GONÇALVES, Maria Helane Rocha Batista. Genótipos das cepas de H. pylori VacA e alelos, cagA e sítios de fosforilação EPIYA em uma comunidade urbana de Fortaleza utilizando método não endoscópico. 2010. 68 f. Dissertação (Mestrado em Cirurgia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2010. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2014-03-11T14:14:46Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_mhrbgonçalves.pdf: 841970 bytes, checksum: c3ccf6269ed1300097b844a6e63f0539 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2014-03-11T14:15:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_mhrbgonçalves.pdf: 841970 bytes, checksum: c3ccf6269ed1300097b844a6e63f0539 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-11T14:15:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_mhrbgonçalves.pdf: 841970 bytes, checksum: c3ccf6269ed1300097b844a6e63f0539 (MD5) Previous issue date: 2010 / The H. pylori infect currently half of the world’s population and is related to the development of gastric disorders. The Enterotest is a minimally invasive method that can be used for detection of H. pylori through endoscopic not. The objective of this study was to evaluate the sensitivity and specificity of Enterotest opposite the Respiratory Testing and studying the genetic profile of strains of H. pylori individuals resident in the Community College Park. The gastric juice was collected from Enteroteste, and held the culture and the extraction of DNA from H. pylori. The genotyping of strains was carried out by the PCR technique and phosphorylation sites EPIYA sequencing participated in the study 50 individuals, positive and negative 7 43 for infection H. pylori through Respiratory Test. Culture and PCR from Enteroteste showed sensitivity of 86% and 77%, respectively, with 100% specificity in both methods. 33 strains were positive, genotipadas as Cow being 39.4% Cow s1m1; 15.2% Cow s1m2; 18.2% Cow s2m2 27.2% with Cow s profile with absence of allele m. Were positive 66.6% Bran of strains being profiled 54.5% EPIYA-ABC, 41.0% EPIYA-ABCC and 4.5% EPIYA-AB. The Enterotest proved to be a reliable method with great sensitivity and specificity for identification of H. pylori through cultivation and PCR technique. Most strains expressed alelo Cow s1, with a predominance of subtype s1b and allele combination s1m1. More than half of the studied strains expressed gene Shit and most of these strains were 3 or 4, phosphorylation sites profiled EPIYA-ABC or EPIYA-ABCC. The genetic profile presented by these strains is described for South America and nonstandard Asia, most strains circulating in the community have important potential pathogenic. The Enterotest is a safe method, sensitive and specific detection of H. pylori. / O H. pylori infecta atualmente metade da população mundial e é relacionado com o desenvolvimento das afecções gástricas. O Enteroteste é um método minimamente invasivo que pode ser usado para detecção do H. pylori por meio não endoscópico. O objetivo deste estudo foi avaliar a sensibilidade e especificidade do Enteroteste frente ao Teste Respiratório e estudar o perfil genético das cepas de H. pylori em indivíduos residentes na comunidade Parque Universitário. O suco gástrico foi colhido a partir do Enteroteste, e realizada a cultura e a extração do DNA do H. pylori. A genotipagem das cepas foi realizada através da técnica de PCR e os sítios de fosforilação EPIYA de sequenciamento Participaram do estudo 50 indivíduos, 43 positivos e 7 negativos para a infecção pelo H. pylori através do Teste Respiratório. A cultura e o PCR a partir do Enteroteste apresentaram sensibilidade de 86% e 77%, respectivamente, com especificidade de 100% em ambos os métodos 33 cepas foram genotipadas como vacA positivas, sendo 39,4% vacA s1m1; 15,2% vacA s1m2; 18,2% vacA s2m2 27,2% com perfil vacA s com ausência do alelo m. Foram cagA positivas 66,6% das cepas sendo 54,5% com perfil EPIYA-ABC, 41,0% EPIYA-ABCC e 4,5% EPIYA-AB. O Enteroteste mostrou-se um método confiável com boa sensibilidade e especificidade para identificação do H. pylori através do cultivo e da técnica de PCR. A maioria das cepas expressou o alelo vacA s1, com predomínio do subtipo s1b e da combinação alélica s1m1. Mais da metade das cepas estudadas expressaram o gene cagA e a maioria dessas cepas tinham 3 ou 4 sítios de fosforilação, com perfil EPIYA-ABC ou EPIYA-ABCC. O perfil genético apresentado por essas cepas é o descrito para a América do Sul e diferente do padrão Asiático, a maioria das cepas circulantes na comunidade têm importante potencial patogênico. O Enteroteste é um método seguro, sensível e específico para detecção do H. pylori.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-02-12T13:36:10Z No. of bitstreams: 1 2015_NicoleSelleski.pdf: 1794617 bytes, checksum: ea6f372597cf25bb16cfdc52ec8a1d29 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-02-15T11:43:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_NicoleSelleski.pdf: 1794617 bytes, checksum: ea6f372597cf25bb16cfdc52ec8a1d29 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-15T11:43:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_NicoleSelleski.pdf: 1794617 bytes, checksum: ea6f372597cf25bb16cfdc52ec8a1d29 (MD5) / A doença celíaca é uma doença autoimune, de natureza inflamatória, caracterizada por uma intolerância permanente ao glúten em indivíduos geneticamente predispostos. Quase todos os pacientes celíacos possuem genes que codificam os heterodímeros HLA-DQ2.5, DQ8 ou DQ2.2, os quais participam na apresentação de peptídeos específicos derivados do glúten às células T CD4+. O objetivo desse trabalho foi determinar a prevalência das variantes predisponentes para DC em grupos de crianças celíacas (n=100) e não celíacas (n=110) da cidade de Brasília, Brasil. No grupo de crianças celíacas, 51% (n=51) apresentaram unicamente a variante DQ2.5, 22% (n=22) DQ2.5 e DQ2.2, 5% (n=5) somente DQ2.2, 7% (n=7) DQ2.5 e DQ8, 6% (n=6) DQ2.2 e DQ8, 6% (n=6) foram positivas unicamente para DQ8, 1% (n=1) somente para o alelo DQB1*02, 1% (n=1) apresentaram alelos de baixo risco e 1% (n=1) foram negativas para todos os alelos testados. O padrão evidenciado em crianças não celíacas foi: 14,5% (n=16) foram positivas unicamente para a variante DQ2.5, 3,6% (n=4) para DQ2.5 e DQ2.2, 11,8% (n=13) somente para DQ2.2, 0,9% (n=1) para DQ2.5 e DQ8, 0,9% (n=1) para DQ2.2 e DQ8, 13,6% (n=15) unicamente para DQ8, 1,8% (n=2) somente apresentaram o alelo DQB1*02, 26,4% (n=29) foram positivas para alelos de baixo risco e 26,4% (n=29) não apresentou nenhum dos alelos analisados. A prevalência de genótipos predisponentes para doença celíaca encontrada na população de crianças celíacas (DQ2: 80% e DQ8: 19%) foi similar à descrita para populações não europeias. Por outro lado, a proporção total desses alelos achados no grupo de crianças não celíacas (33,6%) mostrou-se semelhante à obtida na população geral europeia. Finalmente, os genes que codificam o heterodímero HLA-DQ2.2 não apresentaram diferenças estatisticamente significativas entre os grupos, o que nos permitiu concluir que a inclusão da variante HLA-DQ2.2 como genótipo predisponente para DC não seria relevante para a população analisada. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Celiac disease is an autoimunne enteropathy triggered by the ingestion of glúten in genetically susceptible individuals. Almost all celiac patients possess immune recognition genes encoding either HLA-DQ2.5, DQ8, or DQ2.2 heterodimers which facilitate CD4+ T-cell recognition of specific gluten-derived peptides. The aim of our study was to determine the prevalence of these predisposing variants in a group of celiac (n=100) and non-celiac (n=110) children from Brasilia, Brazil. Among celiac children, 51% (n=51) were DQ2.5 positives, 22% (n=22) DQ2.5/DQ2.2, 5% (n=5) DQ2.2, 7% (n=7) DQ2.5/DQ8, 6% (n=6) DQ2.2/DQ8 and 6% (n=6) DQ8 positives, 1% (n=1) were positives for DQB1*02, 1% (n=1) were only positives for low risk alleles and 1% (n=1) were negative for all the tested alleles. The HLA-DQ pattern in non-celiac children was: 14.5% (n=16) DQ2.5, 3.6% (n=4) DQ2.5/DQ2.2, 11.8% (n=13) DQ2.2, 0.9% (n=1) DQ2.5/DQ8, 0.9% (n=1) DQ2.2/DQ8 and 13.6% (n=15) DQ8 positives, 1.8% (n=2) were only positives for DQB1*02, 26.4% (n=29) presented low risk alleles and 26.4% (n=29) were negative for all the tested alleles. The prevalence of celiac disease predisposing alleles (DQ2: 80% and DQ8: 19%) was similar to that of non-European populations. However, the total number of alleles found in non celiac children (33.6%) resembles the European parameters for general population. Finally, the prevalence of genes coding for HLA-DQ2.2 heterodimer was not significantly different between celiac and non-celiac children, thus, suggesting that this variant would not be relevant in the studied population.

Magíster en Bioquímica área de Especialización en Bioquímica Clínica Aplicada / Memoria de título de bioquímico / A nivel mundial, el cáncer de mama (CM), es el más frecuente y la principal causa de muerte por cáncer en mujeres, representando el 23% del total de casos nuevos de cáncer y el 14% del total de muertes por cáncer. En Chile, también constituye la primera causa de muerte por cáncer en mujeres, y la mortalidad por esta causa, ha ido en aumento en las últimas dos décadas. Aún cuando la etiología exacta del CM es desconocida, existen múltiples factores de riesgo asociados al desarrollo de esta patología, siendo la historia familiar de CM el más importante. Actualmente se ha establecido que la predisposición heredada al CM, involucra la participación de 3 categorías de alelos de susceptibilidad, de acuerdo al perfil de riesgo que ellos confieren: 1.- Genes de alta penetrancia, 2.- Genes de moderada penetrancia y 3.- Alelos de baja penetrancia. Estos últimos, han sido objeto de gran interés por distintos grupos investigadores. Se trata de polimorfismos de nucleótido simple (SNPs) que confieren bajo riesgo para el desarrollo de CM y que son relativamente comunes en la población, razón por la cual podrían explicar hasta el 22% de los casos de CM que no presentan mutaciones en los genes de alta y moderada penetrancia conocidos en la actualidad. Los SNPs rs3803662 (TOX3), rs13387042 (2q35) y rs13281615 (8q24) se han identificado como alelos de susceptibilidad de baja penetrancia para CM en diversos trabajos realizados principalmente en población Europea y Asiática, estableciéndose como alelo de riesgo a aquel que presenta menor frecuencia poblacional y describiéndose aumentos de riesgo para el desarrollo de la enfermedad que varían entre 1.05 – 1.65 veces. En el presente trabajo, mediante un estudio caso-control, se analizó la asociación entre estos SNPs y riesgo para CM familiar en población Chilena. Para esto, se realizó genotipificación de los SNPs rs3803662, rs13387042 y rs13281615 en 347 casos de CM y en 801 controles. Los casos de CM, se dividieron según historia familiar de CM (215 casos con CM familiar (subgrupo A), y 132 casos sin antecedentes familiares de CM, y con edad de diagnóstico temprano (≤ 50 años) (subgrupo B)). Se establecieron las frecuencias alélicas y genotípicas de cada polimorfismo, y se analizó su asociación con aumento del riesgo para CM, aplicando software estadísticos. Además se realizaron genotipos combinados entre los distintos SNPs en estudio y se analizó el efecto de estos, sobre el riesgo para CM. Los resultados obtenidos, mostraron que el alelo T del SNP rs3803662 y el alelo A del SNP rs13387042, se asociaron significativamente con aumento del riesgo para CM (OR: 1.44; IC95%: [1.20-1.74]; p<0.0001 y OR: 1.34; IC95%: [1.11-1.61]; p=0.0009, respectivamente). Además, se encontró que el alelo G del SNP rs13281615 (8q24), descrito en la literatura como el alelo de riesgo para CM, fue el alelo de mayor frecuencia en población Chilena. Sin embargo, este alelo no se asoció con aumento del riesgo para CM. En relación a los genotipos combinados, entre los SNPs rs3803662 y rs13387042, rs3803662 y rs13281615, y rs13387042 y rs13281615, se observó que el riesgo para CM aumentó a medida que aumentaba el número de alelos de riesgo. Además, en el subgrupo B, el genotipo combinado doble homocigoto de riesgo entre los SNPs rs3803662 y rs13387042 (T/T-A/A), presentó interacción génica en escala aditiva. Como conclusión de este trabajo se postula que, en población Chilena, el alelo T del SNP rs3803662 y el alelo A del SNP rs13387042, son alelos de susceptibilidad de baja penetrancia para el desarrollo de CM; que el riesgo que estos confieren, aumenta a medida que aumenta el número de alelos de riesgo; y que en mujeres jóvenes (≤ 50 años), sin antecedentes familiares de CM, existe interacción génica entre los SNP rs3803662 y rs13387042. / Worldwide, breast cancer (BC) is the most common and the leading cause of death by cancer in women, accounting for 23% of all new cancer cases and 14% of all cancer deaths. In Chile, it is also the leading cause of death by cancer in women, and mortality from this cause, has been increasing in the last two decades. Although the exact etiology of BC is unknown, there are many risk factors associated with the development of this disease, family history of BC being the most important. It has now been established that the inherited predisposition to BC, involves the participation of three categories of susceptibility genes, according to the risk profile they give: 1.- High penetrance genes, 2.- Moderate penetrance genes and 3.- Low-penetrance alleles. The latter have been the subject of great interest in various research groups. It relates to single nucleotide polymorphisms (SNPs) that confer low risk for the development of BC and are relatively common in the population; this could explain up to 22% of BC cases where there are no mutations in the genes of high and moderate penetrance currently known. The SNPs rs3803662 (TOX3), rs13387042 (2q35) and rs13281615 (8q24) have been identified as susceptibility alleles with low penetrance for BC in various studies done primarily in European and Asian population, establishing as risk allele the one with the lowest population frequency and describing increases on the risk for development of the disease ranging between 1.05 - 1.65 times. In this thesis, through a case-control study, it was examined the association between these SNPs and the risk of family BC on the Chilean population. For this, it was performed genotyping of SNPs rs3803662, rs13387042 and rs13281615 in 347 cases of BC and on 801 controls. BC cases were divided according to family history of BC (215 cases with family BC (subgroup A), and 132 cases with no family history of BC, and early diagnosis age (≤ 50 years) (subgroup B)). Using statistical software were established genotypic and allelic frequencies of each polymorphism, and analyzed their association with increased risk of BC. Combined genotypes were also carried out between different SNPs studied and the effect of these on the risk of BC was analyzed. The results obtained showed that the T allele of SNP rs3803662 and allele A of SNP rs13387042, were significantly linked with increased risk of BC (OR: 1.44; IC95%: [1.20-1.74]; p <0.0001 and OR: 1.34; IC95%: [1.11-1.61]; p = 0.0009, respectively). Furthermore, it was found that the G allele of SNP rs13281615 (8q24), described in the literature as the risk allele for BC, was the most frequent allele in Chilean population. However, this allele was not associated with increased risk of BC. Regarding combined genotypes among SNPs rs13387042 and rs3803662, rs13281615 and rs3803662, rs13387042 and rs13281615, it was observed that the risk of BC increased as the number of risk alleles increased. Furthermore, in subgroup B, double homozygous risk combined genotype between SNPs rs3803662 and rs13387042 (T/T-A/A), presented additive scale gene interaction. As conclusion of this studies it is postulated that, in Chilean population, the T allele of SNP rs3803662 and A allele of SNP rs13387042, are susceptibility alleles of low penetrance for the development of BC; that the risk they confer increases as it increase the number of risk alleles; and that on young women (≤ 50 years) with no family history of BC, gene interaction exists between rs3803662 and rs13387042.

PONTE, Paulo Roberto Lins. Avaliação do teste químico no diagnóstico de intolerância à lactose e sua associação com polimorfismo genético em uma população de Fortaleza/CE. 2012. 123 f. Dissertação (Mestrado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2012. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-05-09T16:15:37Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_prlpontes.pdf: 583734 bytes, checksum: 373826bf1b841d5e85edbf60a758f624 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2013-05-16T13:41:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_prlpontes.pdf: 583734 bytes, checksum: 373826bf1b841d5e85edbf60a758f624 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-16T13:41:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_prlpontes.pdf: 583734 bytes, checksum: 373826bf1b841d5e85edbf60a758f624 (MD5) Previous issue date: 2012 / Intolerance to lactose is a clinical syndrome comprising one or more corteges symptomatology associated with the ingestion of milk (clinical phenotype intolerant) and lactose tolerance in the absence of symptoms (clinical phenotype tolerant). Thus, in practice, must be attentive to cases similar to these badly absorptive symptoms because the convergences and differences between these disorders are tenuous and diagnoses are often inaccurate, making treatment and unsatisfactory conduct. Therefore, studies are needed using different diagnostic methods, and compare the different methods used in clinical practice and determine the most appropriate to give a conclusive diagnosis, since it is not always easy, given that the symptoms suggest other diseases. Objective.To evaluate the phenotypic characteristics, the response to chemical test for lactose tolerance and the genotype of patients with diagnostic hypothesis of intolerance to lactose and the correlation between them.Material and methods. We conducted a cross-sectional study at the University Hospital Walter Cantidio (HUWC), with 173 patients who had positive phenotype and were seen at the outpatient service of servers HUWC, from January to August 2010. The final sample consisted of 119 patients who underwent the lactose tolerance test and genotyping of the gene for lactase-phlorizin hydrolase (LPH). Results. Among the participants, most were: female, 54.6% (65 cases), the age group of 46-55 years old, 26.5% (32 cases); married, 65.6% (78 cases); dun-colored, 53.8% (65 cases); higher level, 42.9% (51 cases). The prevalence of intolerance to lactose was 45.4% and chemical intolerance was 73.9%. Symptoms investigated more prevalent in lactose intolerant were flatulence 81.4% (44 cases); bloating, 68.5% (37casos); borborygmus, 59.3% (32 cases) and diarrhea, 46, 3% (25 cases). The presence of the polymorphisms C> T polymorphisms and 13 910-G> A-22018 in LPH gene was identified in individuals selfreferred as lactose intolerant, and is therefore an excellent test for the diagnosis. The diagnosis of lactose intolerance that most had adequate baseline the difference was <15 with ROC curve greater than 80.3%, with good sensitivity and specificity. Conclusions. There is a correlation between genotype and chemical intolerant individuals, suggesting that the molecular test could be proposed for the laboratory diagnosis of lactose intolerance, and the chemical test, the difference basal <15 was more appropriate. / A intolerância à lactose é uma síndrome clínica composta por um ou mais cortejos sintomatológicos associados à ingestão de lácteos (fenótipo clínico intolerante) e tolerância à lactose na ausência desses sintomas (fenótipo clínico tolerante). Assim, na prática clínica, deve-se estar atento aos casos semelhantes a essa sintomatologia disabsortiva, pois as convergências e diferenças entre esses distúrbios são tênues e os diagnósticos muitas vezes são imprecisos, tornando o tratamento e a conduta insatisfatórios. Portanto, são necessários estudos que utilizem diferentes métodos diagnósticos, assim como comparar os diferentes métodos utilizados na prática clínica e averiguar o mais apropriado para dar o diagnóstico conclusivo, uma vez que nem sempre é fácil, haja vista que os sintomas sugerem outras doenças. Objetivo. Avaliar as características fenotípicas, a resposta ao teste químico de tolerância à lactose e genótipo de pacientes com hipótese diagnóstica de intolerância à lactose e a correlação entre eles. Material e métodos. Foi realizado um estudo transversal no Hospital Universitário Walter Cantídio (HUWC), com 173 pacientes que apresentavam fenótipo positivo e foram atendidos no serviço do ambulatório dos servidores do HUWC, no período de janeiro a agosto de 2010. A amostra final foi composta por 119 pacientes que realizaram o teste de tolerância à lactose e genotipagem do gene da florizina-lactase hidrolase (LPH). Resultados. Dentre os participantes, a maioria era: do sexo feminino, 54,6% (65 casos); da faixa etária de 46-55 anos, 26,5% (32 casos); casada, 65,6% (78 casos); de cor parda, 53,8% (65 casos); de nível superior, 42,9% (51 casos). A prevalência de intolerância à lactose foi de 45,4% e a de intolerância química foi de 73,9%. Os sintomas investigados que apresentaram maior prevalência no intolerante à lactose foram: flatulência, 81,4% (44 casos); empachamento, 68,5% (37casos); borborigmo, 59,3% (32 casos); e diarreia, 46,3% (25 casos). A presença dospolimorfismos C>T-13910 e polimorfismos G>A-22018 no gene da LPH foi identificada nos indivíduos autorreferidos como intolerantes à lactose, sendo, portanto, um excelente exame para o diagnóstico. O diagnóstico de intolerância à lactose que mais se apresentou adequado foi a diferença basal <15 com a curva de ROC maior que 80,3%, com boa sensibilidade e especificidade. Conclusões. Observa-se uma correlação genotípica e química entre os indivíduos intolerantes, sugerindo que o teste molecular poderia ser proposto para o diagnóstico laboratorial de intolerância à lactose, e, no teste químico, a diferença basal <15 foi a mais adequada.

SILVA, Cícero Igor Simões Moura. Estudo de marcadores de virulência do Helicobacter pylori e sua associação com gastrite, úlcera péptica e câncer gástrico no nordeste do Brasil. 2013. 90 f. Tese (Doutorado em Cirurgia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2013. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-02-13T13:13:48Z No. of bitstreams: 1 2013_tese_cismsilva.pdf: 1742706 bytes, checksum: 2bba694b44e67567d03b3f06c3268abd (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-02-13T13:18:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_tese_cismsilva.pdf: 1742706 bytes, checksum: 2bba694b44e67567d03b3f06c3268abd (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-13T13:18:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_tese_cismsilva.pdf: 1742706 bytes, checksum: 2bba694b44e67567d03b3f06c3268abd (MD5) Previous issue date: 2013 / The main gastric diseases are associated with H. pylori infection, a bacterium that demonstrates a high level of genotypic diversity , the expression of various genes that confer greater virulence strains. The objective was to evaluate genetic markers of virulence of H. pylori strains of in patients with gastritis, ulcers and gastric cancer. Genotyping of the strains was performed by PCR. We evaluated 183 patients, attended at Walter Cantídio University Hospital, 88 men , 95 women , ranging in age from 18-88 + 52.8 years , diagnosed positive for infection by H. pylori, 48 with gastric cancer, 71 with peptic ulcer and 64 with gastritis. The prevalence of genotypes was: 75/183 (40.9 %) vacA i1, 29/183 (15.8 %) vacA i2, 146/183 (79.8 %) babA2, 81/183 (44.3 %) oipA, 107/183 (58.5%) iceA1 and 56/183 (30.6%) iceA2. In the group of patients with gastric cancer was observed that the most frequent genotype was babA2 35/48 (72.9 %), followed by the gene iceA1; 31/48 (64.6 % ) and oipA 18/48 (37 , 5%). In the group of patients with peptic ulcer the most frequent genotype was babA2 63/71 (88.7 %), followed by the gene iceA1; 40/71 (56.3 %) and oipA 31/71 (43.7 %). In the group of patients with gastritis the most frequent genotype was babA2 48/64 (75.0%), followed by the gene iceA1 vacA i1 and 36/64 (56.2%) and oipA 32/64 (50.0 %). The i2 vacA allele was associated with gastric cancer. In peptic ulcer the prevalence of all genotypes and was associated with babA2. Gastritis was associated with vacA i1 allele. There were no association between the diseases and the other genotypes. The genetic strains of H. pylori and its association with gastric disorder is important to clearly establish their pathogenic role for the various clinical outcomes related to this infection / As principais afecções gástricas são associadas á infecção crônica pelo H. pylori, uma bactéria que demonstra um alto nível de diversidade genotípica, pela expressão de vários genes, que conferem maior virulência às cepas bacterianas. O objetivo foi avaliar marcadores genéticos de virulência das cepas de H. pylori em pacientes portadores de gastrite, úlcera e câncer gástrico. A genotipagem das cepas foi realizada por meio da técnica de PCR. Foram avaliados 183 pacientes, atendidos no Hospital Universitário Walter Cantídio, sendo 88 homens, 95 mulheres, com idade variando de 18-88 + 52,8 anos, com diagnóstico positivo para a infecção por H. pylori, sendo 48 com câncer gástrico, 71 com úlcera péptica e 64 com gastrite. A prevalência dos genótipos estudados foi: 75/183 (40,9%) vacA i1, 29/183 (15,8%) vacA i2, 146/183 (79,8%) babA2, 81/183 (44,3%) oipA, 107/183 (58,5%) iceA1 e 56/183 (30,6%) iceA2. No grupo dos pacientes com câncer gástrico observou-se que o genótipo mais frequente foi o babA2 35/48 (72,9%), seguido do gene iceA1; 31/48 (64,6%) e oipA 18/48 (37,5%). No grupo dos pacientes com úlcera péptica o genótipo mais frequente foi o babA2 63/71 (88,7%), seguido do gene iceA1; 40/71 (56,3%) e oipA 31/71 (43,7%). No grupo dos pacientes com Gastrite o genótipo mais frequente foi o babA2 48/64 (75,0%), seguido do gene iceA1 e vacA i1 36/64 (56,2%) e oipA 32/64 (50,0%). O alelo vacA i2 foi associado com câncer gástrico. Na úlcera péptica houve grande prevalência de todos os genótipos e houve associação com babA2. A gastrite mostrou-se associada com o alelo vacA i1. Não houve associação entre as afecções e os demais genótipos estudados. O estudo genético das cepas de H. pylori e sua associação com as afecções gástricas é importante para se estabelecer com clareza o seu papel patogênico para os diversos desfechos clínicos relacionados à essa infecção.

Blastocystis sp. é um protozoário intestinal comumente encontrado em amostras fecais de muitas espécies animais, incluindo humanos, sendo pouco estudado em pacientes imunocomprometidos, especialmente nos candidatos a transplante. O objetivo do presente estudo foi avaliar a ocorrência e a identificação molecular de subtipos (ST) de Blastocystis sp. em amostras fecais de pacientes candidatos a transplante. A Reação em Cadeia da Polimerase foi realizada utilizando primers específicos para o DNA ribossomal de Blastocystis. As sequências de DNA obtidas foram alinhadas e comparadas com outras sequências do banco de dados GenBank e MLST (Multilocus Sequence Typing). As amostras analisadas mostraram uma positividade de 16% (24/150) para Blastocystis sp. A maior ocorrência foi observada em candidatos a transplante renal (31,4%), seguida de candidatos a transplante hepático (10,4%) e candidatos a transplante de medula óssea (5,9%). O ST3 (45,8%) foi o mais prevalente entre os isolados, seguido pelo ST1 (37,5%), ST2 (12,5%) e ST7 (4,2%). Foi observado dentro dos subtipos: os alelos 4 e 78/81 (ST1); alelos 11 e 12 (ST2); alelos 34, 36, 37 e 54 (ST3) e alelo 96 (ST7). Este é o primeiro estudo de identificação molecular de Blastocystis sp. em candidatos a transplante. Os presentes resultados confirmam a maior ocorrência do subtipo 3 em candidatos a transplante, além de reforçar a importância de novas investigações de Blastocystis sp. nesses pacientes. / Blastocystis sp. is an intestinal protozoan commonly found in faecal samples of many animal species, including humans, but poorly studied in immunocompromised patients, especially in transplant candidates. The purpose this study was to evaluated the occurrence and molecular identification of Blastocystis sp. in faecal samples from transplant candidate patients. The Polymerase Chain Reaction was performed using specific primers for Blastocystis DNA ribosomal. The DNA sequences obtained were aligned and compared with other sequences from the GenBank and MLST database. The analyzed samples showed a positivity of 16% (24/150) for Blastocystis sp. The highest occurrence was observed in renal transplant candidates (31.4%), followed by hepatic transplant candidates (10.4%) and candidates for bone marrow transplantation (5.9%). The ST3 (45.8%) was the most prevalent among the isolates followed by ST1 (37.5%), ST2 (12.5%) and ST7 (4.2%). It was observed within the subtypes: alleles 4 and 78/81 (ST1); alleles 11 and 12 (ST2); alleles 34, 36, 37 and 54 (ST3); and allele 96 (ST7).This is the first study of Blastocystis sp. molecular identification in transplant candidates. These results confirmed the highest occurrence of the subtype 3 in transplant candidates, as well as reinforcing the importance of the new investigation of Blastocystis sp. in these patients.

Blastocystis sp. é um protozoário comumente encontrado em amostras fecais de humanos e animais, envolto por aspectos patogênicos e zoonóticos ainda controversos. Estudos recentes têm demonstrado a distribuição dos subtipos (STs) de Blastocystis sp., porém são escassos os relatos sobre a sua caracterização molecular na América Latina, sobretudo no Brasil. O objetivo do presente estudo foi investigar os STs presentes em isolados fecais de indivíduos acompanhados no Hospital das Clínicas de São Paulo da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC/FMUSP). Para tanto, amostras fecais positivas para Blastocystis sp. diagnosticadas na Seção de Parasitologia do Laboratório Central (HC/FMUSP) foram utilizadas para o isolamento de DNA. A reação em cadeia da polimerase (PCR) foi realizada utilizando iniciadores específicos para a subunidade 18S do DNA ribossomal de Blastocystis sp. A reação de sequenciamento dos produtos de PCR foi realizada, as sequências de DNA obtidas foram alinhadas e comparadas com outras sequências da base de dados GenBank e MLST. Foram identificados os STs (ST1, ST2, ST3 e ST6), sendo o ST3 o mais prevalente entre os isolados humanos seguido pelo ST1. Os alelos de número 34 e 36 foram os mais frequentes. Em conclusão, estes resultados contribuem para a caracterização molecular e a distribuição dos STs de Blastocystis sp. em amostras de fezes humanas no Brasil. / Blastocystis sp. is an organism described as enteroparasite protozoan, commonly found in stool samples from humans. Several subtypes have been described in humans, but pathogenic potential and aspects epidemiological are still controversial. The aim of the present study was to investigate Blastocystis subtypes (STs) from patients of Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC/FMUSP), Brazil. Blastocystis sp. positive stool samples diagnosed in Section of Parasitology of Central Laboratory (HC/FMUSP) were used for DNA isolation. Polymerase chain reaction (PCR) was performed using specific primers targeting the small subunit of rRNA gene. Direct DNA sequencing of PCR products was performed, and the DNA sequences were aligned and compared to other sequences present in GenBank and MLST database. Four STs were identified (ST1, ST2, ST3 and ST6), where the ST3 was the most prevalent ST among human isolates followed by ST1. Allele nos. 34 and 36 were the most frequent. Another important finding is the presence of ST6, rarely detected in human isolates. In conclusion, our results contribute to the molecular characterization and distribution of Blastocystis sp. STs in human stool specimens in Brazil.

Orientadora : Profª. Drª. Karin Braun Prado / Coorientador : Prof. Dr. Danillo G. Augusto / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 28/03/2017 / Inclui referências : f. 92-102 / Resumo: A familia de genes KIR (do ingles, killer cell immunoglobulin-like receptors) desempenha um papel central na imunidade inata e adaptativa e seu polimorfismo tem sido associado a suscetibilidade diferencial a diversas doencas. Esses genes exibem extensa variabilidade, tanto em termos de ausencia e presenca de genes, quanto em nivel alelico. Os receptores codificados por esses genes sao expressos na superficie das celulas NK e de alguns subtipos de celulas T e podem transduzir sinais ativadores ou inibidores. Pouco se conhece a respeito dos seus niveis de expressao genica diferencial, tampouco dos mecanismos de regulacao. O gene KIR3DL2 codifica um receptor inibidor e e o segundo gene KIR mais polimorfico e polialelico do complexo, com mais de 80 alelos descritos. O objetivo desse trabalho foi analisar se o polimorfismo alelico de KIR3DL2 impacta na sua expressao genica diferencial. Para isso, caracterizamos a diversidade alelica de KIR3DL2 em uma populacao de euro-descendentes de Curitiba e regiao metropolitana (n = 235), atraves de sequenciamento de DNA. As frequencias genotipicas estavam de acordo com as esperadas pelo equilibrio de Hardy-Weinberg, sendo os genotipos mais comuns: 3DL2*001/007 (11,5%), 3DL2*001/002 (6,8%) e 3DL2*002/007 (6,8%). Os alelos mais frequentes encontrados nessa populacao foram 3DL2*007 (21,7%), 3DL2*001 (21,3%) e 3DL2*002 (20%). Um total de 40 individuos com genotipos especificos e comuns na populacao desse estudo foram selecionados para a analise de expressao diferencial por citometria de fluxo. A analise de expressao diferencial foi realizada com os individuos portadores dos alelos mais frequentes encontrados na populacao, sendo eles: 3DL2*001, 3DL2*002, 3DL2*003, 3DL2*005, 3DL2*007, 3DL2*009, 3DL2*010 e 3DL2*011. Verificamos que o polimorfismo alelico de KIR3DL2 esta associado nao somente com niveis de expressao diferencial, mas tambem com diferentes quantidades de celulas NK que exibem KIR3DL2 em sua superficie. O alelo KIR3DL2*002 foi associado ao maior nivel de expressao de KIR3DL2 e ao maior numero de celulas NK 3DL2 positivas. Ja 3DL2*010 foi associado ao menor nivel de expressao e a menor quantidade de celulas NK com KIR3DL2 presente na superficie celular. Alem disso, demonstramos que um polimorfismo na regiao 3' UTR, na posicao 16545A>G (rs1865095) marca os niveis de expressao de KIR3DL2. Sugerimos que esta expressao diferencial possa estar relacionada a ligacao de miRNAs nesta regiao, especificamente o miR-2114-3p. A presenca de ligantes especificos (HLA-A3, -A11 e -B27) nao esta associada a diferentes niveis de expressao de KIR3DL2 (p = 0,5739) nem a diferentes quantidades de celulas NK KIR3DL2 positivas (p = 0,7772). Alem disso, nenhuma correlacao foi encontrada entre a expressao diferencial dos alelos de KIR3DL2 e a expressao diferencial dos alelos de HLA-A. Como perspectivas futuras pretendemos analisar, atraves de co-cultivo celular, a atividade citotoxica das celulas NK de individuos com diferentes genotipos homozigotos, como KIR3DL2*001/KIR3DL2*001, KIR3DL2*002/KIR3DL2*002, KIR3DL2*007/KIR3DL2*007 e KIR3DL2*010/KIR3DL2*010 a fim de corroborar as hipoteses geradas. Palavras-chave: Celulas NK, KIR3DL2, variabilidade alelica, HLA-A3, HLA-A11, HLA-B27, expressao diferencial. / Abstract: The KIR (killer cell immunoglobulin-like receptors) gene family plays a central role in innate and adaptive immunity and has been associated with differential susceptibility to diseases. Besides the uncommon presence and absence polymorphism that occurs in KIR, these genes also exhibit an extensive allelic variation. The receptors encoded by these genes are expressed on the surface of NK cells and on some subset of T cells. They can transduce either activating or inhibiting signals. The differential expression levels and the mechanisms of genetic regulation of these receptors are poorly known. The KIR3DL2 gene encodes an inhibitory receptor and it is one of the most polymorphic and polyallelic KIR, with more than 80 alleles described so far. This study aimed to analyze if there are a profound impact of KIR3DL2 allelic polymorphism on its differential gene expression. Allelic diversity of KIR3DL2 was characterized in an euro-descendant population from Curitiba and metropolitan region, state of PR (n = 235), by sequencing-based typing. Genotype frequencies were in accordance with Hardy-Weinberg equilibrium and the most frequent genotype was 3DL2*001/007 (11.5%), followed by 3DL2*001/002 (6.8%) and 3DL2*002/007 (6.8%). The most frequent alleles in the population were 3DL2*007 (21.7%), 3DL2*001 (21.3%) and 3DL2*002 (20%). A total of 40 individuals with specific and commom genotypes were selected for differential expression analysis by flow citometry. The differential expression analysis was made for the most common alleles found in the population: 3DL2*001, 3DL2*002, 3DL2*003, 3DL2*005, 3DL2*007, 3DL2*009, 3DL2*010 and 3DL2*011. We verified that the allelic polymorphism of KIR3DL2 was associated not only with the differential expression but also with the different amount of NK cells that display KIR3DL2 on their surface. KIR3DL2*002 allele was associated with higher expression of KIR3DL2 and higher number of KIR3DL2 positive NK cells, while KIR3DL2*010 was related to the lowest expression and lowest level of KIR3DL2 positive NK cells. It has also been found that a polymorphism in the 3' UTR, 16545A>G (rs1865095), was associated with KIR3DL2 differential expression level. We suggest that it may be related to miRNAs binding, specifically miR-2114-3p. The presence of specific HLA class I ligands (HLA-A3, -A11 and -B27) was not associated with KIR3DL2 differential expression levels (p = 0.5739) nor with different amount of NK KIR3DL2+ cells (p = 0.7772). In addition, no correlation was found between the differential expression of the KIR3DL2 alleles and the differential expression of the HLA-A alleles. As future perspectives, it is intended to analyze the citotoxic activity of NK cells from individuals with different genotypes like KIR3DL2*001/KIR3DL2*001, KIR3DL2*002/KIR3DL2*002, KIR3DL2*007/KIR3DL2*007 and KIR3DL2*010/KIR3DL2*010 through co-culture to corroborate the hypotheses generated. Key-words: NK cells, KIR3DL2, allelic variability, HLA-A3, HLA-A11, HLA-B27, differential expression.

Blastocystis sp. é um protozoário comumente encontrado em amostras fecais de humanos e animais, envolto por aspectos patogênicos e zoonóticos ainda controversos. Estudos recentes têm demonstrado a distribuição dos subtipos (STs) de Blastocystis sp., porém são escassos os relatos sobre a sua caracterização molecular na América Latina, sobretudo no Brasil. O objetivo do presente estudo foi investigar os STs presentes em isolados fecais de indivíduos acompanhados no Hospital das Clínicas de São Paulo da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC/FMUSP). Para tanto, amostras fecais positivas para Blastocystis sp. diagnosticadas na Seção de Parasitologia do Laboratório Central (HC/FMUSP) foram utilizadas para o isolamento de DNA. A reação em cadeia da polimerase (PCR) foi realizada utilizando iniciadores específicos para a subunidade 18S do DNA ribossomal de Blastocystis sp. A reação de sequenciamento dos produtos de PCR foi realizada, as sequências de DNA obtidas foram alinhadas e comparadas com outras sequências da base de dados GenBank e MLST. Foram identificados os STs (ST1, ST2, ST3 e ST6), sendo o ST3 o mais prevalente entre os isolados humanos seguido pelo ST1. Os alelos de número 34 e 36 foram os mais frequentes. Em conclusão, estes resultados contribuem para a caracterização molecular e a distribuição dos STs de Blastocystis sp. em amostras de fezes humanas no Brasil. / Blastocystis sp. is an organism described as enteroparasite protozoan, commonly found in stool samples from humans. Several subtypes have been described in humans, but pathogenic potential and aspects epidemiological are still controversial. The aim of the present study was to investigate Blastocystis subtypes (STs) from patients of Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC/FMUSP), Brazil. Blastocystis sp. positive stool samples diagnosed in Section of Parasitology of Central Laboratory (HC/FMUSP) were used for DNA isolation. Polymerase chain reaction (PCR) was performed using specific primers targeting the small subunit of rRNA gene. Direct DNA sequencing of PCR products was performed, and the DNA sequences were aligned and compared to other sequences present in GenBank and MLST database. Four STs were identified (ST1, ST2, ST3 and ST6), where the ST3 was the most prevalent ST among human isolates followed by ST1. Allele nos. 34 and 36 were the most frequent. Another important finding is the presence of ST6, rarely detected in human isolates. In conclusion, our results contribute to the molecular characterization and distribution of Blastocystis sp. STs in human stool specimens in Brazil.

A doença de Gaucher (DG) é uma doença lisossômica de depósito, de herança autossômica recessiva, causada pela deficiência da enzima glicocerebrosidase (GC). Essa deficiência é causada por mutações no gene (GBA) que codifica esta enzima. Até o momento, mais de 250 mutações já foram identificadas nesse gene. O objetivo deste estudo foi identificar mutações na região codificante do gene GBA de pacientes brasileiros com DG através de PCR longo, seguido de nested PCR e sequenciamento direto. As análises foram realizadas em 54 pacientes não-aparentados com DG, confirmados por apresentar baixa atividade enzimática e com pelo menos um alelo mutante não-identificado após a triagem para 4 mutações comuns (p.N370S, p.L444P, 84insG e IVS2+1G>A). O protocolo introduzido permitiu a identificação de 7 variações de sequência novas (p.S125N, p.F213L, p.P245T, p.W378C, p.D399H, 982-983insTGC e IVS10+1G>T) no gene GBA de pacientes com DG. Todas essas novas variações de sequência são provavelmente alterações responsáveis pela doença, pois alteram resíduos conservados da proteína, inserem um aminoácido ou prejudicam o splicing normal do RNA mensageiro. Consequentemente, estas mutações causam mudanças na estrutura e/ou na função da GC. Além dessas, 24 mutações raras que já foram descritas previamente, também, foram identificadas nesse trabalho, contribuindo na definição do genótipo dos pacientes. A identificação dos alelos mutantes é importante para o conhecimento do espectro de mutações no nosso país e para aumentar o conhecimento das bases moleculares da doença. Além disso, essas informações podem também contribuir para a melhor compreensão de correlações genótipo-fenótipo, assim como, para o aconselhamento genético e/ou para a oferta de análises moleculares individualizadas para famílias em risco. / Gaucher disease (GD) is an autosomal recessive lysosomal storage disorder caused by deficiency of the glucocerebrosidase (GC). This deficiency is caused by mutations in the gene (GBA) coding for this enzyme. To date, more than 250 mutations have been identified associated with GD. The aim of this study was to identify mutations in the coding region of the GBA gene in Brazilian patients with GD through long-range PCR, followed by nested PCR and direct sequencing. Analyses were carried out in 54 unrelated GD patients who presented low enzymatic activity and had at least one unidentified disease-associated allele after screening for 4 common mutations (p.N370S, p.L444P, 84insG, and IVS2+1G>A). Protocol described here allowed the identification of 7 novel sequence variations (p.S125N, p.F213L, p.P245T, p.W378C, p.D399H, 982-983insTGC, and IVS10+1G>T) in the GBA gene of patients with GD. As these new sequence variations change conserved protein residues, insert an amino acid or affect mRNA normal processing, they are likely to be disease causing mutations. Consequently, these mutations cause changes in the GC structure and/or function. Besides, 24 rare mutations that were previously described were also identified in this work leading to the definition of patients´ genotype. The identification of mutant alleles is crucial for improving the knowledge of GBA mutation spectrum in our country and to the better understanding of molecular basis of the disease. Furthermore, such information may also contribute to the establishment of genotype-phenotype correlations as well as for more specific genetic counseling and/or to offer a customized molecular analysis for families at risk.