An experiment was performed in four artificial stream channels during summer and autumn to investigate the effects of biotic and abiotic factors on habitat choice of juvenile Atlantic salmon (Salmo salar). To investigate factors determining habitat choice, the stream channels had sloped river beds creating two distinct habitats (shallow and deep). The main factor, large Atlantic salmon present (large present), was the most important factor affecting juvenile habitat choice during summer time experiments. During autumn experiments, the two main factors large Atlantic salmon present and time of day (exclusive for autumn experiments), were important factors affecting habitat choice. The highly significant effect on juvenile habitat choice of having a large Atlantic salmon present identifies inter-cohort competition and/or risk of predation as important factors affecting habitat choice in juveniles. This, in turn, could have direct or indirect effects on juvenile survival and growth. The differences between proportions of fish in the deep between night and day highlights a diel change in habitat use by juveniles.

I denne masteroppgaven har det blitt utviklet primerpar for 17 humane PLA2-isotyper. Ved hjelp av primerene har vi påvist uttrykk av 17 PLA2-isotyper i HaCaT-keratinocytter, hvorav 11 av disse representerer førstegangspåvisninger i HaCaT. Funnene representerer økt kunnskap om PLA2-familien og viser at HaCaT uttrykker et mangfold av PLA2-isotyper. Primerene ble også benyttet til å kartlegge PLA2-uttrykk gjennom keratinocytters differensiering. Resultatene viser at 13 av 17 isotyper uttrykkes gjennom hele differensieringsprosessen, som indikerer at PLA2-enzymer spiller sentrale roller i lipidmetabolisme i human epidermis. PLA2G2A viste, som den eneste av de studerte isotypene, sterk oppregulering under differensieringen, som vitner om at enzymet kan spille en viktig rolle i de øvre strata i epidermis.Sammendrag Under utviklingen av primerparene ble human postnatal placenta tatt i bruk som antatt positiv kontroll for uttrykk av samtlige PLA2-isotyper. 8 av 17 primerpar detekterte mRNA i placenta, hvorav PLA2 gruppe 2D, 4C, 4D og 10 representerer førstegangspåvisninger i human placenta. Sammendrag Primerene utgjør et verktøy som gjør det mulig å kartlegge PLA2-uttrykk i alle humane celler og vev. Da diverse PLA2-isotyper har blitt vist å spille en sentral rolle i inflammasjonssykdommer ved å katalysere hydrolysen av arakidonsyre fra glyserofosfolipider, vil det være intressant å kartlegge PLA2-uttrykk i friskt vev versus betent vev. Primerene vil legge grunnlaget for økt forståelse av de mange PLA2-enzymenes funksjoner i inflammasjonssammenheng, og potensielt legge grunnlag for utvikling av målrettede medisiner mot kronisk inflammatoriske sykdommer.

IDL6 and IDL7 are postulated peptides of the INFLORESCENCE DEFICIENT IN ABSCISSION (IDA) peptide family in the model organism Arabidopsis thaliana. The genes encoding the postulated peptides, IDL6 and IDL7, were investigated to potentially elucidate the function of the peptides and the possible relations to plant defense and stress tolerance in A. thaliana. A phenotypic characterization study of single and double knockout mutant lines, and over-expression lines of IDL6 and IDL7 was conducted to potentially find a phenotype linked to the genes by analyzing deviations in growth and development, compared to wild type (Wt) A. thaliana. Over-expression lines showed a tendency to have a higher amount of individuals reaching defined growth stages in seedling development, but this could not be concluded to be a phenotype linked to IDL6 or IDL7.The genes have been shown to be highly up-regulated in response to several different stress treatments, both abiotic and biotic in silico data. Several different transgenic lines of A. thaliana were subjected to different types of stress treatments to potentially verify the in silico data. Knockout lines, double knockout lines, over-expression lines and promoter:GUS lines of IDL6 and IDL7 were treated with abiotic stress factors (NaCl, mannitol, UV-B light, H2O2 and paraquat) and biotic stress factors (aphids, Pseudomonas syringae and flagellin22) to investigate differences in tolerance, gene expression and promoter activity in the respective transgenic lines and Wt A. thaliana.No absolute phenotype was detected in experiments related to stress tolerance, and great variations in promoter activity using promoter:GUS lines were observed. However, double knockout mutants of idl6 and idl7 showed a small trend to tolerate NaCl better than Wt A. thaliana and other transgenic lines. The great variation in GUS expression from GUS assay lead to a thorough screening and expression analyses of promoter:GUS lines. Results presented in this work, indicate that expression of the IDL6 and IDL7 genes may be subjected to extensive post transcriptional regulation through mRNA degradation, possibly governed by stress related environmental signals. A novel member of the IDA peptide family, IDL8, was also analyzed. Segregation analyses of knock out lines were conducted and they were genotyped to verify that mutant lines of idl8 were real knockouts. Results presented here show that one of the idl8 mutant lines had the T-DNA inserted to the promoter region of the gene and is postulated to be a real knockout. However, further expression analyses should be conducted to verify that the gene is not transcribed. Over-expression lines of IDL8 were successfully constructed through recombinant DNA technology and by T-DNA insertion using Agrobacterium tumefaciens.

Many of Europe’s day-living butterflies have shown decreasing populations during the last decades and many species are threatened. Many butterflies are dependent on managed semi-natural grasslands because of their richness in nectar sources and host plants for the butterfly larva. Swedish pastures are mostly managed through grazing. The number of cattle in Sweden have been decreasing while the number of sheep in the country increased by 30%. I examined if there was any differences in the butterfly and herb species diversity between pastures grazed by cattle or sheep. During the fieldwork, ten structurally similar pastures in the vicinity of Linköping, Östergötland were studied. Grazing by cattle was favourable both for butterfly and herb species with respect to species richness. Larger amounts of grass biomass and ground coverage by grass were in this study linked to sheep grazing. There have earlier been proposed that sheep graze more selective on herbs in favour of grass, with decreasing amounts of herbs and increasing amounts of grass in sheep grazed pastures, as a result. This theory is confirmed in this paper. The hypothesis that lower amounts of herbs give lower supply of larval host plants, which result in declining populations of day-living butterflies was strengthened by this study.

This thesis describes the cytochrome p450 superfamily in the pennate diatom Seminavis robusta. This diatom has a benthic way of life and can adhere to surfaces, and is a new candidate model organism representing the pennate diatoms. The genome of S. robusta is currently being sequenced and is characterized. This revealed that the genome of S. robusta contains 68 genes encoding CYPs, an unusually high number compared to other related organisms. Several unique families and subfamilies were discovered, but also known families from both plants and animals. This reflects the diversity of factors that may have contributed to the evolution of these genes in diatoms, and possibly how a benthic lifestyle may drive this process.Both bioinformatical tools and transcriptional analysis have been used to characterize and explore this superfamily. An experimental study was performed by cultivating S. robusta at different conditions, including normal temperature and light, lower temperature and a day/night cycle. This confirmed some of the CYPs’ involvement in light-/dark-responses, as well as some responses that seemed coupled to temperature.As part of the study, a comparison was made between two software programs used for analyzing gene expression data. This concluded that replacing the software currently used with a new software program with more possibilities will be beneficial for ensuring a higher quality assurance when publishing RT-qPCR data, as well as one step closer publishing according to the MIQE-guidelines.

Fem gymnasieklasser på praktiska program i årskurs två och tre på gymnasiet fick svara på en enkät om fotosyntesen. Undersökningen genomfördes inom kursen Naturkunskap A. Antal elever som deltog i undersökningen var 78 st. Jag genomförde även en lektion kring fotosyntesen i två av klasserna. Dessa två klasser deltog även i en efterstudie. Frågeställningar för studien var: Vad kan elever om fotosyntesen inför kursen Naturkunskap A på gymnasiet? Vad har eleverna lärt sig efter avslutat arbetsområde där fotosyntesen ingår? Skiljer sig de praktiska gymnasieelevernas förkunskaper på den undersökta skolan kring fotosyntesen från teknikprogrammets elever på samma skola? Enkätresultatet visar att eleverna har svårt för begreppet fotosyntes och kan inte identifiera var i växten fotosyntesen sker. Dock är det många som anger att fotosyntes sker i björklöv. I övrigt anger i stort sett lika många de felaktiga alternativen som de rätta. Eleverna förstår inte att luften är inblandad i viktökningen hos en växt. Eleverna visar progression vad gäller identifikation över var fotosyntesen sker och i nästan alla övriga av enkätens frågor.  Denna progression saknas vad gäller vilka ämnen som bygger upp en växt. Eleverna kan inte identifiera koldioxidens roll för viktökningen. Vid en jämförelse med teknikprogrammets elever, Åberg (2002), visar eleverna på de praktiska programmen svagare resultat. Dock följer resultaten samma mönster vad gäller svarsalternativen.

Den svenska hagmarken och dess biologiska mångfald är hotade, men det finns en vilja från samhället att bevara det biologiskt och pedagogiskt viktiga utrymme som hagmarkerna utgör. Det finns dessutom behov av mer ekologiska och ekonomiska metoder att förvalta stadsnära natur. Betande djur i stadsnära grönområden används i flera kommuner som en del av lösningen på dessa problem, och detta examensarbete undersöker hur betande djur påverkar ett områdes biologi, och hur betande djur fungerar som en del av skötseln av stadsnära natur. Den metod som använts är litteraturstudier. Som ett komplement har fyra intervjuer gjorts med ansvariga personer på förvaltningar som arbetar med betande djur. Resultatet visar att en grönyta påverkas på många sätt av bete: Floran och faunan förändras och blir artrikare, beroende på störningar i form av bland annat det tramp som marken utsätts för vid bete. Förvaltningarna använder betande djur framför allt för att bevara den biologiska mångfalden och det öppna kulturlandskapet, men även som ett pedagogiskt, miljömässigt försvarbart och attraktivt inslag i de stadsnära grönområdena. De tillfrågade förvaltningarna upplever att skötsel av stadsnära natur med hjälp av betande djur i huvudsak har fungerat bra, och att det bidragit till att de betade områdena har erhållit ökade biologiska och kulturella värden. Det behövs dock ytterligare inventeringar för att säkert kunna visa hur en restaurerad betesmarks flora och fauna förändras vid ett återinfört bete. Betande djur bedöms kunna användas i större utsträckning som en realistisk och ekologisk del av förvaltning av stadsnära natur, förutsatt att djurens säkerhet kan upprätthållas.

No description available.

Utvecklingen av algblomningar i Östersjön har blivit mer diskuterat i media under senare år. Eftersom algblomningar ofta infaller samtidigt som turistsäsongen så har områden som är beroende av turistnäringen drabbats hårt. Under sommaren 2005 inträffade massiva giftiga algblomningar i Östersjön, och detta påverkade turismen på Öland negativt ur ekonomisk synpunkt. Mänsklig påverkan är ansedd vara huvudorsaken bakom den ökade förekomsten av algblomningar i Östersjön. Målet med detta projekt är att undersöka hur förekomsten av algblomningar påverkar turismen på Öland. Genom att ha samlat in vattenprover vid tre olika platser på Öland under sommaren 2007, har parametrar så som näringsstatus, temperatur, salthalt, phytoplankton sammansättning och klorofyll-a undersökts. Mängden nederbörd har observerats via data från SMHI. Detta har gjorts för att kunna studera eventuella samband mellan näringsstatus vid kusterna och möjlig avrinning från land. Två enkäter har skickats ut till samtliga camping ägare på Öland, i ett försök att se hur algblomningar har påverkat turismen under åren 2005, 2006 samt 2007. En enkät utdelades också under sommaren 2006, men denna var riktad till turisterna som besökte campingar på Öland. Ett av de slutliga målen var att undersöka hur förekomsten av algblomningar och miljöfaktorer, så som temperatur, salthalt, nederbörd och näringsämnen är sammankopplade. Provtagningsplatserna skiljde sig åt när det gällde till vilken grad de påverkats av algblomningar. Den nordvästra kusten, Köpingsvik, har nästan aldrig exponerats för algblomningar, medan den östra kusten, Gärdslösa, oftast har det. Den sydvästra kusten , Mörbylånga, har varit drabbad under vissa år. Detta material har sedan jämförts med material insamlat från 2006.  Resultatet från 2007 visar på högre koncentrationer av näringsämnen och klorofyll-a jämfört med data från 2006. Resultatet från 2007 visar på högre koncentrationer av näringsämnen och klorofyll-a jämfört med data från 2006. Turismen under 2006 och 2007 visade inte ha varit negativt påverkat av algblomningar. Turismen under 2005 visade sig däremot ha varit negativt påverkat av algblomningar. Cyanobakterier förekom i lågt antal under 2006 och 2007, men andra alggrupper blommade under våren och sommaren, speciellt en grupp av sötvatten dinoflagellat kallad Peridiniopsis polonicum. Denna art förekomi höga antal i både Gärdslösa och Mörbylånga, under slutet av juli och i augusti. .

Three different laboratory studies have been carried out in order to elucidate the interactions between two predators and their prey in the Fucus vesiculosus community. The first study investigated the behavioural response of Gammarus oceanicus, Idotea baltica and Palaemon adspersus in the chemicai presence of their predators Gadus morhua and Perca fluviatilis. A lowering of night activity among the crustaceans was expected. The second study was carried out in 1 m3 mesocosm-tanks were the predators had the opportunity to actively prey on both I. baltica and G. oceanicus among live F. vesiculosus plants. This experiment lasted före one week and the decrease of the crustaceans during this period was noted as result. In the third study was the predators ability to forage in complete darkness investigated. This was carried out in the same mesocosm tanks but without Fucus and for 5 hours. None of the crustacean species decreased their night activity as response to the smell of the predators. This may indicate that chemically mediateda signals are of less importance in the Fucus community due to high turbulence and swift waterexchange in this splashzone habitat.  Cod consumer more of both G. oceanicus and  I. baltica than perch in the two different foraging-studies. In these conditions the cod was the most efficient predator. The decreased stocks of cod was the most efficient predator. The decreased socks of cod in the Baltic Sea may have reduced the top-down control in the foodweb of the fucus community.