Am Rebstock werden in der Natur von Agrobacterium vitis, dem Auslöser Wurzelhalsgallenerkrankung, charakteristische Wurzelhalsgallentumore induziert. Virulente Vertreter der Gattung der Agrobacteria schleusen bakterielle DNA in das pflanzliche Genom ein, wodurch die Pflanze Tumore produziert. Die Wurzelhalsgallenerkrankung wird seit einem Jahrhundert als ein Beispiel der Pflanzen-Pathogen-Interaktion untersucht. Die Rolle der bakteriellen Flora im Zusammenhang mit der Wurzelhalsgallenerkrankung beim Rebstock wurde bisher kaum betrachtet. Um dieser Frage nachzugehen, habe ich die endophytische mikrobielle Zusammensetzung von Rebstöcken mit und ohne Wurzelhalsgalle analysiert. Es werden Proben von drei Zeitpunkten einer Wachstumsperiode (Frühling, Sommer und Herbst) und von den Organen der Rebstöcke (Wurzeln, Pfropfstelle und einjährige Triebe) sowie dem Boden in einer Weinanlage bei Himmelstadt in Unterfranken genommen. Die Bakterienflora dieser Umweltproben wird mit kultivierungsabhängigen (Isolierung von Bakterien) und kultivierungsunabhängigen (Hochdurchsatzsequenzierungen) Methoden untersucht. Zudem werden i) die Virulenz der verschiedenen Agrobacterium-Isolate in Tumorassays bestimmt, ii) synthetische Bakteriengemeinschaften von in vitro kultivierten Weinpflänzchen mit Wurzelhalsgallen analysiert, iii) die Genome von einem virulenten und einem nicht-virulenten Agrobacteria-Isolat aus der Wurzelhalsgalle verglichen, iv) erste Interaktionsstudien auf festen Nährmedien durchgeführt und v) virulente Agrobacteria mittels bildgebender Fluoreszenz-Lebenszeit-Mikroskopie (FLIM) in Wurzelhalsgallen lokalisiert. Die Rebstöcke dieser Studie haben eine organspezifische Bakterienflora, die innerhalb einer Wachstumsperiode variiert. Nur die Bakterienflora der Pfropfstelle (mit oder ohne Wurzelhalsgalle) aber nicht die des Bodens, der Wurzeln, und der einjährigen Triebe unterscheidet sich strukturell zwischen gesunden und erkrankten Rebstöcken. Mikroskopisch konnten virulente Agrobacteria punktuell in Interzellularen, sklerenchymatischen Geweben und assoziiert mit Leitgefäßen nachgewiesen werden. Dadurch ist ausreichend Lebensraum vorhanden, der zusätzlich von tumorspezifischen Bakterien besiedelt werden kann. Im Gegensatz zur gesunden Pfropfstelle ist in der Wurzelhalsgalle eine saisonal stabile Kernmikroflora, bestehend aus Vertreter von A. vitis, Pseudomonas, Enterobacteriaceae, Agrobacterium tumefaciens, Gammaproteobacteria und Burkholderiales, vorhanden. Diese Bakterien werden überwiegend aus dem Boden rekrutiert und profitieren von der Nährstoffsituation in der Wurzelhalsgalle. Wurzelhalsgallen enthalten Opine, die nur von der transformierten Pflanzenzelle produziert werden. Interessanterweise hat in dieser Arbeit ein Agrobacterium-Isolat Gene, die zum Opinkatabolismus beitragen und ein Pseudomonas-Isolat kann Opine als einzige Kohlenstoffquelle nutzen. Trotzdem sind beide Isolate weder virulent noch verdrängen sie die virulenten A. vitis, die ebenso Opine nutzen, aus der Wurzelhalsgalle. In synthetischen Bakteriengemeinschaften an in vitro kultivierten Weinpflänzchen konnte gezeigt werden, dass diese und weitere tumorspezifischen Bakterien, neben A. vitis, nicht essentiell zur Entstehung der Wurzelhalsgalle nötig sind aber unterschiedliche Funktionen in der Wurzelhalsgalle übernehmen. Ein Serratia-Isolat hemmt das Wachstum von A. vitis auf festen Nährmedium, andere fördern oder hemmen das Wachstum der Wurzelhalsgalle. Nach Studien in der Literatur erhöhen weitere Bakterien die Resistenz des Rebstocks gegenüber biotischem und abiotischem Stress. Zusammengefasst identifizierten und isolierte ich in dieser Studie unter 150 unterschiedlichen Bakterien in der Wurzelhalsgalle jene Bakterien, die neben A. vitis von der neuen ökologischen Nische profitieren und somit wahrscheinlich Opportunisten mit unterschiedlichen Funktionen sind. In Folge von multiplen Interaktionen in der Wurzelhalsgalle entsteht ein ökologisches Gleichgewicht zwischen den opportunistischen Bakterien, der Wurzelhalsgalle und dem Rebstock, das den Fortbestand des Rebstocks mit Wurzelhalsgalle ermöglicht. / In nature, Agrobacterium vitis is known for the ability to introduce bacterial DNA into the grapevine genome, thereby causing crown gall disease. This plant disease has been studied for a century as a model for plant-pathogen interaction, while the role of the plant microbiota in disease development is not well understood. My study contributes to the understanding of the microbial ecology in crown galls of grapevine, combining culture-dependent with culture-independent high-throughput sequencing techniques. I analysed the structure of the endophytic microbiota by collecting different samples (soil, roots, graft unions and canes) of diseased and non-diseased grapevines from one vine-yard in Franconia, Bavaria, Germany during one growing season (spring, summer, autumn). The characterization of the grapevine-associated bacterial microbiota was completed by (i) detecting the virulence of diverse agrobacterial isolates using a tumour growth assay with in vitro cultivated grapevine plantlets, (ii) microbial analysis of synthetic communities of in vitro cultivated grapevine plantlets with crown galls, (iii) genome sequencing of a virulent and a non-virulent agrobacterial isolate, (iv) in vitro interaction studies on solid medium with bacterial isolates and (v) localisation of virulent A. vitis using Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy (FLIM) in tumour tissues. Grapevine plants of this study have an organ-specific bacterial community that varies during one growing season. Healthy and diseased grapevine plants differed in the struc-ture of the bacterial community only in the graft union (with or without a crown gall), but not in the soil, root and one-year old cane. Microscopy revealed that virulent Agrobacteria mainly accumulate in defined spots of sclerenchymatous tissue, intercellular space and tissues associated with vessels. Therefore, there is unoccupied living space in a crown gall, which can be additionally colonized by tumour-specific bacteria. A season-independent stable core bacteria exists in grapevine crown galls in contrast to healthy graft unions, consisting of OTUs assigned to A. vitis, Pseudomonas, Enterobacteriaceae, Agrobacterium tumefaciens, Gammaproteobacteria and Burkholderiales. These bacteria are predominantly recruited from the soil and most likely profit from special nutrients in the crown gall. The crown gall contains opines, exclusively produced by transformed plant cells. Curiously individual isolates of Agrobacteria and Pseudo-monas of this study that are non-virulent do not outcompete virulent A. vitis in the crown gall but harbour, like A. vitis, genes involved in octopin-catabolism or use opines in liquid cultures as a sole nutrient source. Although synthetic bacterial communities revealed that the tumour-specific bacteria are not required for crown gall induction us-ing in vitro grown grapevine plantlets, they may have different functions in crown gall persistence. A Serratia-isolate inhibits the growth of A. vitis on solid medium, others reduce or support crown gall development, while some, according to literature, increase resistance of the grapevine plant against biotic and abiotic stresses. Taken together, among the 150 bacteria found in the crown galls, I identified and isolated bacteria in addition to A. vitis that profit from the new ecological niche suggesting an opportunistic lifestyle with different ecological functions. An ecological equilibrium in a bacterial community that balances crown gall growth will support the existence of grapevine plants with a crown gall in vineyards.

Invasive fire ants (Solenopsis invicta and its hybrid with S. richteri) have been reported from carrion in the southeastern United States and are considered a part of the succession community. Alteration of ecological processes by fire ants could affect forensic interpretation of entomological data; therefore, I conducted studies to investigate the relative roles and interactions of fire ants and blow flies in carrion decomposition. The blow fly species composition in Mississippi has not been studied since 16 species were reported in 1983. Specimens from the Mississippi Entomological Museum were used to update the checklist of the blow flies of Mississippi and produce a photographic key to adults and third instar larvae. A total of 23 species of blow flies are now known or expected to occur in the state. I conducted an experiment whereby portions of the succession fauna were excluded from access to carrion to study the relative effects of fire ants and blow flies on carrion decomposition and their interactions with each other. Fire ants made lesions in and partially buried carcasses, but their exclusion did not affect carrion decomposition rates; slightly affected the succession community; and strongly affected succession of blow flies, specifically. Lastly, I collected fire ants from mounds at set distances from carrion and analyzed their guts for pig and blow fly DNA. The probability of detecting pig or blow fly DNA in ants collected directly from carrion increased with each succeeding day, and the probability of detecting either pig or blow fly DNA in ant guts decreased with increasing distance between carrion and the mound. Probability of detecting pig or blow fly DNA in ant guts from ants collected directly from the carcasses was 42% and 33%, respectively. This study documented that fire ants scavenge on carrion, prey on other members of the succession fauna, and transfer acquired nutrients at least 3 m into the landscape. Thus, fire ants represent a barrier to normal faunal succession patterns on carrion and these delays should be considered by forensic entomologists for postmortem interval estimation.

Em um trabalho anterior, foi avaliada a variabilidade de Sarcocystis spp. isolados de gambás oriundos do estado do Rio Grande do Sul pesquisando sequências gênicas codificadoras de antígenos de superfície (SAGs). Os resultados indicaram haver linhagens de isolados de Sarcocystis (relacionadas geneticamente a S. falcatula) que trocam genes em prováveis processos de recombinação sexual. A proposta deste estudo foi de conhecer as variações gênicas e relações filogenéticas em Sarcocystis spp. isolados de gambás através da análise de loci gênicos de genoma mitocondrial (CytB), de genoma de apicoplasto (ClpC) e das regiões espaçadoras transcritas internas (ITS-1), comparando a diversidade encontrada nestes grupos com a observada em integrantes da sub-familia Toxoplasmatinae. E também de conhecer a diversidade de genes codificadores de SAG-2, SAG-3 e SAG-4. Neste estudo foram obtidos esporocistos de Sarcocystis spp. através de raspado intestinal e fezes provenientes de gambás do gênero Didelphis, oriundos do Estado de São Paulo, Rio Grande do Sul e Rio Grande do Norte. Os marcadores moleculares CytB, ClpC e ITS-1 revelaram uma ampla variabilidade genotípica e alelos inéditos entre os isolados do Brasil. Os resultados levam a crer que é possível a existência de espécies “híbridas” de Sarcocystis no Brasil, com mistura de genes de ambas as espécies. Em relação aos genes codificadores de SAGs, foi encontrada uma diversidade ainda maior do que trabalho similar realizado. Os resultados sugerem uma possível ocorrência de reassortment e recombinação de alelos em sequências SAGs, contribuindo ainda mais para a geração de variabilidade e consequentemente na configuração antigênica do parasito. Estes resultados demonstram que isolados brasileiros possuem uma composição genética diferente do reportado em demais localidade, o que pode ter reflexos importantes no conhecimento da diversidade das espécies de Sarcocystis que infectam gambás em nosso meio e em toda a epidemiologia das infecções produzidas pelos protozoários deste grupo / A great variability in surface antigens genes (SAGs) of Sarcocystis spp. sporocysts was found in a previous study, through the intestinal scraping technique of opossums from the south region of Brazil. The results indicated probable sexual recombination between lineages of Sarcocystis isolates (genetically related to Sarcocystis falcatula). The aim of this research is the study of genetic variability and phylogenetic relationships among Sarcocystis spp. isolates from captured opossums in Brazil, by the analysis of molecular markers less subjected to selective pressure, such as DNA barcode, for this purpose, genetic loci from mitochondrial (CytB) and apicoplast genome (ClpC), and internal transcribed spacer regions (ITS-1) were applied and compare the results with the diversity found within members of the Toxoplasmatinae sub-family. The diversity among the SAG-2, SAG-3 and SAG-4 genes was also studied. The Sarcocystis sporocysts were obtained from opposum’s intestinal scraping and faeces from São Paulo State, Rio Grande do Sul State and Rio Grande do Norte State, Brazil. The molecular markers CytB, ClpC and ITS-1 revealed a vast genotypic variability and novel alleles among the Brazilian isolates. The results indicate possible existence of hybrid species of Sarcocystis in Brazil, with a gene mixture from both species. Regarding the SAG genes, an even greater variability was found than previously reported. The results also suggest the occurrence of reassortment and allele recombination of SAG sequences, contributing even more to the variability and thus in the parasites antigenic configuration. In this study, the results demonstrate that isolates from Brazil have a different genetic composition than reported in other locations, which may have important impacts in the knowledge of the diversity of Sarcocystis species shed by opossums in our environment and in all of the epidemiology of infections of protozoa of this particular group

O gênero Hypnea Lamouroux (1813) e particularmente a espécie H. musciformis (Wulfen) J.V.Lamouroux apresentam grande importância ecológica e econômica como matéria prima para a produção de carragenana, com ampla distribuição geográfica em águas tropicais e sub-tropicais ao redor do mundo. No entanto, a identificação das espécies de Hypnea com base apenas em dados morfológicos é dificultada devido à plasticidade fenotípica presente neste grupo e sua morfologia relativamente simples. Em vista disso, diversas ferramentas de estudo para delimitar espécies dentro do gênero e sua distribuição geográfica foram utilizados neste trabalho, para testar duas hipóteses principais: 1) Hypnea musciformis forma um complexo de espécies proximamente relacionadas, mas com distribuição geográfica distinta e 2) Os variantes morfológicos \"musciformis\" e \"nigrescens\" de H. pseudomusciformis que ocorrem na costa Brasileira correspondem a uma única espécie biológica. Com base em marcadores moleculares e análises morfológicas, confirmamos a ocorrência de nove espécies diferentes na costa do Brasil: H. brasiliensis, H. cervicornis, H. edeniana, H. flava, H. pseudomusciformis, H. platyclada, H. spinella, H. yokoyana e H. wynnei. E duas espécies não descritas, Hypnea sp.1 e Hypnea sp2. Além disso, dados de cruzamento com linhagens distintas de H. pseudomusciformis indicam a separação em duas espécies, sendo H. pseudomusciformis restrita ao Sudeste e Sul do país e H. sp. 5 restrita ao Nordeste, elevando o número total de espécies do país para 12. Análises filogeográficas mostram que H. musciformis possui distribuição ao longo do Hemisfério Norte, enquanto que H. pseudomusciformis possui distribuição ao longo do Hemisfério Sul. Além disso, foram detectados fortes padrões de estrutura genética e foram reconhecidas distintas zonas filogeográficas marinhas: a província do Uruguai, a província do sul do Brasil, a província do Rio de Janeiro, a província do leste do Brasil e a província do norte do Brasil. O grau de isolamento genético e distinção entre essas províncias variou consideravelmente. A maior diversidade genética foi encontrada na região de ressurgencia de Cabo Frio, no estado do Rio de Janeiro, uma região conhecida pela presença de um número diversificado de habitats microclimáticos distintos. Esses resultados corroboram a hipótese 1. Para testar a hipótese 2, foram coletados indivíduos das duas variantes morfológicas de H. pseudomusciformis, \"musciformis\" e \"nigrescens\" que foram cultivados in vitro nas mesmas condições. O histórico de vida de ambas as variantes morfológicas foi completado em aproximadamente 121 dias. Quando cultivados in vitro, as diferenças morfológicas entre as variantes \"musciformis\" e \"nigrescens\" foram atenuadas. O conteúdo de pigmentos fotossintetizantes (clorofila a, carotenóides e ficobiliproteínas), proteínas solúveis totais e capacidade antioxidante (DPPH, ABTS, capacidade de redução de Folin-Ciocalteu, FRAP e capacidade de quelação de ferro) também foram analisados para amostras dessas duas variantes morfológicas coletadas no campo e cultivadas in vitro. A variação \"nigrescens\" coletada no campo apresentou mais ficobiliproteínas, proteínas solúveis totais e apresentou maior atividade antioxidante para os ensaios ABTS e Folin-Ciocalteu do que a variação \"musciformis\". As amostras em cultura de ambas as variações morfológicas não mostraram diferenças significativas nos pigmentos e atividade antioxidante, exceto para aloficocianina, que foi maior em \"musciformis\". Estes dados indicam que as diferenças encontradas entre \"musciformis\" e \"nigrescens\" são principalmente devidas a pressões ambientais e representam um exemplo de plasticidade fenotípica. Além disso, foram realizados experimentos de cruzamento in vitro entre gametófitos de \"musciformis\" e \"nigrescens\". Esses cruzamentos resultaram na formação de cistocarpos, que após a liberação dos esporos, originaram novos tetrasporófitos, que posteriormente ficaram férteis liberando tetrásporos que se desenvolveram em novos gametófitos, confirmando os dados moleculares que mostram que essas variantes pertencem à mesma espécie biológica, corroborando a hipótese 2 / The genus Hypnea Lamouroux (1813) and particularly H. musciformis (Wulfen) J.V.Lamouroux present great economic and ecological importance as source for the production of carrageenan, with a wide geographic distribution in tropical and sub-tropical waters around the world. However, the identification of Hypnea species based only on morphological data is hampered by phenotypic plasticity and its relatively simple morphology. In this work, several approaches were used to study species of the genus Hypnea, based on two hypothesis: 1) The species H. musciformis is a complex of closely related species, but with a distinct geographic distribution. 2) The morphological variants \"musciformis\" and \"nigrescens\" of H. pseudomusciformis occurring on the Brazilian coast correspond to a single biological species. Based on DNA barcode molecular markers and morphological analyzes, we confirmed the occurrence of nine different species for the genus Hypnea on the coast of Brazil: H. brasiliensis, H. cervicornis, H. edeniana, H. flava, H. pseudomusciformis, H. platyclada, H. spinella, H. yokoyana and H. wynnei. And two undescribed species, H. sp.1 and H. sp2. In addition, cross-breeding tests were made within two linaeges of H. pseudomusciformis , the resultus indicate the segregation in two distint species, with H. pseudomusciformis restrict to Southeast and South of the country and H. sp. 5 to Northeast, elevating the total number of species to 12. Phylogeographic analyzes show that H. musciformis is distributed in the Northern Hemisphere of the planet, while H. pseudomusciformis is distributed in the Southern Hemisphere. In addition, strong patterns of genetic structure were detected and distinct marine phytogeographic zones were recognized: the province of Uruguay, the province of southern Brazil, the province of Rio de Janeiro, the province of eastern Brazil and the province of northern Brazil. The degree of genetic isolation and distinction between these provinces varied considerably. The greatest genetic diversity was found in Cabo Frio, in the state of Rio de Janeiro, a upwelling region known for the presence of a diverse number of distinct microclimatic habitats. These results corroborate hypothesis 1. To test hypothesis 2, individuals of the two morphological variants of H. pseudomusciformis, \"musciformis\" and \"nigrescens\" were collected and kept under the same in vitro culture conditions. The life history of both morphological variants was completed in approximately 121 days. When cultured in vitro, the morphological differences between the \"musciformis\" and \"nigrescens\" variants were attenuated. The content of photosynthetic pigments (chlorophyll a, carotenoids and phycobiliproteins), total soluble proteins and antioxidant capacity (DPPH, ABTS, reduction capacity of Folin-Ciocalteu, FRAP and iron chelation capacity) were also analyzed for samples of these two morphological variants collected in the field and from in vitro cultures. The \"nigrescens\" variation collected in the field showed more phycobiliproteins, total soluble proteins and presented greater antioxidant activity for ABTS and Folin-Ciocalteu than the \"musciformis\" variation. Samples maintained in vitro of both morphological variations did not show significant differences in pigment and antioxidant activity, except for allophycocyanin, which was higher in \"musciformis\". These data indicate that the differences found between \"musciformis\" and \"nigrescens\" are due to environmental pressures and represent an example of phenotypic plasticity. In addition, in vitro crossing experiments were performed between gametophytes of \"musciformis\" and \"nigrescens\". These crossings generated cystocarps and, after the spores were released, new tetrasporophytes were observed, which later produced tetraspores that germinated forming new gametophytes, confirming the molecular data that show that these variants belong to the same biological species, corroborating the hypothesis 2

The diversity of the genus Trichomycterus Valenciennes 1832 in the Rio Doce basin is investigated using conventional and modern morphology and DNA analyses. The work is presented in two Chapters. Chapter One, entitled Diversity of the genus Trichomycterus Valenciennes, 1832 (Siluriforms, Trichomycteridae) in the Rio Doce basin: a systematic study integrating phenotypes, DNA and classical taxonomy integratively analyzes specimens of the genus from the entire Rio Doce drainage and adjacent basins, both from available world-wide collections and from active sampling efforts. A combination of phenotypic and DNA (COI barcoding analysis) provides evidence for the existence of 14 species in the basin, 10 of which are new: T. alternatus Eigenmann, 1917; T. argos Lezama et al., 2012; T. astromycterus sp. nov.; T. barrocus sp. nov.; T. brucutu sp. nov.; T. brunoi Barbosa & Costa, 2010; T. immaculatus (Eigenmann & Eigenmann, 1889)] T. illuvies sp. nov.; T. melanopygius sp. nov.; T. ipatinguensis sp. nov.; T. pussilipygius sp. nov.; T. sordislutum sp. nov.; T. vinnulus sp. nov; and T. tantalus sp. nov. . In addition, a lectotype is designated for T. immaculatus and the species is considered as a senior synonym of Trichomycterus pradensis Sarmento-Soares et al., 2005. Although remarkable, such increase in species number of Trichomycterus in a single drainage matches similar recent increments in some other Southeastern Brazilian basins, such as the Paraíba do Sul and Iguaçu. The kind of differentiation among species herein recognized varies, with some of them being well-differentiated in morphology but not in barcoding data, and others showing the opposite phenomenon. The geographical distribution of each of the 14 species is plotted in the Rio Doce basin. The wide geographical distribution of some species (T. alternatus and T. immaculatus) is explained against data from geomorphological processes and comparative information on their biology. Chapter two, The type specimens of Trichomycterus alternatus (Eigenmann, 1917) and T. zonatus (Eigenmann, 1918), with elements for future revisionary work (Teleostei, Siluriformes, Trichomycteridae) focuses on the complex taxonomy, nomenclature and type material status of T. alternatus and T. zonatus. The type series of the two species are analyzed in detail, both in morphology and locality data. Osteological information was obtained with conventional and a new technique of radiographic stereo-triplets. Our new data elucidates their species distinctiveness, diagnostic characteristics, type localities and show that T. zonatus does not occur in the Rio Doce basin. / A diversidade do gênero Trichomycterus Valenciennes 1832 na bacia do Rio Doce é investigada utilizando métodos convencionais e modernos em análises morfológicas e moleculares. Os resultados desta dissertação são apresentados em dois capítulos. Capítulo um, intitulado Diversity of the genus Trichomycterus Valenciennes, 1832 (Siluriforms, Trichomycteridae) in the Rio Doce basin: a systematic study integrating phenotypes, DNA and classical taxonomy examinou espécimes pertencentes a este gênero encontrados no Rio Doce e em bacias adjacentes disponíveis em coleções nacionais e internacionais e coletados durante esta dissertação. O conjunto de dados obtidos através de análises morfológicas e moleculares (COI, DNA barcoding) revelou a existência de 14 espécies na bacia do Rio Doce, das quais 10 novas: T. alternatus Eigenmann, 1917; T. argos Lezama et al., 2012; T. astromycterus sp. nov.; T. barrocus sp. nov.; T. brucutu sp. nov.; T. brunoi Barbosa & Costa, 2010; T. immaculatus (Eigenmann & Eigenmann, 1889)] T. illuvies sp. nov.; T. melanopygius sp. nov.; T. ipatinguensis sp. nov.; T. pussilipygius sp. nov.; T. sordislutum sp. nov.; T. vinnulus sp. nov; and T. tantalus sp. nov. Além disso, é designado um lectótipo para T. immaculatus, espécie aqui proposta como sinônimo sênior de Trichomycterus pradensis Sarmento-Soares et al., 2005. O acentuado incremento em número de espécies de Trichomycterus para uma única bacia segue um padrão de crescimento em biodiversidade conhecida do gênero para outras drenagens do sudeste brasileiro a exemplo do rio Paraíba do Sul e Iguaçu. Os tipos de diferenciação detectada entre as espécies aqui tratadas variam, com algumas bem corroboradas morfologicamente, porém muito similares ou indiferenciáveis em análise de DNA barcoding, e outras apresentando o fenômeno oposto. As distribuições geográficas de cada uma das 14 espécies são mapeadas com base em todo o material examinado. A ampla distribuição geográfica de algumas espécies (T. alternatus and T. immaculatus) é explicada através de processos geomorfológicos e informações comparativas sobre suas biologias. O capítulo dois, The type specimens of Trichomycterus alternatus (Eigenmann, 1917) and T. zonatus (Eigenmann, 1918), with elements for future revisionary work (Teleostei, Siluriformes, Trichomycteridae) se concentra em esclarecer a complexa taxonomia, nomenclatura e o status do material tipo de T. alternatus e T. zonatus. As séries tipos das duas espécies foram minuciosamente analisadas tanto para morfologia como para suas respectivas localidades de proveniência. Informações osteológicas foram obtidas através de técnicas de radiografia convencionais e uma nova metodologia chamada stereo triplets. Os dados obtidos corroboram as respectivas espécies como distintas, e permitem uma avaliação precisa de seus respectivos caracteres diagnósticos e localidades tipo. Também se chegou à conclusão que T. zonatus não ocorre na bacia do Rio Doce.

O gênero Hypnea J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), com cerca de 67 espécies descritas, apresenta ampla distribuição geográfica pelas costas marinhas de águas quentes ao redor do mundo. Algumas espécies de Hypnea são usadas para a produção de carragenanas, hidrocolóides de grande importância na indústria atual. A taxonomia do gênero é bastante problemática e a identificação das espécies é complicada devido a uma morfologia relativamente simples que muitas vezes é influenciada pelas condições do habitat onde se encontram. Apesar das revisões regionais já realizadas, o número certo de espécies e o status de algumas delas permanece em dúvida. Estudos moleculares já foram realizados com o gênero Hypnea principalmente para região da Ásia. A técnica do \"DNA barcoding\" tem sido testada em Rhodophyta com sucesso para identificação rápida de espécies, utilizando a região 5´ do gene mitocondrial da citocromo c oxidase subunidade I, o marcador cox1. Outro marcador recentemente testado como \"DNA barcode\" é o domínio V do gene plastidial 23S, o marcador UPA. Além destes, o marcador plastidial rbcL tem sido utilizado como ferramenta para estudos filogenéticos do gênero Hypnea. No presente trabalho, foram sequenciadas para o marcador cox1, 49 amostras provenientes do no litoral do estado de São Paulo, uma amostra proveniente do estado do Rio de Janeiro e cinco amostras mantidas em cultura provenientes dos litorais dos estados de São Paulo e Espírito Santo. Foram identificados seis grupos taxonômicos diferentes segundo o marcador cox1. Representantes de cada um desses grupos foram sequenciados para os marcadores UPA e rbcL. A divergência interespecífica encontrada entre as amostras sequenciadas neste estudo para o marcador cox1 foi 62 - 100 pb (10,1 - 16,3%); para o marcador UPA foi 9 - 16 pb (2,5-4,4%) e para o marcador rbcL foi 42 - 88 pb (3,2 - 6,7%). As divergências intraespecíficas das amostras obtidas neste estudo foram, 0 - 5 pb (0 - 0,9 %) para o marcador cox1, 0 - 1pb (0 - 0,3%) para o marcador UPA e 0 - 6 pb (0 - 0,5%) para o marcador rbcL. As divergências observadas corroboram a existência de seis entidades taxonômicas diferentes. Após análise da morfologia e comparação com sequências disponíveis no GenBank as espécies do gênero Hypnea foram nomeadas como: H. cervicornis, H.flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp.1 e Hypnea sp.2. Sendo a espécie Hypnea flexicaulis a primeira citação para o Oceano Atlântico. Baseado nos estudos moleculares e morfológicos, concluímos que a espécie H. nigrescens, anteriormente citada para o Estado de São Paulo, é na verdade uma variação morfológica de H. musciformis. Ainda, concluímos que as espécies de H. cervicornis e H. spinella não devem ser colocadas em sinonímia uma vez que suas características morfológicas e as diferenças nas sequências obtidas através dos três marcadores utilizados mostram que são duas espécies distintas / The genus J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), comprises 67 described species, has a wide geographical distribution on the tropical shores around the world. Some species of Hypnea are used for the production of carrageenan, hydrocolloids of great importance in today´s industry. The taxonomy of the genus is very problematic and Hypnea species identification is complicated by a relatively simple morphology that is often influenced by the conditions of the habitat. Although some regional reviews have been carried out, the right number of species and the status of some species remain in doubt. Molecular studies have been carried out mainly dealing with species from Asia. The technique of \"DNA barcoding\" has been successfully tested in Rhodophyta for rapid identification of species using the 5 \'region of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I, the marker cox1. Recently, another marker tested as \"DNA barcode\" is the domain V of the plastidial 23S gene, the marker UPA. In addition, the plastidial marker rbcL has been used as a tool for phylogenetic studies of the genus Hypnea. In this study, were sequenced for the marker cox1, 49 samples from the coast of São Paulo State, a sample from the State of Rio de Janeiro and five samples maintained in culture from the coastal states from the States of São Paulo and Espirito Santo. We identified six different taxonomic groups according to the marker cox1. Representatives of each of these groups were sequenced for the UPA and rbcL markers. The divergence found among the cox1 sequences in this study was from 62 to 100 bp (10.1 - 16.3%), for the UPA marker was from 9 to 16 bp (2.5 to 4.4%), and for the rbcL marker was 42 to 88 bp (3.2 - 6.7%). The intraspecific divergences for the samples sequenced in this study were 0-5 bp (0 -0.9%) for the cox1, 0-1 bp (0 - 0.3%) for the UPA and 0-6 bp (0 - 0.5%) for the rbcL. The observed divergences for the three molecular markers confirm the existence of six different taxonomic entities. After analysis of the morphology and comparison with sequences available in GenBank for the genus Hypnea these taxonomic entities were named as: H. cervicornis, H. flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp. 1 and sp2. As the species Hypnea flexicaulis this is the first citation to the Atlantic Ocean. Based on morphological and molecular studies, we conclude that the species H.nigrescens, quoted earlier for the State of São Paulo, is actually a morphological variation of H. musciformis. Still, we conclude that the species H. cervicornis and H.spinella should not be placed in synonymy since its morphological characteristics and differences in the sequences obtained from the three molecular markers show that they are two distinct species

Baseado em estudos morfológicos, as macroalgas marinhas da Baía do Almirantado (Ilha Rei George, Península Antártica) estão representadas por 55 táxons, sendo 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae e 9 Chlorophyta. Recentemente foi proposta a utilização de 'DNA barcode' para uma rápida e acurada identificação de espécies de macroalgas. Sendo a região 5\' do gene mitocondrial cox 1utilizado para identificação de algas vermelhas e pardas; o gene plastidial tufA utilizado na identificação de algas verdes; e o domínio V do gene 23S rRNA - UPA, universal plastid amplicon, utilizado na identificação de organismos fotossintetizantes. O objetivo desse trabalho foi obter sequências do tipo 'DNA barcodes' e de outros marcadores filogenéticos para a formação do primeiro banco de dados moleculares para as macroalgas da Baía do Almirantado, Antártica. Cerca de 100 espécimes de macroalgas foram coletados, em diversos pontos da baía, durante as OPERANTARes XXV e XXIX, que ocorreram durante dezembro de 2006 a junho de 2007 e dezembro de 2010 a janeiro de 2011, respectivamente. No presente trabalho, foi obtido um total de 209 sequências, cobrindo 29 espécies das 55 citadas para o local, sendo que 157 sequências são para marcadores moleculares do tipo 'DNA barcode', das quais 95 sequências são para o marcador do cloroplasto UPA, 39 sequências para o marcador mitocondrial cox1 e 23 sequências para o tufA. As sequências consenso dos 'DNA barcodes' foram submetidas à análise de distância para determinar os agrupamentos genéticos. Após a análise dos agrupamentos obtidos para os 'DNA barcodes', foram selecionados espécimes, representando cada táxon, para o sequenciamento dos marcadores filogenéticos rbcL, SSU ou ITS totalizando 52 sequências. Neste estudo, foram obtidos dados moleculares para 8 espécies de Chlorophyta, 9 espécies de Phaeophyceae e 14 espécies de Rhodophyta. Entre as espécies de Chlorophyta, Prasiola sp. e Protomonostroma rosulatum (citada anteriormente como P. undulatum), de Phaeophyceae Chordaria linearis e as Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis e Callophyllis sp. (citada anteriormente como Callophyllis atrosanguinea) são novas citações para a Baía do Almirantado. Sendo que a espécie Callophyllis sp. é possivelmente uma nova espécie. Outras duas espécies previamente citadas, baseado nos resultados moleculares, não ocorrem no local, Desmarestia chordalis e Pyropia woolhousiae. Com os resultados obtidos neste trabalho o número de espécies que ocorrem na Baía do Almirantado passa a 57 táxons / Based on morphological studies, the marine macroalgae of Admiralty Bay ( King George Island , Antarctic Peninsula ) are represented by 55 taxa: 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae and 9 Chlorophyta. It was recently proposed the use of DNA barcodes for quick and accurate identification of seaweeds. The 5\' end region of mitochondrial cox1 gene is used to identify brown and red algae, the plastid gene tufA is used in identifying green algae, and the V domain of the 23S rRNA gene - UPA universal plastid amplicon is used to identify photosynthetic organisms in general. The aim of this study was to obtain sequences of DNA barcodes and other phylogenetic markers for the formation of the first molecular database for macroalgae of Admiralty Bay, Antarctica. About 100 specimens of macroalgae were collected at various points of the bay during the OPERANTARs XXV and XXIX , which occurred during December 2006 to June 2007 and December 2010 and January 2011 respectively. In this study, we obtained a total of 209 sequences, covering 29 of the 55 species cited for the site. Of those 157 sequences are DNA barcodes, of which 95 are for the marker sequences of chloroplast UPA, 39 sequences for the mitochondrial markercox1 and 23 sequences for the tufA. The consensus sequences of the DNA barcodes were subjected to distance analysis to determine the genetic groupings.After analyzing the clusters obtained for the DNA barcodes, specimens representing each taxon were selected to the sequencing of phylogenetic markers rbcL, SSU and/or ITS sequences totaling 52 sequences for those markers. In this study, molecular data were obtained for 8 species of Chlorophyta , 9 species of Phaeophyceae and 14 species of Rhodophyta. Among the Chlorophyta species, Prasiola sp. and Protomonostroma rosulatum> (previously cited as P. undulatum), the Phaeophyceae Chordaria linearis and the Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis and Callophyllis sp. (previously cited as Callophyllis atrosanguinea) are new records for the Admiralty Bay. And the species Callophyllis sp. is possibly a new species. Other two species previously mentioned, based on molecular results, Desmarestia chordalis and Pyropia woolhousiae do not occur at the site. With the results obtained in this work the number of species that occur in Admiralty Bay are of 57 taxa.

Em um trabalho anterior, foi avaliada a variabilidade de Sarcocystis spp. isolados de gambás oriundos do estado do Rio Grande do Sul pesquisando sequências gênicas codificadoras de antígenos de superfície (SAGs). Os resultados indicaram haver linhagens de isolados de Sarcocystis (relacionadas geneticamente a S. falcatula) que trocam genes em prováveis processos de recombinação sexual. A proposta deste estudo foi de conhecer as variações gênicas e relações filogenéticas em Sarcocystis spp. isolados de gambás através da análise de loci gênicos de genoma mitocondrial (CytB), de genoma de apicoplasto (ClpC) e das regiões espaçadoras transcritas internas (ITS-1), comparando a diversidade encontrada nestes grupos com a observada em integrantes da sub-familia Toxoplasmatinae. E também de conhecer a diversidade de genes codificadores de SAG-2, SAG-3 e SAG-4. Neste estudo foram obtidos esporocistos de Sarcocystis spp. através de raspado intestinal e fezes provenientes de gambás do gênero Didelphis, oriundos do Estado de São Paulo, Rio Grande do Sul e Rio Grande do Norte. Os marcadores moleculares CytB, ClpC e ITS-1 revelaram uma ampla variabilidade genotípica e alelos inéditos entre os isolados do Brasil. Os resultados levam a crer que é possível a existência de espécies “híbridas” de Sarcocystis no Brasil, com mistura de genes de ambas as espécies. Em relação aos genes codificadores de SAGs, foi encontrada uma diversidade ainda maior do que trabalho similar realizado. Os resultados sugerem uma possível ocorrência de reassortment e recombinação de alelos em sequências SAGs, contribuindo ainda mais para a geração de variabilidade e consequentemente na configuração antigênica do parasito. Estes resultados demonstram que isolados brasileiros possuem uma composição genética diferente do reportado em demais localidade, o que pode ter reflexos importantes no conhecimento da diversidade das espécies de Sarcocystis que infectam gambás em nosso meio e em toda a epidemiologia das infecções produzidas pelos protozoários deste grupo / A great variability in surface antigens genes (SAGs) of Sarcocystis spp. sporocysts was found in a previous study, through the intestinal scraping technique of opossums from the south region of Brazil. The results indicated probable sexual recombination between lineages of Sarcocystis isolates (genetically related to Sarcocystis falcatula). The aim of this research is the study of genetic variability and phylogenetic relationships among Sarcocystis spp. isolates from captured opossums in Brazil, by the analysis of molecular markers less subjected to selective pressure, such as DNA barcode, for this purpose, genetic loci from mitochondrial (CytB) and apicoplast genome (ClpC), and internal transcribed spacer regions (ITS-1) were applied and compare the results with the diversity found within members of the Toxoplasmatinae sub-family. The diversity among the SAG-2, SAG-3 and SAG-4 genes was also studied. The Sarcocystis sporocysts were obtained from opposum’s intestinal scraping and faeces from São Paulo State, Rio Grande do Sul State and Rio Grande do Norte State, Brazil. The molecular markers CytB, ClpC and ITS-1 revealed a vast genotypic variability and novel alleles among the Brazilian isolates. The results indicate possible existence of hybrid species of Sarcocystis in Brazil, with a gene mixture from both species. Regarding the SAG genes, an even greater variability was found than previously reported. The results also suggest the occurrence of reassortment and allele recombination of SAG sequences, contributing even more to the variability and thus in the parasites antigenic configuration. In this study, the results demonstrate that isolates from Brazil have a different genetic composition than reported in other locations, which may have important impacts in the knowledge of the diversity of Sarcocystis species shed by opossums in our environment and in all of the epidemiology of infections of protozoa of this particular group

O gênero Hypnea J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), com cerca de 67 espécies descritas, apresenta ampla distribuição geográfica pelas costas marinhas de águas quentes ao redor do mundo. Algumas espécies de Hypnea são usadas para a produção de carragenanas, hidrocolóides de grande importância na indústria atual. A taxonomia do gênero é bastante problemática e a identificação das espécies é complicada devido a uma morfologia relativamente simples que muitas vezes é influenciada pelas condições do habitat onde se encontram. Apesar das revisões regionais já realizadas, o número certo de espécies e o status de algumas delas permanece em dúvida. Estudos moleculares já foram realizados com o gênero Hypnea principalmente para região da Ásia. A técnica do \"DNA barcoding\" tem sido testada em Rhodophyta com sucesso para identificação rápida de espécies, utilizando a região 5´ do gene mitocondrial da citocromo c oxidase subunidade I, o marcador cox1. Outro marcador recentemente testado como \"DNA barcode\" é o domínio V do gene plastidial 23S, o marcador UPA. Além destes, o marcador plastidial rbcL tem sido utilizado como ferramenta para estudos filogenéticos do gênero Hypnea. No presente trabalho, foram sequenciadas para o marcador cox1, 49 amostras provenientes do no litoral do estado de São Paulo, uma amostra proveniente do estado do Rio de Janeiro e cinco amostras mantidas em cultura provenientes dos litorais dos estados de São Paulo e Espírito Santo. Foram identificados seis grupos taxonômicos diferentes segundo o marcador cox1. Representantes de cada um desses grupos foram sequenciados para os marcadores UPA e rbcL. A divergência interespecífica encontrada entre as amostras sequenciadas neste estudo para o marcador cox1 foi 62 - 100 pb (10,1 - 16,3%); para o marcador UPA foi 9 - 16 pb (2,5-4,4%) e para o marcador rbcL foi 42 - 88 pb (3,2 - 6,7%). As divergências intraespecíficas das amostras obtidas neste estudo foram, 0 - 5 pb (0 - 0,9 %) para o marcador cox1, 0 - 1pb (0 - 0,3%) para o marcador UPA e 0 - 6 pb (0 - 0,5%) para o marcador rbcL. As divergências observadas corroboram a existência de seis entidades taxonômicas diferentes. Após análise da morfologia e comparação com sequências disponíveis no GenBank as espécies do gênero Hypnea foram nomeadas como: H. cervicornis, H.flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp.1 e Hypnea sp.2. Sendo a espécie Hypnea flexicaulis a primeira citação para o Oceano Atlântico. Baseado nos estudos moleculares e morfológicos, concluímos que a espécie H. nigrescens, anteriormente citada para o Estado de São Paulo, é na verdade uma variação morfológica de H. musciformis. Ainda, concluímos que as espécies de H. cervicornis e H. spinella não devem ser colocadas em sinonímia uma vez que suas características morfológicas e as diferenças nas sequências obtidas através dos três marcadores utilizados mostram que são duas espécies distintas / The genus J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), comprises 67 described species, has a wide geographical distribution on the tropical shores around the world. Some species of Hypnea are used for the production of carrageenan, hydrocolloids of great importance in today´s industry. The taxonomy of the genus is very problematic and Hypnea species identification is complicated by a relatively simple morphology that is often influenced by the conditions of the habitat. Although some regional reviews have been carried out, the right number of species and the status of some species remain in doubt. Molecular studies have been carried out mainly dealing with species from Asia. The technique of \"DNA barcoding\" has been successfully tested in Rhodophyta for rapid identification of species using the 5 \'region of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I, the marker cox1. Recently, another marker tested as \"DNA barcode\" is the domain V of the plastidial 23S gene, the marker UPA. In addition, the plastidial marker rbcL has been used as a tool for phylogenetic studies of the genus Hypnea. In this study, were sequenced for the marker cox1, 49 samples from the coast of São Paulo State, a sample from the State of Rio de Janeiro and five samples maintained in culture from the coastal states from the States of São Paulo and Espirito Santo. We identified six different taxonomic groups according to the marker cox1. Representatives of each of these groups were sequenced for the UPA and rbcL markers. The divergence found among the cox1 sequences in this study was from 62 to 100 bp (10.1 - 16.3%), for the UPA marker was from 9 to 16 bp (2.5 to 4.4%), and for the rbcL marker was 42 to 88 bp (3.2 - 6.7%). The intraspecific divergences for the samples sequenced in this study were 0-5 bp (0 -0.9%) for the cox1, 0-1 bp (0 - 0.3%) for the UPA and 0-6 bp (0 - 0.5%) for the rbcL. The observed divergences for the three molecular markers confirm the existence of six different taxonomic entities. After analysis of the morphology and comparison with sequences available in GenBank for the genus Hypnea these taxonomic entities were named as: H. cervicornis, H. flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp. 1 and sp2. As the species Hypnea flexicaulis this is the first citation to the Atlantic Ocean. Based on morphological and molecular studies, we conclude that the species H.nigrescens, quoted earlier for the State of São Paulo, is actually a morphological variation of H. musciformis. Still, we conclude that the species H. cervicornis and H.spinella should not be placed in synonymy since its morphological characteristics and differences in the sequences obtained from the three molecular markers show that they are two distinct species

Face aux difficultés d’identification des arbres de la famille des Lauracées et dans un but d’établissement d’une production durable et certifiée d’huiles essentielles, l’entreprise KLR a voulu mettre en place un nouvel outil d’identification multi-critères qui consiste à croiser plusieurs types de caractères afin d’obtenir une détermination taxonomique fiable.Trois méthodes d’identification ont été utilisées : la chimie (analyse de l’odeur de l’écorce), le code barre génétique et l’anatomie du bois. Une analyse par positionnement multidimensionnel non-métrique a permis de faire un tri des critères anatomiques du bois pertinents dans l’identification des Lauracées étudiées, au final 14 critères ont été retenus. D’après les données anatomiques dont nous disposons, nous proposons une clé de détermination au genre. En génétique, la technique de code barres de la région chloroplastique intergénique trnH-psbA a été appliquée aux individus récoltés. En comparant les séquences de tous les individus, 40% des individus peuvent être identifiés au genre car ils présentent des haplotypes uniques. Des haplotypes au sein des genres ont été déterminés et permettent d’identifier l’espèce pour 40 à 100 % des individus selon le genre. L’analyse SPME de l’odeur des écorces a permis de définir pour chaque espèce une carte d’identité chimique à partir des molécules majoritaires. Des chémotypes ont été définis au sein des espèces Licaria cannella, Ocotea indirectinervia et Sextonia rubra. Ces trois domaines d’observation ont permis de constituer une base de type Xper2 pour l’identification.Un criblage des essences intéressantes de par leur rendement en huile essentielle a été effectué. En ce qui concerne la partie extraction de l’huile essentielle, trois espèces montrent un rendement en huile essentielle de l’écorce supérieur à 0,3% et 5 espèces montrent un rendement en huile essentielle du bois supérieur à 0,3%. Les évaluations olfactives menées par un expert ont permis de séparer les huiles distillées en 5 différentes notes. Nous avons jugé intéressant de savoir si l’outil d’identification multicritère pouvait prédire les compositions et rendements en huile essentielle de l’espèce identifiée avant l’abattage de l’arbre. Des études complémentaires ont donc été menées. Pour plus de la moitié des arbres, la signature de l’écorce, la composition de l’huile essentielle de l’écorce et la composition de l’huile essentielle du bois sont similaires. La tentative d’établir un lien entre les caractéristiques des cellules à huile et le rendement s’est avérée infructueuse. / In order to develop a sustainable production of certified essential oils extracts, the compangy KLR has struggled with the identification of the trees from the family of Lauraceae. This is the main reason that led to the project of creating an identification tool for this family.This tool would be based on three approaches: chemistry (chemical signature of the dark), wood anatomy and genetic barcoding. By means of a non-metric multidimensional scaling analysis, we selected a list of 14 relevant wood anatomical features that can identify the trees to the genera. For the genetics, the barcoding of trnH-psbA an intergenic region of the DNA has been used. When comparing all the sequences from all the individuals, 40% of the individuals can be identified to the genera because of their specific haplotype. Haplotypes within the genera have also been established. Chemical identity cards have been set with the SPME analysis technique and chemotypes have been defined inside the species Licaria cannella, Ocotea indirectinervia and Sextonia rubra. These three identification approaches allowed us to construct an identification tool on Xper².During the study, we aimed to screen what species would be interesting for its essential oil yield. Three species showed an essential oil bark yield above 0.3%. five species showed an essential oil wood yield above 0.3%. An expert held an olfactory evaluation on the oils and divided the essential oils in five olfactory groups. We found it relevant to improve the identification tool by trying to predict the compositions of the oils before the three was cut down. In the case of the half of trees studied by SPME analyses, the composition of the wood and the bark essential oils were similar. On the other hand, no link was found between the oil cells dimensions and the essential oil yield.