância neste contexto, tornando-se alvo de pesquisas, inclusive acadêmicas. Nestas pesquisas, certas estruturas recorrentes que precisam ser redesenhadas a cada nova modelagem foram identificadas. Conhecidas também como padrões, existem com variados focos e objetivos (AALST, 2003), (RUSSEL, 2004a), (RUSSEL, 2004b), (BRADSHAW, 2005), (RUSSEL, 2006), (THOM, 2006a), (THOM, 2009). O conjunto de padrões apresentados em Thom (2006a), (2009) é interessante, pois apresenta padrões de atividade os quais representam funções de negócio recorrentes, tais como aprovação de documentos, notificação de pagamento e solicitação de execução de tarefa. Estes padrões são mais próximos do nível de descrição dos especialistas do domínio e, por isto, mostram-se como bastante promissores para serem aplicados durante a análise e modelagem de processos. Diversos pesquisadores defendem a ideia de que a padronização de estruturas de processo e a re-utilização dos padrões resultantes deste exercício podem incrementar a produtividade, tanto na fase de modelagem e documentação dos processos como na fase de manutenção ou de re-escrita destes mesmos. A utilização de padrões de workflow pode tornar a fase de modelagem mais eficiente e de melhor qualidade, gerando processos mais bem formatados e menos suscetíveis a erros (OBJECT MANAGEMENT GROUP, 2006). Nesta direção, este trabalho pretende utilizar os padrões de atividade desenvolvidos em Thom (2006a) para descobrir e analisar associações recorrentes entre eles. Com estas informações pode-se melhorar a fase de modelagem de processos na medida em que será possível saber como os padrões de atividade costumam conectarem-se uns com os outros. Estas prováveis associações podem então ser sugeridas, de forma automática, a um usuário no momento da modelagem de um novo processo. Neste trabalho serão buscados meios que possibilitem obter estas informações, contemplando a adoção de uma metodologia, algoritmos e a adaptação destes ao problema proposto. Ao final, espera-se obter subsídios para aprimorar e difundir a modelagem com base no reuso. Serão buscadas informações que permitam avaliar se a fase de modelagem pode se beneficiar da utilização de padrões e proporcionar resultados interessantes. A partir do conhecimento das associações recorrentes entre os padrões de atividade, estes poderão ter a sua utilização aumentada e a modelagem de processos com a utilização de padrões será evoluída. Desta forma, a utilização inteligente de estruturas recorrentes na modelagem de processos estará sendo ampliada e promovida. / Workflow technology has been increasingly important for the process automation market so that organizations can perform their duties in the best possible way (MUTSCHLER, 2008). Process modeling has gained in importance in this context, becoming subject of research, including academic. In these studies, certain recurrent structures that must be redesigned for each new modeling were identified. Also known as patterns, they exist with different focuses and objectives (AALST, 2003), (RUSSEL, 2004a), (RUSSEL, 2004b), (BRADSHAW, 2005), (RUSSEL, 2006), (THOM, 2006a), (THOM, 2009). The patterns set presented in Thom (2006a), (2009) is interesting, because it shows activity patterns which represent recurrent business functions, such as document approval, payment notification and task execution request. These patterns are closer to the domain experts description level and, therefore, are as much promising to be used during process analysis and modeling. Several researchers advocate the idea that the standardization of process structures and the reuse of the resulting patterns from this exercise can increase the productivity, both at the process modeling and documentation phases as in the maintenance or rewrite phases of these. The use of workflow patterns can make modeling phase more efficient and with better quality, generating more well-formed and less error prone processes (OBJECT MANAGEMENT GROUP, 2006). In this direction, this work intends to use the activity patterns developed in Thom (2006a) to find and analyze recurrent associations between them. With this information it is possible to improve process modeling phase as it will be possible to know how activity patterns are usually connected with each other. These probable associations can then be suggested, in an automatic way, to a user when modeling a new process. In this research, mechanisms to enable to obtain this information, including the adoption of a methodology, algorithm and the adaptation of these to the proposed problem will be seek. At the end, it is expected to obtain subsidies to improve and disseminate the modeling based on reuse. Information will be sought to assess whether the modeling phase can benefit from pattern utilization and provide interesting results. From the recurrent association between activity patterns knowledge, they may have its utilization increased and the process modeling with the use of patterns will be evolved. Thus, the intelligent use of recurrent structures will be expanded and promoted.

O objetivo deste trabalho é desenvolver um modelo de workflow com capacidade de percepção de eventos durante sua execução e interagir com os participantes a partir desta percepção. Um workflow é definido como sendo um conjunto de atividades, que podem, ou não, serem executadas simultaneamente, com alguma especificação de controle e fluxo de dados entre estas atividades, podendo representar vários processos e seus relacionamentos. Porém na área de modelagem de workflow existem inúmeros modelos desenvolvidos para atender uma necessidade especifica e por isso não existe um modelo definitivo, que satisfaça todas as necessidades de todos os ambientes. O modelo precisa disponibilizar expressões relacionadas aos processos, restrições temporais, trocas dinâmicas e tratamento de exceções, habilitar execução dinâmica, modelagem baseada em processos, providenciar coordenação e assistência aos usuários a cada passo da modelagem e processamento distribuído. Existe ainda a necessidade dos sistemas de workflow manipularem e monitorarem a informação relativa ao fluxo de trabalho para gerência-lo, coordena-lo e controla-lo mais eficientemente e para proporcionar recuperação histórica de seu fluxo permitindo assim monitoramento histórico. O principal problema das atividades baseadas em processos é que não se tem o controle total das atividades que devem ser executadas. Além disso, não se tem uma visão de quais informações estão sendo manipuladas por essas atividades em um dado instante e quem as manipula. As técnicas de modelagem de workflow devem ter como objetivo básico, minimizar estes problemas. Em 1993 foi criado o WfMC (Workflow Management Coalition) com o objetivo de padronizar um modelo de workflow e com isto alcançar uma interoperabilidade entre os vários usuários da tecnologia de workflow, e por isto este trabalho baseia-se no modelo de workflow da WfMC. Utilizando um recurso previsto no modelo da WfMC, os atributos extendidos, e utilizando recursos implementados diretamente na máquina de workflow, como monitoramento das atividades, ferramentas de comunicação entre os participantes do workflow, regras de compartilhamento de resultados intermediários, possibilidade de troca de informações durante a execução das tarefas por vários participantes ao mesmo tempo, foi obtida uma proposta de utilização do modelo da WfMC, sem nenhuma alteração, apenas utilizandose dos recursos mencionados acima, obtendo o ambiente de workflow com capacidades de percepção de eventos conforme o objetivo deste trabalho e ainda com capacidade de cooperação na execução das tarefas como conseqüência da capacidade de percepção, compartilhamento de resultados intermediários e possibilidade de comunicação entre os participantes. Sendo esta proposta implementada em um software para validação da mesma. / The aim of this work is to develop a workflow model with capacity of perception of events during execution and to interact with the participants starting from this perception. A workflow is defined as being a group of activities that can, or no, be executed simultaneously, with some control specification and flow of data among these activities, could represent several processes and their relationships. However in the area of workflow modelling countless models exist, developed to assist a need specifies and for that a definitive model doesn't exist, that it satisfies all of the needs of all the atmospheres. The necessary model to make available expressions related to the processes, temporary restrictions, dynamic changes and treatment of exceptions, to enable dynamic execution, modelling based on processes, to provide coordination and attendance to the users to each step of the modelling and distributed processing. Still exists the need of the workflow systems manipulate and they monitor the relative information to the work flow to manage, to coordinate and to control the work more efficiently and to provide historical recovery of the work flow allowing like this to monitor historical. The main problem of the activities based on processes is that the total control of the activities is not had that should be executed. Besides, they are not had a vision of which information are being manipulated by those activities in a die instant and who manipulates them. The techniques of workflow modelling should have as basic objective, to minimize these problems. In 1993 WfMC was created (Workflow Management Coalition) with the objective of standardizing a workflow model and with this to reach an interoperability among the several users of the workflow technology, and for this work bases on the model of workflow of WfMC. Using a resource foreseen in the model of WfMC, the extended attributes, and using resources implemented directly in the it conspires of workflow, as monitoring of the activities, communication tools among the participants of the workflow, rules of sharing of intermediate results, possibility of change of information during the execution of the tasks for several participants at the same time, it was obtained a proposal of use of the model of WfMC, without any alteration, just being used of the resources mentioned above, obtaining the workflow environment with capacities of in accordance perception of events the objective of this work and still with cooperation capacity in the execution of the tasks as a consequence of the perception capacity, sharing of intermediate results and communication possibility among the participants. This proposal was implemented in software for validation of the same.

Made available in DSpace on 2014-06-12T16:00:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5825_1.pdf: 2242125 bytes, checksum: a1489986873c17bb0e206826cbbc72ba (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / As organizações modernas vivenciam um período de intensas mudanças em virtude da inovação e utilização de novas tecnologias, elementos fundamentais para o alcance de índices superiores de desempenho e competitividade. Para permanecerem competitivas, seus serviços e sua infraestrutura de TI devem estar alinhados aos objetivos estratégicos da organização. Uma gestão de mudança eficiente pode se tornar um divisor entre a continuidade e a falência do negócio. Mudança em TI é um elemento amplamente estudado e difundido; entretanto, apesar do amadurecimento científico e de vários anos de aplicação prática da disciplina, a gestão eficaz da mudança deveria ser algo consolidado e compreendido pelas organizações, porém na prática o que ocorre é justamente o contrário. Este trabalho propõe uma metodologia para implantação e gerenciamento de mudanças em TI norteado por padrões de melhores práticas do Information Technology Infrastructure Library (ITIL) e do Capability Maturity Model Integration (CMMI) com objetivo de tornar seu processo de gestão simplificado, sistemático e institucionalizado. A notação BPMN (Business Process Modeling Notation) foi utilizada com a finalidade de facilitar a visualização e compreensão do processo de mudança proposto. Por meio de um caso prático aplicado em uma Instituição de Ensino Superior da Cidade do Recife/PE, um ambiente colaborativo foi desenvolvido com o propósito de servir de apoio às atividades definidas no ciclo de vida da mudança

Orientador: Jacques Wainer / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-16T22:50:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andre_AmauryBosso_M.pdf: 698462 bytes, checksum: 3a97278e3328845adbb26c7cb448204b (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O gerenciamento de workflows é uma realidade atualmente, mas os sistemas atuais carecem de suporte à verificação de correção em modelos de workflow. Este trabalho visa a realização de verificações em processos, objetivando a detecção de erros sintáticos, como a existência de atividades mal modeladas, ou seja, sem condições de entrada ou de saída. É objetivo deste trabalho também a definição de verificações de ordem estrutural, como detectar se o processo de workflow não possui deadlocks (estado em que o processo trava sem possibilidade de progredir), ou verificar se existem atividades mortas no processo (atividades impossíveis de serem executadas), ou se há terminações incompletas, ou seja, transições pendentes após o processo ter atingido seus objetivos. Além de verificações sintáticas e estruturais, é necessário também a realização de verificações semânticas do modelo, ou seja, é importante que os processos possam ser validados quanto a características que dizem respeito à sua organização lógica, a um nível um pouco mais alto de informação do que simplesmente estrutural. Por exemplo, é diretamente impactante na qualidade do modelo de um processo, definir se este possui conflitos ao acesso de recursos. Dessa forma, um processo estruturalmente correto, pode ficar travado em um deadlock, devido à concorrência quanto ao acesso de um recurso comum entre atividades distintas. Além disso, verificações de restrições de custo, por exemplo, também podem inviabilizar um processo. Todas essas verificações são importantes para decidir se um processo de workflow é correto. A maior contribuição deste trabalho, é então a definição de uma modelagem de processos de workflow que possibilite a verificação de problemas sintáticos, estruturais e semânticos, todos em uma única ferramenta, que se mostra escalável para processos reais, além de possibilitar a verificação de questões ad-hoc, específicas de cada instância, como verificar ordenações entre atividades específicas, etc / Abstract: Workflow management is a reality nowadays, but today's systems give very little support to verify correctness in workflow models. This work aims to perform formal verification, with the goal of detecting syntactic errors, like the existence of activities poorly modeled, in other words, activities with no precondition or effect. It is a goal too, the definition of workflows structural verification, as to detect if the process does not have deadlocks (state in which the process is stuck with no possibility of getting any further), or verifying if there are dead activities in the process (activities impossible to be reached), or if exist incomplete terminations, ie, pending transitions after the process reached its objectives. Besides syntactic and structural verifications, it is necessary too, to perform semantic verifications in the process, in other words, it is important to validate the processes in respect to characteristics of its logical organization, in a higher level of information than simply structural verification. For example, it is directly impacting in the quality of the process model the definition if it has resource access conflicts. In this way, a process that is structurally correct, can be stuck in a deadlock, due to the concurrency in the access of a common resource of distinct activities. Besides that, verifications of costs restrictions, for example, can spoil a process. All these verifications are important to decide if a workflow model is correct. The main contribution of this work is the definition of workflow processes modeling that makes it possible to perform syntactic, structural and semantic verifications, all in a unique tool, that is showed to be scalable for real process, and even possible to verify ad-hoc questions, specific to the model, as checking activities ordering, for example / Mestrado / Inteligência Artificial, Verificação e Validação / Mestre em Ciência da Computação

Orientador: Maria Beatriz Felgar de Toledo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-17T08:15:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lechuga_ThiagoAlvarenga_M.pdf: 1783434 bytes, checksum: c19e879d7401bcc97b40a2a822df8bf1 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A utilização de sistemas distribuídos heterogêneos, tais como os Multi-Clusters, também chamados de Clusters de Clusters (CoC), e as grades computacionais, permite o desenvolvimento de sistemas computacionais mais complexos. No entanto, alguns desses sistemas requerem que os serviços sejam facilmente compostos e executados, mantendo as dependências entre eles; ambos, serviços e dependências, podem ser representados como workflows. Ainda, os serviços Web foram adotados na estrutura desses sistemas distribuídos, e WS-BPEL é o padrão para a sua composição. Portanto, o objetivo deste trabalho é permitir a execução de workflows escritos em WS-BPEL em Multi-Clusters. Para alcançar esse objetivo, uma extensão da linguagem WS-BPEL é apresentada incluindo a especificação de qualidade de serviço (QoS), juntamente com os recursos necessários para execução dos serviços no CoC. Além disso, este trabalho apresenta uma infraestrutura que permite a execução de workflows em CoC, e um estudo de caso utilizando a SHARCNET, afim de avaliar a abordagem proposta. Finalmente, um workflow científico real para gerar mosaicos personalizados do céu é implementado usando o ambiente criado / Abstract: The use of heterogeneous distributed systems, such as Multi-Clusters, as known as Cluster of Clusters (CoC), and computational grids, enables the development of complex computational systems. However some of these systems require services to be easily composed and executed while maintaining the dependencies among them; both the services and the dependencies can be represented as workflows. Moreover, Web Services have been adopted in distributed systems, and WS-BPEL is the standard for Web Services composition. Accordingly, the objective of this work is to enable the execution of WS-BPEL workflows in a CoC. In order to achieve this execution, an extension to the WS-BPEL language is presented that includes the speciçation of Quality of Services (QoS), along with the required computational resources for service execution in CoCs. Additionally, this paper presents an infrastructure that enables the execution of such workflows in CoCs, and a case study using SHARCNET is discussed in order to evaluate the proposed approach. Finally, a real scientiç workflow to generate custom mosaics of the sky is implemented using the criated environment / Mestrado / Sistemas de Informação / Mestre em Ciência da Computação

Orientador: Claudia Maria Bauzer Medeiros / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-18T01:37:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 VitalianoFilho_ArnaldoFrancisco_M.pdf: 2435279 bytes, checksum: d273e44a51be70002d918835c2e5c11b (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O compartilhamento de informações, processos e modelos de experimentos entre cientistas de diferentes organizações e domínios do conhecimento vem aumentando com a disponibilização dessas informações e modelos na Web. Muitos destes modelos de experimentos são descritos como workflows científicos. Entretanto, não existe uma padronização para a sua descrição, dificultando assim o reaproveitamento de workflows e seus componentes já existentes. A dissertação contribui para a solução deste problema com os seguintes resultados: a análise dos problemas relativos ao compartilhamento e projeto cooperativo de workflows científicos na Web, análise de aspectos de semântica e metadados relacionados a estes workflows, a disponibilização de um editor Web de workflows usando padrões WFMC e, o desenvolvimento de um modelo de anotação semântica para workflows científicos. Com isto, a dissertação cria a base para permitir a descoberta, reuso e compartilhamento de workflows científicos nas Web. O editor permite que pesquisadores construam seus workflows e anotações de forma online, e permite o consequente teste, com dados externos, do sistema de anotações / Abstract: The sharing of information, processes and models of experiments is increasing among scientists from many organizations and areas of knowledge, and thus there is a need for supply mechanisms of workflow discovery. Many of these models are described as scientific workflows. However, there is no default specification to describe them, which complicates the reuse of workflows and components that are available. This thesis contributes to solving this problem by presenting the following results: analysis of issues related to the sharing and cooperative design of scientific workflows on the Web; analysis of semantic aspects and metadata related to workflows, the development of a Web-based workflow editor, which incorporates our semantic annotation model for scientific workflows. Given these factors, this work creates the basis to allow the discovery, reuse and sharing of scientific workflows in the Web / Mestrado / Banco de Dados / Mestre em Ciência da Computação

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-06-21T11:13:33Z No. of bitstreams: 1 arturduquerossi.pdf: 11420528 bytes, checksum: 07d7635a64ff2d13fe27216b526f4f72 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-07T19:03:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 arturduquerossi.pdf: 11420528 bytes, checksum: 07d7635a64ff2d13fe27216b526f4f72 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-07T19:03:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arturduquerossi.pdf: 11420528 bytes, checksum: 07d7635a64ff2d13fe27216b526f4f72 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / O MHOLline é um workflow científico voltado para a modelagem e análise de proteínas, atendendo a pesquisadores de diversas áreas, como Bioinformática, Biofísica, Químicos Computacionais e Biólogos Computacionais. Este projeto, iniciado em 2004 como um software de uso local, tornou-se um serviço web em 2010, através da parceria da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) com o Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), o qual pode ser acessado pelo endereço web http : //www.mholline . lncc . br. Em 2013, uma parceria com a Universidade Federal de Juiz de Fora deu início ao projeto do MHOLline 2.0, disponível no endereço web http : //www.mholline2 . lncc .br, que conta com adições de softwares, uma interface completamente nova e uma área de refinamento de resultados para usuários logados. A área do refinamento de resultados oferece a possibilidade aos usuários de adicionar ou trocar o molde da proteína modelada, criar restrições de estrutura secundária no Modeller, clivar regiões de peptídeo sinal e otimizar loops no Modeller, tudo de forma automática, dispensando a necessidade do usuário gerar qualquer script manualmente. Caso o usuário deseje é possível refinar a proteína automaticamente, através do uso de ferramentas de inteligência artificial para classificar os resultados gerados com as opções de restrição modeladas, em grupos, visando reduzir o trabalho de analisar os resultados finais do refinamento. Neste trabalho, apresentamos também uma nova proposta para agrupamento de modelos de proteínas baseado em um conjunto de atributos relacionados com a sua qualidade (e.g. energia e estrutural). Ao usuário, além dos grupos de estruturas com qualidades similares, também é retornada a estrutura representativa de cada grupo, com o objetivo de auxiliar na tomada de decisão de qual ou quais modelos seguirão para os próximos estudos. / MHOLline is a scientific workflow designed to model and analyze proteins, reaching researchers in domains of Bioinformatics, Biophysics, Computational Chemists and Computational Biologists. This project started in 2004 as a local software and became a web service in 2010 (available at http : //www .mholline . lncc . br), through the partnership between the Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) and Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC). In 2013, a new partnership with Universidade Federal de Juiz de Fora started the development of MHOLline 2.0, now available at http : //www .mholline2 . lncc . br. This version presents a new interface and a refinement ama to logged users, offering the possibility to add or modify the template of the protein, remove signal peptides and restrict secondary structures and optimize protein loops on Modeller. All can be done in an automatic way, dispensing the user to manually generate any script. The user can also refine the protein automatically trough the use of artificial intelligence tools classifying the generated results with a set of restrictions in groups, aiming to reduce the effort to analyze the final refinement results. In this work, we also present a new proposal for clustering protein models based on a set of attributes related to their quality (i.e., energy and structural quality). To the user, in addition to the groups of structures with similar qualities, is also returned the representative structure of each group, in order to assist in the decision making of which model or models will follow for the future studies.