Orientadores: Fernando José Von Zuben, Rodrigo Villares Portugal / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-25T22:36:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Righetto_RicardoDiogo_M.pdf: 5898819 bytes, checksum: c98b9e2b61390aa847a4a6040d3f550b (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Análise de Partículas Isoladas é uma técnica que permite o estudo da estrutura tridimensional de proteínas e outros complexos macromoleculares de interesse biológico. Seus dados primários consistem em imagens de microscopia eletrônica de transmissão de múltiplas cópias da molécula em orientações aleatórias. Tais imagens são bastante ruidosas devido à baixa dose de elétrons utilizada. Reconstruções 3D podem ser obtidas combinando-se muitas imagens de partículas em orientações similares e estimando seus ângulos relativos. Entretanto, estados conformacionais heterogêneos frequentemente coexistem na amostra, porque os complexos moleculares podem ser flexíveis e também interagir com outras partículas. Heterogeneidade representa um desafio na reconstrução de modelos 3D confiáveis e degrada a resolução dos mesmos. Entre os algoritmos mais populares usados para classificação estrutural estão o agrupamento por k-médias, agrupamento hierárquico, mapas autoorganizáveis e estimadores de máxima verossimilhança. Tais abordagens estão geralmente entrelaçadas à reconstrução dos modelos 3D. No entanto, trabalhos recentes indicam ser possível inferir informações a respeito da estrutura das moléculas diretamente do conjunto de projeções 2D. Dentre estas descobertas, está a relação entre a variabilidade estrutural e manifolds em um espaço de atributos multidimensional. Esta dissertação investiga se um comitê de algoritmos de não-supervisionados é capaz de separar tais "manifolds conformacionais". Métodos de "consenso" tendem a fornecer classificação mais precisa e podem alcançar performance satisfatória em uma ampla gama de conjuntos de dados, se comparados a algoritmos individuais. Nós investigamos o comportamento de seis algoritmos de agrupamento, tanto individualmente quanto combinados em comitês, para a tarefa de classificação de heterogeneidade conformacional. A abordagem proposta foi testada em conjuntos sintéticos e reais contendo misturas de imagens de projeção da proteína Mm-cpn nos estados "aberto" e "fechado". Demonstra-se que comitês de agrupadores podem fornecer informações úteis na validação de particionamentos estruturais independetemente de algoritmos de reconstrução 3D / Abstract: Single Particle Analysis is a technique that allows the study of the three-dimensional structure of proteins and other macromolecular assemblies of biological interest. Its primary data consists of transmission electron microscopy images from multiple copies of the molecule in random orientations. Such images are very noisy due to the low electron dose employed. Reconstruction of the macromolecule can be obtained by averaging many images of particles in similar orientations and estimating their relative angles. However, heterogeneous conformational states often co-exist in the sample, because the molecular complexes can be flexible and may also interact with other particles. Heterogeneity poses a challenge to the reconstruction of reliable 3D models and degrades their resolution. Among the most popular algorithms used for structural classification are k-means clustering, hierarchical clustering, self-organizing maps and maximum-likelihood estimators. Such approaches are usually interlaced with the reconstructions of the 3D models. Nevertheless, recent works indicate that it is possible to infer information about the structure of the molecules directly from the dataset of 2D projections. Among these findings is the relationship between structural variability and manifolds in a multidimensional feature space. This dissertation investigates whether an ensemble of unsupervised classification algorithms is able to separate these "conformational manifolds". Ensemble or "consensus" methods tend to provide more accurate classification and may achieve satisfactory performance across a wide range of datasets, when compared with individual algorithms. We investigate the behavior of six clustering algorithms both individually and combined in ensembles for the task of structural heterogeneity classification. The approach was tested on synthetic and real datasets containing a mixture of images from the Mm-cpn chaperonin in the "open" and "closed" states. It is shown that cluster ensembles can provide useful information in validating the structural partitionings independently of 3D reconstruction methods / Mestrado / Engenharia de Computação / Mestre em Engenharia Elétrica

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:25:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_naile_nunes_vaghetti.pdf: 2548969 bytes, checksum: 7869818d5174fd0ef45be9aa60ebf4b2 (MD5) Previous issue date: 2011-06-10 / The knowledge of relative humidity and its interactions with other variables helps plan of various activities, such as the operation of aeration systems for storing grain and seed, the cooling of environments for breeding and maintenance for environmental comfort. The Rio Grande do Sul state, in function of its geographical position, is a region strongly influenced by meteorological systems, in which the behavior of the relative humidity needs further study. The objective of this work was the study of the relative humidity behavior in the state of Rio Grande do Sul, was used data from monthly averages of 26 meteorological stations in the period 1975 to 2009. For this purpose, the homogeneous regions were determined through analysis of grouping and the grouping method of Ward that has better consistent with the climatic characteristics of the state, in which has been obtained four regions: R1, R2, R3 e R4. For all regions, was made a climatologically study through statistical parameters in order to analyze the climatic variability of this variable. The spatial distribution of relative humidity allowed observing that it has a high pattern in the entire state, being the coastal region the most humid. The relative humidity has only in Regions 2 and 3, a significant linear trend over time, with monthly increase of 0.006% and 0.005%, respectively. During the thirty five years, the monthly increase was 2.52% for the region 2 and 2.1% for the region 3. Was also applied the technique of harmonic analysis to humidity relative data. The proposed models of this harmonic analysis expressed the seasonality of this data with more than 80% of representatively, using for this, two or three sine waves. / O conhecimento da umidade relativa do ar e de suas interações com outras variáveis ajuda no planejamento das mais diversas atividades, tais como: a operação de sistemas de aeração de grãos e sementes armazenadas, a climatização de ambientes para criação de animais e a manutenção do conforto ambiental. O Estado do Rio Grande do Sul (RS), em função de sua posição geográfica, é uma região que sofre bastante a influência de sistemas meteorológicos, sendo que o comportamento da umidade relativa carece de estudos mais aprofundados. O objetivo deste trabalho foi analisar o comportamento da umidade relativa em regiões homogêneas do Estado do Rio Grande do Sul, utilizando dados de médias mensais de 26 estações meteorológicas, do período de 1975 a 2009. Para isto, foram determinadas regiões homogêneas por meio da Análise de Agrupamento, sendo utilizado como método de agrupamento o método de Ward, o qual mostrou a melhor coerência com as características climáticas do Estado, sendo obtidas quatro regiões: R1, R2, R3 e R4. Para todas as regiões, fez-se um estudo climatológico através de parâmetros estatísticos com a finalidade de se observar a variabilidade climática desta variável. A distribuição espacial da umidade relativa permitiu observar que esta tem um padrão elevado em todo o Estado, sendo a região litorânea a mais úmida. A umidade relativa apresenta, somente nas Regiões 2 e 3, tendência linear significativa ao longo do tempo, com aumentos mensais de 0,006% e 0,005%, respectivamente. O longo dos 35 anos, o aumento mensal total foi de 2,52% para a Região 2 e 2,1% para a Região 3. Aplicou-se também aos dados de umidade relativa a técnica de análise harmônica. Os modelos propostos por esta análise harmônica expressaram a sazonalidade dos dados com mais de 80% de representatividade, utilizando para isto, duas ou três ondas senoidais.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-01-16T16:44:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4125133 bytes, checksum: 88619aaf34a1c4ce28277f4e8c7402a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-16T16:44:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4125133 bytes, checksum: 88619aaf34a1c4ce28277f4e8c7402a2 (MD5) Previous issue date: 2005-12-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este estudo foi conduzido em áreas de vegetação de caatinga, na Estação Ecológica do Seridó - ESEC Seridó -, município de Serra Negra do Norte-RN; na fazenda Oriente, município de Condado-PB; e na fazenda Laranjeiras, município de São José de Espinharas-PB, com os objetivos de: 1) analisar a composição florística e as estruturas horizontal, vertical e paramétrica das duas primeiras áreas; 2) comparar essas estruturas com as de outras florestas da Região Nordeste, empregando-se análise multivariada (análise de agrupamento e análise discriminante); e 3) estimar equações volumétricas, fatores de forma e relações hipsométricas para a vegetação de caatinga. Para os estudos florísticos e de estrutura, em cada localidade foram instaladas sistematicamente 20 parcelas de 20 × 50 m (1.000 m2), com três níveis de inclusão. No nível I, foram avaliadas as árvores com circunferência ao nível do solo CAS ≥ 31 cm. No nível II, em subparcelas de 10 × 50 m, foram amostradas as árvores com 10 cm ≤ CAS < 31 cm. No nível III, foram medidas, em subparcelas de 5 × 20 m, as árvores com CAS < 10 cm, e esse constituiu a avaliação da regeneração natural. A fazenda Oriente tem maior diversidade florística e maior capacidade produtiva que a ESEC Seridó, sendo alta a similaridade florística entre as duas áreas. No nível II de inclusão, foi encontrado o maior número de indivíduos, famílias e espécies. As duas famílias mais importantes em número de indivíduos para ESEC Seridó e fazenda Oriente foram Leguminosae e Euphorbiaceae. As espécies de maior valor de importância na ESEC Seridó foram Caesalpinia pyramidalis, mortas em pé, Aspidosperma pyrifolium, Croton sonderianus, Mimosa tenuiflora e Combretum cf. leprosum; e na fazenda Oriente foram Croton sonderianus, Caesalpinia pyramidalis, mortas em pé, Bauhinia cheilantha, Combretum cf. leprosum e Piptadenia stipulacea. Na ESEC Seridó e fazenda Oriente Croton sonderianus foi a espécie que apresentou a maior densidade, da mesma forma que Caesalpinia pyramidalis apresentou a maior dominância. Na ESEC Seridó a espécie com maior índice de regeneração foi Croton sonderianus, e na fazenda Oriente foi Bauhinia cheilantha. Algumas espécies não tiveram indivíduos amostrados na regeneração natural: Cnidoscolus quercifolius, Myracrodruon urundeuva, Pseudobombax marginatum, Manihot glaziovii e Senna macranthera; na área da ESEC Seridó, e Caesapinia ferrea, Sapium sp., Guapira sp., Tocoyena sellowiana, Cochlospermum insigne e indeterminadas 3 (pau-serrote) e 4 (rompe-gibão), na fazenda Oriente. As técnicas de análise de agrupamento e discriminante foram eficientes para comparação de florestas em diferentes localizações geográficas. Para estimar as equações volumétricas e os fatores de forma, os dados foram coletados na fazenda Laranjeiras; para o ajuste dos modelos hipsométricos foram coletados dados na fazenda Laranjeiras, na ESEC Seridó e na fazenda Oriente. Na cubagem foram amostradas 100 árvores-amostra com amplitude de diâmetro ao nível do solo DAS de 3,3 a 34,8 cm, sendo obtidas duas equações de volume, uma com variável independente DAS ( R 2 = 0,990) e outra com variável independente diâmetro equivalente DEq ( R 2 = 0,994), ambas com resíduos normalmente distribuídos, apresentando boa precisão nos ajustes. Os fatores de forma médios estimados foram estatisticamente diferentes por classes de diâmetro, sendo propostos um fator de forma igual a 0,76 para árvores com DAS < 20 cm e um fator de forma igual a 0,91 para árvores com DAS ≥ 20 cm. Para a relação hipsométrica, foram ajustados cinco modelos, para os três conjuntos de árvores medidas: fazenda Laranjeiras, 100 árvores ( R 2 de 0,575 a 0,783); ESEC Seridó, 1021 árvores ( R 2 de 0,642 a 0,673); e fazenda Oriente, 1903 árvores ( R 2 de 0,403 a 0,425). Devido à grande variabilidade da floresta de caatinga, os modelos ajustados para os dados amostrados das parcelas não ofereceram bons níveis de precisão, quando observadas as distribuições dos resíduos porcentuais. Quando, porém, os dados se originaram de árvores selecionadas por classe de diâmetro, os ajustes foram satisfatórios. / This study was carried out in áreas of Caatinga vegetation in the Ecologic Station of Seridó ESEC Seridó municipality of Serra Negra do Norte-RN, Brazil; in the farm Oriente, municipality of Condado-PB, Brazil, and in the farm Laranjeiras, municipality of São José de Espinharas-PB, Brazil. The objectives of the study were: 1) to analyse the floristic composition and the horizontal, vertical and parametric structures of the first two areas; 2) to compare these structures with that ones of other forests of the Northeastern Region, using multivariate analysis (cluster analysis and discriminant analysis), and 3) to estimate volumetric equations, shape factors and hypsometric relations for the Caatinga vegetation. For the floristic and structure studies, in each place 20 plots with 20 × 50 m (1,000 m2), with three inclusion levels were systematically established. In level I the trees with a circunference at ground level CAS ≥ 31 cm were evaluated. In level II, in subplots of 10 × 50 m, the trees with 10 cm ≤ CAS < 31 cm were sampled. In level III, in subplots of 5 × 20 m, the trees with CAS < 10 cm were mesured, and this was the natural regeneration evaluation. The farm Oriente has a greater floristic diversity and productive capacity than the ESEC Seridó, and the floristic similarity is high between the two areas. In the level II of inclusion the greatest number of individuals, families and species were found. The two most important families in number of individuals in the ESEC Seridó and farm Oriente were Leguminosae and Euphorbiaceae. The species with greatest importance value in the ESES Seridó were Caesalpinia pyramidalis, standing deads, Aspidosperma pyrifolium, Croton sonderianus, Mimosatenuiflora and Combretum Cf. leprosum; and in the farm Oriente they were Crotn sonderianus, Caesalpinia pyramidalis, standing desds, Bauhinia cleilantha, Combretum cf. leprosum and Piptadenia stipulacea. In the ESEC Seridó and farm Oriente Croton sonderianus was the species which showed the greatest density and Caesalpinia pyramidalis showed the greatest dominance. In the ESEC Seridó the species with the greatest regeneration index was Croton sonderianus, and in the farm Oriente it was Bauhinia cheilantha. Some species were not sampled in the natural regeneration: Cnidoscolus guercifolins, Myracroruon urundeuva, Pseudobombax marginatum, manihot glaziovii and Senna macranthera in the area of the ESEC Seridó; and Caesalpinia ferrea, Sapium sp., Guapira sp., Tocoyena sellowiana, Cochlospermum insigne and indeterminate 3 (pau-serrote) and 4 (rompe- gibão) in the farm Oriente. The techniques of clustering and discriminant analyses were effective to compare forests from different geographic locations. To estimate the volumetric equations and shape factors data were collected in the farm Laranjeiras. For the adjustment of the hypsometric models data were collected in the farm Laranjeiras, in the ESEC Seridó and in the farm Oriente. In the cubsture 100 sample trees were measured with a diameter ramge at ground level DAS of 3.3. to 43.8 cm resulting in two volume equations, one with the independent variable DAS ( R 2 = 0.994), both with normally distributed residuals, showing a good fitting accuracy. The estimated average shape factors were statistically different by classes of diameter, being the shape factor of 0.76 for trees with DAS < 20 cm and one of 0.91 for trees with DAS ≥ 20 cm. For the hypsometric relation five models were adjusted for the three sets of trees measured: farm Laranjeiras, 100 trees ( R 2 from 0.575 to 0.783); ESEC Seridó, 1021 trees ( R 2 from 0.642 to 0.673); and farm Oriente, 1903 trees ( R 2 from 0.403 to 0.425). Due to the great variability of the Caatinga forest, the models adjusted for the sampled data of the plots did not show good accuracy levels, whwn the distribution of percentage of residuals were observed. However, when data were from trees selected by diameter classes, the adjustments were satisfactory. / Não foi localizado o cpf do autor.

Orientador: Fernando José Von Zuben / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-27T03:28:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_SaulloHaniellGalvaode_M.pdf: 1171322 bytes, checksum: 5488cfc9b843dbab6d7a5745af1e3d4b (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Biclusterização envolve a clusterização simultânea de objetos e seus atributos, definindo mo- delos locais de relacionamento entre os objetos e seus atributos. Assim como a clusterização, a biclusterização tem uma vasta gama de aplicações, desde suporte a sistemas de recomendação, até análise de dados de expressão gênica. Inicialmente, diversas heurísticas foram propostas para encontrar biclusters numa base de dados numérica. No entanto, tais heurísticas apresen- tam alguns inconvenientes, como não encontrar biclusters relevantes na base de dados e não maximizar o volume dos biclusters encontrados. Algoritmos enumerativos são uma proposta recente, especialmente no caso de bases numéricas, cuja solução é um conjunto de biclusters maximais e não redundantes. Contudo, a habilidade de enumerar biclusters trouxe mais um cenário desafiador: em bases de dados ruidosas, cada bicluster original se fragmenta em vá- rios outros biclusters com alto nível de sobreposição, o que impede uma análise direta dos resultados obtidos. Essa fragmentação irá ocorrer independente da definição escolhida de co- erência interna no bicluster, sendo mais relacionada com o próprio nível de ruído. Buscando reverter essa fragmentação, nesse trabalho propomos duas formas de agregação de biclusters a partir de resultados que apresentem alto grau de sobreposição: uma baseada na clusteriza- ção hierárquica com single linkage, e outra explorando diretamente a taxa de sobreposição dos biclusters. Em seguida, um passo de poda é executado para remover objetos ou atributos indesejados que podem ter sido incluídos como resultado da agregação. As duas propostas foram comparadas entre si e com o estado da arte, em diversos experimentos, incluindo bases de dados artificiais e reais. Essas duas novas formas de agregação não só reduziram significa- tivamente a quantidade de biclusters, essencialmente defragmentando os biclusters originais, mas também aumentaram consistentemente a qualidade da solução, medida em termos de precisão e recuperação, quando os biclusters são conhecidos previamente / Abstract: Biclustering involves the simultaneous clustering of objects and their attributes, thus defin- ing local models for the two-way relationship of objects and attributes. Just like clustering, biclustering has a broad set of applications, ranging from an advanced support for recom- mender systems of practical relevance to a decisive role in data mining techniques devoted to gene expression data analysis. Initially, heuristics have been proposed to find biclusters, and their main drawbacks are the possibility of losing some existing biclusters and the inca- pability of maximizing the volume of the obtained biclusters. Recently efficient algorithms were conceived to enumerate all the biclusters, particularly in numerical datasets, so that they compose a complete set of maximal and non-redundant biclusters. However, the ability to enumerate biclusters revealed a challenging scenario: in noisy datasets, each true bicluster becomes highly fragmented and with a high degree of overlapping, thus preventing a direct analysis of the obtained results. Fragmentation will happen no matter the boundary condi- tion adopted to specify the internal coherence of the valid biclusters, though the degree of fragmentation will be associated with the noise level. Aiming at reverting the fragmentation, we propose here two approaches for properly aggregating a set of biclusters exhibiting a high degree of overlapping: one based on single linkage and the other directly exploring the rate of overlapping. A pruning step is then employed to filter intruder objects and/or attributes that were added as a side effect of aggregation. Both proposals were compared with each other and also with the actual state-of-the-art in several experiments, including real and artificial datasets. The two newly-conceived aggregation mechanisms not only significantly reduced the number of biclusters, essentially defragmenting true biclusters, but also consistently in- creased the quality of the whole solution, measured in terms of Precision and Recall when the composition of the dataset is known a priori / Mestrado / Engenharia de Computação / Mestre em Engenharia Elétrica

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-11-10T16:50:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_SeletividadeCapturaDinamica.pdf: 2102402 bytes, checksum: 17577a1e5c2611f7812d6a46abfd94d2 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-11-11T14:15:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_SeletividadeCapturaDinamica.pdf: 2102402 bytes, checksum: 17577a1e5c2611f7812d6a46abfd94d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-11T14:15:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_SeletividadeCapturaDinamica.pdf: 2102402 bytes, checksum: 17577a1e5c2611f7812d6a46abfd94d2 (MD5) Previous issue date: 2013 / Hemiodus unimaculatus (Bloch, 1794) está entre as principais espécies desembarcadas na área de influência da Usina Hidrelétrica de Tucuruí (UHE Tucuruí), contudo são poucas as informações existentes sobre a pesca e biologia da espécie na área. Logo, o trabalho se propõe a verificar as mudanças espaciais na população de H. unimaculatus, determinar as curvas de seletividade das redes utilizadas e calcular alguns parâmetros de sua dinâmica populacional. O local de estudo corresponde à área localizada a partir da barragem da UHE Tucuruí, compreendendo Reservatório (zona de inundação) e Montante. As coletas foram efetuadas trimestralmente nos anos de 2001, 2003, 2005, 2006 e 2007 e semestralmente nos anos de 2002 e 2004, em cinco locais no reservatório e dois na montante, utilizando bateria de redes de emalhar de 50 m de comprimento e 3 m de altura, com malhas de 40, 60, 80 e 100 mm entre nós opostos. O teste de Kruskal-Wallis foi utilizado para comparar as médias de comprimento total e o peso dos espécimes ao nível de significância de 5%; a variação espaço-temporal das capturas foi determinada pela análise de Cluster e pelo SIMPER; a seletividade de rede pela construção das curvas de seleção; e os aspectos populacionais (crescimento, longevidade, mortalidade, recrutamento e o rendimento por recruta) com o auxílio do programa FISAT II. Os resultados demonstraram que as fêmeas são maiores e mais pesadas que os machos. No período inicial (2001-2003) a espécie dividia a área de estudo em zona de desova e crescimento, enquanto no período final (2005-2007) não havia diferença quanto o uso do espaço. A malha de 60 mm é a mais indicada para a pesca, considerando a captura de 50% de indivíduos adultos. A proporção sexual de 1,44:1 foi favorável as fêmeas (χ2 c = 28,86; p < 0,0001). As relações peso total/comprimento total apresentaram correlação positiva, não diferindo entre os sexos (t = -0,097; p = 0,9229), sendo que machos e fêmeas exibiram crescimento do tipo isométrico. O fator de condição não foi diferente entre os pontos de coleta, sugerindo que a espécie utiliza toda a área de estudo como zona de alimentação. Os parâmetros de crescimento de von Bertalanffy foram L∞ = 358 mm, k = 0,55 ano-1 e t0 = -0,15 ano. As médias de mortalidade total e natural foram de 3,04 ano-1 e 0,7 ano-1, respectivamente. A taxa de explotação foi estimada em 0,77 e o rendimento por recruta mostrou que a taxa de exploração do estoque de H. unimaculatus deve ser reduzida em 52% para manter o recrutamento e a desova. Assim, com todas as informações geradas, é possível notar que as mudanças na estrutura e dinâmica espaço-temporal de H. unimaculatus são um processo de adaptação contínuo e o manejo pesqueiro adequado se torna essencial para a preservação da espécie. Para atingir esse objetivo, faz-se necessário rever a legislação pesqueira atual, buscando uma otimização do tamanho de malha para a captura da espécie, diminuir a taxa de exploração e monitorar regularmente a seletividade e os parâmetros populacionais. / Hemiodus unimaculatus (Bloch, 1794) is one of the main species landed into the area of influence of Tucuruí Hydroelectric plant; however there is little information available about the fishery and biology of the species in the area. Therefore, this study aims to investigate spatial changes of H. unimaculatus, determine selectivity curves for the fishing nets used and calculate some parameters of population dynamics. The study area was located on Tucuruí’s dam, including the reservatory (flooded area) and up-river section. The samples were colected on a quaterly basis for the years 2001, 2003, 2005, 2006 and 2006, and semiannually in 2002 and 2004, in five areas located in the lake and two areas upstream, usinga battery of gillnets 50 m long and 3 m high, with a stretched mesh size of 40, 60, 80, 100 mm between opposing nodes. The Kruskal-Wallis test was used to compare mean total length and weight of the specimens at a significance level of 5%, the spatio-temporal variation of the catch was determined by cluster analysis and the SIMPER; selectivity for network construction curves selection, and population aspects (growth, longevity, mortality, recruitment and yield per recruit) with the aid of the FISAT II. Results showed that females were bigger and heavier than males. During the first period (2001 – 2003) the study area was shared in spawning grounds and growth, while in the final period (2005-2007) there was no difference in the use of space. The mesh of 60 mm is the most suitable for fishing, considering the capture of 50% of adults. The sex ratio was 1.44:1 favorable to females (χ2 c = 28.86; p < 0.0001). Relations total weight / total length showed a positive correlation and did not differ between sexes (t = -0.097; p = 0.9229), with males and females exhibited isometric growth. The condition factor was not different between the sampling points, suggesting that the species uses the entire study area as a feeding zone. The von Bertalanffy growth parameters were L∞ = 358 mm, k = 0.55 yr-1 and t0 = -0.15 year. The average total mortality and natural were 3.04 yr-1 and 0.7 yr-1, respectively. The exploitation rate was estimated at 0.77 and the yield per recruit showed that the rate of exploitation of the H. unimaculatus stock should be reduced by 52% to maintain the recruitment and spawning. So with all the information generated, it can be seen that change in the structure and spatio-temporal dynamics of H. unimaculatus is a process of continuous adaptation and appropriate fisheries management becomes essential for the preservation of the species. To reach this goal, it is necessary to review the current fisheries legislation, seeking an optimal mesh size for catching the species, decrease the rate of exploitation and regularly monitor the selectivity and population parameters.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:51:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Daniela Vantil Agrizzi.pdf: 2677028 bytes, checksum: 1e5aaf2da2a89c65f2268ae294932188 (MD5) Previous issue date: 2012-08-17 / Este trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade da água de nascentes no assentamento Paraíso, localizado no município de Alegre, ES. A pecuária leiteira é a principal atividade econômica desenvolvida na região e, em 2006, o INCRA, junto aos assentados, iniciou um trabalho de recomposição das APP s das nascentes que resultou atualmente em diferentes tratamentos ao redor dos olhos d água, de acordo com os cuidados e expectativas de cada produtor. Das 25 nascentes existentes, oito foram selecionadas: N1, em meio à floresta remanescente de Mata Atlântica; N2, N3, N4, N5, N6 e N7 estão em recuperação, sendo que as nascentes estão cercadas, porém, variando no tamanho da área cercada, na topografia, no estágio de recuperação alcançado e no tipo de vegetação existente; e a N8, sem cerca e com acesso livre dos animais de criação. Três amostras de água foram coletadas em cada nascente entre novembro/2011 e março/2012 e analisados 17 parâmetros: coliformes totais e termotolerantes, pH, alcalinidade, oxigênio dissolvido (OD), demanda bioquímica de oxigênio (DBO), nitrogênio total, fósforo total, ferro, cálcio, magnésio, temperatura, turbidez, condutividade elétrica (CE) e sólidos suspensos, dissolvidos e totais. Os resultados foram comparados com os padrões normativos da legislação para potabilidade e para qualidade ambiental da água, tendo-se calculado o Índice de Qualidade de Água seguindo metodologia adaptada da Companhia Ambiental do Estado de São Paulo (CETESB), na qual foram retirados os parâmetros pH e OD, por terem sidos considerados não importantes para o cálculo de qualidade para essas nascentes. Técnicas de análise estatística multivariada foram utilizadas para facilitar a interpretação do grande número de parâmetros, por meio da análise de componentes principais (ACP) e análise de agrupamento (AA). A partir da ACP, selecionaram-se dois componentes que explicaram 67,60% da variância total dos dados, e os parâmetros que mais explicam as variações entre as nascentes são: coliformes termotolerantes e totais, DBO, CE, alcalinidade, turbidez, sólidos suspensos totais e temperatura. Na AA três grupos foram formados, distinguindo-se o grupo I, formado pelas nascentes cercadas, o grupo II, composto pela N1, e o grupo III, composto pela N8. O grupo I apresentou a melhor qualidade de água e o grupo III a pior, revelando a importância da proteção de nascentes. A qualidade da água em meio à floresta foi pouco inferior às do grupo I por ter tido mais contato com contaminantes microbiológicos (excrementos de animais silvestres) e por ter recebido maior aporte de matéria orgânica e sedimentos que aquelas protegidas pelo adensamento de gramíneas forrageiras / The objective of this study was to evaluate the water quality of springs in the Paraíso settlement, located in city of Alegre,ES. The dairy production is the main economic activity developed in the region and in 2006, the National Institute of Colonization and Land Reform (INCRA), joined the settlers, started a project of reconstruction of Mandatory Preservation Areas (APP S) of the springs which resulted in different treatments around the springs, according to the treatment and expectations of each producer. Out of 25 existing springs, eight were selected: N1, in an Atlantic Forest remnant; N2,N3,N4,N5,N6,N7 are in recovery, being that the springs are fenced, however, ranging in size of the fenced area, in topography, recovery stages reached and type of existing vegetation; and the N8 wasn t fenced and access the farm animals had free access. Three samples of water were collected in each spring between November/2011 and March/2012 and 17 parameters were analyzed: total and thermotolerant coliforms, pH, alkalinity, dissolved oxygen (DO), biochemical oxygen demand (BOD), total nitrogen, total phosphorus, iron, calcium, magnesium, temperature, turbidity, electrical conductivity (EC) and dissolved suspended total solid. The results were compared to the normative standards of legislation for environmental quality and portability of water and was calculated the Water Quality Index following the method adapted from a Environmental Company of São Paulo (CETESB), in which the parameters pH and DO were taken out because they werent consider important for the quality calculation of these springs. Multivariate statistical analysis technique was utilized to facilitate the interpretation of the large number of parameters thru the Principal Component Analysis (PCA) and Cluster Analysis (CA). Based on the ACP, two components were selected which explained 67.60% of total variance of the data and the parameters best explains the variation between the springs are: total and thermotolerant coliforms, BOD, EC, alkalinity, the turbidity, suspended total solids and temperature. In the CA, three groups were formed, distinguishing group I, formed by the fenced springs, group II, consisting N1 and group III consisting N8. Group I presented the best water quality and group III the worst, revealing the importance of the protection of springs. The water quality in the forest was slightly lower than group I to have had more contact with microbiological contaminants (excrement of wild animals) and to have received greater input of organic matter and sediments than those protected by the density of forage grasses

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The renewable natural resources sustain the balance between the man and the nature. The destruction of one of those resources represents the unbalance and the man's future destruction. Such resources accomplish a social function to the man's service and of the society. Starting from the moment that the man began to use the renewable natural resources in their multiple forms, the environmental impact was felt by the environment. The breaking in the normal patterns of the natural resources is what one can call environmental impact. Then, the environmental impact is the alteration in the middle or in some of their components for certain action or activity. Those alterations need to be quantified, therefore they present relative variations, could be positive or negative, big or small. The objective of studying the environmental impacts is, mainly, evaluating the consequences of some actions, so that it can have the prevention of the ambient certain quality that can suffer the execution of certain projects or actions, or soon after the implementation of the same ones. This evaluation had been consisted in two stages: the first one, with the analysis of the variables environmental factors and actions proposed by Leopold-Rocha's matrix (2002), and the second one, for the grouping analysis for the WARD method, with the statistical package SAS SYSTEM 8.2. THE degree of medium real deterioration obtained by Leopold-Rocha's matrix had been 29%, showing that the referred place is quite deteriorated, once the acceptable environment deterioration tax is 10%. In the grouping analysis for the WARD method it had been possible the separation of the proposed actions in two different groups (A and B). The A group is constituted by: regime modification; land transformation and constructions; and other, with magnitude (11,63%) and importance (17,64%) average, being the actions group that cause more impact in the micro-basin. It was also possible the separation of groups of environmental factors in three different groups (A, B and C). The C factors group (cultural factors: aesthetic and of human interest) it had been presented the highest average in relation to the magnitude (9,91%) and to the importance (13,86%), denoting to be the environmental factors group that more suffered by the human action. In that aspect, the objective of this work had been consisted of evaluating the micro-basin deterioration degree of Vacacaí-Mirim river, that is in the DNOS dam shore (National Department of Works and Sanity) in Santa Maria, RS, and to recommend reliever and compensatory measures for the recovery of the environment of the place. / Os recursos naturais renováveis sustentam o equilíbrio entre o homem e a natureza. A destruição de um desses recursos representa o desequilíbrio e a futura destruição do homem. Tais recursos cumprem uma função social a serviço do homem e da sociedade. A partir do momento que o homem começou a usar os recursos naturais renováveis em suas múltiplas formas, o impacto ambiental foi sentido pela ambiência. O rompimento nos padrões normais dos recursos naturais é o que se pode chamar de impacto ambiental. Então, o impacto ambiental é a alteração no meio ou em algum de seus componentes por determinada ação ou atividade. Essas alterações precisam ser quantificadas, pois apresentam variações relativas, podendo ser positivas ou negativas, grandes ou pequenas. O objetivo de se estudar os impactos ambientais é, principalmente, o de avaliar as conseqüências de algumas ações, para que possa haver a prevenção da qualidade de determinado ambiente que poderá sofrer a execução de certos projetos ou ações, ou logo após a implementação dos mesmos. Esta avaliação consistiu de duas etapas: a primeira, com a análise das variáveis fatores ambientais e ações propostas pela matriz de Leopold-Rocha (2002), e a segunda, pela análise de agrupamento pelo método WARD, com o pacote estatístico SAS SYSTEM 8.2. O grau de deterioração real médio obtido pela matriz de Leopold-Rocha foi de 29%, mostrando que o ambiente encontra-se bastante deteriorado, uma vez que a taxa aceitável de deterioração na ambiência é de 10%. Na análise de agrupamento pelo método WARD foi possível a separação das ações propostas em dois grupos distintos (A e B). Constituem o grupo A: modificação do regime; transformação do território e construções; e outros, com média de magnitude (11,63%) e importância (17,64%), sendo o grupo de ações mais impactante na microbacia. Também foi possível a separação de grupos de fatores ambientais em três grupos distintos (A, B e C). O grupo C de fatores (fatores culturais: estéticos e de interesse humano) foi o que apresentou a média mais alta em relação à magnitude (9,91%) e a importância (13,86%), denotando ser o grupo de fatores ambientais mais impactados pela ação antrópica. Nesse aspecto, o objetivo deste trabalho consistiu em avaliar o grau de deterioração da microbacia hidrográfica do rio Vacacaí-Mirim que se encontra a montante da barragem do DNOS (Departamento Nacional de Obras e Sanidade) em Santa Maria, RS, e recomendar medidas mitigadoras e compensatórias para a recuperação da ambiência da mesma.

The goal of this work is to define the atmospheric patterns associated with the extreme precipitation events in the Rio Grande do Sul (RS) state in spring. The data used were the rainfall series provided by the Agência Nacional das Águas (ANA, in portugues) and reanalysis data of high resolution of the Climate Forecast System Reanalysis (CFSR) of 00 and 12 UTC. From the data of the ANA, on the RS, six homogeneous regions of precipitation were obtained through of Hierarchical Cluster Analysis technique, which are: the East and North Coast (R1), Southern and South Coast (R2), the West and the border with Uruguay (R3), Northern (R4), Midwest (R5) and Northwest (R6). With the averages series for each homogeneous regions, utilizing the technique of quantis, has located the days that precipitation over each region was equal or superior to the quantile 99%. With data of the CFSR was generated a matrix (NxM) being N the dates of extreme events and M are meteorological fields normalized in grid points, selected in a grid 21x19 on the RS. The fields chosen are: mean sea level pressure, thickness between 500 and 1000hPa, geopotential height at 500, zonal component of wind at 850hPa, meridional component of wind at 850hPa, zonal component of wind at 200hPa, meridional component of wind at 200hPa and specific humidity at 850hPa. Using the Non-Hierarchical Cluster Analysis, over the array, were obtained 5 atmospheric clusters, defined as the patterns. For the Cluster 1 the principal events of extreme precipitation had locating in the regions R2, R3, R5 and R6. In Cluster 2, the events of extreme of precipitation was, principally, over the region R1. In Cluster 3, the events of extreme precipitation ocurred in the coastal regions (R1 and R2), border with Uruguay (R3) and regions wit high topography (R4 and R5). In Cluster 4, the rainfall extremes is widespread over all regions. And in Cluster 5, extreme precipitation ocurred principally in the R2, R3 and R4 regions. The Cluster 3 showed strong features of a front incursion, while the characteristics of a Mesoscale Convective System (MCS) are present in Cluters 1, 4 and 5. Thus, the three major weather systems that cause extreme precipitation in RS, the MCS are the most important and only the Upper-level cut-off low not has been clearly identified, but the Cluster 2 presents some features that may indicate their presence, which are for example, the trough axis on the RS and the formation of a surface cyclone on the coast. / O objetivo desta dissertação é a definição de padrões atmosféricos associados a eventos extremos de precipitação no estado do Rio Grande do Sul (RS), na primavera. Os dados utilizados foram as séries pluviométricas disponibilizada pela Agência Nacional das Águas (ANA) e os dados de reanálise de alta resolução do Climate Forecast System Reanalysis (CFSR) das 00 e 12 UTC. A partir dos dados da ANA, sobre o RS, foram obtidas seis regiões homogêneas de precipitação, por meio da técnica de Análise de Agrupamento hierárquica, que são: o Leste e Litoral Norte (R1), Extremo Sul e Litoral Sul (R2), Oeste e Fronteira com o Uruguai (R3), Extremo Norte (R4), Centro-Oeste (R5) e Noroeste (R6). Com as séries médias para cada uma das regiões homogêneas foram localizados, por meio da técnica dos quantis, os dias em que a precipitação sobre cada região foi igual ou superior ao quantil 99%. Com os dados do CFSR foi gerada uma matriz N x M sendo o N as datas de eventos extremos e o M são dados normalizados, em pontos de grade, dos campos meteorológicos selecionados em uma grade 21x19 sobre o RS. Os campos meteorológicos escolhidos foram: Pressão ao Nível Médio do Mar, Espessura entre 500hPa e 1000hPa, Altura Geopotencial em 500hPa, Componente Zonal do vento em 850hPa, Componente Meridional do vento em 850hPa, Componente Zonal do vento em 200hPa, Componente Meridional do vento em 200hPa e Umidade Específica em 850hPa. Aplicando a Análise de Agrupamento Não-Hierárquica sobre a matriz dos campos meteorológicos foram obtidos 5 agrupamentos atmosféricos, definidos como os padrões atmosféricos. Para o Agrupamento 1 os extremos de precipitação ficaram localizados principalmente sobre as regiões R2, R3, R5 e R6. No Agrupamento 2 o extremo de precipitação ficou principalmente sobre a região R1. No Agrupamento 3 os extremos de precipitação ficaram sobre as regiões litorâneas (R1 e R2), de fronteira com o Uruguai (R3) e de regiões com elevação no relevo (R4 e R5). No Agrupamento 4 os extremos de precipitação ficaram generalizados sobre o todas as regiões e no Agrupamento 5 ocasionaram extremos de precipitação nas regiões R2, R3 e R4. O Agrupamento 3 apresenta fortes características de uma incursão frontal, enquanto que as características de um Sistema Convectivo de Mesoescala (SCM) estão presentes nos Agrupamentos 1, 4 e 5. Assim, dos três principais sistemas meteorológicos que causam precipitação extrema no RS, os SCM são os mais importantes e somente o Vórtice Ciclônico em Altos Níveis não foi claramente identificado, mas o Agrupamento 2 apresenta algumas características que podem indicar a sua presença, que são por exemplo, o eixo do cavado sobre o RS e a formação de um ciclone em superfície sobre o litoral.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:55:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 484099 bytes, checksum: 2183b6947a541e4acdedb364504ccd85 (MD5) Previous issue date: 2007-08-10 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The superior phenotypes selection, in individual or families, is a practice of considerable importance for the improvers , once to obtain improved populations it is necessary to select and matings among or inside of families. This work s aim was to compare the efficiency of some arrangements between the individual selection and the selection among families to get combined selection indexes and soon afterwards to verify a cluster analysis was capable to detect different groups. Through the program GENESYS, it was simulated four genomes, each one considering only one characteristic, varying to each other just in value of heritability; then, we have two characteristics of low heritability (0,20 and 0,10), one of medium heritability (0,40) and one with high heritability (0,60). Using those genomes, bases populations of 1000 individuals (500 males and 500 females) with a rate endogamic equivalent to zero were simulated. In each base population, it was aleatory selected 10 males and 100 females corresponding, respectively, to 2% and 20% of selection intensity. When these individuals selected couple, it was maintained a control of 10 females for each male and, as a result, it was kept an initial population with 1000 descending, also maintaining a balance of 10 descending for female. For each characteristic selections, different arrangements were done to obtain combined selection s indexes. Thus, the first obtained index considers 100% for individual phenotype (Individual); the second considers 90% for individual phenotype and 10% for average phenotypic of the family (09P+01F); the third considers 70% for individual phenotype and 30% for average phenotypic of the family (07P+03F); the fourth considers 50% for the two values (05P+05F); the fifth considers 30% for individual phenotype and 70% for average phenotypic of the family (03P+07F); the sixth considers 10% for individual phenotype and 90% for average phenotypic of the family (01P+09F) and the seventh index considers 100% for the average phenotypic of the family (Family). The selected individuals' matings were driven at random. A final population of 1000 individuals was totaled. Each selection s strategy was led by 20 consecutive generations with 10 repetitions seeking to minimize the mistakes and effects of the genetic flotation. For a larger clarity in the interpretation of the results, a grouping analysis was accomplished by optimization by the method of Tocher in three intervals of time, with the first five generations, with the first ten generations and with the 20 total generations. The behavior of the selection s strategies for different herdability s values was not the same. As smaller the value of the heritability is, the difference among the averages phenotypics in each generation is bigger and the total earnings in these averages are smaller. The combination of the individual value with the family s average was more efficient for the lowest heritabilities. For these heritabilities, the individual selection or among families did not show to be a good option. The selection just through the individual s phenotypic value can be a good alternative for the characteristic of average herdabilidade and it was the best to the characteristic of high heritabilities. / A seleção de fenótipos superiores, sejam individuais ou famílias, é uma prática de considerável importância para o melhorista , uma vez que a obtenção de populações melhoradas passa pela seleção e acasalamentos entre ou dentro de famílias. O objetivo deste trabalho foi comparar a eficiência de alguns arranjos entre a seleção individual e a seleção entre famílias na obtenção de índices de seleção combinada e em seguida verificar se uma análise de agrupamento foi capaz de detectar grupos distintos. Por meio do programa GENESYS foram simulados quatro genomas, cada um considerando uma única característica, variando entre si apenas no valor da herdabilidade; assim, tem-se duas características de herdabilidade baixa (0,20 e 0,10), uma de herdabilidade média (0,40) e uma com alta herdabilidade (0,60). A partir desses genomas foram simuladas populações bases de 1000 indivíduos (500 machos e 500 fêmeas) com uma taxa endogâmica igual a zero. Em cada população base foram selecionados aleatoriamente 10 machos e 100 fêmeas correspondendo, respectivamente, a uma intensidade de seleção de 2% e 20%. Por meio do acasalamento desses indivíduos selecionados, mantendo o equilíbrio de 10 fêmeas para cada macho, obteve-se uma população inicial com 1000 descendentes, também mantendo um equilíbrio de 10 descendentes por fêmea. Para cada característica foram realizadas seleções com diferentes arranjos para obtenção de índices de seleção combinada. Assim, tem-se o primeiro índice que pondera 100% para o fenótipo individual (Individual); o segundo que considera 90% para fenótipo individual e 10% para média fenotípica da família (09P+01F); o terceiro com 70% para fenótipo individual e 30% para média fenotípica da família (07P+03F); o quarto com 50% para os dois valores (05P+05F); o quinto com 30% para fenótipo individual e 70% para média fenotípica da família (03P+07F); o sexto com 10% para fenótipo individual e 90% para média fenotípica da família (01P+09F) e o sétimo índice que considera 100% para a média fenotípica da família (Família). Os acasalamentos dos indivíduos selecionados foram conduzidos ao acaso. Totalizou-se uma população final de 1000 indivíduos. Cada estratégia de seleção foi conduzida por 20 gerações consecutivas com 10 repetições visando minimizar os erros e efeitos da flutuação genética. Para maior clareza na interpretação dos dados foi realizada análise de agrupamento por otimização pelo método de Tocher em três intervalos de tempo, com as cinco primeiras gerações, com as dez primeiras gerações e com as 20 gerações totais. O comportamento das estratégias de seleção para os diferentes valores de herdabilidade não foram iguais. Quanto menor foi o valor da herdabilidade, maior foi a diferença entre as médias fenotípicas em cada geração e menor foi o ganho total nestas médias. A combinação do valor individual com a média de família foi mais eficiente para as herdabilidades baixas. Para estas herdabilidades, a seleção individual e a entre famílias não se mostraram boa opção. A seleção apenas pelo valor fenotípico individual pode ser boa alternativa para a característica de média herdabilidade e foi a melhor opção para a característica de alta herdabilidade.

Orientador: Ricardo de Oliveira Anido / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-17T02:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pacheco_UrubatanRocha_M.pdf: 1174940 bytes, checksum: d2b5f4af6749eb4a1c7c6a1810b9749a (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O foco deste trabalho é viabilizar a análise estrutural em redes sociais de colaboração científica a partir de bases de dados bibliográficos. Os dados bibliográficos são utilizados para obter redes sociais de afiliação dos autores a instituições de pesquisa científica, e das publicações são extraídas as suas relações com ontologias de áreas de pesquisa. Foram estudados e aplicados métodos que utilizam a análise das redes sociais para solução/redução de ambiguidades em identidades de nomes de pesquisadores, instituições, e veículos científicos. Outro assunto estudado foi a abordagem de medida da qualidade dos resultados e os problemas que afetam a sua qualidade. Concretizando o objetivo deste trabalho, foram construídas métricas e ferramentas que permitem a comparação da produção científica entre instituições, departamentos, áreas de pesquisa, países, etc. As ferramentas também produziram um ranking de universidades baseado no prestígio dos pesquisadores destas universidades na rede social de co-autoria. Este resultado permitiu demonstrar que a informação estrutural de prestígio foi devidamente capturada ao correlacionar este ranking com outros que avaliam a qualidade da produção científica das universidades utilizando critérios semelhantes. / Abstract: This work performs social network analysis of the scientific collaborations extracted from bibliographic data bases. The analysis also includes the authors' scientific institution afiliation, and its relation with the main scientific publications and with research subject ontologies. We studied and applied methods that use social network analysis to solve or mitigate the problem of ambiguity in researchers' identities. We also applied the methods for ambiguity resolution for names of institutions, scientific meeting venues, country/state names, etc. Another study subject was measuring the quality of the results. Finally we developed metrics and implemented tools that allow the comparison of the scientific production of institutions, researcher groups, research subjects fields, countries, etc. The tools also produced a ranking of universities based on the prestige of these universities researchers at the co-authorship social network. These results demonstrated that prestige structural information was properly captured showing its correlation with other works that assess the quality of scientific production of universities using similar criteria. / Mestrado / Metodologia e Tecnicas da Computação / Mestre em Ciência da Computação