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Tesis entregada a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Grado de Magíster en Ciencias Biológicas. / A nivel global se ha documentado patrones de riqueza de hongos asociado a las condiciones edáficas y al clima actual, la cual varía según el grupo trófico. De los 18 Órdenes pertenecientes a la Clase Agaricomycetes; Agaricales, Russulales y Boletales se agrupan en Agaricales sensu lato, el cual presenta un gradiente de riqueza de especies con un leve aumento hacia el ecuador, relacionado con valores intermedios a altos de precipitaciones. Los bosques del sur de Sudamérica se encuentran dominados por el género Nothofagus. En Chile, éste se encuentra ampliamente distribuido, con 10 especies. Entre éstas, N. macrocarpa y N. obliqua abarcan la distribución más al norte. Poco se sabe sobre los factores que estarían incidiendo sobre los patrones de riqueza y composición de Agaricales s.l., donde carecen estudios de este tipo para N. macrocarpa, mientras que para N. obliqua se ha descrito que la riqueza y abundancia de especies micorrízicas disminuye a mayores concentraciones de nitratos. Este estudio pretende responder si existe un gradiente de riqueza y composición de especies fúngicas del grupo de Agaricales s.l. en función al conjunto de variables bióticas y abióticas en el gradiente latitudinal en los bosques dominados por dichas especies de Nothofagus, y de ser así, cuáles son los factores que más influyen sobre el patrón. Se realizó un muestreo a 5 localidades entre los -32,9 y -39,1 grados de latitud sur durante dos años, una vez al mes y unos días posterior a las lluvias. Se recolectó cuerpos fructíferos, muestras de suelo para la estimación de variables edáficas, y se midió la riqueza y composición de la vegetación. Las variables climáticas se descargaron a partir de WorldClim. En este estudio se reportan 30 Familias, 76 géneros y 265 especies. Los resultados muestran que existe un patrón creciente de riqueza de especies de hongos Agaricales s.l. de norte a sur, asociado al aumento en los montos de precipitación anual, en la riqueza de plantas, Na, N total, disminución del pH y de la estacionalidad en las precipitaciones. El aumento en la riqueza de especies hacia el sur se mantiene al evaluarlo por cada grupo trófico por separado, sin embargo, el grupo de las principales variables explicativas cambian entre ellos. En cada localidad estudiada hay un alto porcentaje de exclusividad de especies, así como también un alto recambio de especies dentro y entre localidades, donde a mayor distancia geográfica hay menor similitud en la composición de las especies presentes. / Global scale richness patterns of fungi are associated to edaphic variables and current climate, but each trophic group respond differentially. Agaricomycetes Class have 18 Orders, where Agaricales, Russulales and Boletales are agrupated in Agaricales sensu lato group, which have a global richness patterns with a high diversity on the tropics, asociated to medium to high levels of precipitation. Southern forest on south of South America are dominated by Nothofagus genus, which have a wide distribution in Chile with 10 species, where N. macrocarpa and N. obliqua are the northernmost species. Studies about which factors are influencing on richness and composition patterns of Agaricales s.l. are scarce, especially for N. macrocarpa. Studies on N. obliqua forest show that mycorrhiza richness and abundance decay on high nitrate concentration. The aim of this study is analyzing if exist a latitudinal richness and composition Agaricales s.l. patterns associated to a group of biotic and abiotic ambiental variables on N. macrocarpa and N. obliqua dominated forests, and to understand which ambiental variable is the most influence over the patterns. Five localities between -32,9 and -39,1 southern latitude were sampled over two years, once a month after rains. Fruiting bodies and soil were collected, to taxonomic determination and edaphic estimation respectively. Richness and composition of vegetation were sampled. Climatic variables were obtained from WorldClim database. In this study we report 30 Families, 76 genera and 265 species. Our results show an increasing richness patterns of Agaricales s.l. fungi from north to south, associated to the increment of precipitation, plant richness, Na, total N, decrease of pH and seasonality of precipitation. Trophic groups follow the same increasing pattern of richness from north to south, but explanatories variables change between them. There are a high percentage of species exclusivity and replacement within and between the localities, where at greater geographical distance there is less similarity in the composition of species between sites and localities. / Junio del 2020.

The species included in Chaetomium and Achaetomium (Chaetomiaceae, Ascomycota) are morphological and molecularly studied. Particularly three species-groups belong to Chaetomium genus: Chaetomium bostrychodes --species-group; Chaetomium globosum - species group and Chaetomium indicum - species group. Chaetomium macrostiolatum sp. nov, Chaetomium olivocolor sp. nov, Chaetomium tarraconensis sp. nov and Achaetomium geophylum sp. nov. are described and illustrated. The first species is characterized by ascomata with a very broad ostiole and yellow hairs, and limoniform ascospores; the second by its thermotolerant growth, inconspicuous and short straight ascomatal hairs and fusiform ascospores; the third by its unusual, irregularly-shaped ascospores and subglobose ascomata with flexuous to undulate, unbranched ascomatal hairs and the last by its thermotolerance, and the opaque, big, limoniform ascospores. The combinations Achaetomium irregulare (Sörgel) K. Rodríguez, comb. nov. is proposed and Chaetomium dolichotrichum is accepted who valid species. Analysis of the D1 and D2 regions of the LSU rDNA supported these proposal. Phylogenetic relationships among the species are presented. D1 and D2 regions of the 28S rADN gene are very conserved (80-90 %).Título: "Estudio taxonómico (morfológico y molecular) de especies del género Chaetomium y géneros afines. / Especies incluidas en los géneros Chaetomium y Achaetomium fueron morfológica y molecularmente estudiadas. Particularmente se analizaron tres grupos morfológicos pertenecientes al género Chaetomium: el grupo morfológico "Chaetomium bostrychodes", el grupo morfológico "Chaetomium globosum" y el grupo morfológico "Chaetomium indicum". Las especies Chaetomium macrostiolatum sp. nov, Chaetomium olivicolor sp. nov, Chaetomium tarraconensis sp. nov y Achaetomium geophylum sp. nov. son descritas e ilustradas. La primera se caracteriza por presentar un ascoma con un amplio ostiolo, pelos peridiales de color amarillo y ascosporas limoniformes; la segunda presenta un crecimiento termotolerante, los pelos peridiales son cortos y rectos y las ascosporas presentan una morfología fusiforme; la tercera presenta ascosporas irregulares, sus ascomas son subglobosos y sus pelos peridiales no se ramifican y son flexuosos u ondulados y la última especie se caracteriza por presentar un crecimiento termotolerante, ascosporas opacas, grandes y limoniformes. Se propone la nueva combinación Achaetomium irregulare (Sörgel) K. Rodríguez, nov. comb. y se acepta la especie Chaetomium dolichotrichum como válida para el género. Las anteriores propuestas fueron ratificadas a través del análisis de secuencias nucleotidicas de la región D1-D2 del 28S ADNr. Se presentan las relaciones filogenéticas entre las especies estudiadas, observándose un alto grado de conservación (80-90 %) en las secuencias nucleotídicas analizadas.

Memoria para optar el título de Bioquímico / El hongo filamentoso Sphaceloma rhois sintetiza giberelinas, principalmentela giberelina A4, metabolitos secundarios diterpénicos activos como fitohormonas.En esta memoria de título se caracterizó la biosíntesis de giberelinas por estehongo a nivel de las reacciones químicas, de las enzimas que las catalizan y de suregulación. Mediante la administración de precursores marcados con 14C a cultivoslíquidos de S. rhois, se determinó la secuencia de reacciones de oxidación de labiosíntesis de GA4a partir del ácido ent-kaurenoico. Los precursores previos alGA12aldehído fueron metabolizados completamente por cultivos líquidos delhongo y se transformaron en los productos 3β-hidroxilados [14C]GA14(giberelinade 20 carbonos) y [14C]GA4(giberelina 19, γ10 lactónica de 19 carbonos). Además,al realizar incubaciones a tiempos cortos, se detectaron los intermediarios ácidoent-7α-hidroxi[14C]kaurenoico y el [14C]GA12aldehído. No se detectaron productosno hidroxilados. La giberelina [14C]GA14agregada a los cultivos fue convertida en[14C]GA4, el producto final de la secuencia. Todo esto permite concluir que el ácidoent 7α-hidroxikaurenoico, el GA12aldehído y el GA14son intermediarios en lasíntesis de GA4. Todos los intermediarios posteriores al GA12aldehído son 3β-hidroxilados debido a que la reacción de hidroxilación en C3 ocurre sobre esteprecursor. No se forman productos no hidroxilados a partir de GA12aldehído, porlo tanto, en este sistema está presente exclusivamente la vía 3β-hidroxilada. Lareacción de oxidación del C20 hasta CO2que forma el producto final GA4, fueinvestigada en detalle a partir de [14C]GA12, encontrándose que los cultivos delhongo metabolizan este sustrato para dar el producto lactónico [14C]GA9(derivadode la oxidación a CO2) junto con el producto C20 carboxilato [14C]GA25. Además,se forma el intermediario C20 aldehído, [14C]GA24, que sería el precursor delproducto lactónico y del producto C20 carboxilato. El nitrato de amonio o laglutamina, presentes en el medio de cultivo, reducen 3 veces la velocidad deoxidación del ácido ent-7α-hidroxikaurenoico, lo que sugiere que la biosíntesis deGAs podría ser regulada por compuestos nitrogenados en este microorganismo. En fracciones microsomales obtenidas del micelio se determinó el requerimiento de cofactores de las reacciones de oxidación del ácido ent- [14C]kaurenoico hasta [14C]GA14, las que dependen en forma absoluta de NADPH, FAD y O2. Esto, junto con la demostración en los cultivos de las reacciones de síntesis de [14C]kaurenolidos y ácidos [14C]fujenoicos a partir de ácido ent- [14C]kauradienoico y de ácido ent-6α,7α-dihidroxi[14C]kaurenoico, indica que la síntesis de [14C]GA14es catalizada por una o más monooxigenasas P450. La secuencia biosintética de GA4encontrada en S. rhois es similar a la descrita en Fusarium fujikuroi que produce principalmente GA3y concentraciones menores GA4y GA7. Las rutas de biosíntesis son similares en cuanto a la reacción de 3β-hidroxilación (que ocurre en una etapa temprana), en los intermediarios de la secuencia y en la naturaleza de las oxidasas. Por otra parte, esta secuencia difiere de la del otro hongo productor de giberelinas, Phaeosphaeria sp., que produce GA4y GA1a través de intermediarios no hidroxilados / The filamentous fungus Sphaceloma rhois synthesizes gibberellins, mainly GA4, diterpenoid secondary metabolites active as phytohormones. In this work, gibberellin biosynthesis by this fungus was characterized at the chemical, enzymatic and regulatory levels. The oxidative reaction sequence of GA4 biosynthesis from ent-kaurenoic acid was determined by adding 14C-labeled precursors to liquid cultures of S. rhois. These were completely metabolized and transformed into the 3-hydroxylated products [14C]GA14 (C20 gibberellin) and [14C]GA4 (C19 lactonic gibberellin). Furthermore, in short term incubations ent-7α-hydroxy[14C]kaurenoic acid and [14C]GA12 aldehyde were detected as intermediates. Non-hydroxylated products were not detected in any incubation. [14C]GA14 added to the cultures was converted into [14C]GA4, the final product of the sequence. This indicates that ent-7α-hydroxykaurenoic acid, GA12 aldehyde and GA14 are intermediates in GA4 synthesis. All intermediates after GA12 aldehyde are 3-hydroxylated due to 3-hydroxylation reaction over this precursor. Non-hydroxylated products are not formed from GA12 aldehyde, thus, the 3-hydroxylated pathway is present exclusively in this fungal system. C20 oxidation to CO2 which gives the lactonic C19 product, was investigated in detail from [14C]GA12. S. rhois cultures metabolized this substrate to the lactonic product [14C]GA9 (derived from oxidation to CO2) together with the C20 carboxylic acid product [14C]GA25. In addition the C20 aldehyde intermediate, [14C]GA24, accumulated, which would be precursor of both the lactonic and C20-carboxylic acid products. Ammonium nitrate or glutamine present in the cultures reduced by a factor of 3 the oxidation rate of ent-7α-hydroxykaurenoic acid, suggesting that GA biosynthesis in S. rhois would be regulated by nitrogen compounds. The cofactor requirement of oxidation reactions involved in [14C]GA14 synthesis from ent-[14C]kaurenoic acid was determined in mycelial microsomal fractions. An absolute requirement of NADPH, FAD and O2 was found for these steps, which together with the demonstration of [14C]kaurenolide and [14C]fujenoic acid synthesis from ent-[14C]kauradienoic acid or ent-6α,7α-dihydroxy[14C]kaurenoic acid, indicate that GA14 synthesis is catalyzed by a P450 monooxygenase in S. rhois. The biosynthetic pathway to GA4 in S. rhois is similar to that described in Fusarium fujikuroi, a GA3, GA4 and GA7 producing fungus. Both microorganisms utilize similar intermediates and the same kind of oxidases. In contrast, this sequence differ from that found in Phaeosphaeria sp. which produces GA4 and GA1 through non-hydroxylated intermediates

Phyla nodiflora var. minor y Alternanthera philoxeroides (lagunilla) son plantas invasoras consideradas malezas en Australia. Este país propuso el estudio de los enemigos naturales en el ambiente nativo, Argentina y Bolivia, con el fin de seleccionar posibles agentes de control biológico. Con este fin se llevaron a cabo viajes exploratorios para colectar plantas sintomáticas y aislar hongos patógenos. Asociados a Phyla nodiflora se encontraron Puccinia lantanae, Cercospora lippiae y Colletotrichum spp. En lo que se refiere a lagunilla los patógenos hallados fueron Uredo pacensis, Alternaria sp., Wilsoniana blitti y Colletotrichum spp. Se realizaron ensayos experimentales de inoculación, germinación, shock térmico, almacenamiento y velocidad de crecimiento con los patógenos hallados. Para P. nodiflora, Puccinia lantanae y C. lippiae podrían utilizarse como agentes de control clásico y las especies de Colletotrichum como agentes de control inundativo. Uredo pacensis y W. blitti podrían considerarse como agentes de control clásico de la forma terrestre de lagunilla una vez completados los estudios de especificidad. Se recomendaría el uso de Alternaria sp. y Colletotrichum spp. como micoherbicidas. Cuando se aclare la situación taxonómica de Phyla nodiflora en Australia y Argentina, se podrán definir con certeza los agentes de biocontrol de la variedad minor. / Phyla nodiflora var. minor and Alternanthera philoxeroides (alligator weed) are considered weeds in Australia. Studies of its natural enemies were realized in the native range, Argentina and Bolivia to select pathogenic fungi as biocontrol agents. Exploratory trips were carried out to collect diseased plants and to isolate pathogenic fungi. Puccinia lantanae, Cercospora lippiae and Colletotrichum spp. were found in P. nodiflora. Uredo pacensis, Alternaria sp., Wilsoniana blitti and Colletotrichum spp were found in alligator weed. Experimental assays (inoculation, germination, storaging, growth rate) were performed with the pathogens. For P. nodiflora, Puccinia lantanae and C. lippiae might be used as classical biocontrol agents and Colletotrichum species as inundative agents. Uredo pacensis and W. blitti would be considered as classical biocontrol agents after specificity is determined. Alternaria sp. and Colletotrichum spp. could be recommended as bioherbicides. Biocontrol agents of P. nodiflora var. minor will be thoroughly confirmed once taxonomic discrepancies between Argentina and Australia can be elucidated.

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Aisla e identifica hongos del mosquito Anopheles albimanus, con la finalidad de que sean probados y aplicados como potenciales entomopatógenos en otros estudios para el control de Malaria. Las colectas de mosquitos Anopheles albimanus, se realizaron en criaderos temporales ubicados en las localidades de Laramie y Verdun del departamento de La Libertad. Las muestras se procesaron en laboratorio de Referencia Regional de Trujillo. Para el aislamiento de hongos se realizó desinfecciones a los cadáveres de mosquitos (larvas, pupas y adultos) con Hipoclorito de sodio al 5% durante 1 minuto; posteriormente los especímenes se mantuvieron en cámaras húmedas a temperatura ambiente hasta visualizar crecimiento de micelio; la siembra de micelio se realizó en Agar Extracto de Malta, los hongos se identificaron aplicando la técnica de microcultivo, utilizando las características morfológicas microscópicas y macroscópicas. Se aislaron un total de 32 cepas de hongos. El 75% (24) de cepas se obtuvo a partir de adultos, 22% (7) de larvas y 3% (1) de pupas. Los géneros identificados son: Nigrospora (25%), Cladosporium (19%), Acremonium (15%), Fusarium (15%), Aspergillus (9%), Bipolaris (9%) y Alternaria (6%). / Tesis

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Los hongos representan un creciente problema en nuestra sociedad como organismos contaminantes de alimentos, del aire, del agua, de las superficies interiores de las casas y como patógenos importantes para la salud humana, por lo que es importante implantar diferentes estrategias de control, entre las que se incluye la aplicación de un programa de limpieza y desinfección durante la elaboración y comercialización de los alimentos. Dentro de este programa es fundamental establecer límites críticos y aplicar un sistema adecuado para su vigilancia y verificación. En este sentido se deben tener en consideración la selección del desinfectante apropiado para reducir o eliminar la micobiota presente en el ambiente y las superficies, así como la aplicación de técnicas que permitan valorar la eficacia de la desinfección. Estos métodos presentan ventajas e inconvenientes, siendo necesario determinar para cada industria la técnica que mejor permite evaluar la contaminación de las superficies. El análisis de la contaminación fúngica es laborioso y necesita un tiempo prolongado para la obtención de resultados, lo cual limita la aplicación de medidas correctoras. En este estudio se desarrolló un método impedanciométrico para el recuento de hongos. El medio de cultivo que mostró mejores respuestas en la capacitancia fue el que contenía peptona de soja y extracto de levadura al 0,5%, gelatina al 8%, cloranfenicol al 0,025%, ajustado a un pH de 5,5. Este medio permitió el recuento de esporas de los principales géneros fúngicos (Aspergillus, Cladosporium, Penicillium y Rhizopus) aislados en alimentos y superficies de la industria elaboradora de alimentos deshidratados a concentraciones entre 102 y 106ufc/g, con la ventaja de reducir el tiempo de análisis a 26-70 horas, dependiendo del género predominante. También se compararon diferentes técnicas de muestreo y análisis para vigilar y verificar la contaminación fúngica tras la limpieza y desinfección de las superficies de una industria elaboradora de alimentos deshidratados, así mismo se evaluó la actividad fungicida de cuatro soluciones desinfectantes frente a la micobiota predominante en estas superficies. Para dicha verificación se establecieron diferentes límites críticos en función de la técnica de muestreo y análisis utilizada. Entre estás técnicas, la siembra directa de un disco de acero inoxidable que estuvo adherido a las superficies de la industria durante una semana, fue la que mostró mayores recuentos, siendo la más rigurosa en la calificación de aceptabilidad de la higienización de las superficies. Mientras que, la técnica impedanciométrica presentó una utilidad limitada como sistema de verificación. Los desinfectantes con mayor efectividad sobre la micobiota predominante en esta industria fueron el hipoclorito sódico (1000 mg/l de cloro libre) y una solución al 1% de un producto desinfectante basado en aldehídos y amonio cuaternario. Finalmente se determinó el grado de contaminación y el tipo de micobiota presente en las superficies de un establecimiento de comercialización de alimentos. Los mayores recuentos fúngicos se obtuvieron con las técnicas de impronta, siembra directa del disco e hisopado de 100 cm2. Las levaduras fueron la micobiota predominante en las secciones de comercialización de productos a temperatura de refrigeración, mientras que en los comercializados a temperatura ambiente predominaron los mohos de los géneros Penicillium y Cladosporium. / Fungi represent a growing concern for our society as human health pathogens and as contaminants of foods, air and the interior surfaces of our homes. Thus, the implementation of different risk control strategies like cleaning and disinfection programmes for food production and commercialisation becomes mandatory. For these programmes it is important to establish critical limits and to apply an adequate system for assuring its surveillance and fulfilment. The selection of an adequate disinfectant agent to reduce or destroy ambient and surface micobiota and the application of techniques that allow us to evaluate the efficacy of the disinfection has to be taken into consideration. This sort of techniques present advantages as well as inconveniences and for every particular industry it must be stated which one achieves the best evaluation of surface contamination. Analysing fungi contamination can be a hard task and requires prolonged times for consecution of results which in return, limits the use of corrective actions. On this study was developed an impedanciometric method for counting fungi. The culture medium that showed best responses to capacitance methods was the one containing: soy peptone and yeast extract (0.5%); gelatine (8%) and cloramphenicol (0,025%) adjusted to pH 5.5. This medium allowed spore count of the main fungi genera (Aspergillus, Cladosporium, Penicillium and Rhizopus) isolated in foods and surfaces of dehydrated-food producing facilities in concentrations between 102 to 106cfu/g. The time of analysis varied between 26 and 70 h depending on the dominant genera. Moreover, different sampling techniques for surveillance were compared and fungi contamination was assessed, after applying surface cleaning and disinfection procedures in a dehydrated food manufacturing industry. Fungicide activity of four disinfectant solutions related to the dominant micobiota of these surfaces was evaluated. Critical limits were established as a function of the sampling techniques and analyses chosen. From the techniques used the one which yielded higher counts and permitted more accurate qualification of food surface acceptability was the direct spread of stainless steel discs which were previously adhered to the surfaces during one week. Impedance measures were of limited use as system of verification. The disinfectant agents that showed higher efficacy against the dominant micobiota in the processing facilities were: sodium hypochlorite (1000 mg/L of free chloride) and a 1% solution of a product containing aldehydes and quaternary ammonium. Finally, the degree of surface contamination inside food commercialising installations was determined. The highest fungi counts were obtained using agar contact plates techniques, direct spread of stainless steel discs and swabbing of 100 cm2. Yeast were the dominant micobiota in the refrigerating commercialisation areas whereas for room temperature products fungi of the genera Penicillium and Cladosporium prevailed.

Los micromicetes constituyen uno de los componentes fundamentales de los ecosistemas terrestres, desempeñando un papel básico en la descomposición de la materia orgánica. Sin embargo, el conocimiento de los hongos de áreas templadas como la íbero-balear está en una fase muy preliminar. El objetivo principal de esta tesis ha sido contribuir al mejor conocimiento de los hifomicetes de la Península Ibérica, principalmente los hifomicetes dematiáceos procedentes de restos vegetales, ya que según los datos revisados son los más desconocidos en nuestro territorio. Durante 11 campañas, se colectaron un total de 570 muestras de material vegetal y 40 de suelo, la mayoría procedentes de parques naturales o nacionales de la Península Ibérica. Se identificaron un total de 570 hifomicetes, de los cuales se describen e ilustran en la memoria 172 especies, correspondientes a 82 géneros, de hifomicetes dematiáceos que constituyen nuevas citas para el catálogo micológico de la península. Además se han descrito y publicado en revistas de la especialidad 7 nuevas especies para la ciencia. Todos estos hongos anamórficos serán incluídos en un trabajo monográfico que llevará por título “Hifomicetes dematiáceos de restos vegetales de la Península Ibérica”. / The micromycetes constitute a fundamental component on terrestrial ecosystems, playing a key role in the decomposition of organic matter. However, the knowledge of fungi from temperate areas such as the Iberian-Balearic, is in a very preliminary stage. The main objective of this thesis has been to contribute to the better understanding of the hyphomycetes from the Iberian Peninsula, mainly dematiaceous hyphomycetes from plant debris since, according to the revised data, are the less known in our territory. During 11 seasons, we collected a total of 570 plant debris samples and 40 to soil, mostly from natural or national parks along the Iberian Peninsula. We identified a total of 570 hyphomycetes, 172 of them corresponding to 82 genera of dematiaceous hyphomycetes that represents new records for the mycologycal catalog from Península Ibérica. We have also described and published 7 new species in specialized journals. All the anamorphic fungi described in the present thesis will be included in a monograph entitled "Dematiaceous hyphomycetes from plant debris from the Iberian Peninsula" which actually is underconstruction.