Tesis para optar al grado de Magíster en Control de Gestión / El ambiente actual, caracterizado por la inestabilidad y los constantes cambios, sugiere que las empresas desarrollen nuevas estrategias con el objetivo de administrar de mejor forma sus recursos para lograr los objetivos organizacionales. El cumplimiento de estos objetivos depende directamente del alineamiento organizacional, tanto vertical como horizontal, una de las principales problemáticas del Control de Gestión. El Control de Gestión busca influir en el comportamiento de los diferentes componentes de la organización para lograr la congruencia de objetivos y el alineamiento. Para esto utiliza una serie de sistemas formales e informales de Control de Gestión, dentro de los cuales destacan los Sistemas de Planificación Estratégica por su importancia en la implementación de la estrategia organizacional. Es así como, esta tesis presenta un modelo de Planificación a través del desarrollo del Cuadro de Mando Integral, como solución a los problemas de alineamiento que se producen en las organizaciones. Mediante el desarrollo del estudio y los resultados obtenidos, es posible conocer la real importancia del Cuadro de Mando Integral como Herramienta Planificación Estratégica y Control de Gestión, ya que no sólo es un elemento primordial para implementar y difundir la estrategia al interior de la organización, sino que también ayuda a mitigar los problemas de alineamiento vertical, ya que permite alinear el desempeño de las unidades con los objetivos de la organización, y alineamiento horizontal, debido a que facilita la articulación entre unidades.

Tesis para optar al grado de Magíster en Control de Gestión / Autor no autoriza el acceso a texto completo de su documento / Este trabajo tiene su idea origen en la problemática detectada en el bajo desempeño que ha mantenido la empresa sanitaria “Aguas del Altiplano S.A.”, que presta servicios sanitarios en las regiones de Tarapacá y de Arica y Parinacota, en Chile. La problemática observada surge cuando la estrategia planificada por los directivos de la organización no es conocida, ni aplicada, por los trabajadores de todos los niveles de la organización, quedando este conocimiento sólo en los niveles jerárquicos más elevados en la compañía. Por otro lado, se observa que los sistemas de incentivos asociados a los trabajadores y mandos medios son fijos, no se monitorean, no se adecuan a las nuevas estrategias de la organización, ni a los nuevos requerimientos para la prestación del servicio sanitario. También, se observa una cultura organizacional muy resistente al cambio y la innovación, elementos preponderantes en el dinamismo que presenta hoy la industria de la prestación de servicios. El objetivo principal de este proyecto es diseñar un sistema de control de gestión para la aplicación y adecuación de la estrategia de la UEN de la empresa de servicios sanitarios “Aguas del Altiplano S.A.”, que le permita monitorear y corregir su curso en forma oportuna, contribuyendo a aumentar su desempeño en el cumplimiento de sus objetivos y propuesta de valor. Dentro de los objetivos específicos de este trabajo está considerado analizar y definir las declaraciones estratégicas de la compañía, como también realizar un análisis estratégico de los elementos claves internos y externos de la organización, para luego poder formular y definir los elementos que permitan la adecuación y aplicación de la estrategia, definiendo y formulando el alineamiento horizontal y vertical, que permita alinear las unidades organizacionales y las personas para el cumplimiento de la estrategia organizacional. El análisis desarrollado en el presente trabajo ayuda a tener una visión más clara de los elementos, herramientas y métodos de Control de Gestión definidos y utilizados en esta empresa, como también, mostrar modelos de Control de Gestión que pueden ser aplicados en otras empresas, independiente del rubro o zona industrial, siempre y cuando estas herramientas se adecuen al contexto que experimenta cada organización.

Un material compuesto es un material que se forma por la mezcla de dos o más materiales con propiedades diferentes entre sí, que al combinarse producen un nuevo material con propiedades distintas al de sus componentes individuales. En los materiales particulados, el componente mayoritario se conoce como matriz y el minoritario como relleno. El interés industrial por los materiales compuestos a base de matrices termoplásticas se debe principalmente a la versatilidad de usos y aplicaciones que presentan. Los rellenos (o cargas) de mayor interés comercial son los de origen mineral debido, principalmente, a su relativo bajo costo y alta disponibilidad, dando lugar al desarrollo de nuevos materiales compuestos de un costo relativamente bajo. Utilizando diferentes polímeros como matriz y distintos rellenos se pueden modificar las propiedades ópticas, térmicas, de barrera, mecánicas, etc., y, de esta forma, diseñar materiales compuestos “a medida” para distintas aplicaciones específicas. La correcta dispersión de las partículas de relleno depende en gran medida de la compatibilidad entre el polímero y la carga, y también de los métodos empleados para su obtención y procesamiento. Algunos de los métodos más utilizados son el mezclado en fundido, en solución o una combinación de ambos. Por otro lado, durante las últimas décadas ha crecido el interés por el desarrollo de materiales poliméricos con fuerte anisotropía en sus propiedades eléctricas, magnéticas, mecánicas, ópticas, de transporte o térmicas para su uso en variadas aplicaciones, tales como sensores y actuadores, prótesis óseas, electrónica, fotónica y membranas, entre otros. Los copolímeros bloque resultan de particular interés debido a los diversos arreglos macroscópicos que presentan, permitiendo un control sobre la distribución y orientación de las cargas. En esta tesis se desarrollaron películas de materiales compuestos a base de diferentes matrices poliméricas termoplásticas utilizando dos tecnologías de procesamiento. Para modificar las propiedades de las películas desarrolladas, se incorporaron diferente tipo de cargas. La aplicación posterior de flujos de corte y tratamientos térmicos mejoro aún más la estructura interna de largo alcance y las propiedades finales de los compuestos. Las películas obtenidas se caracterizaron mediante técnicas complementarias de análisis para estudiar la morfología y determinar las propiedades finales. Los resultados obtenidos mostraron que los materiales desarrollados orientados se pueden proponer como membranas selectivas para remoción de nitrógeno de corrientes de gas natural y remoción de dióxido de carbono post combustión. En cuanto a las películas compuestas obtenidas por mezclado en fundido y termo-compresión, se comprobó su capacidad de barrera a la radiación UV, protegiendo aguas saborizadas susceptibles a este tipo de radiación. / A composite material is a material obtained from combining two or more constituent material with different properties between them that, when combined produce a new material with different properties from the individual components. In the case of particulate composites, the component with higher concentration is known as the matrix while the one with lower concentration is the filler. The industrial interest for composite material based on thermoplastic matrices is mainly due to the versatility of the material, in relation to its uses and applications. The fillers (or charges) of high commercial interest are those of mineral origin, mainly owing to its relative low cost and high availability, resulting in the development of new relatively low cost composite materials. Using different polymer as matrix and different fillers, it is possible to modify the material (optical, thermal, barrier and mechanical, etc) properties and thus, design tailored composite materials for different specific applications. The correct dispersion of the filler particles largely depends in the compatibility between the polymer matrix and the filler particles, and also on the methods used to obtain and Process the composite material. Some of the most used methods are the melt mixing, solution mixing or a combination of both. Moreover, the interest for developing polymeric materials with strong anisotropy on its (electric, magnetic, mechanical, optical, transport or thermal) properties has greatly increased in the last decades due to its potential use on various applications like: sensors, and actuators, bone prosthesis, membranes and other uses in the fields of electronics and photonics. Block copolymers are of particular interest due to the multiple macroscopic arrangements that they can feature, which allows controlling the distribution and orientation of the fillers. In this thesis, composite material films were developed, using different thermoplastic polymeric matrices and two processing technologies. In order to modify the properties of the films, different kind of filler were introduced. The subsequent application of shear flows and thermal treatments further improved the long range internal structure and final properties of the composites. The films were characterized through complementary analysis techniques in order to study the morphology and determine its final properties. The results showed that the developed oriented material can be proposed to be used as selective membranes for nitrogen removal from natural gas streams and carbon dioxide removal post-combustion. Regarding the composite films obtained from melt mixing and thermo compression, its UV radiation barrier capacity was proved, which was tested for the protection of flavored water sensitive to this type of radiation.

Cuando queremos comparar dos formas bidimensionales utilizando sus contornos, suele presentarse un problema importante: la invarianza al punto inicial en su codificación como secuencia. Aunque existen métodos heurísticos para conseguir un buen punto de inicio que funcionan en ciertos contextos, si queremos una solución genérica, la única manera de conseguir esta invarianza es midiendo distancias con todos los posibles puntos iniciales, es decir, utilizando el alineamiento por fuerza bruta con todo posible inicio de la secuencia del contorno. De aquí surge el concepto de cadena cíclica. Así, medir una distancia entre dos cadenas cíclicas sería lo mismo que medir una distancia entre todos los posibles puntos iniciales de las dos cadenas. Esta comparación es muy costosa computacionalmente y el trabajo de la literatura se ha orientado sobre todo a reducir este coste.Existe mucho trabajo, a este respecto, en el dominio de las distancias de edición. Sin embargo, con otras técnicas, como son el alineamiento temporal no lineal (en inglés, Dynamic Time Warping) o los modelos ocultos de Markov (más tolerantes al ruido y otras deformaciones), no se ha profundizado demasiado con las cadenas cíclicas. Las aportaciones de esta tesis, van orientadas en esta dirección.Con el alineamiento temporal no lineal (ATNL), hemos desarrollado un algoritmo eficiente para el cálculo del ATNL cíclico. Hemos planteado también diversas alternativas para acelerar el cálculo del ATNL cíclico en tareas de reconocimiento. En primer lugar, un heurístico para evitar el cálculo cíclico, en el caso de que tengamos categorías etiquetadas. En segundo lugar, un método óptimo para acelerar el cálculo cíclico, utilizando una cota inferior basada en un pseudo-alineamiento que aproxima la distancia cíclica. Finalmente, aportamos soluciones basadas en AESA (Approximating and Eliminating Search Algorithm) y una mejora al algoritmo LAESA (Linear AESA).Con los modelos ocultos de Markov, estudiamos la topología lineal en el reconocimiento de contornos y desarrollamos extensiones cíclicas para los algoritmos de Viterbi (reconocimiento y entrenamiento) y Baum-Welch (entrenamiento).

L'objecte d'estudi de la recerca és el patrocini que fa l'empresa i se centra en els factors que influeixen en el seu èxit. Aquest tema ha estat estudiat des de diferents àmbits acadèmics, però encara no ha generat resultats concloents. Aquesta recerca s'inscriu entre les investigacions que consideren que el patrocini és una activitat orientada a la consecució dels objectius estratègics de l'empresa, és a dir, que s'emmarca en l'àmbit de l'estratègia.Dins aquest àmbit, s'ha adoptat l'enfocament teòric de la resource-based view i, seguint la línia de recerques anteriors, la hipòtesi general de la recerca és que el grau d'alineament estratègic del patrocini influeix positivament en els seus resultats.La recerca empírica que s'ha realitzat s'ha orientat a l'alta direcció de les empreses fabricants i importadores d'automòbils de turisme que van dur a terme una activitat de patrocini a Espanya durant l'any 2005, i s'ha complementat amb una primera triangulació d'una mostra d'experts en patrocini i una segona a partir de dades d'impacte del mercat.Els resultats obtinguts avalen les hipòtesis establertes: les marques que han obtingut uns resultats satisfactoris dels seus programes de patrocini havien seleccionat patrocinis significativament més alineats amb les seves estratègies de negoci que les que hi han tingut menys èxit.S'espera que els resultats d'aquesta recerca siguin d'interès tant per al debat acadèmic, com per a l'alta direcció de les organitzacions patrocinadores i patrocinades. La tesi conclou amb una revisió de les limitacions de l'estudi i amb uns apunts sobre la direcció que haurien de prendre les recerques posteriors. / El objeto de estudio de la investigación es el patrocinio realizado por la empresa y se centra en los factores que influyen en su éxito. Este tema ha sido estudiado desde diferentes ámbitos académicos, pero aun no ha generado resultados concluyentes. La presente investigación se inscribe entre las investigaciones que consideran que el patrocinio es una actividad orientada a la consecución de los objetivos estratégicos de la empresa, es decir, que se enmarca en el ámbito de la estrategia.Dentro de este ámbito, se ha adoptado el enfoque teórico de la resourcebased view y, siguiendo la línea de investigaciones anteriores, la hipótesis general de la investigación es que el grado de alineamiento estratégico del patrocinio influye positivamente en sus resultados. La investigación empírica realizada se ha dirigido a la alta dirección de las empresas fabricantes e importadoras de automóviles de turismo con actividad de patrocinio en España durante el año 2005, y se ha complementado con una primera triangulación de una muestra de expertos en patrocinio y una segunda a partir de datos de impacto de mercado. Los resultados obtenidos avalan las hipótesis establecidas: las marcas que han obtenido resultados satisfactorios de sus programas de patrocinio habían seleccionado patrocinios significativamente más alineados con sus estrategias de negocio que las que han logrado menos éxito.Se espera que los resultados de esta investigación sean de interés tanto para el debate académico, como para la alta dirección de las organizaciones patrocinadoras y patrocinadas. La tesis finaliza con una revisión de las limitaciones del estudio y con unos apuntes acerca de la dirección que deberían tomar ulteriores investigaciones. / The object of study of this thesis is corporate sponsorship and it focuses on the factors influencing its success. This is a subject that has been studied from different academic fields in the past, but which has not yet generated conclusive results. This research falls into the body of research that considers sponsorship as an activity aimed at achieving strategic corporate objectives, that is, within the area of strategy.Within this area, the 'Resource-Based View' theoretical approach has been taken. And in line with previous research, the general hypothesis of the current research is that the degree of strategic alignment of sponsorship has a positive impact on its results.The empirical research conducted has concerned senior management of companies producing and importing cars, and which have been involved in sponsorship activities in Spain during 2005. This has been complemented with an initial triangulation on a sample of sponsorship experts and a second triangulation based on market impact data.The results obtained confirm the established hypotheses: Brands that have obtained satisfactory results for their sponsorship programmes had selected sponsorships that were significantly more aligned with their business strategy than those brands which were less successful.It is expected that the results of this research will be of interest in terms of academic debate as well as to senior management of the sponsoring and sponsored organisations. The thesis concludes with a review of the study's limitations and some notes on the direction that future research should take.

Las redes de comunicaciones de última generación adoptaron una estructura heterogénea en la cual las macroceldas desplegadas en generaciones precedentes fueron superpuestas con celdas de diversas áreas de cobertura y políticas de acceso para los usuarios. Esta topología se eligió para extender el alcance de las redes anteriores, mejorar el servicio en zonas desfavorecidas y aumentar las tasas de transmisión en toda la red. De esta manera se busca satisfacer la siempre creciente demanda por parte de los usuarios que forman parte del sistema, cuyo número también se ve incrementado cuantiosamente año tras año. Aunque las redes heterogéneas proveen soluciones a las limitaciones de las preexistentes, también conllevan nuevos desafíos generados por su estructura novedosa. Al abandonarse el esquema planificado, uniforme y no superpuesto de zonas de cobertura aparecen situaciones en las cuales los niveles de interferencia que sufren los equipos de comunicaciones son inaceptables. Para que estos escenarios no anulen los beneficios incorporados mediante las redes heterogéneas se requieren soluciones novedosas que eviten o supriman estas interferencias, provocadas tanto dentro de cada celda como entre ellas. Los esquemas tradicionales de acceso múltiple al medio se tornan ineficientes en estos contextos ya que implican una subdivisión excesiva de los recursos, impactando negativamente en el desempeño de toda la red. En esta Tesis se estudian técnicas de alineamiento de interferencias aplicadas a situaciones típicas que se pueden encontrar en redes inalámbricas heterogéneas. Estas técnicas lineales permiten alcanzar alta eficiencia en el uso de los recursos del sistema, ofreciendo a la vez exibilidad para adaptarse a las situaciones siempre cambiantes originadas en las redes que adoptan la nueva topología. Los métodos de supresión de interferencias estudiados aquí se enfocan en resolver situaciones para las cuales la interferencia tiene potencia superior a la señal de interés. En primer lugar se analiza la factibilidad de alinear la interferencia sobre un subespacio dentro de las múltiples dimensiones que ofrecen las señales empleadas en los estándares de comunicación de última generación. En el trabajo se propone una implementación de ese método que ofrece ventajas comparativas respecto de las técnicas de combate de interferencia definidas en los estándares de sistemas preexistentes. Los análisis presentados aquí son respaldados mediante simulaciones de computadora. En la segunda parte se estudia el alineamiento de las señales de autointerferencia, que son auto infligidas por un terminal que transmite y recibe señales simultáneamente usando la misma banda de frecuencias. Esta funcionalidad resulta de máximo interés para los equipos de comunicaciones futuros, ya que no solamente incrementa su efiiciencia espectral sino que también permite una gestión más dinámica y flexible de los sistemas. En esta Tesis se prueba que es factible realizar el alineamiento de autointerferencia usando métodos avanzados de muestreo de señales, y se propone una estructura práctica de un transceptor capaz de lograr dicha función. Mediante análisis y simulaciones se demuestra que el transceptor propuesto tiene ventajas significativas respecto a las soluciones del estado del arte que resuelven el mismo desafío, aún ante imperfecciones que puedan limitar su desempeño. / The latest generation of communication networks adopted a heterogeneous structure in which the legacy macrocells from earlier deployments are overlaid with smaller cells adopting different user subscription policies. This new topology not only extends the coverage zones and improves the service in shadowed areas with respect to previous network implementations, but also significantly increases the transmission rates in the network to satisfy the ever increasing demand both in user number and per-user rates. Although the heterogeneous structure provides solutions to the diffculties earlier networks were facing, they also present their own challenges, especially in terms of strong interference levels that may arise among users and base stations. By abandoning the planned, uniform and non-overlapped base station and coverage area deployment, many situations appear where the interference power levels suffered by the communication devices is inadmissible. Therefore, novel intra- and inter-cell interference suppression techniques are required in order to avoid that these scenarios counteract the numerous benefits associated to heterogeneous networks. The traditional multiple access schemes become inefficient in these situations since they divide all the available resources, and this has a network wide negative impact. This Thesis presents the analysis of interference alignment techniques applied to typical situations in these networks. The linear techniques studied here enable effcient system resource exploitation, offering at the same time high flexibility to adapt to the constantly evolving conditions in the network. Their study is oriented to solve situations where the interference is stronger than the desired signal. First, the interference alignment feasibility is analyzed using the multiple signal dimensions offered by the signals used in the standards of the latest-generation mobile communication systems. This work proposes an implementation of this method which o ers comparative advantages with respect to standard-defined interference suppression strategies. The analysis of this proposal is supported by numerical results obtained using computer simulations. Next, the self-interference alignment problem is studied. These signals are selfinflicted by a terminal transmitting and receiving simultaneously at the same frequency band. This functionality is of high interest for future communication systems, since it not only increases their spectral efficiency, but it also allows to manage them in a more dynamic and exible manner, and it would also enable greater abilities for their terminals. This Thesis proves the feasibility of self-interference alignment using advanced sampling methods, and also proposes a practical transceiver structure which is able to perform this function. By means of analysis and simulations it is shown that the proposed transceiver has significant advantages with respect to the state-of-theart solutions for the same challenge, even when it is subject to performance limiting imperfections.

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Una de las áreas de mayor interés y crecimiento en los últimos años dentro del procesamiento paralelo es la del tratamiento de grandes volúmenes de datos, tales como las secuencias de ADN. El tipo de procesamiento extensivo de comparación para analizar patrones genéticos requiere un esfuerzo importante en el desarrollo de algoritmos paralelos eficientes. El alineamiento de secuencias de ADN representa una de las operaciones más importantes dentro de la bioinformática. En 1981, Smith y Waterman desarrollaron un método para el alineamiento local de secuencias. Sin embargo, en la práctica se emplean diversas heurísticas en su lugar, debido a los requerimientos de procesamiento y de memoria del algoritmo Smith-Waterman. Si bien son más rápidas, las heurísticas no garantizan que el alineamiento óptimo sea encontrado. Es por ello que resulta interesante estudiar cómo aplicar la potencia de cómputo de plataformas paralelas actuales de manera de acelerar el proceso de alinear secuencias sin perder precisión en los resultados. Los niveles insostenibles de generación de calor y consumo de energía que se presentan al escalar al máximo la velocidad de los procesadores mononúcleos motivaron el surgimiento de los procesadores de múltiples núcleos (multicore). Un procesador multicore integra dos o más núcleos computacionales dentro de un único chip y, si bien estos son más simples y menos veloces, al combinarlos permiten mejorar el rendimiento global del procesador y al mismo tiempo hacerlo más eficiente energéticamente. Al incorporar este tipo de procesadores a los clusters convencionales, se da origen a una arquitectura conocida como cluster de multicores, que combina memoria compartida y distribuida, y donde la comunicación entre las diferentes unidades de procesamiento resulta ser heterogénea. En este trabajo se presenta un algoritmo paralelo distribuido para el alineamiento de secuencias de ADN basado en el método Smith-Waterman para ser ejecutado sobre las arquitecturas de cluster actuales. Además, se realiza un análisis de rendimiento del mismo. Por último, se presentan las conclusiones y las posibles líneas de trabajo futuro.

En aplicaciones de captura robotizada se ha hecho necesario el uso de información tridimensional de los objetos que son manipulados. Esta información puede obtenerse mediante dispositivos de adquisición 3D, tales como escáneres láser o cámaras de tiempo de vuelo, que proporcionan imágenes de rango de los objetos. En este trabajo de tesis se presenta un nuevo enfoque para encontrar, sin disponer de una estimación previa, la transformación rígida que produzca una alineación adecuada de las nubes de puntos obtenidas con esos dispositivos. El algoritmo realiza una búsqueda iterativa de correspondencias mediante la comparación de descriptores 2D en varios niveles de resolución utilizando para ello una medida de similitud específicamente diseñada para el descriptor propuesto en esta tesis. Este algoritmo de alineamiento se puede utilizar tanto para modelado 3D como para aplicaciones de manipulación de objetos en situaciones en las que los objetos estén parcialmente ocluidos o presenten simetrías. / In applications of robotic manipulation of objects, the use of three-dimensional information of objects being manipulated has been made necessary. This information can be obtained by 3D acquisition devices, such as laser scanners or cameras of flight time, providing range images of objects. This thesis presents a new approach to find, without having a previous estimate, the Euclidean transformation that produces a proper alignment of point clouds obtained with these devices. The algorithm performs an iterative search for correspondences by comparing 2D descriptors at various levels of resolution using a similarity measure specifically designed for the descriptor proposed in this thesis. This alignment algorithm can be used for both 3D modelling and robotic manipulation applications when objects are partially occluded or have symmetries.

L'Alineament Múltiple de Seqüències (MSA) és una eina molt potent per a aplicacions biològiques importants. Els MSA són computacionalment complexos de calcular, i la majoria de les formulacions porten a problemes d'optimització NP-Hard. Per a dur a terme alineaments de milers de seqüències, nous desafiaments necessiten ser resolts per adaptar els algoritmes a l'era de la computació d'altes prestacions. En aquesta tesi es proposen tres aportacions diferents per resoldre algunes limitacions dels mètodes MSA. La primera proposta consisteix en un algoritme de construcció d'arbres guia per millorar el grau de paral•lelisme, amb la finalitat de resoldre el coll d'ampolla de l'etapa de l'alineament progressiu. La segona proposta consisteix en optimitzar la biblioteca de consistència per millorar el temps d'execució, l'escalabilitat, i poder tractar un major nombre de seqüències. Finalment, proposem Multiples Trees Alignment (MTA), un mètode MSA per alinear en paral•lel múltiples arbres guia, avaluar els alineaments obtinguts i seleccionar el millor com a resultat. Els resultats experimentals han demostrat que MTA millora considerablement la qualitat dels alineaments. El Alineamiento Múltiple de Secuencias (MSA) es una herramienta poderosa para aplicaciones biológicas importantes. Los MSA son computacionalmente complejos de calcular, y la mayoría de las formulaciones llevan a problemas de optimización NP-Hard. Para llevar a cabo alineamientos de miles de secuencias, nuevos desafíos necesitan ser resueltos para adaptar los algoritmos a la era de la computación de altas prestaciones. En esta tesis se proponen tres aportaciones diferentes para resolver algunas limitaciones de los métodos MSA. La primera propuesta consiste en un algoritmo de construcción de árboles guía para mejorar el grado de paralelismo, con el fin de resolver el cuello de botella de la etapa del alineamiento progresivo. La segunda propuesta consiste en optimizar la biblioteca de consistencia para mejorar el tiempo de ejecución, la escalabilidad, y poder tratar un mayor número de secuencias. Finalmente, proponemos Múltiples Trees Alignment (MTA), un método MSA para alinear en paralelo múltiples árboles guía, evaluar los alineamientos obtenidos y seleccionar el mejor como resultado. Los resultados experimentales han demostrado que MTA mejora considerablemente la calidad de los alineamientos. Multiple Sequence Alignment (MSA) is a powerful tool for important biological applications. MSAs are computationally difficult to calculate, and most formulations of the problem lead to NP-Hard optimization problems. To perform large-scale alignments, with thousands of sequences, new challenges need to be resolved to adapt the MSA algorithms to the High-Performance Computing era. In this thesis we propose three different approaches to solve some limitations of main MSA methods. The first proposal consists of a new guide tree construction algorithm to improve the degree of parallelism in order to resolve the bottleneck of the progressive alignment stage. The second proposal consists of optimizing the consistency library, improving the execution time and the scalability of MSA to enable the method to treat more sequences. Finally, we propose Multiple Trees Alignments (MTA), a MSA method to align in parallel multiple guide-trees, evaluate the alignments obtained and select the best one as a result. The experimental results demonstrated that MTA improves considerably the quality of the alignments.