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Dinâmica molecular dos vírus Influenza A (H1N1) pandêmico em cinco anos de circulação no Brasil

Silva, Paola Cristina Resende January 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-03-10T13:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 paola_silva_ioc_dout_2015.pdf: 5954809 bytes, checksum: 02b143793e3dbd017a0d95c668d3108c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A primeira detecção do vírus Influenza A (H1N1)pdm09 no Brasil aconteceu em maio de 2009, e foi seguida de uma extensa disseminação por toda a população brasileira, com grande impacto em morbidade e mortalidade. Para entender a dinâmica molecular do Influenza A (H1N1)pdm09 no país, a presente tese reuniu sete trabalhos que abordaram a análise filogenética deste agente viral durante e após o período pandêmico (2009 a 2014) e buscou indentificar polimorfismos virais associados à virulência e à resistência ao antiviral Oseltamivir (OST). Para isso, as metodologias realizadas foram o sequenciamento dos genes de hemaglutinina (HA) e neuraminidase (NA) utilizando a metodologia de Sanger e a metodologia de pirosequenciamento para detectar polimorfismos de base única (SNPs). Nossos resultados revelaram a circulação de nove grupos filogenéticos ao longo dos cinco anos do estudo, indicando uma substituição temporal dos grupos e ocasionalmente uma estratificação geográfica. No entanto, nenhum dos grupos filogenéticos identificados foram associados com um pior prognóstico da infecção por influenza. Ao contrário do que foi observado em estudos anteriores, as mutações K-15E e Q310H no gene HA não se associaram ao aumento de virulência, mesmo na infecção de indivíduos imunocomprometidos. Por outro lado, polimorfismos no resíduo 222 da HA, que caracterizaram a presença de quasispecies virais, mostraram uma forte associação com a gravidade da infecção, especialmente em gestantes. Nesta tese, também realizamos a vigilância de marcadores de resistência no gene NA. Entre as amostras analisadas encontramos sete vírus com a mutação H275Y e dois com S247N, esses marcadores estão relacionados com a diminuição de sensibilidade ao antiviral OST Entre as amostras resistentes, a grande maioria foi detectada na região Sul do Brasil, em pacientes que não receberam OST. Isto sugere uma possível transmissão sustentada do vírus resistentes no país. Embora variantes H275Y resistentes apresentem baixa aptidão viral, a propagação deste vírus pode ocorrer com o ganho de mutações permissivas nos genes HA ou NA. No Brasil, o vírus que circulam desde 2011 apresentaram mutações V241I e N369K no gene NA, que foram, teoricamente, associadas a uma maior aptidão viral da variante resistente. Diante disso, cinco anos após a pandemia observamos que o vírus A (H1N1)pdm09 está estabelecido na população humana com várias substituições genéticas quando comparado com a sequencia da cepa vacinal A/California/07/2009. A maioria destas substituições parecem não ocasionar uma maior gravidade da infecção, e esta pode ser atribuída a outros fatores, tais como fatores genéticos do hospedeiro. Por fim, considerando o risco de surgimento e disseminação de vírus resistentes é importante reforçar o monitoramento viral e também realizar estudos para novas drogas antivirais / The Influenza A (H1N1)pdm09 virus was first detecte d in May 2009 in Brazil and later resulted in an extensive spread throughout the Brazilian pop ulation with a severe impact on morbidity and mortality. To understand the molecular dynamic of ( H1N1)pdm09 virus in Brazil this thesis grouped seven papers which approached the phylogenetic reco nstruction of the virus during and after the pandemic period (2009 to 2014) and the genomic iden tification of viral polymorphisms associated with virulence or antiviral resistance to Oseltamivir (O ST). For this, we performed genome sequencing, focusing especially on the hemagglutinin (HA) and n euraminidase (NA) genes using conventional Sanger sequencing and PyroMark 96ID to detect singl e nucleotide polymorphisms (SNPs). Our results showed that in Brazil nine (H1N1)pdm09 phylogenetic groups circulated along the five years of the study, indicating a temporal repl acement of groups and ocasionally a geographic stratification. However, no phylogenetic group seem ed to be associated with a worse clinical outcome. The increased virulence observed in previous studie s with a 2009 group bearing the genetic markers K-15E and Q310H was not confirmed in our analyses, even evaluating an immunocompromised population. On the other hand, polymorphysms at pos ition 222 of HA gene, which characterized the presence of viral quasispecies, showed an associati on with increased virulence in brazilian samples, especially in pregnant women. In this study we also performed surveillance of resistance markers at the NA gene. From the analysed samples we found sev en viruses with H275Y and two with S247N mutation, that diminish the sensibility to oseltami vir (OST). Among the resistant samples, the large majority was detected in the Southern region of Bra zil in patients that did not receive OST. This suggests a possible sustained transmission of resis tant virus in the country. Although resistant H275Y variants have low viral fitness, the spread of this virus can occur with the gain of permissive mutati ons in the HA or NA genes. In Brazil, viruses circulati ng since 2011 presented mutations V241I and N369K in the NA gene, which were theoretically associated with greater viral fitness. Five years after the pandemic we observed that A (H 1N1)pdm09 is established in the population with genetic substitutions in all gene s egments when compared to the vaccine strain A/California/07/2009. We demonstrated that the majo rity of those substitutions did not increase the severity of infection. The worst clinical outcomes may be attributed to other factors, such as genetic host factors. Finally, considering the risk of emer gence and spread of resistant viruses it is importa nt to strengthen viral surveillance and also carry out studies for new antiviral drugs
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Aspectos clínicos e epidemiológicos de pneumonias infantis associadas aos quatro tipos de vírus para influenza em Fortaleza-CE / Clinical and epidemiological aspects of children pneumonia associated with four types of parainfluenza virus in Fortaleza-CE

Ocadaque, Crister José January 2016 (has links)
OCADAQUE, Crister José. Aspectos clínicos e epidemiológicos de pneumonias infantis associadas aos quatro tipos de vírus para influenza em Fortaleza-CE. 2016. 103 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T11:26:05Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T12:04:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T12:04:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) Previous issue date: 2016 / Pneumonia are public health problems worldwide, especially in children younger than five years old. Human parainfluenza virus (HPIV-1, 2 and 3) are common agents of pneumonia, little was know about the involvement of HPIV-4 due to difficulties of isolation in cell culture, the absence of antigens specific for this virus in panels routine detection of respiratory viruses, and are associated only with cases of mild respiratory infections. The aim of this study is to describe the clinical and epidemiological profile of pneumonia caused by four types of HPIV in the study population, from January 2013 to December 2014. To this end, nasopharyngeal aspirates of 542 children under five treated at Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS), who were diagnosed with pneumonia, were subjected to RT-PCR for the detection of HPIV-1, 2, 3 and 4. These samples had been previously analyzed by indirect immunofluorescence for respiratory syncytial virus (RSV), influenza (A and B), adenovirus, and HPIV (1, 2 and 3). The HPIV were detected in 165 cases, followed by RSV (136), adenovirus (34) and influenza (30). Clinical and epidemiological characteristics of pneumonia by HPIV were analyzed in 104 samples with isolated infection with one of four types of HPIV. The HPIV most frequently detected, in descending order, were the HPIV-3 types (64.42%), HPIV-4 (19.23%), HPIV-1 (14.42%) and HPIV-2 (1.92 %). The HPIV-4 was the most associated with co-infection. The HPIV-4 was the only HPIV whose circulation was associated with the rainy season of two years of study (p <0.0001). The HPIV-3 and HPIV-1 had a circulation peak associated with the dry season. The HPIV are frequent agents of pneumonia in children younger than five years in the city of Fortaleza. / As pneumonias são problemas de saúde publica mundial, especialmente em crianças menores que cinco anos de idade. Os vírus parainfluenza (VPI-1, 2 e 3) são agentes frequentes de pneumonia, pouco se conhecendo sobre a participação do VPI-4 devido a dificuldades do seu isolamento em cultura de células, a ausência de antígenos específicos para este vírus nos painéis de rotina de detecção dos vírus respiratórios, além de serem relacionados apenas a casos de infecções respiratórias leves. O objetivo do presente estudo é descrever o perfil epidemiológico e clínico das pneumonias causadas pelos quatro tipos de VPI na população de estudo, no período de janeiro de 2013 a dezembro de 2014. Para tanto, aspirados nasofaríngeos de 542 crianças de até cinco anos atendidas no Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS), que receberam o diagnóstico de pneumonia, foram submetidos à RT-PCR para a detecção dos VPI-1, 2 e 3 e 4. Estas amostras tinham sido analisadas anteriormente por imunofluorescência indireta para vírus sincicial respiratório (VSR), influenza (A e B), adenovírus e VPI (1, 2 e 3). Os VPI foram detectados em 165 casos, seguido de VSR (136), adenovírus (34) e influenza (30). As características clínicas e epidemiológicas de pneumonias pelos VPI foram analisadas em 104 amostras que apresentaram infecção isolada por um dos quatro tipos de VPI. Os VPI mais frequentemente detectados, em ordem decrescente, foram os tipos VPI-3 (64,42%), VPI-4 (19,23%), VPI-1(14,42%) e VPI-2 (1,92%). O VPI-4 foi o mais associado a co-infecções. O VPI-4 foi o único VPI cuja circulação esteve associada à estação chuvosa dos dois anos de estudo (p<0,0001). O VPI-3 e o VPI-1 apresentaram pico de circulação associado à estação seca. Os VPI são agentes frequentes de pneumonias em crianças menores que cinco anos na cidade de Fortaleza.
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Produção da nucleoproteína recombinante do vírus da influenza aviária para aplicação no imunodiagnóstico

Borzi, Mariana Monezi [UNESP] 14 July 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-14. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:29Z : No. of bitstreams: 1 000849126.pdf: 1214857 bytes, checksum: a2d47dd516d137071a1aa19d9f8af738 (MD5) / A nucleoproteína (NP) do Vírus da Influenza Aviária (VIA) é um importante alvo antigênico no imunodiagnóstico desta doença, devido à sua baixa variabilidade entre as diferentes estirpes do VIA, resultando em uma elevada reatividade cruzada, e por ser também uma proteína altamente imunogênica para hospedeiros vertebrados. Neste estudo, o gene codificador da NP do VIA foi parcialmente clonado e expresso em Escherichia coli como uma proteína recombinante fusionada ao polipeptídeo SUMO e uma etiqueta de poli-histidina para seu uso no desenvolvimento de um ensaio de ELISA indireto para a detecção de anticorpos específicos contra o VIA. A NP recombinante foi expressada na fração solúvel e foi mais facilmente purificada. Após análise em relação aos seus principais sítios de antigenicidade e caracterização por meio de Western blotting, a NP recombinante foi utilizada como uma preparação antigênica no ELISA indireto para detecção de anticorpos contra o VIA presentes em amostras de soro de galinha. A análise comparativa do teste desenvolvido no presente estudo com um ELISA comercial apresentou valores de 95%, 97% e 96,7% de sensibilidade, especificidade e acurácia, respectivamente e um índice κappa de 0,88. Os resultados permitem concluir que a NP recombinante do VIA desenvolvida neste estudo possui características favoráveis para ser aplicada como antígeno no ELISA indireto, constituindo-se em um método sensível e específico para o imunodiagnóstico da Influenza Aviária em galinhas / The nucleoprotein (NP) of Avian Influenza Virus (AIV) is an important antigenic target for immunodiagnosis of this disease, due to its low variability among different AIV strains, resulting in high cross-reactivity, and the also highly immunogenic for vertebrate hosts. In this study, the gene enconding NP of AIV was cloned and expressed in Escherichia coli as a recombinant protein fused to SUMO polypeptide with a polyhistidine tag and used to develop an indirect ELISA for the detection of AIV-specific antibodies. The recombinant NP was expressed in the soluble fraction and easily purified. After Analysis of the main sites of antigenicity and characterization in Western-Blotting, the recombinant NP was optimized as an antigen preparation for indirect ELISA to detect anti-AIV antibodies in chicken serum samples. The comparative analysis of this ELISA with a commercial ELISA showed values of 95%, 97%, 96.7% of sensitivity, specificity and accuracy, respectively, and an agreement of k=0.88. In conclusion, the results indicated that the recombinant NP of AIV produced in this study is a good source of antigen for indirect ELISA and provides a sensitive and specific method for the immunodiagnosis of Avian Influenza in chickens
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Use of high pathogenicity avian influenza propagation models in the Dominican Republic / Utilização de modelos de propagação de influenza aviária de alta patogenicidade na República Dominicana

Dejelia Ramona Gomez Gonzalez 10 March 2017 (has links)
The use of epidemiological models as a tool to evaluate the behavior of some diseases is increasingly common. Models have been used to represent infection with avian influenza, based on the history of outbreaks caused by the highly pathogenic H5N1 subtype, besides that, within-flock transmission due to H7N7 has been modeled from mortality data. The first outbreaks of influenza in poultry in the Americas arose from subtype H5N2; since then and for more than 30 years the subtype H5N2 North American lineage has been detected in other countries of the Americas. A virus of the same subtype and lineage was detected in 2007 in the Dominican Republic; to study the possible impact of an outbreak on the population we have developed a SIR model with several infection scenarios using parameters from the H5N2 North American lineage. The study was based on a real population through the poultry network contact of 951 farms; high and low pathogenic transmission was represented during a period of 100 days without the use of control strategies. Six scenarios for highly pathogenic and six scenarios for low pathogenic were simulated with seven repetitions each; all scenarios led to outbreaks with similar progression with epidemic curve declining from day 34; in low pathogenic the infection is maintained over time. / A utilização de modelos epidemiológicos como uma ferramenta para avaliar o comportamento de algumas doenças é cada vez mais comum. Modelos têm sido utilizados para representar a infecção pela influenza aviária com base no histórico de surtos causados pelo subtipo H5N1 altamente patogênico, além disso, tem-se modelado transmissão intra-rebanho por causa do subtipo H7N7 a partir de dados de mortalidade. Os primeiros surtos de gripe aviária em aves de curral nas Américas vieram do subtipo H5N2; desde então, e por mais de 30 anos, a linhagem H5N2 Norte americana tem sido detectada em outros países das Américas. Um vírus do mesmo subtipo e linhagem foi detectado em 2007 na República Dominicana; para estudar o possível impacto de um surto sobre a população desenvolvemos um modelo SIR com vários cenários de infecção a partir de parâmetros de H5N2 linhagem Norte americano. O estudo foi baseado em uma população real através da rede de contato de aves formada por 951 granjas; foi representada transmissão por alta e baixa patogenicidade ao longo de um período de 100 dias sem utilização de estratégias de controle. Seis cenários para alta patogenicidade e seis para baixa patogenicidade foram simulados seguido com sete repetições; todos os cenários levaram a surtos com progressão semelhante com curva epidêmica em declínio a partir do dia 34; no cenário de baixa a infecção é mantida ao longo do tempo.
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Escherichia coli Vacuolating Factor (ECVF) como fator associado a celulite aviária. / Escherichia coli Vacoulating Factor (ECVF) as a factor associated to avian cellulitis.

Quel, Natália Galdi 05 February 2014 (has links)
E. coli isoladas de lesões de celulite aviária em frangos de corte produzem uma citotoxina, denominada ECVF (E. coli Vacuolating Factor), que causa intensa vacuolização citoplasmática em células aviárias, mas não em células mamárias. A importância de ECVF na patogenia da celulite foi avaliada neste estudo. ECVF purificado foi inoculado subcutaneamente em frangos de corte, e induziu sinais de inflamação nos tecidos subcutâneo, adiposo e conjuntivo. Em ensaios de citotoxicidade, foi verificado que ECVF induz alterações citoplasmáticas e nucleares que podem afetar diretamente o metabolismo celular, entre elas condensação da cromatina e fragmentação nuclear, intensa vacuolização citoplasmática e desorganização do citoesqueleto, conduzindo à apoptose. Também foi verificada interação de ECVF com proteínas de células aviárias, em detrimento das de células de mamíferos, sugerindo uma especificidade da toxina a este tipo celular. Nossos resultados, apoiados por dados de estudos anteriores, permitem sugerir um importante papel de ECVF na patogenia da celulite aviária. / E. coli isolated from cellulitis lesions in broiler chickens produce a citotoxin, called ECVF (Escherichia coli Vacuolating Factor), which causes intense cytoplasm vacuolization in avian cells, but not in mammalian cells. The importance of ECVF in the pathogenesis of avian cellulitis was assessed in this study. Purified ECVF was inoculated subcutaneously in broiler chickens, and induced signs of inflammation on subcutaneous, adipose and connective tissues. In citotoxicity assays, we verified that ECVF induced cytoplasmic and nuclear alterations, which can affect cellular metabolism directly, such as chromatin condensation and nuclear fragmentation, intense cytoplasm vacuolization, and disorganization of cytoskeleton, leading to apoptosis. It was also verified the interaction of ECVF with proteins of avian cells, instead of those from mammalian cells, suggesting the specificity of this toxin to this cells. Our results, supported by data from previous studies, suggest an important role of ECVF in the pathogenesis of avian cellulitis.
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Detecção de vírus Influenza A em aves migratórias capturadas em regiões litorâneas dos estados da Bahia, Pará e Pernambuco

FERREIRA, Deimy Lima January 2014 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-10-17T14:19:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DeteccaoVirusInfluenza.pdf: 2105812 bytes, checksum: 592b69e553c78f97d0a3a3db69ed7c2f (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-30T13:26:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DeteccaoVirusInfluenza.pdf: 2105812 bytes, checksum: 592b69e553c78f97d0a3a3db69ed7c2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-30T13:26:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DeteccaoVirusInfluenza.pdf: 2105812 bytes, checksum: 592b69e553c78f97d0a3a3db69ed7c2f (MD5) Previous issue date: 2014 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O vírus Influenza A é conhecido pela sua capacidade de infectar uma ampla variedade de animais, como os mamíferos (humanos, suínos, equinos, cetáceos, morcegos), aves domésticas (galinha [Gallus gallus], ganso, peru [Meleagris ocellata]), além de aves selvagens das ordens Charadriiformes (gaivotas, andorinhas, aves marinhas e maçaricos) e Anseriformes (pato, ganso selvagem e cisne) sendo estas seu hospedeiro natural. Compreender o movimento de longa distância de aves selvagens migratórias é crucial para explicar a circulação de vírus da gripe aviária. Este evento de circulação faz com que as aves atuem como importante meio de propagação do vírus ao longo de uma rota migratória, fato este já amplamente aceito. Entre os anos de 2006 e 2007 foram coletadas 2.252 amostras (swab de traquéia e cloaca), obtidas em locais que fazem parte da rota de migração do Atlântico e Mississipi, a partir de uma variedade de espécies de aves em regiões dos estados da Bahia, Pará e Pernambuco, para vigilância epidemiológica dos vírus Oeste do Nilo e Influenza. O objetivo deste estudo foi investigar a circulação de vírus Influenza entre aves migratórias que utilizam as rotas que passam pelos estados brasileiros supracitados. Para isso, as amostras foram analisadas através de técnicas de biologia molecular, que compreenderam duas etapas principais: a) extração de DNA/RNA a partir do espécime biológico; b) amplificação do gene controle codificador da Citocromooxidase pela técnica Reação em Cadeia mediada pela Polimerase (PCR) e amplificação do RNAv pela técnica de Transcrição Reversa seguida pela PCR em tempo real (RT-qPCR). Os resultados obtidos mostraram que do total de amostras testadas, 7,2% (n = 158) foram positivas por rRT-PCR para o vírus Influenza A. Observou-se uma diferença de positividade para o virus entre as espécies de aves analisadas, sendo esta de 3,6% para a ordem Charadriformes, 26,3% entre as aves da a ordem Anseriformes, 5,3% das aves pertencentes a ordem Pelecaniformes e 10,9% para aquelas da ordem Suliformes. Entre as amostras das ordens Passeriformes e Columbiformes, nenhuma amostra revelou-se positiva para vírus Influenza. Os dados sugerem variação entre os locais de coleta, tendo o estado do Pará com o menor percentual de positividade, a Bahia com segunda maior taxa e por fim Pernambuco apresentando maior valor de prevalência absoluta. Este estudo mostra que apesar de raras investigações realizadas no território brasileiro, constata-se circulação de vírus Influenza A entre diversas espécies de aves migratórias que utilizam os estados do Pará, Bahia e Pernambuco como locais de parada e reprodução de suas espécies. Estes achados justificam novas investigações para compreender a dinâmica dos vírus da gripe aviária na população de aves selvagens circulantes no Brasil, e seu papel como fonte em potencial de infecção para outros animais, inclusive o homem. / The Influenza virus is known for its ability to infect a wide variety of animals, such as mammals (humans, pigs, horses, whales), domestic birds (chicken [Gallus gallus], goose, turkey [Meleagris ocellata]) beyond wild birds of the orders Anseriformes (duck, wild goose and swan) and Charadriiformes (seagulls, swallows, aquatic birds and sandpipers) these being its natural host. Comprehend the movement of long distance migratory wild birds is crucial to explain the movement of avian influenza viruses. This event causes movement of the birds are acting as an important means of spreading the virus along a migratory route, a fact widely accepted. During the period 2006 and 2007, samples were collected 2,252 samples from a variety of bird species captured in locations which are part of the Atlantic migration route and Mississippi, in the states of Bahia, Para and Pernambuco for epidemiological surveillance of West Nile virus and influenza. The objective of this study was to investigate the circulation of influenza virus among migratory birds that use the routes that pass the above states. For this, the samples were analyzed by means of molecular biological techniques, which comprised two main steps: a) extraction of DNA / RNA from the biological specimen; b) amplification of the gene encoding cytochrome oxidase control of by the technical Polymerase Chain Reaction (PCR) and amplification of the vRNA by Real time Reverse Transcripition polimerase chain reaction (RT-qPCR). The results obtained showed that the total samples tested, 7.2% (n = 158) were positive by RT-qPCR for Influenza A virus. We observed a difference in positivity for the virus among bird species analyzed, which is 3.58% for Charadriformes order, 26.3% among the birds of the order Anseriformes, 5.3% of birds belonging to the order Pelecaniformes and 10.9% for those order Suliformes. Among the samples of the orders Passeriformes and Columbiformes, no sample was positive for Influenza Virus. The data suggest variation among the sampling sites, and the state of Para with the lowest percentage of positivity, the second highest rate with Bahia and Pernambuco finally presenting higher prevalence of absolute value. This study shows that although rare investigations in Brazilian territory, there has been movement of Influenza A viruses among several species of migratory birds that utilize the states of Para, Bahia and Pernambuco as stopping places and reproduction of their species. These findings justify further investigations to understand the dynamics of avian influenza viruses circulating in the population of wild birds in Brazil, and its role as a potential source of infection for other animals, including humans.
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Escherichia coli Vacuolating Factor (ECVF) como fator associado a celulite aviária. / Escherichia coli Vacoulating Factor (ECVF) as a factor associated to avian cellulitis.

Natália Galdi Quel 05 February 2014 (has links)
E. coli isoladas de lesões de celulite aviária em frangos de corte produzem uma citotoxina, denominada ECVF (E. coli Vacuolating Factor), que causa intensa vacuolização citoplasmática em células aviárias, mas não em células mamárias. A importância de ECVF na patogenia da celulite foi avaliada neste estudo. ECVF purificado foi inoculado subcutaneamente em frangos de corte, e induziu sinais de inflamação nos tecidos subcutâneo, adiposo e conjuntivo. Em ensaios de citotoxicidade, foi verificado que ECVF induz alterações citoplasmáticas e nucleares que podem afetar diretamente o metabolismo celular, entre elas condensação da cromatina e fragmentação nuclear, intensa vacuolização citoplasmática e desorganização do citoesqueleto, conduzindo à apoptose. Também foi verificada interação de ECVF com proteínas de células aviárias, em detrimento das de células de mamíferos, sugerindo uma especificidade da toxina a este tipo celular. Nossos resultados, apoiados por dados de estudos anteriores, permitem sugerir um importante papel de ECVF na patogenia da celulite aviária. / E. coli isolated from cellulitis lesions in broiler chickens produce a citotoxin, called ECVF (Escherichia coli Vacuolating Factor), which causes intense cytoplasm vacuolization in avian cells, but not in mammalian cells. The importance of ECVF in the pathogenesis of avian cellulitis was assessed in this study. Purified ECVF was inoculated subcutaneously in broiler chickens, and induced signs of inflammation on subcutaneous, adipose and connective tissues. In citotoxicity assays, we verified that ECVF induced cytoplasmic and nuclear alterations, which can affect cellular metabolism directly, such as chromatin condensation and nuclear fragmentation, intense cytoplasm vacuolization, and disorganization of cytoskeleton, leading to apoptosis. It was also verified the interaction of ECVF with proteins of avian cells, instead of those from mammalian cells, suggesting the specificity of this toxin to this cells. Our results, supported by data from previous studies, suggest an important role of ECVF in the pathogenesis of avian cellulitis.
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Morphometric evaluation of hepatic hemosiderosis and necrosis in Magellanic penguins (Spheniscus magellanicus) naturally infected by Plasmodium spp. / Avaliação morfométrica da hemossiderose e necrose hepática em pinguins-de-Magalhães (Spheniscus magellanicus) naturalmente infectados por Plasmodium spp.

Ewbank, Ana Carolina 30 June 2016 (has links)
While foraging on the Brazilian continental shelf during winter migration, sick and/or debilitated Magellanic Penguins (Spheniscus magellanicus) found ashore are directed to rehabilitation centers along the coast. While under care, these birds may develop avian malaria, a mosquito-transmitted disease caused by protozoans of the genus Plasmodium. Hepatic hemosiderosis and necrosis have been previously described in avian malaria. We used morphometric techniques to evaluate hemosiderosis and necrosis in Perls- and reticulin-stained liver samples from 24 Magellanic penguins naturally infected by Plasmodium spp. and nine Plasmodium-negative Magellanic penguins (Plasmodium-negative group). All birds were kept under similar housing and husbandry regimens. Plasmodium lineages had been identified through blood smear morphology and/or phylogenetic analysis of the mitochondrial cyt-b gene. Our goal was to evaluate the significance of hepatic hemosiderosis and necrosis in Magellanic penguins infected with Plasmodium sp. and between Plasmodium lineages/species. Histological sections were analyzed under a microscope equipped with a digital system for image analysis. A high power-field of the center of each sample was captured, and eight additional images were captured 50 &micro;m from this point, at 45&deg;intervals, under the same lighting conditions. Areas of hemosiderin and reticulin fibers were semi-automatically outlined, under a maximum zoom of 50%. The percentage of the area occupied by hemosiderin and reticular fibers were respectively considered the index of hepatic hemosiderosis (IHH) and index of hepatic necrosis (IHN). IHN was significantly higher in the Plasmodium-negative group in comparison with the positive group (p<0.001), however, no difference was detected between the IHH of both groups. Significant differences were not detected between IHH and INH regarding institution, age, sex, oil contamination, and Plasmodium lineages/species (p>0.05). There were also no correlation between IHH and IHN regarding the total period of stay in the rehabilitation center or period of stay in the rehabilitation center during summer (period of highest mosquito/vector density) (p>0.05). Hepatic hemosiderosis was possibly related to other causes, such as seasonal physiological changes, anthropogenic disturbance and climatic changes leading to starvation, and husbandry and iron supplementation while under care. Hepatic necrosis was significant between both groups, suggesting a possible relationship between this pathology and Plasmodium spp. (e.g., hypoxia due to mechanic obstruction of the hepatic vasculature, parasitic vasculitis leading to hepatic necrosis, or presence of gastrointestinal nematodes) or the presence of hepatic autolysis, leading to histopathologic changes similar to hepatic necrosis whaen evaluated with reticulin staining. Avian malaria is one of the most important diseases of captive penguins, and may seriously compromise the rehabilitation of Magellanic penguins. Further studies are still needed to clarify the mechanisms of these hypotheses / Durante sua migração invernal, pinguins-de-Magalhães permanecem na plataforma continental brasileira. Neste este período, animal debilitados e/ou doentes são encaminhados a centros de reabilitação ao longo da costa do Brasil. Durante a estadia nesses centros, essas aves podem desenvolver malária aviária, doença causada por protozoários do gênero Plasmodium e transmitida por mosquitos vetores. Hemossiderose e necrose hepáticas já foram descritas em casos de malária aviária. Nesse estudo foram utilizadas técnicas morfométricas para avaliar a hemossiderose e necrose em lâminas de cortes histológicos de fígado de pinguins-de-Magalhães naturalmente infectados por Plasmodium spp. e nove pinguins-de-Magalhães comprovadamente negativos para Plasmodium spp. (grupo Plasmodium-negative), utilizando as colorações de Perls e reticulina. Todos os animais utilizados nesse estudo foram mantidos sob as mesmas condições de manejo. Linhagens de Plasmodium spp. haviam sido previamente identificadas por esfregaço sanguíneo e/ou análise filogenética do gene cyt-b mitocondrial.O objetivo desse estudo foi avaliar a significância dos quadros de hemossiderose e necrose em pinguins-de-Magalhães infectados por Plasmodium spp. e entre as linhagens/espécies de Plasmodium spp. Fragmentos histológicos foram analisados sob microscópio equipado com um sistema digital de análise de imagens. Foi realizada captura fotográfica do centro de cada fragmento hepático, seguido por 8 capturas adicionais a 50 &micro;m do centro da lâmina, a intervalos de 45&deg;, sob as mesmas condições de luminosidade. Áreas de hemossiderose e necrose foram semi-automaticamente delineadas, sob zoom máximo de 50%. A porcentagem das áreas ocupadas pela hemossiderina e fibras reticulares foram consideradas, respectivamente, como Índice de Hemossiderose Hepática (IHH) e Índice de Necrose Hepática (IHN). O IHN do grupo Plasmodium-negative foi significativamente maior que o IHN do grupo positivo (p>0.001). Entretanto, não foi observada diferença entre o IHH dos dois grupos. Diferenças significativas também não foram observadas no IHH e IHN em relação a instituição, idade, sexo, contaminação por óleo, ou linhagem/espécie de Plasmodium (p>0,05). Não foram observadas correlações significativas entre o IHH e o IHN quanto ao período total de estadia em centro de reabilitação ou período de estadia em centro de reabilitação durante o verão (período de maior densidade do mosquito/vetor) (p>0.05). Hemossiderose hepática possivelmente foi causada por outros fatores, tais como alterações fisiológicas sazonais, ações antropogênicas e alterações climáticas levando a anorexia/caquexia e técnicas de manejo e suplementação durante a reabilitação. Necrose hepática foi significativa entre ambos os grupos, o que pode ter ocorrido devido a uma possível relação entre esta patologia e Plasmodium spp. (por ex: hipóxia causada por obstrução mecânica da vascularização hepática, vasculite parasitária ou presença de nematódeos gastrointestinais) ou à presença de autólise hepática, levando a quadro histológico semelhante à necrose quando avaliada sob coloração de reticulina. A malária aviária é uma das mais importantes afecções de cativeiro em pinguins, podendo comprometer seriamente a reabilitação de pinguins-de-Magalhães. Estudos futuros são necessários para esclarecer os mecanismos dessas hipóteses.
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Avaliação do estresse térmico por calor sobre a infecção por Clostridium perfringens em frangos de corte / Evaluation of heat stress on Clostridium perfringens infection in broiler chickens

Calefi, Atilio Sersun 01 July 2013 (has links)
O setor avícola apresenta o maior crescimento em volume produzido dentre todos os setores cárneos no Brasil. A grande participação dos produtos avícolas na alimentação humana somada ao risco do desenvolvimento de resistência bacteriana, levaram a União Européia (UE) a abolir utilização de antimicrobianos como aditivos e de forma profilática na ração de animais. A remoção dos aditivos associada ao sistema de criação intensivo acabaram por fazer que doenças, até então consideradas controladas, se tornassem reemergentes. A enterite necrótica aviária (NE) é considerada um exemplo. De forma geral, condições estressoras predispõem ao desenvolvimento de doenças, sendo o calor um dos estressores mais comuns que ocorrem em granjas aviárias. Este estudo enfoca o efeito do estresse térmico por calor (35±1ºC) sobre o desenvolvimento da NE em frangos de corte. Para isso, 60 frangos de corte machos foram divididos em 6 grupos experimentais: 1 Grupo Controle; 2 Grupo Controle Estressado (C/HS35); 3 Grupo Tioglicolato (T); 4 Grupo Tioglicolato Estressado (T/HS35); 5 Grupo Infectado (I); 6 Grupo Infectado Estressado (I/HS35). A infecção experimental com Clostridium perfringens foi feita por via oral, com a bacteria em meio de cultura misturada a ração, do 15º ao 21º dia de vida nos grupos I e I/HS35. O estresse por calor (35±1º C) foi realizado do 14º ao 21º dia de vida das aves dos grupos estressados. Durante todo período experimental os animais foram mantidos em isoladores. Em relação aos animais não estressados, os animais submetidos ao estresse por calor apresentaram: 1- menor escore lesional macro e microscópico no intestino delgado; 2- maior concentração de IgA no lavado intestinal do duodeno; 3 - menor concentração de IgA no jejuno; 4 - redução dos níveis séricos de IgA e IgY; 5 - maior concentração sérica de IgM; 6 - diminuição qualitativa evidente dos heterofilos intestinais em relação aos animais infectados e estressados. Portanto, mostrou-se que o estresse por calor apresentou efeito imunomodulador importante, ao reduzir a inflamação intestinal. Este achado associa-se provavelmente à diminuição da imunidade inata por redução da migração de heterófilos para a mucosa intestinal, desta forma prevenindo a manifestação de um um quadro clínico mais grave de NE, fato associado à diminuição das lesôes desencadeadas pelo processo inflamatório heterofílico. / The poultry sector presented the highest growth in the volume of production among all meat sectors in Brazil. The great participation of poultry products on human diet together with the risk of food and environmental contamination by resistant bacteria led the European Union (EU) countries to abolish the use of antibiotics as feed additives in animal production. This fact associated with the intensive farming system are being reported as responsible for the re-emergence of some already controlled diseases. The avian necrotic enteritis (NE) exemplify such an effect. Generally, stressful conditions are predisponent factors for disease development; heat stress is one of the most common stressor in poultry farms. This study focuses on the effects of heat stress (35 ± 1 º C) on the development of NE in broilers. For this purpose, 60 male broilers were divided into 6 groups: 1 - control group, 2 - stressed control group (C/HS35) 3 - thioglycolate group (T) 4 - thioglycolate stressed group (T/HS35); 5 - infected group (I) 6 - infected stressed group (I/HS35). Experimental infection with Clostridium perfringens, grown in thioglycollate broth medium, was given through the feed to the birds of groups I and I/HS35 from the 15th to 21st days of life. The heat stress (35 ± 1 °C) was induced continuously from the 14th to the 21st day of life in birds of the stressed groups. Throughout the experimental period the animals were kept in isolators. Compared to non-stressed animals, broilers subjected to heat stress showed: lower gross and microscopic score lesions in the small intestine; increased concentrations of IgA in duodenal lavage and decreased IgA concentrations in the jejunum; smaller concentrations of serum IgA and IgY; increased concentration of serum IgM; reduction in gut number of heterophils in the thioglycolate treated and in the infected groups. Therefore, this experimental model showed that heat stress presented a significant immunomodulatory role on the induced NE, most probably because it reduced intestinal inflammation via decrease in heterophils migration to the intestinal mucosa, which in turn might had reduced tissue damage during infamation, hence preventing the development of a more severe form of NE.
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Desenvolvimento de uma reação em cadeia pela polimerase para a detecção de coronavírus de perus (TCOV), por meio de um fragmento da região S2 de seu genoma / Development of a polymerase chain reaction for turkey coronavirus detection (TCOV), by a fragment from the S2 region of its genome

Scanavini, Luciana Simeoni 17 September 2012 (has links)
A partir de amostras de campo de diferentes regiões do país, o TCoV foi identificado em aves de 13-84 dias, em órgãos como intestino, rins e traqueia, por uma reação em cadeia pela polimerase para a região 3\' UTR e o gene 3. A presença deste coronavírus nesses diferentes órgãos, que não o intestino, sugere a presença de uma diferente estirpe, com características fenotípicas mais próximas em relação ao vírus da Bronquite Infecciosa das Galinhas (BIG), o IBV. Ao mesmo tempo, um perfil considerando a idade das aves positivas foi desenhado por um teste T de duas amostras, que mostrou maior positividade em aves mais jovens. Com a finalidade de desenvolver um novo ensaio de PCR, várias sequências do TCoV disponíveis no GenBank foram alinhadas, um segmento gênico foi desenhado e submetido a diferentes condições de reação. Um fragmento de 436 pb foi obtido, sequenciado e apresentou 100% de identidade quando sua sequência foi comparada a sequência completa do TCoV. A reação mostrou boa repetibilidade, bem como boa reprodutibilidade, e algumas amostras de campo não se apresentaram positivas. / TCOV was identified from field samples of birds with 13-84 days, from different regions of the country, and from organs such as intestine, kidneys and trachea, by polymerase chain reaction for 3\' UTR region and gene 3. The presence of this coronavirus in these different organs, not intestine, suggest a different strain, with similar phenotype observed in Infectious Bronchitis Virus (IBV). At the same time, a profile considering age of positive birds was designed by a Two sample T-test, which showed higher positivity in younger poults. Several TCOV sequences obtained from GenBank were aligned, and a genic segment was designed and submitted to different conditions in reaction in pursuit to develop a new PCR assay. A 436bp fragment was obtained, sequenced and presented 100% ID when compared to a TCOV complete sequence. The reaction featured good repetition, and reproduction as well, and some field samples did not turn out on positive results.

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