Contexto: A Anotação de Papéis Semânticos (APS) é uma tarefa da área de Processamento de Línguas Naturais (PLN) que permite detectar os eventos descritos nas sentenças e os participantes destes eventos (Palmer et al., 2010). A APS responde perguntas como Quem?, Quando?, Onde?, O quê?, e Por quê?, dentre outras e, sendo assim, é importante para várias aplicações de PLN. Para anotar automaticamente um texto com papéis semânticos, a maioria dos sistemas atuais emprega técnicas de Aprendizagem de Máquina (AM). Porém, alguns papéis semânticos são previsíveis e, portanto, não necessitam ser tratados via AM. Além disso, a grande maioria das pesquisas desenvolvidas em APS tem dado foco ao inglês, considerando as particularidades gramaticais e semânticas dessa língua, o que impede que essas ferramentas e resultados sejam diretamente transportados para outras línguas. Revisão da Literatura: Para o português do Brasil, há três trabalhos finalizados recentemente que lidam com textos jornalísticos, porém com performance inferior ao estado da arte para o inglês. O primeiro (Alva- Manchego, 2013) obteve 79,6 de F1 na APS sobre o córpus PropBank.Br; o segundo (Fonseca, 2013), sem fazer uso de um treebank para treinamento, obteve 68,0 de F1 sobre o córpus PropBank.Br; o terceiro (Sequeira et al., 2012) realizou anotação apenas dos papéis Arg0 (sujeito prototípico) e Arg1 (paciente prototípico) no córpus CETEMPúblico, com performance de 31,3 pontos de F1 para o primeiro papel e de 19,0 de F1 para o segundo. Objetivos: O objetivo desse trabalho de mestrado é avançar o estado da arte na APS do português brasileiro no gênero jornalístico, avaliando o desempenho de um sistema de APS treinado com árvores sintáticas geradas por um parser automático (Bick, 2000), sem revisão humana, usando uma amostragem do córpus PLN-Br. Como objetivo adicional, foi avaliada a robustez da tarefa de APS frente a gêneros diferentes, testando o sistema de APS, treinado no gênero jornalístico, em uma amostra de revisões de produtos da web. Esse gênero não foi explorado até então na área de APS e poucas de suas características foram formalizadas. Resultados: Foi compilado o primeiro córpus de opiniões sobre produtos da web, o córpus Buscapé (Hartmann et al., 2014). A diferença de performance entre um sistema treinado sobre árvores revisadas e outro sobre árvores não revisadas ambos no gênero jornalístico foi de 10,48 pontos de F1. A troca de gênero entre as fases de treinamento e teste, em APS, é possível, com perda de performance de 3,78 pontos de F1 (córpus PLN-Br e Buscapé, respectivamente). Foi desenvolvido um sistema de inserção de sujeitos não expressos no texto, com precisão de 87,8% no córpus PLN-Br e de 94,5% no córpus Buscapé. Foi desenvolvido um sistema, baseado em regras, para anotar verbos auxiliares com papéis semânticos modificadores, com confiança de 96,76% no córpus PLN-Br. Conclusões: Foi mostrado que o sistema de Alva-Manchego (2013), baseado em árvores sintáticas, desempenha melhor APS do que o sistema de Fonseca (2013), independente de árvores sintáticas. Foi mostrado que sistemas de APS treinados sobre árvores sintáticas não revisadas desempenham melhor APS sobre árvores não revisadas do que um sistema treinado sobre dados gold-standard. Mostramos que a explicitação de sujeitos não expressos nos textos do Buscapé, um córpus do gênero de opinião de produtos na web, melhora a performance da sua APS. Também mostramos que é possível anotar verbos auxiliares com papéis semânticos modificadores, utilizando um sistema baseado em regras, com alta confiança. Por fim, mostramos que o uso do sentido do verbo, como feature de AM, para APS, não melhora a perfomance dos sistemas treinados sobre o PLN-Br e o Buscapé, por serem córpus pequenos. / Background: Semantic Role Labeling (SRL) is a Natural Language Processing (NLP) task that enables the detection of events described in sentences and the participants of these events (Palmer et al., 2010). SRL answers questions such as Who?, When?, Where?, What? and Why? (and others), that are important for several NLP applications. In order to automatically annotate a text with semantic roles, most current systems use Machine Learning (ML) techniques. However, some semantic roles are predictable, and therefore, do not need to be classified through ML. In spite of SRL being well advanced in English, there are grammatical and semantic particularities that prevents full reuse of tools and results in other languages. Related work: For Brazilian Portuguese, there are three studies recently concluded that performs SRL in journalistic texts. The first one (Alva-Manchego, 2013) obtained 79.6 of F1 on the SRL of the PropBank.Br corpus; the second one (Fonseca, 2013), without using a treebank for training, obtained 68.0 of F1 for the same corpus; and the third one (Sequeira et al., 2012) annotated only the Arg0 (prototypical agent) and Arg1 (prototypical patient) roles on the CETEMPúblico corpus, with a perfomance of 31.3 of F1 for the first semantic role and 19.0 for the second one. None of them, however, reached the state of the art of the English language. Purpose: The goal of this masters dissertation was to advance the state of the art of SRL in Brazilian Portuguese. The training corpus used is from the journalistic genre, as previous works, but the SRL annotation is performed on non-revised syntactic trees, i.e., generated by an automatic parser (Bick, 2000) without human revision, using a sampling of the corpus PLN-Br. To evaluate the resulting SRL classifier in another text genre, a sample of product reviews from web was used. Until now, product reviews was a genre not explored in SRL research, and few of its characteristics are formalized. Results: The first corpus of web product reviews, the Buscapé corpus (Hartmann et al., 2014), was compiled. It is shown that the difference in the performance of a system trained on revised syntactic trees and another trained on non-revised trees both from the journalistic genre was of 10.48 of F1. The change of genres during the training and testing steps in SRL is possible, with a performance loss of 3.78 of F1 (corpus PLN-Br and Buscapé, respectively). A system to insert unexpressed subjects reached 87.8% of precision on the PLN-Br corpus and a 94.5% of precision on the Buscapé corpus. A rule-based system was developed to annotated auxiliary verbs with semantic roles of modifiers (ArgMs), achieving 96.76% confidence on the PLN-Br corpus. Conclusions: First we have shown that Alva-Manchego (2013) SRL system, that is based on syntactic trees, performs better annotation than Fonseca (2013)s system, that is nondependent on syntactic trees. Second the SRL system trained on non-revised syntactic trees performs better over non-revised trees than a system trained on gold-standard data. Third, the explicitation of unexpressed subjects on the Buscapé texts improves their SRL performance. Additionally, we show it is possible to annotate auxiliary verbs with semantic roles of modifiers, using a rule-based system. Last, we have shown that the use of the verb sense as a feature of ML, for SRL, does not improve the performance of the systems trained over PLN-Br and Buscapé corpus, since they are small.

Plasmodium vivax é o parasita causador de malária humana com maior distribuição global, responsável pela redução da qualidade de vida de milhões de pessoas ao redor do mundo. O objetivo geral do trabalho foi contribuir, através de metodologias estatísticas e de bioinformática, para o entendimento do mecanismo de escape da eliminação pelo baço do hospedeiro utilizado por P. vivax. Para isso, primeiramente realizou-se a análise estatística de um experimento de transcritômica, através de microarrays. Esse experimento foi conduzido previamente pelo grupo de colaboradores do presente estudo, utilizando um modelo animal, Aotus lemurinus griseimembra, com o objetivo de identificar genes de P. vivax expressos somente em parasitas retirados de macacos que possuíam o baço intacto. Em uma segunda fase, foi projetado um tiling array contendo todos os éxons e as regiões 5UTR e 3UTR disponíveis do genoma de P. vivax, que será utilizado para a realização de mais investigações a respeito da influência da presença do baço na expressão gênica de P. vivax. Na última etapa, foi conduzida uma melhoria na anotação funcional do genoma de P. vivax, através de uma metodologia automática, com o objetivo de adicionar informações para auxiliar na interpretação biológica dos resultados obtidos anteriormente e em estudos futuros. / Plasmodium vivax is the parasite that causes the human malaria type with the largest global distribution and it is responsible for quality of life impairment of millions of people around the world. The general purpose of this study was contribute to understand the mechanism used by P. vivax to scape from the host spleen elimination, through statistical methodologies and bioinformatics. First of all, we carried out statistical analysis of a microarray experiment conducted earlier by the collaborators of this study, using Aotus lemurinus griseimembra as model organism, in order to identify genes of P. vivax expressed only in parasites extracted from monkeys with intact spleen. In the second step, we designed a tiling array containing 5\'UTR, 3\'UTR and all the exons of the P. vivax genome, which will be used to perform more experiments to investigate the role of the spleen on the parasite gene expression. In the last step, we add information to the functional annotation of P. vivax genome, through an automated methodology, to improve the biological interpretation of the results previously obtained and in future studies.

Modelos ocultos de Markov (HMMs - hidden Markov models) são ferramentas essenciais para anotação automática de proteínas. Por muitos anos, bancos de dados de famílias de proteínas baseados em HMMs têm sido disponibilizados para a comunidade científica (e.g. TIGRfams). Muitos esforços também têm sido dedicados à geração automática de HMMs de famílias de proteínas (e.g. PANTHER). No entanto, HMMs manualmente curados de famílias de proteínas permanecem como o padrão-ouro para anotação de genomas. Neste contexto, este trabalho teve como principal objetivo a geração de cerca de 80 famílias de proteínas microbianas relevantes para produção de bioenergia, baseadas em HMMs. Para gerar os HMMs, seguimos um protocolo de curadoria manual, gerado neste trabalho. Partimos de uma proteína que tenha função experimentalmente comprovada, esteja associada a uma publicação e tenha sido manualmente anotada com termos da Gene Ontology, criados pelo projeto MENGO¹ (Microbial ENergy Gene Ontology). Os próximos passos consistiram na (1) definição de um critério de seleção para inclusão de membros à família; (2) busca por membros via BLAST; (3) geração do alinhamento múltiplo (MUSCLE 3.7) e do HMM (HMMER 3.0); (4) análise dos resultados e iteração do processo, com o HMM preliminar usado nas buscas adicionais; (5) definição de uma nota de corte (cutoff) para o HMM final; (6) validação individual dos modelos. As principais contribuições deste trabalho são 74 HMMs (manualmente curados) disponibilizados via web (http://mengofams.lbi.iq.usp.br/), onde é possível fazer buscas e o download dos modelos, um protocolo detalhado sobre a curadoria manual de HMMs para famílias de proteínas e uma lista com proteínas candidatas a reanotação. / Hidden Markov Models (HMMs) are essential tools for automated annotation of protein sequences. For many years now protein family resources based on HMMs have been made available to the scientific community (e.g. TIGRfams). Much effort has also been devoted to the automated generation of protein family HMMs (e.g Panther). However, manually curated protein family HMMs remain the gold standard for use in genome annotation. In this context, this work had as main objectives the generation of appoximately 80 protein families based on HMMs. We follow a standard protocol, that was generated in this work, to create the HMMs. At first, we start from a protein with experimentally proven function, associated to a publication and that was manually annotated with new terms from Gene Ontology provided by MENGO¹ (Microbial ENergy Gene Ontology). The next steps consists of (1) definition of selection criteria to capture members of the family; (2) search for members via BLAST; (3) generation of multiple alignment (MUSCLE 3.7) and the HMM (HMMER 3.0); (4) result analysis and iteration of the process, using the preliminary HMM; (5) cutoff definition to the final HMM; (6) individual validation of the models using tests against NCBIs NR database. The main deliverables of this work are 74 HMMs manually curated available in the site project (mengofams.lbi.iq.usp.br) that allows browsing and download of all HMMs curated so far, a standard protocol manual curation of protein families, a list with proteins that need to be reviewed.

Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb). / Protozoan parasites of the genus Eimeria cause enteric diseases in the domestic fowl. Our group has generated 15,000 ORESTES sequences for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of some components for EGene platform (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) and their application in the functional annotation of reconstructed transcripts of Eimeria spp. Orthology analyses have identified genes conserved across different apicomplexan parasites, as well as genes restricted to the genus Eimeria. Digital expression profiles obtained from read countings of the assembled transcripts were submitted to clustering analyses. The profiles were unambiguously associated with the distinct developmental stages and strongly correlated with the order of the stages in the parasite life cycle. All sequencing data, annotation and comparative analysis were made available at The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb), a public web resource.

A Web Semântica é uma maneira de explorar a associação de significados explícitos aos conteúdos de documentos presentes na Web, para que esses possam ser processados diretamente ou indiretamente por máquinas. Para possibilitar esse processamento, os computadores necessitam ter acesso a coleções estruturadas de informações e a conjuntos de regras de inferência sobre esses conteúdos. O SWRL permite a combinação de regras e termos de ontologias (definidos por OWL) para aumentar a expressividade de ambos. Entretanto, conforme um conjunto de regras cresce, ele torna-se de difícil compreensão e sujeito a erros, especialmente quando mantido por mais de uma pessoa. Para que o SWRL se torne um verdadeiro padrão web, deverá ter a capacidade de lidar com grandes conjuntos de regras. Para encontrar soluções para este problema, primeiramente, foi realizado um levantamento sobre sistemas de regras de negócios, descobrindo os principais recursos e interfaces utilizados por eles, e então, com as descobertas, propusemos técnicas que usam novas representações visuais em uma aplicação web. Elas permitem detecção de erro, identificação de regras similares, agrupamento, visualização de regras e o reuso de átomos para novas regras. Estas técnicas estão implementadas no SWRL Editor, um plug-in open-source para o Web-Protégé (um editor de ontologias baseado na web) que utiliza ferramentas de colaboração para permitir que grupos de usuários possam não só ver e editar regras, mas também comentar e discutir sobre elas. Foram realizadas duas avaliações do SWRL Editor. A primeira avaliação foi um estudo de caso para duas ontologias da área biomédica (uma área onde regras SWRL são muito usadas) e a segunda uma comparação com os únicos três editores de regras SWRL encontrados na literatura. Nessa comparação foi mostrando que ele implementa mais recursos encontrados em sistemas de regras em geral / The Semantic Web is a way to associate explicitly meaning to the content of web documents to allow them to be processed directly by machines. To allow this processing, computers need to have access to structured collections of information and sets of rules to reason about these content. The Semantic Web Rule Language (SWRL) allows the combination of rules and ontology terms, defined using the Web Ontology Language (OWL), to increase the expressiveness of both. However, as rule sets grow, they become difficult to understand and error prone, especially when used and maintained by more than one person. If SWRL is to become a true web standard, it has to be able to handle big rule sets. To find answers to this problem, we first surveyed business rule systems and found the key features and interfaces they used and then, based on our finds, we proposed techniques and tools that use new visual representations to edit rules in a web application. They allow error detection, rule similarity analysis, rule clustering visualization and atom reuse between rules. These tools are implemented in the SWRL Editor, an open source plug-in for Web-Protégé (a web-based ontology editor) that leverages Web-Protégés collaborative tools to allow groups of users to not only view and edit rules but also comment and discuss about them. We have done two evaluations of the SWRL Editor. The first one was a case study of two ontologies from the biomedical domain, the second was a comparison with the SWRL editors available in the literature, there are only three. In this comparison, it has been shown that the SWRL Editor implements more of the key resources found on general rule systems than the other three editors

A anotac~ao de papeis sem^anticos (APS) e uma tarefa do processamento de lngua natural (PLN) que permite analisar parte do signicado das sentencas atraves da detecc~ao dos participantes dos eventos (e dos eventos em si) que est~ao sendo descritos nelas, o que e essencial para que os computadores possam usar efetivamente a informac~ao codicada no texto. A maior parte das pesquisas desenvolvidas em APS tem sido feita para textos em ingl^es, considerando as particularidades gramaticais e sem^anticas dessa lngua, o que impede que essas ferramentas e resultados sejam diretamente transportaveis para outras lnguas como o portugu^es. A maioria dos sistemas de APS atuais emprega metodos de aprendizado de maquina supervisionado e, portanto, precisa de um corpus grande de senten cas anotadas com papeis sem^anticos para aprender corretamente a tarefa. No caso do portugu^es do Brasil, um recurso lexical que prov^e este tipo de informac~ao foi recentemente disponibilizado: o PropBank.Br. Contudo, em comparac~ao com os corpora para outras lnguas como o ingl^es, o corpus fornecido por este projeto e pequeno e, portanto, n~ao permitiria que um classicador treinado supervisionadamente realizasse a tarefa de anotac~ao com alto desempenho. Para tratar esta diculdade, neste trabalho emprega-se uma abordagem semissupervisionada capaz de extrair informac~ao relevante tanto dos dados anotados disponveis como de dados n~ao anotados, tornando-a menos dependente do corpus de treinamento. Implementa-se o algoritmo self-training com modelos de regress~ ao logstica (ou maxima entropia) como classicador base, para anotar o corpus Bosque (a sec~ao correspondente ao CETENFolha) da Floresta Sinta(c)tica com as etiquetas do PropBank.Br. Ao algoritmo original se incorpora balanceamento e medidas de similaridade entre os argumentos de um verbo especco para melhorar o desempenho na tarefa de classicac~ao de argumentos. Usando um benchmark de avaliac~ao implementado neste trabalho, a abordagem semissupervisonada proposta obteve um desempenho estatisticamente comparavel ao de um classicador treinado supervisionadamente com uma maior quantidade de dados anotados (80,5 vs. 82,3 de \'F IND. 1\', p > 0, 01) / Semantic role labeling (SRL) is a natural language processing (NLP) task able to analyze part of the meaning of sentences through the detection of the events they describe and the participants involved, which is essential for computers to eectively understand the information coded in text. Most of the research carried out in SRL has been done for texts in English, considering the grammatical and semantic particularities of that language, which prevents those tools and results to be directly transported to other languages such as Portuguese. Most current SRL systems use supervised machine learning methods and require a big corpus of sentences annotated with semantic roles in order to learn how to perform the task properly. For Brazilian Portuguese, a lexical resource that provides this type of information has recently become available: PropBank.Br. However, in comparison with corpora for other languages such as English, the corpus provided by that project is small and it wouldn\'t allow a supervised classier to perform the labeling task with good performance. To deal with this problem, in this dissertation we use a semi-supervised approach capable of extracting relevant information both from annotated and non-annotated data available, making it less dependent on the training corpus. We implemented the self-training algorithm with logistic regression (or maximum entropy) models as base classier to label the corpus Bosque (section CETENFolha) from the Floresta Sintá(c)tica with the PropBank.Br semantic role tags. To the original algorithm, we incorporated balancing and similarity measures between verb-specic arguments so as to improve the performance of the system in the argument classication task. Using an evaluation benchmark implemented in this research project, the proposed semi-supervised approach has a statistical comparable performance as the one of a supervised classier trained with more annotated data (80,5 vs. 82,3 de \'F IND. 1\', p > 0, 01).

A extração de metadados semânticos de vídeos digitais para uso em serviços de personalização é importante, já que o conteúdo é adaptado segundo as preferências de cada usuário. Entretanto, apesar de serem encontradas várias propostas na literatura, as técnicas de indexação automática são capazes de gerar informações semânticas apenas quando o domínio do conteúdo é restrito. Alternativamente, existem técnicas para a criação manual dessas informações por profissionais, contudo, são dispendiosas e suscetíveis a erros. Uma possível solução seria explorar anotações colaborativas dos usuários, mas tal estratégia provoca a perda de individualidade dos dados, impedindo a extração de preferências do indivíduo a partir da interação. Este trabalho tem como objetivo propor uma arquitetura de personalização que permite a indexação multimídia de modo irrestrito e barato, utilizando anotações colaborativas, mas mantendo-se a individualidade dos dados para complementar o perfil de interesses do usuário com conceitos relevantes. A multimodalidade de metadados e de preferências também é explorada na presente tese, fornecendo maior robustez na extração dessas informações, e obtendo-se uma maior carga semântica que traz benefícios às aplicações. Como prova de conceito, este trabalho apresenta dois serviços de personalização que exploram a arquitetura proposta, avaliando os resultados por meio de comparações com abordagens previamente propostas na literatura / The extraction of semantic information from digital video is important to be used on personalization services because the content is adapted according to each users preferences. However, although it is possible to find several approaches in the literature, automatic indexing techniques are able to generate semantic metadata only when the contents domain is restricted. Alternatively, this information can be created manually by professionals, but this activity is time-consuming and error-prone. A possible solution would be to explore collaborative users annotations, but such approach has the disadvantage of lacking the individuality of annotations, hampering the extraction of users preferences from the interaction. This work has the objective of proposing a generic personalization architecture that allows multimedia indexing procedures to be accomplished in a cheap and unrestricted way. Such architecture uses collaborative annotations, but keeps the individuality of the data in order to augment the users profile with relevant concepts. The multimodality of metadata and users preferences is also explored in this work, which provides robustness during the extraction of semantic information, bringing benefits to applications. This work also presents two personalization services that explore the proposed architecture, along with evaluations that compare the obtained results with previously proposed approaches

Submitted by Filipe dos Santos (fsantos@pucsp.br) on 2017-01-11T15:47:43Z No. of bitstreams: 1 Raquel Helena Valesi.pdf: 1773531 bytes, checksum: 7e531d9cba407e87360eda30fd73dcfb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-11T15:47:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Raquel Helena Valesi.pdf: 1773531 bytes, checksum: 7e531d9cba407e87360eda30fd73dcfb (MD5) Previous issue date: 2016-12-13 / Every transformation of social reality concerns the science of law to be based on the normative reality. There is no way to separate the right to change behaviors and rules. In the case of family law he was one of the Civil Law of the branches that more has changed with the advent of the Constitution of 1988. The Constitution determines legal protection to any form of family no matter the model from which it takes. The legal vertex is the protection of the family unit and which has as a starting point, and also its end, the protection of the human person. If it is in the family that promote affective values and human solidarity, one should not give different treatment to persons of its members is one derived from biological affiliation, marital or social-affective way. Therefore, the principles inherent to family, based on mutual affection between the members should be extended to the inheritance law equally, otherwise, to counter the constitutional dictum. For assignment due to each of the heirs, it would be important to have legal mechanism for immediate reference to membership, which brings together parents to biological children, adopted or social-affective, declared or recognized, because that would avoid some descendants and their strain, had not access to the inherited assets to which they are entitled by inheritance. This can be done by formal registration note of the descendants of parents birth certificate / Toda transformação da realidade social interessa a Ciência do Direito por basear-se na realidade normativa. Não há possibilidade de se separar o direito à variação de comportamentos e regras. No caso do Direito de Família ele foi um dos ramos do Direito Civil que mais sofreu alterações com o advento da Constituição de 1988. A Constituição condiciona proteção jurídica a qualquer forma de família não importando o modelo do qual ela se reveste. O vértice legal é a proteção ao núcleo familiar e, que tem como ponto de partida, e também seu término, a tutela da pessoa humana. Se é na família que se promoção os valores afetivos e de solidariedade humana, não se deve conferir tratamentos diferentes às pessoas de seus membros seja de uma filiação advinda de forma biológica, civil ou socioafetiva. Por isso, os princípios inerentes à convivência familiar, baseada no afeto recíproco entre os integrantes deve se estender ao direito sucessório de forma igualitária, sob pena, de contrariar o ditame constitucional. Para atribuição do devido a cada um dos herdeiros, seria importante haver mecanismo jurídico de imediata referência à filiação que associasse os pais aos filhos biológicos, adotivos ou socioafetivos, declarados ou reconhecidos, porque assim, evitaria que alguns descendentes e, sua estirpe, não tivessem acesso ao acervo hereditário a que tenham direito, por herança. Isso poderá ser feito pela anotação registrária dos descendentes em assento de nascimento dos pais

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-08-10T13:23:57Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Márcio Vinicius Oliveira Sena - 2016.pdf: 1222160 bytes, checksum: ca880e6a18b3f494d8b0e578a83d6b24 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-10T13:40:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Márcio Vinicius Oliveira Sena - 2016.pdf: 1222160 bytes, checksum: ca880e6a18b3f494d8b0e578a83d6b24 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-10T13:40:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Márcio Vinicius Oliveira Sena - 2016.pdf: 1222160 bytes, checksum: ca880e6a18b3f494d8b0e578a83d6b24 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / More than a decade after the first training paradigm Computer Context Sensitive, the term Quality of Context (QoC) emerged in a setting filled with services that provide userapplication interactions seamlessly, highlighting the need for managers of information context. These infrastructures that handle context information, CMS (Context Management System), are full of inputs and outputs relevant data or not. The relevance of information is studied by many lines of sensitive computing the context, including QoC. Although there are a large number of QoC metrics, the literature still lacks general values to characterize the relevance of context information, ie from metrics produce an overall value that represents the importance of information. The objective of this work is to propose, from fuzzy logic, a combination of metrics in order to produce a QoC value for each information received, and possible disposal, if this information does not meet the expected relevance, described in this work by policies of QoC. In order to disseminate the context of consumers that information produced, this research proposes also, from an ontology domain independent QoC, annotate semantically the data that refer to the quality of information, thus avoiding the need for new measures in a short-term time. Finally, this paper presents the application of the solutions found in a case study of monitoring vital signs of patients in ICU. / Mais de uma década depois da primeira formulação do paradigma de Computação Sensível ao Contexto, o termo de Quality of Context (QoC) emergiu em um cenário repleto de serviços que proporcionam interações usuário-aplicação de forma transparente, evidenciando a necessidade de gerenciadores de informações de contexto. Estas infraestruturas que manipulam informações de contexto, CMS (Context Management System), estão repletas de entradas e saídas de dados relevantes ou não. A relevância das informações é objeto de estudo de muitas linhas da computação sensível a contexto, inclusive QoC. Embora haja uma infinidade de métricas de QoC, a literatura ainda carece de valores gerais para caracterizar a relevância de uma informação de contexto, ou seja, a partir de métricas, produzir um valor geral que represente a importância de uma informação. O objetivo deste trabalho é propor, a partir de Lógica Nebulosa, uma combinação de métricas, a fim de produzir um valor de QoC para cada informação recebida, sendo possível o descarte, caso essa informação não atenda a relevância esperada, descrita nesse trabalho por políticas de QoC. Buscando disseminar aos consumidores de contexto essas informações produzidas, esta pesquisa propôe também, a partir de uma ontologia de QoC independente de domínio, anotar semanticamente os dados que se referem a qualidade da informação, evitando assim a necessidade de novas medições em um prazo curto de tempo. Por fim, este trabalho apresenta a aplicação das soluções encontradas em um estudo de caso de monitoramento de sinais vitais de pacientes em UTIs.

Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb). / Protozoan parasites of the genus Eimeria cause enteric diseases in the domestic fowl. Our group has generated 15,000 ORESTES sequences for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of some components for EGene platform (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) and their application in the functional annotation of reconstructed transcripts of Eimeria spp. Orthology analyses have identified genes conserved across different apicomplexan parasites, as well as genes restricted to the genus Eimeria. Digital expression profiles obtained from read countings of the assembled transcripts were submitted to clustering analyses. The profiles were unambiguously associated with the distinct developmental stages and strongly correlated with the order of the stages in the parasite life cycle. All sequencing data, annotation and comparative analysis were made available at The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb), a public web resource.