Introdução: A pressão de colonização (PC) representa a estimativa da probabilidade de transmissão cruzada de microrganismos entre pacientes dentro de uma unidade ou hospital. Pouco se sabe sobre a influência das bactérias Gram negativas na pressão de colonização comparativamente às Gram positivas. Ainda assim, alguns estudos realizados com pacientes que adquiriram Acinetobacter baumannii multirresistente (ACMR) em Centros de Terapia Intensiva (CTIs) demonstram a PC como fator de risco associado à aquisição desta bactéria. Além da PC e de outros fatores de risco tradicionais, como presença de comorbidades, procedimentos invasivos e antibioticoterapia prévia, a própria colonização por ACMR representa um fator de risco associado ao desenvolvimento de infecção. A identificação de pacientes portadores de ACMR pode servir tanto como marcador para o desenvolvimento de infecções clínicas subsequentes como para identificar potenciais transmissores desta bactéria a outros pacientes. No entanto, a implantação de estratégias de vigilância sistemática ainda apresenta limitações como a baixa sensibilidade dos métodos de rastreamento e a determinação do melhor sítio anatômico a ser pesquisado. Nosso estudo investigou o papel da PC e outros fatores preditores para aquisição de (ACMR) e também estimou a sensibilidade das culturas de rastreamento e a prevalência de ACMR entre pacientes adultos internados em Centros de Terapia Intensiva (CTI) com baixa endemicidade. Métodos: Estudo realizado com os pacientes internados no CTI adulto de hospital universitário terciário, no período de junho de 2009 a maio de 2012. Para estimar a sensibilidade dos rastreamentos e prevalência de ACMR foi realizado estudo transversal incluindo todos os pacientes adultos consecutivos, admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos, a um rastreamento semanal para ACMR. As amostras foram coletadas através de swabs, de pelo menos três sítios anatômicos: orofaringe, pele e região perianal. No caso de pacientes em ventilação mecânica, o sítio orofaringe era substituído pela aspiração de secreção traqueal e se houvesse ferida operatória e/ou cateter, era coletado um swab de ferida operatória e um swab do sítio de inserção do cateter. Para estimar a sensibilidade foram selecionados os pacientes que, além de submetidos pelo menos a um rastreamento semanal, apresentaram uma cultura positiva para ACMR proveniente de amostra clínica recente, obtida até 10 dias antes ou até 7 dias depois da coleta dos swabs para rastreamento. Para investigar a PC e fatores preditores para aquisição de ACMR foi realizada coorte retrospectiva incluindo-se todos os pacientes adultos, maiores de 18 anos, consecutivamente admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos a uma oportunidade de rastreamento semanal para pesquisa de ACMR durante o período da internação e sem diagnóstico prévio de colonização/infecção por ACMR no momento da admissão. Pacientes em que ACMR foi isolado nas primeiras 48 horas de internação ou com tempo de permanência no CTI igual ou inferior a 48 horas foram excluídos do estudo. Para este delineamento, considerada somente a primeira internação de cada paciente durante o período avaliado. A PC foi estimada em nível individual como a proporção mensal de pacientes-dia identificados como portadores de ACMR no CTI X 100 no mês em que ocorreu a aquisição de ACMR, óbito ou alta da unidade. Além da PC, fatores como a presença de comorbidades, idade, sexo, escore APACHE II, cirurgia, uso de cateter vascular central, sonda vesical de demora, ventilação mecânica, antibioticoterapia com carbapenêmicos e/ou quinolonas e tempo de permanência no CTI foram investigados como preditores durante a hospitalização mediante análise univariável e multivariável. Resultados: Durante o período do estudo, 2561 pacientes foram admitidos no CTI e 1706 (66,6%) foram rastreados para pesquisa de ACMR. Foram realizados 14.638 rastreamentos ao total, dos quais 192 foram positivos (1,3%), identificados em 118 pacientes. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados por ACMR no CTI foi de 9,5% (163/1706 pacientes), considerando isolados obtidos de amostras de rastreamento e amostras clínicas. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados estimada somente por amostras de rastreamento foi de 6,9% (118/1706 pacientes) e a prevalência de pacientes colonizados foi 3,7% (64/1706 pacientes). Os sítios que apresentaram maior sensibilidade foram: aspirado traqueal (41,5%), orofaringe (40%) e ferida operatória (37,5%). A menor sensibilidade constatada foi quanto ao sítio de inserção de cateter (14,5%). A sensibilidade total do método foi de 60%, considerando a abordagem de rastreamento de múltiplos sítios. Entre os 1706 pacientes rastreados para pesquisa de ACMR e incluídos no estudo transversal, 1375 perfizeram os critérios de elegibilidade para o estudo de coorte. Destes, 75 (5,4%) adquiriram ACMR durante a internação no CTI. A densidade de incidência de ACMR no CTI variou entre zero a 10,6 casos/1000 pacientes-dia e os valores mensais da PC entre zero a 26,8%. Manifestações do trato digestivo (RR = 2,13; IC 1,22 – 3,69), diagnóstico de trauma e complicações relacionadas ao mesmo (RR = 2,39; IC 1,01 – 5,66) e a pressão de colonização (RR = 1,08; IC 1,06 – 1,10) foram identificados como fatores de risco independentes para aquisição de ACMR na análise multivariada. Conclusões: Em nosso estudo, o método utilizado para realizar o rastreamento de portadores de ACMR no CTI apresentou baixa sensibilidade, o que deve certamente subestimar a real prevalência desta bactéria. A pressão de colonização por ACMR esteve associada a risco de aquisição da bactéria em pacientes adultos submetidos à terapia intensiva mesmo num contexto de baixos níveis endêmicos, mesmo considerando-se a presença de outros fatores de risco já tradicionalmente conhecidos. / Introduction: Colonization pressure (CP) can represent an estimation of the probability of cross-transmission of a particular organism within a defined hospital unit or hospital. Few studies have assessed the role of gram-negative bacteria risk of acquisition in CP in comparison to the gram-positive. Some of these studies that are performed on patients who acquired Acinetobacter baumannii multiresistant (MRAB) in intensive care units, have showed that CP is associated at risk to acquire this bacteria. Besides CP and others traditional risk factors like comorbidities, invasive procedures and therapy with antibiotic, colonization by MRAB can be a risk factor to develop an infection. Establishing infection control measures to limit the crosstransmission is recommended when a MRAB carriage is identified and thus reduces the risk of development of clinical infections. The implementation of a screening surveillance policy to MRAB has some limitations including the low sensitivity of the method and the best anatomic site to be screened. The aim of this study is to evaluate the role of CP and other risk factors in the acquisition of multiresitant Acinetobacter baumannii (MRAB), estimate the sensitivity of surveillance cultures and estimate the prevalence of MRAB in adult patients admitted at intensive care unit (ICU) with low endemic levels of the bacteria. Methods: This study was conducted in the ICU at a tertiary hospital from June 2009 to May 2012. A cross-sectional study conducted to estimate the sensitivity of surveillance cultures and the prevalence of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU, who had at least 1weekly surveillance cultures performed during their ICU stay. The samples were collected by swabs at least 3 body sites: pharynx, skin and rectum. In case of mechanical ventilation tracheal aspiration was collected instead of pharynx site. If patient had a surgery wound and/or catheter, a swab of surgical wound and insertion catheter site would be collected. Bacterial cultures of clinical specimens were performed by medical criteria. Patients whom MRAB isolated from a clinical specimen in the preceding 10 days or 7 days after performing surveillance cultures were selected to estimate the sensitivity of surveillance cultures. A retrospective cohort study was conducted to evaluate the role of CP and others risk factors in the acquisition of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU without previous diagnosis of MRAB colonization/infection, who had at least 1 weekly surveillance cultures performed during their stay at ICU. Patients who stayed in the ICU for less than 48 hours, as well as those in whom MRAB was detected within the first 48 hours in the unit, were excluded from the cohort. Only the first ICU admission per patient was included in the analysis. CP was estimated individually as a monthly proportion of the number of patient-days positive to MRAB in ICU X100 in the month of MRAB acquisition, death or discharge. Multivariate analysis to determine risk factors for the MRAB acquisition was performed including additional variables such as patients’ demographic data, comorbidities, APACHE II score, performance of surgery, duration of ICU admission, quinolones or carbapenems antibiotic exposure and the use of mechanical ventilation, arterial/central venous catheter and/or urinary catheter. Results: During the study period, 2,561 patients were admitted to ICU and 1706 (66,6%) were screened to MRAB. A total of 14,638 surveillance cultures were performed, 192 were positive (1.3%) of 118 patients. The true prevalence of MRAB colonized or infected patients in ICU was 9.5% (163/1706 patients), while the prevalence estimated by the surveillance cultures was 6.9% (118/1706 patients). The most sensitivity site was tracheal aspirate (41.5%), pharynx (40%) and surgery wound (37.5%). The less sensitivity was obtained by a swab at the catheter insertion site (14.5%). The overall sensitivity of multisite surveillance approach was 60%. Out of the 1706 patients screened to surveillance cultures and included in a crosssectional study, 1375 met inclusion criteria for the cohort study. Of which, 75 (5.45%) acquired MRAB during ICU stay. The incident rates of MRAB ranged from 0 to 10.6 cases/1000 patient-days. CP ranged from 0 to 26.8%. Trauma (RR = 2.39; IC 1.01 – 5.66), gastrointestinal diseases (RR = 2.13; IC 1.22 – 3.69) and the CP (RR = 1.08; IC 1.06 – 1.10) were identified as independent risk factors for acquisition of MRAD at multivariate analysis. Conclusion: In our study, surveillance cultures to screening MRAB carriages showed low sensitivity. Thus, the true prevalence of MRAB in ICU may be underestimated. The CP was associated to the risk of acquisition of MRAB by the patients admitted to ICU despite the low endemic levels and other risk traditional factors included in the multivariate analysis.

Identifica biotipos de Yersinia ruckeri aisladas en truchas arco iris (Oncorhynchus mykiss) procedentes de dos piscigranjas de la región Junín. Se utilizaron 30 truchas arcoíris (Oncorhynchus mykiss) en etapa juvenil por cada piscigranja. Una de las piscigranjas estuvo ubicada en la provincia de Concepción y la otra en el distrito de Molinos, en la provincia de Jauja. Los peces colectados presentaron signos generales de enfermedad. Se realizó la necropsia y se colectaron muestras de riñón y bazo para el estudio bacteriológico, mediante hisopados mantenidos en medio de transporte Stuart. Posteriormente los hisopos fueron cultivados en medio TSA (agar tripticasa soja) e incubados a 22°C por 24-48 horas. Se seleccionaron las colonias que eran similares a las descritas para Yersinia ruckeri, y se realizó la identificación mediante pruebas bioquímicas utilizando un perfil de 15 reacciones. Para la identificación del biotipo de Yersinia ruckeri se basó en la motilidad y la hidrólisis del Tween 20 y del Tween 80. El biotipo 1 es motil e hidroliza el Tween 20 y el Tween 80 y el biotipo 2 es no motil y no hidroliza el Tween 20 ni el Tween 80. Se obtuvieron cepas de Y. ruckeri biotipo 1 en las dos piscigranjas en estudio y la presencia de Yersinia ruckeri biotipo 2 solo en la piscigranja del distrito de Molinos. / Tesis

Aim: Assess the bacterial frencuency of chromogenic pigment, also called “black stain” through the biomolecular technique Polymerase chain reaction (PCR) and the technique automatic sequencing. Methods and materials: In this study was performed the genetical amplification of bacteria strictly isolated after collection of free biofilm dental plaque in 30 deciduous and permanent teeth of 10 patients who presented these pigmentations and were attended at the pediatric dentistry service of the UPC teaching dental clinic. Stata 12.0 statistical software was used for the frequency anda proportion analysis. Results: Bacterial genus Actinomyces was found with higher prevalence 33% (n = 34) Likewise, gender Streptococcus was found in 12.62% (n = 13) in the chromogenic pigmentations. Actinomyces naeslundii was the most frequently isolated bacteria 17.48% (n = 18), within the 103 isolates bacteria identified by the technique of replication and genetic identification. Conclusion: It was possible to identify the bacterial composition of the chromogenic pigmentation by using advanced and accurate biomolecular techniques. However, known the colonizing bacteria, is just the first step in understanding the etiology, because this phenomenom is multifactorial, and more research is required to know the production of these pigments. / Objetivo: Evaluar la frecuencia bacteriana de las pigmentaciones cromógenas, llamadas también “black stain” mediante la técnica de biología molecular Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) y la técnica secuenciación automática. Materiales y métodos: En este estudio se realizó la amplificación genética de bacterias estrictamente aisladas luego de la recolección del biolfilm libre de placa dental en 30 piezas deciduas y permanentes de 10 pacientes portadores de estas pigmentaciones que acudieron al servicio de odontopediatría de la clínica docente de la UPC. Para el análisis de frecuencia y proporción se usó el software estadístico Stata® 12.0 Resultados: Actinomyces fue el género bacteriano encontrado con mayor prevalencia 33% (n=34) así mismo, fue encontrado el género Streptococcus en un 12.62% (n=13) en las pigmentaciones cromógenas. El Actinomyces Naeslundii fue la bacteria aislada con mayor frecuencia 17.48% (n=18), dentro de las 103 bacterias identificadas por la técnica de replicación e identificación genética. Conclusión: Se logró identificar la composición bacteriana de las pigmentaciones cromógenas mediante el uso de técnicas biomoleculares avanzadas y certeras. No obstante, conocer el tipo bacteria colonizadora, es solo el primer paso para entender la etiología, ya que este fenómeno es multifactorial y se requiere mayor investigación para saber la producción de los pigmentos. / Tesis

El presente estudio tiene como objetivo describir los resultados de los aislados bacterianos y sus antibiogramas de pacientes caninos con diagnóstico de infección del tracto urinario, los mismos que fueron atendidos en la Clínica de Animales Menores de la FMV-UNMSM entre los años 2012-2017. Se realizó un estudio retrospectivo para determinar la frecuencia de los pacientes con diagnóstico de infección del tracto urinario durante dicho período, los agentes bacterianos involucrados en la enfermedad, así como también su sensibilidad antibiótica. Se identificaron 97 exámenes de urocultivos y antibiogramas, de los cuales los agentes bacterianos aislados correspondían a Escherichia coli, Proteus sp., Staphylococcus sp., Pseudomonas sp., Streptococcus sp., Citrobacter sp. y Klebsiella sp. Así mismo, los antibióticos de mayor sensibilidad fueron: amikacina y ceftriaxona. Los resultados permiten obtener información de la frecuencia de los agentes bacterianos asociados a infecciones del tracto urinario y su sensibilidad antimicrobiana en nuestro medio permitiendo recomendar la implementación de protocolos de tratamiento inicial en pacientes caninos con diagnóstico presuntivo de esta enfermedad. / Tesis

[ES] Antecedentes: La leche humana es el alimento natural ideal para el desarrollo y la protección del recién nacido y el niño en crecimiento. Estudios recientes han demostrado la presencia de bacterias en la leche humana en condiciones de salud, y se cree que podrían conferir propiedades beneficiosas para el bebé. Sin embargo, poco se sabe sobre la relación entre las bacterias y los macronutrientes de la leche y las células humanas, y no existe un protocolo óptimo para estimar el número de bacterias en las muestras. Además, hasta la fecha no se ha explorado la posible presencia de hongos en la leche humana, a pesar de que previamente éstos se han encontrado en la leche de otros animales y en el intestino neonatal. Por otro lado, la etiología de la mastitis sub-aguda no está bien descrita, y esfuerzos para describir la composición de la microbiota de la leche durante este proceso por medio de tecnologías de secuenciación próxima, y su potencial implicación en la enfermedad son escasos. Esta tesis está dirigida a mejorar nuestra comprensión de la microbiota de la leche humana, su composición y diversidad, e interacciones con otros componentes de la leche en condiciones de salud y durante la mastitis sub-aguda. También exploramos el efecto potencial de factores ambientales, como el tipo de parto y el origen geográfico, y el periodo de la lactancia en la composición de la microbiota de la leche. Métodos: Se utilizaron tecnologías de secuenciación de próxima generación dirigidas al gen bacteriano 16S rRNA y a los genes fúngicos 28S rRNA y la región ITS1, en combinación con análisis microbiológicos clásicos, para evaluar la composición bacteriana y fúngica en la leche de madres sanas, y de madres con mastitis sub-aguda. Las cargas bacterianas y fúngicas en la leche humana se obtuvieron mediante la metodología qPCR calibrada con citometría de flujo. Resultados: La composición bacteriana en la leche humana tiene una alta variabilidad interindividual, y también a lo largo del tiempo, y está compuesta predominantemente por bacterias de la familia Staphylococacceae. Se encontró un "núcleo" de bacterias y hongos en la leche humana de donantes españolas. Se observaron algunas correlaciones entre bacterias con los macronutrientes de la leche y células somáticas humanas, lo que indica una relación activa entre microbiota y ambiente. La carga bacteriana resultó ser más alta que lo estimado previamente, a una media de 106 células/ml, presentes en estado libre y asociadas a células humanas. No se observaron correlaciones entre carga bacteriana, número de células somáticas, y la riqueza y diversidad bacteriana, lo que podría indicar que un aumento en la densidad bacteriana en condiciones de salud no activa una respuesta inmune en la glándula mamaria, ni altera la comunidad microbiana. Además, nuestros resultados revelaron la existencia de hongos en la leche humana que se confirmó mediante métodos de cultivo y microscopía. El 89% de las muestras españolas analizadas tenían niveles detectables de ADN fúngico, con una carga aproximada de 105 células/ml. Malassezia, Candida y Saccharomyces eran prevalentes en las muestras, y se observaron diferentes interacciones fúngicas con los componentes de la leche. La presencia de hongos en la leche se confirmó posteriormente en muestras de orígenes geográficos distantes, y se observó que factores maternos y tipo de parto pueden afectar a las comunidades microbianas de la leche. Tras describir la microbiota de la leche en condiciones de salud, realizamos un estudio observacional prospectivo de casos/controles, donde se estudió el ADN y el ARN de la microbiota de la leche de madres sanas y madres con mastitis sub-aguda, antes y después del tratamiento. La carga bacteriana aumentó durante la enfermedad, la diversidad disminuyó y las alteraciones en la composición bacteriana probablemente reflejen un proceso disbiótico en la glándula mamari / [CAT] Antecedents: La llet humana és l'aliment natural ideal per al desenvolupament i la protecció del nadó i el nen en creixement. Estudis recents han demostrat la presència de bacteris a la llet humana en condicions normals de salut, i es creu que podrien conferir propietats beneficioses per al nadó. No obstant això, poc se sap sobre la relació entre els bacteris i els macronutrients de la llet i les cèl·lules humanes, i no hi ha un protocol òptim per estimar el nombre de bacteris en les aquestes mostres. A més, fins a la data no s'ha explorat la possible presència de fongs en la llet humana, tot i que prèviament s'havien trobat en la llet d'animals i en l'intestí neonatal. D'altra banda, l'etiologia de la mastitis sub-aguda no està ben descrita, i esforços per descriure la composició de la microbiota de la llet durant aquest procés per mitjà de tecnologies de seqüenciació propera, i la seua potencial implicació en la malaltia són escassos. Aquesta tesi està dirigida a millorar la nostra comprensió de la microbiota de la llet humana, la seva composició i diversitat, i les interaccions amb altres components de la llet, en condicions de salut i durant la mastitis sub-aguda. També explorem l'efecte potencial de factors ambientals, com el tipus de part i l'origen geogràfic, i el període de la lactància en la composició de la microbiota de la llet humana. Mètodes: Es van utilitzar tecnologies de seqüenciació de pròxima generació dirigides al gen bacterià 16S rRNA i als gens fúngics 28S rRNA i la regió ITS1, en combinació amb anàlisis microbiològiques clàssics, per avaluar la composició bacteriana i fúngica en la llet de mares sanes i de mares amb mastitis sub-aguda. Les quantitats bacterianes i fúngiques en la llet humana es van obtenir mitjançant la metodologia qPCR calibrada amb citometria de flux. Resultats: La composició bacteriana en la llet humana té una alta variabilitat interindividual, i també al llarg del temps, i està composta predominantment per bacteris de la família Staphylococacceae. Es va trobar un "nucli" de bacteris i fongs a la llet humana de donants espanyoles. Es van observar algunes correlacions entre bacteris amb els macronutrients de la llet i cèl·lules somàtiques humanes, el que indica una relació activa entre la microbiota de la llet i el medi. La densitat bacteriana va resultar ser més alta que l'estimat prèviament, a una mitjana de 106 cèl·lules/ml, presents en estat lliure i associades a cèl·lules humanes. No es van observar correlacions entre càrrega bacteriana, el nombre de cèl·lules somàtiques, i la riquesa i diversitat bacteriana, la qual cosa podria indicar que un augment en la densitat bacteriana en condicions de salut no activa una resposta immune en la glàndula mamària, ni alteren la comunitat microbiana. A més, els nostres resultats de seqüenciació van revelar l'existència de certa diversitat de fongs a la llet humana que es va confirmar mitjançant mètodes de cultiu i microscòpia. El 89% de les mostres espanyoles analitzades tenien nivells detectables d'ADN fúngic, amb una càrrega mitjana de 105 cèl·lules/ml. Malassezia, Candida i Saccharomyces eren prevalents en les mostres, i es van observar interaccions fúngiques amb els components de la llet de diferents maneres. La presència de fongs a la llet es va confirmar posteriorment en mostres d'orígens geogràfics distants, i es va observar que els factors materns i de part poden afectar les comunitats microbianes de la llet. Després de descriure la microbiota de la llet en condicions de salut, vam realitzar un estudi observacional prospectiu de casos/controls, on es va estudiar l'ADN i l'ARN de la microbiota de la llet humana de mares sanes i mares amb mastitis sub-aguda, abans i després del tractament. La càrrega bacteriana va augmentar durant la malaltia, la diversitat va disminuir i les alteracions en la composició bacteriana probablement reflecteixin un procés d / [EN] Background: Human milk is nature's ideal food for the nurture and protection of the new-born and growing infant. Recent evidence reported the presence of bacteria in human milk under normal, healthy conditions, which are thought to confer beneficial properties to the infant. However, little is known about the relationship between bacteria and milk macronutrients and human cells, and there is no optimal protocol to estimate bacterial numbers in the samples. Also, the potential presence of fungi in human milk has not been explored to date, despite the fact that fungi has been previously detected in dairy animal's milk and in the neonatal gut. In addition, the aetiology of sub-acute mastitis is not well understood, and information about the composition of the milk microbiota during this process by means of next-generation sequencing and its potential implications in the disease is scarce. This thesis is aimed to improve our understanding of human milk microbiota, its composition and diversity as well as the interactions with other milk components, in health and during sub-acute mastitis. We also explore the potential effect of environmental factors, such as mode of delivery and geographic location, and the lactation stage on milk's microbiota composition. Methods: Next-generation sequencing technologies targeting the bacterial 16S rRNA gene, and the fungal 28S rRNA gene and ITS1 genetic region, in combination with classic microbiological analyses, were used in order to assess the bacterial and fungal composition in milk of healthy mothers, and in mothers suffering sub-acute mastitis. Bacterial and fungal loads in human milk were obtained by qPCR methodology calibrated with flow cytometry. Results: Bacterial composition in human milk has a high inter-individual variability, and also over time, and is predominantly comprised of bacteria from the Staphylococacceae family. A bacterial and fungal "core" were found in the human milk of Spanish donors. Some correlations were observed between bacteria with milk macronutrients and somatic cells, indicating an active relationship between milk microbiota and the environment. Bacterial density appeared to be higher than previously estimated, at a mean of 106 cells/ml, and bacteria were found both in a free-living state and associated to human cells. No correlations were observed between bacterial load with number of somatic cells nor bacterial richness and diversity, indicating that higher bacterial densities under healthy conditions do not trigger an immune response in the mammary gland, nor alter the microbial community. In addition, our results revealed the existence of certain diversity of fungi in human milk that was further confirmed by culture-dependent methods and microscopy. 89% of the Spanish samples analysed had detectable levels of fungal DNA, at a median load of approximately 105 cells/ml. Malassezia, Candida and Saccharomyces prevailed in the samples, and fungi interacted with milk components in different ways. The presence of fungi in milk was further confirmed in samples from distant geographic origins, and it was observed that maternal and delivery factors can impact milk microbial communities. After describing milk microbiota in healthy conditions, we performed an observational, prospective case-control study, where DNA and RNA from human milk microbiota from healthy and sub-acute mastitis-suffering mothers were studied before and after the treatment. Bacterial loads increased during the disease, diversity decreased and alterations in bacterial composition likely reflected a dysbiotic process in the mammary gland. This supports that sub-acute mastitis is a microbial-driven disease. / Boix Amorós, A. (2019). Human milk microbiota and its relationship with milk components in health and during lactational mastitis [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/129870 / TESIS

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Presenta a los bacteriófagos que son biocontroladores naturales de las bacterias como una alternativa para el control de las poblaciones de Vibrio cholerae, causantes de la enfermedad de transmisión alimentaria (ETA). El objetivo de este trabajo es aislar y caracterizar bacteriófagos capaces de infectar a Vibrio cholerae. Se toman muestras de aguas residuales de Lima - Perú. Los métodos empleados son para el aislamiento de Vibrio cholerae enriqueciendo, aislando en medio TCBS y bioquímica. Para el aislamiento y purificación del bacteriófago Φ K14 se realiza las pruebas de enfrentamiento en caldo, goteo, propagación y titulación. Para la caracterización microbiológica del bacteriófago Φ K14 se realiza las pruebas de rango de hospedero, multiplicidad de infección y curva de un paso. Para la caracterización fisicoquímica son las pruebas de estabilidad a diferentes condiciones ambientales (temperatura, pH y sensibilidad al cloroformo) y se realiza la microscopía electrónica. El bacteriófago K14 de Vibrio cholerae es caracterizado microbiológica y fisicoquímicamente de un total de 3 bacteriófagos aislados de aguas residuales es caracterizado microbiológica y fisicoquímicamente. Presenta una multiplicidad de infección (MOI) óptima de 0.001. El periodo latente del fago K14 es de 10 a 15 minutos y el tamaño de explosión de 25 UFP por célula infectada. Es estable a temperaturas de 40 oC, 50 oC y 60 oC e inestable a los 70 oC y 80 oC. El bacteriófago K14 no es sensible al cloroformo. Es inestable a pH 3 y estable del pH 7 a pH 9 pero tiene mayor estabilidad a pH 8. Según la micrografía electrónica el bacteriófago Φ K14 pertenece según sus estructuras a la familia Myoviridae. / Tesis

Debido a que el concreto es susceptible a agrietarse, el agua y el hielo pueden filtrarse en su estructura, lo que reduce su vida útil, se ha propuesto el uso de bacterias Bacillus megaterium en concentraciones de 1x105 cel/ml y 1x106 cel/ml como una variable independiente en un estudio de concreto autorreparable. Se evaluaron diversas variables dependientes, incluyendo tiempo de fraguado, resistencia a la compresión, permeabilidad, módulo de elasticidad y la autorreparación de fisura. Además, se realizaron controles de auto reparación semanalmente y se llevó a cabo un análisis del costo unitario por metro cúbico del concreto autorreparable. Con esto, se plantea demostrar si cumple un efecto de mejoramiento en la capacidad ya antes mencionada.

Wetlands são sistemas que apresentam custo operacional e de implantação muito reduzidos se comparados à maioria dos sistemas de tratamento de efluentes. As comunidades microbianas presentes nesse sistema promovem a remoção de poluentes, da matéria orgânica e de nutrientes eutrofizantes. Este trabalho teve como objetivo a identificação das comunidades microbianas cultiváveis presentes no efluente e sua alternância ao longo do sistema em comparação aos dados físico-químicos. Amostras de efluente bruto e tratado foram coletadas no verão e no início do inverno de 2015 no sistema de wetlands construídos em um hotel. As amostras foram diluídas em série até a diluição 10-6 e as últimas três foram inoculadas em placas de Petri, em triplicata, contendo quatro meios de cultura. As amostras foram incubadas a temperatura ambiente (20°C ± 2°C) e 28ºC por 24-48 h. Foram obtidos 76 isolados bacterianos, sendo 54 das amostras de verão e 22 de inverno. Do total de isolados bacterianos obteve-se 18 Gram-positivas e 58 Gram-negativas. A média dos valores de nitrogênio total, nitrogênio amoniacal e fósforo demonstrou eficiência moderada de remoção pelo sistema de tratamento. Observou-se aumento de nitrato no efluente tratado nas duas coletas e um percentual de remoção maior no período de inverno para nitrogênio amoniacal e nitrogênio total. Dentre os 19 gêneros bacterianos identificados observou-se prevalência dos gêneros: Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Moraxella e Pseudomonas. As amostras representativas dos principais gêneros identificados bioquimicamente foram selecionadas para sequenciamento de DNA, cujo resultado confirmou os gêneros dos grupos microbianos. / Wetlands are systems that have low implementation and operational costs, when compared to other types of wastewater treatment systems. Microbial communities of wetlands systems promote the removal of pollutants, organic matter and eutrophication nutrients. This study aimed to identify the initial culturable microbial communities of the wetland effluent, as well as their changes throughout the system, and to compare this data with the physicochemical data. Raw and treated effluent samples were collected in the summer and early winter of 2015 in the wetlands system built in the hotel. Samples were serially diluted, up to 10-6 dilution and the last three dilutions were seeded on Petri dishes, in triplicate, into four culture media. After incubation at ambient temperature (20°C ± 2°C) and 28°C for 24-48 h a total of 76 bacterial isolates were obtained, 54 from summer and 22 from winter samples, of which 18 Gram-positive and 58 Gram-negative. The mean values of total nitrogen, ammoniacal nitrogen and phosphorus in the final treated effluent, showed a moderate efficiency of the wetlands system. Nitrate increased in the treated effluent in two samples, although a higher percentage of removal in the winter period for ammoniacal nitrogen and total nitrogen was registered. Among the 19 identified bacterial genera there was a prevalence of Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Pseudomonas and Moraxella. Samples that represented the majority of the genera identified biochemically, after being submitted for DNA sequencing confirmed the genera of the bacterial isolates.

Wetlands são sistemas que apresentam custo operacional e de implantação muito reduzidos se comparados à maioria dos sistemas de tratamento de efluentes. As comunidades microbianas presentes nesse sistema promovem a remoção de poluentes, da matéria orgânica e de nutrientes eutrofizantes. Este trabalho teve como objetivo a identificação das comunidades microbianas cultiváveis presentes no efluente e sua alternância ao longo do sistema em comparação aos dados físico-químicos. Amostras de efluente bruto e tratado foram coletadas no verão e no início do inverno de 2015 no sistema de wetlands construídos em um hotel. As amostras foram diluídas em série até a diluição 10-6 e as últimas três foram inoculadas em placas de Petri, em triplicata, contendo quatro meios de cultura. As amostras foram incubadas a temperatura ambiente (20°C ± 2°C) e 28ºC por 24-48 h. Foram obtidos 76 isolados bacterianos, sendo 54 das amostras de verão e 22 de inverno. Do total de isolados bacterianos obteve-se 18 Gram-positivas e 58 Gram-negativas. A média dos valores de nitrogênio total, nitrogênio amoniacal e fósforo demonstrou eficiência moderada de remoção pelo sistema de tratamento. Observou-se aumento de nitrato no efluente tratado nas duas coletas e um percentual de remoção maior no período de inverno para nitrogênio amoniacal e nitrogênio total. Dentre os 19 gêneros bacterianos identificados observou-se prevalência dos gêneros: Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Moraxella e Pseudomonas. As amostras representativas dos principais gêneros identificados bioquimicamente foram selecionadas para sequenciamento de DNA, cujo resultado confirmou os gêneros dos grupos microbianos. / Wetlands are systems that have low implementation and operational costs, when compared to other types of wastewater treatment systems. Microbial communities of wetlands systems promote the removal of pollutants, organic matter and eutrophication nutrients. This study aimed to identify the initial culturable microbial communities of the wetland effluent, as well as their changes throughout the system, and to compare this data with the physicochemical data. Raw and treated effluent samples were collected in the summer and early winter of 2015 in the wetlands system built in the hotel. Samples were serially diluted, up to 10-6 dilution and the last three dilutions were seeded on Petri dishes, in triplicate, into four culture media. After incubation at ambient temperature (20°C ± 2°C) and 28°C for 24-48 h a total of 76 bacterial isolates were obtained, 54 from summer and 22 from winter samples, of which 18 Gram-positive and 58 Gram-negative. The mean values of total nitrogen, ammoniacal nitrogen and phosphorus in the final treated effluent, showed a moderate efficiency of the wetlands system. Nitrate increased in the treated effluent in two samples, although a higher percentage of removal in the winter period for ammoniacal nitrogen and total nitrogen was registered. Among the 19 identified bacterial genera there was a prevalence of Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Pseudomonas and Moraxella. Samples that represented the majority of the genera identified biochemically, after being submitted for DNA sequencing confirmed the genera of the bacterial isolates.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / La enfermedad de Carrión, también llamada Bartonelosis es una enfermedad desatendida, presente en los países de Colombia, Ecuador y especialmente en Perú; causada por la bacteria Bartonella bacilliformis y transmitida por mosquitos del género Lutzomyia. Los flebotominos de las especies Lutzomyia verrucarum y Lutzomyia peruensis han sido descritos como los vectores principales de la enfermedad. Sin embargo, existen áreas endémicas de Bartonelosis en algunas regiones ubicadas al norte del Perú, en los departamentos de Cajamarca y Amazonas en donde no se han reportado la presencia de estos dos vectores pero se han reportado una gran abundancia de flebotominos de las especies Lutzomyia serrana y Lutzomyia maranonensis, las cuales podrían estar implicadas como potenciales vectores de la enfermedad de Carrión. El objetivo de este estudio fue evaluar molecularmente la presencia de B. bacilliformis en flebotominos de la especie L. maranonensis de 4 distritos de la provincia de Cutervo, departamento de Cajamarca, Perú. Esta especie aún no ha sido definida como portadora del agente etiológico. Se analizaron muestras de flebotonimos hembras adultas colectadas con trampas de luz de tipo CDC en los años 2007 y 2008. La comprobación de la identificación de la especie se hizo mediante claves morfológicas, se agruparon en conjuntos de cinco individuos teniendo en cuenta el distrito y lugar de muestreo (intradomiciliario o peridomiciliario). Se extrajo ADN, posteriormente se realizó una PCR convencional y una PCR en tiempo real (RT-PCR) para detectar la presencia de B. bacilliformis, posteriormente se confirmó mediante secuenciación. Se analizaron un total de 383 individuos de la especie L. maranonensis. Se identificó mediante secuenciación que 2 (2.6%) de los grupos de mosquitos positivos por PCR convencional y RT-PCR eran 2 B. bacilliformis, dichos grupos provinieron del distrito de Querocotillo. Además, 2 (2.6%) otros grupos positivos por PCR convencional pero negativos por RT-PCR se identificaron mediante secuenciación como Mesorhizobium spp., una protobacteria filogenéticamente cercana a B. bacilliformis. Este estudio presenta evidencia molecular de que L. maranonensis es portador de B. bacilliformis y potencial vector de la Enfermedad de Carrión en el distrito de Querocotillo del departamento de Cajamarca. Futuras investigaciones podrían determinar si L. maranonensis es un vector que podría transmitir B. bacilliformis. / Tesis