Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-08-01T19:47:01Z No. of bitstreams: 1 YURI ALMEIDA LACERDA - DISSERTAÇÃO PPGCC 2009..pdf: 6501376 bytes, checksum: bd856ffa46be0061ca6b093199752e86 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-01T19:47:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 YURI ALMEIDA LACERDA - DISSERTAÇÃO PPGCC 2009..pdf: 6501376 bytes, checksum: bd856ffa46be0061ca6b093199752e86 (MD5) Previous issue date: 2009-05-12 / A grande facilidade de capturar fotografias com as câmeras digitais fez com que as pessoas estejam produzindo uma quantidade enorme de imagens digitais. Isto acarretou num aumento da complexidade no gerenciamento desse tipo de arquivo. Além disso, os dispositivos móveis com chip GPS e câmera digital embutidos passaram a prover armazenamento nos metadados desses arquivos, além de informações temporais, também informações relativas à posição geográfica (latitude e longitude) do momento da captura da foto, permitindo que seja explorado o aspecto geográfico da fotografia. Os sistemas existentes de organização de fotografias georreferenciadas não exploram de forma eficiente essas informações. Desta maneira, nesta dissertação é proposta a criação de uma ferramenta, chamada PhotoGeo, que permite aos usuários organizarem, navegarem, anotarem e consultarem suas fotos georreferenciadas de maneira simplificada e explorando adequadamente as informações geográficas e temporais. O PhotoGeo propõe um mecanismo novo de organização automática de fotografias, que realiza uma classificação utilizando esses metadados e informações extraídas de fontes externas. Também, é proposto no PhotoGeo uma interface multi-modal para navegar em uma coleção de fotos, dotada também de um mecanismo de consultas avançadas de fotografias que explora os domínios de dados convencional, espacial e temporal. Outra contribuição muito importante do PhotoGeo, é uma nova solução para a sugestão de pessoas que estão presentes nas fotografias, ampliando e utilizando as informações de contextos do usuário. / Since digital cameras made photography capturing easy, people are producing and storing an enormous amount of digital images. This caused an increased complexity in managing this kind of media file. Furthermore, the mobile devices with embedded GPS and digital cameras are capable of store temporal (timestamp of the shot) and geographic (latitude and longitude) information in image files metadata, enabling the treatment of the geographical aspects of photography. The existing geographic photo organizers, however, do not efficiently explore spatial-temporal metadata. In this study, we propose a new photo organizer tool - PhotoGeo - which provides the functionalities of organizing, navigating, annotating, and searching geo-referenced photos, which has enhanced usability and adequately explores geographic and temporal information. PhotoGeo proposes a novel automatic photo organizing mechanism which classifies pictures based on metadata and external sources. It also proposes a multi-modal interface to enable navigation within a photo collection, accompanied by a mechanism to perform advanced search in photography collections which explores the conventional, spatial, and temporal domains. Another very important contribution of PhotoGeo, is a new solution to suggest identification of people who are subject in the photos, expanding and utilizing the contextual informations of user.

A coccidiose aviária é uma doença entérica causada por protozoários parasitas do gênero Eimeria. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na regulação do ciclo de vida dos parasitas, foram geradas 15.000 seqüências expressas (ORESTES) para cada uma das três espécies mais importantes: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. O presente trabalho consistiu no desenvolvimento de componentes de anotação automática de seqüências para o sistema EGene, plataforma previamente desenvolvida pelo nosso grupo (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) para a construção de processamentos encadeados (pipelines). Estes componentes foram utilizados para a construção de pipelines de anotação automática de seqüências-consenso obtidas a partir da montagem dos ORESTES de Eimeria spp. A anotação consistiu na identificação dos genes e atribuição da função dos respectivos produtos protéicos, baseando-se em um conjunto de evidências. As seqüências também foram classificadas e quantificadas utilizando-se um vocabulário controlado de termos de ontologia gênica (GO). / Avian coccidiosis is an enteric disease caused by protozoan parasites of the genus Eimeria. Aiming at obtaining a better understanding of the molecular mechanisms that regulate the life cycle of the parasites, our group generated 15,000 expressed sequences (ORESTES) for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of a set of components for the automated sequence annotation through EGene, a platform for pipeline construction previously described by our group (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005). These components were used to construct pipelines for the automated annotation of assembled sequences of ORESTES of Eimeria spp. The annotation process consisted in the identification of genes and the corresponding protein function based on a set of evidences. The sequences were also mapped and quantified using a controlled vocabulary of gene ontology (GO) terms.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:05:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2080.pdf: 1369419 bytes, checksum: 4100f6c7c0400bc50f4f2f9a28621613 (MD5) Previous issue date: 2008-05-26 / Universidade Federal de Sao Carlos / Bioinformatics aims at providing computational tools to the development of genome researches. Among those tools are the annotations systems and the Database Management Systems (DBMS) that, associated to ontologies, allow the formalization of both domain conceptual and the data scheme. The data yielded by genome researches are often textual and with no regular structures and also requires scheme evolution. Due to these aspects, semi-structured DBMS might offer great potential to manipulate those data. Thus, this work presents architecture for biosequence annotation based on XML databases. Considering this architecture, a special attention was given to the database design and also to the manual annotation task performed by researchers. Hence, this architecture presents an interface that uses an ontology-driven model for XML schemas modeling and generation, and also a manual annotation interface prototype that uses molecular biology domain ontologies, such as Gene Ontology and Sequence Ontology. These interfaces were proven by Bioinformatics and Database experienced users, who answered questionnaires to evaluate them. The answers presented good assessments to issues like utility and speeding up the database design. The proposed architecture aims at extending and improving the Bio-TIM, an annotation system developed by the Database Group from the Computer Science Department of the Federal University from São Carlos (UFSCar). / A Bioinformática é uma área da ciência que visa suprir pesquisas de genomas com ferramentas computacionais que permitam o seu desenvolvimento tecnológico. Dentre essas ferramentas estão os ambientes de anotação e os Sistemas Gerenciadores de Bancos de Dados (SGBDs) que, associados a ontologias, permitem a formalização de conceitos do domínio e também dos esquemas de dados. Os dados produzidos em projetos genoma são geralmente textuais e sem uma estrutura de tipo regular, além de requerer evolução de esquemas. Por suas características, SGBDs semi-estruturados oferecem enorme potencial para tratar tais dados. Assim, este trabalho propõe uma arquitetura para um ambiente de anotação de biosseqüências baseada na persistência dos dados anotados em bancos de dados XML. Neste trabalho, priorizou-se o projeto de bancos de dados e também o apoio à anotação manual realizada por pesquisadores. Assim, foi desenvolvida uma interface que utiliza ontologias para guiar a modelagem de dados e a geração de esquemas XML. Adicionalmente, um protótipo de interface de anotação manual foi desenvolvido, o qual faz uso de ontologias do domínio de biologia molecular, como a Gene Ontology e a Sequence Ontology. Essas interfaces foram testadas por usuários com experiências nas áreas de Bioinformática e Banco de Dados, os quais responderam a questionários para avaliá-las. O resultado apresentou qualificações muito boas em diversos quesitos avaliados, como exemplo agilidade e utilidade das ferramentas. A arquitetura proposta visa estender e aperfeiçoar o ambiente de anotação Bio-TIM, desenvolvido pelo grupo de Banco de Dados do Departamento de Computação da Universidade Federal de São Carlos (UFSCar).

Submitted by Luciana Sebin (lusebin@ufscar.br) on 2016-10-07T18:32:03Z No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-13T19:51:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-13T19:51:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-13T19:51:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) Previous issue date: 2015-08-28 / The black lion tamarin (Leontopithecus chrysopygus) is one of the most endangered neotropical primates and the historical causes that led them to the brink of extinction are closely related to the history of the Atlantic Rainforest. Among its main threats are the fragmentation of their habitat, the small number of his surviving populations and the isolation of them, which directly affect the genetic structure of these populations. The use of genetic analysis and molecular markers for the wildlife conservation have been growing over the past few years with the advent of genetic and molecular technologies and bioinformatics, allowing the establishment of rapid diagnosis of diseases and many genetic and ecological parameters such as migration rate, population size, genetic diversity, kinship relations. Among the main molecular markers are microsatellite that consist of short DNA sequences tandemly repeated composed of 1 to 6 bases pairs widely distributed in eukaryotic and prokaryotic genomes. Characteristics like codominance and high level of polymorphism make microsatellites an important tool to measure the loss of genetic diversity and recent changes in genetic structure of populations, and for use in forensic investigations. Among the methods used for the isolation of such markers, is the in silico mining for species with available genetic data. In the present study, we identified 60 tetranucleotide microsatellite loci have been identified in the genome of common marmoset (Callithrix jacchus) through data mining conducted in the genome of this species. Primer pairs were designed and tested in black lion tamarin, since this kind does not have any genomic data available. Of the 60 loci tested, 87% had successful amplification of DNA samples from 10 captive animals. PCR products were analyzed on agarose gel and 13 loci were genotyped in automatic sequencer ABI3730XL. The Geneious version 8.1.6 software was used for genotyping. Only four loci showed polymorphism, observed two alleles per locus. This low polymorphism may be associated with the origin of the captive colonies. / O mico-leão-preto (Leontopithecus chrysopygus) é um dos mais ameaçados primatas neotropicais e as causas históricas que o levaram à beira da extinção estão intimamente relacionadas à história da Mata Atlântica. Entre suas principais ameaças estão a fragmentação de seu habitat, o número reduzido de suas populações sobreviventes e o isolamento das mesmas, as quais afetam diretamente a estrutura genética dessas populações. O uso de análises genéticas e marcadores moleculares a favor da conservação da vida silvestre vêm crescendo ao longo dos últimos anos com o surgimento das tecnologias genéticas, moleculares e da bioinformática, possibilitando o estabelecimento do rápido diagnóstico de doenças e de muitos parâmetros genéticos e ecológicos, como taxa de migração, tamanho populacional, diversidade genética, relações de parentesco. Dentre os principais marcadoes estão os microssatélites que consistem em pequenas sequências de DNA repetidas em tandem compostas de 1 a 6 pares de base amplamente distribuídas nos genomas eucarióticos e procarióticos. Suas características de codominância e alto nível de polimorfismos fazem desses marcadores ferramentas importantes para estimativas de perda de variabilidade e de mudanças recentes na estruturação genética de populações, além do uso em investigações forenses. Dentre os métodos utilizados para o isolamento de tais marcadores, está a mineração in silico para espécies com dados genéticos disponíveis. No presente estudo, identificamos 60 microssatélites tetranucleotídicos no genoma do saguí-de-tufo-branco (Callithrix jacchus) através de Data Mining realizados no genoma desta espécie. Pares de primers foram desenhados e testados em Leontopithecus chrysopygus, uma vez que esta espécie não possui dados genômicos disponíveis. Dos 60 locos testados, 87% tiveram sucesso de amplificação em amostras de DNA provenientes de 10 animais de cativeiro. Os produtos de PCR foram analisados em gel de agarose e 13 locos foram genotipados em sequenciador automático ABI3730XL. O programa Geneious versão 8.1.6 foi utilizado para genotipagem. Somente quatro locos demonstraram polimorfismo, sendo observados dois alelos por loco. Esse baixo polimorfismo pode estar associado à origem das colônias de cativeiro.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-23T12:32:56Z No. of bitstreams: 1 TeseWLF.pdf: 10494807 bytes, checksum: df4332346794cb6528875bef5e9313c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-20T13:42:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseWLF.pdf: 10494807 bytes, checksum: df4332346794cb6528875bef5e9313c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-20T13:42:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseWLF.pdf: 10494807 bytes, checksum: df4332346794cb6528875bef5e9313c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T13:54:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseWLF.pdf: 10494807 bytes, checksum: df4332346794cb6528875bef5e9313c4 (MD5) Previous issue date: 2016-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / In the past decades, there has been a revolution in the way science has been conducted. The current context has demanded more collaborative work such as, studies in research networks of large scale. One of the many essential marks of change in this new way of making science has been the intense usage of Information and Communication Technologies (ICT), or “eScience”. Nowadays, it plays a fundamental role in the methodology adopted by many research groups around the world. Analyses of the qualitative data evidenced in researches about Special Education were done then. The biggest challenge that was noticed would be to advance in the analysis of qualitative data using information technologies without losing the subjectivity involved in the research and to broaden the capability of going over the data without losing the right to come and go, the right to critique and establish proper reflexions, respecting subjective positioning and, above all, maintaining the research's critic criteria. In this sense, this work establishes as its main objective to evaluate the proposed technological architecture of qualitative analyses of data. This analysis was based upon data mining theories, researches in ontology and techniques of semantic notation in the field of special education aiming to analyze the thresholds and possibilities this methodological approach permits. We used as methodology the construction of a prototype, named Serendipity, based on the perspective of software engineering, in order to extract the main techniques that could set as a safe method for design, implementation and deployment of the solution. Cyclically, the methodology allowed us to modify requirements and establish improvements, allowing the feedback process from new analyses. The text mining process relied on gaining knowledge from textual databases that have little or no data structure. The computational ontology was the element able to reconstruct the syntactic representation, giving it direction. The words (data) are related and are set within a context of formal knowledge, providing them with a semantic and cognitive ability, building concepts, open to interpretation, comprehension and common understanding; as a result, we built up a specific ontology for Special Education. The semantic annotation helped attach content to the text to describe their semantics, allowing that software agents could retrieve information in a more precise manner through the association of the document to the ontology in a conception of semantic fields. We built a customized dictionary for special education to relate terms to synonyms and expressions associated with the ontology. To view beyond the semantic classes, we used automatic concept maps to establish relationships between concepts included in a hierarchical structure of propositions. Finally, to assess the proposal, we made use of part of the data collected from the National Observatory of Special Education in transcribed texts about the formation of five cities, one from each region of Brazil. The results show limits already recognized in the proposal and; in this respect, did not aim to establish a subjective and deep analysis that would permit extreme precision results. It points out that the researcher is and will always be the driving factor that operates the process’ flow and relying, or not, on computing tools is not entirely immune to err. The proposal of serendipity has given a step forward in the automatic process of data analysis and can be used in big data without losing the subjectivity of the researcher. However, we must add new human and technological resources to contribute to its improvement and encourage other areas to develop domain ontologies with their experts and the development of specific dictionaries. Therefore, despite its limitations, the approach has shown significant advances in semantic exploration of qualitative data in the Special Education field and it is capable of being adapted to other areas and fields of knowledge. / Nas últimas décadas, tem ocorrido uma revolução no modo como a ciência tem sido conduzida, o atual contexto tem demandado cada vez mais o trabalho colaborativo, tais como os estudos em redes de pesquisa de ampla escala. Um dos pontos essenciais de mudança nessa nova forma de se fazer ciência tem sido o uso intenso de Tecnologias de Informação e Comunicação (TIC), chamada como “eScience”, que desempenha hoje um papel fundamental na metodologia adotada por muitos grupos de pesquisa ao redor do mundo. Partiu-se então para uma reflexão acerca do aprofundamento de dados qualitativos evidenciadas principalmente nas pesquisas em Educação Especial. O grande desafio seria avançar na qualidade da análise de dados qualitativos com uso das tecnologias da informação sem perder a subjetividade envolvida na pesquisa e ampliar a capacidade de esmiuçar os dados sem perder a liberdade de ir e vir, de criticar e estabelecer reflexões próprias, respeitando posicionamentos e, sobretudo, mantendo o rigor científico na pesquisa. Neste sentido, o presente estudo estabeleceu como objetivo principal avaliar a arquitetura tecnológica proposta de análise qualitativa de dados, tendo como base as teorias de mineração de textos, ontologia computacional e técnicas de anotação semântica, em pesquisa da educação especial, a fim de analisar os limites e possibilidades desta abordagem metodológica. Utilizamos como metodologia baseada na construção de um protótipo, denominado Serendipity, fundamentado na perspectiva da engenharia de software, de maneira que extraímos as principais técnicas que puderam definir um método seguro para a concepção, implementação e implantação da solução. De forma cíclica a metodologia permitia modificar requisitos e estabelecer melhorias, permitindo a retroalimentação do processo a partir de novas análises. Para isto, a mineração de textos apoiou-se na obtenção de conhecimento a partir de bases de dados textuais que possuem pouca ou nenhuma estrutura de dados. A ontologia computacional foi o elemento capaz de reconstruir a representação sintática, dando a ela sentido. As palavras (dados) se relacionam e são postas dentro de um contexto, de um conhecimento formal, dotando-as de uma capacidade semântica e cognitiva, construindo conceitos, passível de interpretação, compreensão e entendimento comum; para isto construiu-se uma ontologia específica para Educação Especial. A anotação semântica ajudou a anexar conteúdos ao texto para descrever a sua semântica, permitindo que agentes de software pudessem recuperar informações de forma mais precisa, através da associação do documento à ontologia, numa concepção de campos semânticos. Construiu-se também um dicionário da Educação Especial customizado para relacionar termos a sinônimos e expressões associadas à ontologia. Para visualização, além das classes semânticas, utilizou-se de mapas conceituais automáticos para estabelecer relações entre conceitos incluídos numa estrutura hierárquica de proposições. Por fim, para a avaliação da proposta utilizou-se de parte dos dados coletados no Observatório Nacional da Educação Especial de textos transcritos acerca da Formação em cinco cidades, sendo uma de cada região do Brasil. Os resultados evidenciam limites já reconhecidos na proposta e, neste aspecto, não teve a pretensão de determinar uma análise subjetiva e detalhista, que a rigor, permita resultados de extrema precisão. Destaca que o pesquisador é e sempre será o condutor livre do funcionamento do processo e contando, ou não, com ferramentas computacionais ele pode cometer erros. A proposta do serendipity deu um passo no processo automático de análise de dados, podendo ser aproveitada em big data, pesquisas de nível nacional, sem perder a subjetividade do pesquisador. Para isto é preciso agregar novos recursos humanos e tecnológicos que contribuam em seu aprimoramento. Estimular outras áreas a desenvolverem ontologias de domínio com seus especialistas e a evolução dos dicionários específicos. Portanto, apesar de seus limites, a abordagem possui avanços significativos na prospecção semântica de dados qualitativos em Educação Especial e passível de adaptação a outras áreas de conhecimento.

Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-05-19T14:10:27Z No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Diogenes Dias Silveira - 2014.pdf: 2417341 bytes, checksum: dd7932e4849f3c8cf7a4ff97d173eb77 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-05-19T14:28:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Diogenes Dias Silveira - 2014.pdf: 2417341 bytes, checksum: dd7932e4849f3c8cf7a4ff97d173eb77 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-19T14:28:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Diogenes Dias Silveira - 2014.pdf: 2417341 bytes, checksum: dd7932e4849f3c8cf7a4ff97d173eb77 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The upland rice is sensitive to drought especially during the reproductive phase, when even moderate stress can result in drastic reduction in yield. Upon the occurrence of the drought a variety of genes is induced in plants, triggering a complex network of responses that extends from the perception and recognition of sign of stress, through activation of adaptive response genes. The objective of this thesis was to study the transcriptome of two Brazilian cultivars of upland rice (Douradão and Primavera) contrasting in relation to drought tolerance, and subjected to two experiments under water deficit in two consecutive years. In the first year, corresponding to Article 1, the transcripts from leaf samples were sequenced by RNA-seq, and in the second year, corresponding to Article 2, the transcripts from leaf and root samples were sequenced, for both cultivars, under normal and limited irrigation during the reproductive phase. In Article 1, the sequencing showed in Douradão 27,618 transcripts, from which 24,090 (87.2 %) showed homology to rice genes and 27,221 transcripts in Primavera, from which 23,663 (86.9 %) showed homology to rice genes. Douradão had 493 diferentially expressed genes (DEGs) and Primavera 1,154 DGEs. In Article 2 it were identified 44,978 and 37,898 transcripts in leaf and root tissues, respectively. Douradão showed 3,554 and 840 diferentially expressed genes (DEGs), in leaf and root tissues, respectively, while Primavera showed 1,141 and 1,975 DEGs on those tissues, respectively.It were identified genes from different metabolic routes related to distinct drought tolerance mechanisms in leaf and root tissues, such as cell signaling -related genes, transcription factors, functional protective proteins and cell cellular detoxification enzymes. A set of expressed genes from both tissues were validated by RT–qPCR and most of them were similar to the results of RNA-seq results. The rice transcripts not annotated were submitted to an orthology analysis in relation to the Arabidopsis thaliana databank, which revealed one gene related to the root cell growth Douradão. The 16 genes validated by RT-qPCR will be used as molecular markers for marker assisted selection in the upland rice breeding program and are candidate genes for use in transformation of rice cultivars susceptible to drought. / O arroz de terras altas é sensível à seca principalmente durante a fase reprodutiva, quando até mesmo o estresse moderado pode resultar na redução drástica de produtividade. Diante da seca uma variedade de genes é induzida nas plantas, desencadeando uma complexa rede de respostas que se estende desde a percepção e reconhecimento do sinal de estresse até a ativação de genes de resposta adaptativa. O objetivo desta tese foi estudar o transcriptoma de duas cultivares brasileiras de arroz de terras altas (Douradão e Primavera), constrastantes em relação à tolerância à seca, e submetidas a dois experimentos sob déficit hídrico em dois anos consecutivos. No primeiro ano, correspondente ao Artigo 1, foram sequenciados os transcritos provenientes de amostras de folhas, e no segundo ano, correspondente ao Artigo 2, foram sequenciados os transcritos provenientes de amostras de folhas e raízes, para as duas cultivares, sob condições normais e restritas de irrigação durante a fase reprodutiva das plantas. No Artigo 1, o sequenciamento revelou 27.618 transcritos em Douradão, com 24.090 (87,2%) de homologia à genes de arroz e 27.221 transcritos na cultivar Primavera, dos quais 23.663 (86,9%) apresentaram homologia aos genes de arroz. Douradão apresentou 493 genes diferencialmente expressos (GDEs) e Primavera 1.154 GDEs. No Artigo 2 foram identificados 44.978 transcritos do tecido foliar e 37.898 transcritos do tecido radicular, considerando o número total de transcritos de ambas as cultivares. Douradão apresentou 3.554 e 840 GDEs, respectivamente, no tecido foliar e radicular, enquanto que Primavera apresentou, 1.141 e 1.975 GDEs. Foram identificados vários genes atuantes em rotas metabólicas envolvidas em diferentes mecanismos de tolerância a seca nos tecidos foliar e radicular, como por exemplo, genes relacionados à sinalização celular, fatores de transcrição, proteínas protetoras funcionais da célula e enzimas de detoxificação celular. Um conjunto de genes expressos em ambos os tecidos foram validados via RT-qPCR e a maioria deles tiveram resultados similares aos resultados de RNA-seq. Foi realizada uma análise de ortologia envolvendo os transcritos não anotados em arroz contra o banco de dados de Arabidopsis thaliana, a qual revelou um gene relacionado ao crescimento celular de raízes na cultivar Douradão. Os 16 genes validados via RT-qPCR relacionados a tolerância à seca serão utilizados como marcadores moleculares em seleção assistida no programa de melhoramento de arroz de terras altas e são genes candidatos a serem utilizados na transformação de genótipos sensíveis à seca.

Desvios da norma padrão, comumente chamados de \"erros\", são fatos comuns na escrita dos aprendizes da variante culta de uma língua materna como o português brasileiro. Tratados como um \"mal a ser combatido\", eles são, na verdade, importantes indícios do processo de assimilação da escrita culta pelo falante nativo. Revelam qual a tendência da transformação que naturalmente ocorre numa língua, demonstrando, por exemplo, a obsolência das gramáticas tradicionais, que não aceitam determinadas construções já muito freqüentes. Mas seria possível detectar algum padrão desses desvios? Haveria desvios típicos de um determinado perfil de redatores? Essas indagações motivaram a presente investigação, que se baseou na concepção de que esses estudos são de natureza empírica, comprometidos com a noção de que a língua funciona tal como um sistema probabilístico, de onde é possível prever tendências, por exemplo, de mudança. Falamos, pois, de uma investigação à luz da Lingüística de Corpus. Composto de redações do Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM), edição de 2002, cedidas pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais (INEP) juntamente com determinados traços do perfil dos redatores, construímos um corpus que foi batizado de Corvo, e se ocupou de uma faixa específica de textos: a de pior desempenho no ENEM no quesito domínio da norma culta. Observamos, desse modo, textos em que, supostamente, há freqüência maior de desvios e maior variedade de tipos de desvios. Nossa metodologia de pesquisa apoiou-se no uso do revisor gramatical automático ReGra, bastante popular no país e que auxilia o usuário no uso correto do português culto padrão. Além disso, construímos um material próprio de detecção e classificação dos desvios gramaticais, aumentando a capacidade de tratamento automático dos textos. Assim, foi possível gerar uma versão do corpus anotada em desvios, i.e., os textos apresentam indicações de quando e qual tipo de desvios ocorrem. Como resultado temos um mapeamento do Corvo; ou seja, um panorama dos desvios típicos de um determinado tip o de perfil de redator. Constatamos a deficiência ortográfica como o traço típico do grupo de indivíduos investigado, mas, sobretudo, que a ortografia é motor para o pleno funcionamento de uma revisão gramatical automática. O revisor ReGra mostrou-se incapaz de processar satisfatoriamente textos desse tipo de redator, mas, ainda assim, comprovou que esses textos apresentam desvios gramaticais de tratamento complexo, cuja intervenção do revisor, se acontece, pouco altera na qualidade geral dos mesmos. Com respeito à tipologia de desvio, pudemos constatar a validade da tipologia aplicada na pesquisa, que advém do ReGra e, portanto, está à margem das discussões teóricas ortodoxas. De fato, há recorrência de tipos de desvios, e isso numa freqüência que nos autoriza admitir a fraca assimilação de certas regras gramaticais tomadas como básicas (p.ex., a pontuação, a concordância e a regência). Constatamos, com relação ao perfil de redatores, que textos com maior potencial para a revisão da escrita, i.e., aqueles que alteram significativamente a qualidade textual com interferências pontuais de revisão, são justamente os produzidos pelos concluintes do ensino médio e não pelos egressos. / Deviations from the standard norm, usually called \'mistakes\', are common events in writing pieces of language learners speakers of a native language such as Brazilian Portuguese. They are treated as \'an evil that must be fought\'. They are, in fact, important evidence of the acquisition process of writing in the standard norm by the native speaker. They reveal the transformation trend, which normally occurs in a language, showing, for instance, the obsolescence of traditional grammars that do not accept certain patterns, which are frequent nonetheless. However, is it possible to identify a pattern in these deviations? Are there common deviations among a certain profile of students? These are the questions motivating this study, which is based on the concept that these investigations are empirical in nature, and are marked by the notion that language operates as a probabilistic system, in which it is possible to forecast trends of change, for example. We are, therefore, speaking of an investigation in the light of Corpus Linguistics. We compiled a corpus of essays written during the National Middle Education Exam (ENEM) carried out in 2002. These essays were obtained with the National Institute for Research in Education (INEP) together with the profile of the students. The corpus was called Corvo, and it is made up of a certain bracket of texts: those having obtained the worst performance rate in the ENEM in the standard norm category. We observed, therefore, texts in which there are, allegedly, a greater frequency of deviations and a greater variety of kinds of deviations. The research methodology was supported by the electronic grammar checker - ReGra - which is very popular in the country, and helps the user in writing standard Portuguese correctly. In addition, we built a specific tool for identifying and classifying grammar deviations, thus, increasing the ability to treat the texts electronically. Therefore, it was possible to generate an annotated version of the corpus according to the deviations, i.e., the texts were annotated according to when and what kind of deviations they presented. As a result, we have a mapping of the Corvo; that is, a view of the common deviations of students belonging to a certain profile. We identified poor spelling as a common feature of the group, but, above all, that spelling is the engine enabling a full grammatical check to operate. The ReGra grammar checker was not able to satisfactorily process these kinds of texts, but, even so, it proved that these texts presented complex grammar deviations, and the intervention of the checker, when it is applied, little alters their overall quality. In regard to deviation typology, we identified the validity of the typology used in this study, which results from the ReGra and, therefore, lies in the outskirts of orthodox theoretical discussions. In fact, certain kinds of deviations reoccur at a frequency that enables us to admit a poor assimilation of certain grammatical rules considered basic (e.g., punctuation, agreement and use of prepositions). We found that in regard to the profile of the students, texts with a greater writing check potential, that is, a check that would significantly improve text quality through individual checking interferences, are te xts produced by students who finished middle education and not those produced by students who are finishing the course.

A Web Semântica tem como meta fazer com que os conteúdos disponibilizados na Web tenham significado não apenas para pessoas, mas também que possam ser processados por máquinas. Essa meta está sendo realizada com o desenvolvimento e uso de ontologias para criar dados anotados semanticamente. Entre as distintas formas de anotação semântica, a Semantic Web Rule Language (SWRL) torna possível criar anotações no formato de regras que combinam regras com conceitos definidos em ontologias, especificadas em Web Ontology Language (OWL), para representar conhecimento sobre dados por meio de afirmações condicionais. Todavia, à medida que o número dessas regras crescem, seus desenvolvedores podem enfrentar dificuldades para gerenciá-las adequadamente. Um grande conjunto de regras torna-se difícil de entender e propício a erros, principalmente quando usado e mantido de forma colaborativa. Neste trabalho é apresentado um conjunto de soluções para aprimorar o uso e gerenciamento de regras SWRL, que compreendem o desenvolvimento de novas representações visuais, técnicas de classificação de regras e ferramenta de detecção de erros. Essas soluções resultaram no SWRL Editor, uma ferramenta Web de visualização e composição de regras que roda como um plug-in para o Web Protégé. Como estudo de caso, foi utilizada a Autism Phenologue Rules, uma ontologia para caracterizar fenótipos de autismo, para exemplificar um conjunto grande e complexo de regras SWRL. A partir desse estudo, uma nova representação visual específica para as regras dessa ontologia foi elaborada, permitindo que um especialista em autismo, sem grandes conhecimentos computacionais, seja capaz de ver e editar regras sem ter de se preocupar com a sintaxe da linguagem SWRL. Os resultados obtidos indicam que o SWRL Editor é uma ferramenta clara e intuitiva, contribuindo para um melhor entendimento, criação e gerenciamento de regras SWRL. / The Semantic Web aims to make web content available not only to people but also to computers using machine-readable formats. This goal is being realized with the development and use of ontologies to create semantically annotated data. Among the different ways to annotate data, the Semantic Web Rule Language (SWRL) enables rule-based annotation that combines rules with ontology concepts, defined using the Web Ontology Language (OWL), to represent knowledge about data as conditional assertions. However, as the number of these rule-base annotations grows, developers face problems when trying to manage them. A large rule set becomes difficult to understand and prone to errors, especially when it is collaboratively maintained. This work presents solutions to improve SWRL rule use and management that include the development of new visual representations, classification techniques and error detection tools. These solutions resulted in the SWRL Editor, a webbased visualization and composition tool for SWRL rules that runs as a Web Protégé plug-in. As a case study, we used the Autism Phenologue Rules, an ontology to characterize autism phenotypes, to exemplify a large and complex SWRL rule set. From this study, a new visual representation, specific for this ontologys rules, has been developed, allowing an expert in autism, without a lot of computational knowledge, to be able to view and edit the rules without having to worry about SWRL syntax. The results obtained indicate that the SWRL Editor is a clear and intuitive tool, contributing for a better understanding and easing the creation and management of SWRL rule sets

Os compostos de origem microbiana tem readquirido interesse pela biodisponibilidade, especificidade de alvo e diversidade química, mas as vias biosintéticas permanecem crípticas em condições de cultura. Uma estratégia para expressa-las é a super-expressão de genes ativadores. O laboratório de Bio-Produtos no ICB na USP tem trabalhado com Streptomyces olindensis produtor da Cosmomicina D uma molécula com atividade antitumoral de interesse devido ao padrão de glicosilação. O genoma de S. olindensis foi sequenciado e submetido ao NCBI (JJOH00000000) e utilizando o software antiSMASH foram identificados 33 clusters envolvidos na produção de metabolitos secundários. Encontraram-se clusters gênicos para a produção de metabolitos como Melanina, Geosmina, entre outros. Além, foi realizada uma analise de genômica comparativa para caracterizar e anotar as 22 vias biossintéticas desconhecidas em S. olindensis. Finalmente, escolheram-se a via do aminociclitol e um Policetídeo Tipo I para a super-expressão de genes reguladores levando a detecção do composto sob condições de cultura. / Microbial metabolites regain interest due to its bioavailability, target specificity and chemical diversity, but the biosynthetic pathways remain silenced under culture conditions. A strategy to obtain them is the over expression of regulatory genes. Bio-products laboratory at USP has been working with Streptomyces olindensis, products of Cosmomycin D, an antitumoral molecule with a distinctive glycosylation pattern. S. olindensis genome was sequenced and submitted to NCBI (JJOH00000000) and employing antiSMASH server 33 secondary metabolite related clusters were identified. Known pathways were found such as genes for melanin production, Geosmin and others. Additionally, a comparative genomic approach was used to characterize the 22 biosynthetic unknown pathways described in S. olindensis. Subsequently, Aminocyclitol and Polyketide Type I were chosen to evaluated, over expressing the regulatory genes, leading to the compound detection in regular culture conditions.

O feijão-comum (Phaseolus vulgaris) é atacado por uma gama de patógenos que afetam a produtividade das lavouras e a qualidade dos grãos. Dentre os patógenos de importância econômica para a cultura no Brasil, destaca-se o nematoide das galhas (Meloidogyne incognita). Embora haja relatos sobre a avaliação de cultivares na presença de M. incognita, as fontes de resistência tem se mostrado pouco efetivas. Por isso, pesquisas que possibilitem um melhor entendimento sobre a interação planta-nematoide são de extrema valia e devem nortear novas estratégias para o melhoramento do feijoeiro. Assim, no presente estudo, 18 cultivares de P. vulgaris foram avaliadas quanto à resistência a M. incognita raça 3, sendo que quatro comportaram-se como pouco suscetíveis, 11 como moderadamente suscetíveis e três altamente suscetíveis. A cultivar IPR Saracura mostrou menor grau de suscetibilidade e foi, então, usada na construção de 12 bibliotecas de RNAseq, visando à identificação dos genes envolvidos na reposta à infecção pelo nematoide. Foram adotados dois tratamentos, 4 e 10 DAI (dias após inoculação), compostos de plantas inoculadas e controles. Primeiramente, realizou-se o mapeamento dos transcritos de cada biblioteca, tomando como referência o genoma de P. vulgaris (G19833), o que resultou na identificação de 27.195 unigenes. Em seguida, foi realizada a quantificação da expressão dos transcritos mapeados e genes diferencialmente expressos foram identificados. No total, 191 genes do hospedeiro apresentaram expressão diferencial, considerando-se: i) o tratamento inoculado em relação ao controle; ii) a razão de expressão (Fold Change - FC) mínima absoluta igual a 4; iii) o nível de significância ? = 0,05. Do total, 120 genes foram identificados aos 4 DAI e 71 aos 10 DAI. As sequências mapeadas foram contrastadas àquelas dos bancos de dados NCBI e TAIR, usando a ferramenta BLASTx e, posteriormente, anotadas usando os softwares Blast2GO e MapMan. Detectou-se similaridade com genes codificadores de proteínas conhecidas para 90% (24.604/27.195) dos unigenes, sendo que 69% (16.991/24.604) deles foram anotados. Quanto à expressão diferencial, 98% (188/191) dos transcritos mostraram similaridade com proteínas conhecidas e 67% (127/188) puderam ser anotados. Os transcritos foram atribuídos a diferentes categorias funcionais putativas, predominando o termo ontológico \'processos metabólicos\', em ambas as plataformas. A anotação dos genes na plataforma MapMan mostrou abundância das categorias da via de resposta a estresse, com predominância de genes de defesa superexpressos aos 4 DAI e reprimidos aos 10 DAI. Por fim, 10 genes mostraram expressão diferencial tanto aos 4 como aos 10 DAI: sete deles foram estáveis, sendo superexpressos nas plantas inoculadas, e três apresentaram comportamentos opostos nos momentos avaliados. Ênfase foi dada a um gene que codifica uma \'probable inactive ADP-ribosyltransferase\' e a quatro genes de resposta a ferimento. / The common bean (Phaseolus vulgaris) is attacked by a range of pathogens, which affect crop yield and the quality of grains. Among the pathogens of economic significance to the crop in Brazil, the root-knot nematodes (Meloidogyne incognita) deserve attention. Though there are some reports on cultivar evaluation in presence of M. incognita, the resistance sources have not being effective. Therefore, it is of valuable importance research projects that could lead to a better understanding of plant-nematode interaction and to indicate new strategies for common bean breeding. In the present study, 18 cultivars of P. vulgaris were evaluated in regard to their resistance to M. incognita race 3; four were less susceptible, 11 moderately susceptible, and three were highly susceptible. \'IPR Saracura\' behaved as the less susceptible cultivar and then was selected for the construction of 12 RNAseq libraries, aiming at the identification of genes differentially expressed in response to nematode infection. Two treatments were adopted, 4 and 10 days after inoculation (DAI), each comprised of inoculated and control plants. Firstly, the transcripts were mapped to the reference genome of P. vulgaris (G19833), resulting in the identification of 27,195 unigenes. Then, the mapped transcript\'s expression was quantified and differentially expressed genes were identified. In total, 191 genes of the host plant showed differential expression taking into consideration: i) the inoculated treatments in relation to their control; ii) an absolute fold change (FC) >= 4; iii) a level of significance ? = 0,05. Of the total, 120 genes were detected at 4 DAI and 71 at 10 DAI. The mapped sequences were compared against those deposited in NCBI and TAIR databanks using BLASTx and subsequently annotated using Blast2GO and MapMan softwares. Similarity to known proteins was detected for 90% of the unigenes (24,604/27,195) and 69% (16,991/24,604) of them were annotated. Regarding assessing differential expression, 98% (188/191) of the transcripts showed similarity to known proteins and 67% (127/188) were annotated. Transcripts were attributed to different putative functional categories and the ontological term \'metabolic process\' was predominant within both platforms. Gene annotation within MapMan platform showed predominance of stress-related pathway categories, with prevalence of defense genes overexpressed at 4 DAI and repressed at 10 DAI. Finally, 10 genes showed differential expression at both 4 and 10 DAI: seven were stably overexpressed in the inoculated plants, and three showed an opposite behavior regarding the evaluation periods. Attention was given to a gene encoding a probable inactive ADP-ribosyltransferase and four genes related to wound response.