Cette thèse constitue un ensemble de travaux et de réflexions sur la question de la modélisation des applications électromagnétiques en nano-optique en utilisant la méthode des différences finies dans le domaine temporel (FDTD). Dans un premier temps, des codes FDTD bidimentionnels pour le calcul de bandes interdites photoniques ont été mis en oeuvre. Ces algorithmes tiennent comptes de la dispersion des métaux nobles dans la gamme optique décrite par le modèle de Drude ou de Drude-Lorentz. Ces programmes FDTD permettent de tenir compte de la propagation soit dans le plan perpendiculaire au plan d'invariance (appelé "cas dans le plan" ou "in-plane" en anglais) pour les deux polarisations TE et TM ainsi que le cas d'une propagation quelconque hors du plan (ou off-plane). Plusieurs diagrammes de bandes sont calculés et présentés pour les structures carrées et triangulaires dans les cas diélectriques et métalliques. Ensuite, nous avons implémenté un code BOR-FDTD, basé sur la discrétisation des équations de Maxwell exprimées en coordonnées cylindriques, pour la modélisation des guides d'ondes (ou d'autres objets) à symétrie de révolution. Les conditions absorbantes PML pour décrire l'espace libre sont intégrées à la BOR-FDTD ainsi que les deux modèles de Drude et de Drude-Lorentz. Des simulations ont été effectuées pour le calcul de modes propres de guides d'ondes coaxiaux et cylindriques sub-longueurs d'ondes faits en métal parfait et en métal réel (argent par exemple). Les résultats montrent la possibilité de guider des signaux optiques sans beaucoup de pertes dans un guide coaxial fait en argent de dimensions sublongueur d'onde. Ce dernier résultat est original et constitue une très importante avancée dans le domaine de la "nanoconnectique" en optique, plus particulièrement pour l'optique intégrée. Puis, un autre code numérique FDTD-3D a été élaboré pour la modélisation des structures périodiques (type cristaux photoniques tridimensionnels) éclairées en incidence oblique. Ce code intègre aussi les couches absorbantes PML ainsi que les modèles de dispersion de Drude et de Drude-lorentz. Les résultats obtenus sont comparés à ceux issus d'autres modèles théoriques. Les applications de ce code à l'étude de radôme, à l'excitation du mode TEM de la structure métallique à ouvertures annulaires et aux calculs des spectres d'extinction Raman montrent l'efficacité de la FDTD pour la modélisation de telles structures.

L'objectif de la thèse est de développer des méthodologies et des outils pour la vérification compositionnelle et incrémentale des systèmes à base de composants. Nous proposons une méthode compositionnelle pour vérifier des propriétés de sûreté. La méthode est basée sur l'utilisation des deux types d'invariants: invariants de composant qui expriment des aspects locaux des systèmes et invariants d'interaction qui caractérisent les contraintes globales induites par les synchronisations fortes entre les composants. Nous offrons des techniques efficaces pour calculer ces invariants. Nous proposons également une nouvelle méthode de vérification incrémentale qui prend la conception incrémentale du système en compte. L'intégration de la vérification dans le processus de conception permet de déceler une erreur dès qu'elle apparaît. En outre, cette méthode permet d'éviter de refaire tous les processus de vérification par la réutilisation de résultats intermédiaires. Elle prend des avantages des structures de systèmes pour faire face à la complexité de la vérification globale et, par conséquent, réduit significativement le coût de la vérification en temps et en mémoire utilisée. Les méthodes compositionnelles et incrémentales ont été mises en oeuvre dans la chaîne d'outil D-Finder. Les résultats expérimentaux obtenus sur plusieurs études de cas non triviales montrent l'efficacité de nos méthodes ainsi que les capacités de D-Finder.

Cardiac function is regulated by the molecular components of the sarco/endoplasmic reticulum (ER/SR). Disruptions in homeostatic balance of these proteins and calcium regulation results in activation of ER stress response. Sarcolemmal membrane-associated proteins (SLMAPs) are found in cell membrane, SR/ER, and mitochondria. Overexpression of SLMAP in the myocardium has shown to impair excitation-contraction (E-C) coupling in the transgenic (Tg) mice. ER stress response was examined in Tg mice overexpressing SLMAP in the myocardium. In Tg hearts, changes observed in the expression of proteins involved in ER stress were dependent on the age and sex. SLMAP overexpression results in maladaptive ER stress response, as the mice age. Neonatal cardiomyocytes isolated from the Tg hearts showed decreased viability, upregulation of ER stress response proteins, which were sensitized to thapsigargin-induced stress, and desensitized to palmitate-induced oxidative stress. These findings suggest that normal SLMAP levels are important for proper cardiac function, and cell viability.

Cardiac function is regulated by the molecular components of the sarco/endoplasmic reticulum (ER/SR). Disruptions in homeostatic balance of these proteins and calcium regulation results in activation of ER stress response. Sarcolemmal membrane-associated proteins (SLMAPs) are found in cell membrane, SR/ER, and mitochondria. Overexpression of SLMAP in the myocardium has shown to impair excitation-contraction (E-C) coupling in the transgenic (Tg) mice. ER stress response was examined in Tg mice overexpressing SLMAP in the myocardium. In Tg hearts, changes observed in the expression of proteins involved in ER stress were dependent on the age and sex. SLMAP overexpression results in maladaptive ER stress response, as the mice age. Neonatal cardiomyocytes isolated from the Tg hearts showed decreased viability, upregulation of ER stress response proteins, which were sensitized to thapsigargin-induced stress, and desensitized to palmitate-induced oxidative stress. These findings suggest that normal SLMAP levels are important for proper cardiac function, and cell viability.

The building industry is facing large changes regardingtechnology: paper drawings are transforming into 3D models andmore information is becoming digital. This report diagnosesweaknesses that exist in today’s quality controls of 3D models andcreates the foundation for quality control of 3D models.An ambiguous review process for 3D models exists due to a lack ofclear guidelines for quality control. This report examines thecurrent methods used for reviewing 3D models and defines the areaswhich need improvement.The study is made at White Arkitekter in conjunction with anongoing project, Celsius, which is modeled in 3D. The model ismade in Revit and the construction documents are delivered as partof the 3D model.The information for this study is based on relevant literature andinterviews with four respondents. Each respondent has a differentrole within and experience from the Celsius project. Qualitativeinterviews were performed.The result of the study shows that the respondents performedquality control within the area they were responsible for. Inaddition, the study shows that the existing quality controlmethods were not compatible for 3D modeling.Furthermore, it shows that proper filters for model objects makesthe quality control of 3D models easier. All respondents agreedthat they could achieve their main aim.This study has resulted in guidelines for creating a qualitycontrol routine when working with 3D modeling.Finally, there are recommendations for potential tools regardingquality control of 3D models for future research. / Byggbranschen står i dagens läge inför stora tekniska förändringar,pappersritningar blir till 3D-modeller och allt mer information hanteras digitalt.Rapport har diagnostiserat svagheter som existerar inom dagens granskning av3D-modeller samt legat till grund för utveckling av kvalitativa och struktureradestödpunkter för kontroller av 3D-modeller.I dagens läge saknas tydliga riktlinjer för granskning av 3D-modeller och dettaresulterar i otydligheter gällande granskningsprocessen. I rapporten kommer dennuvarande arbetsmetoden av 3D-granskning undersökas för att identifiera demoment ur granskningsprocessen som behöver förbättras.Arbetet utfördes på White arkitekter där arbetet genomfördes parallellt medprojektering av projektet Celsius i Uppsala. All typ av projektering har skett iRevit och det som gör projektet extra unikt är att all avlämning av bygghandlingar sker i form av 3D-modeller.Informationsinhämtningen för arbetet har skett via relevant litteratur ochintervjuer, dessa var av kvalitativ karaktär och utfördes på fyra personer medvarierande befattningar och erfarenhet från Celsiusprojektet. Resultatet visar att alla respondenter sköter egenkontroller på delarna deansvarar för. De listor som existerar för egenkontroll är inte anpassade för 3Dmodeller.Vidare hävdar de att filtrering av objekt används för att lättare kunnasortera ut information och på så sätt underlätta granskningen. Alla respondenteranser sig kunna utföra sitt huvudsyfte.Denna rapport har tagit fram ett antal stödpunkter, dessa redovisar de steg somkrävs för uppbyggnaden av rutinmässig granskningsmetod vid 3D-modellering.Slutligen återfinns rekommendationer för eventuella framtida verktyg som anses extra intressanta för vidare studier inom 3D-granskning.

Mouse polyomavirus is a member and model virus of Polyomaviridae family. In order to infect cells and produce viral progeny, the viral chromosome must be transported to the nucleus. Several studies suggest that virions are transporeted to the endoplasmic reticulum, from which they are transferred to the cytosol with assistace of host proteins. Two of these proteins are the chaperon, BiP (binding immunoglobulin protein) and the cochaperone, DNAJ B14. Polyomaviruses probably enter the nucleus through nuclear pores with the assistence of importins. These processes were mainly studied with SV40. In this work, we show that MPyV infection induces a change in distribution of the DNAJ B14 protein, which became clustered into foci, where it co-localizes with the viral capsid protein, VP1. The occurrence of foci varies during infection. With use of proximity ligation assay, we have shown that during an early fase of MPyV infection, DNAJ B14 and BiP get in the close proximity with VP1. It is suggested that negatively charged amino acids at the N-terminus of the minor capsid protein, VP2, are required for targeting virions to translocon and proteins associated with ERAD. We created MPyV with VP2 mutated in these amino acids. The negatively charged amino acid at position 17 is not necessary for successful...

This Diploma thesis is focused on the possibilities of financing a specific project in the company from EU Funds. Theoretical part of this thesis describes an individual funds and policies of European Union. This part also defines the basic informations from Project management. The aim of the practical part is prepare a feasibility study of the project. This project will be co-financed from EU Funds. After that the whole process will be assessed. In the end of the thesis is processed the whole procedure of submission the request from the Business and Innovation Programme through the CzechInvest agency.

Die Studie wird in fünf Teile unterteilt: Das erste Kapitel beschäftigt sich mit Patentanmeldungen und geförderten Patenten im USPTO, WIPO, und EPO. In diesem Kapitel wird die Korrelation zwischen dem BIP und der länderspezifischen Patentanzahl analysiert. Das zweite Kapitel gibt einen Überblick über die Literatur über Patente in MEDLINE. In diesem Kapitel wird eine szientometrische Analyse durchgeführt, damit die Entwicklung der Patentliteratur in MEDLINE über den Zeitraum von 1965 bis 2005 quantitativ gemessen werden kann. Das dritte Kapitel befasst sich mit der Literatur über Patente im SCI. In diesem Kapitel werden alle Dokumente, die vom SCI über den Zeitraum 1965 bis 2005 als “Patents“ indexiert wurden, unter die Lupe genommen. Das vierte Kapitel analysiert die Patenten, die im SCI zitiert werden. Das fünfte Kapitel analysiert die Anzahl der Literaturhinweise (Referenzen) pro Veröffentlichung im SCI über den Zeitraum 1970-2005. In diesem Hinblick wurde eine Gesamtzahl von 10,000 Dokumenten pro Jahr ausgesucht sowie der Bedeutungswert von Nennungen pro Zeitschrift berechnet. Die Analyse der Daten ergab: Die USA sind das führende Land bezüglich der Erstellung und der Zulassung von Patenten, gleichermaßen gefolgt von Japan und Deutschland. Die Halbwertszeit der Zitierung von Patenten beträgt seit 1994 konstant 8,1 Jahre. Das ist eine 41% längere Zitierungsrate gegenüber den allgemeinen wissenschaftlichen Dokumenten im SCI. Es gibt eine lineare Korrelation zwischen der Zahl von Literaturhinweisen (Referenzen) in einem Journal, wie sie im SCI erfasst sind, und der Wahrscheinlichkeit zitiert zu werden. Die Anzahl der Literaturhinweise (Referenzen) pro Veröffentlichung zwischen 1970 und 2005 im SCI ist ständig angestiegen. Die Selbstzitation von Zeitschriften bei einer steigenden Zahl von Verweisen beeinflusst die Steigerung des Impact Factor im SCI. Die Leitartikelpolitik der Sprachen wurde in der MEDLINE und im SCI geändert. / This study is divided into five sections. The first section consists of patent applications and granted patents issued by USPTO, WIPO), and EPO. In this section the relationship between the GDP and country’s patent quantity is analysed. The second section analysis the patent literature in MEDLINE. In this section a scientometric analysis is performed to assess the quantitative trend of patent literature in MEDLINE throughout 1965-2005. The third section analysis the patent literature in the SCI. In this section all documents indexed as a topic of “patents” in the SCI throughout 1965-2005 are analysed. The fourth section analysis the citations to the patent documents indexed in the SCI, and illustrate the average number of cited references per paper for patent citing documents. The fifth section analysis the references per paper in the SCI through 1970-2005. The Analyses of data showed: The USA is the leading country filing and granting patents followed by Japan and Germany respectively. The half-life of citations to the patent-documents is 41% higher than the half-life of citations to the general scientific documents in the SCI. The number of references per paper from 1970 to 2005 has steadily increased. The rough constant percentage of self-citation of journals and the growing increase of references per paper led to the absolute growing number of self-citations and to the increase of the Impact Factor of the citing journals in the SCI. The editorial policy of languages is being changed in MEDLINE and in the SCI. The consideration of policy makers in these databases have been focused on the literature of science in English. There was a tendency in the last decades towards collaboration in scientific publishing with American authors that can be observed in the SCI with authors from different countries.