On assiste actuellement à l'émergence et la ré-émergence mondiale d'arboviroses comme le chikungunya, la dengue ou la fièvre de la vallée du Rift. Ces maladies, responsables d'environ 30 000 décès par an, sont dues à des virus principalement transmis à l'homme par des moustiques vecteurs. En l'absence de vaccins efficaces et face aux limites de l'utilisation d'insecticides, nocifs pour les écosystèmes et entrainant des résistances chez les vecteurs, il est nécessaire de développer des moyens alternatifs de lutte. La découverte récente du potentiel antiviral de certaines bactéries symbiotiques du moustique, comme le genre Wolbachia, représente un outil de lutte biologique prometteur face aux arboviroses. Ce projet de thèse porte sur la relation tripartite moustique-bactéries endosymbiotiques-arbovirus, en prenant pour modèle le moustique-tigre, Aedes albopictus. Cette espèce originaire d'Asie envahit progressivement l'Europe. Elle transmet notamment le virus de la dengue et du chikungunya, et est naturellement infectée par Wolbachia. Les résultats obtenus ont permis d'observer un phénotype antiviral chez les moustiques infectés par Wolbachia, contrairement aux moustiques aposymbiotiques. L'utilisation d'une méthode de transcriptomique haut-débit (RNAseq) a permis de déterminer certains mécanismes cellulaires et moléculaires majeurs du moustique spécifiquement impliqués dans l'interaction avec les arbovirus, Wolbachia, et les deux partenaires simultanément. Le développement d'une lignée cellulaire d'Ae. albopictus stablement infectée par Wolbachia a permis de mettre en évidence le rôle central de l'autophagie dans l'interaction Wolbachia-arbovirus chez Ae. Albopictus / Arthropod-borne virus (arbovirus) are important cause of human diseases worldwide, leading to nearly 30.000 deaths every year. Many arboviruses like dengue virus (DENV), chikungunya virus (CHIKV) or Rift valley Fever virus (RVFV) are transmitted by mosquitoes, and global changes like climate warming or international trade increase vectors geographic range, thus facilitating the emergence of arbovirosis. Very few vaccines are currently available, and the use of insecticides remains the only way to prevent arbovirosis but cause adverse effects on ecosystems, and lead to resistance phenotypes in vector populations. Recent work showed that mosquito bacterial flora, especially bacteria from the genus Wolbachia, can modulate viral infection, a phenotype called microbial interference. These results provide a promising tool to limit transmission of arboviruses, but little is known about mosquito-Wolbachia-arbovirus interaction especially at the cellular level. We characterized for the first time this multipartite interaction in Aedes albopictus, an important mosquito vector of DENV and CHIKV, which is naturally infected by Wolbachia. Results showed an antiviral phenotype in Wolbachia-infected mosquitoes, compared to aposymbiotic insects. We used RNAseq to decipher the major mosquito pathways implemented during mono-infection by virus, bacteria or during bi-infection. Moreover, we developed an Ae. albopictus cell line stably infected by Wolbachia to go further in mechanical aspects, and showed that autophagy is a major pathway involved in Wolbachia-arbovirus interaction in Ae. albopictus

Les alphavirus sont un groupe de virus enveloppés à ARN simple brin positif retrouvés sur la totalité du globe et responsables de nombreuses maladies humaines et animales. Durant la dernière décennie, une réémergence du virus du chikungunya (CHIKV) a été observée causant de nombreuses épidémies sur tous les continents. Malgré les nombreuses études, les mécanismes moléculaires de réplication du CHIKV et les interactions hôte-virus restent peu caractérisées. L’objectif de mon travail était de mieux comprendre et caractériser l’entrée du virus du chikungunya et les facteurs de l’hôte impliqués dans la réplication chez les mammifères. Plusieurs approches distinctes ont été utilisées dans ce projet. Dans un premier temps, nous avons mis en avant une diminution de l’infection du CHIKV après un traitement avec du fer sous forme de citrate d’ammonium ferrique et nous avons étudié le rôle potentiel dans l’entrée virale de NRAMP2 et TFRC, deux protéines impliquées dans le transport cellulaire du fer et connus comme récepteurs d’entrée de plusieurs virus. D’autre part, nous nous sommes intéressés à deux autres protéines, CD46 et TM9SF2, identifiés à travers un criblage par ARNi réalisé en collaboration, dans le but de déterminer si elles sont utilisées comme facteurs d’entrée par le virus du chikungunya. Dans un dernier axe, nous avons mis en place et réaliser un criblage perte de fonction sur le génome entier en utilisant la technologie CRISPR/Cas9 afin d’identifier des facteurs de l’hôte importants pour l’entrée du CHIKV, sa réplication ou la mort viro-induite. Bien qu’il soit apparu que l’approche utilisée pour le criblage devrait être optimisée, nous avons pu identifier des candidats potentiellement nécessaires pour l’infection par le CHIKV. Ces candidats sont testés individuellement afin de confirmer leur implication dans la biologie du virus / Alphaviruses are a group of enveloped, positive-sense RNA viruses which are distributed almost worldwide and are responsible for a considerable number of human and animal diseases. Among these viruses, the Chikungunya virus (CHIKV) has recently re-emerged and caused several outbreaks on all continents in the past decade. Despite many studies, molecular mechanisms of chikungunya virus replication and virus-host interactions remain poorly understood. The aim of my project was to better understand and characterize the CHIKV entry and the host factors involved during replication steps in mammals. Several different approaches have been used in this work. As a first step, we have demonstrated a decrease of CHIKV infection after iron treatment in form of ferric ammonium citrate and we have studied the potential role in viral entry of NRAMP2 and TFRC, two proteins involved in iron transport and known receptors for other viruses. On the other hand, we have also focused on two proteins, CD46 and TM9SF2, identified through an RNAi screen in collaboration, in order to determine if they are required as entry factors for chikungunya virus. In a last axis, we have set up and carried out a genome-wide loss of function screen with the CRISPR/Cas9 technology in order to identify host factors important for chikungunya virus entry, replication or virus-induced cell death. Although it appears that screen conditions should be optimized, we have identified potential candidates required for CHIKV infection and we are currently testing them

A Febre de Chikungunya é uma doença sistêmica causada por arbovírus e estima-se que afete cerca de 1 milhão de pessoas anualmente. Os principais sintomas associados com esta doença são febre e poliartralgia, podendo esta última assumir um caráter crônico em cerca de metade dos casos. Devido aos inúmeros surtos que ocorreram nos últimos 50 anos, diversos estudos tiveram como objetivo determinar os mecanismos de replicação do vírus e da resposta imune. Mesmo assim, pouco se sabe sobre quais moléculas possibilitam o processo de infecção. Já foi demonstrada a importância de interferons, principalmente de tipo I, citocinas e quimiocinas na diminuição da replicação viral. Além disso, há uma preferência do vírus por tipos celulares específicos como células endoteliais e epiteliais. Porém, estudos mostram informações contraditórias referentes ao papel de células mononucleares do sangue periférico (PBMC), principalmente com relação a monócitos e células B e T. Diante deste contexto, o tratamento utilizado atualmente é direcionado apenas ao alívio de sintomas uma vez que não existem drogas ou vacinas licenciadas específicas para esta doença. Logo, o objetivo deste trabalho é estudar as modificações transcricionais que ocorrem em amostras humanas durante o processo de infecção pelo vírus de Chikungunya de modo a esclarecer os mecanismos utilizados pelo sistema imune em resposta a infecção. Além disso, este estudo tem como finalidade apontar possíveis diferenças transcricionais entre amostras crônicas e não-crônicas. / The Chikungunya Fever is a systemic disease transmitted by arboviruses and is estimated to affect 1 million people annually. The main symptoms associated with this disease are fever and polyarthralgia, which can develop to chronic features in about half of the cases. Due to outbreaks that occurred in the last 50 years, many studies had the goal of determining the mechanisms of virus replication and immune response. Nevertheless, it is still poorly understood which molecules enable the ocurrence of the infection process. It has already been shown the importance of interferons, mainly type I, cytokines and chemokines in restricting the viral replication. In addition, the Chikungunya virus shows a preference for specific cell types such as endothelial and epithelial cells. However, studies display contradictory information regarding the role of peripheral blood mononuclear cells (PBMC), mainly in relation to monocytes and B and T cells. Given this context, the treatment currently used is directed only to alleviate the symptoms since there are no specific licensed drugs or vaccines for this disease. Therefore, the objective of this work was to study the transcriptional modifications that occur in humans during the process of Chikungunya virus infection in order to clarify the mechanisms used by the immune system. In addition, it aims to point out possible transcriptional differences between sample from the Chronic and Non-Chronic acute phase of the infection.

Reproduction de : Thèse d'exercice : Médecine. Médecine générale : Paris 12 : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. f. 61-66.

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Aedes albopictus et Aedes aegypti sont des moustiques vecteurs d’arbovirus tels que le virus de la dengue et le virus du chikungunya. En plus des virus transmis, les moustiques hébergent également des bactéries dont certaines affectent la biologie des hôtes. Par exemple, la bactérie Wolbachia infecte naturellement Aedes albopictus. Comme chez la plupart des insectes, cette bactérie est un parasite qui manipule la reproduction du moustique et peut également interagir avec certains pathogènes, modifiant ainsi la transmission du pathogène par le moustique hôte. Hors Wolbachia, peu d’études ont été consacrées à l’étude des populations bactériennes hébergées par les moustiques du genre Aedes et aux interactions entre ces populations bactériennes et les arbovirus transmis. Dans ce contexte, le travail de cette thèse a consisté à caractériser la diversité des communautés bactériennes des moustiques du genre Aedes et à explorer l’interférence possible entre le compartiment bactérien et le virus chikungunya. L’utilisation de techniques telles que les isolements bactériens, l’amplification par PCR, la DGGE et l’hybridation in situ ont permis de détecter et localiser certaines bactéries présentes chez des populations naturelles et de laboratoires d’Aedes. Ces populations appartiennent aux Alpha, Beta et Gammaprotéobactéries ainsi qu’aux Firmicutes. L’étude de la dynamique des communautés bactériennes symbiotiques et de l’infection par le virus chikungunya chez Aedes albopictus par PCR quantitative et puces taxonomiques a révélé l’existence d’interactions entre les différents partenaires de ce système vectoriel / Aedes albopictus and Aedes aegypti transmit a large number of arboviruses, including dengue and chikungunya. In addition to viruses, mosquitoes harbour other symbionts that are able to affect its biology. For instance, the bacterium Wolbachia infects naturally Aedes albopictus. As for many insects, this bacterium is an obligate parasite that manipulates the host reproduction and can also interact with pathogens, modifying the transmission of the pathogens by the mosquitoes. Except Wolbachia, little is known about the bacteria associated with Aedes mosquitoes. First, we detected and localized bacteria in field-caught and laboratory populations of Aedes, using culture and non-culture methods including PCR, DGGE and in situ hybridization. The bacterial populations belonged to Alpha, Beta and Gammaproteobacteria as well as to Firmicutes. Then, the effects of chikungunya infection on Wolbachia and total bacterial community were measured using quantitative PCR and taxonomic microarrays. Results showed interactions between the different partners in this vectorial system

L’infection par le virus du Chikungunya est devenu en quelques années un problème de santé publique. D’abord limitée dans les régions tropicales et subtropicales, la diffusion mondiale du vecteur de l’infection couplée à la migration humaine et aux adaptations du virus contribue à la survenue de phénomènes épidémiques fréquents et touchant de nombreux territoires jusqu’aux pays tempérés. Dans les prochaines décades, la population des 65 ans ou plus sera probablement largement impactée lors des épidémies. Les conséquences de la maladie dans cette population est méconnu du fait de l’absence de données d’observation disponibles. Or, les spécificités de cette population sont connues (risque de comorbidité associée, immunosenescence, modifications physiologiques affectant le système rénal, cardiaque, pulmonaire…) et influencent fortement son mode de réponse et sa capacité à supporter un épisode infectieux. A travers l’observation et le suivi de la cohorte ChikOld constituée de 687 sujets âgés de 65 ans ou plus ayant contracté ou non la maladie en 2014, nous avons mis en évidence que les outils d’aide au diagnostic élaborés dans une population d’adultes jeunes avaient des performances médiocres dans la population âgée. Nous avons également pu mettre en évidence que les tableaux cliniques habituellement décrits de la maladie ne sont pas ceux observés le plus fréquemment dans une population de sujets de 65 ans ou plus. Ces observations ont abouti à l’élaboration un outil d’aide au diagnostic (score) spécifique à cette population. De nombreuses questions subsistent concernant cette infection, notamment sur les conséquences à moyen et long terme, sachant les conséquences en phase aiguë et l’existence de formes chroniques. Une étude préliminaire que nous avons conduit suggère l’absence de surmortalité à moyen terme (un an) et la majoration de la dépendance dans les suites d’une infection par le virus du Chikungunya. D’autres travaux seront nécessaires pour caractériser la forme habituelle de la maladie chez les sujets âgés ainsi que pour mieux appréhender les conséquences à moyen et long terme concernant la mortalité et la dépendance. / Chikungunya virus infection is an emergent arthropod-borne alpha-virus transmitted by mosquito bites, and causes fever with debilitating arthritic illness. Chikungunya virus infection is still considered as an emerging public health problem in both tropical and temperate regions. The presence of favourable conditions in temperate regions has enabled propagation of the vector, leading to the emergence of the first autochthonous cases of CHIKV in Europe and the USA. Older people may be particularly concerned about infection during an outbreak. CVhikungunya virus infection prevalence rates are not fully known, and vary from 18% to 48% The use of predictive scores would thus be very helpful in this situation. We have showed that predictive scores developed in young population have poor diagnostic performances in elderly population. In fact, the populations described in observational studies of chikungunya virus infection were predominantly young subjects. Clinical and epidemiological data in older subjects (aged 65 and over) are sparse. The mortality and morbidity related to infection in elderly people is poorly documented. We showed that the usual clinical expression of CHIKV infection is different in elderly subjects (absence of fever, arthralgia or both). We have developed and validated a new Chikungunya virus infection screening score specifically for use in the aged population.Some questions remain, in particular concerning mid- or long-term consequences of infection in elderly people. In a preliminary study, we have showed that the mid-term mortality rate of aged people infected by Chikungunya was lower than that of uninfected aged people.We need to continue our work on this thematic to explore more precisely the consequences of chikungunya virus infection in elderly people (mid- and long-term mortality, loss of autonomy, chronic form…).

Le virus chikungunya est un arbovirus, transmis par les moustiques du genre Aedes, qui provoque des arthralgies invalidantes et parfois des rhumatismes chroniques. Dans une première partie nous avons décrit les aspects ambulatoires cliniques, biologiques et virologiques du chikungunya (CHIK) de la phase aiguë jusqu'au 300ème jour lors de l’épidémie de la Réunion en 2006. Des scores d’aide au diagnostic ont été élaboré et une étude de la diversité virale intra-hôte a été réalisée. Pour compléter nos premiers résultats nous avons étudié une épidémie survenue en République du Congo en 2011. La description clinique était similaire à celle identifiée lors de l’épidémie de la Réunion. L’évaluation du score clinique ne permettait pas de le proposer comme outil diagnostique à l’échelle individuelle mais apparaissait comme un bon marqueur pour le suivi de la courbe épidémique. Une étude de séroprévalence et une analyse phylogénétique complètent ce travail. Le dernier travail porte sur l’utilisation de la chloroquine à la phase aiguë du CHIK lors d’une prise prophylactique chez le singe et lors d’un essai clinique chez l’homme. Le principal effet de ce type de traitement semble lié son action immuno-modulatrice ; en prise préventive il provoque une exacerbation de la symptomatologie aiguë tandis qu’en prise à la phase précoce de la maladie il augmente le risque d’évolution vers des arthralgies chroniques. En conclusion nous avons réalisé une description des formes ambulatoires du CHIK, identifié des facteurs de risques de formes chroniques, proposé des scores d’aide au diagnostic et argumenté la contre-indication de l’utilisation de la chloroquine à la phase aiguë du CHIK. / Chikungunya virus (CHIKV) is an arthropod-borne virus transmitted by Aedes mosquitoes that cause debilitating arthralgia and possible chronic rheumatism. In the first part we describe the clinical, biological and virological presentation of outpatients with chikungunya disease (CHIK) from the acute stage to the chronic stage at day 300, during the outbreak in the Reunion Island in 2006. We elaborated scores for CHIK diagnosis and we also analysed the intra-host genetic diversity.To complete our first results, we investigated a CHIKV outbreak, which occurred in the Republic of Congo in 2011. The clinical presentation was similar to the first description of the Reunion island outbreak. We assessed the clinical score which appeared to be unusable at the individual level but was still relevant to follow the epidemic curve. This work was completed by seroprevalence and phylogenetic analyses.The last study presented in this thesis focused on the use of chloroquine during the acute stage of CHIK in a non-human primate (NHP) model (prophylactic use) and during a clinical trial (therapeutic use). The main effect of chloroquine treatment at the acute stage of CHIK appeared to be related to its immuno-modulatory action; in prophylactic taking, chloroquine exacerbated acute symptoms while treatment during the early stages of the disease increased the risk of acquiring chronic arthralgia.In conclusion, we provide a detailed description of CHIK outpatients and identify risk factors for the chronic stage of the disease. We propose tentative diagnostic scores and we firmly establish that the use of chloroquine at the acute phase of CHIK is contraindicated.

Chikungunya est un alphavirus transmis par les moustiques (Aedes) et qui provoque de la fièvre, des éruptions cutanées, des myalgies et des arthralgies. La maladie (CHIKVD) est transitoire, mais des formes sévères menant à des arthrites chroniques incapacitantes ont été signalées. Nous avons dans un premier temps étudié prospectivement les paramètres cliniques et immunologiques associés à la maladie chez des patients hospitalisés et identifiés comme étant ‘guéris’ ou 'chronique' à M12 après l'infection. Dans la deuxième partie, nous avons observé in vitro les mécanismes et le rôle de l'apoptose dans le processus infectieux permettant au virus de persister dans les sanctuaires tissulaires. En phase aiguë, une forte réponse immune dominée par une activation des cellules NK/dendritique/cellules T, la production d’anticorps spécifiques et une faible production de cytokines Th1 > Th2 a été observée mais sans aucune différence significative entre les deux groupes. Cependant, la virémie initiale s'est révélée beaucoup plus élevée dans le groupe chronique est nous avons pu identifier du matériel viral dans les macrophages du tissu synovial d'un patient chronique post-CHIKVD (M18). Dans la deuxième partie de l'étude, nous avons constaté que CHIKV est capable d'induire l'apoptose par la voie intrinsèque et extrinsèque et également par un mécanisme ‘bystander’. De plus, nous avons observé que le CHIKV présent dans des corps (blebs) apoptotiques était capable d'infecter les cellules voisines (Hela et macrophage MM6). Notre étude a permis de mettre en évidence pour la première fois que CHIKV contrôle et détourne à son profit les mécanismes de défense anti-infectieux. / Chikungunya is an Alphavirus transmitted by mosquitoes (Aedes) and which causes fever, rash, myalgia and arthralgia. The disease (CHIKVD) is transient but severe forms leading to chronic incapacitating arthritis have been reported. The study involved first a prospective cohort study of hospitalized patients from Reunion Island subsequently categorized into ‘recovered’ or ‘chronic arthralgia’ groups at M12 post infection. Clinical and immunological parameters were measured throughout the disease course. In part two, we addressed in vitro the role of apoptosis in the infection process and particularly to ascertain the mechanisms allowing the virus to persist in tissue sanctuaries. We observed that a rapid immune antiviral response was evidenced by the robust dendritic/NK//T cell activation and accompanied by a specific IgM/IgG response and a rather weak Th1/Th2 cytokine response in both groups. The viremia was much more pronounced in the chronic group and, critically, we found that CHIKV was persisting (M18) in perivascular synovial macrophages. Fibroblast hyperplasia, strong angiogenesis and acute cell deaths were observed in the injured synovial tissue. In the second part of the study, we found that CHIKV was able to trigger apoptosis through intrinsic and extrinsic pathways. Bystander apoptosis was also evidenced in neighboring cells in a caspase 8-dependent manner. Remarkably, CHIKV hiding into apoptotic blebs was able to infect neighboring cells and these events were inhibited specifically by inhibitors of caspases, blebbing and engulfment. We herein describe a novel mechanism by which CHIKV invades and escapes the host immune response and contribute to chronic arthralgia/arthritis.

Les arbovirus (dont le virus chikungunya, CHIKV) sont responsables de millions d'infections chaque année ; aucun vaccin n'est encore approuvé, et les traitements disponibles restent limités. De part leur circulation constante entre le moustique et l'humain, leur adaptation rapide à différents hôtes est un facteur clé pour leur pathogenèse. Le taux d'erreur particulièrement élevé de leur polymérase ARN permet une rapide diversification génique qui conduit à la génération d'un nuages de mutants, appelée quasi espèce. Les quasi espèces contiennent non seulement des génomes mutés, mais aussi des ARN recombinés à partir de deux génomes d'origine différente, ainsi que des génomes avec de grandes délétions, incapables de se répliquer sans l'aide d'un autre virion qui doit infection la même cellule, nommés génomes viraux défectifs (GVD). Une régulation étroite de la taille du nuage de mutants est clé pour une pathogenèse efficace : si trop petit, le potentiel adaptatif du virus sera impacté ; au contraire, une quasi-espèce trop grande peut mener à l'accumulation rapide de mutations délétères pour le virus. Alors que la régulation du paysage mutationnel est atteinte grâce à un taux d'erreur de la polymérase viral finement contrôlé, la recombinaison et la réplication des génomes défectifs sont influencés par le potentiel de co-infection des cellules cibles. Dans ce contexte, l'exclusion de la surinfection (ESI), un processus par lequel l'infection par un premier virus inhibe l'infection par un second virus, peut influer le dynamique de la quasi-espèce. Bien que décrite dans la plupart des familles virales, les mécanismes à l'origine de l'ESI restent mal caractérisés. Dans ce travail, je montre que CHIKV exclut une infection future par CHIKV, mais aussi par le virus Sindbis et le virus de la grippe A, mais non par le virus du Nil occidental. Je démontre que l'exclusion de CHIKV se situe au niveau de la pénétration du génome viral dans le cytoplasme, puis de sa réplication, mais n'influence ni l'attachement du virion ni la traduction de son génome. Je montre également que l'ESI est indépendant de l'action des interférons de type I, et qu'elle n'est médiée ni par la transcription cellulaire, ni par un facteur soluble. De plus, l'exclusion n'est pas due à une unique protéine virale, suggérant un potentiel rôle de la réponse cellulaire à l'infection.Déterminer l'influence des pressions immunologiques dans l'établissement de la quasi-espèce peut aider à une meilleure compréhension de l'interaction entre évolution virale et réponse immunitaire. Bien que la caractérisation non biaisée des mutations ponctuelles fût le fruit de nombreux travaux, les GVD restent peu caractérisées, en particulier chez les alphavirus. Dans la deuxième partie de ce travail, je développe des outils bio-informatiques pour isoler rapidement les GVD de données de séquençage à haut débit, et analyse les avantages et les inconvénients d'un ajout d'une étape de pré-amplification pour détecter et quantifier les GVD. À l'aide de ces outils, je fournis ensuite la première description complète des GVD produits par des passages séquentiels de CHIKV en culture cellulaire. En particulier, je montre que le type de GVD générés est très dépendants du type cellulaire, avec des motifs de séquences et des cadres de lecture ouverts différents lorsque les cellules hôtes sont des cellules de mammifère ou d'insecte. Ces résultats soulignent le role de l'environnement cellulaire dans le modelage de la quasi-espèce, et des GVD en particulier. Des travaux futurs aideront à dévoiler les mécanismes sous-jacents à cette interaction et pourraient permettre la conception de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant les dynamiques des quasi-espèces. / Arboviruses such as chikungunya virus (CHIKV) are responsible for millions of yearly infections, with no approved vaccines and limited treatments. Because they circulate between mosquitoes and humans, their fast adaptation potential to different hosts is key to pathogenesis. To achieve genome diversification, they rely on the error-prone nature of their self-encoded RNA-dependent RNA polymerase, which quickly generates a cloud of mutants, termed quasispecies. Quasispecies contain not only mutated genomes, but also shuffled genomes of different parental origin (through a process known as recombination), as well as genomes with large deletions, unable to replicate without the co-infection with a full-length helper genome, and thus termed defective viral genomes (DVGs). A tight regulation of the mutant cloud size is key to pathogenesis: if too small, it will limit the adaptation potential of the virus, whilst too big a quasispecies may lead to the fast accumulation of deleterious mutations. While regulation of the mutational landscape is achieved through the finely tuned error rate of the viral polymerase, recombination and DVG replication are influenced by the co-infection potential of the target cells.In this context, superinfection exclusion (SIE), a process by which infection by a first virus prevents infection by a second, closely related virus, can regulate quasispecies dynamics. While described in most viral families, mechanisms underlying SIE remain poorly characterised. Here, I show that CHIKV infection excludes subsequent infection by CHIKV, Sindbis virus and influenza A virus, but not West Nile virus. I demonstrate that CHIKV exclusion occurs at two steps, impacting independently viral penetration and replication, but does not directly influence binding, nor viral protein translation. I further show that SIE is interferon independent, and does not rely on host cell transcription nor on soluble cellular factors. Moreover, exclusion is not mediated by the action of a single CHIKV protein, suggesting that a cellular response may be at play. Assessing how different immunological pressures can shape quasispecies landscape may prove useful to a more thorough understanding of the interplay between viral evolution and the immune response. Although the unbiased study of point mutations has received much attention, less is known about the characteristics of DVGs, especially in alphaviruses. In the second part of this work, I develop bioinformatics tools to quickly isolate DVGs from next-generation sequencing data, and assess the advantages and drawbacks of pre-amplification steps to detect and quantify DVGs. Using these tools, I provide the first unbiased description of the DVG landscape generated through serial passaging of CHIKV in cell culture. In particular, I show that the DVG landscape is highly dependent on the cell type, with sequence patterns and open reading frames differing between DVGs generated in mammalian and insect cells. These results highlight the role of the cellular environment in shaping quasispecies, and DVGs in particular. Future work will help uncover the mechanisms underlying this crosstalk and may prove useful for the design of treatments targeting quasispecies dynamics.