Dans le but de mieux comprendre les facteurs agissant sur le milieu fluvial à l’échelle plurimillénaire, ainsi que les effets de la dynamique alluviale sur la préservation de l’information archéologique, une étude géoarchéologique a été menée sur quatre fenêtres des vallées de la Loire, de la Saône et du Doubs en Bourgogne (France). À partir de sites de franchissement romains et d’un pont médiéval, retrouvés dans le chenal actuel, puis en étendant les recherches à d’autres secteurs, l’évolution des lits mineur et majeur au cours de l’Holocène a été reconstituée. Des informations de natures diverses, datées et spatialisées, ont été croisées : pour les deux derniers siècles, principalement les plans et vues aériennes contemporains, tandis que les périodes plus anciennes sont abordées grâce aux indices archéologiques, à l’analyse géomorphologique du lit majeur et, principalement, aux archives sédimentaires. Ces dernières ont été analysées du point de vue de la sédimentologie de faciès afin d’identifier les processus à l’origine des dépôts. Les grandes étapes de l’évolution des trois grands cours d’eau étudiés, une fois identifiées et datées, ont été confrontées aux données existantes afin d’interroger l’influence qu’ont pu avoir les fluctuations climatiques et les activités humaines sur la dynamique alluviale. La reconstitution de l’évolution du milieu au cours de l’Holocène permet enfin d’aborder la question de la conservation des données archéologiques en domaine alluvial, propice à l’implantation humaine, mais où l’information est la plupart du temps masquée par une succession de processus taphonomiques. / A geoarchaeological study was led on four sections of the valleys of the Loire, Saône and Doubs rivers (Burgundy, France) in order to point out the factors influencing the alluvial dynamics on a multimillennial scale, and their effects on the preservation of archaeological information. Investigations started by roman and medieval remains of bridges discovered in active channels, were then carried out on larger parts of alluvial plains, and altogether allowed the evolutions of the channels during the Holocene period to be deducted. Various types of information on alluvial characteristics were crossed through time and space: ancient maps and XXth century or aerial photographs for centennial scale, archaeological data, geomorphological analysis, but mostly alluvial deposits for older periods. Facies analyses on fluvial sediments led to the identification and the reconstitution of successive sedimentary environments through time. The main steps of the evolution of the three rivers, after being identified and dated, were compared to previous studies in order to estimate the respective roles of climatic changes and anthropic influence on alluvial dynamics, on this regional scale, during the Holocene. Preservation of archaeological information in fluvial deposits is therefore discussed here, to reach a better understanding of taphonomic issues in such environmennts, which are potentially rich in archaeological remains.

De nos jours, l'informatique omniprésente fait face à un progrès croissant. Ce paradigme est caractérisé par de multiples capteurs intégrés dans des objets du monde physique. Le développement d'applications personnelles utilisant les données fournies par ces capteurs a conduit à la création d'environnements intelligents, conçus comme un framework de superposition avancé qui aide de manière proactive les individus dans leur vie quotidienne. Une application d’environnement intelligent collecte les données de capteurs deployés d'une façon en continu , traite ces données et les analyse avant de prendre des décisions pour exécuter des actions sur l’environnement physique. Le traitement de données en ligne consiste principalement en une segmentation des données pour les diviser en fragments. Généralement, dans la littérature, la taille des fragments est fixe. Cependant, une telle vision statique entraîne généralement des problèmes de résultats imprécis. Par conséquent, la segmentation dynamique utilisant des tailles variables de fenêtres d’observation est une question ouverte. La phase d'analyse prend en entrée un segment de données de capteurs et extrait des connaissances au moyen de processus de raisonnement ou d'extraction. La compréhension des activités quotidiennes des utilisateurs et la prévention des situations anormales sont une préoccupation croissante dans la littérature, mais la résolution de ces problèmes à l'aide de données de petite taille et imparfaites reste un problème clé. En effet, les données fournies par les capteurs sont souvent imprécises, inexactes, obsolètes, contradictoires ou tout simplement manquantes. Par conséquent, l'incertitude liée à la gestion est devenue un aspect important. De plus, il n'est pas toujours possible et trop intrusif de surveiller l'utilisateur pour obtenir une grande quantité de données sur sa routine de vie. Les gens ne sont pas souvent ouverts pour être surveillés pendant une longue période. Évidemment, lorsque les données acquises sur l'utilisateur sont suffisantes, la plupart des méthodes existantes peuvent fournir une reconnaissance précise, mais les performances baissent fortement avec de petits ensembles de données. Dans cette thèse, nous avons principalement exploré la fertilisation croisée d'approches d'apprentissage statistique et symbolique et les contributions sont triples: (i) DataSeg, un algorithme qui tire parti à la fois de l'apprentissage non supervisé et de la représentation ontologique pour la segmentation des données. Cette combinaison choisit de manière dynamique la taille de segment pour plusieurs applications, contrairement à la plupart des méthodes existantes. De plus, contrairement aux approches de la littérature, Dataseg peut être adapté à toutes les fonctionnalités de l’application; (ii) AGACY Monitoring, un modèle hybride de reconnaissance d'activité et de gestion des incertitudes qui utilise un apprentissage supervisé, une inférence de logique possibiliste et une ontologie permettant d'extraire des connaissances utiles de petits ensembles de données; (iii) CARMA, une méthode basée sur les réseaux de Markov et les règles d'association causale pour détecter les causes d'anomalie dans un environnement intelligent afin d'éviter leur apparition. En extrayant automatiquement les règles logiques concernant les causes d'anomalies et en les intégrant dans les règles MLN, nous parvenons à une identification plus précise de la situation, même avec des observations partielles. Chacune de nos contributions a été prototypée, testée et validée à l'aide de données obtenues à partir de scénarios réels réalisés. / Nowadays, pervasive computing is facing an increasing advancement. This paradigm is characterized by multiple sensors highly integrated in objects of the physical world.The development of personal applications using data provided by these sensors has prompted the creation of smart environments, which are designed as an overlay advanced framework that proactively, but sensibly, assist individuals in their every day lives. A smart environment application gathers streaming data from the deployed sensors, processes and analyzes the collected data before making decisions and executing actions on the physical environment. Online data processing consists mainly in data segmentation to divide data into fragments. Generally, in the literature, the fragment size is fixed. However, such static vision usually brings issues of imprecise outputs. Hence, dynamic segmentation using variable sizes of observation windows is an open issue. The analysis phase takes as input a segment of sensor data and extract knowledge by means of reasoning or mining processes. In particular, understanding user daily activities and preventing anomalous situations are a growing concern in the literature but addressing these problems with small and imperfect data is still a key issue. Indeed, data provided by sensors is often imprecise, inaccurate, outdated, in contradiction, or simply missing. Hence, handling uncertainty became an important aspect. Moreover, monitoring the user to obtain a large amount of data about his/her life routine is not always possible and too intrusive. People are not often open to be monitored for a long period of time. Obviously, when the acquired data about the user are sufficient, most existing methods can provide precise recognition but the performances decline sharply with small datasets.In this thesis, we mainly explored cross-fertilization of statistic and symbolic learning approaches and the contributions are threefold: (i) DataSeg, an algorithm that takes advantage of both unsupervised learning and ontology representation for data segmentation. This combination chooses dynamically the segment size for several applications unlike most of existing methods. Moreover, unlike the literature approaches, Dataseg is able to be adapted to any application features; (ii) AGACY Monitoring, a hybrid model for activity recognition and uncertainty handling which uses supervised learning, possibilistic logic inference, and an ontology to extract meaningful knowledge from small datasets; (iii) CARMA, a method based on Markov Logic Networks (MLN) and causal association rules to detect anomaly causes in a smart environment so as to prevent their occurrence. By automatically extracting logic rules about anomalies causes and integrating them in the MLN rules, we reach a more accurate situation identification even with partial observations. Each of our contributions was prototyped, tested and validated through data obtained from real scenarios that are realized.

À la suite d’une lésion du système nerveux central tel qu’un accident vasculaire cérébral ou une lésion médullaire incomplète un ensemble de symptômes tel que la parésie, l’hyperactivité musculaire et l’hypo-extensibilité des tissus vont perturber l’organisation locomotrice du patient. Depuis quelques années, l’utilisation de méthodes mathématiques permet d’extraire à partir de l’activité électrique des muscles la commande à l’organisation locomotrice du sujet. L’objectif de ce travail de thèse est d’utiliser ces méthodes pour caractériser les spécificités du patient hémiparétique et paraparétique. Une première étude sur le sujet asymptomatique a permis de valider notre méthodologie..La deuxième étude portant sur les patients paraparétiques montre que l’asymétrie de marche est plutôt expliquée par une expression différente des symptômes plutôt qu’une réelle asymétrie provenant de la commande. Pour conclure, la troisième étude portant sur l’effet d’une anesthésie d’un muscle chez le patient hémiparétique a montré que le cerveau était en mesure de modifier la commande locomotrice pour pallier les perturbations induites par cette anesthésie. En conclusion nos travaux soulignent l’intérêt de ces méthodes comme un outil pertinent dans l’évaluation de l’organisation locomotrice chez le patient présentant une lésion du système nerveux central. / Following a central nervous system injury such as a stroke or incomplete spinal cord injury, a set of symptoms such as paresis, muscle hyperactivity and hypo-extensibility will disrupt the patient’s locomotor organization. In recent years, the use of mathematical methods has made it possible to extract, from the electrical muscle activities, the command of the locomotor organization. This thesis aimed at using these methods to characterize the specificities of the post-stroke patient and the patient with incomplete spinal cord injury. The first study of healthy individuals allowed to validate our methodology.The second study in patients with incomplete spinal cord injury showed that gait asymmetry may be explained by a different expression of symptoms rather than a real asymmetry originating from the control. Finally, the third study has investigated the effect of muscle anesthesia on the post-stroke patient. The results showed that the central nervous system was able to adapt locomotor control to compensate for the disturbances induced by this anesthesia. In conclusion, our work underlines the interest of these methods as a relevant tool in the evaluation of locomotor organization in patients with central nervous system lesions.

La surface de Mars a longtemps été considérée comme inactive de nos jours. Cependant, de nombreux phénomènes actifs ont été observés ces dernières années comme : des ravines, des tornades de poussières, des écoulements ou des taches sombres. La plupart d’entre eux sont encore inexpliqués et soulèvent de nombreuses questions au regard des conditions de surface existantes actuellement. Afin d’améliorer la compréhension de ces processus et en particulier des ravines, cette thèse a pour but d’en étudier certains par une approche pluridisciplinaire combinant l’analyse de données issues des missions spatiales martiennes et par une approche expérimentale. Les données de télédétection ont permis une analyse morphologique détaillée grâce aux images provenant de la caméra HiRISE (High Resolution Imaging Science Experiment) et de leurs MNT (Modèle Numérique de Terrain). Celles-ci ont été complétées par une analyse de la composition de la surface grâce aux données spectroscopiques CRISM (Compact Reconnaissance Imaging Spectrometer for Mars).Des études expérimentales visant à mieux comprendre l’effet de la pression et des mélanges fluides/grains sur des écoulements martiens ont également été réalisés. Les études morphologiques et compositionnelles réalisées dans l’hémisphère sud de Mars, ont permis d’arriver aux conclusions suivantes : i) Les ravines ont un fonctionnement saisonnier et se différencient entre elles par leur morphologie, leur taille, leur période d’activité, leur orientation et leur pente, ii) Certaines ravines saisonnières sont très récentes : elles se créent et disparaissent actuellement, alors que d’autres fonctionnent depuis une centaine d’années martienne, iii) Le CO₂ semble être le principal agent actif pour leur création, même si l’eau liquide et les saumures ne peuvent être écartées dans certains cas, iv) Les différences d’insolation et l’accumulation de matériel en amont de l’écoulement influencent l’activité des ravines saisonnières. v) Un fluide différent de l’eau peut créer et faire évoluer des sinuosités de nos jours sur Mars. Les expériences réalisées au cours de cette thèse ont montré que : i) Les écoulements d’eau en surface et sub-surface d’un milieu granulaire, vont avoir un impact morphologique plus important à basse pression (~ 7mbar) qu’à pression terrestre (~ 1000 mbar), ii) Il existe des modes de transport des sédiments atypiques à basse pression: un processus de « lévitation » (impliquant des fluides gazeux) et de la saltation. Les morphologies qui en découlent, peu courantes sur Terre, sont susceptibles d’intervenir sur Mars, iii) Des mêmes constituants d’un écoulement peuvent créer des morphologies et des dynamiques réellement différentes. Trois paramètres semblent jouer un rôle important sur la morphologie d’un écoulement : l’épaisseur de sédiment mobilisable, les différences de températures entre la surface et l’écoulement ainsi que la quantité de matériel écoulé. L’analyse dans cette thèse d’un grand nombre d’activités saisonnières ainsi que l’approche pluridisciplinaire utilisée ont permis de mettre en évidence des écoulements actuels reliés avec des processus exotiques. La détermination plus précise des conditions de formation de ces phénomènes actuels ne pourra se faire que grâce à l’acquisition de nouvelles données sur tous ces sites et sur plusieurs saisons. De nouvelles expériences en laboratoire permettant en particulier de mieux comprendre les processus liés au CO₂ sont également nécessaires. / Mars surface has been considered like a currently inactive planet for a long time. Nevertheless, numerous active phenomena have been observed during the last few years such as: gullies, dust devils, dark and bright flows. Most of them are also unexplained and their formation processes are unclear under present Mars conditions. The aim of this PhD is to study some gullies to try to understand their formation processes on Mars at the present time. For this, martian spacecraft data were analyzed and experimental studies were performed. Thanks to HiRISE (High Resolution Imaging Science Experiment) images and HiRISE DTM (Digital Terrain Models), a morphological study was carried out. This study has been completed by a spectroscopic study of the surface thanks to CRISM (Compact Reconnaissance Imaging Spectrometer for Mars) data. Experiments were also performed with a mix of liquid and sand to try to understand the pressure impact on martians flows. Morphological and spectroscopic studies on the southern hemisphere of Mars lead us to conclude that: i) Gullies are seasonal. They have different morphologies, sizes, timing of activities, orientations, and slopes. ii) Gullies are young. They appear and disappear on present-day. Some of them are active since 100 years. iii) CO₂ frost seems to be a good candidate for gullies creation but a participation of liquid water can’t be excluded in some cases. iv) Insolation variations and material accumulations in the upper part of the flow influence the gullies activity. v) Sinuosities can be created by another fluid than liquid water today on Mars. Experiments performed during this PhD demonstrate that: i) Water flow in granular surface and sub-surface triggers higher morphological impact under Martian pressure (~ 7mbar) and Earth pressure (~ 1000 mbar). ii) Exotic sediment transport can be observed at low pressure (~ 7mbar): “levitation” (with gas) and saltation. The morphology and dynamics are influenced by 3 main parameters: the sediment thickness, the temperature variations between the surface and the flow and the amount of flow material. Several seasonal phenomena were analyzed with different approaches. This allowed us to observe and interpret present-day flows and exotic processes. More data and new experiments at low pressure (in particular with CO₂) will help us to better constrain and better understand the formation conditions of current seasonal activities on the Mars surface.

Comment le cerveau intègre-t-il toutes les informations sensorielles qu'il reçoit en une perception cohérente de l'environnement ? Cette intrigante et importante question en neuroscience n’est pas élucidée et a inspiré ce travail de thèse. Plus précisément, mon objectif a été d’étudier les modifications cérébrales induites par l’apprentissage d’une association entre un son et une odeur. Inhabituelle chez l’homme, hormis dans l’alimentation, cette association est pourtant fréquente chez l’animal, pour la détection de prédateurs par exemple. Mais sons et odeurs permettent surtout d'étudier les mécanismes cérébraux nécessaires à l'association entre deux sens très différents : le système auditif traite l’information en temps réel tandis que le système olfactif est lent et rythmé par la respiration. Ce travail de thèse était centré autour de la question suivante : comment le cerveau traite-t-il les interactions multisensorielles audio-olfactives ? En enregistrant l’activité de potentiel de champs local de plusieurs structures cérébrales chez des rats en train d’apprendre cette association, nous avons pu mettre en évidence un potentiel rôle des oscillations neuronales béta (15-35 Hz), dans le traitement et la mise en mémoire des différentes informations sensorielles. Ces oscillations représenteraient un lien fonctionnel entre aires cérébrales distantes, permettant l’intégration et l’association d'informations de natures très différentes. / Multisensory interactions are constantly present in our everyday life and allow a unified representation of environment. Cross modal integration is often studied in multisensory associative brain regions, but recent findings suggest that most of the brain could be multisensory. But at this time, we still don’t know how the brain deals with information from different sensory systems. In this project, we want to understand whether the establishment of neuronal oscillations can functionally connect sensory regions and take part of the multisensory integration, and how this connection is built up by learning. For this, we examine changes in the cortical network involved in the acquisition of a multisensory association between a sound and an odor in rats through the analysis of the local field potentials’ oscillations The originality of the project is to sample a large network of brain structures including primary sensory cortex (primary auditory cortex, olfactory bulb) and multimodal areas towards which converge these two senses: the piriform and perirhinal cortices. We have developed a behavioral GO/NO GO test in which the rat must combine simultaneous auditory and olfactory informations to succeed. Data and brain signals obtained in this task suggest that the power of oscillations in beta frequency band within the olfactory areas and the coherences of oscillations between these areas are modified by the multisensory learning.

La résistance aux antibiotiques ou la difficulté de plus en plus croissante à traiter les maladies actuelles avec les composés disponibles sur le marché ont contraint les chercheurs à trouver de nouvelles sources de molécules actives. Les lichens produisent divers composés biologiquement actifs en raison de la grande diversité de leur écosystème. Ils représentent ainsi une source prometteuse de composés bioactifs. Le profilage chimique de Nephroma laevigatum a été effectué. Une analyse LC-MS/MS avec des approches en réseaux moléculaires ont permis d’appréhender la diversité chimique de ce lichen et quatre composés différents ont été isolés et identifiés par RMN puis testés pour leur activité antiproliférative. Cependant, les ressources en lichens sont limitées, ce qui restreint leur utilisation. De plus, le thalle lichénique constitue une niche écologique de choix pour d’autres microorganismes, ce qui en fait une source potentielle de nouvelles molécules d’intérêts. La culture de champignons endolichéniques a été entreprise. Ainsi, 46 souches ont été isolées et identifiées par DNA barcoding (amorces ITS4 et ITS5). Les souches identifiées appartiennent au genre Nemania, Daldinia, Peziza et Coniochaeta. Une investigation biologique a été réalisée sur six souches sélectionnées appartenant à deux espèces (Nemania aenea var. aureolatum et N. serpens). Ainsi, deux souches se sont démarquées par leurs activités antiprolifératives et anti-biofilms. Des études chimiques et biologiques plus approfondies de ces dernières (Gir_20 N. aenea var. aureolatum et Cor_08 N. serpens) ont été par la suite effectuées et huit composés différents ont été isolés et identifiés par RMN 1D et 2D. L’étude de l’effet des extraits sur les lignées cancéreuses humaines HT- 29, HCT116, PC-3 et DU145 a permis de mettre en évidence des changements morphologiques au niveau cellulaire. L’analyse de l’expression de marqueurs protéiques pro- et anti-apoptotiques ainsi que la fragmentation de l’ADN mettent en évidence l’induction de l’apoptose. Le profilage chimique par LC-MS/MS de ces souches a ensuite été réalisé et comparé par des approches en réseaux moléculaires permettant ainsi de visualiser la diversité chimique entre les deux espèces de champignons endolichéniques. / Antibiotics resistance or increase of difficulty to treat for current diseases with commercially available compounds has obligated researchers to find new sources of active molecules. Lichens produce various biologically active compounds due to the great diversity of their ecosystem. Thus, they represent a promising source of bioactive compounds. Chemical profiling of Nephroma laevigatum was performed. LC-MS/MS analysis with molecular network approach allowed understanding chemical diversity of this lichen and four different compounds were isolated and identified by NMR and tested for their antiproliferative activity. However, lichen resources are limited, which limits their use. In addition, lichen thalli are an ecological niche for other microorganisms and a wide reservoir for access to bioactive molecules. Cultivation of endolichenic fungi was undertaken. Thus, 46 strains were isolated and identified by DNA barcoding (primers ITS4 and ITS5). The isolated fungi belong to genus Nemania, Daldinia, Peziza and Coniochaeta. Biological investigation was carried out on six selected strains belonging to two species (Nemania aenea var. aureolatum and N. serpens). So, two strains distinguished by their antiproliferative and anti-biofilm activities. Further chemical and biological studies of these strains (Gir_20 N. aenea var. aureolatum and Cor_08 N. serpens) were subsequently performed and eight different compounds were isolated and identified by 1D and 2D NMR. Study of effect of the extracts on the human cancer lines HT-29, HCT116, PC-3 and DU145 made it possible to highlight morphological changes at the cellular level. Analyses of the expression of pro- and anti-apoptotic protein markers as well as DNA fragmentation demonstrate the induction of apoptosis. LC-MS/MS chemical profiling of these strains was performed and compared with molecular network approach, to visualize chemical diversity between the two species of endolichenic fungi.

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D’un côté, la transition écologique et les enjeux de développement durable sont de nos jours une réalité que l’on ne peut ignorer compte tenu des impacts négatifs des activités humaines sur leurs environnements. De l’autre côté, une numérisation toujours plus importante de ces environnements entraîne la génération de volumes massifs de traces numériques, qui sont autant d’indices sur le monde dans lequel vivent les acteurs de ces activités. Une difficulté non négligeable existe pour comprendre les tenants et aboutissants faisant que d’une activité à une autre, l’impact sur l’environnement mesuré dans ces travaux de recherche à travers le concept d’Emprise Énergétique (EmE) n’est pas le même. Notre approche considère l’identification sur la base de ces traces numériques, d’activité d’entités humaines et non humaines. L’instanciation de ces dernières au sein de pratiques mobilise des ressources (physiques et virtuelles) en plus ou moins grand nombre. Leurs modélisations permettraient de mieux appréhender les enjeux liés à la transition écologique. Identifier sur la base d’indicateurs quantifiables les pratiques ayant un impact réduit sur l’environnement serait une piste permettant de contribuer à cette transition. Ces pratiques, au sens de coordination de multiples entités hétérogènes dans le temps et l’espace, peuvent être formalisées sous forme de structures d’activités multidimensionnelles à l’aide de la théorie de l’Agencement et d’un ensemble d’outils mathématiques (Complexes Simpliciaux, Hypernetworks). Ces travaux de recherche tentent de modéliser le phénomène d’activité humaine et non humaine en s’appuyant sur la caractérisation du contexte de celles-ci à partir de données massives. Ces agencements sont calculés et représentés dans une application (IMhoTEP) ayant pour but de construire ces structures complexes non pas sur des catégorisations faites a priori des entités, mais en se focalisant sur les relations que celles-ci entretiennent dans plusieurs dimensions. L’objectif final est de proposer un outil d’accompagnement à la transition écologique à destination des acteurs participant à des activités induisant la consommation, voire la production de ressources. Ces travaux de recherche en informatique s’appuient sur la numérisation continue des espaces et particulièrement les espaces urbains (Smart City, Internet of Everything). / On one hand, the ecological transition and sustainable development issues are today a reality that cannot be ignored given the negative impacts of human activities on their environments. On the other side, an increasingly important digitization of these environments results in the generation of massive volumes of digital traces, which are all signs of actors’ activities. A significant challenge is to understand the ins and outs of environmental impact due activities and considering Emprise of Energy (EmE) as a key indicator and how this indicator can strongly change from an activity to another. Our approach considers the identification of Practice on the basis of these digital traces generated by human and non-human entities during specific activities. Practice (instantiation of activity) uses more or less resources (physical and virtual) during their existence. Be able to identify which one is more resources dependent would help to better understand how to promote ecological transition. Promoting or at least identifying on the basis of quantifiable indicators (i.e Energy Emprise), practices that have a low impact on the environment, could be an innovative approach. These practices, in the sense of coordination of multiple heterogeneous entities in time and space, can be formalized in the form of multidimensional structures activities - Hypergraph of Activities – using the theory of Assemblage (Agencement in french) and using a set of mathematical tool (Simplicial Complexes, Hypernetworks). This research attempts to model the phenomenon of human and not human activity based on the characterization of the context (massive contextual data). These Assemblages are calculated and represented in an research application (IMhoTEP) which aims to build these complex structures not based on a priori entities’ classification, but by focusing on the relationships that they maintain in several dimensions. The main goal is to offer a decision tool which support actors’ ecological transition by understand activities inducing consumption or production of resources. These academic research in the field of computer science is based continuous digitization of physical and virtual spaces, particularly highly connected urban areas (Smart City, Internet of Everything).

Les antibiotiques (ATB) consommés en médecine humaine et vétérinaire sont en grande partie excrétés et peuvent entrer dans les sols agricoles via l’épandage des produits résiduaires organiques (PRO), avec des risques encore mal connus sur la santé humaine et l’environnement. De plus, ces ATB sont le plus souvent apportés en mélange avec d'autres contaminants organiques et/ou minéraux. Or très peu d’études ont abordé le devenir et les effets des ATB en interaction avec d'autres contaminants dans les sols.L’objectif de la thèse était donc de mieux comprendre le devenir des ATB, apportés seuls, ou en mélange et leurs impacts sur les microorganismes du sol et leurs activités.Les antibiotiques sélectionnés ont été le sulfaméthoxazole (SMX) et la ciprofloxacine (CIP), pour leur comportement dans le sol et leur mode d’action contrastés, ainsi que le N-ac-SMX, métabolite principal du SMX. Les métaux choisis ont été le cuivre et le zinc car leur accumulation dans le sol est connue pour être favorisée via certains PRO. Ils ont été apportés en mélange, à une dose environnementale, et à une dose 5 fois plus élevée. Les sols sont un sol témoin qui n'a jamais reçu de PRO et deux sols amendés depuis 1998, par du fumier ou un compost de déchets verts et boues de station d’épuration, afin de tester l'impact d'apports répétés de PRO et la nature du PRO.Des microcosmes ont été incubés en conditions contrôlées pendant 156 jours. Pour l'étude du devenir des ATB, les sols ont été traités avec des ATB marqués au 14C et la distribution du 14C a été suivie dans les fractions minéralisées, facilement et difficilement extractibles et non extractibles. L'étude de l'impact des ATB seuls ou en mélange sur les microorganismes et leurs activités a été réalisée à partir d'ATB non marqués.Le devenir des ATB est contrôlé par :i) La nature et les propriétés des ATB : la CIP s'adsorbe rapidement et fortement dans les sols et n'est pas minéralisée. Les sulfonamides sont rapidement dégradés et minéralisés jusqu'à 10% après 156 jours.Les devenirs du SMX et du N-ac-SMX, sont quasiment similaires lorsqu'ils sont apportés seuls, le N-ac-SMX étant transformé en SMX. Quelles que soient les molécules, les résidus non extractibles sont majoritaires en fin d'incubation (> 50%).ii) L'apport répété de PRO qui favorise l'adsorption des ATB et diminuent leur minéralisation.iii) La nature des PRO suivant leur stabilité : le compost, plus stable, favorise la production de résidus difficilement extractibles, le fumier, plus dégradable, stimule la minéralisation des sulfonamides et la production de résidus non extractibles.iv) La présence d'autres contaminants, leur nature et leur concentration : si l'apport de CIP à dose environnementale n'a pas impacté le devenir du SMX et du N-ac-SMX dans les sols, les métaux ont exercé des effets d'autant plus importants que leur dose était élevée. A dose faible, les métaux diminuent la minéralisation du SMX et du N-ac-SMX d'un facteur 2 en favorisant l'adsorption des ATB par complexation en particulier avec le cuivre. A forte dose, les métaux inhibent la minéralisation des sulfonamides avec des effets d'origine physico-chimique (augmentation de l'adsorption des ATB via le cuivre) et certainement biologique (effets toxiques en particulier du zinc).Les sulfonamides n'ont pas eu d'effet sur les microorganismes du sol et la minéralisation du carbone et de l'azote lorsqu'ils sont apportés seuls ou en mélange avec de la ciprofloxacine ou avec des métaux à dose environnementale. En revanche, les mélanges avec la forte dose de métaux exercent des effets toxiques sur la biomasse microbienne et sur la minéralisation du carbone. Ces effets toxiques semblent essentiellement dus aux métaux et non au pH ou à la force ionique.Dans ces conditions expérimentales, les risques environnementaux liés aux ATB semblent donc limités à court terme. Mais il serait nécessaire d’étudier les effets à plus long terme, et les effets d'apports cumulatifs. / The antibiotics (ATB) used in human and veterinary medicine are largely excreted and can enter agricultural soils through the spreading of organic waste products (OWP), with unassessed risks on human health and the environment. In addition, these ATBs are most often combined with other organic and / or mineral contaminants. However, very few studies have addressed the fate and effects of ATBs interacting with other contaminants in soils.The objective of the thesis was to better understand the fate of ATB applied to soils alone or in combination with other contaminants, and their impacts on soil microorganisms and their activities.The antibiotics selected were sulfamethoxazole (SMX) and ciprofloxacin (CIP), for their contrasting mode of action and behavior, and N-ac-SMX, the main metabolite of SMX. The chosen metals were copper and zinc, which are known to increase in soils with regular applications of certain OWPs. They were brought together, at an environmental dose, and at a dose 5 times higher. The soils are a control soil that has never received OWP and two soils amended since 1998, by manure or compost green waste and sewage sludge, to test the impact of repeated applications of OWP and of the nature of OWP.Microcosms were incubated under controlled conditions for 156 days. For the study of ATB fate, the soils were treated with 14C-labeled ATBs and the 14C distribution was followed in the mineralized, easily and hardly extractable and non-extractable fractions. The impact of ATBs alone or in combinations on microorganisms and their activities was studied using unlabelled ATBs.The fate of ATBs is controlled by :i) The nature and properties of ATBs: CIP is rapidly and strongly adsorbed in soils and is not mineralized. Sulfonamides are rapidly degraded and mineralized up to 10% after 156 days.The fates of the SMX and N-ac-SMX are almost similar when they are brought alone, the N-ac-SMX being transformed into SMX. Whatever the molecules, the non-extractable residues are major at the end of incubation (> 50%).ii) Previous repeated applications of OWP that enhance adsorption of ATBs and reduce their mineralization.iii) The nature of the OWP : the more stable compost promotes the production of hardly extractable residues, the manure, more degradable, stimulates the mineralization of the sulfonamides and the production of non-extractable residues.iv) The presence of other contaminants, their nature and concentration : although the CIP at environmental doses did not affect the fate of SMX and N-ac-SMX in soils, the influence of metals was measurable and increased with their dose. At low doses, metals decrease the mineralization of SMX and N-ac-SMX by a factor of 2, by promoting the adsorption of ATBs through complexation, in particular with copper. At high doses, metals inhibit the mineralization of sulfonamides, through physicochemical reactions (increased adsorption of ATBs via copper) and certainly biological effects (toxic effects especially of zinc).The sulfonamides had no effect on soil microorganisms and mineralization of carbon and nitrogen when applied alone or as a mixture with ciprofloxacin or metals at environmental doses. But mixtures with the high dose of metals induce toxic effects on microbial biomass and mineralization of carbon. These toxic effects seem mainly due to metals and not to pH or ionic strength indirect effects.Therefore under these experimental conditions, the environmental risks associated with ATBs seem limited in the short term. But it would be necessary to study the effects in the longer term and of cumulative applications.

Le rôle de proche aidant est essentiel pour soutenir l’autonomie de la personne ayant la maladie d’Alzheimer (ou un autre trouble neurocognitif). Or, bien que la perception du proche aidant quant au statut fonctionnel de l’aîné à qui il offre du soutien ait déjà été étudiée, il n'existe pas de revue de littérature ayant abordé la correspondance entre l'évaluation d'un professionnel et la perception du statut fonctionnel par les proches aidants. L’objectif de cette étude est donc de comparer la perception du proche aidant et celle du professionnel de la santé quant au statut fonctionnel des aînés ayant la maladie d’Alzheimer (ou d’autres troubles neurocognitifs). Pour ce faire, un examen de la portée a été réalisé. Seize articles répondant aux critères d'inclusion ont été inclus dans l’étude. Toutes les études sélectionnées étaient non-expérimentales (transversale, longitudinale, cohorte avec groupe conrôle, cohorte, qualitative et mixte), et représentaient des échantillons hétérogènes concernant la dimension cognitive des sujets. La majorité des études (n=10) comptaient plus de femmes que d’hommes parmi ses participants. L’âge des aînés ayant un trouble neurocognitif variait entre 62,4 (±6,8) ans et 82,7 (±6,4) ans et celui des proches aidants variait de 48,2 (±15,2) ans à 79,6 (±8,5) ans. Les conjoints de personnes ayant la maladie d’Alzheimer ou un trouble neurocognitif sont les principaux dispensateurs d’aide parmi les proches aidants, suivi des enfants. Les milieux d'évaluation variaient entre le domicile, les milieux cliniques ou les laboratoires de centres de recherche. Les résultats de 75 % des études montrent que les évaluations faites par les professionnels donnent des résultats divergents avec la perception des proches aidants. Aussi, dans 31 % des études, la tendance était la sous-estimation des capacités par les proches aidants comparativement aux professionnels alors que dans 25 % des études, la tendance allait dans le sens de la surestimation des capacités. Enfin, dans 19 % des études, ou ne précisait pas la nature des divergences (sous-estimation ou surestimation). Des résultats portant sur la nature de la relation entre la personne ayant un trouble neurocognitif et son proche suggèrent que les conjoints ont tendance à surestimer les habiletés fonctionnelles des personnes ayant des troubles neurocognitifs à un stade léger, tandis que les proches ayant un autre type de lien (enfant, ami) montrent généralement une tendance à la sous-estimation. De plus, les divergences entre les proches aidants et les professionnels sont davantage susceptibles de porter sur des activités en lien avec les activités instrumentales de la vie quotidienne. Des études additionnelles auprès des proches aidants devront être réalisées en parallèle à des évaluations standardisées par des professionnels de la santé afin de recueillir des données plus complètes qui aideront à mieux comprendre quelles sont les activités qui sont perçues de façon divergente selon ces deux points de vue. / The role of the caregiver is essential in supporting the autonomy of those with Alzheimer's disease (or another neurocognitive disorder). However, although the caregiver's perception of the functional status of the person to whom he or she provides support has already been studied, no literature review that has addressed the correspondence between a professional assessment and the perception of functional status by caregivers. The objective of this study is therefore to compare the caregiver's perception and evaluation of the healthcare professional regarding the functional status of seniors with Alzheimer's disease (or other neurocognitive disorders). To do so, a scope review was conducted. Sixteen articles meeting the inclusion criteria were included in the study. All studies were non-experimental (cross-sectional, longitudinal, cohort with control group, cohort, qualitative and mixed), and represented heterogeneous samples with respect to the cognitive dimension of the subjects. The majority of studies (n=10) had more female than male participants. The age of seniors with a neurocognitive disorder ranged from 62.4 (±6.8) y.o. to 82.73 (±6.4) y.o., and that of caregivers ranged from 48.2 (±15.2) y.o. to 79.6 (±8.5) y.o. Spouses of people with Alzheimer's disease or a neurocognitive disorder were the primary caregivers among family caregivers, followed by children. Assessment settings varied from home, clinical settings or research center laboratories. The results of 75 % of the studies show that the assessments made by professionals gave results that diverge from the perception of caregivers. In 31 % of the studies, there was a tendency for caregivers to underestimate abilities compared to professionals, while in 25 % of the studies, there was a tendency for caregivers to overestimate abilities. Finally, in 19 % of the studies, the nature of the discrepancies (underestimation or overestimation) was not specified Results on the nature of the relationship between the person with a neurocognitive disorder and his/her caregiver suggest that spouses tend to overestimate the functional abilities of people with mild neurocognitive disorders, while relatives in other types of relationships (child, friend) generally show a tendency to underestimate them. Moreover, differences between caregivers and professionals are more likely to be related to activities related to instrumental activities of daily living. Additional studies with caregivers will have to be conducted in parallel with standardized assessments by healthcare professionals in order to collect more data to better understand which activities of functional status are perceived in a divergent way.