Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-05-22T14:31:45Z No. of bitstreams: 1 2016_EricaSantosdoCarmodeSouza.pdf: 133334547 bytes, checksum: 2e18b8674bf5bc7467e63db9f96fe788 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-05-23T15:13:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_EricaSantosdoCarmodeSouza.pdf: 133334547 bytes, checksum: 2e18b8674bf5bc7467e63db9f96fe788 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-23T15:13:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_EricaSantosdoCarmodeSouza.pdf: 133334547 bytes, checksum: 2e18b8674bf5bc7467e63db9f96fe788 (MD5) Previous issue date: 2018-05-22 / A ordem Pucciniales é um componente importante da micobiota do cerrado brasileiro, entretanto pouco se sabe sobre a sua diversidade e as informações até agora obtidas são quase que exclusivamente baseadas em aspectos morfológicos. Os estudos envolvendo a análise molecular e filogenética para fungos causadores de ferrugens no cerrado é escasso. Com o objetivo da ampliação do estudo em termos morfológicos bem como promover algum avanço em termos de suas relações filogenéticas, foram caracterizadas morfologicamente um total de 41 espécies de Pucciniales das quais destas 36 foram caracterizadas molecularmente, entre formas sexuadas e assexuadas, coletadas nos estados de Goiás, Mato Grosso, Maranhão, Minas Gerais e no Distrito Federal. No Cerrado, os fungos causadores de ferrugem foram encontrados em plantas hospedeiras das famílias Anacardiaceae, Annonaceae, Arecaceae, Asteraceae, Bignoniaceae, Clusiaceae, Combretaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Lauraceae, Loranthaceae, Malpighiaceae Myrtaceae, Rosaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Solanaceae, Vochysiaceae e Thelypteridaceae. O trabalho consistiu na caracterização, ilustração e complementação de dados de vários espécimes já conhecidos ou não. Neste estudo foram incluídos membros representantes da família Pucciniaceae (Puccinia e Uromyces), Phakopsoraceae (Phakopsora, Batistopsora, Catenulopsora e Crossopssora), Raveneliaceae (Diorchidium, Esalque, Ravenelia e Sphaerophragmium), Uropyxidaceae (Dasyspora, Kimuromyces sp., Mimema, Porotenus e Prospodium) Chaconiaceae (Chaconia e Aplopsora), Pileolariaceae (Skierka) e Phragmidiaceae (Kuehneola). Além disso, foram incluídas no estudo espécies de classificação taxonômica incerta pertencentes aos gêneros Cerradoa e Desmella e alguns espécimes assexuais considerados simplesmente como Aecidium e Uredo. A análise filogenética foi realizada com base na região LSU do rDNA por meio de Inferência Bayesiana envolvendo os espécimes aqui estudados e demais retirados do GenBank relacionados filogeneticamente com as famílias e enraizada por Platygloea disciformis. Esta é a primeira vez que foi realizado um estudo baseado em análises moleculares filogenéticas de Pucciniales do cerrado numa dimensão ampla, envolvendo membros representantes de várias famílias. Aqui foi apresentada de forma inédita a caracterização molecular de vários espécimes fúngicos pertencentes a ordem Pucciniales encontradas em plantas endêmicas e introduzidas no cerrado que enriquecerá o banco de dados do NCBI e muito contribuirá para o estudo e compreensão da filogenia da ordem em estudos posteriores. De forma geral, os dados obtidos possibilitaram o entendimento do posicionamento filogenético de apenas alguns grupos em níveis de gênero e espécies como o caso de membros componentes da família Phakopsoraceae. No presente estudo a maioria das famílias de Pucciniales como Pucciniaceae, Raveneliaceae, Uropyxidaceae e Phakopsoraceae se mostraram polifiléticas, entretanto, os dados obtidos não foram suficientes para o esclarecimento das relações filogenéticas dos membros causadores de ferrugem do cerrado neste nível hierárquico dentro da ordem, havendo a necessidade de aprofundamento das análises filogenéticas principalmente com os grupos mais esclarecidos e atualização nomenclatural de alguns espécimes com classificação taxonômica indefinida. Além disso foi realizada caracterização morfo-molecular e nova nomeação de uma espécie de Uromyces encontrada em Phthirusa stelis (Loranthaceae) e um estudo sobre a interação entre U. euphorbiae com Colletotrichum truncatum, baseado em caracterização morfo-molecular de ambos os fungos envolvidos encontrados em folhas de Euphorbia hirta (Euphorbiaceae). Além de aumentar as informações sobre as espécies já conhecidas, o trabalho resultou em novos relatos de ocorrência de membros das Pucciniales em nova hospedeiras e novos locais, prováveis espécies novas, relatos de fase ou fases do ciclo de vida até então inéditas e, finalmente, algumas atualizações nomenclaturais e taxonômicas. / The order Pucciniales is an important component of Brazilian Cerrado micobiota, although few is known about its biodiversity and the existent information is almost exclusively based on morphological aspects. Studies of rust fungi involving molecular and phylogenetic analysis in the Cerrado are scarce. In order to increase the morphological knowledge and promote some advance in the understandment of their phylogenetic relationships, a total of 41 Pucciniales species were morphologically characterized, among which 36 were also mollecularly characterized, including sexual and assexual forms. The specimens were collected in the states of Goiás, Mato Grosso, Maranhão, Minas Gerais and Distrito Federal. In the Cerrado, the rust fungi were found inhabiting plants of the families Anacardiaceae, Annonaceae, Arecaceae, Asteraceae, Bignoniaceae, Clusiaceae, Combretaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Lauraceae, Loranthaceae, Malpighiaceae Myrtaceae, Rosaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Solanaceae, Vochysiaceae and Thelypteridaceae. This study consisted in the characterization, illustration and complementation of data about many specimens previously known or unknown. In this study were included members of Pucciniaceae (Puccnia and Uromyces), Phakopsoraceae (Phakopsora, Batistopsora, Catenulopsora and Crossopsora), Raveneliaceae (Diorchidium, Esalque, Ravenelia and Sphaerophragmium), Uropyxidaceae (Dasyspora, Kimuromyces, Mimema, Porotenus and Prospodium) Chaconiaceae (Chaconia and Aplopsora), Pileolariaceae (Skierka) and Phragmidiaceae (Kuehneola). Besides, in this study they were included some species of uncertain taxonomic classification belonging to the genera Cerradoa and Desmella and some assexual specimens simply considered as Aecidium and Uredo. The phylogenetic analysis based on LSU region of rDNA was realized using Bayesian Inference and included the specimens studied here and more related species obtained from GenBank and the tree was rooted with Platygloea disciformis. This is the first time that a broad study based on molecular and phylogenetic analysis of Pucciniales from Cerrado is realized, including representative members of many families. Here it was presented the molecular characterization of many fungal specimens belonging to Pucciniales inhabiting endemic and exotic plants in the Cerrado, which will enrich NCBI database and contribute to study and comprehension of phyiogeny of this order in posterior studies. In general, the data obtained enabled the understandment about phylogenetic placement of some groups at genera and species level, as observed in Phakopsoraceae. The majority of families as Pucciniaceae, Raveneliaceae, Uropyxidaceae and Phakopsoraceae were poliphyletic, although data were insufficient to clarify the phylogenetic relationship among rust fungi at this taxonomic level. So, it is necessary to intensify the phylogenetic analysis specially with groups more clarified and to update the nomenclature of some specimens with uncertain taxonomic classification. Furthermore, it was realized the morpho-molecular characterization and naming of a new species of Uromyces founded in Phthirusa stelis (Loranthaceae) and the study of interaction between U. euphorbiae and Colletotrichum truncation based on morphomolecular characterization of both fungi inhabiting leaves of Euphorbia hirta (Euphorbiaceae). In addition to increase the disponible information about species already known, this study resulted in new records of occurence of Pucciniales in new hosts and locals, problable new species, record of stadium or life cycle stadium unknown until now and, finally, some nomenclatural and taxonomic actualizations.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5229_1.pdf: 4164056 bytes, checksum: e0760781c724d0a873097fec971ff5ab (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Face ao seu exotismo e diversidade, a família Bromeliaceae está entre as mais admiráveis da flora neotropical. Embora existam contagens cromossômicas para cerca de 200 espécies (10% dos membros do grupo), poucas são as análises cariológicas prévias agregando informações citogenéticas adicionais, como morfologia cromossômica, caracterização de núcleos interfásicos, dos padrões de condensação cromossômica, ou técnicas de bandeamento. Do ponto de vista molecular, a maioria das inferências têm ocorrido em nível macrotaxonômico, com base na análise de seqüências nucleares e extra-nucleares, havendo poucas análises em nível infragenérico e interespecífico com marcadores moleculares. O presente estudo fornece novas evidências citogenéticas para 73 espécies, dentre as quais 48 espécies e nove gêneros analisados pela primeira vez. Os resultados apontam para uma relativa conservação quanto ao padrão de condensação (proximal em todas as espécies analisadas) e ao principal tipo de núcleo interfásico (semi-reticulado), embora existam diferenças perceptíveis na forma e distribuição dos cromocentros. A maioria das espécies apresenta cromossomos diminutos, havendo uma tendência à bimodalidade em alguns taxa analisados. Para as espécies Aechmea aquilega (Salisbury) Grisebach, A. bromelifolia (Rudge) Baker, Ananas comosus L. Merrill, A. nanus L.B.Smith, Greigia sphacelata (Ruiz & Pavon) Regel, Ochagavia litoralis (Phil.) Zizka, Trumpler & Zoellner, Puya coerulea Lindley e Tillandsia bourgarei Baker, foram efetuadas análises com os fluorocromos CMA/DAPI, revelando predominância de heterocromatina CMA+/DAPI- rica em GC (Guanina-Citosina) associada às RONs (regiões organizadoras de nucléolos). A coloração com nitrato de prata também foi aplicada, revelando um ou dois pares portadores de RONs nas espécies analisadas. As análises de AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism ou Polimorfismos de Tamanho de Fragmentos Amplificados), aplicadas a 40 entidades taxonômicas do subgênero Ortgiesia do gênero Aechmea Ruiz & Pav. revelaram um clado basal incluindo espécies do complexo A. candida-A.coelestrix (composto de cinco genótipos relacionados), a partir do qual as demais provavelmente derivaram, emergindo em três ramos adicionais distintos e parcialmente consistentes com as características fitogeográficas e taxonômicas conhecidas. Os resultados gerados, especialmente aqueles relacionados às espécies de classificação controversa, são discutidos no trabalho

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:17Z No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-29T13:05:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) Previous issue date: 2015-12-11 / Methodologies for molecular analysis population and forensic studies, have been developed based on microsatellites or STRs. The application of the markers, enhance the PCR amplification system, utilizing only one pair of primers (monoplex), or several pairs (multiplex). For human identification by using DNA techniques, the first multiplex system were stabilished with STRs on autossomal chromosomes followed by using of reduced-size STRs (Mini-STRs). Then to the Y chromosome, have been developed the Y-STRs, mini–YSTRs and more recently the rapidly mutating (RM)-YSTRs. However, there are no studies using STRs on Y chromosome for the population of Manaus city, the objective of this study was developed a multiplex system Mini-YSTR to evaluate the amplification efficiency of degraded forensic DNA samples. In addtion, to determine haplotype frequency of the population in Manaus, a commercial Kit PowerPlex ® Y23 System (Promega) was used. Therefore, was developed a multiplex system denominated Mini YSTR09, combining nine mini-YSTR markers and (RM)-YSTR (Chapter I). For validation, tests to evaluate sensbilty, tests of detection sample containing mixtures and tests of degraded forensic DNA samples (98 samples of bones human) were conducted, by SWGDAM procedures.The multiplex was able to amplified 09 (100%) in a DNA mixture system and in 64,4% of degraded forensic DNA samples. For the population studies (chapter II), 214 blood samples were collected of male people, not correlated genetically. All de samples were extracted by using commercial kits and the amplified PCR products (31 Y-STRs in three dferent groups) and they are subjected to capillary electrophoresis in ABI 3500, automatic DNA sequence and analyzing in Genemapper v.4.1 software. 204 DNA samples were typed with the commercial kit (group I),189 with the Mini YSTR09 (group II) and 168 with the set (Mini YSTR09 more commercial Kit PowerPlex ® Y23 System),(group III). Results demonstrated the existing unique haplotypes in group I, II e III of the 202, 181 e 168, respectively.The greatest genetic diversity was found in locos DYS626, DYS570, DYS576, DYS447 (group I); DYS385, DYS570, DYS458, DYS481 e DYS456 (group II) e DYS385, DYS461, DYS626, DYS458, DYS576, DYS447 e DYS456 (group III).The locos DYS447, is was most polymorphic of group I and III. Therefore, the use of multiplex Mini YSTR09 developed made possible the forensic DNA samples amplification and for population analysis, provided a higher capacity of discrimination, when it was used in addition with the commercial kit PowerPlex ® Y23 System, highlighting the locos DYS447, DYS570, DYS576, DYS626. / Metodologias para análise molecular relacionadas com estudos populacional e forense, têm sido desenvolvidas a partir de marcadores de microssatélites (STRs) e as aplicações desses marcadores, potencialzam os sistemas de amplificação por PCR, seja utilizando apenas um par de STRs (monoplex) ou vários STRs (multiplex). Para a identificação humana por DNA, os primeiros sistemas multiplex foram estabelecidos com STRs de cromossomos autossomômicos, seguidos do uso de STRs de tamanho reduzido, conhecidos como Mini- STRs. Posteriormente, para o cromossomo Y, foram desenvolvidos os Y-STRs, os Mini-YSTRs e mais recentemente o uso dos YSTR de mutação rápida (RM)-YSTR. E por não existirem dados com STRs do cromossomo Y na população da Cidade de Manaus, o estudo com tais marcadores torna-se relevante. Assim, os objetivos deste trabalho foram desenvolver um sistema multiplex do tipo MiniY-STR para avaliar a eficiência na amplificação de amostras de casos forenses (DNA degradado) e além disso, em conjunto com o Kit comercial PowerPlex®Y23 System (Promega), determinar a frequência haplotípica da população da cidade de Manaus. Para tanto, foi construído um sistema multiplex “in house” denominado Mini YSTR09, contendo 9 locos de Mini-YSTR e (RM)-YSTR (Capítulo I).Para a validação,foram realizados testes de sensibilidade, de detecção em amostras com misturas e testes em amostras de DNA degradado (98 amostras de osso humano), conforme recomendação do SWGDAM. O multiplex foi capaz de amplificar todos os 09 (100%) locos nos sistemas de mistura de DNA e nos sistemas com amostras de DNA degradado (69,4%). Para o estudo populacional (capítulo II), as 214 amostras de sangue coletadas de indivíduos do sexo masculino não relacionados geneticamente, foram extraídas com kits comerciais e os produtos amplificados por PCR (31 Y-STRs em três grupos), foram submetidos a eletroforese capilar no sequenciador ABI 3500 e analisados no software Genemapper v. 4,1. 204 amostras foram tipadas com o kit comercial (grupo I), 189 com o Mini YSTR09 (grupo II) e 168 com o conjunto desses dois multiplexs, Kit comercial mais o Mini YSTR09 (grupo III). A presença de haplótipos únicos nos grupos I, II e III foi de 202, 181 e 168, respectivamente. A maior diversidade gênica foi dos DYS626, DYS570, DYS576 e DYS447, para o grupo I; dos DYS385, DYS570, DYS458, DYS481 e DYS456 para o grupo II e DYS385, DYS461, DYS626, DYS458, DYS576, DYS447 e DYS456 para o grupo III, sendo o DYS447, dentre os mais polimórficos quando das análises no grupo I e III. Portanto, a aplicação do multiplex Mini YSTR09 aqui desenvolvido, possibiltou a amplificação desse DNA em quantidades mínimas e degradado e além disso, para as análises populaconais proporcionou uma maior capacidade de discriminação quando foi utilizado em conjunto com o kit comercial PowerPlex® Y23 System, destacando-se os locos DYS447, DYS570, DYS576 e DYS626

Introdução Anopheles (Nsssorhynchus) constitui o grupo de anofelinos que encerra o maior número de vetores de plasmódios que causam a malária humana na Região Neotropical. Em vista disso, são as espécies que têm sido mais frequentemente estudadas. O subgênero possui 33 espécies e está dividido em três seções, Myzorhynchella, Albimanus e Argyritarsis. A última revisão da seção Myzorhynchella é a de Galvão (1941) e são raros os estudos com a seção que é formada pelas espécies An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis e An. antunesi. Embora estas espécies sejam consideradas zoofílicas, estudos taxonômicos são necessários para estabelecer a identificação morfológica e para diferenciar estas espécies de outros Anophelinae, fornecendo assim condições adequadas para avaliar as espécies que estão envolvidas na transmissão da malária. Objetivos Caracterizar morfologicamente e molecularmente as espécies da seção Myzorhynchella e estabelecer caracteres morfológicos que permitam a separação entre as mesmas. Métodos Foram realizadas coletas de mosquitos em diferentes localidades da Mata Atlântica, além da análise de caracteres morfológicos de larva, pupa, adultos macho e fêmea e ovos de espécimes disponíveis na coleção entomológica da Faculdade de Saúde Pública FSP/USP, do Museu de Zoologia MZUSP e do Instituto Oswaldo Cruz IOC. Foram realizadas análises moleculares utilizando sequências de bases nucleotídicas da região do Espaçador Interno Transcrito 2 - ITS2 do DNA ribossômico e do gene mitocondrial Citocromo Oxidase Subunidade I - COI. Resultados - Foram caracterizados os adultos, machos e fêmeas, as formas imaturas e os ovos de An. antunesi e de An. lutzii. Anopheles guarani e An. niger foram retiradas da sinonímia de An. lutzii. Foi descrita uma espécie nova que é encontrada em simpatria com An. antunesi na Serra da Mantiqueira. Os resultados das análises filogenéticas corroboraram a existência de pelo menos cinco espécies dentro da seção Myzorhynchella e indicam que An. parvus e An. antunesi podem representar complexos de espécies. Acresce considerar que An. lutzii foi redescrita com o emprego de espécimes do Vale do Ribeira. No entanto, a falta de espécimes de An. lutzii da localidade tipo com as formas adultas e imaturos associados, impediram a caracterização adequada da espécie. Conclusão Foram caracterizadas quatro espécies da seção Myzorhynchella, foi descrita uma espécie nova que ocorre na Serra da Mantiqueira e demonstrou-se que An. parvus e An. antunesi podem ser complexos de espécies. Há a necessidade de continuar os estudos da Seção Myzorhynchella e obter topotipos de An. lutzii / Introduction Anopheles (Nsssorhynchus) is the group of anophelines that has the largest number of vectors of plasmodium that causes human malaria in the Neotropics. Because of this, species of this subgenus have been most frequently studied. The subgenus has 33 nominal species, subdivided into three sections, Myzorhynchella, Albimanus and Argyritarsis. The last revision on species of the Myzorhynchella section is that by Galvão (1941) and taxonomic studies are rare in the section that is formed by An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis and An. antunesi. Although these species are considered to be zoophilic, taxonomic studies are necessary to fix the morphological identification, and to differentiate these species from other Anophelinae, thus providing appropriate conditions to evaluate which species are involved in the transmission of malaria. Objetives To fix the morphological and molecular identification of species of the Myzorhynchella section and to define morphological characters to separate the species. Methods The mosquitoes were collected in different localities in the Mata Atlântica. These specimens were employed in analyses of morphological characters of eggs, larva, pupa, adult male and female, and were compared to specimens deposited in the Entomological Collection of Faculdade de Saúde Pública FSP/USP, Museu de Zoologia MZUSP and Instituto Oswaldo Cruz IOC. Molecular analysis were performed using sequences of of the internal transcribed spacer 2 ITS2 of ribosomal DNA and the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I gene COI. Results We characterized the adults, male and female, immature forms and the eggs of An. antunesi and An. lutzii. Anopheles guarani and An. niger were removed from the synomym of An. lutzii. A new species that was found in sympatry with An. antunesi in Serra da Mantiqueira was described. Results of phylogenetic analysis corroborate the existence of at least five species within Myzorhynchella Section and indicate that An. parvus and An. antunesi may represent complexes of species. Besides An. lutzii was redescribed using specimens of Ribeira Valley. However, the lack of specimens of An. lutzii from the type locality with associated adults and immature forms prevented the proper characterization of the species. Conclusion We characterized four species of Myzorhynchella section, a new species that occurs in Serra da Mantiqueira was described, and it showed that An. parvus and An. antunesi may be species complex. There is a need to continue the studies of the section and get topotypes of An. lutzii

Anopheles é o gênero da família Culicidae mais estudado devido sua importância médica. Atualmente o gênero Anopheles compreende 472 espécies válidas que estão divididas em sete subgêneros. Os principais vetores de plasmódio da Malária no Brasil pertencem ao subgênero Nyssorhynchus, que inclui 39 espécies oficialmente reconhecidas e um número crescente de complexos de espécies crípticas que estão distribuídas em três Seções: Myzorhynchella, Albimanus e Argyritarsis. Atualmente a Seção Myzorhynchella é formada por seis espécies: An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis, An. guarani, An. antunesi e An. pristinus. Para o desenvolvimento da análise morfológica, observou-se material-tipo depositado em diferentes coleções, espécimes depositados na coleção entomológica da FSP/USP, além de outros obtidos em coletas realizadas durante o presente estudo em diferentes localidades do Brasil. As análises moleculares foram desenvolvidas a partir de espécimes obtidos nas coletas. Revisão taxonômica da Seção Myzorhynchella é apresentada, incluindo-se descrições de quatro novas espécies e redescrições das demais, informações sobre bionomia, importância médica, caracterização molecular, distribuição geográfica, estado de preservação do material-tipo, além de chaves de identificação de adultos, larva de quarto estádio e genitália masculina. Os resultados das análises filogenéticas utilizando sequências de ITS2, COI e Catalase indicam a existência de pelo menos doze espécies dentro da Seção Myzorhynchella, os espécimes que vêm sendo identificados como An. antunesi constitui um complexo formado por possíveis cinco espécies e aqueles de An. parvus e An. pristinus também podem representar complexos de espécies. As sequências de ITS2 podem ser utilizadas como marcador diagnóstico para espécies da Seção Myzorhynchella. Contudo, o estudo ainda demonstra que pouco se conhece sobre a diversidade de espécies de Anopheles que ocorrem em ambientes onde a malária ocorre em baixa endemicidade. Pelo número de espécies novas encontradas e pela escassez de trabalhos com espécies da Seção, fica evidente a necessidade de mais estudos. / Anopheles is the Culicidae Family genus most studied because of its medical importance. The genus currently comprises 472 valid species that are divided into seven subgenus. The main vectors of plasmodium malaria in Brazil belong to the subgenus Nyssorhynchus, that includes 39 valid species and a growing number of cryptic species complexes that are divided in three Sections: Myzorhynchella, Albimanus and Argyritarsis. Myzorhynchella Section currently consists of six species: An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis, An. guarani, An. antunesi and An. pristinus. For the morphological analysis, type material deposited in different collections were studied, specimens deposited in the entomological collection of FSP/USP, and other obtained from field collections in different localities in Brazil during this study. The molecular analyzes were taken from specimens obtained in field collections. Taxonomic review of Myzorhynchella Section is presented, including descriptions of four new species and redescriptions of the others, information on bionomics, medical importance, molecular characterization, geographical distribution, preservation status of type material, as well as identification keys of adults, fourth instar larvae and male genitalia. The results of phylogenetic analysis using sequences of ITS2, COI and Catalase indicate the existence of at least twelve species within Myzorhynchella Section, the specimens which have been identified as An. antunesi is a species complex formed by possible five species and those of An. parvus and An. pristinus may also represent species complexes. The ITS2 sequences can be used as a diagnostic marker for species of Myzorhynchella Section. However, the study also shows that little is known about the diversity of Anopheles species that occur in environments where malaria occurs in low endemicity. By the number of new species found and the lack of studies with species of the Section, it is evident the need for further studies.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-15T11:01:10Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-15T12:24:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-15T12:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-04-26 / Brazil is the largest arbovirus granary in the world and presents the largest endemic area of yellow fever (YF). The Ministry of Health reported in 1170 suspected cases of yellow fever, of which 847 are under investigation, 93 were discarded and 230 were confirmed, being in the states of Minas Gerais (201), Espírito Santo (25) and São Paulo (4). Of the total number of cases reported, 186 died, 104 of which remained in the investigation, 79 deaths were confirmed and 3 were discarded. The case fatality rate among confirmed cases was 34.3%. For YF there is no specific treatment, however, vaccination is effective being the only and best way of prevention. Precisely because of this factor and others involved the diagnosis of YF is not made in the health system except by a relevant suspicion. The problem is that in many cases viruses go unnoticed in cases of Dengue virus infection because of cross reactivity between members of the genus Flavívirus or because of non-specific symptoms. The present study analyzed 118 samples that were screened for suspected Dengue Virus infections (VDEN) for the year 2011 to 2013, but discarded for this virus because they gave negative results to the viral agent through serological and molecular tests in the municipality of Goiânia, Goiás. Samples were sent to the Virology Laboratory of the Federal University of Goiás Regional Jataí and analyzed by molecular methods such as RT-PCR and Nested-PCR followed by verification of the amplicon by agarose gel electrophoresis. Among the 118 negative samples for the DENV virus, three of the samples were positive for the Yellow Fever Virus (YVF) according to the production of amplicons of 253 bp of the NS5 region and confirmation of the identity of the amplicon by nucleotide sequencing. The sequences obtained were submitted to BLAST for identity confirmation. The translated sequence was analyzed by MEGA software version 7.0. For phylogenetic analysis, the best model was previously determined and then the tree was constructed with 53 sequences of all Yellow Fever viruses present in databases for a comparative analysis. The sequences found were compared to sequences from the VFA recorded in the Genbank database and were identified as referring to a portion of the NS5 nonstructural protein, position 216 to 296 of this protein, conferring 81 amino acids. The representative tree demonstrated that the sequences submitted were directly related to Senegal taxa. The robustness of the phylogenetic method was by Bootstrap 2000 replicates using the best JTT + G model, Maximum Likelihood. The Tajima test applied yielded a value of D = 1.159570, thus demonstrating that there was no population expansion of the taxa analyzed, considering that they have a significant degree of conservation during evolution. From the results obtained in the study, it can be affirmed that there was already an YFV circulation in the year 2013, at least of patients seen in the central region of Brazil, even before the last outbreak in 2017. / O Brasil é o maior celeiro de arbovírus do mundo e apresenta a maior área endêmica de febre amarela (FA). O Ministério da Saúde notificou, em 2017, 1170 casos suspeitos de febre amarela, sendo que desses 847 estão em investigação, 93 foram descartados e 230 foram confirmados, sendo nos estados de Minas Gerais (201), Espírito Santo (25) e São Paulo (4). Do total de casos notificados, 186 evoluíram para óbito, sendo que 104 óbitos permanecem em investigação, 79 óbitos foram confirmados e 3 foram descartados. A taxa de letalidade entre os casos confirmados foi de 34,3%. Para FA não há tratamento específico, no entanto, a vacinação é eficaz sendo a única e melhor maneira de prevenção. Justamente por esse fator e outros envolvidos o diagnóstico da FA não é feito no sistema de saúde a não ser por uma suspeita relevante. O problema é que em muitos casos os vírus passam despercebidos em casos de infecção pelo vírus Dengue por apresentar reatividade cruzada entre membros do gênero Flavívirus ou por apresentar sintomas inespecíficos. O presente estudo analisou 118 amostras que foram triadas para infecções suspeitas de Vírus da Dengue (VDEN) referentes ao ano de 2011 a 2013, porém descartadas para esta virose por terem dado resultados negativos para o agente viral através de testes sorológicos e moleculares no município de Goiânia, Goiás. As amostras foram encaminhadas para o Laboratório de Virologia da Universidade Federal de Goiás Regional Jataí e analisadas por métodos moleculares, como o de RT-PCR e Nested-PCR seguida da verificação do amplicon por eletroforese em gel de Agarose. Dentre as 118 amostras negativas para os vírus DENV, três das amostras foram positivas para o Vírus da Febre Amarela (VFA) conforme produção de amplicons de 253 pb da região NS5 e confirmação da identidade do amplicon por sequenciamento nucleotídico. As sequências obtidas foram submetidas ao BLAST para confirmação da identidade. A sequência traduzida foi analisada pelo software MEGA versão 7.0. Para análise filogenética foi determinado previamente o melhor modelo e em seguida a árvore foi construída com 53 sequências de todos os vírus da Febre Amarela presentes em bancos de dados para uma análise comparativa. As sequências encontradas foram comparadas com sequências do VFA registradas no banco de dados Genbank e identificouse que se refere a uma porção da proteína não estrutural NS5, posição 216 a 296 desta proteína, conferindo 81 aminoácidos. A árvore representativa demonstrou que as sequências submetidas estavam diretamente relacionadas com táxons do Senegal. A robustez do método filogenético foi por Bootstrap 2000 réplicas utilizando o melhor modelo JTT+G, Maximum Likelihood (Máxima probabilidade). O teste D de Tajima aplicado gerou um valor de D= 1.159570, demonstrando assim que não houve expansão populacional dos táxons analisados, considerando que os mesmos possuem significativo grau de conservação durante a evolução. A partir dos resultados obtidos no estudo, pode-se afirmar que já havia circulação do VFA no ano de 2013, pelo menos de pacientes atendidos na região central do Brasil, antes mesmo do último surto em 2017.

Introdução Anopheles (Nsssorhynchus) constitui o grupo de anofelinos que encerra o maior número de vetores de plasmódios que causam a malária humana na Região Neotropical. Em vista disso, são as espécies que têm sido mais frequentemente estudadas. O subgênero possui 33 espécies e está dividido em três seções, Myzorhynchella, Albimanus e Argyritarsis. A última revisão da seção Myzorhynchella é a de Galvão (1941) e são raros os estudos com a seção que é formada pelas espécies An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis e An. antunesi. Embora estas espécies sejam consideradas zoofílicas, estudos taxonômicos são necessários para estabelecer a identificação morfológica e para diferenciar estas espécies de outros Anophelinae, fornecendo assim condições adequadas para avaliar as espécies que estão envolvidas na transmissão da malária. Objetivos Caracterizar morfologicamente e molecularmente as espécies da seção Myzorhynchella e estabelecer caracteres morfológicos que permitam a separação entre as mesmas. Métodos Foram realizadas coletas de mosquitos em diferentes localidades da Mata Atlântica, além da análise de caracteres morfológicos de larva, pupa, adultos macho e fêmea e ovos de espécimes disponíveis na coleção entomológica da Faculdade de Saúde Pública FSP/USP, do Museu de Zoologia MZUSP e do Instituto Oswaldo Cruz IOC. Foram realizadas análises moleculares utilizando sequências de bases nucleotídicas da região do Espaçador Interno Transcrito 2 - ITS2 do DNA ribossômico e do gene mitocondrial Citocromo Oxidase Subunidade I - COI. Resultados - Foram caracterizados os adultos, machos e fêmeas, as formas imaturas e os ovos de An. antunesi e de An. lutzii. Anopheles guarani e An. niger foram retiradas da sinonímia de An. lutzii. Foi descrita uma espécie nova que é encontrada em simpatria com An. antunesi na Serra da Mantiqueira. Os resultados das análises filogenéticas corroboraram a existência de pelo menos cinco espécies dentro da seção Myzorhynchella e indicam que An. parvus e An. antunesi podem representar complexos de espécies. Acresce considerar que An. lutzii foi redescrita com o emprego de espécimes do Vale do Ribeira. No entanto, a falta de espécimes de An. lutzii da localidade tipo com as formas adultas e imaturos associados, impediram a caracterização adequada da espécie. Conclusão Foram caracterizadas quatro espécies da seção Myzorhynchella, foi descrita uma espécie nova que ocorre na Serra da Mantiqueira e demonstrou-se que An. parvus e An. antunesi podem ser complexos de espécies. Há a necessidade de continuar os estudos da Seção Myzorhynchella e obter topotipos de An. lutzii / Introduction Anopheles (Nsssorhynchus) is the group of anophelines that has the largest number of vectors of plasmodium that causes human malaria in the Neotropics. Because of this, species of this subgenus have been most frequently studied. The subgenus has 33 nominal species, subdivided into three sections, Myzorhynchella, Albimanus and Argyritarsis. The last revision on species of the Myzorhynchella section is that by Galvão (1941) and taxonomic studies are rare in the section that is formed by An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis and An. antunesi. Although these species are considered to be zoophilic, taxonomic studies are necessary to fix the morphological identification, and to differentiate these species from other Anophelinae, thus providing appropriate conditions to evaluate which species are involved in the transmission of malaria. Objetives To fix the morphological and molecular identification of species of the Myzorhynchella section and to define morphological characters to separate the species. Methods The mosquitoes were collected in different localities in the Mata Atlântica. These specimens were employed in analyses of morphological characters of eggs, larva, pupa, adult male and female, and were compared to specimens deposited in the Entomological Collection of Faculdade de Saúde Pública FSP/USP, Museu de Zoologia MZUSP and Instituto Oswaldo Cruz IOC. Molecular analysis were performed using sequences of of the internal transcribed spacer 2 ITS2 of ribosomal DNA and the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I gene COI. Results We characterized the adults, male and female, immature forms and the eggs of An. antunesi and An. lutzii. Anopheles guarani and An. niger were removed from the synomym of An. lutzii. A new species that was found in sympatry with An. antunesi in Serra da Mantiqueira was described. Results of phylogenetic analysis corroborate the existence of at least five species within Myzorhynchella Section and indicate that An. parvus and An. antunesi may represent complexes of species. Besides An. lutzii was redescribed using specimens of Ribeira Valley. However, the lack of specimens of An. lutzii from the type locality with associated adults and immature forms prevented the proper characterization of the species. Conclusion We characterized four species of Myzorhynchella section, a new species that occurs in Serra da Mantiqueira was described, and it showed that An. parvus and An. antunesi may be species complex. There is a need to continue the studies of the section and get topotypes of An. lutzii

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2017-07-17T18:32:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertação (Marcela) -30-01-2017-Corrigida-final -.pdf: 2307445 bytes, checksum: aa95c996c63ff24561a5b4cdf558b62c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-17T18:32:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertação (Marcela) -30-01-2017-Corrigida-final -.pdf: 2307445 bytes, checksum: aa95c996c63ff24561a5b4cdf558b62c (MD5) Previous issue date: 2014-03-13 / CNPQ / A exploração mineral é considerada como uma das atividades que mais degradam o meio ambiente, considerando os diversos impactos que gera. Técnicas moleculares, que têm grande potencial para estudos de diversidade de fungos, podem ser utilizadas para monitorar impactos ambientais e recuperação de áreas degradadas. Este trabalho teve como objetivo avaliar molecularmente as comunidades microbianas do solo de áreas nativa e mineradas e suas implicações na dinâmica da regeneração da vegetação de dunas litorâneas. Foram analisados os solos no período de estiagem e de chuva dos anos de 2009, 2010, 2011 e 2012 em seis áreas: duas matas de restinga controle e uma restinga arbustiva (matas naturais) e três dunas revegetadas (em 1989, 2001 e 2009). Foram feitas análises pela técnica de DGGE das comunidades de bactérias e fungos e pelo método de quantificação do ergosterol foi analisada a biomassa de fungos. Observou-se que a concentração de ergosterol no período de chuva foi maior em relação ao período de estiagem em todas as áreas de coleta. A comunidade de bactérias não apresentou diferenças significativas na diversidade, porém, a comunidade de fungos apresentou mudanças, com incremento do número de bandas 84 para 268 ao longo do estudo. O uso do solo de cobertura nas áreas mineradas proporciona boas condições para a recuperação da microbiota, porém, isso ocorre em função do tempo de revegetação. Conforme evidenciam as análises da biomassa de fungos e da estrutura molecular das comunidades microbianas evidenciaram isso. / Mineral exploitation is regarded as one of the activities that mostly degrade the environment, considering the different impacts it generates. Molecular techniques, which have great potential for studies of fungal diversity, can be used to monitor environmental impacts and reclamation. This study aimed to molecularly assess soil microbial communities of cover soil of native and mined areas and their implications on the dynamics of regeneration of the vegetation of coastal dunes. Soils were analyzed during the dry and rainy seasons of the years 2009, 2010, 2011 and 2012 in six areas: two forests and one shrub Restinga (natural forests) and three revegetated dunes (in 1989, 2001 and 2009). DGGE analyzes of the bacterial and fungal communities were performed and the quantification of ergosterol was carried out to access fungal biomass. It was observed that the concentration of ergosterol in the rainy season was higher than in the dry season in all sampling areas. The bacterial community showed no significant differences in diversity, however, the fungal community showed significant changes, with the increase of the number of DGGE bands from 84 to 268 throughout the study. The use of the cover soil in mined areas promotes good conditions for the recovery of soil microbial communities; however, recovery happens over time along with revegetation. Analyzes of the fungal biomass and the molecular structure of microbial communities showed that.

O gênero Okenia possui cerca de 50 espécies distribuídas ao redor do mundo, o qual claramente necessita de uma profunda revisão taxonômica. No Brasil, até então, são reportadas apenas três espécies: Okenia impexa, O. evelinae -- ambas com localidade-tipo em São Paulo -- e O. zoobotryon que foi originalmente descrita para Bermudas. Entretanto os registros de O. zoobotryon em águas brasileiras são ainda questionáveis. Esta espécie tem sido considerada durante muitos anos uma das mais problemáticas dentro do gênero, com outras como O. evelinae e O. polycerelloides já tendo sido propostas como sinônimas de O. zoobotryon e revalidadas por diferentes autores. Adicionalmente, O. zoobotryon tem sido reportada em diferentes partes do mundo, supostamente apresentando uma distribuição praticamente cosmopolita. Nesse contexto, este estudo apresenta uma análise morfológica e molecular de espécimes previamente identificados como O. zoobotryon procedentes de Bermudas, Austrália e Brasil. Além disso, exemplares de O. evelinae também foram analisados, com o intuito de esclarecer a possível sinonímia entre estas espécies. A análise morfológica revelou que os exemplares da Austrália são de fato uma espécie diferente, recentemente descrita como Okenia harastii, enquanto os espécimes do Brasil pertencem à espécie O. polycerelloides, que é claramente diferente de O. zoobotryon proveniente das Bermudas. Os principais caracteres anatômicos que corroboram a distinção entre as espécies aqui estudadas estão presentes na rádula e nos sistemas reprodutor e nervoso. A coloração é muito diferente entre O. evelinae e O. zoobotryon, porém a morfologia não as separou claramente, o que foi conseguido através de estudos moleculares preliminares. Dessa forma, ao contrário do que se pensava, O. zoobotryon parece estar restrita ao Oceano Atlântico Norte / The genus Okenia has about 50 species distributed around the world, which clearly need a deep taxonomic revision. In Brazil only three species are reported: Okenia impexa, O. evelinae -- both with type locality in São Paulo, Brazil -- and O. zoobotryon. Originally described from Bermuda, the records of the latter on the Brazilian waters are still questionable. In fact this species has been one of the most problematic in the genus. Okenia evelinae and O. polycerelloides have already been considered as synonyms of O. zoobotryon and were revalidated by different authors. Additionally, O. zoobotryon has been reported in different parts of the world, with a supposed cosmopolitan distribution. Thus, this study presents a morphological and molecular analysis of specimens previously identified as O. zoobotryon from Bermuda, Australia, and Brazil. We also studied specimens of O. evelinae in order to clarify the possible synonymy of these species. The morphological analysis revealed that the specimens from Australia are indeed a different species, recently described as Okenia harastii, while the ones from Brazil belong to Okenia polycerelloides, which is clearly distinct from O. zoobotryon. The distinctive anatomical characteristics that justify the separation among the species studied here are present in the radula, and reproductive and nervous systems. The color is very different between O. evelinae and O. zoobotryon, but the morphology did not clearly separate these two taxa. However, preliminary molecular data reveal that they are two distinct species. Thus, contrary to what was thought O. zoobotryon seems to be restricted to the North Atlantic Ocean.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genus Scleroderma Pers.: Fr. belongs to Order Boletales, Phylum Basidiomycota, and involves a group of fungi whose spore production occurs in an enclosed hymenium with passive basidiospores release. The main morphological characteristic of this genus are the size and ornamentation of the spores and mycorrhizal association with various tree species. The aim of this study is to identify Scleroderma species of Pampa biome region by using techniques of morphological analysis and molecular biology following specific methodologies. For an accurate analysis of the basidiospore ornamentation, scanning electron microscopy (SEM) was used. The specimens collected were deposited in the Herbarium SMDB of the Department of Biology, Federal University of Santa Maria - UFSM. For the analysis of phylogenetic relationships of selected species of Scleroderma was sequenced the rDNA (ITS1-5.8S-ITS2) region of some specimens collected or obtained from other herbaria for comparison with sequences deposited in GenBank. Two species were identified: S. albidum; S. citrinum and a specimen to genus level (Scleroderma sp.). We have generate 20 new ITS sequences, clustering most of them, in S. albidum clade, contrasting, however, with basidiome morphological variation initially observed; they represent the first records of this species for the ITS region in GenBank database. Sequences in clade S. albidum showed high similarity with some other nominated as S. bovista, S. aurantium and Sceroderma sp. from GenBank so, the latter sequences are considered as conspecific in the clade. S. citrinum clustered together with homonymous sequences from China, United States and Germany being conspedifics, and its basidiomes were the most identifable in study area by their morphological characteristics. The specimen ICN:154625, from Rio Grande do Sul, State nominated as S. verrucosum, showed high similarity with sequences of S. areolatum and were identified under the latter name. The phylogenetic analysis confirms the literature trend on formation of two major infrageneric clades combining, respectively, echinulate spores plus simple-septate hyphae and reticulate spores plus fibulae. Scleroderma sp. appeared phylogenetically isolated from these two main clusters suggesting a probable formation of a new clade combining echinulate spores and fibulae. / O gênero Scleroderma Pers.: Fr. pertence à Ordem Boletales, Filo Basidiomycota, e envolve um grupo de fungos cuja produção dos esporos ocorre em um himênio fechado, com liberação passiva dos basidiósporos. As principais características morfológicas deste gênero são o tamanho e ornamentação dos esporos e a associação micorrízica com várias espécies arbóreas. Este trabalho tem por objetivo buscar a identificação das espécies do gênero Scleroderma de ocorrência no bioma Pampa, utilizando, para esta finalidade, técnicas morfológicas e de moleculares, segundo metodologias específicas para o estudo do grupo. Para a análise inequívoca da ornamentação dos basidiósporos, foi utilizada a Microscopia Eletrônica de Varredura MEV. Os espécimes coletados foram depositados no Herbário SMDB do Departamento de Biologia da Universidade Federal de Santa Maria - UFSM. Para a análise das relações filogenéticas das espécies selecionadas de Scleroderma, foram sequenciadas as regiões ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA de alguns espécimes coletados ou obtidos de outros herbários para comparação com sequências depositadas no GenBank. Duas espécies foram identificadas: S. albidum; S. citrinum e um espécime a nível somente de gênero (Scleroderma sp.). Foram obtidas 20 novas sequencias de ITS, a maioria delas agrupando-se no clado para S. albidum contrapondo a variação morfológica inicialmente verificada nos basidiomas e representando os primeiros registros desta espécie para a região ITS no banco de dados do GenBank; as sequências deste clado também apresentaram alta similaridade com outras do GenBank nominadas como S. bovista, S. aurantium e Scleroderma sp. (da Estônia e Montenegro), permitindo, assim, a retificação nas suas identidades para S. albidum, S. citrinum alinhou com sequências homônimas da China, Estados Unidos e Alemanha mostrando-se conspecíficas, e seus basidiomas podem ser considerados os de mais fácil identificação da área de estudo pelas suas características morfológicas. O espécime ICN:154625, nominado como S. verrucosum, anteriormente citado para o Rio Grande do Sul, mostrou alta similaridade com sequências de S. areolatum do GenBank, formando um clado S. areolatum. A análise filogenética confirma a tendência na literatura para a formação de dois grandes clados infragenéricos combinando, respectivamente, esporos reticulados e hifas fíbuladas ou esporos equinulados e septos simples. Scleroderma sp. isolou-se filogeneticamente dos dois grupos anteriores sugerindo a provável formação de um novo clado combinando com esporos equinulados e hifas fíbuladas.