Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-06-22T15:27:44Z No. of bitstreams: 1 Tese- Éfren Lopes de Souza.pdf: 7677745 bytes, checksum: 8fe25c4dfc5ccdc0ef44afb8837bd0e0 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-06-24T19:29:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Éfren Lopes de Souza.pdf: 7677745 bytes, checksum: 8fe25c4dfc5ccdc0ef44afb8837bd0e0 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-06-24T20:11:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Éfren Lopes de Souza.pdf: 7677745 bytes, checksum: 8fe25c4dfc5ccdc0ef44afb8837bd0e0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-24T20:11:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese- Éfren Lopes de Souza.pdf: 7677745 bytes, checksum: 8fe25c4dfc5ccdc0ef44afb8837bd0e0 (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Target tracking in Wireless Sensor Networks (WSNs) is an application in which the nodes cooperate to estimate the position of one or more objects of interest. In this context, the contributions of this work are fourfold. First, a survey the state-of-the-art about target tracking algorithms, in which we identified three formulations of tracking problem, and we classified them according to their characteristics. Furthermore, we divided the target tracking process in components to make the general understanding easier. Second, we propose and evaluate the PRATIQUE algorithm for tracking animals in forests. In this case, the nodes are organized into a grid to make feasible the use of sensor nodes in this kind of area in such a way that each cell of the grid is a region that can be occupied by the target. The algorithm estimates the cell where the target is, and uses predictions and hybrid clustering to reduce the communication cost and ensure the tracking accuracy. The results of the simulations show that prediction errors are approximately one cell. The third contribution is the TATI algorithm, this algorithm guides a tracker to approach the target. The sensor network is organized into faces to make the cooperation among the nodes easier, and reduce the path between the tracker and the target. The results show that energy consumption is reduced by 15%, and the tracker stays about 10m closer to the target, compared to the baseline. The fourth contribution is a scheme for performing localization and tracking tasks simultaneously in such a way that errors of range-based localization algorithms are reduced. This algorithm takes advantage of the messages sent to track the target to filter the noise in the distance estimation, reducing localization errors while tracking. The results show that the localization errors can be reduced by up to 70%. / Rastreamento de alvos em Redes de Sensores Sem Fio (RSSFs) é um tipo de aplicação em que os nós cooperam para estimar a posição de um ou mais objetos de interesse. Nesse contexto, este trabalho possui quatro contribuições. A primeira contribuição é um levantamento bibliográfico do estado-da-arte, em que identificamos três diferentes formulações de rastreamento e as classificamos de acordo com suas características. Além disso, dividimos o processo de rastreamento em componentes para facilitar o entendimento geral. A segunda contribuição é a elaboração e avaliação do algoritmo PRATIQUE para rastrear animais em florestas. Nesse caso, os nós são organizados em grade para viabilizar a utilização dos nós sensores nesse tipo de área, de forma que cada célula da grade é uma região que pode ser ocupada pelo alvo. O algoritmo estima a célula em que o alvo está, e usa previsão e um esquema híbrido de agrupamento para reduzir o custo de comunicação e garantir a precisão do rastreamento. Os resultados das simulações mostram que os erros de previsão são de aproximadamente uma célula. A terceira contribuição é o algoritmo TATI, esse algoritmo guia um objeto que visa alcançar o alvo. A rede é estruturada em faces para facilitar a cooperação entre os nós e reduzir o caminho entre o objeto guiado e o alvo. Os resultados mostram que o consumo de energia é reduzido em 15% e o objeto guiado fica cerca de 10m mais próximo do alvo, se comparado com a abordagem relacionada. A quarta contribuição é um esquema para executar as tarefas de localização e rastreamento simultaneamente para reduzir os erros dos algoritmos de localização baseados em alcance. As mensagens enviadas para rastrear o alvo são aproveitadas para filtrar os ruídos presentes nas estimativas de distância, reduzindo o erro de localização enquanto o rastreamento ocorre. Os resultados mostram que os erros de localização podem ser reduzidos em até 70%.

Made available in DSpace on 2016-04-07T13:21:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 monete_gomes_ioc_dout_2014.pdf: 17494099 bytes, checksum: f62cd38280e24c9b275f4d31899e443a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Protozoários são organismos unicelulares que causam várias doenças que atingem tanto humanos como animais. Essas doenças causam ônus econômicos principalmente em regiões tropicais e subtropicais. Atualmente, não existem vacinas comercialmente disponíveis e não há tratamento eficaz para tais doenças. Isso se deve ao fato dos fármacos disponíveis apresentarem muitos efeitos colaterais e estarem propensos ao desenvolvimento de resistência. A maioria desses fármacos foi descoberta através da seleção de um grande número de compostos contra parasitas íntegros. Porém, nos últimos anos, uma nova abordagem vem ganhando espaço sob o termo de \201Cdesenho racional de fármacos\201D. Este termo representa a busca por compostos contra alvos moleculares específicos, visando diferença bioquímicas e fisiológicas entre o parasita e o hospedeiro. A era pós-genômica gerou uma grande quantidade de informações que vem permitindo a identificação de novos alvos. Neste contexto, a partir de dados dos proteomas de 23 protozoários dos gêneros Entamoeba, Giardia, Trichomonas, Trypanosoma, Leishmania, Cryptosporidium, Plasmodium, Toxoplasma, Babesia e Theileria, realizamos buscas para a identificação de enzimas isofuncionais não-homólogas (NISE) que possam ser futuramente priorizadas como alvos terapêuticos. Em nossa metodologia utilizamos a ferramenta AnEnPi localmente para buscar nas sequencias proteicas por enzimas funcionalmente análogas. Utilizando os dados provindos do KEGG, primeiro houve uma etapa de clusterização das estruturas primárias de todas as enzimas anotadas com o mesmo EC (Enzyme comission). Para isso utilizou-se uma pontuação (score) de similaridade no BLASTP de 120, como parâmetros de corte Encontramos 812 Ecs com mais de um cluster e 1778 com um único cluster. Após isso, foi realizado um passo de inferência funcional na qual um novo BLASTP foi feito e assumido como ponto de corte o e-value de 10-20. Nesse BLASTP foram comparadas todas as proteínas preditas nos protozoários contra todos os clusters. Desses dados identificamos, inicialmente, 54 potenciais NISEs, e a partir destes fizemos as validações no SUPERFAMILY manualmente. Confirmamos 24 ECs com casos de NISE como potenciais alvos para estudos futuros de validação deste e proposição de fármacos. Além disso, buscamos em 3 bancos de dados principais de alvos terapêuticos, TDTARGETS, TTD e PDTD pelos ECs identificados como possíveis alvos, e encontramos a ocorrência de algumas dessas enzimas já sendo estudadas como alvos. Além disso, selecionamos alguns casos de NISE de acordo com critérios estabelecidos por nós para modelagem comparativa através da ferramenta MODELLER, para a visualização da diferença em suas estruturas 3D. A maioria dos modelos obtidos, de acordo com os resultados dos programas de validação PROCHECK e ERRAT, precisaram ser refinados. Utilizamos a minimização de energia para tal tarefa através do portal KoBaMIN. Todas as enzimas modeladas tiveram diferenças ou na topologia geral, ou nos cofatores e coenzimas utilizados para sua atividade catalítica / Protozoa are unicellular organisms that cause several diseases affecting both humans and animals. These diseases cause economic burden mainly in subtropical and tropical regions. Currently there are no commercially available vaccines and there is no effective treatment for such diseases. This is because the available drugs present many side effects and are prone to development of resistance. Most of these drugs were discovered through the selection of a large number of compounds against entire parasites. However, in recent years, a new approach has been gaining ground within the term "rational drug design". This term represents the search for compounds against specific molecular targets, aiming biochemical and physiological differences between the parasite and the host. The post-genomic era has generated a large amount of information which has been enabling identification of new targets. In this context, from the proteomes data of 23 protozoa from genera Entamoeba, Giardia, Trichomonas, Trypanosoma, Leishmania, Crytptosporidium, Plasmodium, Toxoplasma, Babesia and Theileria, we perform searches to identify non-homologous isofunctional enzymes (NISE) that may be in future prioritized as therapeutical targets. In our methodology we use the tool AnEnPi locally to search in protein sequences for functionally analogous enzymes. Using the data from the KEGG, there was a first clustering step of all the enzymes primary structures annotated with the same EC (Enzyme Comission). For this we used a score similarity in BLASTP of 120 as cut-off. We found 812 EC with more than one cluster and 1778 with a single cluster. After this, we performed a functional inference step in which a new BLASTP was done and assumed as a cutoff the e-value of 10-20. On this BLASTP all protozoa predicted proteins were compared against all clusters. From these data we identify, initially, 54 potential NISEs, and from these we did the validation on SUPERFAMILY database manually. We confirmed 24 ECs with NISE cases as potential targets for future validation studies and proposition of drugs. In addition, we searched in 3 major databases of therapeutical targets, TDRTARGETS, TTD and PDTD for the ECs identified as possible targets, and we found the occurrence of some of these enzymes already have been studied as targets. Also we selected some cases of NISEs according to criteria settled by us to comparative modeling by MODELLER tool, for visualization of the difference in their 3D structures. Most models obtained, in accordance with the validation results from softwares PROCHECK and ERRAT, needed to be refined. We use minimizing energy for such task through the KoBaMIN portal. All enzymes modeled had differences or in the overall topology, or in the cofactors and the coenzymes used.

Quase 100 anos após a descoberta do Trypanosoma cruzi, agente etiológico da doença de Chagas, não existem tratamentos efetivos para esta doença tanto em sua fase aguda quanto crônica. Neste trabalho é apresentado um estudo em grande escala das proteínas preditas a partir de seqüências genômicas de T. cruzi, através de técnicas de bioinformática e modelagem comparativa, visando investigar e discutir os seguintes aspectos: (i) quais seqüências podem ter suas estruturas tridimensionais (3D) geradas e qualificadas por técnicas de modelagem comparativa, usando o workflow MHOLline; (ii) associar a estes modelos protéicos uma classificação enzimática (EC), através da ferramenta ECNGet (desenvolvida neste trabalho); (iii) através desta associação enzimática aos modelos, usá-los para inferir possíveis funções biológicas às suas seqüências alvos originalmente anotadas como hipotéticas, e/ou sugerir uma possível reanotação de seqüências; (iv) investigar dentre as enzimas com estruturas 3D geradas quais possuem similaridades (ortologias) com enzimas humanas (genoma de Homo sapiens); (v) determinar quais das enzimas identificadas fazem parte de alguma via metabólica representativa depositada em bancos de dados específicos. Dentre as enzimas de T. cruzi consideradas como alvos moleculares para o tratamento da doença de Chagas, as cisteíno proteases têm sido extensivamente estudadas experimentalmente. Neste presente estudo, as isoformas 1 e 2 da cruzipaína foram investigadas por simulações de dinâmica molecular (DM), nas temperaturas de 25C e 37C, tendo como controle a papaína, enzima representativa da família C1 de cisteíno proteases. Analisando 20.679 seqüências protéicas preditas a partir de CDS (Seqüência Codificante) não redundantes do genoma de T. cruzi (cepa CL Brener), 4.719 seqüências foram associadas a proteínas de membrana e foram gerados 2.786 modelos estruturais protéicos. Destes modelos, 1.888 foram associados a um EC, dos quais aproximadamente 79,5% foram classificados como tendo uma qualidade suficientemente boa para serem usados em estudos de desenho racional de fármacos baseado em estrutura, através de métodos de modelagem molecular. Dos 1.876 modelos enzimáticos com, pelo menos, uma sub-subclasse enzimática, foram identificadas 99 seqüências possivelmente análogas a enzimas humanas, 1.776 como similares e 1 bifuncional como análoga/similar. Também foi possível detectar um subgrupo de 10 modelos considerados como prováveis enzimas específicas de T. cruzi em relação a H. sapiens, não descartando possíveis relações destas seqüências com outros organismos. Nos estudos de DM realizados, o principal resultado obtido indica que a presença de resíduos ácidos na posição 158 (numeração da papaína) no sítio catalítico, pode induzir uma reorganização estrutural, suscetível a variações de temperatura, dos resíduos catalíticos em cisteíno proteases da família da papaína. Esta reorganização estrutural gera uma conformação semelhante à apresentada pela tríade catalítica (ASP/HIS/SER) em serino proteases.

A &#946;-ionona (BI) é um isoprenóide que apresenta atividade quimiopreventiva durante a fase de promoção da hepatocarcinogênese. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a expressão de genes modulados pela BI envolvidos na quimioprevenção durante a fase de promoção da hepatocarcinogênese induzida pelo modelo do \"Hepatócito Resistente\" (RH). Ratos Wistar machos foram submetidos ao modelo do RH e tratados durante 4 semanas consecutivas com BI (16 mg/100 g de p.c.) ou óleo de milho (OM) (0,25 ml/100 g de p.c.; grupo controle). O perfil da expressão de 1.176 genes foi analisado por macroarray no fígado dos grupos BI, OM e de ratos considerados normais (grupo N). A expressão gênica foi considerada aumentada, quando a razão de expressão foi &#8805; 1,5 ou diminuída, quando &#8804; 0,5. Aplicou-se análise hierárquica de clustering e classificação ontológica dos genes diferencialmente expressos. A expressão gênica foi validada por RT-PCR do tipo \"duplex\", utilizando-se tecido hepático microdissecado de: lesões pré-neoplásicas persistentes (pLPN) ou em remodelação (rLPN) e de regiões ao redor das LPN (surrounding). Um total de 133 e 32 genes foi considerado diferencialmente expresso entre os grupos OM (em relação ao N) e BI (em relação ao OM), respectivamente. Trinta e sete por cento dos genes diferencialmente expressos no grupo BI vs OM referiam-se a receptores celulares. Destes, 4 genes codificantes para receptores nucleares foram identificados como possíveis alvos da BI na quimioprevenção da hepatocarcinogênese: RXR&#945; (receptor X de retinóide &#945;), RAR&#946; (receptor de ácido retinóico &#946;), COUP-TFI (chicken ovalbumin upstream promoter-transcription factor I) e Nur77 (nuclear receptor 77). Em comparação ao grupo OM, a expressão de RXR&#945; e RAR&#946; foi maior (p<0,05) especificamente em pLPN e rLPN do grupo &#946;I, respectivamente. Em comparação ao grupo N, Nur77 apresentou maior (p<0,05) expressão no surrounding e nas rLPN do grupo OM. Por outro lado, a expressão de Nur77 em rLPN foi menor (p<0,05) no grupo BI do que no OM. Comparada ao grupo N, a expressão de COUP-TFI foi maior (p<0,05) no grupo OM, tanto no surrounding das LPN como nas pLPN e rLPN. Em comparação ao grupo OM, a expressão de COUP-TFI foi menor (p<0,05) no grupo BI, especificamente nas pLPN e nas rLPN. Os resultados sugerem que os receptores nucleares RXR&#945;, RAR&#946;, Nur77 e COUP-TFI representam alvos moleculares da BI relevantes para a quimioprevenção da hepatocarcinogênese em ratos. / &#946;-ionone (BI) is an isoprenoid which has chemopreventive activity during the promotion phase of hepatocarcinogenesis. This study aimed to evaluate the expression of genes modulated by BI involved in chemoprevention during the promotion phase of hepatocarcinogenesis induced model of \"Resistant Hepatocyte (RH). Male Wistar rats were submitted to the RH model and treated for 4 consecutive weeks with BI (16 mg/100 g bw) or corn oil (CO) (0.25 ml/100 g bw, control group). The expression profile of 1,176 genes was analyzed by macroarray in the liver of groups BI, CO and normal rats (group N). Gene expression was considered increased when the expression ratio was 1.5 or decreased when 0.5. Hierarchical clustering analysis and ontological classification of differentially expressed genes were applied. Gene expression was validated by RT-PCR \"duplex\", using microdissected hepatic tissue from: persistent pre-neoplastic lesions (pPNL) or remodeling pre-neoplastic lesions (rPNL) and regions around the PNL (surrounding). A total of 133 genes and 32 were considered differentially expressed between the two groups (CO to N) and BI (relative to CO), respectively. 37% of differentially expressed genes in group BI vs CO were related to cell receptors. Of these, four genes encoding for nuclear receptors have been identified as possible targets of BI in the chemoprevention of hepatocarcinogenesis: RXR (retinoid X receptor &#945;), RAR&#946; (retinoic acid receptor &#946;), COUP-TFI (chicken ovalbumin upstream promoter-transcription factor I) and Nur77 (nuclear receptor 77). Compared to CO group, the expression of RXR&#945; and RAR&#946; was higher (p <0.05) specifically in pPNL and rPNL of BI group, respectively. Compared to the group N, Nur77 showed higher (p <0.05) expression in the surrounding and rPNL of CO group. The expression of Nur77 in rPNL was lower (p <0.05) in BI than the CO group. Compared to N group, the expression of COUP-TFI was higher (p <0.05) in CO group (surrounding, pPNL and rPNL). Compared to CO group, the expression of COUP-TFI was lower (p <0.05) in BI group, specifically in the pPNL and rPNL. The results suggest that the nuclear receptors RXR&#945;, RAR&#946;, Nur77 and COUP-TFI represent relevant molecular targets of BI in the chemoprevention of hepatocarcinogenesis in rats.

O câncer de mama é a principal causa de morte por neoplasias em mulheres no mundo. Nutrientes, como vitamina A (VA) e ácido butírico (AB) podem modular a carcinogênese por meio de mecanismos epigenéticos, como acetilação de histonas e metilação do DNA. A associação de agentes desmetilantes do DNA e inibidores de desacetilases de histonas representa estratégia promissora para controle do câncer, inclusive de mama. Este trabalho teve como objetivo avaliar os efeitos da administração de vitamina A e ácido butírico, isolados ou em associação, em células de adenocarcinoma mamário humano da linhagem MCF-7. Para tanto, em células MCF-7, tratadas com VA (10 &#181;M) e/ou AB (1mM) durante diferentes períodos, foram avaliados: crescimento celular, padrão de acetilação de histonas e de metilação global do DNA; expressão dos genes RAR&#946; e CRBP-I, padrão de metilação da região promotora do gene RAR&#946; e concentração celular de retinóides. Em comparação ao controle, representado por células MCF-7 não tratadas com as substâncias, o tratamento com VA e AB associados, mas não isolados, resultou em inibição significativa do crescimento de células MCF-7 (p>0,05) após período de 120hs. Nesse caso, observaram-se inibições do crescimento de 10%, 34% e 46% para os tratamentos com VA, AB e VA+AB, respectivamente. Em comparação ao controle, AB e associação de VA+AB, mas não VA isolada, aumentaram (p<0,05) o nível de acetilação de H3K9, mas não de H4K16, após 96hs de tratamento, não se verificando diferenças (p>0,05) entre os tratamentos com AB e VA+AB. VA e AB, isolados ou em associação, não alteraram (p>0,05) o padrão de metilação global do DNA e nem a expressão do gene CRBP-I, em comparação ao controle. AB e associação de VA+AB, mas não VA isolada, aumentaram (p<0,05) a expressão do gene RAR&#946; após 120hs de tratamento, em comparação ao controle, não se verificando diferenças (p>0,05) entre os tratamentos com AB e VA+AB. Células MCF-7 tratadas ou não com VA e AB, isolados ou em associação, apresentaram promotor do gene RAR&#946; predominantemente metilado e níveis não detectáveis de palmitato de retinila. Em comparação ao controle, apenas o tratamento com VA isolada aumentou (p<0,05) da concentração de retinol após 120hs. Com base nos resultados, a associação de VA e AB resultou em efeito inibitório aditivo do crescimento de células MCF-7. Acetilação de histonas H3K9, mas não de H4K16 e metilação do DNA, parece representar alvo epigenético do AB. Aumento da expressão do gene supressor de tumor RAR&#946; parece estar envolvido na inibição do crescimento de células MCF-7 pelo AB. O gene CRBP-I não parece estar envolvido na inibição do crescimento de células MCF-7 pela VA e AB, isolados ou em associação. Ausência de esterificação do retinol em células MCF-7 tratadas ou não com VA e AB, isolados ou em associação, parece se relacionar à expressão reduzida do gene CRBP-1. / Breast cancer is the leading cause of deaths among women diagnosed with neoplasia worldwide. Nutrients such as vitamin A (VA) and butyric acid (BA) may modulate carcinogenesis through epigenetic mechanisms, such as histone acetylation and DNA methylation. The combination of DNA demethylating agents and histone deacetylase inhibitors represent a promising strategy for cancer control, including breast cancer. This study aimed to evaluate the effects of administration of vitamin A and butyric acid, isolated or combined, on MCF-7 human breast adenocarcinoma cell line. For this, the following parameters were evaluated in MCF-7 cells treated for different periods with VA (10 &#181;M) and/or BA (1 mM): cell growth, histone acetylation status, global DNA methylation pattern, RAR&#946; and CRBP-I gene expression, RAR&#946; promoter methylation status, and cellular concentration of retinoids. Compared to controls, represented by untreated MCF-7 cells, treatment with VA and BA combined, but not isolated, significantly (p<0.05) inhibited the growth of MCF-7 cells after 120hs. In this case, 10%, 34% and 46% growth inhibitions were observed after treatment with VA, BA and VA+BA, respectively. Compared to controls, BA and its association with VA, but not VA isolated, increased (p<0.05) acetylation level of H3K9, but not of H4K16, after 96hs; no differences were observed between treatments with BA and VA+BA. VA and BA, isolated or combined, did not alter (p>0.05) global DNA methylation pattern and CRBP-I gene expression, compared to controls. BA and its association with VA, but not VA isolated, increased RAR&#946; gene expression after 120hs, compared to controls; no differences were observed between treatments with BA and VA+BA. MCF-7 cells, treated or not with VA and BA, isolated or combined, presented RAR&#946; promoter predominantly methylated and undetectable levels of retinyl palmitate. Compared to controls, only treatment with VA isolated increased (p<0.05) cellular retinol concentration after 120hs. Based on these data, association between VA and BA resulted in additive inhibitory effect on MCF-7 cell growth. Acetylation of H3K9, but not of H4K16, seems to represent a BA epigenetic target. Increased expression of tumor suppressor gene RAR&#946; seems to be involved in BA inhibitory action on MCF-7 cell growth. Neither CRBP-I gene nor global DNA methylation seem to be involved in VA and/or BA inhibitory actions on MCF-7 cell growth. Lack of retinol esterification in MCF-7 cells treated or not with VA and BA, isolated or combined, could be related to reduced CRBP-I gene expression.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao Priscila Capriles.pdf: 11456267 bytes, checksum: 5add21ce6ff9ebf894b553efdf4c5125 (MD5) Previous issue date: 2007-03-15 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Quase 100 anos após a descoberta do Trypanosoma cruzi, agente etiológico da doença de Chagas, não existem tratamentos efetivos para esta doença tanto em sua fase aguda quanto crônica. Neste trabalho é apresentado um estudo em grande escala das proteínas preditas a partir de seqüências genômicas de T. cruzi, através de técnicas de bioinformática e modelagem comparativa, visando investigar e discutir os seguintes aspectos: (i) quais seqüências podem ter suas estruturas tridimensionais (3D) geradas e qualificadas por técnicas de modelagem comparativa, usando o workflow MHOLline; (ii) associar a estes modelos protéicos uma classificação enzimática (EC), através da ferramenta ECNGet (desenvolvida neste trabalho); (iii) através desta associação enzimática aos modelos, usá-los para inferir possíveis funções biológicas às suas seqüências alvos originalmente anotadas como hipotéticas, e/ou sugerir uma possível reanotação de seqüências; (iv) investigar dentre as enzimas com estruturas 3D geradas quais possuem similaridades (ortologias) com enzimas humanas (genoma de Homo sapiens); (v) determinar quais das enzimas identificadas fazem parte de alguma via metabólica representativa depositada em bancos de dados específicos. Dentre as enzimas de T. cruzi consideradas como alvos moleculares para o tratamento da doença de Chagas, as cisteíno proteases têm sido extensivamente estudadas experimentalmente. Neste presente estudo, as isoformas 1 e 2 da cruzipaína foram investigadas por simulações de dinâmica molecular (DM), nas temperaturas de 25°C e 37°C, tendo como controle a papaína, enzima representativa da família C1 de cisteíno proteases. Analisando 20.679 seqüências protéicas preditas a partir de CDS (Seqüência Codificante) não redundantes do genoma de T. cruzi (cepa CL Brener), 4.719 seqüências foram associadas a proteínas de membrana e foram gerados 2.786 modelos estruturais protéicos. Destes modelos, 1.888 foram associados a um EC, dos quais aproximadamente 79,5% foram classificados como tendo uma qualidade suficientemente boa para serem usados em estudos de desenho racional de fármacos baseado em estrutura, através de métodos de modelagem molecular. Dos 1.876 modelos enzimáticos com, pelo menos, uma sub-subclasse enzimática, foram identificadas 99 seqüências possivelmente análogas a enzimas humanas, 1.776 como similares e 1 bifuncional como análoga/similar. Também foi possível detectar um subgrupo de 10 modelos considerados como prováveis enzimas específicas de T. cruzi em relação a H. sapiens, não descartando possíveis relações destas seqüências com outros organismos. Nos estudos de DM realizados, o principal resultado obtido indica que a presença de resíduos ácidos na posição 158 (numeração da papaína) no sítio catalítico, pode induzir uma reorganização estrutural, suscetível a variações de temperatura, dos resíduos catalíticos em cisteíno proteases da família da papaína. Esta reorganização estrutural gera uma conformação semelhante à apresentada pela tríade catalítica (ASP/HIS/SER) em serino proteases.

Neste trabalho faz-se a descrição de um Sistema de Radar com os seus sinais e processadores. Conceituam-se as Contramedidas Eletrônicas (CME) e as Medidas de Proteção Eletrônica (MPE). Nas CME enfatizam-se o jamming e o chaff. Descreve-se um modelo estatístico para os elementos que compõem a nuvem de chaff e estima-se o espectro do seu sinal eco. Avalia-se o desempenho do MTI (Moving Target Indicator), utilizado como MPE contra o chaff. Utilizando simulação, analisa-se o desempenho de uma estrutura de processamento composta por um Compressor de Pulsos, um MTI e um Integrador Recursivo. Propõe-se o WMTI (Wavelet Moving Target Indicator Filter) como um processador alternativo ao MTI. Propõe-se ainda um integrador de pulso baseado na Potência Wavelet Cruzada. A simulação dos sinais e do processamento foi realizada, principalmente, com o Aplicativo IDL (Interactive Data Language), Versão 6.0.

No acervo que compõem o patrimônio cultural, há muitos utensílios, obras de arte, monumentos, etc., que são feitos de metais. Mas dentre os diversos metais existentes, o cobre possui uma posição de destaque na história, pois este foi o primeiro utilizado pela humanidade. Os metais quando expostos à atmosfera podem sofrer processos de corrosão, o que pode comprometer um artefato histórico. No cobre e suas ligas, o produto dos processos de corrosão é denominado pátina. O estudo das pátinas e das ligas que compõe a matriz, no qual a pátina se forma, é de fundamental importância para a compreensão dos processos de corrosão. Com esta informação, puderam-se determinar as melhores técnicas de conservação e restauração que devem ser aplicadas. No presente estudo utilizou-se pátinas artificiais, que já são amplamente conhecidas, e possibilitam a simulação de pátinas naturais, além de ser possível utilizá-las na recolocação de pátinas que fora removidas e/ou perdidas de peças metálicas. Em um estudo anterior foram produzidas pátinas artificiais a partir de três soluções utilizando dois procedimentos de preparação e a análise foi realizada através das técnicas: EIS (Espectroscopia por Impedância Eletroquímica), MEV (Microscopia Eletrônica de Varredura), e XRD (Difração de Raio X), que são consideradas técnicas micro-destrutivas. No presente estudo, destas mesmas pátinas, utilizou-se para análise as técnicas de PIXE (Emissão de Raio X Induzido por Partícula) e ED-XRF (Fluorescência de Raio X por Dispersão de Energia), ambas não destrutivas e, no caso de ED-XRF, mais frequentemente, possível ser utilizada in situ. Estas técnicas permitem a analise de obras de arte em atmosfera, em um arranjo externo, o que contribui para a análise de peças de diferentes formas e tamanhos. Os resultados obtidos mostraram que o PIXE possui uma melhor caracterização de elementos leve, enquanto que o ED-XRF é melhor para elemento pesados. Na comparação entre PIXE interno e externo, observou-se que a montagem externa é suficiente na análise desse tipo de material. As medidas de padrões de aço validaram a técnica PIXE para análise de alvos grossos e permitiram quantificar os elementos presentes nas amostras. Tanto PIXE, quanto ED-XRF, mostraram nas análises das amostras os elementos que estão presentes nas soluções aplicadas. Além disso, houve um aumento do enxofre em algumas amostras e pátinas, e isto pode indicar que este elemento foi agregado com o tempo nas amostras, devido à exposição à atmosfera. Em comparação ao estudo anterior, que caracterizou a composição das camadas de pátinas em amostras semelhantes, foi possível mostrar que se pode determinar e quantificar com PIXE eED-XRF os elementos presentes sem que seja necessária a retirada do material a ser analisado, principalmente se aplicadas para a análise de peças com valor histórico e cultural. O estudo utilizando as técnicas PIXE e/ou ED-XRF, juntamente com técnicas EIS, SEM e XRD, torna as respostas mais completas, mas nem sempre isso é possível em se tratando de bens do patrimônio histórico, cultural e artístico. / The collection that composes the cultural patrimony has many utensils (vessels, pottery, adornment), works of art, monuments, etc., that are made of metals. However amongst the diverse existing metals, copper possesses a position of historical prominence, since this metal was the first one to be used by humanity. Metals when displayed in the atmosphere, can suffer processes corrosion which can destroy partially or completely the historical object. In copper and its alloys, the product of the corrosion processes is called patina. Analyses of the patina and the matrix alloy material are necessary to understand the corrosion processes and its development. The analyses are also needed to study the alterations imposed on an artifact in order to develop an adequate conservation and restoration treatment techniques. In the present work well known artificial patinas were used and can simulate the natural ones besides permitting to use them in the replacement of lost patinas that have been removed and/or lost in metalic parts. A previous study was realized with artificial patinas produced from three solutions and two different procedures of application. These patinas were analyzed by different techniques such as: EIS (Electrochemical Impedance Spectroscopy), SEM (Scanning Electron Microscopy), and XRD (X-ray Diffraction), which are micro-destructive methods. In the present study, the same samples were analyzed by PIXE (Particle Induced X-ray Emission) and ED-XRF (Energy Dispersive X-ray Fluorescence) techniques, both not destructive, and in the case of ED-XRF, more frequently, it can be used in situ. These methods allow the analyses of works of art of different forms and sizes in the atmosphere, in an external arrangement. The results have shown that PIXE has a better characterization of light elements, whereas the ED-XRF is better for heavy elements. The comparison of internal and external PIXE measurements showed that the PIXE external setup is enough for the analysis of this type of material. The PIXE results of steel standards had validated the technique PIXE for analysis of thick targets and had allowed the quantification of the elements presents in the samples. PIXE and ED-XRF analyses had shown the principal elements present in the samples and in the solutions. Moreover, it was possible detect an increase of sulphur in some samples and patinas, indicating that this element is being absorbed by the samples due to the exposition to the atmosphere. This work also shows that it is possible to determine and quantify with PIXE and ED-XRF the elements present in the samples, without any extraction of material and it is important mainly if applied to the analysis of historical and cultural objects. A study using suitable combination of techniques, as used in the previous study (EIS, SEM e XRD) coupled to PIXE and/or ED-XRF techniques can give a complete characterization of the corrosion compounds, but sometimes the complete combination of techniques is impossible if dealing with artistic and cultural historic objects.

Submitted by SARA DE SOUZA COSTA null (sarah_sc_0705@hotmail.com) on 2017-03-30T13:36:06Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Sara de Souza Costa.pdf: 2766240 bytes, checksum: 20b447fe5bf3c49e40aa0b5fdf4dff1f (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-04-06T13:29:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 costa_ss_me_sjrp.pdf: 2766240 bytes, checksum: 20b447fe5bf3c49e40aa0b5fdf4dff1f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T13:29:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 costa_ss_me_sjrp.pdf: 2766240 bytes, checksum: 20b447fe5bf3c49e40aa0b5fdf4dff1f (MD5) Previous issue date: 2017-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As lesões uterinas são causas importantes de desconforto, infertilidade e óbito entre as mulheres no Brasil e no mundo. O câncer de endométrio é um tumor maligno frequente e sua incidência vem aumentando nas últimas décadas. Enquanto, o tumor uterino benigno mais comum, o leiomioma, acomete cerca de 40% das mulheres na idade reprodutiva, sendo relacionado à menorragia, dismenorreia e infertilidade. Investigações indicam que o microambiente tumoral é crucial para o avanço do câncer, sendo caracterizado, principalmente, pela composição alterada da matriz extracelular, alta densidade de microvasos e abundância de células inflamatórias, como mastócitos (MCs). MCs desgranulados liberam fatores quimiotáticos e proteases, como triptase e quimase, para o meio extracelular, contribuindo na degradação da matriz extracelular, promoção da angiogênese, propiciando ambiente favorável para invasão tumoral e remodelação tecidual por meio de proteólises seletivas na matriz e ativação de metaloproteinases. Outro aspecto importante no crescimento tumoral é a proteína anti-inflamatória Anexina A1 (ANXA1), relacionada à regulação dos processos de crescimento e migração/invasão celular, sendo seus efeitos mediados por receptores para peptídeos formilados (FPRs), especialmente FPR1 e FPR2. Diante da importância dos MCs e da ANXA1/FPR no desenvolvimento tumoral, o objetivo desta investigação foi analisar a heterogeneidade dos MCs e a expressão das proteínas ANXA1, FPR1 e FPR2 em biópsias humanas das variáveis clínico-patológicas de útero normal: hiperplasia endometrial simples (HES), adenomiose, leiomiomas e adenocarcinoma (ADC) endometrial de graus I e II. Os MCs foram quantificados de acordo com seu estado de ativação e expressão das proteases triptase e quimase. A expressão da ANXA1 e seus receptores FPR1 e FPR2 nos MCs e tecidos uterinos foram analisadas nas diferentes biópsias estudadas. Nossos resultados mostraram MCs intactos e desgranulados, no endométrio e miométrio normais e aumentados na HES, margens tumorais nos leiomiomas, adenomiose e ADC endometrial de graus I e II, e diminuídos significantemente na região tumoral do leiomioma. Com relação à heterogeneidade, os MCs triptase-positivos foram observados em maior quantidade. As expressões endógenas da ANXA1 e do FPR1 foram observadas nos tecidos uterinos e MCs, com ausência para o FPR2. As modulações dos MCs, da proteína ANXA1 e de modo específico do receptor FPR1, nas variáveis clínico-patológicas das lesões uterinas investigadas indicam o envolvimento dessas células e a interação ANXA1/FPR1 no desenvolvimento de inflamação e neoplasia uterina. / Uterine lesions are important causes of discomfort, infertility and death among women in Brazil and in the world. Endometrial cancer is a frequent malignant tumor and its incidence has been increasing in the last decades. Besides, the most common benign uterine tumor, leiomyoma, affects about 40% of women at reproductive age, being related to menorrhagia, dysmenorrhea and infertility. Investigations indicate that the tumor microenvironment is crucial for the advancement of cancer, being characterized mainly by the altered composition of the extracellular matrix, high microvessel density and abundance of inflammatory cells, such as mast cells (MCs). Degranulated MCs release chemotactic and protease factors, such as tryptase and chymase, to the extracellular medium, contributing to the degradation of the extracellular matrix, promoting angiogenesis, providing a favorable environment for tumor invasion and tissue remodeling through selective proteolysis in the matrix and activation of metalloproteinases. Another important aspect of tumor growth is the anti-inflammatory protein Annexin A1 (ANXA1), related to the regulation of growth and migration / invasion processes, and its effects mediated by receptors for formylated peptides (FPRs), especially FPR1 and FPR2. The objective of this investigation was to analyze the heterogeneity of the MCs and the expression of the ANXA1, FPR1 and FPR2 proteins in human biopsies of clinical-pathological variables of normal uterus: simple endometrial hyperplasia (HES), adenomyosis, leiomyomas and endometrial adenocarcinoma (ADC) of grades I and II. MCs were quantified according to their state of activation and expression of tryptase and chymase proteases. Expression of ANXA1 and its FPR1 and FPR2 receptors in the MCs and uterine tissues were analyzed in the different biopsies studied. Our results showed intact and degranulated MCs in the normal endometrium and myometrium and increased MCs in HES, tumor margins in leiomyomas, adenomyosis and endometrial ADC of grades I and II, but significantly decreased in the leiomyoma tumor region. In relation to the heterogeneity, it was observed that the tryptase-positive MCs were observed in greater quantity. Endogenous expressions of ANXA1 and FPR1 were observed in uterine tissues and MCs, but absent for FPR2. Modulations of MCs and ANXA1 protein expression and the specificity of FPR1 receptor immunolabeling in the clinical-pathological variables of the investigated uterine lesions indicate the involvement of these cells and the interaction ANXA1/FPR1 in the development of inflammation and uterine neoplasia.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Patricia Fernanda Zambuzzi Carvalho.pdf: 3971188 bytes, checksum: 969d3e1c4e16d34d3b2fea9e30b2cebc (MD5) Previous issue date: 2010-09-10 / The termodimorphic fungus Paracoccidioides brasiliensis is the etiological agent of paracoccidioidomycosis (PCM), a systemic human mycosis geographically distributed in Latin America, being the eighth most common cause of death among chronic infections. PCM is acquired by inhalation of fungal propagules, which reach the lungs and is disseminate through the bloodstream and/or lymph to all parts of the body. The treatment of PCM is long, starting with a dosage of aggressive antifungal agents, extending for months or years. Resistance to antimicrobial drugs may limit the ability of effective treatment of patients, interfering with therapeutic efficacy. Thus, it is necessary to discover and develop new antifungal agents. Plants compounds have a great structural diversity, many of which are models for the synthesis of a vast number of drugs. The action of the oenothein B compound, purified from leaves of Eugenia uniflora, a plant from the Brazilian Savannah, was evaluated on growth, viability and expression of P. brasiliensis genes. The compound interfered with cell morphology and inhibited the transcripts of &#946;-1- 3-glucan synthase. The synergistic effect between oenothein B and drugs used to treat PCM (amphotericin B, itraconazole, Sulfamethoxazole and Trimethoprim-Sulfamethoxazole Combination) was evaluated in this study by the method of sensitivity on plates. The highest inhibition of the fungal growth was observed in association of oenothein B with Trimethoprim-Sulfamethoxazole Combination, followed by amphotericin B, itraconazole and sulfamethoxazole, respectively. Representational Difference Analysis (RDA) was also performed to elucidate the mechanism of action of oenothein B in P. brasiliensis. We identified 463 ESTs up regulated and 121 ESTs down regulated after 90 min of incubation of P. brasiliensis yeast cells with the compound. After 180 min incubation 301 ESTs up regulated and 143 down regulated were identified. The ESTs were classified according to their functional categories using the program Blast2GO. The analysis indicated the presence of transcripts with functions related to cell wall and membrane, transcription factors and hypothetical proteins. In this study, we evaluated also the characteristics of the malate synthase (Pbmls) cDNA, regulation of Pbmls gene expression, and enzymatic activity of the MLS protein of P. brasiliensis (PbMLS), isolate Pb01. The cDNA contains 1617 bp, which encodes a protein of 539 amino acids. The protein has the signature of the MLSs, residues essential for catalytic activity and addressing signal for peroxisomes, PTS1. The high level of Pbmls transcript observed in the presence of 2C sources suggests that in P. brasiliensis, the primary regulation of carbon flux into glyoxylate cycle was at the level of the Pbmls transcript. Transcript analysis, protein levels and enzymatic activity in the presence of different carbon and nitrogen sources suggest that PbMLS acts in both pathways: in glyoxylate cycle, when 2C sources are used, and in alantoin degradation pathway, when proline is used as nitrogen source, or when oxalurate is used to induces genes from pathway. / O fungo termodimórfico Paracoccidioides brasiliensis é o agente etiológico da paracoccidioidomicose (PCM), uma micose sistêmica humana geograficamente distribuída na América Latina, sendo a oitava causa de morte mais comum entre as infecções crônicas recorrentes. A PCM é adquirida pela inalação de propágulos do fungo, os quais chegam ao pulmão, e é disseminado pela corrente sanguínea e/ou linfática para todas as partes do corpo. O tratamento da PCM é longo, iniciando com uma dosagem de agentes antifúngicos agressiva, se estendendo por meses ou anos. A resistência às drogas antimicrobianas pode limitar a capacidade do tratamento efetivo dos pacientes, interferindo na eficácia da terapêutica. Desta forma, torna-se necessário a descoberta e desenvolvimento de novos agentes antifúngicos. Compostos de plantas são produtos biológicos, com uma grande diversidade estrutural, muitas das quais são modelos para a síntese de um vasto número de fármacos. A atuação do composto oenoteína B, purificado das folhas de Eugenia uniflora, uma planta do Cerrado Brasileiro, foi avaliado no crescimento, viabilidade e expressão de genes de P. brasiliensis. O composto interferiu com a morfologia das células e inibiu os transcritos de &#946;-1-3-glicana sintase. O efeito sinérgico entre oenoteína B e os fármacos utilizados no tratamento da PCM (anfotericina B, itraconazol, sulfametoxazol e a combinação trimetoprim-sulfametoxazol), foi avaliado no presente estudo, através do método de sensibilidade em placas. A maior inibição no crescimento das colônias do fungo foi observada na associação da oenoteína B com a combinação trimetoprimsulfametoxazol, seguido com anfotericina B, itraconazol e sulfametoxazol, respectivamente. A Análise Diferencial Representacional (RDA) também foi realizada visando elucidar o mecanismo de ação da oenoteína B em P. brasiliensis. Foram identificadas 463 ESTs induzidas e 121 ESTs reprimidas, após 90 min de incubação de células leveduriformes do fungo com o composto. Após 180 min de incubação foram identificadas 301 ESTs induzidas e 143 reprimidas. As ESTs foram classificadas de acordo com suas categorias funcionais utilizando o programa Blast2GO. As análises indicaram a presença de transcritos com funções relacionados à parede e membrana celular, fatores de transcrição e proteínas hipotéticas. No presente trabalho, foi avaliado ainda, as características do cDNA, a regulação da expressão gênica de Pbmls, e a atividade enzimática da proteína de P. brasiliensis (PbMLS), isolado Pb01. O cDNA contém 1617 pb, que codifica uma proteina de 539 aminoácidos. A proteína apresenta a assinatura das MLSs, resíduos catalíticos essenciais para a atividade e o sinal de endereçamento para os peroxissomos, PTS1. O maior nível do transcrito Pbmls observado na presença de fontes de 2C sugere que em P. brasiliensis, a regulação primária do fluxo de carbono no ciclo do glioxalato foi ao nível dos transcritos de Pbmls. As análises de transcritos, níveis de proteínas e atividades enzimáticas na presença de diferentes fontes de carbono e nitrogênio sugerem que PbMLS esteja atuando em ambas as vias: no ciclo do glioxalato, quando fontes de 2C são utilizadas, e na via da degradação da alantoína, quando prolina é utilizada como fonte de nitrogênio, ou quando oxalurato é utilizado para induzir os genes da via.