Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2017-09-21T20:25:51Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Cálita Pollyanna Marques - 2017.pdf: 1468493 bytes, checksum: 90300902d8a48fc5600761dfccf90324 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-09-22T11:43:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Cálita Pollyanna Marques - 2017.pdf: 1468493 bytes, checksum: 90300902d8a48fc5600761dfccf90324 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-22T11:43:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Cálita Pollyanna Marques - 2017.pdf: 1468493 bytes, checksum: 90300902d8a48fc5600761dfccf90324 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-30 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / American Cutaneous Leishmaniasis (LTA) is caused by protozoa of the genus Leishmania and it attacks the skin and/or mucous membranes. It is an endemic zoonosis in Brazil being notified in all the Regions. There is a relation between the species of parasite and the clinical manifestations, contributing to the diagnostic complexity, which up to the present, did not exist species-specific diagnosis. In the present work, the proposal was to standardize the analysis of the PCR/RFLP products to the ITS and G6PD genes in polyacrylamide gel. In order to standardize PCR/RFLP analysis on the ITS and G6PD genes, DNA from the reference Leishmania spp. Sample was used and 5%, 6%, 7% 8% and 10% polyacrylamide were tested. The protocol design considered the size of the amplicons generated by the PCR / RFLP, correlating the concentration of the polyacrylamide. To standardize the electrophoresis time the migration of the dyes used in the DNA sample buffer was monitored. To validate the technique, we selected 521 samples from Tocantins patients fixed on slides and 43 samples of parasite isolates stored in Leishbank. The samples from the patients from Tocantins were analyzed by PCR/RFLP to the kDNA and were selected to those positive for the validation. The concentration of the matrix for analysis of the PCR and RFLP products to the ITS gene was standardized in 6% and 8%, respectively, and distinguished the species L. (L.) amazonensis, but the species L. (V.) braziliensis, L. (V.) guyanensis and L. (V.) lainsoni were not distinguished among themselves, occurring the same between L. (V.) naiffi and L. (V.) shawi. The concentration of the matrix for analysis of the PCR products to the G6PD gene was standardized in 6% and distinguished L. (V.) braziliensis from the others. The validation of the polyacrylamide gel analysis of the PCR products to the ITS target from samples of patients fixed in slides was not performed, since of the 256 samples analyzed only 4 amplified. The validation of the analysis of the products of the PCR to the G6PD target in polyacrylamide gel from 48 samples fixed in slides characterized 81% as L. (V.) braziliensis and, characterized 63% of the isolates of parasites as L. (V.) braziliensis. The PCR/RFLP analyzes performed to discriminate Leishmania spp. are complementary and thus contribute to the species-specific diagnosis of LTA. / A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) é causada por protozoários do gênero Leishmania e acomete pele e/ou mucosas. É uma zoonose endêmica no Brasil sendo notificada em todas as Regiões. Há uma relação entre a espécie de parasito e as manifestações clínicas, contribuindo à complexidade diagnóstica, que até o presente, não existi o diagnóstico espécie-específico. No presente trabalho, a proposta foi padronizar a análise dos produtos da PCR/RFLP aos genes ITS e G6PD em gel de poliacrilamida. Para padronizar as análises dos produtos da PCR/RFLP aos genes ITS e G6PD, foram utilizadas DNA da amostra de Leishmania spp., de referência, sendo testada a poliacrilamida na concentração de 5%, 6%, 7% 8% e 10%. O delineamento do protocolo considerou o tamanho dos amplicons gerados pela PCR/RFLP, correlacionando-o a concentração da poliacrilamida. Para padronizar o tempo da eletroforese foi monitorada a migração dos corantes usados no tampão da amostra de DNA. Para validar a técnica, foram selecionadas 521 amostras de pacientes tocantinenses fixadas em lâminas e 43 amostras de isolados de parasitos armazenados no Leishbank. As amostras dos pacientes tocantinenses foram analisadas pela PCR/RFLP ao kDNA e foram selecionadas àquelas positivas para a validação. A concentração da matriz para analise dos produtos da PCR e RFLP ao gene ITS ficou padronizada respectivamente em 6% e 8% e distinguiu a espécie L.(L.) amazonensis, porém as espécies L. (V.) braziliensis, L. (V.) guyanensis e L. (V.) lainsoni não foram distinguidas entre si, ocorrendo o mesmo entre L. (V.) naiffi e L. (V.) shawi. A concentração da matriz para analise dos produtos da PCR ao gene G6PD ficou padronizada em 6% e distinguiu L. (V.) braziliensis das demais. A validação da análise em gel de poliacrilamida dos produtos da PCR ao alvo ITS a partir de amostras de pacientes fixadas em lâminas não ser realizada, pois das 256 amostras analisadas somente 4 amplificaram. A validação da análise dos produtos da PCR ao alvo G6PD em gel de poliacrilamida a partir de 48 amostras fixadas em lâminas caracterizou 81% como L. (V.) braziliensis e, caracterizou 63% dos isolados de parasitos como L. (V.) braziliensis. As análises pela PCR/RFLP realizadas para discriminar Leishmania spp. se complementam e, assim, contribuem para o diagnóstico espécie-específico da LTA.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-07-20T11:44:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Tese Catarina Maria Aragao de Mello.pdf: 5575765 bytes, checksum: b3c4ea02e6cc1d75d2d5ecf461a8b707 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-20T11:44:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Tese Catarina Maria Aragao de Mello.pdf: 5575765 bytes, checksum: b3c4ea02e6cc1d75d2d5ecf461a8b707 (MD5) Previous issue date: 2015-05-29 / FACEPE / O conhecimento da diversidade de fungos micorrízicos arbusculares em raízes de plantas cultivadas é um pré-requisito para o manejo efetivo e a sustentabilidade de sistemas agrícolas. O objetivo deste trabalho foi determinar qualitativa e quantitativamente as comunidades de FMA em agrossistemas plantados com milho, em Pernambuco. Na primeira etapa do trabalho foram realizadas coletas em três estações experimentais do Instituto Agronômico de Pernambuco: uma localizada em área úmida (Zona da Mata - Itambé) e duas no semiárido (Agreste – Caruaru; Sertão - Serra Talhada) em 2010 e 2011. A análise morfológica dos esporos permitiu a diferenciação de 57 espécies de FMA, das quais duas novas para a ciência. Maior densidade de esporos ocorreu na área do agreste, que apresentou menor riqueza de espécies de FMA. Na área mais úmida foi registrada maior riqueza. A estrutura das comunidades de FMA diferiu entre os locais, segundo o teste de procedimento de permutação multi-resposta (MRPP), em função de diferenças nos atributos químicos e granulométricos dos solos. Duas novas espécies foram descritas: Fuscutata aurea, registrada em Itambé e Paraglomus pernambucanum, encontrada em amostras coletadas em Caruaru e Serra Talhada. Foi proposta uma nova combinação para Paraglomus (P. bolivianum) e revisada a ocorrência mundial dos representantes de Paraglomus e Pacispora. Na segunda etapa do estudo (2012) foram realizadas coletas em três propriedades privadas irrigadas, localizadas também nas Zonas da Mata, Agreste e Sertão, respectivamente nos municípios de Igarassu, Passira e Serra Talhada, em dois períodos de desenvolvimento do milho (60 – floração e 90 dias – colheita). A análise morfológica dos esporos revelou a presença de 43 espécies de FMA. Também foram realizadas análises moleculares da raiz, sendo sequenciados 433 clones do SSU rDNA, dos quais 93 pertencentes a indivíduos das ordens Diversisporales, Gigasporales, Glomerales e Paraglomerales. Dentre os 259 clones do LSU rDNA, 153 corresponderam a gêneros incluídos em Diversisporales, Gigasporales e Glomerales. Os demais clones foram relacionados a outros grupos de eucariotas. Em todas as áreas predominaram representantes de Acaulospora e Glomus. Houve diferença significativa entre as áreas para a maioria dos atributos químicos e composição granulométrica dos solos. A estrutura das comunidades de FMA foi significativamente diferente entre as áreas, de acordo com a ordenação (NMS) e o método estatístico (PERMANOVA). A maior porcentagem de raiz colonizada ocorreu em plantas coletadas em Igarassu (Mata), enquanto a maior riqueza de espécies foi encontrada em solos de Passira (Agreste). A diversidade de FMA no solo difere daquela encontrada no sistema radicular de plantas colonizadas. Representantes dos gêneros Claroideoglomus, Diversispora, Dominikia, Intraornatospora, Redeckera e Rhizoglomus não foram identificados no solo rizosférico, enquanto Ambispora e Paradentiscutata foram observados apenas a partir da análise morfológica dos esporos presentes no solo, não sendo obtidas sequências desses gêneros. A rizosfera de plantios de milho, mesmo em áreas com diferentes características edafoclimáticas, abriga diversificada comunidade de FMA, com dominância dos gêneros Glomus e Acaulospora. O estádio fenológico do milho pode influenciar a diversidade, e a composição das comunidades de FMA pode ser melhor determinada com o uso conjunto de ferramentas moleculares e morfológicas para identificação dos fungos. / The effective management and sustainability of agricultural systems depends on the knowledge of the diversity of AMF in roots of cultivated plant. The aim of this study was to determine qualitatively and quantitatively the AMF communities in corn agrosystems, in Pernambuco, Northeast Brazil. In the first stage of this work collections were carried out in three experimental stations of the Agronomic Institute of Pernambuco: one located in an Atlantic rain forest area (Forest Zone - Itambé) and two in semiarid areas ("Agreste" - Caruaru and "Sertão" - Serra Talhada), in 2010 and 2011. Fifty seven taxa were found, two of which are new species. In the “agreste” area we found higher number of spores and lower richness of AMF species. The highest species richness was registered in the most humid area. The structure of the AMF communities differed among the sites, according to the multi-response permutation procedure test (MRPP), due to differences in chemical and physical soil attributes. The new species described are: Fuscutata aurea, registered in Itambé (humid area) and Paraglomus pernambucanum found in samples from the semiarid areas. A new combination for Paraglomus (P. bolivianum) was proposed, and a survey of the global occurrence of Paraglomus and Pacispora was performed. In the second stage of this study (2012), samples were taken in three private properties, with irrigated fields of corn also located in the three areas: rain Forest (Igarassu), "Agreste" (Passira) and "Sertão" (Serra Talhada). The collections were performed in two periods of corn development (60 days – flowering, and 90 days - harvest). The morphological analysis revealed the presence of 43 AMF taxa. Molecular root analyses were performed, and 433 clones sequenced (SSU rDNA), of which 93 belonged to individuals of the orders Diversisporales, Gigasporales, Glomerales and Paraglomerales. Among the 259 clones of the LSU rDNA, 153 corresponded to genera included in Diversisporales, Gigasporales and Glomerales. The remaining clones were related to other eukaryotic groups. Species of Acaulospora and Glomus predominated in the areas. Significant differences among the areas for most chemical and physical soil attributes were found. The structure of the AMF communities was significantly different among the areas, according to the ordination (NMS) and the statistical method (PERMANOVA). The highest percentage of root colonization occurred in plants collected in Igarassu (Forest), while the highest species richness was found in Passira soils (Agreste). The diversity of AMF in the soil differs from that found in the root system of colonized plants. The genera Claroideoglomus, Diversispora, Dominikia, Intraornatospora, Redeckera and Rhizoglomus were only detected through molecular analysis, while Ambispora and Paradentiscutata were observed just from morphological analysis. The rhizosphere of corn crops in areas with different soil and climatic characteristics has a diverse community of AMF, with dominance of Glomus and Acaulospora species. The growth stage of corn plants can influence the diversity of AMF fungi, which decreased in the rhizosphere of older plants. The simultaneous use of morphological and molecular approaches can improve the knowledge about the composition of AMF communities.

Orientador: Kester Carrara / Resumo: É sabida a existência de diversas propostas para a explicação de fenômenos comportamentais. A pretensão, neste trabalho, foi discutir dois tipos de análise comportamental, a saber, molar e molecular, buscando realizar uma análise crítica que implique discussões sobre as próprias definições de molar e molecular, diferenças, semelhanças, e o que esses dois tipos de análise podem oferecer e contribuir para a ciência da análise do comportamento. Para alcançar esse objetivo foi realizado o rastreio de material, de forma a incluir os dois níveis de análise, no portal de busca “APAPsycNET”. A seleção dos trabalhos foi feita a partir da leitura do título e do resumo, buscando estar de acordo com os critérios de inclusão e de exclusão definidos. As publicações encontradas foram incluídas em alguma das categorias de análise estabelecidas, de acordo com a definição de cada categoria: (a) pesquisas teóricas; (b) pesquisas interpretativas; (c) pesquisas aplicadas; e (d) pesquisas experimentais. A análise do material implicou a utilização adaptada do Procedimento de Interpretação Conceitual de Texto (PICT). Os resultados encontrados são controversos, pois há autores que definem as duas propostas como opostas e diferentes, já outros explicam que relações molares são compostas por relações moleculares, embora relações molares possam gerar maiores informações sobre determinadas relações organismo-ambiente e a partir disso é possível a investigação de qualquer fenômeno utilizando ambos os tipo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The existence of several proposals for the explanation of behavioral phenomena is known. The intention, in this work, was to discuss two types of behavioral analysis, namely, molar and molecular, seeking to carry out a critical analysis that involves discussions about the very definitions of molar and molecular, differences, similarities, and what these two types of analysis can offer and contribute to the science of behavior analysis. In order to achieve this objective, material tracking was carried out, in order to include the two levels of analysis, in the search portal “APAPsycNET”. The selection of works was made by reading the title and the abstract, seeking to comply with the defined inclusion and exclusion criteria. The publications found were included in one of the established analysis categories, according to the definition of each category: (a) theoretical research; (b) interpretative research; (c) applied research; and (d) experimental research. The analysis of the material implied the adapted use of the Conceptual Text Interpretation Procedure (PICT). The results found are controversial, as there are authors who define the two proposals as opposed and different, while others explain that molar relationships are composed of molecular relationships, although molar relationships can generate more information about certain organism-environment relationships and from that it is possible to investigation of any phenomenon using both types of analysis. In this case, the... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Alguns estudos mostraram que heterópteros aquáticos podem influenciar a estrutura de comunidades zooplanctônicas. No entanto, parte destes estudos foram realizados em experimentos de laboratório que não são capazes de simular totalmente a estrutura do ecossistema. Para confrontar este problema, técnicas moleculares juntamente com experimentos in situ podem ser adotados. A técnica molecular baseia-se na detecção de DNA das presas (biomarcadores) no tubo digestório dos predadores. O objetivo deste trabalho foi analisar o conteúdo estomacal dos heterópteros Martarega uruguayensis e Rheumatobates crassifemur visando avaliar a hipótese da presença de presas zooplanctônicas por meio de vestígios de DNA , bem como avaliar a existência do efeito da predação dos notonectídeos sobre a densidade populacional das presas no ambiente. Para atender aos objetivos propostos, o trabalho foi dividido em 3 capítulos: O capítulo I descreve como foram escolhidos os biomarcadores moleculares das presas e o desenvolvimento dos primers necessários para conduzir as análises. Os primers específicos são de regiões internas do gene COI das presas zooplanctônicas. Foram testadas suas especificidades e sensibilidade por meio de reações de PCR. Em testes de especificidade, todos os primers amplificaram com êxito o biomarcador das presas-alvo, sendo incapazes de amplificar o biomarcador de qualquer outra espécie testada. Em testes de sensibilidade, os primers amplificaram com sucesso os biomarcadores das presas zooplanctônicas mesmo em baixas concentrações de DNA, assim como diretamente do trato digestório dos predadores; O capítulo II aborda aspectos da dieta dos predadores a partir da frequência de biomarcadores das presas encontrados nos tubos digestório dos insetos coletados no lago. Por meio de 48 reações de PCR com os primers específicos das presas-alvo foram analisados 240 tubos digestórios dos predadores. As presas com maior eletividade foram S. serrulatus e D. gessneri, e a menor foi D. cf. brevireme, apesar da alta abundância no ambiente. Tanto para gerrídeos quanto para notonectídeos há uma seletividade acentuada por espécies de presas de maior tamanho, mesmo que em menor frequência relativa no ambiente quando comparadas a outras espécies. Acredita-se que a preferência por presas maiores esteja relacionada à maior facilidade para detecção e manipulação do predador. A frequências de biomarcadores nos tubos digestórios de M. uruguayensis foi maior no período com maior disponibilidade de presas; O capítulo III avaliou, o efeito do predador M. uruguayensis (Notonectidae) sobre as densidades das populações de presas zooplanctônicas a partir de experimento em mesocosmo. No geral, não houve influência significativa dos predadores sobre nenhuma espécie nos dois primeiros dias. O efeito da predação sobre copepoditos e náuplios foi mais acentuados entre os dias 3 e 4, enquanto que para copépodos adultos foi nos dias 2 e 3. Já para os cladóceros o efeito foi mais acentuado nos dias 4 a 6, exceto para D. cf. brevireme que não teve efeito da predação em nenhum dia. Aspectos relacionados ao tamanho corporal, densidade populacional das presas, capacidade de evasão e diminuição da sobreposição entre predador e presa são fatores fundamentas no padrão de seletividade e da preferência alimentar de notonectídeos. / A few studies have shown that aquatic heteroptera can influence the structure of zooplanktonic communities. However, some of these studies have been conducted in laboratory experiments that are not able to fully simulate the structure of the ecosystem. To confront this problem, a molecular approach along with in situ experiment can be adopted. Molecular approach is based on the detection of prey DNA (biomarkers) in the digestive tract of predators. The objective of this work was to analyze the gut contents of the heteropterans Martarega uruguayensis and Rheumatobates crassifemur to test the hypothesis that will be found traces of zooplankton prey DNA, as well as the effect of the notonectid predation on population density of prey in the environment. To meet the proposed objectives, the work was divided in 3 chapters: Chapter I describes how the molecular biomarkers of prey were chosen and the development of the primers needed to conduct the analyses. The specific primers are from internal regions of the COI gene of zooplanktonic prey. Their specificities and sensibility were tested by means of PCR reactions. In specificity tests, all primers successfully amplified the target prey biomarker and were unable to amplify biomarker of any other species tested. In sensitivity tests, the primers successfully amplified the biomarkers of zooplankton prey even at low DNA concentrations, as well as directly from the digestive tract of predators; Chapter II addresses aspects of the predators diet using the frequency of biomarkers of prey found in the digestive tubes of the insects. By means of 48 PCR reactions, with the specific primers from target prey, were analyzed 240 digestive tracts of predators. The prey with greater electivity were S. serrulatus and D. gessneri, and the smaller one was D. cf. brevireme, despite the high abundance in the environment. For both gerrids and notonectids, there was a marked selectivity for larger size prey, even though at a lower relative frequency in the environment when compared to other species. This suggests that the preference for larger prey is related to the greater facility for detection and manipulation by the predator. The frequencies of biomarkers in the digestive tracts of M. uruguayensis were higher in the period with higher prey availability; Chapter III evaluated the effect of the predator M. uruguayensis on the densities of zooplankton prey populations from experiment in mesocosm. In general, there was no significant influence of predators on any species in the first two days. The effect of predation on copepodites and nauplii were more pronounced between days 3 and 4, whereas for adult copepods on days 2 and 3. The effect on cladocerans was more pronounced on days 4 to 6, except for D. cf. brevireme that was not preyed on. Aspects related to body size, population density of the prey, evasion capacity and decrease overlap between predator and prey are fundamental in the pattern of selectivity and feeding preference of notonectids.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 martaalvesdasilvaarroyo_tese.pdf: 1264627 bytes, checksum: 85d0ef94c2a034728b5c60ca84368d6a (MD5) Previous issue date: 2010-05-17 / Lactose intolerance has been, for many years, considered as a worldwide problem in many children and adults. Objective: The aim is to investigate the prevalence of polymorphism -13910C/T, in a neonatal tracking, for early diagnosis of lactose tolerance/intolerance. Material and Methods: A cross-sectional case study of 310 Brazilian newborns. DNA was extracted from leukocyte umbilical cord and specific primers were used to amplify the region that encloses the -13910C/T polymorphism of the MCM6 gene, using the polymerase chain reaction and the restriction fragment length polymorphism tests. Results: One hundred and sixty (52%) male newborns and 150 (48%) female were evaluated. From these, 191 (62%) presented CC genotype (lactose intolerant), 95 (31%) CT genotype, and 24 (7%) TT genotype, comprising a total of 119 (38%) lactose tolerant newborns. According the newborns´ gender distribution in relation to the phenotypes has been found 97 (32%) of male gender and 94 (30%) of female gender lactose intolerant, and 63 (20%) male and 56 (18%) female lactose tolerant newborns, not being such distribution statistically significant (p = 0.801). Conclusions: The molecular analysis made possible the identification of the presence or absence of lactase persistence variant in Brazilian newborns. The neonatal molecular diagnosis can optimize the follow-up of positive results in newborn screening for lactose intolerance. / A intolerância à lactose tem sido considerada, por muitos anos, como um problema mundial em muitas crianças e adultos. Objetivos: investigar a prevalência do polimorfismo -13910 C/T, em um rastreamento neonatal, para o diagnóstico precoce da tolerância/intolerância à lactose. Material e Métodos: Estudo de casos em corte transversal em 310 neonatos brasileiros. O DNA foi extraído de leucócitos de sangue de cordão umbilical e primers específicos foram usados para amplificar a região do gene MCM6 que abrange o polimorfismo -13910 C/T, usando as técnicas da Reação em Cadeia da Polimerase e do Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição. Resultados: Foram avaliados 160 (52%) recém-nascidos do gênero masculino e 150 (48%) do gênero feminino. Destes, 191 recém-nascidos (62%) apresentaram o genótipo CC (intolerantes à lactose), 95 (31%) o genótipo CT e 24 (7%) o genótipo TT, perfazendo um total de 119 (38%) neonatos tolerantes à lactose. A distribuição do gênero dos recém-nascidos em relação aos fenótipos determinou 97 (32%) do gênero masculino e 94 (30%) do feminino intolerantes à lactose, e 63 (20%) recém-nascidos do gênero masculino e 56 (18%) do feminino tolerantes à lactose não sendo, essa distribuição, estatisticamente significante (p=0,801). Conclusão: A análise molecular permitiu identificar a presença ou ausência da variante persistência da lactase em neonatos brasileiros. O diagnóstico molecular pode otimizar o seguimento dos resultados positivos no rastreamento neonatal para a intolerância à lactose.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-06-25T17:31:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoEpidemiologiaAnalise.pdf: 13559699 bytes, checksum: 37b19479216de1631b16b7b83429ff77 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-06-29T14:00:19Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoEpidemiologiaAnalise.pdf: 13559699 bytes, checksum: 37b19479216de1631b16b7b83429ff77 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-29T14:00:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoEpidemiologiaAnalise.pdf: 13559699 bytes, checksum: 37b19479216de1631b16b7b83429ff77 (MD5) Previous issue date: 2012 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Este estudo objetivou investigar a ocorrência de rotavírus aviário (RVA), picobirnavírus (PBV) e reovírus aviário (ARV) em aves de corte criadas em granjas situadas na Mesorregião Metropolitana de Belém, Pará, no período compreendido entre 2008 a 2011. Para tal, foram colhidos 85 pools de amostras fecais provenientes de 37 granjas pertencentes a oito municípios. O RNA viral foi extraído a partir das suspensões fecais e submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) seguido da RT-PCR. Foi selecionada pelo menos uma amostra de cada município positivo para o sequenciamento de nucleotídeos dos genes NSP4 (rotavírus), RdRp (picobirnavírus) e S2 (reovírus), sendo que no caso dos picobirnavírus as amostras foram clonadas antes do sequenciamento. A EGPA demonstrou positividade em 0/85 (0%) amostras para RVA do grupo A, 13/85 (15,3%) amostras para PBV e 01/85 (1,2%) amostras para ARV. No caso da RT-PCR foi verificado positividade em 35/85 (41,2%), 42/85 (49,4%) e 28/85 (32,9%) das amostras para RVA, PBV e ARV, respectivamente. Dos oito municípios estudados, sete apresentaram amostras positivas para PBV e seis apresentaram amostras positivas para RVA e ARV. Das 37 granjas estudadas foi observada a presença dessas infecções virais em 19 (51,4%) para RVA e ARV e 21 (56,8%) para PBV. As sequências do gene NSP4 apresentaram entre 86,3 e 90,5% de similaridade ao nível de nucleotídeo (nt) com protótipos de frangos e 93,5 e 100% de similaridade ao nível de nt quando comparadas entre si. As sequências do gene RdRp apresentaram uma grande heterogeneidade genética com variantes gênicas apresentando entre 56,1 e 100% de similaridade ao nível de nt com protótipos pertencentes a várias espécies e fontes de contaminação e entre 50,3 e 100% de similaridade ao nível nt quando comparadas entre si. Na análise das sequências do gene S2 de ARV foi observado entre 90,9 e 94,4% de similaridade ao nível de nt com protótipos de frangos e 90,1 e 100% de similaridade ao nível de nt quando comparadas entre si. Os RVA, PBV e ARV foram detectados em granjas de frangos de corte da Mesorregião Metropolitana de Belém, sendo a detecção por RT-PCR a mais eficiente ao detectar pelo menos um dos vírus nos oito municípios pesquisados. Excetuando-se o PBV, que apresentou relacionamento heterogêneo com os protótipos utilizados, o RVA e ARV deste estudo relacionaram-se especificamente com amostras obtidas em aves. Este é o primeiro estudo envolvendo o sequenciamento gênico do RVA, PBV e ARV em frangos de corte na região norte do Brasil. / This study aimed to investigate the occurrence of avian rotavirus (AvRV), picobirnavirus (PBV) and avian reovirus (ARV) in chickens raised on farms located in the Metropolitan mesoregion of Belém, Pará state, in the period of 2008 to 2011. For this purpose, 85 pools of fecal samples were collected from 37 farms belonging to eight counties. Viral RNA was extracted from fecal suspensions and subjected to polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) followed by RT-PCR. At least one sample was selected of each municipality wich positive result for nucleotide sequencing of the genes NSP4 (AvRV), RdRp (PBV) and S2 (ARV), and in the case of the PBV samples were cloned before sequencing. PAGE showed positive in 0/85 (0%) samples for AvRV group A, 13/85 (15.3%) samples for PBV and 01/85 (1.2%) samples for ARV. In the case of RT-PCR positive results was observed in 35/85 (41.2%), 42/85 (49.4%) and 28/85 (32.9%) of the samples for AvRV, ARV and PBV, respectively. Of the eight counties studied, seven showed positivity to PBV, and six for AvRV and ARV. Of the 37 farms studied the presence of these viral infections was observed in 19 (51.4%) to AvRV and ARV and 21 (56.8%) to PBV. NSP4 gene sequences had a similarity between 86.3 and 90.5% at the nucleotide level (nt) with prototypes from chicken and 93.5 and 100% similarity at the nt level when compared among them. RdRp sequences showed a high genetic heterogeneity with gene variants resulting between 56.1 and 100% similarity at the nt level with prototypes belonging to different species and sources of contamination and between 50.3 and 100% similarity at nt level when compared among them. S2 gene sequences analysis showed between 90.9 and 94.4% similarity at the nt level with chicken prototypes and 90.1 and 100% similarity at the nt level when compared each other. AvRV, ARV and PBV were detected in broiler farms of the Metropolitan mesoregion of Belém, being the detection by RT-PCR more efficient to detect at least one type of virus in the eight counties surveyed. Except for the PBV, which showed heterogeneous relationship with the prototypes used, the AvRV and ARV of this study related specifically to the samples obtained in birds. This is the first study involving the genomic sequencing of the AvRV, ARV and PBV in broilers in northern Brazil.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:10:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese final Karlla.pdf: 1794329 bytes, checksum: 2a2d0436bd4d9a7eeebe61077580e8f9 (MD5) Previous issue date: 2009-03-27 / Alpha thalassemia is a syndrome resulting from disturbances in the synthesis of alpha globin chain that forms the tetramer of the hemoglobin molecule. Alpha thalassemia is classified into four types according to the number of alpha genes affected: silent carrier (-α/αα), alpha thalassemia trait (--/αα or -α/-α) Hemoglobin H disease (-- /-α), and fetalis hydrops (--/--). The decrease in synthesis of alpha globin causes inadequate production of hemoglobin resulting in hypochromic and microcytic anaemia. Also it causes accumulation of beta chains, inside the erythrocytes, resulting in formation of beta chain tetramer of hemoglobin called Hb H. Clinically the individual with thalassemia can be asymptomatic or present severe anemia. Asymptomatic forms of thalassemia, silent carrier and alpha thalassemia trait, are more difficult to diagnose because of the inclusions bodies of Hb H are not always present. In these situations it is necessary to research the molecular characterization of the genotype and confirming the presence of alpha thalassemia. This is mainly because the diagnosis by conventional methods, although important, is limited and imprecise. This study evaluated some of the traditional laboratory methods in the detection of alpha thalassemia and associated molecular characterization of the more prevalent deletion forms α3,7 and α4,2. For confirmation and characterization of alpha thalassemia, new oligonucleotides were designed. By conventional PCR technique, using 3.7F/KGB01 primers it was possible to detect the deletion α3,7, differentiating the normal genotype (αα/αα), the heterozygote (-α3,7/αα), and homozygous (-- α3,7/- α3,7). Although it was designed to detect the deletion α3,7, this primers also identified the deletion α4,2 when in homozigose (-α4,2/- α4,2). The primers KGB04/KGB05 detected the deletion α4,2, but without differentiating between the heterozygous and homozygous genotype. The most prevalent deletion founded was the α4,2 (20.0%) which represents 9.2% in the homozygous form (- α4,2/-α4,2). The deletion α3,7 in the heterozygous form was detected in 12.3% of patients. The data demonstrate that the importance of molecular detection for alpha thalassemia is not limited only to the definition of the genotype, but also confirmation of the presence in patients with abnormal erythrogram values, with regular erythrogram values, with values closed to the boundary values and in neonates. / A talassemia alfa é uma síndrome resultante de distúrbios na síntese da cadeia da globina alfa que formam o tetrâmero da molécula da hemoglobina. A talassemia alfa é classificada em quatro tipos de acordo com o número de genes alfa afetado: portador silencioso (-α/αα); traço alfa talassêmico (--/αα ou - α/-α); doença de hemoglobina H (--/-α) e hidropsia fetal (--/--). A diminuição na síntese de globina alfa causa a produção inadequada de hemoglobina que resulta em anemia microcítica e hipocrômica. Causa também o acúmulo de cadeias do tipo beta, no interior do eritrócito, pela falta de balanceamento com a síntese da globina alfa afetada. O resultado deste desbalanceamento é a formação de tetrâmeros de cadeias beta denominados Hb H. Clinicamente o indivíduo portador de talassemia alfa pode ser assintomático ou apresentar anemia severa. As formas assintomáticas da talassemia alfa, o portador silencioso e o traço alfa talassêmico, são mais difíceis de diagnosticar, pois os corpúsculos de Hb H nem sempre estão presentes. Para estas situações faz-se necessária a investigação molecular visando a caracterização do genótipo e a confirmação da presença da talassemia alfa. Este fato se deve principalmente porque o diagnóstico através de métodos clássicos não moleculares, apesar de importantes, é limitado e impreciso. O presente trabalho avaliou alguns dos métodos laboratoriais clássicos na detecção de talassemia alfa e associou a caracterização molecular das formas delecionais mais prevalentes α3,7 e α4,2. Para a confirmação e caracterização da talassemia alfa, foram desenhados novos oligonucleotídeos. Através da técnica convencional da PCR, utilizando o par de oligonucleotídeos 3.7F/KGB01 foi possível detectar a deleção α3,7, diferenciando o genótipo normal (αα/αα), do heterozigoto ( α3,7/αα) e do homozigoto ( α3,7/ α3,7). Apesar de ter sido desenhado para detectar a deleção α3,7, este par também permitiu detectar a deleção α4,2 quando em homozigose ( α4,2/ α4,2). Utilizando o par KGB04/KGB05 foi possível detectar a deleção α4,2, porém sem diferenciar entre o genótipo heterozigoto e homozigoto. A deleção mais prevalente encontrada foi a α4,2 (20,0%) sendo que destas podemos afirmar que 9,2% estão na forma homozigótica ( α4,2/ α4,2). A deleção do tipo α3,7 na forma heterozigótica foi detectada em 12,3% dos pacientes. Os dados obtidos revelam que a importância da detecção molecular para talassemia alfa não se restringe apenas na definição do genótipo, mas também na detecção deste tipo de talassemia em pacientes que apresentam: quadros hematológicos alterados, quadros hematológicos normais, mas com valores próximos aos valores limítrofes e em neonatos.

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularGenotipos.pdf: 1491851 bytes, checksum: 9c3d9873f2e73ce02462b5a79f7552f4 (MD5) Previous issue date: 2010 / O rotavírus (RV) é o principal agente viral associado às gastrenterites, ocasionando em média 39% dos casos diarreicos que culminam em hospitalizações, sendo responsável por cerca de 520.000 óbitos entre crianças menores de cinco anos de idade a cada ano. Pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, possui RNA de dupla fita (dsRNA) com 11 segmentos codificando 12 proteínas, sendo seis estruturais (VPs) e seis não estruturais (NSPs). A proteína VP4, juntamente com a VP7, compõem a camada externa do RV, designando os genótipos P e G, respectivamente. Até o momento foram descritos 23 tipos G e 31 tipos P. O genótipo G9 emergiu em escala global e é possivelmente associado a manifestação clínica mais grave, estando geralmente acompanhado do genótipo P[8]. O genótipo G9 possui 6 linhagens distintas e o P[8] 4 linhagens. Este estudo objetivou caracterizar os genes VP7 e VP4 de RV do genótipo G9, circulantes na região metropolitana de Belém, Pará, no período de 1999 a 2007. O dsRNA viral de 38 amostras selecionadas foi extraído a partir das suspensões fecais e submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida para determinação dos eletroferotipos, seguido da reação de seqüenciamento. Na presente investigação, foi possível a análise de 32 amostras selecionadas, sendo todas genótipo G9P[8] associadas ao eletroferotipo longo. A análise filogenética do gene VP7 demonstrou que as amostras G9 agruparam na linhagem 3 com elevados índices de similaridade, apresentando 8 substituições nucleotídicas. Contudo, apenas três modificações aminoacídicas foram observadas nas posições 43 (I→V), 66 (A→V) e 73 (Q→R), sendo estes resíduos 43 e 73 exclusivos das amostras do ano de 2007. A análise do gene VP4 demonstrou que as amostras P[8] agruparam na linhagem 3, identificando-se 15 substituições nucleotídicas, as quais ocasionaram quatro modificações aminoacídicas nos resíduos 108 (V→I), 172 (R→K), 173 (I→V) e 275 (K→R). As modificações nos resíduos 172 e 275 são exclusivos das amostras dos anos de 1999 a 2002. As amostras do presente estudo apresentaram elevada similaridade ao longo do tempo estudado. As amostras de 2007 foram as mais divergentes, tanto para o gene VP4 quanto para o gene VP7. É importante se proceder ao contínuo monitoramento do genótipo G9 na região metropolitana de Belém, a fim de detectar possíveis variantes emergentes que possam representar um desafio as estratégias de imunização atuais. / Rotavírus (RV) is the principal viral agent associated with gastroenterites, being responsible for 39% of the diarrhea cases that need hospitalization and with 520.000 deaths among children under five years. It belongs the to Reoviridae family, genus Rotavirus, the genome consists of 11 segments of double-stranded RNA that encoding 12 proteins, six structural (VPs) and six non-structural (NSPs). The VP4 protein, together VP7 protein, compose the outer layer of the RV, defining genotypes P and G, respectively. Until now, at least 23 different G genotypes and 31 P genotypes have been established. The G9 genotype emerged in world scale, and is possibly associated with severe clinical manifestation, being generally associated with P[8] genotype. The G9 genotype has 6 distinct lineages and P[8] 4 lineages. The aimed of this study was the characterization of VP4 and VP7 genes of the RV G9 genotype, that circulated in the metropolitan region of Belém, in the period of 1999 to 2007. The viral dsRNA of 38 selected samples were extracted from fecal suspensions and submitted to electrophorese in gel of poliacrylamide to determine the electropherotypes, followed sequencing reaction. In the present investigation, was possible analyzed 32 selected samples, all of them G9P[8] genotype, with long electropherotype. Phylogenetic analysis of VP7 gene showed that all G9 strains belong to lineage 3 with high similarity indexes, with 8 nucleotide changes. However, only three amino acids changes were observed in the positions 43 (I→V), 66 (A→V) e 73 (Q→R), being the substitutions at positions 43 and 73 exclusive of the samples isolated in 2007 year. Phylogenetic analysis of VP4 gene revealed that all strains P[8] belong to lineage 3, with 15 nucleotide changes, that showed four amino acids substitutions at positions 108 (V→I), 172 (R→K), 173 (I→V) e 275 (K→R). The amino acids substitutions at positions 172 and 275 were exclusive of the strains isolated from 1999 to 2002. The samples of the present study showed high homology throughout the studied period. The strains isolated in 2007 were the most divergence either to VP4 as to VP7 gene. It is important the continuous surveillance of G9 genotype in the metropolitan region of Belém, to detected possible new genetic variants that can represent a challenge to the current strategies of immunization.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vaniapiatto_tese.pdf: 1479841 bytes, checksum: 96e04c84851d635167398b1a4196d2fe (MD5) Previous issue date: 2003-11-28 / Mutações no gene que codifica a proteína conexina 26 têm contribuído para a maioria das deficiências auditivas pré-lingual, sensorioneural não-sindrômicas recessivas. Uma mutação específica, a 35delG, é a mais freqüente das mutações detectadas no gene GJB2 nos vários grupos étnicos estudados. O objetivo foi determinar a prevalência de mutações no gene GJB2 em pacientes com deficiência auditiva sensorioneural não sindrômica, do Serviço de Otorrinolaringologia da FAMERP, em São José do Rio Preto, SP. Trinta e três casos-índice foram avaliados por exames fisico e complementares para excluir formas sindrômicas e causas ambientais da deficiência auditiva e, pela reação em cadeia da polimerase alelo-específico (AS-PCR) para a detecção da mutação 35delG. Os pacientes heterozigotos para a mutação 35delG e aqueles que não tiveram a mutação detectada foram submetidos, posteriormente, ao PCR para detecção da mutação A(GJB6-D 1381830) e ao sequenciamento automático direto para análise da região codificante do gene GJB2. A mutação 35delG foi detectada em 27,3% dos casos-índice (9/3 3) ou em 2 1,2% dos alelos (14/66). A mutação A(GJB6-DI3SI 830) foi encontrada em um (3,0%) caso-índice heterozigoto 35delG. O seqüenciamento direto nos casos-índice heterozigotos identificou um paciente (3,0%) com as mutações 35delG/V3 71. As mutações no gene GJB2 são responsáveis por mais de um quarto das deficiências auditivas sensorioneural não-sindrômica na população do estudo e, o teste PCR alelo-específico (AS-PCR) é um método fácil para rastreamento da mutação 35delG e os resultados positivos podem estabelecer o diagnóstico etiológico e aconselhamento genético nos pacientes afetados.