Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NURIA ALONSO LOPEZ CID.pdf: 1461437 bytes, checksum: 7aabd2e9fb0164bdf7480906eadb35b7 (MD5) Previous issue date: 2016-04-14 / The advances in Anesthesiology took place at the same time as the development of drugs that ensured greater control over pain, patient comfort, and safety during surgical anesthetic procedures. Pharmacogenetics is the science that enables enhanced healthcare, by understanding the genetic variations that may affect the different responses to treatments. CYP3A are the most important enzymes involved in the metabolism of drugs prescribed in clinical practice, showing extensive genetic variability in their expression. CYP3A5 presents the highest number of functional variants, with significant differences in the frequencies observed among different population groups around the world and in Brazil. This study aimed and at assessing the frequency of CYP3A5*3 and CYP3A5*6 genotypic and allelic variants and to estimate the metabolizing profile according to these variants, as well as any potential implications on adverse events with drugs used in anesthesia. The sample used for this study included 166 subjects users of the Laboratório da Área de Saúde da PUCGoiás (PUC Healthcare Laboratory city of Goiás). They were all born in the Brazilian Midwest, over 18 years of age, and from both genders. The blood samples were obtained from each individual and genotyped for CYP3A5*3, A>G (rs 776746) and CYP3A5*6, G>A (rs 10264272) by real time Polymerase Chain Reaction using TaqMan assays. Data analysis of the allelic frequency was conducted by calculating the percentage for the established groups, according to color or race, compared to the total sample. In individuals from the Brazilian Midwest, assessed in this study, the frequency of the allelic variant CYP3A5*3 was 40% and 2% for CYP3A5*6. The frequency observed for the CYP3A5*3 allelic variant in subjects from the Midwest was lower than that from other Brazilian studies and also lower than the frequencies observed in Europeans and Asians, however, they were similar to the frequency seen in populations from East and West Africa. The frequency of the CYP3A5*6 allelic variant, in this study, was higher than that found in European studies and similar of the subjects in the North of Africa. Based on the results, one may infer that 72% would be poor metabolizers. The higher frequency of the poor metabolizer profile shows that there is potential for a greater occurrence of adverse events when using drugs metabolized by CYP3A5 in this population from the Brazilian Midwest. / O progresso da Anestesiologia junto com o desenvolvimento de drogas garantiram maior controle da dor, conforto ao paciente e segurança durante o ato anestésicocirúrgico. A Farmacogenética é uma ciência que permite a melhora da assistência à saúde, por meio do conhecimento das variações genéticas que podem estar envolvidas com as diferenças na resposta terapêutica. As CYP3A são as enzimas mais importantes envolvidas com o metabolismo de drogas prescritas na prática clínica, apresentando grande variabilidade genética na sua expressão. A CYP3A5 é a forma que apresenta mais variantes funcionais e com diferenças expressivas nas frequências observadas em diferentes grupos populacionais do mundo. Este estudo teve como objetivo avaliar a frequência das variantes genotípicas e alélicas do CYP3A5*3 e CYP3A5*6 e inferir sobre o perfil metabolizador dos indivíduos em função destas variantes em relação a drogas usadas em anestesia. O grupo avaliado incluiu 166 indivíduos usuários do Laboratório da Área de Saúde da PUCGoiás, nascidos na região Centro-Oeste do Brasil, maiores de 18 anos e de ambos os sexos. As amostras de sangue foram obtidas de cada indivíduo e genotipados para CYP3A5*3, A>G (rs 776746) and CYP3A5*6, G>A (rs 10264272) por Reação em Cadeia de Polimerase usando sondas TaqMan. A análise dos dados das frequências alélicas foi realizada através do cálculo das porcentagens para os grupos estabelecidos, segundo a cor ou raça, em relação a amostra total. Nos indivíduos da região Centro-Oeste do Brasil avaliados neste estudo, a frequência da variante alélica CYP3A5*3 foi de 40% e da CYP3A5*6 foi de 2%. A frequência observada para a variante alélica CYP3A5*3 em indivíduos da região Centro-Oeste foi menor que a de outros estudos brasileiros e também menor que as frequências verificadas em europeus e asiáticos, porém similar à observada na população do leste e oeste da África. A frequência da variante alélica CYP3A5*6, neste estudo, foi maior que a encontrada em estudos europeus e com valores mais próximos daqueles observados no norte da África. Com base nos resultados obtidos da amostra pode-se inferir que 72% dos indivíduos seriam fracos metabolizadores. A maior frequência do perfil de fraco metabolizador mostra que existe potencial de maior ocorrência de eventos adversos no uso de fármacos metabolizados pela CYP3A5 nesta população da região Centro-Oeste do Brasil.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-10-23T17:50:16Z No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-10-30T20:47:54Z (GMT) No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-30T20:47:54Z (GMT). No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-12-17 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / (Sem resumo em outra língua) / Os marcadores STRs tem sido amplamente utilizados com diferentes propósitos incluindo estudos populacionais e identificação humana. Sendo assim, o presente estudo tem como objetivo determinar as frequências alélilas e outros parâmetros estatísticos de 27 loci STR na população do Estado de Goiás, região central do Brasil, consolidando um banco de dados genético-molecular para aplicações na área forense e em testes de paternidade. Foram incluídos no estudo 1339 indivíduos participantes de investigações de vínculo genético realizadas no Laboratório de Citogenética Humana e Genética Molecular da Secretaria de Estado da Saúde de Goiás (SES-GO) e Laboratório Biocroma, no período de julho de 2010 a janeiro de 2013. A extração e quantificação do DNA foi realizada com conjunto de reagentes comerciais de acordo com as orientações do fabricante. As regiões genômicas foram amplificadas por PCR através do sistema multiplex PowerPlex®BIO 16 (Promega Corporation, EUA) para os loci autossômicos, TPOX, D3S1358, D5S818, FGA, CSF1PO, D7S820, D8S1179, TH01, vWA, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, Penta D e Penta E, e pelo sistema Powerplex®Y (Promega Corporation, EUA), para 12 marcadores STR-Y, sendo dez tetranucleotídeos - DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391,DYS393, DYS437, DYS439 - um trinucleotídeo - DYS392 - e um pentanucleotídeo-DYS438. Os produtos amplificados foram detectados em analisadores genéticos automáticos, MegaBace® 1000 (Amersham Biosciences, UK) e ABI 3500® (Life Technology Applied Biosystems, EUA). Posteriormente, as frequências alélicas, diversidade gênica e haplotípica foram obtidas com o auxílio dos programas Arlequin 3.5 e Genetix 4.05. Os valores encontrados para os parâmetros estatísticos, tais como heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He), demonstraram que os marcadores STRs autossômicos analisados estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg na população estudada, semelhante a outras populações de diferentes regiões do Brasil. O conteúdo de informação polimórfica (PIC), o poder de discriminação (PD) e o poder de exclusão (PE) obtidos para estes loci confirmam que estas regiões são bastante informativas para aplicações em identificação humana. As frequências alélicas e diversidade haplotípica obtidas dos STR-Y revelou 321 haplótipos únicos. O valor do Fst foi de 0,00951 demonstrando nenhuma diferença significativa entre as populações de Goiás e a amostra da população brasileira. Foi possível estimar uma taxa de mutação de 0,35x 10-4 a 0,63x 10-3 sendo a maioria de origem paterna e com ganho ou perda de apenas uma unidade de repetição. A caracterização genética-molecular da população do Estado de Goiás baseada nos marcadores STRs autossômicos e cromossomo Y demonstraram que este loci são altamente polimórficos e informativos, constituindo uma ferramenta útil para aplicações em identificação humana, reconstruções de perfis genéticos, bem como estudos populacionais e evolutivos.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lindomar Valentin Ferreira.pdf: 1215853 bytes, checksum: 2cb0836a827c452d5ca06c97f0d59f35 (MD5) Previous issue date: 2011-05-13 / The population genetics aims to study the allelic and genotypic frequencies in populations and the mechanisms that these frequencies change over generations. This study aims to estimate and compare the allele frequencies of 15 autosomal STR markers, sheets of 501 tests the genetic link in 986 individuals in the population of Goiânia-Goiás. The markers that showed higher numbers of alleles were D18S51 and Penta E with 20 to 19. The marker that had allele frequency was higher for the TPOX 8 allele. Other statistical parameters analyzed demonstrated high PIC, PD and PE for the marker Penta E. Analysis of allele frequencies obtained in this study were statistically compared with populations of five regions of Brazil, by Student's t test, not intra-population differences were observed (p> 0.05). In this context, the genetic database based on the values of the allele frequencies of the population of Goiânia, can be used in testing the genetic link, as well as in studies of human identification, due to the similarities observed in other Brazilian populations. / A genética de populações visa o estudo das frequências alélicas e genotípicas em populações e os mecanismos capazes de mudar estas frequências ao longo das gerações. Essa pesquisa tem como objetivo estimar e comparar as frequências alélicas de 15 marcadores autossômicos STR, de 501 planilhas de exames de vínculo genético em 986 indivíduos da população de Goiânia-Goiás. Os marcadores que apresentaram maiores números de alelos foram o D18S51 com 20 e o Penta E com 19. O marcador que teve maior frequência alélica foi o TPOX para o alelo 8. Outros parâmetros estatísticos analisados caracterizaram elevados PIC, PD e PE para o marcador Penta E. As análises das frequências alélicas obtidas neste estudo foram comparadas estatisticamente com populações de cinco regiões brasileiras, pelo teste t Student, e não foram verificadas diferenças intra populacionais significativas (p>0,05). Neste contexto, o banco de dados genéticos baseado nos valores das frequências alélicas da população de Goiânia, pode ser utilizado em testes de vínculo genético, assim como em estudos de identificação humana, devido às semelhanças verificadas com outras populações brasileiras.

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2016-08-18T13:03:27Z No. of bitstreams: 1 Jonas Garcia de Almeida.pdf: 3226956 bytes, checksum: 9d13dc0a531d222433b4267892b08ac2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-18T13:03:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jonas Garcia de Almeida.pdf: 3226956 bytes, checksum: 9d13dc0a531d222433b4267892b08ac2 (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 / For human identification purposes in Forence area, the United States created the database (DB) of DNA Index System Combined (CODIS), containing 13 loci: CSF1PO, FGA, TH01, TPOX, VWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51 and D21S11. Then the DBs of the markers of the Y-STR X-STRs haplotypes were created. Comparison of the obtained data was conducted from allele frequencies (AF), paternity index (PI) by marker and paternity probabilities (PPs) obtained from nine BD population, one of those national (BR), using 241 cases containing the PP 99.99 using 13 loci STRs (CODIS) and 2 more STRs markers of Penta D- and E, granted by the BDs of Núcleo de Pesquisas Replicon, of the Pontifícia Universidade Católica de Goiás (PUC - GO) and LaGene, Laboratório Central de Saúde Pública (SES - GO). 241 cases were analyzed in Trio (alleged father, son and progenitor) and Duo (alleged father and son) situations, using 13 STRs markers (CODIS) by Bayes theorem and the Likelihood Ratio (LR). The results were submitted to the Kruskal-Wallis, chi-square, Spearman correlation and Fishers exact tests and SPSS software (2010). Static analysis of RV cases containing the Trio resulted in 1,148 results PPs 99.99% and 21 results PPs <99.99%, and in a position to Duo 1686 results with PPs 99.99% and 483 results PPs <99.99%. The analysis of the IP average of each marker showed the D21S11 of STRs markers and FGA with the highest power of inclusion and TH01 and D3S1358 with the lowest power of inclusion. The PPs did not show significantly different, containing mostly positive correlation, of moderate to strong, between 8 BDs compared to the BR population databases. This study demonstrated the statistics interference that each allele frequencies DB can have in PP calculations using only 13 loci of genetic, thus making it more significant in cases Duo situation. According to the information available in databases of gene frequencies of the different geographical regions of Brazil, it became possible to conclude that the allele frequencies obtained and the IPs per marker and PPs obtained, suggest strong similarities to those found in the national database. / Para fins de identificação humana na área forense os Estados Unidos criou o Banco de Dados (BD) do Sistema de Índice de DNA Combinado (CODIS), contendo 13 loci: CSF1PO, FGA, TH01, TPOX, VWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51 e D21S11. Foi realizado no presente estudo, a comparação dos dados obtidos das frequências alélicas (FA), índices de paternidade (IP) por marcador e probabilidades de paternidade (PPs) obtidas a partir de 9 BD populacionais, sendo 1 nacional (BR), utilizando 241 casos contendo a PP 99,99 com o uso de 13 loci STRs (CODIS) e mais 2 marcadores STRs do Penta-D e E, cedidos pelos BDs do Núcleo de Pesquisa Replicon, da Pontifícia Universidade Católica de Goiás (PUC-GO) e do LaGene, Laboratório Central de Saúde Pública (SES-GO). Os 241 casos foram analisados nas situações de Trio (suposto pai, filho e genitora) e Duo (suposto pai e filho) usando 13 marcadores STRs (CODIS) através do teorema de Bayes e pela Razão de Verossimilhança (RV). Os resultados foram submetidos aos testes de Kruskal-Wallis, Qui-quadrado, Correlação de Spearman e Exato de Fisher usando o software SPSS (2010). As análises estáticas da RV dos casos contendo o Trio resultaram em 1.148 resultados com PPs 99,99% e 21 resultados com PPs < 99,99%, e em situação de Duo 1.686 resultados com PPs 99,99% e 483 resultados com PPs < 99,99%. As análises das médias dos IPs de cada marcador demonstraram os marcadores STRs do D21S11 e FGA com os maiores poder de inclusão e TH01 juntamente com o D3S1358 os menores poderes de inclusão. As PPs não apresentaram diferenças estatísticas significativas contendo em sua maioria correlações positivas de moderadas a fortes entre os 8 BDs comparados ao BDs populacional do BR. Este estudo demonstrou as interferências estatísticas que cada BDs de frequências alélicas pode exercer nos cálculos de PP quando se utiliza apenas 13 loci para confirmação de vínculo genético, tornando-se assim mais significativas nos casos em situação de Duo. De acordo as informações disponíveis nos BDs de frequências alélicas das diferentes regiões geográficas do Brasil, tornou-se possível concluir, que as frequências alélicas obtidas, bem como os IPs por marcador e as PPs obtidas, sugerem fortes similaridades às encontradas no banco de dados nacional.

O NER é uma via de reparo de DNA capaz de lidar com uma ampla variedade de lesões. Participam do NER diversas proteínas, entre elas a endonuclease XPG. Pacientes que possuem mutações no gene XPG apresentam a síndrome XP, e em alguns casos XP/CS. Investigamos a natureza genética de dois pacientes XP-G, que são irmãos e apresentam fenótipo moderado. As células destes pacientes demonstraram alta sensibilidade à luz UVC. Quando expostas a um agente oxidativo, apenas células XP-G/CS exibiram sensibilidade. Identificamos duas mutações missense no gene XPG desses pacientes, e comparamos com outras mutações existentes. Observamos que as mutações possuem um impacto negativo na funcionalidade de XPG. A proteína com a mutação p.Ala28Asp exibiu uma atividade residual em testes de complementação. Os resultados indicam que o fenótipo XP-G desses pacientes é causado por duas mutações missense em heterozigose composta, e que células portadoras dessas alterações exibem respostas diferenciadas frente aos estresses genotóxicos causados pela luz UV e pelo agente oxidativo utilizado. / NER is the most flexible of all known DNA repair mechanisms. XPG is an endonuclease that participates in the final steps of NER. Mutations in this gene may result in the human syndrome XP and, in some cases, in the XP/CS. We investigated the genetic nature in two XP-G patients, siblings and mildly affected. The cells from these patients demonstrated the high UV sensitivity typical of this syndrome. When exposed to an oxidative agent, only XP-G/CS cells exhibited sensitivity. We identified two missense mutations in the XPG gene of these patients, and a comparison with other known mutations is presented. These mutations have a negative impact in the function of XPG. The protein harboring the mutation p.Ala28Asp exhibited residual activity in complementation tests. These results indicate that the phenotype of XP-G patients is caused by two missense mutations in a compound heterozygous manner, and that the cells carrying these alterations exhibit different responses against genotoxic stress caused by the UV light and by the oxidative agent used.

O NER é uma via de reparo de DNA capaz de lidar com uma ampla variedade de lesões. Participam do NER diversas proteínas, entre elas a endonuclease XPG. Pacientes que possuem mutações no gene XPG apresentam a síndrome XP, e em alguns casos XP/CS. Investigamos a natureza genética de dois pacientes XP-G, que são irmãos e apresentam fenótipo moderado. As células destes pacientes demonstraram alta sensibilidade à luz UVC. Quando expostas a um agente oxidativo, apenas células XP-G/CS exibiram sensibilidade. Identificamos duas mutações missense no gene XPG desses pacientes, e comparamos com outras mutações existentes. Observamos que as mutações possuem um impacto negativo na funcionalidade de XPG. A proteína com a mutação p.Ala28Asp exibiu uma atividade residual em testes de complementação. Os resultados indicam que o fenótipo XP-G desses pacientes é causado por duas mutações missense em heterozigose composta, e que células portadoras dessas alterações exibem respostas diferenciadas frente aos estresses genotóxicos causados pela luz UV e pelo agente oxidativo utilizado. / NER is the most flexible of all known DNA repair mechanisms. XPG is an endonuclease that participates in the final steps of NER. Mutations in this gene may result in the human syndrome XP and, in some cases, in the XP/CS. We investigated the genetic nature in two XP-G patients, siblings and mildly affected. The cells from these patients demonstrated the high UV sensitivity typical of this syndrome. When exposed to an oxidative agent, only XP-G/CS cells exhibited sensitivity. We identified two missense mutations in the XPG gene of these patients, and a comparison with other known mutations is presented. These mutations have a negative impact in the function of XPG. The protein harboring the mutation p.Ala28Asp exhibited residual activity in complementation tests. These results indicate that the phenotype of XP-G patients is caused by two missense mutations in a compound heterozygous manner, and that the cells carrying these alterations exhibit different responses against genotoxic stress caused by the UV light and by the oxidative agent used.

Tesis por compendio / [ES] Un objetivo fundamental en los programas de conservación es mantener la diversidad genética y la estrategia de gestión más eficiente para lograrlo es aplicar el método de Contribuciones Óptimas. Este método optimiza las contribuciones de los candidatos a reproductores minimizando el parentesco global ponderada, lo que conduce a niveles más altos de diversidad genética, medida como heterocigosis esperada, y a un control efectivo del aumento de consanguinidad. El parámetro fundamental de este método es la matriz de parentesco. Esta matriz se ha obtenido tradicionalmente a partir del pedigrí, pero la disponibilidad actual de genotipos para un gran número de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) nos permite estimarla con una mayor precisión. Sin embargo, se han propuesto muchas medidas de parentesco genómico y se desconoce qué medida es la más apropiada para minimizar la pérdida de diversidad genética. Por lo tanto, el objetivo general de esta tesis fue investigar la eficiencia de diferentes matrices genómicas de parentesco en la gestión de poblaciones en programas de conservación, cuando se aplica el método de Contribuciones Óptimas. Las matrices comparadas fueron aquellas basadas en: i) la proporción de alelos compartidos por dos individuos (CSIM); ii) las desviaciones del número observado de alelos compartidos por dos individuos respecto del número esperado (CL&H); iii) la matriz de relaciones genómicas obtenida a través el método 1 de VanRaden (CVR1); iv) la matriz de relaciones genómicas obtenida a través el método 2 de VanRaden (CVR2); v) la matriz de relaciones genómicas obtenida a través el método de Yang (CYAN); y vi) segmentos idénticos por descendencia (CSEG). Los resultados para una sola generación, usando miles de SNP genotipados en individuos de una población cultivada de rodaballo, mostraron grandes diferencias en la magnitud de los seis coeficientes de parentesco. Las correlaciones entre los diferentes coeficientes variaron mucho, siendo las más bajas aquellas entre CSIM, CL&H o CSEG y CVR2 o CYAN. La gestión que utiliza matrices basadas en la proporción de alelos o segmentos compartidos (CSIM, CL&H y CSEG) retuvieron una mayor diversidad que aquella que utiliza matrices de relaciones genómicas (CVR1, CVR2 y CYAN). Como era de esperar, maximizar la heterocigosis llevó los alelos hacia frecuencias intermedias. Sin embargo, alejar las frecuencias alélicas de las frecuencias iniciales puede ser indeseable, ya que se pueden perder adaptaciones particulares al medio. Se utilizaron simulaciones estocásticas para investigar la eficiencia de CL&H y CVR2 en el manejo de poblaciones no divididas a lo largo de 50 generaciones y ambas matrices se compararon tanto en términos de la diversidad genética como en términos de los cambios asociados en las frecuencias alélicas. EL uso de CL&H en el método de Contribuciones Óptimas llevó a una mayor diversidad genética pero también en un mayor cambio de frecuencias alélicas que el uso de CVR2. Las diferencias entre estrategias fueron menores cuando sólo se usaron SNP con una frecuencia del alelo menos común (MAF) por encima de un umbral particular (MAF > 0.05 y MAF > 0.25) para calcular CL&H y CVR2 así como cuando se aplicó el método de Contribuciones Óptimas en poblaciones con censo más pequeños (se pasó de N = 100 a N = 20). La evaluación de CL&H y CVR2 se extendió a poblaciones subdivididas, también a través de simulaciones por ordenador. En poblaciones subdivididas, la diversidad genética se distribuye en dos componentes: dentro y entre subpoblaciones. Cuando se otorga un mayor peso al componente dentro de subpoblaciones, es posible restringir los niveles de consanguinidad. Bajo este escenario, la utilización de CL&H resultó ser la mejor opción para gestionar este tipo de poblaciones, ya que mantuvo una mayor diversidad global, condujo a una menor consanguinidad y a cambios en las frecuencias similares a los observados cuando se utilizó CVR2. / [CA] Un objectiu fonamental en els programes de conservació és mantindré la diversitat genètica i l'estratègia de gestió més eficient per aconseguir-ho és aplicar el mètode de contribucions òptimes. Aquest mètode optimitza les contribucions dels candidats a reproductors minimitzant el parentiu global ponderat, cosa que condueix a nivells més alts de diversitat genètica, mesurada com a heterozigosi esperada, i a un control efectiu de l'augment de consanguinitat. El paràmetre fonamental d'aquest mètode és la matriu de parentiu. Aquesta matriu s'ha obtingut tradicionalment a partir del pedigrí, però la disponibilitat actual de genotips per a un gran nombre de polimorfismes d'un sol nucleòtid (SNP) ens permet estimar-la amb més precisió. Tot i això, s'han proposat moltes mesures de parentiu genòmic i es desconeix quina mesura és la més apropiada per minimitzar la pèrdua de diversitat genètica. Per tant, l'objectiu general d'aquesta tesi va ser investigar l'eficiència de diferents matrius genòmiques de parentiu en la gestió de poblacions en programes de conservació, quan s'aplica el mètode de Contribucions Òptimes. Les matrius comparades van ser aquelles basades en: i) la proporció d'al·lels compartits per dos individus (CSIM); ii) les desviacions del nombre observat d'al·lels compartits per dos individus respecte del nombre esperat (CL&H); iii) la matriu de relacions genòmiques obtinguda a través del mètode 1 de VanRaden (CVR1); iv) la matriu de relacions genòmiques obtinguda a través del mètode 2 de VanRaden (CVR2); v) la matriu de relacions genòmiques obtinguda a través del mètode de Yang (CYAN); i vi) segments idèntics per descendència (CSEG). Els resultats per a una sola generació, usant milers d'SNP genotipats en individus d'una població cultivada de turbot, van mostrar grans diferències en la magnitud dels sis coeficients de parentiu. Les correlacions entre els coeficients van variar molt, sent les més baixes aquelles entre CSIM, CL&H o CSEG i CVR2 o CYAN. La gestió que utilitza matrius basades en la proporció d'al·lels o segments compartits (CSIM, CL&H i CSEG) van retindré una diversitat més gran que aquella que utilitza matrius de relacions genòmiques (CVR1, CVR2 i CYAN). Com calia esperar, la màxima heterozigosi va portar els al·lels cap a freqüències intermèdies. No obstant això, allunyar les freqüències al·lèliques de les freqüències inicials pot ser indesitjable, ja que es poden perdre adaptacions particulars al medi. Es van fer servir simulacions estocàstiques per investigar l'eficiència de CL&H i CVR2 en el maneig de poblacions no dividides al llarg de 50 generacions i les dues matrius es van comparar tant en termes de la diversitat genètica com en termes dels canvis associats a les freqüències al·lèliques. L'ús de CL&H en el mètode de Contribucions Òptimes va resultar en una major diversitat genètica però també en un canvi més gran de freqüències al·lèliques que l'ús de CVR2. Les diferències entre estratègies van ser menors quan només es van fer servir SNP amb una freqüència de l'al·lel menys comú (MAF) per sobre d'un llindar particular (MAF > 0.05 i MAF > 0.25) per calcular CL&H i CVR2 així com quan es va aplicar el mètode de Contribucions Òptimes en poblacions amb cens més petit (es va passar de N = 100 a N = 20). L'avaluació de CL&H i CVR2 es va estendre a poblacions subdividides, també a través de simulacions per ordinador. En poblacions subdividides, la diversitat genètica es distribueix en dos components: dins i entre subpoblacions. Quan s'atorga un pes més gran al component dins de subpoblacions, és possible restringir els nivells de consanguinitat. Sota aquest escenari, la utilització de CL&H va resultar ser la millor opció per gestionar aquest tipus de poblacions, ja que va mantindré una diversitat global més gran, va conduir a una menor consanguinitat i a canvis en les freqüències similars als observats quan es va utilitzar CVR2. / [EN] A main objective in conservation programs is to maintain genetic diversity, and the most efficient management strategy to achieve it is to apply the Optimal Contributions method. This method optimizes the contributions of breeding candidates by minimizing the global weighted coancestry. This leads to the highest levels of genetic diversity, when measured as expected heterozygosity, and to an effective control of the increase of inbreeding. The fundamental parameter of the method is the coancestry matrix which, traditionally, has been obtained from pedigree data. The current availability of genome-wide information allows us to estimate coancestries with higher precision. However, many different genomic coancestry measures have been proposed and it is unknown which measure is more efficient to minimize the loss of genetic diversity. Thus, the general aim of this thesis was to investigate the efficiency of different genomic coancestry matrices in the management of conserved populations when the Optimal Contributions method is applied to maximize genetic diversity. The matrices compared were those based on: i) the proportion of shared alleles (CSIM); ii) deviations of the observed number of alleles shared by two individuals from the expected number (CL&H); iii) the realized relationship matrix obtained by VanRaden's method 1 (CVR1); iv) the realized relationship matrix obtained by VanRaden's method 2 (CVR2); v) the realized relationship matrix obtained by Yang¿s method (CYAN); and vi) identical by descent segments (CSEG). Results for a single generation using thousands of SNP genotyped in individuals from a farm turbot population, showed large differences in the magnitude of the six coancestry coefficients. Moreover, pairwise correlations were those between coefficients greatly varied (especially for self-coancestry). The lowest correlations between CSIM, CL&H or CSEG and CVR2 or CYAN. Management with matrices based on the proportion of shared alleles or on segments (CSIM, CL&H and CSEG) retained higher variability than those based on realized genomic relationship matrices (CVR1, CVR2 and CYAN). As expected, maximizing heterozygosity pushed alleles toward intermediate frequencies. However, moving allele frequencies away from initial frequencies may be undesirable as particular adaptations to the environment can be lost. Stochastic simulations were used to investigate the efficiency of CL&H and CVR2 in the management of an undivided population across 50 generations and both matrices were compared not only in terms of the genetic diversity maintained but also in terms of the associated changes in allele frequencies across generations. The use of CL&H in the Optimal Contribution method resulted in a higher genetic diversity but also in a higher change of allele frequencies than the use of CVR2. The differences between strategies were reduced when only SNPs with a minimum allele frequency (MAF) above a particular threshold (MAF > 0.05 and MAF > 0.25) were used to compute CL&H and CVR2 as well as when the Optimal Contributions method was applied in populations of smaller sizes (N = 20 vs N = 100). The evaluation of CL&H and CVR2 was extended to subdivided populations, also via computer simulations. When populations are subdivided into different breeding groups, it is possible to give different weights to the within- and between-subpopulation components of genetic diversity. When a higher weight is given to the within-subpopulation component, the levels of inbreeding can be restricted. In this scenario, the use of CL&H was the best option for managing subdivided populations as it maintained more global diversity, led to less inbreeding and to changes in frequencies similar to those observed when using CVR2 when a large weight was given to the within-subpopulation term. / Esta tesis doctoral se realizó en el Instituto de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA-CSIC) de Madrid. El trabajo expuesto en el capítulo 2 se realizó en parte en el Instituto Roslin, de la Universidad de Edimburgo durante una estancia predoctoral. Los trabajos expuestos en la tesis han sido financiados con una beca predoctoral FPI (BES-2017-081070) y a través de proyectos del Plan Estatal de I+D+i del Ministerio de Ciencia e Innovación (proyectos CGL2016-75904-C2-2-P y PID2020- 114426GB-C22) y de la Unión Europea (‘European Union‘s Seventh Framework Program, KBBE.2013.1.2-10, under Grant Agreement No. 613611, FISHBOOST project’ y ‘European Commission Horizon 2020, Framework Programme through Grant Agreement No. 727315, MedAID project’). / Morales González, E. (2023). Management of Genetic Diversity in Conservation Programs Using Genomic Coancestry [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/195231 / Compendio