Social amoebae are eukaryotic organisms that inhabit soil of almost every climate zone. They are remarkable for their switch from unicellularity to multicellularity as an adaptation to starvation. When starved, millions of single cells aggregate and form a multicellular fruiting body, which contains reproductive spore cells and dead stalk cells, which help in spore dispersion. This costly behavior made social amoebae a model system for addressing major questions of the evolution of cooperation and multicellularity. In this study we look at three different aspects of social amoebae behavior; aggregation, non-aggregation and competition, and ask how they contribute to our understanding of cooperation in social amoebae and microbial systems in general.We explored the known but neglected observation that, upon starvation, not all cells aggregate and engage in multicellular development. We describe phenotypically and genetically non-aggregating cell proportion in D. discoideum species. Both aggregating and non-aggregating strategy are costly or beneficial depending on duration of starvation. With our computational model we propose that partitioning the population into unicellular and multicellular states is adaptive in fluctuating environments with unpredicted duration of starvation periods. Social amoebae may therefore lie at the intersection of cooperation and bet-hedging. In the second part, we provide a new framework for addressing the contrasting observations of high genetic diversity in natural populations of social amoebae and experimentally suggested low diversity-high relatedness required for cooperation. We propose that complex life cycle of social amoebae provides multiple competition points that can possibly play an important role in maintaining diversity and cooperation. We explore this experimentally and computationally by looking at competition over the whole life cycle between 6 natural isolates of D. discoideum. Our simulation model indicates that competition at different stages of the life cycle can lead to exclusion of "social winners". Though we failed to explain strain coexistence. Although preliminary, our results emphasize the importance of integrating species ecology in cooperative studies.Finally, we focus on a new aggregation dynamics in P. pallidum species observed in our lab. Aggregation is a population level process during which population gets divided into numerous subpopulations/aggregates that face selection independently. Such population partitioning can have strong evolutionary consequences on cooperation that have not yet been explored experimentally. We describe the population dynamics qualitatively and propose several quantitative measurements of population partitioning into aggregates. Our preliminary results suggest that there is a preference for aggregates of certain size, but there is no spatial organization of aggregates.

O presente trabalho explora os aspectos taxonomicos, ecologicos, morfologicos, biometricos e biogeograficos dos Arcellinida Kent, 1880 coletados no Parque Ecologico do Rio Tiete, Sao Paulo Brasil. Foram encontrados organismos pertencentes a cerca de 30 taxons nominais, no entanto, a revisao da literatura, novos dados morfologicos obtidos atraves do Microscopio Eletronico de Varredura e medidas biometricas realizadas com grande numero de individuos permitem afirmar que muitos destes taxons estao se referindo a mesma entidade na natureza. Logo, na presente pesquisa sao descritas, com detalhes de distribuicao geografica, morfologia ultra-estrutural, morfometria e ecologia, especies pertencentes a quatro familias e cinco generos: Difflugia corona Wallich, 1864; Difflugia gramen Penard, 1902; Difflugia lanceolata Penard, 1890; Difflugia claviformis Penard, 1899; Difflugia gigantea Chardez, 1967; Centropyxis aculeata (Ehrenberg, 1838); Netzelia wailesi (Ogden, 1980); Lesquereusia modesta Rhumbler, 1895; Lesquereusia mimetica Penard, 1911; Arcella hemisphaerica Perty, 1852; Arcella gibbosa Penard, 1890; Arcella discoides Ehrenberg, 1871 e Arcella brasiliensis Cunha, 1913. Sao discutidas inovacoes taxonomicas para que a comparacao de dados obtidos usando tecnicas atuais com aqueles reportados na literatura tradicional seja feita da maneira mais explicita possivel, de modo a delimitar melhor o conceito taxonomico de cada especie abordada. / The present survey explores the taxonomic, ecologic, morphologic, biometric and biogeographic aspects of the Arcellinida Kent, 1880 collected at the Ecological Park of the Tiete River, Sao Paolo Brazil. Around 30 nominal taxa were identified, however, a review of the literature and new morphologic data obtained via the Scanning Electron Microscope and biometric measures with a large number of individuals allow the inference that many of these taxa are referring to the same natural entity. Therefore, the present work describes species from four families and five genera, along with details about geographic distribution, ultra-structural morphology, morphometry and ecology: Difflugia corona Wallich, 1864; Difflugia gramen Penard, 1902; Difflugia lanceolata Penard, 1890; Difflugia claviformis Penard, 1899; Difflugia gigantea Chardez, 1967; Centropyxis aculeata (Ehrenberg, 1838); Netzelia wailesi (Ogden, 1980); Lesquereusia modesta Rhumbler, 1895; Lesquereusia mimetica Penard, 1911; Arcella hemisphaerica Perty, 1852; Arcella gibbosa Penard, 1890; Arcella discoides Ehrenberg, 1871 e Arcella brasiliensis Cunha, 1913. Taxonomic innovations are discussed in order to make comparison of recent data with those reported on traditional literature a more explicit practice, allowing a better understanding of each species taxonomic concept.

Legionella est une bactérie pathogène, ubiquitaire des environnements aqueux. L'utilisation des eaux de surface, par les centrales nucléaires, provoque un réchauffement de ces eaux, qui associé aux conditions de fonctionnement peut entraîner sa prolifération. Afin de limiter le développement de cette bactérie, en deçà des seuils réglementaires, EDF met en œuvre un traitement à la monochloramine dans ses circuits. Notre étude a eu pour but d’améliorer les connaissances sur les associations entre les légionelles et leur principal hôte : les amibes, et sur les facteurs susceptibles d’influencer leur sensibilité au traitement biocide. Nous avons, tout d’abord, mis en évidence la permissivité de 12 souches d’amibes à 2 souches de L. pneumophila. La température est apparue comme le paramètre le plus influant, la prolifération de Legionella semble favorisée à 40°C. Puis, nous avons cherché à développer un protocole pour séparer Legionella selon son état d’association. Ce protocole n’est pas abouti à l’heure actuelle. Finalement, nous avons comparé la sensibilité, de Legionella, dans différents états physiologiques et étudié l’impact de la qualité de l’eau et des MES. Les cellules post-amibes et dans une moindre mesure, les cellules en phases stationnaires sont les moins sensibles. L’effet de la matrice a été mis en évidence pour l’eau de Vienne, par contre la sensibilité n’a pas été modifiée suite à l’élimination ou l’enrichissement en MES. Cette étude constitue une base de connaissances nouvelles pour orienter les choix de gestion du traitement anti-Legionella à la monochloramine et d’exploitation des circuits. / Legionella is a pathogenic gram negative bacterium, ubiquitously found in waterborne environment. The use of surface water, in open recirculating cooling circuits of nuclear power plants, causes a warming of these waters, which may cause proliferation of Legionella. To limit the development of this bacterium, under the legal thresholds, EDF implements a monochloramine treatment. The aim of our study was to improve the knowledge on the association between Legionella and their main host : amoebae, and on the factors that may influence their susceptibility to biocide treatment. We first showed the permissiveness of 12 strains of amoebae to 2 strains of L. pneumophila. Temperature is appeared as the most influential parameter, the proliferation of Legionella seems favored at 40°C. Then, we searched to develop a protocol to quantify Legionella according to its state of association. This protocol is not operational, yet. Finally, we compared the sensitivity of Legionella, under different physiological states and studied the impact of water quality and suspended matter. Post-amoeba cells and at a lesser extent, stationary cells, are the less sensitive. The effect of the matrix was demonstrated for the Vienne river water, on the other side the elimination or enrichment in suspended matter has not modified the sensitivity. This study provides a basis for a better knowledge to manage monochloramine treatment against Legionella, and for operating cooling systems.

Les amibes libres sont des microorganismes unicellulaires eucaryotes dont l'écologie au sein des réseaux d'eau potable est mal connue. Les amibes libres représentent un enjeu de santé publique, du fait de leur capacité à favoriser la présence de bactéries potentiellement pathogènes, parmi lesquelles des mycobactéries.Une campagne de prélèvement menée sur le réseau d'eau potable de Paris a permis d'évaluer la diversité des amibes libres et de leur microbiome bactérien, par pyroséquençage ciblant les gènes ribosomaux (16S et 18S). Ces analyses ont suggéré la prédominance des genres Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba et Protacanthamoeba. Le microbiome des amibes a révélé une grande diversité bactérienne, dominée par Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas et Pseudoxanthomonas. L'intégration des paramètres physicochimiques a permis de suggérer l'importance de l'origine de l'eau, la température, le pH et la concentration en chlore dans la dynamique des populations amibiennes. Une endosymbiose originale entre V. vermiformis et des bactéries du phylum TM6 a également été mise en évidence.Les amibes ont été fréquemment co-isolées avec des mycobactéries dans le réseau, principalement les espèces M. llatzerense et M. chelonae. Des expériences d'infection chez A. castellanii ont permis d'observer la capacité de ces mycobactéries à survivre et croitre en présence d'amibes. Par génomique comparative et analyses transcriptomiques, plusieurs facteurs de virulence, conservés entre M. llatzerense, M. chelonae et M. tuberculosis, ont été identifiés et sont surexprimés au cours de l'infection. Ces données suggérent leur implication dans la résistance à la prédation amibienne.L'ensemble de ces travaux a permis d'améliorer la connaissance des populations amibiennes et de leur microbiome au sein du réseau d'eau potable, apportant des éléments supplémentaires concernant leur implication dans la survie et la persistance des mycobactéries. / Free-living amoebae are unicellular eukaryotes whose ecology in drinking water networks remains poorly understood. They may represent a public health concern, because of their ability to favour the presence of potentially pathogenic bacteria, among which are mycobacteria.A sampling scheme based on Paris drinking water network allowed identifying the diversity of both freeliving amoebae and their bacterial microbiome, using ribosomal RNA targeted pyrosequencing. These analyses indicated the major presence of Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba and Protacanthamoeba genera. The microbiome was highly diverse and dominated by Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas and Pseudoxanthomonas. The coupling of physicochemical parameters to this analysis allowed underlining the importance of water origin, temperature, pH and chlorine concentration in shaping amoebal populations. Also an original endosymbiosis between V. vermiformis and a bacterium of the TM6 phylum was described. Free-living amoebae were frequently co-isolated with mycobacteria in the water network, mainly M. llatzerense and M. chelonae species. Infection experiments on A. castellanii illustrated the capacity of these species to resist and grow in presence of amoebae. Through genomics and transcriptomics approaches, several virulence factors, conserved between M. llatzerense, M. chelonae and M. tuberculosis were identified, and found to be upregulated during infection experiments. These results suggest their involvement in mycobacterial resistance to amoebal predation.Altogether, this work helped to better understand the ecology of free-living amoebae and their microbiome in drinking water networks, as well as the role of free-living amoebae in the survival and persistence of mycobacteria in such environments.

La contamination microbienne des units de soins dentaires (USD) est connue depuis les années 60. L'eau circule à l'intérieur des USD dans des conditions favorables au développement d'un biofilm (faible débit, nature des surfaces, stagnation). Ce biofilm, réservoir de micro-organismes potentiellement pathogènes, peut représenter un risque infectieux pour les patients et le personnel dentaire exposés à l'eau et aux aérosols générés lors des soins dentaires, en particulier s'ils sont immunodéprimés.Des micro-organismes provenant de l'eau, tels que les amibes libres, peuvent être retrouvés dans ce biofilm. Des protozoaires ubiquitaires de l'environnement du genre Acanthamoeba ou Hartmannella, connus comme pathogènes opportunistes chez l'Homme (kératites, méningo-encéphalites) et ayant la capacité de servir d'hôte pour le développement intracellulaire de certains microorganismes pathogènes (ex : Legionella pneumophila), ont en effet été isolés dans l'eau des USD.D'autre part, des micro-organismes provenant de la cavité buccale d'un patient peuvent également se retrouver dans le système d'eau des USD, en même temps que des traces de salive et/ou de sang, suite à un dysfonctionnement ou un mauvais entretien des valves anti-reflux des porte-instruments rotatifs. Les levures du genre Candida sont des commensaux du tube digestif humain, pathogènes opportunistes notamment responsables d'infections oro-pharyngées, et parfois retrouvées dans les USD.Ce travail a consisté d'une part en l'étude de la capacité de deux amibes libres : A. castellanii et H. vermiformis, ainsi que de trois espèces de Candida : C. albicans, C. glabrata et C. parapsilosis, à survivre dans l'eau, en présence ou non de salive. Les résultats montrent une influence dose-dépendante et espèce-dépendante de la salive sur la survie des trois levures, et aucun effet sur la viabilité des amibes. Des interactions ont pu être mises en évidence entre amibes libres et levures : A. castellanii est capable d'internaliser puis de digérer les trois espèces de levures, induisant leur élimination rapide, indépendamment de la présence de salive. En revanche, H. vermiformis permet la survie et la prolifération de Candida spp. dans l'eau, même en l'absence de salive.Enfin, dans une démarche de prévention et de lutte contre le risque infectieux lié à l'eau des USD, l'efficacité de différents traitements chimiques communément utilisés : le chlore (NaOCl), le peroxyde d'hydrogène (H2O2) et l'Oxygenal 6©, a été étudiée sur les différentes espèces de Candida et d'amibes libres. Ces traitements montrent une efficacité variable : le chlore requiert l'utilisation de concentrations élevées (>26 ppm) et peu compatibles avec l'usage courant des USD. Le H2O2 ne présente pas d'activité significative dans les conditions testées (de 0.07% à 0.9% v/v). En revanche, l'Oxygenal 6© apparaît le plus efficace pour l'éradication des levures du genre Candida et des amibes libres dans l'eau (dès 0.05%). / Microbial contamination of dental unit waterlines (DUW) is known since the 60's. Water circulates throughout DUW with environmental conditions encouraging biofilm development (low flow, surface material, stagnation). This biofilm, which is a reservoir of potentially pathogenic micro-organisms, may represent an infectious risk for patients and dental staff exposed to water and aerosols generated during dental cares, in particular for immunocompromised persons. Micro-organisms coming from water, such as free-living amoebae (FLA), may be isolated in this biofilm. Protozoa belonging to Acanthamoeba or Hartmannella genera are ubiquitous in the environment; they are known to be opportunistic pathogens for Human (keratitis, meningo-encephalitis), to encourage intracellular development of some pathogenic micro-organisms (for example: Legionella pneumophila), and they have already been isolated in DUW.On the other hand, micro-organisms coming from the oral cavity of an infected patient may also be isolated in DUW water, mixed with saliva traces and/or blood, mainly because of the dysfunction or the poor maintenance of anti-retraction valves. Candida yeasts colonize human's oral cavity and digestive tract as commensals or opportunistic pathogens, thus implicated in oro-pharyngeal infections; they are sometimes isolated in DUW.This work focused first on the study of the survival capacity of two species of FLA: A. castellanii and H. vermiformis, and three species of yeasts: C. albicans, C. glabrata and C. parapsilosis, in water, with or without saliva. Results showed that the addition of saliva permitted both survival and proliferation of all three tested Candida species whereas no effect was observed on FLA growth. Then, interactions have been demonstrated between FLA and yeasts: A. castellanii were able to internalize and then digest the three tested yeasts species, inducing their rapid degradation, independently of saliva presence. Conversely, H. vermiformis were able to promote Candida survival and proliferation in water, with or without saliva.Finally, in order to prevent and fight against infectious risk associated with DUW water, the efficacy of commonly used chemical treatments: chlorine (NaOCl), hydrogen peroxide (H2O2) and Oxygenal 6©, was studied against the three species of Candida and the two species of FLA. These treatments showed a variable efficacy: chlorine was effective only using the highest tested concentrations (> 14 ppm), which are not compatibles with DUW use. H2O2 displayed no significant activity in the experimental conditions (0.07% to 0.9% v/v). Oxygenal 6© seemed to be the more effective for eradication of Candida yeasts and FLA, in water (even with 0.05% v/v).

Les amibes à thèque, également appelés thécamoebiens, sont des micro-organismes unicellulaires, qui construisent une enveloppe rigide, appelée thèque (Adl et al., 2012). Ces thèques ont des tailles, formes et natures très variées (Ogden & Hedley, 1980). Les récentes études sur la composition des thèques ont conduit à émettre l’hypothèse que les amibes xénosomiques (constituées de particules exogènes), peuvent constituer des bio-indicateurs pertinents de la diversité particulaire de l’environnement minéral, organique et biologique dans lequel elles évoluent.L’objectif principal des recherches menées au cours de cette thèse vise donc à caractériser la composition des thèques d’amibes xénosomiques et à en évaluer leur utilisation potentielle en tant que bio-indicateurs des dépôts de particules d'origine atmosphérique. Pour cela, des thèques d’amibes ont été analysées in situ en conditions naturelles et après dépôts artificiels de particules minérales allochtones.Ces travaux permettent de dégager plusieurs conclusions majeures :(1) La taille des particules minérales intégrées dans la thèque xénosomique de Bullinularia indica est similaire à celle des particules minérales transportées dans l'atmosphère; (2) les particules minérales intégrées dans les thèques sont des silicates stables dans les conditions physico-chimiques régnant dans les tourbières, les bryophytes et les sols étudiés; (3) certains minéraux comme la phlogopite, même lorsqu’ils sont présents en de fortes concentrations, ne sont jamais intégrés par les amibes; (4) la combinaison des observations portant sur la taille, la forme et la nature des particules utilisées par des amibes xénosomiques permet de poser les bases de l'utilisation des amibes à thèques pour la bio-indication de la diversité particulaire atmosphérique récente ou ancienne. / Theca-like amoebae, also called thecaamoebius, are unicellular microorganisms, which construct a rigid envelope called theca (Adl et al., 2012). These themes have very varied sizes, shapes and natures (Ogden & Hedley, 1980). Recent studies on the composition of the themes have led to the hypothesis that xenosomal amoebae (constituted by exogenous particles) can constitute relevant bio-indicators of the particulate diversity of the mineral, organic and biological environment in which they evolve . The main objective of the research carried out during this thesis is therefore to characterize the composition of the xenosomal amoebae and to evaluate their potential use as bioindicators of deposits of atmospheric particles. For this purpose, amoeba theae were analyzed in situ under natural conditions and after artificial deposits of allochtonous mineral particles. Several major conclusions can be drawn from this work: (1) The size of the mineral particles integrated in the xenosomal theca of Bullinularia indica Is similar to that of mineral particles transported into the atmosphere; (2) the mineral particles integrated into the thecs are stable silicates under the physico-chemical conditions prevailing in the peatlands, bryophytes and soils studied; (3) some minerals such as phlogopite, even when present in high concentrations, are never integrated by amoebae; (4) the combination of observations on the size, shape and nature of the particles used by xenosomic amoebae forms the basis for the use of tea amoeba for bioindication of recent or former atmospheric particulate diversity .

Cette thèse présente nouveaux organismes trouvés dans d'échantillons d'eaux usées proviennent la zone sud de Jeddah, en Arabie Saoudite. Legionella saoudiensis, Kaumoebavirus, moumouvirus saoudien (SDMV), Yasminevirus et Bunga messiliensis qui sont isolés par une méthode de co-culture amibienne d'infection par Dictyostelium discoideum ATCC 44841, Vermamoeba vermiformis CDC-19, Acanthamoeba polyphaga Linc AP-1 , et Acanthamoeba griffinii, respectivement. Legionella saoudiensis, une souche bactérienne Gram-négative, en forme de bacille, LS-1T appartient au genre Legionella de la famille des Legionellaceae, basée sur des séquences de gène 16S rRNA et d'autres 4 gènes (mip, rpoB, rnpB et 23S-5S). D'une part, le KAUmoebavirus a des capsides icosaédriques de ~ 250 nm-large, un génome d'ADN de 350 731 pb, et une densité de codage de 86%, correspondant à 465 gènes. La plupart de ces gènes (59%) sont étroitement liés aux gènes de Faustoviruses (43%) et Asfarviruses (23%). D'autre part, le moumouvirus saoudien est un nouveau virus géant appartenant à la lignée Mimivirus B, de l'hôpital universitaire King Abdulaziz à Djeddah, et a présenté des particules icosaédriques de 500 nm avec un génome de 1 046 087 pb, plus grand que les génomes moumouvirus qui ont été décrites dans le passé. Il a été prédit que son génome code pour 868 ORF, dont la taille varie de 54 à 2 914 acides aminés. En outre, il code pour 40 nouveaux gènes (ORFans) sans similitude avec d'autres séquences. Ces résultats montrent que la dispositiond’une carte élargie des protistes conduit à découvrir de nouveaux virus géants. / This thesis displays novel organisms that are found in sewage water samples from southern area of Jeddah, Saudi Arabia. These organisms are Legionella saoudiensis, Kaumoebavirus, Saudi moumouvirus (SDMV), Yasminevirus, and Bung messiliensis that are isolated by amoebal co-culture method of infection with Dictyostelium discoideum ATCC 44841, Vermamoeba vermiformis CDC-19, Acanthamoeba polyphaga Linc AP-1, and Acanthamoeba griffinii, respectively. Legionella saoudiensis, a Gram-negative, bacilli shaped bacterial strain, LS-1T belongs to the genus Legionella in the family Legionellaceae based on 16S rRNA gene sequences and other 4 genes (mip, rpoB, rnpB, and 23S-5S). On one hand, KAUmoebavirus has ~250-nm-large icosahedral capsids, a 350,731 bp DNA genome, and a coding density of 86%, corresponding to 465 genes. Most of these genes (59%) are closely related to genes from Faustoviruses (43%) and Asfarviruses (23%). On the other hand, Saudi moumouvirus is a new giant virus belonging to Mimivirus lineage B, from the King Abdulaziz University hospital in Jeddah, and presented 500 nm icosahedral particles with a 1,046,087 bp genome, which is larger than moumouvirus-like genomes which have been described in the past. Its genome was predicted to encode 868 ORFs, ranging in size from 54 to 2,914 amino acids. Furthermore, this genome was predicted to encode 40 new genes (ORFans) without similarity with other sequences. These findings show that the widen chart of protists apply lead to discover new giant viruses.

Les amibes libres sont des protozoaires retrouvés dans de nombreux environnements où ils ingèrent par phagocytose des bactéries, des champignons, des virus ou d'autres protozoaires. Le modèle d'étude principal de cette thèse, divisée en deux grandes parties, a été Acanthamoeba castellanii. La première partie de la thèse a concerné l'étude de la préférence trophique des amibes, en présence de différents micro-organismes. Parmi ceux-ci, deux bactéries, Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus, se sont montrées les plus attractives pour les protozoaires étudiés. Des extraits bactériens ont été fractionnés et leur étude a permis de mettre en évidence la nature protéique des composés chimioattractifs impliqués dans ce dialogue intergenre. Certaines données de la littérature ont rapporté les similitudes entre A. castellanii et d'autres cellules phagocytaires que sont les macrophages. La seconde partie de la thèse a permis de comparer les activités de phagocytose d'A. castellanii et de la lignée macrophagique Thp-1 vis-à-vis de quatre micro-organismes : le champignon filamenteux Aspergillus fumigatus, les bactéries Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus, et un Adénovirus sérotype B3. L'influence des deux types de cellules phagocytaires sur la croissance des micro-organismes a également été étudiée. Ces travaux ont permis de mettre en évidence des différences de comportements des amibes libres par rapport aux macrophages vis-à-vis de micro-organismes pathogènes, montrant qu'il n'est pas toujours possible d'extrapoler les résultats d'études amibes libres/micro-organismes aux relations macrophages/micro-organismes. / Free living amoebae (FLA) are protoza found in various environments where they can feed by phagocytosis on bacteria, fungi, viruses or other protozoa. Acanthamoebae castellanii was used as the main model in this thesis, divided in two parts. The first part of the thesis relied on the trophic preference of amoebae, in presence of different microorganisms. Amongst them, two bacteria, Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus, appeared as the most attractive for the studied protozoa. Bacterial extracts have been fractionned and their study has shown the protein nature of the chemoattractants involved in this interspecies crosstalk.Literature data have reported similarities between A. castellanii and other phagocytic cells such as macrophages. The second part of the thesis allowed us to compare phagocytic activities of A. castellanii and Thp-1 macrophagic cells towards four microorganisms: the filamentous fungus Aspergillus fumigatus, the bacteria Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus and an Adenovirus B3 serotype. The influence of the two phagocytic cells on the microorganisms' growth has also been investigated. This has evidenced the behavior differences between FLA and macrophages towards pathogenic microorganisms, showing that results obtained by studying amoebae and microorganisms relationships could not be extrapolated in all cases to the relationships between macrophages and microorganisms.

Dans l'objectif d'anticiper et de réduire la prolifération de l'amibe pathogène Naegleria fowleri dans les circuits de refroidissement de certaines centrales électriques, notre travail vise à mieux comprendre l'écologie de cette amibe dans des environnements complexes tels que les biofilms d'eau douce récemment reconnus comme niche écologique préférentielle des amibes libres. Des essais de laboratoire ont été réalisés pour déterminer l'impact des facteurs environnementaux naturels et anthropiques: température, nature du matériau support de la formation du biofilm, charge nutritionnelle et monochloramination sur le comportement et le devenir de Naegleria fowleri dans le biofilm. Ces travaux ont permis de démontrer que la survie, l'implantation, la croissance, le maintien et le déclin de Naegleria fowleri dans les biofilms sont principalement gouvernés par la concomitance des facteurs température et ressource nutritive. Les autres facteurs: nature du matériau, désinfection à la monochloramine et compétition amibienne, se présentent plutôt comme des paramètres de perturbation ou d'inhibition de cette dynamique. Par ailleurs, les résultats obtenus sur la colonisation du biofilm par les amibes confortent le rôle prépondérant de cet habitat comme réservoir naturel des amibes libres et Naegleria fowleri / This study is aiming at preventing and reducing the proliferation of the pathogenic free-living amoeba Naegleria fowleri in several power plant cooling circuits. This work contributes to provide a better understanding of the ecology of this amoeba in complex environments such as freshwater biofilms, which recently has been recognized as privileged ecological niche for free-living amoebae. Laboratory tests were conducted to determine the impact of environmental factors such as temperature, type of support material for the biofilm formation, nutritional resources and monochloramination treatment on the behavior and the fate of Naegleria fowleri in the biofilm. This work has demonstrated that the survival, implantation, maintain, growth and decline of Naegleria fowleri in biofilms are mainly governed by a combination of the temperature and nutritional resource factors. The other factors: type of support material, monochloramination treatment, and amoebic competition, appeared rather as disruptive or inhibitory parameters of this dynamic. Moreover, the obtained results for the amoebic colonization of the biofilm matrix confirm the crucial role of this habitat as natural reservoir for free-living amoebae and Naegleria fowleri

<p>Докторска дисертација представља таксономску студију тестатних амеба Источне&nbsp; Херцеговине&nbsp; базирану&nbsp; искључиво&nbsp; на&nbsp; резултатима&nbsp; сопствених истраживања с обзиром да на овом подручју тестатне амебе до сада нису проучаване,&nbsp; те&nbsp; не&nbsp; постоје&nbsp; историјске&nbsp; музејске&nbsp; колекције.&nbsp; На&nbsp; подручју Источне Херцеговине регистровано је 40 врста тестатних амеба које су сврстане у 10 фамилија и један род без јасног места у класификационом систему.&nbsp; Сви&nbsp; регистровани&nbsp; таксони&nbsp; тестатних&nbsp; амеба&nbsp; су&nbsp; нови&nbsp; за&nbsp; фауну Босне и Херцеговине. Укупно је анализирано 24.549 јединки, од чега су 23.242&nbsp; јединке&nbsp; припадале&nbsp; групи&nbsp; тестатних&nbsp; амеба&nbsp; са&nbsp; лобоподијама (супергрупа&nbsp; Amoebozoa),&nbsp; а&nbsp; 1307&nbsp; јединки&nbsp; је&nbsp; припадало&nbsp; групи&nbsp; тестатних амеба са филоподијама (супергрупа Cercozoa). Најзначајнији резултат ове дисертације&nbsp; је&nbsp; опис&nbsp; пет&nbsp; нових&nbsp; врста&nbsp; за&nbsp; науку&nbsp; које&nbsp; припадају&nbsp; родовима<br />Centropyxis, Heleopera и Nebela. Морфотип означен као C.&nbsp; cf.&nbsp; aerophila&nbsp; се од врсте&nbsp; C. aerophila&nbsp; разликује по томе што се на крају љуштурице не налази пар крупних честица кварца,а и љуштурица је нешто дужа (46‒81 &mu;m код врсте C. aerophila према 67‒ 88 &mu;m код врсте C. cf. aerophila). Морфотип означен као C. cf. platystoma значајно се пре свега морфолошки разликује од врсте&nbsp; C. platystoma, те је закључено да се ради о неописаној врсти.У оквиру рода Heleopera описан је нови морфотип сличан врсти H. rosea који&nbsp; представља&nbsp; нову&nbsp; врсту&nbsp; за&nbsp; науку.&nbsp; Морфометријске&nbsp; разлике&nbsp; су релативне, тј. нису строго дискриминаторне, те се морају комбиновати са морфолошким&nbsp; разликама&nbsp; које&nbsp; су&nbsp; такође&nbsp; тешко&nbsp; yочљиве.&nbsp; Наиме,&nbsp; поред разлике&nbsp; у&nbsp; боји&nbsp; љуштурице,&nbsp; најбољи&nbsp; дискриминаторни&nbsp; морфолошки карактер&nbsp; је&nbsp; општи&nbsp; облик&nbsp; љуштурице.&nbsp; Љуштурице&nbsp; врсте&nbsp; H.&nbsp; rosea&nbsp; су робусног&nbsp; облика,&nbsp; док&nbsp; су&nbsp; љуштурице&nbsp; врсте&nbsp; Heleopera&nbsp; cf.&nbsp; rosea&nbsp; знатно елегантније&nbsp; ‒&nbsp; уже&nbsp; су&nbsp; и&nbsp; имају&nbsp; облије&nbsp; ивице.&nbsp; Највеће&nbsp; морфометријске разлике&nbsp; у&nbsp; индексним&nbsp; карактерима&nbsp; су&nbsp; забележене&nbsp; за&nbsp; однос&nbsp; ширине&nbsp; и дужине љуштурице и однос ширине апертуре и ширине љуштурице.Морфотип&nbsp; Nebela&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; се од&nbsp; врсте&nbsp; N. collaris&nbsp; јасно разликује&nbsp; пре свега&nbsp; морфолошки&nbsp; и&nbsp; еколошки,&nbsp; а&nbsp; морфометријски&nbsp; веома&nbsp; мало.&nbsp; Наиме, најважнија морфолошка одлика која морфотип&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; раздваја од врсте&nbsp; N.&nbsp; collaris&nbsp; су&nbsp; таласасте&nbsp; ивице&nbsp; љуштурице,&nbsp; а&nbsp; еколошка&nbsp; разлика&nbsp; се јавља&nbsp; у&nbsp; смислу&nbsp; да&nbsp; врста&nbsp; N.&nbsp; collaris&nbsp; насељава&nbsp; зелене&nbsp; маховине&nbsp; док морфотип N. cf. collaris&nbsp; насељава сфагнумске маховине. Морфотип N. cf. tincta&nbsp; var. major&nbsp; се од морфотипа N.&nbsp; cf. collaris&nbsp; разликује пре свега по јасно израженом сужењу у делу близу апертуре, тј. израженом врату. Такође, морфотип N. cf. tincta var. major никада нема таласасте ивице љуштурице,док&nbsp; се&nbsp; код&nbsp; јединки&nbsp; морфотипа&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; ова&nbsp; карактеристика&nbsp; често јасно уочава.</p> / <p>Doktorska disertacija predstavlja taksonomsku studiju testatnih ameba Istočne&nbsp; Hercegovine&nbsp; baziranu&nbsp; isključivo&nbsp; na&nbsp; rezultatima&nbsp; sopstvenih istraživanja s obzirom da na ovom području testatne amebe do sada nisu proučavane,&nbsp; te&nbsp; ne&nbsp; postoje&nbsp; istorijske&nbsp; muzejske&nbsp; kolekcije.&nbsp; Na&nbsp; području Istočne Hercegovine registrovano je 40 vrsta testatnih ameba koje su svrstane u 10 familija i jedan rod bez jasnog mesta u klasifikacionom sistemu.&nbsp; Svi&nbsp; registrovani&nbsp; taksoni&nbsp; testatnih&nbsp; ameba&nbsp; su&nbsp; novi&nbsp; za&nbsp; faunu Bosne i Hercegovine. Ukupno je analizirano 24.549 jedinki, od čega su 23.242&nbsp; jedinke&nbsp; pripadale&nbsp; grupi&nbsp; testatnih&nbsp; ameba&nbsp; sa&nbsp; lobopodijama (supergrupa&nbsp; Amoebozoa),&nbsp; a&nbsp; 1307&nbsp; jedinki&nbsp; je&nbsp; pripadalo&nbsp; grupi&nbsp; testatnih ameba sa filopodijama (supergrupa Cercozoa). Najznačajniji rezultat ove disertacije&nbsp; je&nbsp; opis&nbsp; pet&nbsp; novih&nbsp; vrsta&nbsp; za&nbsp; nauku&nbsp; koje&nbsp; pripadaju&nbsp; rodovima<br />Centropyxis, Heleopera i Nebela. Morfotip označen kao C.&nbsp; cf.&nbsp; aerophila&nbsp; se od vrste&nbsp; C. aerophila&nbsp; razlikuje po tome što se na kraju ljušturice ne nalazi par krupnih čestica kvarca,a i ljušturica je nešto duža (46‒81 &mu;m kod vrste C. aerophila prema 67‒ 88 &mu;m kod vrste C. cf. aerophila). Morfotip označen kao C. cf. platystoma značajno se pre svega morfološki razlikuje od vrste&nbsp; C. platystoma, te je zaključeno da se radi o neopisanoj vrsti.U okviru roda Heleopera opisan je novi morfotip sličan vrsti H. rosea koji&nbsp; predstavlja&nbsp; novu&nbsp; vrstu&nbsp; za&nbsp; nauku.&nbsp; Morfometrijske&nbsp; razlike&nbsp; su relativne, tj. nisu strogo diskriminatorne, te se moraju kombinovati sa morfološkim&nbsp; razlikama&nbsp; koje&nbsp; su&nbsp; takođe&nbsp; teško&nbsp; yočljive.&nbsp; Naime,&nbsp; pored razlike&nbsp; u&nbsp; boji&nbsp; ljušturice,&nbsp; najbolji&nbsp; diskriminatorni&nbsp; morfološki karakter&nbsp; je&nbsp; opšti&nbsp; oblik&nbsp; ljušturice.&nbsp; LJušturice&nbsp; vrste&nbsp; H.&nbsp; rosea&nbsp; su robusnog&nbsp; oblika,&nbsp; dok&nbsp; su&nbsp; ljušturice&nbsp; vrste&nbsp; Heleopera&nbsp; cf.&nbsp; rosea&nbsp; znatno elegantnije&nbsp; ‒&nbsp; uže&nbsp; su&nbsp; i&nbsp; imaju&nbsp; oblije&nbsp; ivice.&nbsp; Najveće&nbsp; morfometrijske razlike&nbsp; u&nbsp; indeksnim&nbsp; karakterima&nbsp; su&nbsp; zabeležene&nbsp; za&nbsp; odnos&nbsp; širine&nbsp; i dužine ljušturice i odnos širine aperture i širine ljušturice.Morfotip&nbsp; Nebela&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; se od&nbsp; vrste&nbsp; N. collaris&nbsp; jasno razlikuje&nbsp; pre svega&nbsp; morfološki&nbsp; i&nbsp; ekološki,&nbsp; a&nbsp; morfometrijski&nbsp; veoma&nbsp; malo.&nbsp; Naime, najvažnija morfološka odlika koja morfotip&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; razdvaja od vrste&nbsp; N.&nbsp; collaris&nbsp; su&nbsp; talasaste&nbsp; ivice&nbsp; ljušturice,&nbsp; a&nbsp; ekološka&nbsp; razlika&nbsp; se javlja&nbsp; u&nbsp; smislu&nbsp; da&nbsp; vrsta&nbsp; N.&nbsp; collaris&nbsp; naseljava&nbsp; zelene&nbsp; mahovine&nbsp; dok morfotip N. cf. collaris&nbsp; naseljava sfagnumske mahovine. Morfotip N. cf. tincta&nbsp; var. major&nbsp; se od morfotipa N.&nbsp; cf. collaris&nbsp; razlikuje pre svega po jasno izraženom suženju u delu blizu aperture, tj. izraženom vratu. Takođe, morfotip N. cf. tincta var. major nikada nema talasaste ivice ljušturice,dok&nbsp; se&nbsp; kod&nbsp; jedinki&nbsp; morfotipa&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; ova&nbsp; karakteristika&nbsp; često jasno uočava.</p> / <p>The&nbsp; PhD&nbsp; thesis&nbsp; is&nbsp; a&nbsp; taxonomic&nbsp; study&nbsp; of&nbsp; testate&nbsp; amoebae&nbsp; from&nbsp; East Herzegovina based exclusively on the results of our own research, given that testate amoebae have not been studied in this region so far, and there are no historical museum collections. In the region&nbsp; of East Herzegovina,40 testate amoeba species have been registered, which are classified into 10&nbsp; families&nbsp; and&nbsp; one&nbsp; genus&nbsp; without&nbsp; a&nbsp; clear&nbsp; place&nbsp; in&nbsp; the&nbsp; classification system. All registered testate amoeba taxa are new to the fauna of Bosnia and Herzegovina.&nbsp; A total of 24,549 individuals belonged to the group of testate&nbsp; amoebae&nbsp; with&nbsp; lobopodia&nbsp; (supergroup&nbsp; Amoebozoa),&nbsp; and&nbsp; 1307 individuals&nbsp; belonged&nbsp; to&nbsp; the&nbsp; group&nbsp; of&nbsp; testate&nbsp; amoebae&nbsp; with&nbsp; filopodia (supergroup Cercozoa). The most significant results of this PhD thesis are the descriptions of five new species for science belonging to the genera Centropyxis, Heleopera, and Nebela. The morphotype&nbsp; Centropyxis&nbsp; cf.&nbsp; aerophila&nbsp; differs from&nbsp; C. aerophila&nbsp; in that&nbsp; there&nbsp; is&nbsp; no&nbsp; large&nbsp; quartz&nbsp; particles&nbsp; at&nbsp; the&nbsp; shell&nbsp; end,&nbsp; and&nbsp; the&nbsp; shell&nbsp;&nbsp; is slightly&nbsp; longer&nbsp; (46‒81&nbsp; &mu;m&nbsp; in&nbsp; C.&nbsp; aerophila&nbsp; versus&nbsp; 67‒88&nbsp; &mu;m&nbsp; in&nbsp; C.&nbsp; cf. aerophila).&nbsp; The&nbsp; morphotype&nbsp; C.&nbsp; cf.&nbsp; platystoma&nbsp; differs&nbsp; significantly morphologically&nbsp; from&nbsp; C.&nbsp; platystoma,&nbsp; so&nbsp; it&nbsp; was&nbsp; concluded&nbsp; that&nbsp; it&nbsp; is&nbsp; an undescribed species. Within the genus&nbsp; Heleopera&nbsp; a new &nbsp; morphotype similar to&nbsp; H. rosea&nbsp; has been&nbsp; described,&nbsp; representing&nbsp; a&nbsp; new&nbsp; species&nbsp; for&nbsp; science.&nbsp; Morphometric differences are relative, i.e. they are not strictly discriminatory, and must be combined with morphological differences that are difficult to detect. Namely, in addition to the difference in the color of the shell, the best discriminatory morphological character is the general shell shape. Shells of&nbsp; H. rosea&nbsp; are red and robust in shape, while shells of&nbsp; H.&nbsp; cf. rosea&nbsp; are volet and much more&nbsp; elegant ‒&nbsp; they are narrower and have rounded edges. The&nbsp; largest&nbsp; morphometric&nbsp; differences&nbsp; in&nbsp; the&nbsp; index&nbsp; characters&nbsp; were observed for shell width/shell length ratio and aperture width/shell width ratio. The&nbsp; morphotype&nbsp; Nebela&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; clearly&nbsp; differs&nbsp; from&nbsp; N.&nbsp; collaris primarily&nbsp; morphologically&nbsp; and&nbsp; ecologically,&nbsp; but&nbsp; morphometrically&nbsp; very little.&nbsp; Namely,&nbsp; the&nbsp; most&nbsp; important&nbsp; morphological&nbsp; character&nbsp; that&nbsp; N.&nbsp; cf. collaris separates from N. collaris are the wavy edges of the shell, and the&nbsp; ecological difference occurs in the sense that&nbsp; N. collaris&nbsp; inhabits green mosses while &nbsp; N. cf. collaris inhabits Sphagnum mosses. The morphotype N.&nbsp; cf.&nbsp; tincta&nbsp; var.&nbsp; major&nbsp; from&nbsp; the&nbsp; morphotype&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; differs primarily by a clearly pronounced narrowing in the part near the aperture, i.e. pronounced neck. Also, the morphotype N. &nbsp; cf. tincta var. major never has a wavy edge of the shell, while in&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; this feature is often clearly observed.</p>