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Projection d'un analyseur grammatical via alignement bilingue de motsKhairallah, Ziad January 2005 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Proposition d'une approche unificatrice pour la gouvernance des systèmes d'information / Proposition of a unified approach for the governance of information systemsMakhlouf, Mohamed 04 June 2012 (has links)
La gouvernance des SI a été étudiée par les chercheurs et par les praticiens sous différents angles de vue. Du point de vue académique, des études ont été faites sur les structures de prise de décision, sur les facteurs impactants et sur les caractéristiques de la gouvernance des SI. Les praticiens se sont plutôt intéressés aux mécanismes de gouvernance de SI. Ainsi plusieurs approches et référentiels pour la gouvernance des SI ont vu le jour, ayant chacun des objectifs spécifiques (gestion de projet, gestion de service informatique, audit et contrôle de SI, maturité des processus, gestion de risques, qualité, etc.). Ces approches sont en général basées sur une vue processus. Comme elles affichent des objectifs différents, on peut observer, dans certaines grandes entreprises, des projets de mise en place simultanée et indépendante de plusieurs approches processus. Dans un tel cas, malgré les bénéfices apportés à l’entreprise par chacune des approches, on peut supposer que vont apparaître des problèmes de cohérence. Mais aucune étude ne semble avoir été faite pour savoir quels sont les apports et les conséquences d'une mise en place simultanée de différentes approches processus dans l'entreprise. De façon plus large, malgré la richesse de la recherche sur la gouvernance des SI, il n y a pas eu d’étude prenant la gouvernance des SI dans sa globalité et sous tous les angles de vue. Dans cette thèse, nous allons donc étudier la question suivante : Est-il pertinent d’adopter une approche globale de la gouvernance des SI ? Si oui, comment peut-on procéder ? Deux études sur le terrain chez deux grands opérateurs de télécommunications européens de deux ans chacune ont été menés. La première est une recherche-intervention en tant que observateur-participant complet, et la deuxième est une étude de cas avec une position d’observateur privilégié. Ces deux études ont permis d’apporter des éléments de réponses à cette question. La thèse est structurée de la façon suivante. D’abord, une étude approfondie de la littérature sur la gouvernance des SI (ch.1) a conduit à établir un méta-modèle unificateur de la gouvernance des SI (ch.2). La problématique (ch.3) et la méthodologie de recherche (ch.4) sont ensuite exposées. Puis, la première étude terrain teste la pertinence et la faisabilité de la mise en place d’une approche unificatrice de la gouvernance des SI : elle comporte une phase de diagnostic (ch.5) et une phase thérapeutique (ch.6). La seconde étude terrain permet d’explorer les conséquences d’une situation de mises en place simultanées et non coordonnées de plusieurs approches relevant de la gouvernance des SI : les données collectées sont décrites (ch.7) et analysées (ch.8). La thèse s’achève par la proposition du modèle GISUF « Governance of Information Systems Unified Framework», qui constitue une approche permettant de considérer la gouvernance des SI dans sa globalité. Après une première description de GISUF (ch.9), nous détaillons le système d’information sur lequel s’appuie la gouvernance, c’est-à-dire le référentiel de gouvernance (ch.10). Puis, nous décrivons le fonctionnement idéal d’une gouvernance globale unifiée à travers ses processus (ch.11). Enfin, nous exposons comment on peut mettre en place GISUF dans l’entreprise (ch.12). La conclusion indique les apports et les limites de la recherche / IS governance has been studied by researchers and practitioners from different angles. From the academic point of view, studies were made on the structures of decision making, the impacting factors, and the characteristics of IS governance. Practitioners are rather interested in the mechanisms of IS governance. Thus, several approaches and frameworks for IS governance have emerged, each with specific objectives (project management, service management, audit and control of IS, process maturity, risk management, quality, etc..). These approaches are generally based on a process view. As these approaches have different objectives, several process approaches simultaneous implementation projects can be observed in some large companies. In such case, despite the benefits of each of these approaches, we can assume that coherence problems will appear. Yet, no study has been conducted to find out what are the contributions and the consequences of several process approaches simultaneous implementation. More broadly, despite the richness of the research on IS governance, there has been no study that considers all the angles of view of the IS governance in a holistic manner. In this PhD, we will therefore consider the following question: Is it appropriate to adopt a holistic approach to IT governance? If so, how can we proceed? Two field studies at two major European telecommunications operators of two years each were conducted. The first is an action-research as a full participant-observer, and the second is a case study with a position of privileged observer. These two field studies permitted to answer this question. This thesis is structured as follows. First, a thorough review of the IS governance literature (ch.1) led to establish a unifying meta-model of IS governance (ch.2). The research problem (ch.3) and research methodology (ch.4) are then exposed. Then, the first field study tests the relevance and feasibility of establishing a unifying approach of IS governance: it consists in a diagnosis phase (ch.5) and a therapeutic phase (ch.6). The second field study explores the consequences of a situation where several IS governance approaches were implemented simultaneously and without coordination: the data collected are outlined (ch.7) and analyzed (ch.8). The thesis concludes with the proposed model GISUF "Governance of Information Systems Unified Framework", which is an IS governance holistic approach. After an initial description of GISUF (ch.9), we detail the information system on which governance is based, that is to say, the repository of governance (ch.10). Then, we describe the ideal operational functioning of the unified holistic governance through its processes (ch.11). Finally, we discuss how we can implement GISUF in an organization (ch.12). The conclusion shows the contributions and limitations of research
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Gouvernance et étude de l'impact du changement des processus métiers sur les architectures orientées services : une approche dirigée par les modèles / Governance and Analysis of Business Processes Change Impact on Service Oriented Architectures : A Model-Driven ApproachDahman, Karim 30 October 2012 (has links)
La plupart des entreprises évoluent dans des marchés concurrentiels en adaptant rapidement leurs processus métiers. Leur performance dépend de leur capacité à utiliser des techniques d'amélioration continue de leur organisation par la mise au point de Systèmes Informatiques (SI) durables pour l'automatisation des processus. En ce sens, les architectures orientées services (Service Oriented Architectures) ont permis le développement de SI flexibles avec un style d'architecture prédominant de composition de services. Cependant, l'alignement de ces architectures aux impératifs de l'évolution des processus reste une préoccupation centrale. Dans cette thèse, nous étudions la cartographie et l'évolution des processus métiers depuis leur conception jusqu'à leur automatisation dans une architecture orientée services ainsi que son adaptation. Nous proposons une approche d'ingénierie dirigée par les modèles intégrée à un outil de modélisation de processus et de développement d'architectures orientées services. Celle-ci débute par la spécification d'un modèle BPMN (Business Process Modeling Notation) décrivant les interactions des processus métiers. Grâce à une chaîne de transformation automatisée, nous produisons un modèle SCA (Service Component Architecture) décrivant une solution de composition de services. Ceci garantit la traçabilité architecturale entre le niveau métier du SI et son niveau technique puisque les services générés décrivent une logique applicative qui met en oeuvre la logique métier du modèle BPMN. Ensuite, nous introduisons une méthode de propagation du changement de la logique métier vers la logique applicative qui est fondée sur la synchronisation incrémentale entre les modèles BPMN et SCA. Elle est intégrée à un outil d'analyse de l'impact du changement qui se base sur la réécriture de graphes pour éviter les inconsistances induites par les modifications. Enfin, elle permet de simuler l'impact des évolutions des processus, pour en estimer le coût selon les métriques que nous proposons, avant de procéder à la réingénierie de l'architecture orientée services pour assurer une meilleure gouvernance du changement / Most companies evolve in competitive markets by quickly adapting their business processes. Their performance depends on their capability to adopt continuous improvement techniques for their organization through the development of durable Information Systems (IS) for automating the processes. In this sense, Service-Oriented Architectures (SOA) enable the development of flexible IS with a predominant architectural paradigm of service compositions. However, aligning the SOA to the business processes evolutions remains an overriding concern. In this thesis, we study business process management and evolution from their design until their automation in SOA and their adaptation. We propose a model-driven engineering approach which is integrated to a tool for business process modeling and SOA development. It begins with the design of a model with Business Process Modeling Notation (BPMN) describing process interactions. With an automated transformation chain, we produce a model with Service-Component Architecture (SCA) describing service compositions solution based on a SOA. This ensures the architectural traceability between the business level of the IS and its technical level, since generated services describe an application logic that implements the BPMN model. Then, we introduce an incremental change propagation method between business process and SOA founded on BPMN and SCA models synchronization. It is integrated to a change impact simulation and analysis tool that is based on graph rewriting technique to avoid the inconsistencies caused by change propagation. Finally, we propose metrics for measuring the impact of business process evolutions on SOA maintenance and ensuring better change governance
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L'alliance américaine - clé de la politique orientale polonaise (1989-2008) / The American alliance as the key to Polish eastern policy (1989-2008)Zdrojewski, David 17 December 2013 (has links)
En établissant une relation entre une stratégie d’alliance et la mise en œuvre d’une politique étrangère dans un espace géographique limité, l’auteur entend interpréter des intentions (géo)politiques et place son étude en discussion avec les travaux théoriques centrés sur les rapports de force. Il reconstruit le contexte de la décision polonaise de faire alliance avec les Etats-Unis et montre l’importance de savoir si les comportements d’alliance et d’alignement sont connectés dans la logique des alliances ou si ce sont deux catégories exclusives l’une de l’autre. Il propose ensuite une relecture de la politique orientale polonaise en prenant notamment en compte l’histoire de la Pologne ainsi que les conceptions de ses élites dirigeantes afin de montrer que la stratégie d’alliance avec les Etats-Unis peut être comprise comme l’instrument privilégié de la politique orientale polonaise. Enfin, il identifie les paramètres qui permettent à la fois de corroborer l’existence d’une alliance polono-américaine opérante dans l’espace post-soviétique et d’estimer sa durabilité. Le cas polonais montre qu’il ne faut pas considérer tous les Etats comme s’ils étaient des puissances satisfaites qui cherchent surtout à maximiser leur sécurité plutôt que leur puissance, et qu’il est indispensable de penser le phénomène des alliances (géo)politiquement, historiquement, mais aussi culturellement pour être en mesure d’éviter le piège des faux paradigmes dont sont porteurs des discours construits a posteriori. / By establishing a connection between an alliance strategy and the implementation of a foreign policy in a limited geographical area, the author means to interpret (geo)political intentions and place his study in the context of theoretical works focussing on balance of power. He recontextualises the Polish decision to establish an alliance with the United States and shows the importance of knowing whether alliance and alignment behaviours are connected in the logic of alliances or whether they are two mutually exclusive categories. He then proposes to reconsider Polish eastern policy, paying particular attention to the history of Poland and the thinking of its ruling elites in order to demonstrate that the strategy of alliance with the United States can be regarded as the main instrument of Polish eastern policy. Finally, he identifies the parameters that make it possible both to confirm the existence of a Polish-American alliance operating within the post-Soviet area and to estimate its durability. The example of Poland shows that not all States can be regarded as self-satisfied powers mainly striving to maximise their security rather than their power and that the phenomenon of alliances must be considered in (geo-)political and historical, but also cultural terms in order to avoid the trap of false paradigms to which post facto discourses are prone.
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Génération de Transformations de Modèles : une approche basée sur les treillis de Galois / Model Transformation Generation : a Galois Lattices approachDolques, Xavier 18 November 2010 (has links)
La transformation de modèles est une opération fondamentale dans l'ingénierie dirigée par les modèles. Elle peut être manuelle ou automatisée, mais dans ce dernier cas elle nécessite de la part du développeur qui la conçoit la maîtrise des méta-modèles impliqués dans la transformation. La génération de transformations de modèles à partir d'exemples permet la création d'une transformation de modèle en se basant sur des exemples de modèles sources et cibles. Le fait de travailler au niveau modèle permet d'utiliser les syntaxes concrètes définies pour les méta-modèles et ne nécessite plus une maîtrise parfaite de ces derniers.Nous proposons une méthode de génération de transformations de modèles à partir d'exemples basée sur l'Analyse Relationnelle de Concepts (ARC) permettant d'obtenir un ensemble de règles de transformations ordonnées sous forme de treillis. L'ARC est une méthode de classification qui se base sur des liens de correspondances entre les modèles pour faire émerger des règles. Ces liens étant un problème commun à toute les méthodes de génération de transformation de modèles à partir d'exemples, nous proposons une méthode basée sur des méthodes d'alignement d'ontologie permettant de les générer. / Model transformation is a fundamental operation for Model Driven Engineering. It can be performed manually or automatically, but in the later cas the developper needs to master all the meta-models involved. Model Transformation generation from examples allows to create a model transformation based on source models examples and target models exemples. Working at the model level allows the use of concrete syntaxes defined for the meta-models so there is no more need for the developper to perfectly know them.We propose a method to generate model transformations from examples using Relational Concept Analysis (RCA) which provides a set of transformation rules ordered under the structure of a lattice. RCA is a classification method based on matching links between models to extract rules. Those matching are a common feature between the model transformation generation from examples methods, so we propose a method based on an ontology matching approach to generate them.
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Revêtements à base de collagène pour la fonctionnalisation de biomatériaux / Collagen-based coatings for biomaterials functionalizationChaubaroux, Christophe 17 September 2013 (has links)
La fonctionnalisation des biomatériaux est une stratégie probante et prometteuse développée pour favoriser l’intégration de biomatériaux dans un organisme vivant. Le dépôt de films multicouches de polyélectrolytes est une méthode de fonctionnalisation de surfaces particulièrement adaptée au recouvrement d’implants. Ces surfaces modifiées pourront ainsi interagir avec leur environnement biologique. Au cours de ce travail de thèse, nous avons développé un nouveau revêtement, à base de composés naturels, capable de recouvrir plusieurs types de surfaces. De plus, ces revêtements originaux peuvent être utilisés pour orienter certains phénomènes cellulaires. Dans la première partie de ce travail de thèse, nous avons mis au point un nouveau système de films multicouches à base de collagène et d’alginate. La réticulation chimique avec la génipine, un agent naturel d’origine végétale (Gardenia Jasminoide), stabilise ces constructions pour une utilisation en conditions physiologiques. Les études d’adhérence et de prolifération de cellules endothéliales humaines ont montré que ces revêtements à base de constituants naturels sont des supports adéquats en vue d’applications biomédicales. Nous avons ensuite déposé des films collagène/alginate sur des implants en titane précédemment recouvert d’un gel microporeux en poly(acide lactique). Nous avons pu montrer que les films collagène/alginate favorisent la prolifération de cellules épithéliales, ce qui permettrait une meilleure intégration des implants. Dans la deuxième partie de notre travail, nous avons développé une technique permettant d’obtenir des revêtements et des membranes à base de films multicouches collagène/alginate ayant des structures fibrillaires orientées. L’alignement fibrillaire s’obtient par simple étirement des substrats élastiques en poly(diméthyl siloxane) (PDMS) sur lesquels sont déposés les revêtements collagène/alginate. La déformation longitudinale du substrat induit un alignement préférentiel des fibrilles de collagène du revêtement. L’étude de l’influence du taux d’étirement sur l’alignement des fibres a montré qu’il était possible de moduler cet alignement. Enfin, nous avons observé que le comportement de différents types cellulaires (fibroblastes et astrocytes) est modifié par l’alignement fibrillaire. On note que les cellules s’alignent dans la même direction que les fibrilles de collagène. A l’évidence, l’organisation fibrillaire du revêtement conditionne la géométrie de l’étalement cellulaire. Les cellules s’allongent lorsque les fibrilles sont alignées. De plus, il apparaît que la direction des divisions cellulaires est guidée par la direction de l’alignement des fibrilles de collagène dans le revêtement étiré. Cela signifie que les cellules sont guidées par les fibrilles de collagène alignées. / Biomaterial functionalization is a promising strategy developed to favor material implantation in a living organism. The deposition of polyelectrolyte multilayer films is a useful functionalization technique to coat implants. These modified surfaces may then interact with their biological environment. In this work, we developed new collagen-based coatings and membranes, able to cover several kinds of substrates. Moreover, these original coatings can either promote cell proliferation or guide cell alignment.In the first part of our work, we developed a new polyelectrolyte multilayer assembly made of collagen and alginate. Chemical cross-linking with a natural agent, genipin (extracted from Gardenia Jasminoide), renders the films stable in physiological conditions. Human endothelial cells adhere and proliferate well on these collagen-based coatings. Then, we functionalized macroporous poly(lactic acid) gels-coated titanium implants with collagen/alginate multilayer films to favor epithelial cell proliferation. We showed that cells adhere and proliferate better on collagen/alginate-coated implants. This shows the potential suitability of collagen/alginate coatings for a better integration of biomaterials.In the second part of our work we developed a new technique in order to align the fibrillar structure of collagen/alginate multilayer films and membranes. The principle is simple and versatile. It consists in stretching collagen/alginate multilayer film coated on PDMS substrates. This longitudinal deformation leads to the alignment of the collagen fibrils in the coating. Cell adhesion and proliferation (fibroblasts, astrocytes) is modified due to fibrils alignment. We showed that cells align along the direction of the collagen fibrils. Obviously, the fibrillar organization of the coatings influences cell adhesion geometry. Cells stretch out along aligned fibrils. Furthermore, it appears that cell divisions direction is guided by the direction of the collagen fibrils alignment in the stretched coatings.
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Les verbes intransitifs primaires et dérivés en géorgien : description morphosyntaxique, sémantique et dérivationnelle / Primary and derived intransitive verbs in Georgian : morphosyntactic, semantic and derivational descriptionGérardin, Hélène 10 December 2016 (has links)
Cette thèse a pour objet le classement et la description des verbes intransitifs monoactanciels en géorgien, dans une perspective linguistique typologique. L’analyse comporte deux phases : d’une part un classement des verbes, et d’autre part une réflexion critique sur la complexité du système mis en évidence ainsi que sur la notion d’intransitivité en général. Le classement proposé commence par séparer les verbes non dérivés d’autres verbes (‘intransitifs primaires’) de ceux dont la morphologie indique un processus de dérivation détransitive (‘intransitifs dérivés’). Les verbes monoactanciels primaires se divisent en deux classes, ayant chacune une unité à la fois sémantique et morphosyntaxique : les verbes téliques (comme ‘mourir’) et les verbes atéliques (comme ‘vivre’). Les verbes biactanciels sont ensuite brièvement décrits selon une échelle de transitivité. Puis sont abordés les verbes monoactanciels dérivés, qui peuvent avoir jusqu’à quatre interprétations : passive, décausative, autocausative et antipassive, et enfin les couples de verbes dont les deux membres transitif et intransitif sont marqués morphologiquement. L’intransitivité monoactancielle en géorgien n’a pas encore été traitée de façon globale, en particulier certains aspects comme l’antipassif, dont on propose une étude détaillée. Le présent travail entend apporter une contribution à la fois aux études kartvéliennes et aux récentes réflexions générales sur les concepts de transitivité, de valence et de voix. En effet, par son grand nombre de classes verbales et par le lien étroit qu’il fait entre morphosyntaxe et sémantique, le géorgien a des données de premier choix à fournir à l’étude de ces concepts. / The topic of this PhD thesis is a classification and description of one-argument intransitive verbs in Georgian in a typological perspective. The analysis consists of two steps: firstly, the classification of the various types of verbs and secondly, a critical investigation of the complexity of the system under study and on the concept of intransitivity in general. The proposed classification begins by separating verbs not derived from other verbs (‘primary intransitives’) from those whose morphology indicates a process of de-transitive derivation (‘derived intransitives’). Primary one-argument verbs, in turn, are divided into two classes, each consisting of verbs with the same morphological, as well as semantic properties: telic verbs (such as “to die”) and atelic verbs (e.g. “to live”). Two-argument verbs are briefly described according to a transitivity scale. Discussed next are derived one-argument verbs which may have up to four readings: passive, decausative, autocausative and antipassive, and finally, verb pairs whose members, one transitive and one intransitive, are both morphologically marked. One-argument intransitivity in Georgian has not yet been investigated thoroughly; this particularly applies to some of its aspects such as the antipassive, of which a detailed study is offered here. The present work is intended to contribute to Kartvelian studies and at the same time, to recent discussion in general linguistics on the concepts of transitivity, valency and voice. Indeed, owing to its large number of verb classes and the close connection between morphosyntax and semantics, Georgian offers excellent data for the study of these concepts.
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Tuning the chiroptical properties of Goldhelices through their nanostructure optimization and hierarchical organization / Ajustement des propriétés chiroptiques de Goldhelices via l’optimisation de leur nanostructure et leur organisation hiérarchiqueGao, Jie 19 September 2019 (has links)
Les matériaux chiraux peuvent avoir une forte influence sur la propagation de la lumière et ont attiré l'attention de la communauté des nanosciences. Les nanoparticules d'or, matériaux plasmoniques stables ayant une activité dans le visible (400 à 800 nm), sont des objets attrayants en tant que blocs de construction pour la formation de matériaux optiques. Précédemment, nous avons conçu et obtenu des Goldhelices en greffant des nanoparticules d’or sur des nano structures hélicoïdales de silice. Le travail présenté dans cette thèse vise à développer et à organiser les Goldhelices de manière à améliorer, modifier, réduire, voire même éliminer les propriétés chiroptiques. Les détails des nanostructures ainsi que la cinétique de formation de l'auto-assemblage organique utilisé comme support pour la formation de Goldhelices sont étudiés. Des Goldhelices sont ensuit organisées hiérarchiquement à l’aide de trois techniques : la microfluidique, le « dip coating » et le « Grazing Incidence Spraying ». Enfin, l’effet de ces organisations sur les propriétés optiques sont caractérisées par spectroscopies chirales et ellipsométrie. Nous démontrons qu'un tel système peut être utilisé pour la création de polariseur linéaire ou circulaire où une telle polarisation est uniquement dépendant par l'organisation des Goldhelices. / Chiral materials can have strong influence on the propagation of light and have attracted attention in the nano-science community. Gold nanoparticles (GNPs), stable plasmonic materials in the visible range (400-800 nm), are attractive objects as building blocks for optical materials. We have designed and obtained Goldhelices by grafting GNPs on silica nano-helical structures. The work presented in this thesis aims at developing tunable Goldhelices and organizing them in order to enhance, modify, reduce or even eliminate the chiroptical properties. The details of the nanostructures as well as the kinetics of formation of organic self-assembly which is used as templates for the formation of Goldhelices are fully studied. The hierarchical organization of the Goldhelices is investigated by the use of three techniques, the microfluidics, the dip-coating and the grazing incident spraying. Finally, the effect of the organization on their optical properties are characterized by chiral spectroscopies and Mueller matrix polarization ellipsometry. We demonstrate that such a system can be used for the creation of linear or circular polarizer where such polarization is solely tunable by the organization of the Goldhelices.
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Using event sequence alignment to automatically segment web users for prediction and recommendation / Alignement de séquences d'évènements pour la segmentation automatique d'internautes, la prédiction et la recommandationLuu, Vinh Trung 16 December 2016 (has links)
Une masse de données importante est collectée chaque jour par les gestionnaires de site internet sur les visiteurs qui accèdent à leurs services. La collecte de ces données a pour objectif de mieux comprendre les usages et d'acquérir des connaissances sur le comportement des visiteurs. A partir de ces connaissances, les gestionnaires de site peuvent décider de modifier leur site ou proposer aux visiteurs du contenu personnalisé. Cependant, le volume de données collectés ainsi que la complexité de représentation des interactions entre le visiteur et le site internet nécessitent le développement de nouveaux outils de fouille de données. Dans cette thèse, nous avons exploré l’utilisation des méthodes d’alignement de séquences pour l'extraction de connaissances sur l'utilisation de site Web (web mining). Ces méthodes sont la base du regroupement automatique d’internautes en segments, ce qui permet de découvrir des groupes de comportements similaires. De plus, nous avons également étudié comment ces groupes pouvaient servir à effectuer de la prédiction et la recommandation de pages. Ces thèmes sont particulièrement importants avec le développement très rapide du commerce en ligne qui produit un grand volume de données (big data) qu’il est impossible de traiter manuellement. / This thesis explored the application of sequence alignment in web usage mining, including user clustering and web prediction and recommendation.This topic was chosen as the online business has rapidly developed and gathered a huge volume of information and the use of sequence alignment in the field is still limited. In this context, researchers are required to build up models that rely on sequence alignment methods and to empirically assess their relevance in user behavioral mining. This thesis presents a novel methodological point of view in the area and show applicable approaches in our quest to improve previous related work. Web usage behavior analysis has been central in a large number of investigations in order to maintain the relation between users and web services. Useful information extraction has been addressed by web content providers to understand users’ need, so that their content can be correspondingly adapted. One of the promising approaches to reach this target is pattern discovery using clustering, which groups users who show similar behavioral characteristics. Our research goal is to perform users clustering, in real time, based on their session similarity.
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Recherche de similarités dans les séquences d'ADN : modèles et algorithmes pour la conception de graines efficacesNoé, Laurent 30 September 2005 (has links) (PDF)
Les méthodes de recherche de similarités les plus fréquemment utilisées dans le cadre de la génomique sont heuristiques.<br />Elles se basent sur un principe de filtrage du texte qui permet de localiser les régions potentiellement similaires.<br />Dans cette thèse, nous proposons de nouvelles définitions de filtres pour la recherche de similarités sur les séquences génomiques et des algorithmes associés pour mesurer leurs caractéristiques.<br /> Plus précisément, nous avons étudié le modèle des graines espacées, et proposé un algorithme d'évaluation de l'efficacité des graines sur des similarités d'une classe particulière (similarités dites homogènes). Nous avons également développé un algorithme général pour la mesure de l'efficacité des graines, ainsi qu'un nouveau modèle de graine appelé graine sous-ensemble, extension du modèle des graines espacées. Enfin nous donnons, dans le cadre du filtrage sans perte, une extension à l'aide de graines multiples, que nous analysons et appliquons au problème de la conception d'oligonucléotides.<br /> Nous avons réalisé et donnons accès à des outils pour la conception des filtres, ainsi que pour la recherche de similarités.
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