Este trabalho apresenta os resultados obtidos na comparação - através da contabilidade em emergia, em termoeconomia e em análise econômico financeira - de sistemas energéticos agropecuários. O objetivo deste estudo é o de reunir em um único trabalho três métricas distintas de atribuição de custos, considerando suas limitações e seus indicadores. Comparam-se três configurações: o primeiro utiliza um sistema de geração de energia instalado em uma usina autônoma no Estado de São Paulo; o segundo um motorgerador alimentado com biogás produzido em um biodigestor de dejetos bovinos, integrado à usina, e o terceiro sistema um motorgerador alimentado com biogás produzido em um biodigestor de dejetos suínos que, para efeito do estudo também é integrado aos sistemas anteriores. Realiza-se a análise em emergia, termoeconomia e economia financeira, comparando-se as configurações com a finalidade de possibilitar uma visão multimétrica sobre as interações. Verifica-se que ao integrarmos os biossistemas, utilizando suas biomassas residuais como insumo de geração de eletricidade, o custo da eletricidade gerada é reduzido. A metologia empregada neste trabalho possibilita uma visão por três aspectos dos biossistemas: a visão ambiental por parte da emergia, a visão termodinâmica interna através dos rendimentos da primeira e segunda lei da termodinâmica por parte da termoeconomia e por fim a visão do investidor, que apresenta os resultados econômics financeiros da integração dos biossistemas. / This work shows the results obtained when compairing the account in emergy, in Thermoeconomy and in an economic analysis of energy farming energy systems. The goal of this study is to assemble in an unique work three different ways of attributing costs, considering their restrictions and indexes. Three configurations are compaired: the first one uses an energy generation system installed in a sugar-ethanol plant in São Paulo. The second operates with a generator fed with biogas from a biodigestor of cattle manure that is integrated to the plant.The third system operates with a generator that receives pig slurry that is also integrated to the plant. The goal of quantifying the emergy on these systems, the thermoeconomic and the economic analysis in to make possible a wide view about the implications on these integrations.It is shown that when the biosystems are integrated, using their residual biomass as an input to electricity generation, the electricity cost is reduced. The methodology of this work makes possible seeing three aspects of the biosystems: the environmental sight by emergy, the inner thermodynamic sight given by the first and the second thermodinamic laws by the thermoeconomy and the investor sight that presents the economic financial results of the biosystems integration.

Orientadora: Profa. Dra. Maria Cristina Carlan da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, Santo André, 2018. / Calicreínas (KLKs) são uma família de serino-proteases com especificidade semelhante à tripsina ou quimotrispsina. Pertencem às calicreínas teciduais, 15 membros denominados KLK1 a KLK15. As KLKs estão envolvidas com diversas funções fisiológicas, como mecanismos que regulam a descamação da pele, formação do esmalte dentário, função renal, liquefação seminal, plasticidade sináptica neural e funcionamento cerebral. No sistema nervoso central (SNC), a calicreína predominantemente expressa é a KLK6, sendo que a desregulação dessa enzima pode estar envolvida com desordens como mal de Alzheimer, mal de Parkinson e esclerose múltipla, além de estar envolvida em processos de desmielinização. Alterações na expressão de KLK6 também podem estar relacionadas com a diminuição da sensibilidade de células tumorais à agentes citotóxicos como tratamentos quimioterápicos e radioterápicos. A KLK8 também é expressa no SNC em áreas do sistema límbico, sendo que sua desregulação está relacionada ao desenvolvimento de esquizofrenia. O Citomegalovírus Humano é um agente viral de alta prevalência mundial. Em casos de imunosupressão, o vírus pode causar sérias patologias e até levar a morte. O HCMV é capaz de infectar células do SNC e sua presença em tumores tem sido reportada em diversos estudos. É sugerido que o vírus possui um papel oncomodulatório, aumentando a malignidade tumoral. Gliomas são os tipos mais comuns de tumores do SNC, sendo o glioblastoma multiforme (GBM) o tipo mais maligno e infiltrativo de glioma, com baixa sobrevida. A presença do HCMV em gliomas foi reportada em diversos estudos e no Brasil por nosso grupo de pesquisa e investigações recentes estudam os possíveis mecanismos relacionadas ao vírus e a progressão tumoral. O HCMV é também capaz de modular a expressão de proteases celulares. Apesar disso, até o momento não existem relatos mostrando a relação entre HCMV e a expressão de KLKs. Esse trabalho teve como objetivo avaliar a expressão e atividade de KLKs durante a infecção de células de GBM pelo HCMV, bem como suas consequências na replicação viral e oncogênese. Os dados mostram que o HCMV induz a expressão de KLK6 em linhagens de GBM U138 e U251. / Kallikreins (KLKs) belong to a family of serine-proteases with trypsin-like or chymotrypsin-like specificities. Fifteen members compose the tissue kalikreins, named KLK1 to 15. The KLKs are involved in many physiological functions related to skin dequamation, teeth enamel formation, renal function, semen liquefaction, neural synaptic plasticity and brain functioning. In the central nervous system (CNS), KLK6 is highly expressed and its deregulation appears to be involved with disorders such as Alzheimer¿s disease, Parkinson¿s disease and multiple sclerosis. In addition, KLK6 overexpression can be involved with demyelinating processes. Changes in KLK6 expression are also related to the reduced sensibility of GBM cells to chemo and radiotherapy. The KLK8 is also expressed in CNS in certain areas of the limbic system and its deregulation is linked to the development of schizophrenia. Recent studies demonstrated the involvement of human kallikreins with replication of Human Papillomavirus and Influenza virus. The Human Cytomegalovirus (HCMV) is a viral agent highly prevalent worldwide. After primary infection the virus remains latent for life in the host and can be reactivated in immunosuppressed individuals, causing serious diseases, which can lead to death. The HCMV has tropism for CNS cells and many groups reported its presence in tumors. It is suggested that the virus can increase tumor malignity in a process denominated oncomodulation. Gliomas are the most common SNC tumor types, and Glioblastoma Multiforme (GBM) is the most malignant and infiltrative tumor, with an extremely low survival rate. Our group has reported the presence of HCMV in gliomas all over the world and specially In Brazil. It is known that HCMV is capable of modulate the expression of many cellular proteases, however there are no reports regarding the possible effect of the virus in kallikreins expression. The main goal of this work was to evaluate the expression and activity of kallikreins during HCMV infection in GBM cell lines. The data obtained show that the virus induces the expression of KLK6 in U138 and U251 GBM cell lines.

Orientador: Marcelo Augusto Christoffolete / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2012

Orientador: Fúlvio Rieli Mendes / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2013

Orientador: Fábio Luís Forti / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC. Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2012

Orientador: Marcela Sorelli Carneiro Ramos / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC. Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2012

Orientador: Maria Cristina Carlan da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC. Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2014

Submitted by Eliana Katia Pupim (katiapupim@tupa.unesp.br) on 2018-06-28T13:30:07Z No. of bitstreams: 1 pupim_ek_do_mar.pdf: 5107031 bytes, checksum: 8847c7bb4b7bf86bf7add53a1e945d29 (MD5) / Approved for entry into archive by Satie Tagara (satie@marilia.unesp.br) on 2018-06-29T14:31:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pupim_ek_dr_mar.pdf: 5107031 bytes, checksum: 8847c7bb4b7bf86bf7add53a1e945d29 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-29T14:31:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pupim_ek_dr_mar.pdf: 5107031 bytes, checksum: 8847c7bb4b7bf86bf7add53a1e945d29 (MD5) Previous issue date: 2018-05-30 / Não recebi financiamento / A profissão do Engenheiro de Biossistemas ainda é recente no Brasil, sendo que a implantação do primeiro curso superior ocorreu em 2009. Em função da sua afinidade com a Engenharia Agrícola, os órgãos reguladores da profissão de Engenharia ainda não reconhecem seus egressos como Engenheiros de Biossistemas, mas sim os intitulam de Engenheiros Agrícolas com especificidade em Biossistemas. Diante desta problemática, o objetivo desta pesquisa foi traçar paralelos entre os campos científicos das Engenharia Agrícola e Engenharia de Biossistemas, de forma a permitir a elaboração de subsídios que levem à compreensão dos pontos de proximidade e de distanciamento dos domínios estudados. O método utilizado para alcançar o objetivo proposto foi a Análise de Domínio, optando pelas abordagens com Estudos Históricos e Estudos Bibliométricos, com a adoção da análise de conteúdo de Bardin e a elaboração de nuvens de palavras para as analogias. Os resultados permitiram compreender que sim, há vários momentos em que a Engenharia de Biossistemas e a Engenharia Agrícola são análogas, como na organização e na duração e integralização dos cursos, porém quanto aos conteúdos disseminados oferecem uma variação quanto aos temas relacionados à Zootecnia e Ciências Biológicas, sendo que enquanto a Engenharia de Biossistemas os trata como temas centrais, a Engenharia Agrícola os tem como temáticas periféricas. A produção científica também tem suas características peculiares, havendo periódicos que publicam apenas o conteúdo de uma ou de outra Engenharia, contudo há em número maior os periódicos que publicam as duas Engenharias concomitantemente, demonstrando que apesar de suas especificidades, há muito em comum na Engenharia de Biossistemas e na Engenharia Agrícola. / The profession of the Biosystems Engineer is very recent in Brazil. The first undergraduate major was implemented in 2009. Due to its affinity with Agricultural Engineering, the regulatory entities of the Engineering majors in Brazil do not recognize its graduates as Biosystems Engineers, but rather call them Agricultural Engineers with specificity in Biosystems. In view of this problem, the objective of this research was to draw parallels between the scientific fields of Agricultural Engineering and Biosystems Engineering, in order to find information that lead to understanding the points of proximity and distancing of the studied domains. The method used to reach the proposed goal was Domain Analysis, opting for approaches with Historical Studies and Bibliometric Studies, with the adoption of the Bardin content analysis and the elaboration of word clouds to allow for comparisons. The results allowed us to understand that there are several moments in which Biosystems Engineering and Agricultural Engineering are similar, as in the organization and duration and completion of the majors. However, the disseminated contents offer a variation regarding the subjects related to Zootechnics and Sciences Biological Sciences. While Engineering of Biosystems treats them as central themes, Agricultural Engineering has them as peripheral themes. Scientific production also has its peculiar characteristics, and there are periodicals that publish only the content of one or the other Engineering, however there are in greater number periodicals that publish the two Engineering concomitantly, demonstrating that despite their specificities, there is much in common in Engineering Biosystems and Agricultural Engineering.

Orientadora: Profa. Dra.Marcela Sorelli Carneiro Ramos / Tese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2015. / Recentemente, dados na literatura demonstram a estreita interacao patofisiologica existente entre os rins e o coracao. Conhecida como sindrome cardio-renal, essa patologia e capaz de promover hipertrofia e falencia cardiaca a partir de um quadro de lesao renal. Sabe-se que a lesao renal isquemica (LRI) promove a liberacao de diferentes citocinas inflamatorias que tem o coracao como tecido alvo e sao capazes de promover a instalacao do quadro hipertrofico, agindo, por exemplo, por meio de receptores semelhantes ao Toll (toll-like receptors - TLR). Alem de mediadores inflamatorios, trabalhos presentes na literatura ja comprovaram a direta relacao entre alteracoes no sistema renina-angiotensina (SRA) e nos niveis de Angiotensina II (Ang II) com o aumento da massa cardiaca. O presente estudo objetivou investigar o papel do SRA com a hipertrofia cardiaca (HC) induzida por um modelo experimental de LRI em camundongos tratados ou nao com bloqueadores do SRA, Losartan (Los) e Enalapril (Ena). O quadro de LRI foi induzido cirurgicamente atraves da oclusao do pediculo renal esquerdo por 60 minutos seguido de reperfusao. Apos 12, 15 ou 20 dias os tecidos foram removidos para a realizacao de analises macromorfometricas, moleculares e funcionais. Os principais resultados indicam que a cirurgia de isquemia renal e reperfusao foi capaz de gerar um quadro de falencia renal e induzir HC de maneira independente de aumento na pressao arterial. Ainda, no periodo analisado, observou-se aumento nos niveis sericos de TNF-¿¿ e Ang II, elevados niveis de expressao genica ou proteica de AT1, ECA-2, TLR-2, TLR-4 e NFk¿À, sugerindo relacao desses componentes com a HC. Os tratamentos com Los e Ena reverteram completamente a HC observada e aboliram o aumento na expressao cardiaca de TLRs, AT1R e ECA-2 e modularam diferencialmente os niveis sericos de Ang II e citocinas inflamatorias. Juntos, os dados sugerem um papel crucial do SRA na regulacao do quadro patologico neste modelo, atuando juntamente com o sistema imune inato na regulacao da patogenese da HC atraves da modulacao de seus principais componentes. / Recently published data demonstrate the close pathophysiological interaction between the kidneys and the heart. Known as cardio-renal syndrome, this pathology is capable of promoting hypertrophy and heart failure starting from renal injury. It is known that ischemic renal injury (IRI) promotes the release of various inflammatory cytokines that have the heart as a target tissue and are capable of promoting hypertrophy acting through the Toll-like receptors (TLR). In addition to inflammatory mediators, literature has extensively demonstrated the direct correlation between changes in the renin-angiotensin system (RAS) and the levels of angiotensin II (Ang II) within the increase in cardiac mass. This study aimed to investigate the role of the RAS with cardiac hypertrophy (CH) induced by an experimental model of IRI in mice treated or not with RAS blockers, Losartan (Los) and Enalapril (Ena). The IRI was surgically induced by occlusion of the left renal pedicle for 60 minutes followed by reperfusion. After 12, 15 or 20 days, tissues were removed and morphological, molecular, and functional analysis were performed. The leading results indicate that renal ischemia and reperfusion surgery was capable of generating renal failure which subsequently induced HC in a blood-pressure independent manner. Also, over this period, there was an increase in serum levels of TNF-á and Ang II, high levels of gene or protein expression of AT1, ACE-2, TLR-2, TLR-4 and NFkâ, suggesting a cross-talk within these components and CH development. Treatment with Los or Ena has completely reversed the CH and abolished the increase observed in cardiac expression of TLRs, NFkâ, ACE-2 and AT1R, and also differentially modulated Ang II and inflammatory cytokines serum levels. Together, the data suggest a critical role for RAS in the regulation of the pathological condition in this model, acting together with the innate immune system in the pathogenesis of CH through modulation of its main components.

Orientador: Prof. Dr. Antônio Sérgio Kimus Braz / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC. Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2015. / O NGF (fator de crescimento neural) é uma proteína endógena secretada no sistema nervoso central e periférico, desempenhando diversos papéis, tais como neuroproteção, desenvolvimento e diferenciação neuronal, crescimento de neuritos e plasticidade sináptica. Sintetizado no neocórtex e no hipocampo, o NGF atua em populações de neurônios colinérgicos, sensoriais e simpáticos através da interação com receptores TrkA e p75NTR. Está relacionado com neuropatologias como doença de Alzheimer, hiperalgesia e com as neuropatologias autonômicas e sensoriais hereditárias tipos IV e V, onde foram identificas as mutações S187N e R221W, respectivamente. Apesar do vasto conhecimento da ação das vias relacionadas ao NGF e seus receptores, os mecanismos moleculares de interação, bem como da ativação das sinalizações internas dos receptores, ainda não estão totalmente esclarecidos. Através da abordagem de análise de modos normais, foram investigadas as alterações estruturais dos mutantes em relação ao tipo selvagem de NGF sob a ótica de estrutura de proteínas. Diferenças significativas na correlação de movimentos globais, flexibilidade do complexo, interações moleculares e na liberdade conformacional em ambas as mutações foram encontradas. Foram observadas variações estruturais e limitações conformacionais nos receptores como reflexo da ação dos mutantes de NGF, indicando que, mesmo após a interação, neurotrofina e receptor formam um complexo ativo. Desse modo, as mutações no NGF reduzem a capacidade de formação do complexo ativado através de alterações estruturais e conformacionais, causando prejuízo às funções biológicas derivadas da interação. / NGF (nerve growth factor) is an endogenous protein secreted in the central and peripheral nervous system, playing different roles, such as neuroprotection, development and neuronal differentiation, neurite outgrowth and synaptic plasticity. Synthesized in the neocortex and hippocampus, NGF acts on populations of cholinergic, sensory and sympathetic neurons through interaction with TrkA and p75NTR receptors. It is related neuropathologies such as Alzheimer's disease, hyperalgesia and hereditary sensory and autonomic neuropathologies types IV and V, which were identified the mutations S187N and R221W, respectively. Despite the vast knowledge of the action of pathways related to NGF and its receptors, the molecular mechanisms of interaction as well as the activation of the internal signalling pathways of the receptors are still not fully understood. Through the normal modes analysis approach, the structural changes of the mutants compared to wild type NGF were investigated from the perspective of protein structure. Significant changes in global movements correlation, complex flexibility, molecular interactions and conformational freedom were found for both mutations. Structural changes and conformational limitations in the receptors were observed, as reflecting the action of NGF mutants, indicating that even after the interaction neurotrophin and receptor form an active complex. Thus, mutations in the NGF reduce the ability of activated complex formation by structural and conformational changes, causing impairment to biological functions derived from the interaction.