Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-29Bitstream added on 2014-06-13T20:56:14Z : No. of bitstreams: 1 santos_cal_me_arafcf_parcial.pdf: 117464 bytes, checksum: 13283cebdcbc3d9085c0801450c381fd (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A maioria dos casos de fraturas ósseas é utilizada nas cirurgias, implantes ortopédicos de osteossíntese (placa-parafuso e parafusos) confeccionados em aço inoxidável austeníticos, devido à sua baixa relação custo-benefício. As infecções associadas aos implantes de osteossintese estão relacionadas com o crescimento de microrganismos em biofilmes, resultando em um processo infeccioso de difícil erradicação. O objetivo do estudo foi identificar os microrganismos recuperados do conjunto metálico placaparafuso e parafusos após remoção cirúrgica, avaliar a capacidade de aderência dos microrganismos, verificar a viabilidade celular, caracterizar genotipicamente os isolados Gram-positivos e detectar a resistência aos antimicrobianos. Os conjuntos placa-parafuso e parafusos de aço inoxidável austenítico ASTM F138/F139 e ISO NBR 5832-1/9 foram transportados em bolsa de polietileno para o Laboratório de Microbiologia Clínica. Os implantes foram lavados em solução tampão fosfato-salino, armazenados em bolsa contendo solução Ringer e submetidos ao banho ultrassônico em freqüência de 40±2 kHz por 5 minutos. O fluido sonicado foi transferido para tubos Falcon e centrifugado a 3.000g durante 20 minutos. O sedimento foi resuspendido em nova solução Ringer, homogeneizado por vortex e 10μL semeados em ágar Sangue de carneiro 5%, MacConkey e Sabouraud. Os meios foram incubados em diferentes condições de temperatura por 7 a 14 dias para recuperação de microrganismos. O perfil de resistência dos isolados foi obtido de acordo com CLSI 2011. Para análise da viabilidade celular foi utilizado o kit Live/Dead e microscópio de fluorescência... / The majority of cases of bone fractures is used in surgery, internal fixation of orthopedic implants (screw-plate and screws) manufactured in austenitic stainless steel due to its low cost-benefit. Infections associated with implant fixation are related to the growth of microorganisms in biofilms, resulting in an infection difficult to eradicate. The objective of study was to identify the microorganisms recovered from the set screwplate and screws metallic after surgical removal, evaluate the capacity of adherence of microorganisms, check the cell viability and characterize the isolates genotypically Gram-positive and detect antimicrobial resistance. The sets screw-plate and screws of austenitic stainless steel ASTM F138/F139 and ISO NBR 5832-1/9 were transported in polyethylene bag to the Laboratory of Clinical Microbiology. The implants were washed in phosphate buffered saline solution, stored in bags containing Ringer's solution and submitted to ultrasonic bath at a frequency of 40 kHz ± 2 for 5 minutes. The sonicate fluid was transferred to falcon tubes and centrifuged at 3.000g for 20 minutes The new sediment was re-suspended in Ringer's solution, homogenized by vortex and 10μL seeded agar 5% sheep blood, MacConkey and Sabouraud. The media were incubated at different temperatures for up to 7 days for growth of CFU mL-1. The resistance profile of the isolates was obtained according to CLSI 2011. For analysis of cell viability kit was used for Live/Dead and fluorescence microscope. After microbiological analysis the isolation was observed in some samples of polymicrobial implants. The data obtained showed that bacteria were the most isolated coagulase-negative... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:49:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:00:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 09992.pdf: 4690836 bytes, checksum: 0c8fe8bfd81500f9e75841feace3eaa7 (MD5) / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:49:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:00:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 09999.pdf: 3180052 bytes, checksum: d81b6ae3a2be068f0f996c5912f80e5b (MD5) / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

A utilização de sequências do DNA mitocondrial (mtDNA) como marcadores moleculares na investigação da diversidade genética e evolução é muito difundida, auxiliando na realização de inferências em inúmeros trabalhos. Apesar de sua inegável importância, a utilização dessas sequências como marcadores moleculares suscita algumas questões. A heteroplasmia, por exemplo, é reconhecida como um desafio na utilização de sequências do mtDNA. Este estado ocorre quando um organismo apresenta diferentes haplótipos mitocondriais. Em um trabalho anterior, foram encontrados indícios que sugeriam a presença de heteroplasmia na espécie de abelha Bombus morio. O trabalho atual investigou de forma mais detalhada a presença de heteroplasmia nessa espécie, assim como fatores que podem influenciar na identificação desse estado. Os resultados obtidos confirmaram a existência de heteroplasmia nessa espécie, e identificaram que alguns haplótipos heteroplásmicos foram compartilhados entre indivíduos de localidades distintas. Esses haplótipos heteroplásmicos compartilhados sugerem a existência de heteroplasmia estável em B. morio, o que pode influenciar inferências evolutivas, e em especial, os estudos populacionais. Também foi detectada a presença de NUMTs, pseudogenes nucleares resultantes da transferência de sequências do mtDNA para o genoma nuclear. Esses NUMTs apresentaram grande divergência de sequência em relação aos haplótipos mitocondriais, o que poderia afetar análises filogenéticas e populacionais, além da identificação de espécies por meio do DNA barcoding. Ainda, erros de amplificação podem ser falsamente interpretados como variação intraindividual do DNA mitocondrial (mtDNA), superestimando o número de haplótipos, principalmente quando polimerases de baixa fidelidade são utilizadas. Por fim, os resultados observados neste trabalho sugerem que a utilização de sequências do mtDNA deve ser utilizada de forma cautelosa, e indícios de heteroplasmia, como a presença de picos duplos, não devem ser ignorados. Quando essas evidências são observadas investigações mais detalhadas devem ser aplicadas, a fim de aferir qual a sua origem, e, no caso da heteroplasmia ser confirmada, quais as possíveis consequências produzidas pela presença desse estado / The mitochondrial DNA sequences (mtDNA) have been widely applied as molecular markers in the investigation of genetic diversity and evolution. Despite its undeniable importance, the use of these sequences as molecular markers may present some drawbacks. Heteroplasmy, for example, is recognized as a challenge. This state occurs when an individual has different mitochondrial haplotypes. In a previous work, evidences suggesting the presence of heteroplasmy in the bumblebee Bombus morio were verified. The present work investigated in more detail the presence of heteroplasmy in this species, as well as factors that may influence the identification of this state. The results confirmed the existence of heteroplasmy in this species, and identified that some heteroplasmic haplotypes were shared between individuals from different locations. These shared heteroplasmic haplotypes suggest the existence of stable heteroplasmy in B. morio, which may interfere in evolutionary inferences, especially in population studies. NUMTs, nuclear pseudogenes resulting from the transfer of mtDNA sequences to the nuclear genome, were also detected. These NUMTs showed great sequence divergence from mitochondrial haplotypes, which could affect phylogenetic and population analyzes, as well as species identification through DNA barcoding. In addition, it was observed that amplification errors might be misinterpreted as mtDNA intraindividual variation and overestimates the number of intraindividual haplotypes, especially when low fidelity polymerases are used. Finally, the results observed in this study suggest that the use of mtDNA sequences should be used carefully, and evidences of heteroplasmy, such as the presence of double peaks, should not be ignored. Additional investigations should be applied in case of heteroplasmy evidences to ascertain your source and the consequences of the presence of this state

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-04-08T12:53:20Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Nathália Leite.pdf: 1163803 bytes, checksum: ed3fcb6e6b34f0c3e3452518a29c3263 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-08T12:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Nathália Leite.pdf: 1163803 bytes, checksum: ed3fcb6e6b34f0c3e3452518a29c3263 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / CNPq / O presente estudo foi realizado com os objetivos de identificar acessos de feijão-caupi tolerantes ao caruncho (C. maculatus) e caracterizar esses acessos a nível molecular, em conjunto a acessos de V. unguiculata ssp. cylindrica e V. radiata, por meio de marcadores DAF (DNA Amplification Fingerprinting) e ISSR (Inter Simple Sequence Repeat), visando identificar parentais promissores para futuros trabalhos de melhoramento, bem como para mapeamento, pela associação com o nível de resposta ao caruncho. Para identificação da tolerância ao caruncho em feijão-caupi, 27 acessos foram avaliados em ensaios de laboratório, utilizando-se o Delineamento Experimental Inteiramente Casualizado. Para cada acesso, uma amostra com 30 grãos de feijão-caupi foi infestada com cinco casais de caruncho com até 24 h de idade, sendo os resultados obtidos submetidos à análise estatística e suas médias comparadas pelo teste de Tukey a 5% de probabilidade. Para as duas variáveis estudadas, o acesso INHUMA comportou-se como suscetível, enquanto os acessos PATATIVA e MNC99-537F-4 apresentaram-se tolerantes para ambas as variáveis. Os demais acessos testados apresentaram comportamento intermediário, o que não os diferencia em relação à INHUMA, PATATIVA e MNC99-537F-4. Na caracterização molecular dos acessos, 25 primers geraram um total de 239 amplicons, dos quais 163 foram polimórficos. Os fragmentos amplificados foram incluídos em uma matriz de dados para análise pelo método de Neighbor-Joining. No fenograma obtido, V. radiata e V. unguiculata ssp. cylindrica assumiram uma posição basal isolada dos subgrupos formados, enquanto que os acessos de V. unguiculata subdividiram-se em dois grupos, nos quais os acessos contrastantes quanto à tolerância ao caruncho se distribuíram em subgrupos distintos, o que evidencia a existência de diferenças genéticas significativas entre alguns candidatos. Nesse sentido, os resultados obtidos demonstraram que os ensaios de tolerância ao caruncho associados à aplicação de marcadores moleculares foram capazes de identificar genótipos contrastantes de feijão-caupi promissores para aplicação em trabalhos de melhoramento vegetal, bem como para a geração de populações segregantes adequadas ao mapeamento genético.

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:46:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T13:56:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 08350.pdf: 7511291 bytes, checksum: 18b3142f54961c0556b2d92490449a3a (MD5) / Tese (Doutoramento) / IPEN/T / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:49:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:00:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 09992.pdf: 4690836 bytes, checksum: 0c8fe8bfd81500f9e75841feace3eaa7 (MD5) / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:49:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:00:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 09999.pdf: 3180052 bytes, checksum: d81b6ae3a2be068f0f996c5912f80e5b (MD5) / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-08T15:19:29Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-08T15:37:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-08T15:37:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Microsatellite markers are widely used to assess the genetic variability in natural populations. These markers can be developed from derived Expressed sequence tag (ESTs) or genomic libraries. A feasible and economical alternative for obtaining of these markers for species that do not already have them is the transferability from primers designed for species evolutionarily close. The species Pterodon emarginatus Vogel (sucupira) belongs to the Fabaceae family and shows great potential for use timber and medicinal, which makes them a target of exploitation. Thus, studies that contribute to their use and conservation are needed, including the genetic population. Therefore, the aim of this study was to evaluate the potential for cross-amplification primers developed for the species Phaseolus vulgaris to P. emarginatus and to analyze the polymorphism of the loci transferred from multiplex genotyping in three populations of this species. For this, were evaluated 539 primers developed for Phaseolus vulgaris, with 345 derived from ESTs libraries and 194 genomics. Amplification tests were performed using three individuals, while the assessment initial of the polymorphism with eight. Finally, genetic diversity parameters were estimated using 88 plants from three natural populations of P. emarginatus. Primers that showed amplification products visualized on agarose gel were then evaluated in 6% acrylamide gel stained with silver nitrate. Polymorphic loci were synthesized with fluorescence for evaluation and genotyping by capillary electrophoresis in ABI3500 automatic DNA analyzer. The loci were transferred to P. emarginatus 23 (4 %) being 7 polymorphic. Polymorphic, 6 electropherograms profiles. These 6 loci were evaluated in populations along with three polymorphic genomic loci previously standardized sucupira, totaling nine loci suitable for genotyping. It was possible to develop two multiplex systems, a compound of 5primers and another for 4. The number of alleles per locus ranged from two to 13, with an average of five alleles per loci. The mean values of He and Ho for both populations were 0,563 and 0,463 respectively. The value of f was not significant for the total population and equal to 0,144. The values FIT and FST were significant and equal to 0,06 and 0,195 respectively. Microsatellite markers transferred and polymorphic for P. emarginatus showed polymorphism and can be used in studies genetic population more depth to the species. / Os marcadores microssatélites são amplamente utilizados para acessar a variabilidade genética em populações naturais. Estes marcadores podem ser desenvolvidos a partir de bibliotecas derivadas de Sequências Expressas Transcritas (ESTs) ou genômicas. Uma alternativa possível e econômica para a obtenção destes marcadores para espécies que ainda não os possuem, é a transferibilidade a partir de primers desenhados para espécies evolutivamente próximas. A espécie Pterodon emarginatus Vogel (sucupira) pertence à família Fabaceae e apresenta grande potencial de uso medicinal e madeireiro, o que faz dela alvo da exploração extrativista. Assim, estudos que contribuam com o seu melhor uso e conservação são necessários, dentre eles os genético-populacionais. Diante disso, o objetivo deste estudo foi avaliar o potencial de amplificação cruzada de primers desenvolvidos para a espécie Phaseolus vulgaris para P. emarginatus e analisar o polimorfismo dos locos transferidos a partir de sistema multiplex de genotipagem em três populações desta espécie. Para tanto, foram avaliados 539 primers desenvolvidos para Phaseolus vulgaris, sendo 345 derivados de bibliotecas de ESTs e 194 genômicos. Os testes de amplificação foram realizados utilizando três indivíduos, enquanto a avaliação inicial do polimorfismo com oito. Por fim, os parâmetros genéticos de diversidade foram estimados utilizando 88 plantas, provenientes de três populações naturais de P. emarginatus. Os primers que apresentaram produtos de amplificação visualizados em gel de agarose foram, posteriormente, avaliados em gel de acrilamida 6% corado com nitrato de prata. Os locos polimórficos foram sintetizados com fluorescência para a avaliação e genotipagem via eletroforese capilar, no analisador automático de DNA ABI3500. Os locos transferidos para P. emarginatus foram 23 (4%) sendo 7 polimórficos. Dos polimórficos, 6 apresentaram bons perfis de eletroferogramas. Estes 6 locos foram avaliados nas populações juntamente com três locos genômicos polimórficos previamente padronizados para sucupira, totalizando nove locos adequados para genotipagem. Foi possível o desenvolvimento de dois sistemas multiplex, um composto de 5 primers e outro por 4. O número de alelos por loco variou de dois a 13, com uma média de cinco alelos por loco. Os valores médios de He e Ho para o conjunto das populações foram de 0,563 e 0,463 respectivamente. O valor de f não foi significativo para o total das populações e igual a 0,144. Os valores de FST e FIT foram significativos e iguais a 0,06 e 0,195 respectivamente. Os marcadores microssatélites transferidos e polimórficos para P. emarginatus apresentaram bom polimorfismo e podem ser utilizados em estudos genético-populacionais mais aprofundados com a espécie.

Os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) por serem considerados os marcadores moleculares ideais, têm se tornado o suporte principal nas análises genômicas em diferentes organismos. Neste estudo, as freqüências alélicas de seis locos microssatélites desenvolvidos para Sus scrofa domestica (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 e TNFB) foram estimadas em duas espécies de Suiformes, Sus scrofa sp e Tayassu pecari. Foi utilizada uma amostra representativa de 99 indivíduos (85% de T. pecari e 15% de S. scrofa sp). Os marcadores foram altamente variáveis, mostrando entre 4 e 15 alelos. A heterozigose observada variou de 0,13 a 1,00 e o conteúdo de polimorfismo informativo de 0,18 a 0,84. Estes resultados indicaram a conservação entre as espécies de suínos e demonstraram a viabilidade da utilização de iniciadores desenvolvidos para S. s. domestica na análise de outras espécies de Suiformes. / Microsatellites have been considered a superior class of genetic markers over earlier ones and became the most useful for genomic population analysis in a great variety of organisms. In this paper we had estimated genetic frequencies of six STRs (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 and TNFB) developed for Sus scrofa domestica that were used to amplify markers in two natural populations of a neotropical feral Suidae (Sus scrofa sp) and a neotropical species of peccary (Tayassu pecari). High degree of polymorphisms was observed and the number of alleles varied from 4 to 15 for the six analyzed loci. The observed heterozygosity was between 0.13 to 1.00 and PIC values varied from 0.18 to 0.84. The study also showed that these markers are evolutionary conserved, allowing the possibility of heterologous amplification.