Orientador: Benedito de Oliveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-17T15:18:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Novello_JoseCamillo_M.pdf: 2523038 bytes, checksum: 89617109190ae943c0206453619e00a1 (MD5) Previous issue date: 1987 / Resumo: De soro de Tayassu tajacu imunizado com gama globulina Bovina (BGG) foram isoladas duas populações de imunoglobulinas IgGl e IgG2. Seu grau de pureza foi avaliado através de imunoeletroforese em agar e eletroforese em gel de poliacrilamida na presença de SUS. A composição global de aminoácidos das proteínas IgGl e IgG2 mostrou: a) presença de 39 meia cistinas para ambas moléculas b) o número total de resíduos (excluindo o triptofano) igual a 1314 para IgGl e 1308 para IgG2. c) um padrão de resíduos compatível com as IgG. Os resultados do número de resíduos de meia cistinas sugerem um número de cinco meia cistinas na região da dobradiça. O pentapeptídeo PTl de seqüência de aminoácidos Asp ¿ Glu ¿ Cys ¿ Gln - Ala isolado do digesto péptico-tríptico da proteína IgG2 típica quimicamente a proteína IgG2 como uma proteína do isso tipo Kappa / Abstract: Not informed. / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador : Aldo Focesi Junior / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-18T02:57:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vercesi_AnibalEugenio_D.pdf: 4984523 bytes, checksum: ab5255935ee4d7e8cd15495c2185982e (MD5) Previous issue date: 1974 / Resumo: O mecanismo do efeito glicogenolítico do dinitroferol foi estudado em músculo esquelético e em corações, onde este efeito pareceu bem evidente. As hipóteses do efeito indireto da droga através de seus produtos de redução no fígado ou através do aumento na produção de catecolaminas nos animais, foram afastadas. Os dados experimentais que indicaram aumento do conteúdo de fosforilase a através da maior atividade da fosforilase b quinase, bem como os níveis de denosina trifosfato e Glicose-6-fosfato, diminuídos nos primeiros minutos da ação da droga, proporcionaram uma explicação para o seu efeito nestas condições iniciais. Assim, o efeito do Dinitroferol sobre a Adenosina trifosfatase condicionava os baixos níveis de Adenosina trifosfato, que por sua vez promoviam aumento da atividade da fosfofrutoquinase e conseqüentemente baixos níveis de Glicose-6-fosfato na célula. Nestas condições a fosforilase b quinase tinha sua ação (Glicose-6-fosfato é inibidor da enzima), e os níveis de fosforilase a foram encontrados elevados. Após certo tempo de ação da droga, os níveis de Glicose-6-fosfato voltam ao normal enquanto que os níveis desta última enzima continuam aumentados. Neste caso parece, a exemplo de outros desacopladores da fosforilação oxidativa, que o Dinitroferol condiciona acúmulo de íons 'CA POT. ++' em compartimentos celulares, onde a fosforilase b quinase está preferencialmente alojada, proporcionando aumento de sua atividade... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract; Not informed. / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas

Orientadora: Nilce Correa Meirelles / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-19T21:25:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ruggiero_AnaCelia_D.pdf: 6199676 bytes, checksum: 20bba7dd93112a5acba08103de6094c0 (MD5) Previous issue date: 1994 / Resumo: As drogas fenotiazínicas são amplamente utilizadas clinicamente como neuroléticos e antipsicóticos. A interação dessas drogas com a membrana eritrocitária induz a mudanças na forma bem como na permeabilidade do eritrócito. A atividade biológica dos fenotiazínicos pode perturbar a estrutura da membrana por ligação direta com os lipídios ou pela interação com as proteínas, perturbando a interação lipídio-proteína. Nesse trabalho estudamos o efeito de duas drogas de efeitos clínicos diversos e de estruturas químicas diferenciados, a trifluoperazina, um derivado fenotiazínico e a papaverina, um vaso dilatador inespecífico (Goodman & Gilman, 1975), sobre os eritrócitos. Através de medidas supressão de fluorescência, dos resíduos de triptofano das proteínas da membrana eritrocitária, em suspensões de ghosts, causada pela sonda de membranas ANS, observamos que a trifluoperazina interage com as proteínas da membrana eritrocitária. Nessa interação ocorre um rearranjo na membrana, expondo os resíduos de triptofano das proteínas da membrana, ao meio mais hidrofílico alterando de alguma forma a interação lipídio-proteína. Além disso, através de medidas de Ressonância Paramagnética Eletrônica com marcadores de spin derivados do ácido esteárico verificamos um aumento na fluidez da membrana, pela ação da trifluoperazina. Em condições semelhantes, a papaverina, apresentou efeitos discretos sobre a fluidez da membrana, não sendo possível assinalar alterações na ordem ou mobilidade da membrana eritrocitária. Em ghosts isolados de eritrócitos depletados de ATP ou em suspensões de células íntegras depletadas também foram detectadas alterações, na fluidez da membrana, sendo que essas modificações não parecem estar relacionadas a regiões específicas da membrana eritrocitária. Numa segunda abordagem, avaliamos o efeito da TFP sobre a oxidação da hemoglobina provocada por peróxido de hidrogênio. Nos processos oxidativos a que a Hb foi submetida pelo peróxido de hidrogênio obtivemos um efeito protetor da TFP. Esse efeito é mais evidente para a hemoglobina oxigenada (oxiHb). A TFP se liga à oxiHb, protegendo a proteína da ação do peróxido de hidrogênio, antes da formação de qualquer intermediário, sendo que somente 10% da quantidade relativa inicial da Hb é transformada nas espécies oxidadas: meta e ferrilHb / Abstract: Phenothiazines drugs are mainly used as neuroleptics and antihistamines. These drugs disturb biological membranes, modifying the form and permeability of the membranes. Biologically active phenothiazines may perturb membrane lipid structure through two possible mechanisms, a direct interaction of the drug with membrane proteins, reflected in the lipid bilayer, and a perturbation of lipid structure that leads to perturbation of proteins via lipidprotein interactions. In this work we studied the effect of two drugs with different clinical and chemical structure: trifluoperazine (TFP) a phenothiazine derivative, and papaverine, an inespecific vasodilator (Goodman & Gilman, 1975), upon erythrocytes. Measurements of the quenching of tryptofan residues of the proteins of the erythrocyte membrane, by ANS, a membrane probe, proved that TFP interactes with membrane proteins of the erythrocytes membrane. In this interaction, a change in the protein were tridimensional arranjement exposes the tryptophan residues to a more hydrofilic region, and caused changes on the lipid-protein interaction of the erythrocyte membrane. Also the membrane fluidity in increase, as demonstrated by spin labeliing, Eletron Paramagnetic Ressonace experiments. At the same conditions papaverine was demonstrated, papaverine demonstrated a slight effect, that can not be assigned to a change in the membrane tluidity. In the ghosts depletead from A TP or in suspensions ot erythrocytes (also submited to the ATP depletion) we found alterations in the membrane fluidity. This changes seens to be different, dependig on the membrane regions, as seeen by EPR experiments. Hemoglobin, treated with TFP, and submited to the action ot hydrogen peroxide, showed a protective effect of this phenothiazine drug on its oxidation, this effect being more pronounced for oxigenated Hb (oxiHb). TFP interacts with Hb and protect the protein from the peroxide action, before the formation of any intermediary species. Only 10% of the Hb was transformed in the oxidated species: meta and ferril Hb / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas

Orientador: Nilce Correa Meirelles / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-20T00:10:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Malheiros_SoniaValeriaPinheiro_M.pdf: 2861416 bytes, checksum: de7c425fc1049e8d786b3ab7fff79dfd (MD5) Previous issue date: 1995 / Resumo: As drogas fenotiazínicas são amplamente utilizadas como neurolépticos e antipsicóticos. A trifluoperazina (TFP), um derivado fenotiazínico, dependendo da concentração, pode induzir hemólise ou proteger eritrócitos da lise em condição isosmótica. Nesse trabalho verificamos a interferência do sistema microssomal hepático (SMH), que é o principal responsável pela biotransformação de drogas nos organismos vivos, no efeito hemolítico causado pela TFP. O efeito hemolítico da TFP é abolido em presença de microssomas de fígado de rato (SMH), o que se deve em parte à biotransformação dirigida pelas enzimas P-450 microssomais e em parte à partição da droga na membrana microssomal, diminuindo a concentração livre da droga. Foi detectado um sobrenadante pós-microssomal (SPM) que mantinha a mesma característica de proteção hemolítica apresentada pelo SMH. Para essa fração solúvel (SPM) de composição proteica 48% e ribonucleica 24 % foi feita uma caracterização bioquímica, constituída basicamente de: determinação do pH, condutividade, caracterização dos espectros de absorção óptica e de ressonância magnética nuclear de prótons (lH-RMN), além da análise cromatográfica por HPLC e determinação da massa molecular aparente por eletroforese. Para todas as nove frações de SPM obtidas na separação cromatográfica, cujos pesos moleculares aparentes variam de 12 a 160 kDa, foi observada proteção tanto contra hemólise induzi da pela TFP quanto contra a hemólise mecânica / Abstract: Phenothiazine drugs are mainly used as neuroleptics and antipsychotic agents. Trifluoperazine (TFP), a phenothiazine derivative, produces either hemolysis or protection of erythrocytes under isosmotic conditions in a dose-dependent manner. In these work we verify the interference of mouse liver microsomes (MLM), which are the main responsible for drug biotransformation in organisms, in the hemolytic effect caused by TFP. The hemolytic effect induced by TFP is abolished in the presence of MLM which is due, in part, to microsomal cytochrome P-450 driven biotransformation and a TFP partition into the microsomal membrane that decreases the free concentration of the drug. A post microsomal supematant (PMS) composed of proteins (48 %) and ribonucleic acid (24 %) has been found to exhibit the same protection against hemolysis as MLM. In this work, we showed the PMS biochemical characterization that consisted of: pH and conductivity determination, optical and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, besides cromatographyc and electrophoretic analysis. The nine fractions obtained from PMS by cromatographic separation, which molecular weight was between 12 and 160 kDa, protected erythrocytes against mechanical and TFP induced hemolysis / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Ciências Biológicas

A pesar de que la fuente tradicional de enzimas coagulantes de la leche para la fabricación de quesos ha sido el estómago de mamíferos lactantes, motivos económicos, nutricionales, culturales, religiosos y/o de disponibilidad de estómagos han hecho necesaria la búsqueda de sustitutos de origen vegetal, fúngico y bacteriano para la elaboración de quesos. Respecto a las enzimas de origen vegetal, sólo un reducido número de peptidasas han sido aisladas, caracterizadas y purificadas a partir de las plantas superiores. En este sentido es necesario destacar que sólo el uno por mil de las especies conocidas se han analizado con respecto a su contenido y perfil de peptidasas. En plantas que crecen en nuestro país se han aislado y caracterizado peptidasas serínicas y cisteínicas en algunas especies de Asclepiadaceae, Bromeliaceae y Moraceae. En cuanto a las peptidasas aspárticas, sólo se ha estudiado una enzima producida por discos de papa sometidos a estrés abiótico, no existiendo otros antecedentes de estudios sobre fitoproteasas aspárticas y ninguno sobre enzimas de plantas que coagulen la leche. En este trabajo de tesis se propone estudiar las peptidasas que poseen acción coagulante de la leche y que se encuentran presentes en Cynara scolymus L. ( alcaucil , alcachofa ), tanto en la planta cultivada a campo como en cultivos in vitro. Para lograr este objetivo general se plantearon los siguientes objetivos parciales: Estudiar la actividad proteinolítica y coagulante de la leche de los extractos crudos de las diferentes partes del alcaucil. Caracterizar la preparación enzimática cruda que presente las mejores condiciones caseinolíticas, de acuerdo a los resultados del ítem anterior. Purificar dicho extracto crudo y caracterizar las fracciones purificadas. Inducir la expresión in vitro de peptidasas coagulantes de la leche de Cynara scolymus L. mediante el agregado de diferentes reguladores de crecimiento. Realizar estudios comparativos entre las peptidasas coagulantes de la leche obtenidas de las plantas crecidas a campo y de las provenientes de cultivos in vitro. Elaborar y evaluar quesos con las enzimas estudiadas.

Orientadores: Bayardo Baptista Torres, Eduardo Galembeck / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-28T21:31:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Yokaichiya_DanielaKiyoko_M.pdf: 18485238 bytes, checksum: b7408e4f9bac302d5d9d8676cdd19cf2 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: Através de um programa de formação pedagógica para pós-graduandos, o grupo de Ensino de Bioquímica da Universidade Estadual de Campinas - Unicamp e da Universidade de São Paulo - USP vem promovendo o desenvolvimento de novas disciplinas especiais de bioquímica. Uma delas foi a Bioquímica da Nutrição inteiramente planejada e aplicada por pós-graduandos para alunos de graduação. A impossibilidade de atender o grande número de inscritos para a Bioquímica da Nutrição e seus excelentes resultados de avaliação foram fatores que estimularam a iniciativa de adaptar a referida disciplina para o ensino a distância. Os objetivos da disciplina, o seu conteúdo e as formas de avaliação foram completamente reestruturados de modo que pudessem ser veiculados pela Internet. A versão virtual da disciplina foi oferecida para 25 alunos da graduação durante quatro meses. Para ser totalmente veiculada pela Internet, foi criada uma "homepage" contendo as diferentes seções necessárias para a comunicação/interação dos participantes. As ferramentas computacionais usadas foram: e-mail, para comunicação entre alunos e professores; salas de discussão para abordagem de temas prédeterminados; possibilidades de "download" de textos e softwares educacionais usados como principal referência para as atividades; dicas e apoio técnico sempre disponfveis aos alunos. A versão virtual da disciplina também contou com a participação de alunos de pós-graduação do Departamento de Bioquímica da Unicamp como monitores. A avaliação da disciplina, feita por alunos e monitores, mostra que experiência da disciplina virtual foi proveitosa para ambos. Através desta experiência, foi possível conhecer as ferramentas necessárias para a construção de uma disciplina a distância, as estratégias possíveis de interação a distância para tornar o ensino interessante e gerar bons resultados e o potencial de expansão de disciplinas especiais de bioquímica para um público mais amplo e mais diversificado, possibilitando abordagem, atualização e disseminação dos novos conhecimentos de Bioquímica / Abstract: As a part of a pedagogic program for graduate students, the Biochemistry Teaching Group - gathering teachers and students from the Biochemistry Departments of the State University of Campinas (Unicamp) and University of São Paulo (USP) leads the creation of new special biochemistry disciplines, designed for undergraduate students and entirely planed and taught by graduate students. One of them was Nutrítional Biochemistry. The impossibility of accepting the great number of students registered for Nutritional Biochemistry and its excellent evaluation arouse the aim for its adaptation to Distance Education (DE). The discipline's objectives, contents and evaluation forms were completely restructured to fit the Internet resources. The Internet version of this discipline was structured for 25 student and the classes were scheduled to be completed in four months. A homepage containing ali different sections necessary. to mediate communication/interaction among the participants was created. The computational tools used were: e-mail communication between students and teachers, computer conferencing in small groups willing the discussion of pre-defined subjects, texts and software download to be used as main references. The participation of graduate students from Unicamp's Biochemistry Department as teachers was maintained in the Internet version since the integration between graduate and undergraduate students was considered a productive experience for both parts. The planning and application of Nutritional Biochemistry provided the knowledge of different tools to be used in a DE discipline. The interaction strategies motivated and stimulated the student's interest. The excellent results obtained with this experience established the basis for a potential expansion of Biochemistry disciplines designed for a wider and more diversified publico This should impreve the update and dissemination of information on Biochemistry / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

Magíster en Bioquímica, Área de especialización: Toxicología y Diagnóstico Molecular / El consumo de drogas de síntesis ha ido en aumento, estos nuevos derivados sintéticos son análogos estructurales de la feniletilamina N-sustituidos, este grupo ha provocado severos casos de intoxicación e incluso probablemente la muerte de varios usuarios. En Chile estas drogas se presentarían principalmente como tres derivados conocidos como 25-I-NBOMe, 25-C-NBOMe y 25-B-NBOMe, y ya han desplazado al LSD como el principal alucinógeno consumido y sin conocerse todavía la concentración de sustancias activas presentes en cada dosis. En este trabajo se desarrollan dos metodologías analíticas para la determinación de compuestos NBOMes en estampillas incautadas en Chile; estas son cromatografía planar instrumental HPTLC y cromatografía de gases con detector de masas GC/MS como técnicas alternativas de fácil manejo y costo. Estas metodologías demostraron ser robustas y confiables para el propósito previsto y una vez validado los métodos se analizaron muestras reales de estampillas, donde más del 90% del total corresponde a 25-C-NBOMe, en un rango de la concentración muy amplio. Posteriormente se implementó y validó una metodología para la detección del principal componente encontrado en estampillas (25-C-NBOMe) pero para la matriz orina como diagnóstico de intoxicación aguda. Según nuestro conocimiento, este es el primer reporte acerca de la composición química de las estampillas de derivados NBOMes empleando las técnicas desarrolladas en este trabajo / The consumption of synthetic drugs has increased, these new synthetic derivatives are structural analogs of N-substituted phenylethylamine, and this group has caused severe cases of poisoning and even death probably in several users. In Chile these drugs are mainly represented as three derivatives known as 25-I- NBOMe, 25-C-NBOMe and 25-B-NBOMe, and have displaced the LSD as the main hallucinogen consumed without know the concentration of active substances in each dose yet. In these work two analytical methodologies for the determination of NBOMes compounds in seized blotters in Chile are developed; these techniques are instrumental planar chromatography HPTLC and gas chromatography with mass detector GC / MS as alternatives with easy handling and cost. These methods proved to be robust and reliable for the intended purpose and once the implemented methods were validated, we analyzed real samples of blotters, where more than 90% of the total was identified as 25-C-NBOMe in a wide range of concentration. Subsequently we implemented and validated a methodology for the detection of the main component found in blotters (25-C-NBOMe) but for analysis of urine as diagnosis of acute poisoning. To the best of our knowledge, this is the first report about chemical composition of blotters with NBOMe derivatives using the techniques developed in this work

TGFβ produce numerosas respuestas en células eucarióticas. Los principales mediadores de la señalización de TGFβ son las Smad. Proteínas accesorias que interaccionen con las Smads pueden ser responsables de parte de las respuestas de TGFβ. En una búsqueda de nuevas proteínas que interaccionan con Smad2, utilizando el Sistema Doble Híbrido Cyto-Trap, hemos hallado 110 proteínas diferentes. Entre ellas, encontramos Sirt1, una desacetilasa de histonas de tipo III dependiente de NAD+. Hemos realizado un estudio del papel del Sirt1 en la señalización de TGFβ. Hemos mostrado la interacción Smad2/Sirt1 in vivo e in vitro. Hemos realizado un amplio estudio molecular y funcional de la interacción Smad2/Sirt1. Determinamos que Sirt1 no desacetila a Smad2, pero está involucrada en la regulación dependiente de TGFβ de cierto grupo de genes. Finalmente, asociamos el papel de Sirt1 en la regulación de la transcripción por TGFβ a genes específicos que quedan agrupados en funciones celulares concretas. / TGFβ is able to generate a numerous responses in eukaryotic cells. The main mediators in TGFβ signalling are the Smad proteins. Accessory Smad interacting proteins could be responsible for a fraction of the TGFβ-dependent responses. In a search for new Smad2 interacting proteins by using the Cyto Trap Two Hybrid System, we have found 110 different proteins. Among them, we found Sirt1, a type III histone deacetylase dependent on NAD+. We have studied the role of Sirt1 in TGFβ signalling. We have showed that Smad2 and Sirt1 interact both in vivo and in vitro. We did a deep molecular and functional study of the Smad2/Sirt1 interaction. We have shown that Sirt1 does not deacetylase Smad2 but it is involved in TGFβ-dependent transcription of certain set of genes. Finally, we have linked Sirt1 role to TGFβ dependent regulation of genes associated to specific cell processe

This thesis is composed of two parts:We have used different computer simulation techniques to investigate the impact of different chemical modifications on the conformational preferences of proline and to examine the application of conformationally constrained proline analogues in Nanobiology.Specifically, the first part shows the conformational study of proline derivatives that were obtained by introducing one or more double bonds in the pyrrolidine ring, by replacing the α-hydrogen atom by an alkyl group or by incorporating a polar substituent at the β- or γ-position of the pyrrolidine ring. These conformational investigations were performed using Quantum Mechanical calculations at the DFT (Density Functional Theory) levels. Furthermore, the influence of the solvent on the preferences of the different proline derivatives was examined using the Polarizable Continuum Model (PCM).The second part of the work consists on the design of a constrained proline derive able to protect a tumor-homing peptide from the attack of proteases but retaining, or even enhancing, its intrinsic biological activity. For this purpose, the bioactive conformation of the tumor-homing peptide was determined and characterized using a computational strategy based on the combination of Simulated Annealing combined with Molecular Dynamics. After this, the designed proline was derivative was introduced in the biological peptide using a targeted replacement strategy. The efficiency of the synthetic derivative was examined in silico using classical force-field simulations. / La presente Tesis consta de dos partes:Se han empleado distintas técnicas de simulación computacional para investigar el efecto de diferentes modificaciones químicas en las preferencias conformacionales de las prolina, así como para examinar la aplicación de análogos de prolina conformacionalmente restringidos en Nanobiología.Concretamente, la primera parte presenta el estudio conformacional de los derivados de la prolina que se obtienen al introducir uno o más enlaces dobles en el anillo de pirrolidona, al substituir el hidrógeno α por un grupo alquilo o al incorporar un grupo polar en la posición β ó γ del anillo de pirrolidona. Estos estudios conformacionales se desarrollaron mediante métodos mecano-cuánticos basados en la Teoría del Funcional de la Densidad (DFT). Además, el efecto del disolvente en las preferencias de los diferentes derivados de prolina se investigo empleado el método PCM (Polarizable Continuum Model).La segunda parte del trabajo consistió en el diseño de un análogo de prolina capaz de proteger un péptido que actúa como marcador tumoral del ataque de las proteasas a la vez que retiene, o incluso mejora, su actividad biológica. Para conseguir esto, inicialmente se determinó y caracterizó la conformación bioactiva del péptido empleando una estrategia computacional basada en la combinación de templado simulado y Dinámica Molecular. A continuación el derivado de prolina diseñado se incorporó en una posición específica del péptido y la eficiencia del sistema resultante fue estudiada in silico usando simulaciones basadas en potenciales clásicos.

Información extraída del <a href=" http://www.cindefi.org.ar/?page_id=66&language=es">sitio web del CINDEFI</a>