Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-05-30T14:29:22Z No. of bitstreams: 1 2008 - Ant?nio Roque Sarmento de Oliveira.pdf: 2410060 bytes, checksum: 48fb15db1a9375b37517df56da372cd5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-30T14:29:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008 - Ant?nio Roque Sarmento de Oliveira.pdf: 2410060 bytes, checksum: 48fb15db1a9375b37517df56da372cd5 (MD5) Previous issue date: 2008-07-09 / Due to the shortage in the labour market, it is necessary to provide an education that stimulates the student to conquer a profession. Not just the mere transmission of knowledge. There is a need for action liberating, in which the teaching profession give rise to the task of educator. Thus, the technical-vocational education represents an alternative, because at the same time that teaches, ensures a profession. The objective of this research was improving knowledge in the field of education and understand the reality of vocational education, taking as the object of study the Agrot?cnica Federal School of Salinas. This study was conducted with the students of the second series of technical course in Agriculture. The methodology is based on qualitative research. A questionnaire was used by students, supervised by Professor advisor for the collection of information among family farmers. The council was divided into 05 regions, totaling 50 respondents. The search diagnosed the economic importance of the creation of pigs and the parameters evaluated were the profile of the interviewees, position in the process of agricultural production, current insertion in the labour market agricultural, socioeconomic and participation policy. Through the results, it was concluded that most respondents residing for a long time in the farm and are owners of the property. Although the sugar cane is cultivated by most producers it is not widely used as an alternative food for pigs. It assessed the participation of students in the search through a questionnaire aimed at assessing the importance of research for them and encourage them to basic scientific research. Another segment was the search done with pigs in the process of termination. The Escola Agrot?cnica, provided a complete cycle of pigs, facilitated the conduct of the trial. The objective of the research was to evaluate the effects of the replacement of 15% of sugar cane by the diet provided. The effects were studied performance, quality of the carcass, morphology of gastrointestinal tract and economic analysis. The study based on the inclusion of sugar cane in the diet of pigs, replacing 15% of the dry matter-of the diet, because by its energy wealth to sugar cane can be considered a viable alternative in the feeding of these animals. The ration provided to them was formulated in order to meet nutritional requirements. In performance were analyzed the consumption of diet, weight gain and feed conversion. The amount of feed given not caused reduction in the thickness of bacon and not influenced the weight of the digestive and other organs of finish pigs. / Devido ? escassez de m?o-de-obra especializada no mercado de trabalho, ? necess?rio ministrar uma educa??o que estimule o estudante ? conquista de uma profiss?o. N?o basta a simples transmiss?o de conhecimentos. Torna-se necess?ria uma a??o libertadora, em que a profiss?o de professor ceda lugar ? miss?o de educador. Assim, o ensino t?cnico-profissionalizante representa uma alternativa, pois ao mesmo tempo em que ensina, garante uma profiss?o. O objetivo desta pesquisa foi aprimorar os conhecimentos na ?rea da educa??o e compreender a realidade educacional do ensino profissionalizante, tomando como objeto de estudo a Escola Agrot?cnica Federal de Salinas. O presente trabalho foi desenvolvido juntamente com os alunos das segundas s?ries do curso t?cnico em Agropecu?ria. A metodologia fundamentou-se na pesquisa qualitativa. Um question?rio foi utilizado pelos discentes, supervisionados pelo professor orientador, para a coleta de informa??es junto aos agricultores familiares. O munic?pio foi subdividido em 05 regi?es, totalizando 50 entrevistados. A pesquisa diagnosticou a import?ncia econ?mica da cria??o de su?nos e os par?metros avaliados foram: o perfil dos entrevistados, posi??o no processo de produ??o agropecu?ria, atual inser??o no mercado de trabalho agr?cola, n?vel socioecon?mico e participa??o pol?tica comunit?ria. Atrav?s dos resultados, concluiu-se que a maioria dos entrevistados reside h? muito tempo na fazenda e s?o propriet?rios dos im?veis. Embora a cana-de-a??car seja cultivada pela maioria dos produtores ela ? pouco utilizada como alternativa alimentar para su?nos. Foi avaliada a participa??o dos alunos na pesquisa atrav?s de um question?rio visando a avaliar a import?ncia da investiga??o para os mesmos e incentiv?-los a inicia??o cient?fica. Outro segmento foi ? pesquisa feita com su?nos em fase de termina??o. A Escola Agrot?cnica, provida de uma suinocultura de ciclo completo, facilitou a condu??o do experimento. O objetivo da pesquisa foi avaliar os efeitos da substitui??o de 15% de cana-de-a??car pela dieta fornecida. Os efeitos estudados foram: o desempenho, qualidade da carca?a, morfologia do trato gastrointestinal e an?lise econ?mica. O estudo fundamentou-se na inclus?o da cana-de-a??car na dieta alimentar dos su?nos, substituindo 15% da mat?ria-seca da dieta, porque pela sua riqueza energ?tica a cana-de-a??car pode ser considerada uma alternativa vi?vel na alimenta??o desses animais. A dieta fornecida a eles foi formulada de modo a atender ?s exig?ncias nutricionais. No desempenho, foram analisados o consumo de ra??o, ganho de peso e convers?o alimentar. A quantidade de dieta ministrada n?o ocasionou redu??o na espessura de toucinho e nem influenciou no peso dos ?rg?os digestivos e demais ?rg?os de su?nos em termina??o

Il rinnovato interesse nella coltivazione della canapa industriale non è stato supportato da studi approfonditi e generalmente si basa su esperienze dirette di coltivazione. Questo studio si prefigge come obbiettivo quello di sfruttare tutte la parti della pianta di canapa per migliorare l’economicità complessiva della sua coltivazione tramite l’uso di tecniche agronomiche e di pratiche post-raccolta. La Cannabis sativa ha un vasto campo di applicazioni, tra cui le più promettenti in termini di ritorno economico sono il cosmetico e il farmaceutico. I composti naturali più interessanti della Cannabis sono i cannabinoidi non-psicoattivi cannabidiolo (CBD) e cannabigerolo (CBG) presenti in elevate concentrazioni nelle foglie e nelle brattee di Cannabis. Altri metaboliti secondari prodotti dalla canapa e di grande interesse sono le cannflavine, una classe di prenil-flavonoidi caratteristico di questa specie. Nel primo e nel secondo capitolo la dinamica temporale di accumulo dei metaboliti secondari ad elevato valore aggiunto è stata monitorata per alcune delle varietà più comuni di canapa industriale ed è stata determinata la produzione potenziale di questi composti. Nel terzo capitolo una collezione di semi di canapa è stata valutata per le caratteristiche morfologiche e per il contenuto e la qualità dell’olio. Concludendo questo studio contribuisce allo sviluppo di una coltivazione della canapa per le molteplici destinazioni d’uso dei semi e del fitocomplesso. / Rapidly growing interest into industrial hemp cultivation is not supported by strong data and generally is referred to a limited experience on field cultivation. This study aims to exploit all the parts of hemp plant, in order to ameliorate the overall economy of its cultivation and by providing information on agronomic management and post-harvest operations. Cannabis sativa has a wide range of industrial applications and the most promising, in terms of economic revenues, are the cosmetic and pharmaceutics. The most interesting phytochemicals in Cannabis are the cannabinoids, in particular the non-intoxicating compounds cannabidiol (CBD) and cannabigerol (CBG), present at high concentration in the leaves and bracts of Cannabis. Some other promising secondary metabolites of hemp are cannflavins, a class of prenyl-flavonoids characteristic of this species. In the first and second chapter the time course accumulation of high added-value compounds was monitored for some of the most common industrial hemp cultivars, and the potential production was assessed. In the third chapter a collection of hemp seeds was evaluated for its morphological characteristics and for its oil content and quality. In conclusion this thesis contributes to a further development of multipurpose hemp cultivation for seed and phytocomplex production.

Listeria monocytogenes est une bactérie ubiquiste responsable d’une infection d’origine alimentaire, la listériose. Ce pathogène a été isolé de divers environnements dont l’environnement tellurique. La présence de L. monocytogenes dans le sol pose des problèmes sanitaires du fait de son possible transfert vers les plantes cultivées, les animaux et productions animales et l’eau. Dans ce contexte, il est essentiel de déterminer les facteurs extrinsèque et intrinsèque qui impactent l’écologie de L. monocytogenes dans le sol.Les études d’association génomique et les analyses transcriptomiques ont permis d’identifier qu’une part importante du génome de L. monocytogenes (7,3%) est dédiée à la régulation incluant 209 régulateurs transcriptionnels. Parmi eux, AgrA appartient à un système à deux composants du système de communication Agr. Nous avons étudié le rôle du régulateur transcriptionnel AgrA dans l’adaptation de L. monocytogenes au sol. La survie du mutant ∆agrA est significativement réduite dans les microcosmes de sol. De plus, une analyse transcriptomique a permis d’identifier que les taux de transcrits de 386 gènes et d’un large répertoire d’ARN non codant diffèrent significativement entre le mutant et la souche parentale. Les résultats suggèrent que la régulation de gènes et d’ARN non codant sous la dépendance d’AgrA pourrait être nécessaire pour l’adaptation optimale de L. monocytogenes au sol.De plus, la co-inoculation de mutants au système Agr défectueux avec la souche parentale a montré que le mutant ∆agrA est moins compétitif, confirmant l’importance d’AgrA dans l’adaptation de L. monocytogenes. En revanche, au cours de co-cultures, la compétitivité du mutant ∆agrD est similaire à celle de la souche parentale, ce qui laisse présumer que le mutant ∆agrD tire avantage de la présence de la souche parentale.L’un des facteurs extrinsèque essentiels susceptibles d’affecter la survie tellurique de L. monocytogenes est la composante biotique du sol. En effet, l’inactivation de la microflore du sol par ionisation lève l’inhibition de la croissance de L. monocytogenes. Au-delà de la seule abondance des communautés microbiennes, leur diversité influence le devenir des populations de L. monocytogenes. Par une approche de dilution jusqu’à extinction, nous avons démontré expérimentalement que l’érosion de la diversité microbienne se traduit par une meilleure survie de L. monocytogenes dans le sol. Nous avons démontré que les communautés microbiennes hautement diversifiées agissent comme une barrière biologique contre l’invasion de L. monocytogenes et que la composition phylogénétique de ces communautés doit être aussi considérée. Ces résultats suggèrent que l’érosion de la diversité pourrait accroître la circulation des microorganismes pathogènes dans l’environnement. / Listeria monocytogenes is a ubiquitous bacterium responsible for listeriosis, a food-borne disease. This pathogen has been isolated from various environments of which the telluric environment. The presence of L. monocytogenes in soil can increase health hazards due to the risk of transfer to vegetables, animals and animal products and water. Considering the role of soil in the circulation of pathogens from farm environment to plant and animal products and eventually to foodstuff, it is critical to identify intrinsic and extrinsic factors that drive the fate of L. monocytogenes in soil. Genome-wide and transcriptomic analyses found that an important part of the genome of L. monocytogenes (7.3%) is dedicated to regulation including 209 transcriptional regulators. Among these, AgrA is the response regulator of the two component system AgrC/AgrA which is part of the Agr communication system. We investigated the role of AgrA for L. monocytogenes adaptation to soil. A ∆agrA mutant displayed significantly reduced survival in soil microcosms. Additionally, microarray analyses identified 386 genes and a large repertoire of ncRNA as differentially transcribed between the mutant and the parental strain. The results presented here suggest that AgrA may be critical for the adaptation of L. monocytogenes by regulating an important network of genes and ncRNAs.Moreover, co-inoculation of mutants of the Agr system with the parental strain showed that inactivation of the regulator AgrA resulted in a decrease of the fitness of the strain, confirming that AgrA is necessary for optimal L. monocytogenes adaptation. On the other hand, when co-cultured with the parental strain, the fitness of the ∆agrD mutant was not affected, indicating that the mutant ∆agrD took advantage of the parental strain.Soil biology is a major extrinsic factor that conditions the fate of L. monocytogenes populations in soil. Inactivation of microbial communities lifted growth inhibition. Experimental erosion of soil microbial diversity showed that highly diverse soil microbial communities act as a biological barrier against L. monocytogenes invasion and that phylogenetic composition of the community also has to be considered. These results suggest that erosion of diversity may have damaging effects regarding circulation of pathogenic microorganisms in the environment.

Qualità e sicurezza degli alimenti, inclusa la loro tracciabilità ed autenticità, è diventato ngli ultimi anni obiettivo primario per la salute e il benessere dei consumatori. Il progetto è diretto allo sviluppo e applicazione di metodiche DNA-based per la tracciabilità di specie vegetali, varietà di frumento duro e microorganismi a difesa della qualita’, salubrita’ ed autenticità della filiera grano e prodotti processati. Le attività progettuali dello studio sono finanziate da industria (Barilla S.P.A.) con il coinvolgimento di enti pubblici di ricerca (Università Cattolica Del Sacro Cuore Di Piacenza, CREA-GB di Fiorenzuola D’arda). Il progetto si articola in tre argomenti principali: WP1.Tracciabilità di specie vegetali nella filiera pasta. Tracciabilità di varietà di frumento duro nella filiera pasta A questo scopo sono state intraprese nel secondo anno di attività due azioni dirette allo sviluppo e validazione di due diverse metodiche di fingerprinting varietale. Partendo dalle direttive UPOV in materia di impiego di marcatori molecolari per la caratterizzazione varietale è stata applicata e validata su di un pool di 26 varietà di interesse per l’industria un’ analisi basata su di una combinazione di marcatori SSR (Simple Sequence Repeats) che ha consentito di identificare in maniera univoca ciascuna delle varietà in esame. Il saggio è stato trasferito ai laboratori dell’industria che lo applica attualmente nella routine per il controllo di partite di granella. A fronte della robustezza dell’analisi SSR si pongono però i lunghi tempi analitici. Per ottimizzare questo aspetto si è completata un’attività di sequenziamento parziale del genoma di 28 varietà presenti in due repliche biologiche (52 campioni) e 12 mix di DNA di due varietà (4 differenti percentuali per ogni coppia di varietà miscelate). I dati ottenuti hanno fornito circa 15.000 marcatori molecolari DArT-seq (Diversity Array Technology ) e SNP (Simple Nucleotide Polimorphisms). Dall’intero set di marcatori è stato quindi individuato, attraverso una procedura bioinformatica, un set ridotto di marcatori ad alta informatività in grado di identificare univocamente le singole varietà e di predire la presenza di altre varietà in miscela e la percentuale di contaminazione. WP2.Tracciabilità Di Microrganismi Fungini Nella Filiera Pasta Questo studio è volto al controllo e identificazione di specie microbiche patogene che possono svilupparsi lungo la filiera grano con conseguente impatto negativo sulla salubrità di granella, di semole e dei prodotti finiti. A questo scopo sono stati prodotti campioni di granella a contaminazione controllata. Si è costituita attraverso l’analisi delle sequenze Barcode una ceppoteca che comprende i maggiori patogeni fungini che possono contaminare la granella durante la crescita della pianta in campo o durante lo stoccaggio della granella. Dopo l’inoculo artificiale dei singoli ceppi in due varietà di frumento duro, sono stati raccolti, a tempi crescenti, campioni di spighe e granella. La metodica è risultata rapida e sensibile nell’identificazione di DNA fungino fin dalle prime fasi dell’infezione, quando i sintomi della malattia risultavano ancora non ancora visibili. Le informazioni di sequenza Barcoding, in prospettiva, potranno essere utilizzate per sviluppare nuovi metodi di identificazione fungina più sensibili e rapidi. WP3. Identificazione molecolare di microrganismi vivi o morti in pesto L’obiettivo di questo lavoro è stato quello di sviluppare metodiche di V-qPCR (Viability-PCR), per permettere l’identificazione, quantificazione e discriminazione cellule microbiche vive o morte in alimentiprocessati, come il pesto. Per lo studio è stato scelto il batterio patogeno B.cereus, microrganismo ubiquitario, patogeno e sporigeno di difficile identificazione soprattutto in matrici complesse. Durante questo lavoro è stato sviluppato un protocollo analitico che prevede l’estrazione del DNA batterico da pesto, matrice interferente e complessa. Parte del lavoro è stata svolta presso l’Istituto di Microbiologia dell’Università Cattolica e l’Istituto IATA CSIC Institut d’Agroquímica i Tecnologia dels Aliments in Valencia. / Food quality and safety, including food traceability and authenticity, have become crucial in the last decades. Today, molecular and genetic progress can support the agri-food industry, due to the improvement of new analytical tools. Among the available applications, DNA-based methods can detect the presence of a particular species or variety along the food supply chain, verify the genetic identity of food and feed ingredients and detecting the presence of contaminating organisms, thus becoming an essential tool to study patterns, causes, and risk factors of diseases and outbreaks. As a consequence, genetic analysis has become increasingly popular even among non-specialists and highly beneficial for consumers, agricultural farmers, governments, and the private sector (Reid, O’Donnell, and Downey 2006). In this framework, the research developed in this thesis arises by active collaboration between the private company Barilla G. & R. Fratelli S.p.A., the public research institute CREA-GB (Consiglio per la Ricerca in agricoltura e l'analisi dell Economia Agraria) and Università Cattolica del Sacro Cuore, to develop a set of DNA-based methods to improve the traceability and authenticity of plant and microbial species and durum wheat varieties applicable from farm to fork. Following these aims, the research developed in this thesis includes: 1. The optimization and validation of qPCR assay for the discrimination of plant species along the pasta production chain through the organization of a ring test involving nine Italian public and private laboratories. The results obtained in this study were published in the Journal of Cereal Science (Chapter 2); 2. The discrimination of durum wheat varieties by selecting SSRs and DarT molecular markers as reliable methods for variety fingerprinting (Chapter 3). The results confirm the sensitivity of the method and the feasibility to 7 protect the food industry from fraud and ensure the consumer a certified pasta quality; 3. The application of the Barcoding technique and the development of qPCR assay for the identification and quantification of field fungi (Fusarium, Alternaria, Michrodochium, Cochliobolus spp.) and saprophytic fungi (Aspergillus, Penicillium, Rhizopus spp) along the wheat chain (Chapter 3). The sensitivity of the method was investigated by inoculating potted durum wheat plants at full anthesis and wheat kernels (pre and postharvest trials). The DNA-based methods demonstrate a key role in pathogen detection and the application in several points of the wheat chain (e.g., for control of both locally and imported grains, for storage lots, to evaluate the environmental risk associated with grain powder for farmers and workers); 4. The optimization of Viability q-PCR (V-qPCR) for the discrimination of dead and alive Bacillus cereus, a spore-forming bacteria (Chapter 4). The results of PMAxx, combined with qPCR, have demonstrated the selective discrimination of B.cereus viable cells, with no false-positive signals determined by dead cells, a peculiar aspect of thermally treated food; 5. The comparison of two DNA extraction kits (FastDNA® SPIN Kit for Soil – MB and NucleoSpin Tissue - Macherey Nagel) by detecting B.cereus spores in basil pesto sauce, selected as a model food matrix. Despite the limit of detection (LOD) achieved (respectively 1.8x102 spores/gr by using Fast DNA TM SPIN and 2.7 x 105 spores/gr by using NucleoSpin®), the principal challenge remains the spores' DNA extraction from the complex matrix. Lastly, the results obtained during the doctoral research project were globally discussed (Chapter 5).

Questo progetto ha lo scopo di delineare e rappresentare un quadro adatto a sostenere la transizione del sistema vitivinicolo italiano verso un modello sostenibile. A tal fine, ho sviluppato un disegno di ricerca interdisciplinare il cui percorso e risultati sono presentati nella tesi. Nel capitolo 1 viene mostrato il contesto in cui questa ricerca ha avuto origine e si è svolta. La parte introduttiva fornisce una panoramica sulla definizione giuridica di sostenibilità, su come la sostenibilità è intesa e adottata nel settore alimentare italiano e nell'industria del vino. In seguito, sono stati identificati i problemi e i gaps di ricerca rispetto all'integrazione della sostenibilità nel settore vitivinicolo italiano, questo è servito per identificare e delineare gli obiettivi della presente ricerca. Ho esaminato la relazione tra le aziende vinicole e i loro territori, considerando gli aspetti più cruciali dell'embeddedness locale e della sostenibilità delle aziende vitivinicole come la percezione del rischio legato all'esposizione ai pesticidi usati in agricoltura, la consapevolezza e l'impegno verso la responsabilità sociale d'impresa, e lo sviluppo di un quadro di riferimento volto a valutare la sostenibilità e a guidare le migliori pratiche nella produzione del vino. / This project aims to outline and represent a suitable framework to support the transition of the Italian wine system towards a sustainable model. To this end, I framed an interdisciplinary research design whose path and results are presented herein. In Chapter 1, the context in which this research has originated and taken place is shown. The introductory part provides an overview about the pending legal definition of sustainability, how sustainability is intended and adopted in Italian food sector and in the wine industry. Afterwards, the research issues and gaps with respect to the integration of sustainability into the Italian wine industry were noted, this served to identify and clearly state the research objectives. I examined the relationship between wine companies and their territories, by considering the most crucial aspects of local embeddedness and wine companies sustainability such as the perception of risk related to the exposure to pesticides used in agriculture, the awareness and commitment on corporate social responsibility, and the development of a framework aimed at assessing sustainability and guiding best practices in wine production.

In questo lavoro si intende indagare l'effetto degli anti-oidici più diffusi al fine di individuare nuovi approcci per la ricerca sui fungicidi. Le analisi statistiche mostrano che meptildinocap, zolfo, metrafenone e penconazolo, somministrati a dosi di etichetta, prevengono le infezioni di Erysiphe necator qualora applicati fino a 12 giorni prima dell'inoculazione. Meptildinocap e zolfo conservano una buona efficacia anche se applicati fino a 9 e 6 giorni dopo l'inoculazione. Meptildinocap neutralizza il massimo numero di conidi entro 6 giorni dal trattamento. La meta-analisi multivariata eseguita su prove di campo dimostra che tutti i fungicidi riducono la gravità delle infezioni su grappolo oltre l'80%, qualora applicati da 3 a 13 volte a dosi di etichette secondo il criterio fenologico. Nonostante cyflufenamid, quinoxyfen, fenarimol, fenarimol+zolfo, propiconazolo e kresoxim-metil+boscalid siano significativamente più efficaci dello zolfo, la loro applicazione ripetuta rappresenta una condizione favorevole all’insorgenza di resistenze. L’ approccio chemio-metrico all’ analisi dei dati ottenuti da microanalisi in microscopia SEM a raggi X mostra che meptildinocap induce modificazioni nei rapporti tra Ca e Al e P e S sulla parete dei Chasmoteci trattati. Tali modificazioni sono probabilmente dovute al dissolvimento della membrana plasmatica. Questi nuovi approcci possono rappresentare un'utile integrazione ai metodi già noti. / In this work the effect of the most widespread fungicides used for Erysiphe necator management is investigated in order to test new approaches to fungicide research. ANCOVA and Tukey’s post hoc tests showed that meptyldinocap, sulfur, metrafenone and penconazole administrated at label rates prevent E. necator infections when applied up to 12 days before inoculation. Meptyldinocap and sulfur preserve a good efficacy even when applied until 9 and 6 days after inoculation. Meptyldinocap significantly increases E. necator conidia mortality within 6 days exposure. The multi-treatment meta-analysis performed on field trials shows that all fungicides reduce disease severity over 80% on vine bunches when applied from 3 to 13 times at label rates with the phenological criterion. Although cyflufenamid, quinoxyfen, fenarimol, fenarimol+sulfur, propiconazole and kresoxim-methyl+boscalid are significantly more effective than sulfur their repeated application in vineyard represents an important E. necator resistance risk. The application of chemo-metric approach to data earned by SEM X-ray microanalysis shows that meptyldinocap leads to modifications in the relationships between Ca and Al and P and S in treated Chasmothecia wall. Such modifications are probably due to the plasma membrane disruption. The new approaches tested here may represent a useful integration of already known methods.

Fusarium graminearum causa la fusariosi della spiga nei cereali a paglia. Il fungo produce sia conidi che ascospore sui residui della coltura precedente, le ascospore sono prodotte in periteci. La produzione e maturazione di periteci e ascospore in risposta a diverse condizioni di temperatura e umidità relativa sono state studiate. Dato che le condizioni atmosferiche influenzano anche l’umidità del substrato su cui l’inoculo è prodotto, la relazione tra i fattori atmosferici e l’umidità dei residui colturali di mais è stata esaminata. I fattori atmosferici influenzano anche il rilascio delle ascospore. L’effetto della temperatura è stato studiato in vitro. Mediante esperimenti in condizioni naturali, sono state definite regole per l’individuazione di condizioni favorevoli al rilascio di ascospore sulla base di pioggia e deficit di pressione di vapore. La distribuzione delle ascospore e dei conidi all’interno della vegetazione del frumento è quindi stata studiata mediante l’uso di captaspore passivi. Le ascospore possono essere rilasciate e depositarsi sulle spighe in condizioni non favorevoli per la germinazione. La germinazione di ascospore sottoposte a periodi asciutti di diversa durata, e a diverse condizioni di temperatura e umidità relativa durante il periodo asciutto, è stata studiata sia in vitro che in planta. / Fusarium graminearum causes Fusarium head blight of small-grain cereals. The fungus produces conidia and ascospores on the previous crop residues, ascospores are formed in perithecia. Production and maturation of perithecia and ascospores at several temperature and relative humidity conditions were studied. As environmental conditions also influence the moisture content of the substrate on which inoculum is produced, the relationship between environmental factors and moisture of maize residues was assessed. Environmental factors also influence ascospore discharge. The effect of temperature was studied in vitro. Experiments in natural condition allowed to define rules for conditions leading to ascospore discharge, based on rain and vapor pressure deficit. Once discharged, the distribution of ascospores and conidia in the wheat canopy was studied using passive spore traps. Ascospores can be discharged and deposit on wheat spikes also in conditions that are unfavorable for germination. Germination of ascospores incubated in dryness for periods of several length, in several condition of temperature and relative humidity during dryness, was studied both in vitro and in planta.

L’insorgenza e la diffusione dell’antibiotico resistenza sta diventando un problema a livello mondiale. Molti sono gli ambienti in cui può avvenire tale diffusione, ma una delle principali vie di trasmissione passa attraverso la catena alimentare. Infatti, l’utilizzo di sostanze antimicrobiche è largamente diffuso negli allevamenti di animali ad uso alimentare e in agricoltura. In particolare, negli allevamenti gli antibiotici non solo vengono usati per trattare eventuali patologie, ma anche come profilassi e come promotori di crescita. Di conseguenza, questo uso a volte sconsiderato ha portato all’insorgenza di batteri resistenti a tali sostanze. Un ruolo fondamentale nella trasmissione e diffusione di tali resistenze a livello alimentare è svolto da batteri non patogeni che sono parte del naturale microbiota degli alimenti. Questi microorganismi infatti, pur non essendo essi stessi nocivi per l’uomo, possono fungere da reservoir di antibiotico resistenze per eventuali batteri patogeni. I batteri che generalmente svolgono questo ruolo sono i batteri lattici. Per questo motivo molto importante è stato identificare e studiare l’antibiotico resistenza anche di tali microorganismi. Negli ultimi anni, tuttavia, c’è stato un crescente interesse per un’altra classe di microorganismi, chiamata Haloarchaea o alobatteri o archaea alofili, poiché la loro presenza è stata rilevata in alimenti particolarmente salati. Dal momento che in letteratura ci sono pochi lavori che studiano i profili di antibiotico resistenza di tali microorganismi e, comunque, tali profili non sono stati studiati su un numero significativo di microorganismi appartenenti alla stessa specie, il presente lavoro di tesi è volto a definire il profilo di antibiotico resistenza del capostipite degli archaea alofili, che è l’Halobacterium salinarum, verificare se ci sono ceppi che presentano antibiotico resistenze e controllare se tali resistenze possono essere trasferite a batteri patogeni. / Antimicrobial resistance is now widely acknowledged as a major global public health challenge. There are many environments through which the transmission and diffusion of antibiotic resistance could happen, but one of the main routes of transmission is the food chain. As a matter of fact, antibiotic use is widely spread in animal husbandry and in agriculture. In particular, in animal husbandry antimicrobials have been used both for therapeutic reasons and as growth promoters. As a consequence, a selective pressure on pathogenic and commensal bacteria of animal origin has been exerted during the time, leading to the onset of microorganisms resistant to such compounds. A pivotal role in the spread in the food chain of antibiotic resistance has been played by non-pathogenic bacteria present in food. These microorganisms are not harmful for humans, but they could represent a reservoir of antibiotic resistance for foodborne pathogenic bacteria. Usually lactic acid bacteria play this role, since they are present in all fermented food. For this reason, the antibiotic resistance profile of lactic acid bacteria has been assessed. In recent years, another class of microorganisms called halophilic archaea have raised an increasing scientific interest, since they have been found in the human intestinal mucosa as well as in foods such as salted codfish and fermented Asiatic seafood. As a few papers have studied the antibiotic resistance profiles of halophilic archaea, and the only present do not consider a statistically significant number of microorganisms belonging to the same species, the aim of the present work is to define the antibiotic resistance profile of the major exponent of halophilic archaea, named Halobacterium salinarum, and consequently to verify if some strains present antibiotic resistances and if they can transfer these resistances to bacteria present in the food chain.

Il rilascio nell'ambiente di inquinanti organici, classici ed emergenti, è aumentato con la crescita della popolazione, urbanizzazione e modernizzazione. Considerando che un gran numero di contaminanti, derivati dal trattamento delle acque reflue e scarichi industriali, sono persistenti, bioaccumulabili e tossici; l'ambiente acquatico rappresenta un ecosistema estremamente vulnerabile. In questo contesto, il verificarsi dei ritardanti di fiamma (FRs) è stato oggetto di preoccupazione negli ultimi dieci anni. Fin dalla loro introduzione sul mercato, che risale agli anni Settanta, il loro uso è diventato massiccio e incontrollato grazie alle loro proprietà. I FRs sono infatti incorporati in una varietà di prodotti di consumo al fine di renderli più resistenti all’ accensione, ridurre o interrompere il ciclo di combustione e aumentare la sicurezza delle persone. Attualmente queste sostanze sono considerate contaminanti ambientali a causa della loro riscontrata presenza in diverse comparti quali suolo, sedimenti, acqua, aria, biota etc. Alla luce di quanto sopra, il presente progetto mira a focalizzare l'attenzione sull'impatto ambientale dei FRs (HFRs e OPFRs) in tre diversi bacini fluviali europei (Adige, Evrotas e Sava) e di valutare l'esposizione dell'organismo umano e acquatico a queste sostanze nel Fiume Adige attraverso l'uso di un modello matematico. / The release of classic and emerging organic pollutants into the environment has increased with the growing population, urbanization and modernization. Considering that a great number of contaminants derive from wastewater treatment plant and industrial discharges, and are persistent, bioaccumulative and toxic; the aquatic environment is the most vulnerable ecosystem. In this context, the environmental occurrence of flame retardants (FRs) has been a subject of concern for the past decade. Since their introduction on the market, which dates back to the seventies, their use has become massive and uncontrolled thanks their properties. HFRs are extremely used and incorporated in different consumer products in order to render them more resistant to ignition, reduce or stop the combustion cycle and increase the safety of lives. Nowadays, these substances are considered as environmental contaminants due to their presence in different compartments such as soil, sediment, water, air, biota etc. In the light of the above, the present project aim to focus the attention on the environmental impact of FRs (HFRs and OPFRs) in three different European river basins (Adige, Evrotas and Sava) and to assess the exposure of human and aquatic organism to these substances in Adige River through the use of mathematical modelling.

Il tratto gastro intestinale infantile al momento del parto è considerato virtualmente sterile e viene rapidamente colonizzato da microrganismi di origine materna e/o ambientale nei primi giorni di vita. Studi accoppiati di microbiologia classica e molecolare hanno dimostrato come la cavità amniotica sia popolata da microrganismi alcuni dei quali appartenenti a taxa non ancora coltivati e caratterizzati. Lo scopo del presente lavoro di tesi è stato quello di valutare la composizione del microbiota infantile durante i primi due anni di vita, in particolare, di popolazioni parzialmente “trascurate”. La tesi è suddivisibile in tre tematiche principali: presenza di popolazioni idrogenotrofiche, la distribuzione della famiglia delle Lachnospiraceae in soggetti sani prima del secondo anno di vita, e la possibile correlazione tra gli archaea metanogeni e la dieta in modello animale. Le tecniche impiegate nel presente lavoro di tesi sono state la PCR-DGGE e la PCR quantitativa (qPCR) e il sequenziamento Illumina. Le principali conclusioni derivabili dai tre studi sono correlate alla necessità di sviluppare nuove coppie di primers che meglio possano descrivere la complessa ecologia delle comunità microbiche intestinali. L’ambizioso obiettivo potrà considerarsi raggiunto quando si potranno identificare e stimare in modo preciso e corretto anche le popolazioni batteriche poco abbondanti nel microbiota intestinale infantile. / At birth, the gastrointestinal tract is virtually sterile, but is rapidly colonized during the first days of life until a relatively stable state is reached. Several studies using both bacterial culture techniques and bio-molecular methods revealed that the amniotic cavity harbors microorganisms and, among them, uncultivated and uncharacterized taxa. The aim of the present PhD thesis was to evaluate the composition of some neglected populations inhabiting the infant gut microbiota until the second year of life. The PhD thesis is composed of three main chapters related to the presence of hydrogenotrophic populations, the occurrence of the Lachnospiraceae family in healthy subjects before the second year and the possible linkage between methanogens and diet in a piglet’s model. PCR-DGGE, the quantitative PCR (qPCR) and the Illumina deep sequencing have been the prevalent molecular techniques used in this work. Main conclusions obtained from these studies were mainly linked to the need of new primer sets that better describe the ecological complexity of the gut microbial community. This ambitious objective will be reached when it is possible to properly identify and quantify less represented bacterial populations within the infant gut ecosystem.