Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-06-02T22:29:36Z No. of bitstreams: 1 FlaviaMolLanna_DISSERT.pdf: 2377354 bytes, checksum: 0fe56f07a87578273cda933a22b3a564 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-06-08T22:58:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FlaviaMolLanna_DISSERT.pdf: 2377354 bytes, checksum: 0fe56f07a87578273cda933a22b3a564 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-08T22:58:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FlaviaMolLanna_DISSERT.pdf: 2377354 bytes, checksum: 0fe56f07a87578273cda933a22b3a564 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Quais os processos e mecanismos respons?veis pela diversifica??o das esp?cies? Essa ? uma quest?o antiga que tem sido revolucionada com o avan?o tecnol?gico, computacional e metodol?gico, e tem sido agora compreendida de uma forma que antes n?o era poss?vel. A filogeografia ? uma multidisciplina que utiliza ferramentas derivadas da biogeografia, filogenia molecular e gen?tica de popula??es para entender o contexto da distribui??o dos genes no tempo e espa?o. O presente estudo utiliza an?lises filogen?ticas e filogeogr?ficas para inferir os processos determinantes na diversifica??o de lagartos do g?nero Lygodactylus nas Florestas Tropicais Sazonalmente Secas (FTSS) da Am?rica do Sul. No primeiro cap?tulo n?s investigamos as rela??es entre os Lygodactylus Sul Americanos, buscando entender a influ?ncia do Arco Pleistoc?nico em sua diversifica??o e se essas esp?cies representam um grupo monofil?tico. Atrav?s de an?lises filogen?ticas e de delimita??o de esp?cie, n?s recuperamos o monofiletismo do grupo quando comparado com as esp?cies Africanas e reconhecemos L. klugei como um complexo de esp?cies cr?pticas. N?s sugerimos o aumento de duas para cinco esp?cies de Lygodactylus na Am?rica do Sul. O tempo de diverg?ncia entre L. klugei e as esp?cies candidatas end?micas das FTSSs n?o foi congruente com a hip?tese do Arco Pleistoc?nico. Por?m, a fragmenta??o das FTSS pode ter influenciado na diverg?ncia de L. wetzeli e uma esp?cie candidata end?mica de um enclave de FTSS no Cerrado (S?o Domingos, regi?o do Vale do Paran?). No segundo cap?tulo investigamos a diversifica??o dentro da Caatinga, testando o papel do rio S?o Francisco (RSF) como barreira geogr?fica nesse bioma. Utilizamos um lagarto end?mico dessa regi?o (L. klugei) como modelo de estudo. N?s delimitamos as poss?veis linhagens, investigamos as rela??es filogen?ticas entre elas, a hist?ria de difus?o espa?otemporal e, para testar a hip?tese do rio (barreira para fluxo g?nico), n?s utilizamos uma an?lise de migra??o. N?s recuperamos duas linhagens estruturadas de acordo com o RSF: uma ao norte e outra ao sul do rio. A diverg?ncia dessas linhagens ocorreu ? 295 mil anos atr?s, congruente com a mudan?a do curso do RSF para seu atual curso. N?o encontramos influ?ncia do paleocurso do RSF na estrutura??o de L. klugei. / Which processes and mechanisms are responsible for species diversification? This old question has been revolutionized with technological, computational and methodological advancements, and is now being understood in a way that was previously not possible. Phylogeography is a multidiscipline that uses tools derived from biogeography, molecular phylogeny, and population genetics to understand the context of gene distribution in time and space. The present study uses phylogenetic and phylogeographic analyses to infer determinant processes in the diversification of the lizard genus Lygodactylus in Seasonally Dry Tropical Forests (SDTF) in South America. In the first chapter we investigate the relationships among South American Lygodactylus species, seeking to understand the influence of the Pleistocenic Arc on its diversification and whether these species represent a monophyletic group. Through phylogenetics and species delimitation analyses we recovered the monophyly of the group in relation to African species and recognized L. klugei as a cryptic species complex. We suggest that Lygodactylus in South America actually comprises five species instead of two. The divergence time among L. klugei and candidate species endemic to SDTFs was not congruent with the Pleistocenic Arc Hypothesis. However, we suggest that the fragmentation of SDTFs likely influenced the divergence of L. wetzeli, and of a candidate species endemic to a SDTF enclave within the Cerrado biome (S?o Domingos, Vale do Paran? region). In the second chapter we investigate the diversification within the Caatinga, testing the role of the S?o Francisco River (SFR) as a prominent geographic barrier. We used a lizard endemic to this region (L. klugei) as study model. We delimited the existent lineages, investigated the genetic relationships between them, the spatio-temporal diffusion history, and used a migration analysis to test the riverine hypothesis (barrier to gene flow). We recovered two lineages structured in respect to the SFR: a northern and a southern one. Lineage divergence occurred 295 kya, congruent with the course change of the SFR to its current position. We found no influence of the paleo-SFR on L. klugei structure.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-07-12T18:05:35Z No. of bitstreams: 1 2016 - Felipe Augusto da Silva.pdf: 12688361 bytes, checksum: 9f1ec0867eb071ebf8dbb7f89606cf25 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-12T18:05:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Felipe Augusto da Silva.pdf: 12688361 bytes, checksum: 9f1ec0867eb071ebf8dbb7f89606cf25 (MD5) Previous issue date: 2016-09-29 / To understand the behavior of molecules in liquid fase is fundamental for comprihend many chemical and physical process, became reference to severa! areas of scientific and tecnologic knowledge. Methods using polarizable continuum model (PCM) have been proposed and revised to achieve more acurated results and the aplicability of the method. MultiPatch is a analitic and eficient molecular smface tesselation method. This smface is necessary to calcule the eletrostatic component of the interaction energy between solute and solvent Delta G s. The method was tested by comparing the results for the smface area and the energy Delta G s obtained using internai methods of the software GAMESS. / Entender o comportamento de mol?culas em fase l?quida ? fundamental para o compreender diversos processos qu?micos e f?sicos, sendo assim refer?ncia para diversas ?reas do conhecimento cient?fico e tecnol?gico. M?todos usando o modelo de cont?nuo polariz?vel (PCM) tem sido propostos e revisados com o objetivo de melhorar a acur?cia dos resultados e a aplicabilidade desse modelo. MultiPatch ? um m?todo anal?tico e eficiente para se obter uma tessela??o da superf?cie molecular necess?ria para o computo de uma das componentes, de origem eletrost?tica, da energia de intera??o entre soluto e solvente Delta G s:. O m?todo foi testado comparando seus resultados para ?rea da superf?cie e a energia Delta G s com o m?todos internos do software GAMESS.

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2017-08-04T15:33:18Z No. of bitstreams: 1 2009 - Fl?vio Guerra Barroso.pdf: 2034037 bytes, checksum: 1635fb4534d6b8f1c27887b03f88ac56 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-04T15:33:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009 - Fl?vio Guerra Barroso.pdf: 2034037 bytes, checksum: 1635fb4534d6b8f1c27887b03f88ac56 (MD5) Previous issue date: 2009-08-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico. CNPQ / The biological contamination by invasive alien species is considered one of the greatest threats to biodiversity worldwide. However, in Brazil the information on this subject are still scarce, especially regarding the occurrence, distribution and influence of alien species on native communities, mainly in protected areas. The objective of this study was to identify exotic plant species present in the intensive use zone of Serra dos ?rg?os National Park and determine their occurrence, distribution and influence on the native plant community. The study area is located in Teres?polis and concentrates on the barragem road, which cuts across the zone of intensive use. To determine the occurrence of exotic plant species were allocated, randomly, 30 plots of 10 x 10 m along the road, located at different distances in edge-interior gradient of forest in order to identify the penetration and distribution of these species in the forest. Individuals with circumference at breast height (cbh) above 8 cm were included in the sample. To characterize plant community, phytosociological parameters were calculated as basal area, density, frequency, dominance and rates of coverage and importance. For the herbaceous layer, sub-plots of 5 x 5 m plots were installed within the existing plots, and those sampled by the method of points. We found 1,274 individuals of shrub-tree layer, distributed in 53 families, and 362 individuals of the herbaceous layer, distributed in 15 families. Only two exotic species were sampled: Impatiens walleriana Hook. f. e Hedychium coronarium J. K?nig, both herbaceous. These species were restricted to plots of class A, with penetration less than 10 meters. Its distribution is aggregated and, in the plots, they were found only in low densities, but with high frequency, suggesting behavior of weeds. The presence of these species have no influence on the tree-shrub layer but in the herbaceous layer, values of richness and abundance showed a negative correlation in the presence of these exotic species. / A contamina??o biol?gica por esp?cies ex?ticas invasoras ? considerada uma das maiores amea?as ? biodiversidade mundial. No entanto, no Brasil as informa??es sobre este assunto ainda s?o escassas, principalmente em rela??o ? ocorr?ncia, distribui??o e influ?ncia de esp?cies ex?ticas sobre as comunidades nativas, especialmente em ?reas protegidas. O objetivo deste estudo foi identificar as esp?cies vegetais ex?ticas presentes em um trecho da zona de uso intensivo do Parque Nacional da Serra dos ?rg?os e determinar sua ocorr?ncia, distribui??o e influ?ncia sobre a comunidade vegetal nativa. A ?rea de estudo localiza-se na sede Teres?polis do parque e concentra-se na estrada da barragem, que corta toda a zona de uso intensivo. Para determinar a ocorr?ncia de esp?cies vegetais ex?ticas foram alocadas 30 parcelas de 10 x 10 m ao longo da estrada, situadas a diferentes dist?ncias no gradiente borda-interior de mata a fim de identificar a penetrabilidade e distribui??o dessas esp?cies na floresta. Indiv?duos arb?reos com CAP igual ou superior a 8 cm foram inclu?dos na amostragem. Para caracterizar comunidade vegetal foram calculados par?metros fitossociol?gicos como ?rea basal, densidade, freq??ncia, domin?ncia absolutas e relativas e os ?ndices de cobertura e import?ncia. Para o estrato herb?ceo, sub-parcelas de 5 x 5 m foram alocadas dentro das parcelas j? existentes, e os indiv?duos foram amostrados atrav?s do m?todo de pontos. Foram encontrados 1.274 indiv?duos do estrado arbustivo-arb?reo, distribu?dos em 53 fam?lias, e 362 indiv?duos do estrato herb?ceo, distribu?dos em 15 fam?lias. Apenas duas esp?cies ex?ticas foram amostradas: Impatiens walleriana Hook. f. e Hedychium coronarium J. K?nig, ambas herb?ceas. Essas esp?cies estavam restritas as parcelas da classe A, com penetrabilidade inferior a 10 metros. Sua distribui??o ? agregada e, nas parcelas, elas foram encontradas somente em baixas densidades, por?m com alta freq??ncia, sugerindo um comportamento invasor. A presen?a dessas esp?cies parece n?o exercer influ?ncia sobre o estrato arbustivo-arb?reo por?m, no estrato herb?ceo, valores de riqueza e abund?ncia apresentam uma correla??o negativa quanto a presen?a dessas esp?cies ex?ticas.

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2016-08-03T11:52:14Z No. of bitstreams: 1 2011 - Gabriela Bueno B. Silva.pdf: 16499028 bytes, checksum: f77bf195f420f4227c29b60a75895d0d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-03T11:52:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011 - Gabriela Bueno B. Silva.pdf: 16499028 bytes, checksum: f77bf195f420f4227c29b60a75895d0d (MD5) Previous issue date: 2011-04-15 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior, CAPES, Brasil. / BITTENCOURT-SILVA, Gabriela Bueno. Insular Anuran (Amphibia) Communities of the Southeast Coast of Brazil: Taxonomic Composition and Relationship to the History of the Islands. 2011. 72p. Dissertation (Master of Science in Animal Biology). Instituto de Biologia, Departamento de Biologia Animal, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Serop?dica, RJ, 2011. A data set containing a list of the known species of frogs that occur near shore and on eight islands of the south coast of the State of Rio de Janeiro and north of the State of S?o Paulo was produced. For that, I compiled data from the literature and conducted inventories of a few of the islands. This list included 67 anuran species belonging to 11 families for eight islands and 117 species and 14 families for two localities on the mainland. The pattern of richness between islands was analyzed in respect to the island area and the composition of habitats used by the anurans for reproduction. Insular structural complexity was also evaluated in this regard. The results of correlation analyses of area vs. species richness and species richness vs. number of reproductive habitats were highly significant indicating that species richness prediction in fragmented environments depends on both factors. Nestedness analyses using the metric NODF was performed in an attempt to investigate whether shared species absences among the islands are the result of a random process or represents a pattern indicative of ordered loss of species. The predicted pattern was confirmed ? that is, that species loss is nonrandom and that this was possibly caused by habitat loss. The role played by climatic events at the beginning of the Holocene and of the availability of reproductive habitats in the islands upon species loss is discussed. Furthermore, it is discussed how these results can help to guide conservation strategies of anuran species. / BITTENCOURT-SILVA, Gabriela Bueno. Comunidades de Anf?bios Anuros Insulares do Litoral Sudeste do Brasil: Composi??o Taxon?mica e Rela??es com a Hist?ria de Forma??o das Ilhas. 2011. 72p. Disserta??o (Mestrado em Biologia Animal). Instituto de Biologia, Departamento de Biologia Animal, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Serop?dica, RJ, 2011. Atrav?s de invent?rios e compila??o de dados da literatura levantou-se a composi??o de esp?cies de anf?bios anuros de oito ilhas, sendo seis da Costa Verde do Estado do Rio de Janeiro e duas do litoral norte do Estado de S?o Paulo. Al?m das ilhas, foram tamb?m compilados da literatura os invent?rios de duas comunidades representativas do litoral dos dois Estados. Adicionalmente, foram registradas 67 esp?cies, pertencentes a 11 fam?lias de anuros nas ilhas e 117 esp?cies e 14 fam?lias para o continente. O padr?o de distribui??o de riqueza das ilhas foi avaliado em rela??o ? ?rea das ilhas, ? composi??o de ambientes usados pelos anuros para reprodu??o e ? complexidade estrutural das ilhas. As an?lises de correla??o da riqueza de esp?cies vs. ?rea e riqueza de esp?cies vs. n?mero de ambientes reprodutivos apresentam resultados significativos, que s?o indicativos que a riqueza de esp?cies em ambientes fragmentados depende da intera??o de ambos os fatores. A fim de avaliar se as aus?ncias compartilhadas de esp?cies entre as ilhas ocorrem ao acaso ou encontram-se estruturadas, realizou-se uma an?lise de aninhamento com o aux?lio da m?trica NODF. O padr?o previsto foi confirmado e a perda de diversidade ? discutida em rela??o ? eventos clim?ticos do in?cio do Holoceno e ? disponibilidade de ambientes reprodutivos nas ilhas. Discute-se ainda como os resultados desse estudo podem servir para orientar programas de conserva??o de esp?cies de anf?bios anuros

Submitted by PPG Pediatria e Sa?de da Crian?a (pediatria-pg@pucrs.br) on 2018-11-01T18:12:18Z No. of bitstreams: 1 disserta??o Josiane Silva Silveira vers?o final corrigida.pdf: 4036302 bytes, checksum: cdea806bf90b79da9a4047282152d203 (MD5) / Approved for entry into archive by Sheila Dias (sheila.dias@pucrs.br) on 2018-11-05T12:55:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 disserta??o Josiane Silva Silveira vers?o final corrigida.pdf: 4036302 bytes, checksum: cdea806bf90b79da9a4047282152d203 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-05T13:36:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 disserta??o Josiane Silva Silveira vers?o final corrigida.pdf: 4036302 bytes, checksum: cdea806bf90b79da9a4047282152d203 (MD5) Previous issue date: 2018-10-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / INTRODUCTION: asthma is a chronic inflammatory disease characterized by secretion of elevated levels of cytokines (interleukin (IL)-4, IL-5 and IL-13), reactive oxygen species (ROS), autophagy and eosinophil extracellular traps (EETs) release in airway. Moreover, respiratory syncytial virus (RSV) infection may facilitate allergic sensitization development as well as exacerbate asthma symptoms. Recently, studies have demonstrated an increase of autophagy in eosinophils of asthmatic patients, contributing to an increase in inflammatory response. In asthma, an increase in EETs release may cause tissue damage and an increase in mucus viscosity, which contribute to airway obstruction and reduction of lung function. However, the mechanism of EETs formation and its pathophysiologic role in asthma are poorly understood. OBJECTIVE: the aim of this dissertation was to elucidate some mechanisms involved in EETs release in asthma. We investigated whether the respiratory syncytial virus (RSV) could induce EETs in vitro in bronchoalveolar lavage fluid (BALF) eosinophils of an experimental asthma model. Moreover, we evaluated ROS and autophagy participation in mechanisms involved in EETs formation. METHODS: in order to perform the experimental model of asthma, BALB/cJ mice were sensitized with two subcutaneous injections of ovalbumin (OVA) on days 0 and 7, followed by three intranasal challenges with OVA on days 14, 15 and 16 of the protocol. In paper 1, BALF eosinophils of OVA group and control group were stimulated with RSV (103 PFU/mL) in vitro for 3 hours. After that, culture supernatant was collected in order to perform the analyses proposed in this study which were evaluated according to the specific objectives of this paper. In paper 2, during the experimental asthma protocol, mice were treated intranasally with a nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase (NDPH oxidase) inhibitor, diphenyleneiodonium (DPI), or a glutathione precursor, N-acetylcysteine (NAC). In paper 3, mice were treated intranasally with an autophagy inhibitor, 3-Methyladenine (3-MA). Treatments were performed 45 minutes before of the three intranasal administrations with OVA. At the end of the protocol, BALF and lung tissue were collected to perform the techniques discribed in each of the papers, according to their specific objectives. RESULTS: in paper 1, we verified an increase in EETs release in BALF eosinophils from OVA group stimulated with RSV in vitro. RSV in vitro decreased IFN-? in BALF cells when compared to the OVA group. In paper 2, we showed that in NAC-treated OVA group there was a decrease in the inflammatory cells in BALF and lung tissue. DPI or NAC treatments reduced EPO activity, goblet cells hyperplasia, inflammatory cytokines and NF?B p65 immunocontent in lung, and they helped in decreasing ROS production in lung. Furthermore, NAC increased catalase (CAT) activity in lung. However, only NAC treatment improved mitochondrial energy metabolism in lung. We showed that DPI or NAC reduced EETs formation in BALF from the OVA group. In paper 3, we showed that in 3-MA-treated OVA group there was a decrease in the inflammatory cells, EPO activity, goblet cells hyperplasia, inflammatory cytokines, NF?B p65 immunocontent, and oxidative stress in airway. Moreover, 3-MA was able to improve mitochondrial energy metabolism and increase Na+,K+-ATPase activity. We also demonstrated that 3-MA decreased light chain 3B (LC3B) in BALF cells and lung tissue as well as reduced EETs formation in BALF. CONCLUSION: our results verified an important role for RSV in the induction of EETs release. Moreover, DPI, NAC and 3-MA treatments decreased airway inflammation, oxidative stress and EETs release in asthma. Our data suggested that RSV, ROS and autophagy participate in the mechanisms for EETs release in asthma. Thus, identification of mechanisms that regulate EETs formation in asthma may contribute to a better understanding of the pathogenesis of this chronic inflammatory disease which damages patients? quality of life and is responsible for a high economic cost for the Brazilian Single Health System (SUS). / INTRODU??O: a asma ? uma doen?a inflamat?ria cr?nica caracterizada pela secre??o de elevados n?veis de citocinas do perfil T helper 2 (Th2) como interleucina (IL)-4, IL-5 e IL-13, esp?cies reativas de oxig?nio (EROs), aumento da autofagia e forma??o redes extracelulares de eosin?filos (EETs). A infec??o pelo v?rus sincicial respirat?rio (VSR) pode facilitar o desenvolvimento da sensibiliza??o al?rgica bem como exacerbar os sintomas da doen?a. Recentemente, estudos t?m demonstrado o aumento da autofagia em eosin?filos das vias de pacientes asm?ticos, contribuindo para o aumento da resposta inflamat?ria nas vias a?reas. Na asma, a produ??o excessiva de EETs pode causar dano tecidual e aumento da viscosidade do muco, podendo contribuir para o aumento da obstru??o da via a?rea e redu??o da fun??o pulmonar. Entretanto, os mecanismos de forma??o das EETs e seu papel fisiopatol?gico na asma s?o pouco compreendidos. OBJETIVO: esta disserta??o teve como objetivo elucidar alguns mecanismos envolvidos na libera??o de EETs na asma. Avaliamos a participa??o do VSR in vitro, das EROs e da autofagia nos mecanismos envolvidos na libera??o das EETs em eosin?filos do lavado broncoalveolar (LBA) em um modelo experimental de asma. METODOLOGIA: para o desenvolvimento do modelo experimental de asma, camundongos BALB/cJ foram sensibilizados com duas inje??es subcut?neas de ovalbumina (OVA) nos dias 0 e 7 seguidos por tr?s desafios intranasais com OVA nos dias 14, 15 e 16 do protocolo. No artigo cient?fico 1, eosin?filos do LBA de animais do grupo OVA e do grupo controle foram estimulados com VSR (103 PFU/mL) in vitro por 3 horas. Ap?s este per?odo, o sobrenadante da cultura foi coletado para a realiza??o das t?cnicas avaliadas conforme os objetivos espec?ficos deste artigo cient?fico. No artigo cientifico 2, durante o protocolo experimental de asma, os animais foram tratados via intranasal com um inibidor da nicotinamida adenina dinucleot?deo fosfato oxidase (NADPH oxidase), difenileno-iod?nio (DPI), ou com um precursor da glutationa, N-acetilciste?na (NAC), 45 minutos antes dos tr?s desafios intranasais com OVA. J? no artigo cientifico 3, os animais foram tratados via intranasal com um inibidor de autofagia, 3-metiladenina (3-MA), 45 minutos antes dos tr?s desafios intranasais com OVA. Ao final do protocolo o LBA e o tecido pulmonar foram coletados para a realiza??o das t?cnicas avaliadas em cada um dos artigos cient?ficos, conforme seus objetivos espec?ficos. RESULTADOS: no artigo cientifico 1, observamos um aumento na libera??o de EETs em eosin?filos do LBA de animais submetidos ao modelo experimental de asma e estimulados com VSR in vitro. Por outro lado, o VSR in vitro foi capaz de diminuir os n?veis de IFN-? no sobrenadante da cultura de eosin?filos do LBA. Em rela??o aos resultados do artigo cient?fico 2, verificamos que no grupo OVA tratado com NAC ocorreu uma diminui??o no n?mero de c?lulas inflamat?rias no LBA bem como uma redu??o no infiltrado inflamat?rio pulmonar. Al?m disso, os animais do grupo OVAM tratados com DPI ou NAC apresentaram uma redu??o da enzima EPO, hiperplasia de c?lulas caliciformes, citocinas inflamat?rias e da prote?na fator nuclear kappa B (NF?B p65). Os tratamentos com DPI ou NAC foram capazes de reduzir a forma??o de EROs, aumentar a atividade da enzima catalase antixidante (CAT). Por outro lado, par?metros do metabolismo energ?tico mitocondrial aumentaram somente com o tratamento com NAC. Por fim, demonstramos que os tratamentos com DPI ou NAC foram capazes de reduzir a forma??o de EETs do LBA. No artigo cient?fico 3, observamos que no grupo OVA tratado com o inibidor de autofagia, 3-MA, ocorreu uma diminui??o no n?mero de c?lulas inflamat?rias no LBA bem como uma redu??o do infiltrado inflamat?rio pulmonar. Al?m disso, os animais tratados com 3-MA apresentaram uma redu??o nos n?veis da enzima EPO, hiperplasia de c?lulas caliciformes, citocinas inflamat?rias e da prote?na NF?B p65. O tratamento com 3-MA foi capaz de reduzir a forma??o de EROs bem como aumentar os n?veis da enzima antioxidante CAT. O tratamento com 3-MA tamb?m melhorou par?metros do metabolismo energ?tico mitocondrial e a atividade da enzima Na+,K+ATPase. Demonstramos tamb?m que o tratamento com 3-MA diminuiu o imunoconte?do da prote?na light chain 3B (LC3B) em eosin?filos do LBA e no tecido pulmonar e reduziu a forma??o de EETs no LBA. CONCLUS?O: Nossos resultados demonstram um importante papel do VSR na indu??o da libera??o de EETs. Al?m disso, verificamos que os tratamentos com DPI, NAC e 3-MA foram capazes de reduzir a inflama??o das vias a?reas, o estresse oxidativo e a libera??o de EETs no LBA. Demonstramos que o VSR, as EROs e a autofagia participam dos mecanismos que regulam o processo de libera??o das EETs na asma. Assim, a identifica??o de alguns desses mecanismos envolvidos na libera??o de EETs na asma pode contribuir para uma melhor compreens?o da patog?nese desta doen?a inflamat?ria cr?nica que prejudica a qualidade de vida dos pacientes e ? respons?vel por um alto custo econ?mico para o Sistema ?nico de Sa?de (SUS).

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2015-07-29T01:06:03Z No. of bitstreams: 1 Disserta??o Final_Renata Lee Medeiros.pdf: 1857499 bytes, checksum: eabb755377f3d7836668b4bae4c796fc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-29T01:06:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Disserta??o Final_Renata Lee Medeiros.pdf: 1857499 bytes, checksum: eabb755377f3d7836668b4bae4c796fc (MD5) Previous issue date: 2014-03-14 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado da Bahia - FAPEB / The abiotic factors as the temperature, relative humidity, precipitation and altitude can exert influence in community Euglossine bees. The objectives of this study were 1 ? To Identify the Euglossine bees species occurring in a restricted area from dense Ombrophilous Forest in the Environmental Protection Area of the Pratigi - Southern Bahia; 2 ? To Characterize the monthly fluctuations in local abundance of these species, 3 ? To Analyze if the abiotic factors (temperature, precipitation, humidity and altitude) affected the composition, richness and abundance of Euglossine bees throughout the year; 4 ? To Check if there was a change in composition Euglossine bees species in an altitudinal gradient coastal to the continent. Euglossine males were collected one a month, for twelve months, from 9:00 am to 3:00 pm, with aromatic traps containing methyl cinnamate, vanillin, eucalyptol, benzyl acetate, methyl salicylate, eugenol and ?-Ionone. A total of 1947 males distributed among 3 genera and 25 species were collected. The most abundant species were Euglossa carolina and Euglossa ignita. Two peaks of abundance were observed, the larger one in the dry season. There wasn?t significant influence of abiotic variables (temperature, humidity, precipitation and altitude) on species richness. The abundance was influenced by temperature and humidity. The Diversity (H?) and Dominance were influenced by altitude. The study reveal the importance of preserving Euglossine bees species in different phytophysiognomies within the same biome, once different phytophysiognomies can alter the pattern of richness and abundance of Euglossine bees species in the environment. / Os fatores abi?ticos como temperatura, umidade relativa, caracter?sticas de precipita??o e altitude podem exercer influencia sobre a comunidade de Euglossina. Os objetivos deste trabalho foram 1- Identificar as esp?cies de abelhas Euglossina que ocorrem em uma ?rea restrita de Floresta Ombr?fila Densa na APA do Pratigi ? Baixo Sul da Bahia; 2- Caracterizar a flutua??o mensal na abund?ncia local destas esp?cies; 3-Analisar se os fatores abi?ticos (temperatura, pluviosidade, umidade, e altitude) influenciaram a composi??o, riqueza e abund?ncia de abelhas Euglossina ao longo do ano; 4-Verificar se houve altera??o na composi??o de esp?cies de abelhas Euglossina em um gradiente altitudinal no sentido litoral-interior. Os machos das esp?cies foram amostrados uma vez por m?s, durante um ano, entre 09:00 e 15:00 h, com o aux?lio de armadilhas arom?ticas contendo cinamato de metila, vanilina, eucaliptol, acetato de benzila, salicilato de metila, eugenol e beta-ionona. Foram coletados 1947 machos pertencentes 3 g?neros e 25 esp?cies. As esp?cies mais abundantes foram Euglossa carolina e Euglossa ignita. A comunidade de Euglossina apresentou diferentes padr?es de flutua??o mensal nas diferentes fitofisionomias na APA do Pratigi. De um modo geral, em todas as ?reas, os maiores picos de abund?ncia ocorreram no per?odo seco. N?o houve influencia significativa das var?veis abi?ticas (temperatura, umidade, precipita??o e altitude) sobre a riqueza de esp?cies. A abund?ncia sofreu influencia positiva da temperatura, negativa da umidade e n?o sofreu influencia da precipita??o e altitude. A Diversidade H? e a Domin?ncia sofreram influencia apenas da altitude. O estudo revela a import?ncia da preserva??o de esp?cies de Euglossina em diferentes forma??es fitofisionomicas dentro do mesmo bioma, uma vez que diferen?as na fitofisionomia podem alterar o padr?o de riqueza e abund?ncia de abelhas Euglossina no ambiente.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TaffarelMT_DISSERT.pdf: 2213102 bytes, checksum: 779f70cd3a9747e4f3a386630bd3d1cc (MD5) Previous issue date: 2013-04-09 / Funda??o de Apoio ? Pesquisa do Estado do Rio Grande do Norte / Oilseeds are a high-value natural resource, due to its use as a substitute for petroleum. However, the storage time can reduce seed viability and oil quality. Therefore, scientific efforts have been made to provide a increment of storage time, germination rates and plant establishment of high-value oilseeds. The seedling establishment depends of the plant pass over the functional transition stage, characterized by a metabolic change from heterotrophic condition to autotrophic one. The storage oil mobilization is performed by β-oxidation process and the glyoxylate cycle. Also, the functional transition involves acclimation to photosynthetic condition, which generally includes the participation of antioxidant system and the reactive oxygen species, the latter are produced in various reactions of primary and secondary metabolism. In the present study, Catalase was inhibited during the functional transition of sunflower and safflower, after were performed many analyzes to elucidate the effects caused on the SOD and APX antioxidant systems. Also, were checked the changes in expression pattern of the glyoxylate cycle enzymes markers, ICL and MLS. It was observed that after CAT inhibition, the SOD and APX antioxidant systems allow the seedling establishment. Besides, was verified that both oilseeds can be accelerate the reverse mobilization and the photosynthetic establishment when Catalase activity has dramatically decreased / As sementes oleaginosas armazenam ?leos, um recurso natural de alto valor econ?mico devido a sua aplicabilidade como substituto aos derivados do petr?leo. Por?m, o tempo de armazenamento pode inviabilizar a semente provocando a redu??o da qualidade do ?leo e perda da viabilidade da semente. Por este motivo, esfor?os cient?ficos t?m sido realizados para proporcionar um maior tempo de armazenamento e incrementar taxas de germina??o e estabelecimento destas plantas com alto valor econ?mico. O estabelecimento da pl?ntula depende da capacidade do vegetal transpassar a etapa de transi??o funcional, caracterizada pela mudan?a do estado heterotr?fico para o autotr?fico. O consumo das reservas de ?leo depende das vias de β-oxida??o e do ciclo do glioxilato. No entanto, o processo de transi??o envolve a aclimata??o do vegetal ? condi??o de organismo fotossintetizante, que em geral conta com a participa??o fundamental do sistema antioxidante do vegetal devido ? produ??o de esp?cies reativas de oxig?nio em v?rias rea??es do metabolismo prim?rio e secund?rio. Neste estudo, a Catalase foi inibida durante a transi??o funcional de girassol e c?rtamo para analisar os efeitos provocados nos sistemas antioxidantes de APX e da SOD e verificar as modifica??es no padr?o de express?o das enzimas marcadoras do ciclo do glioxilato, ICL e MLS. Constatou-se que diante da inibi??o da Catalase o sistema antioxidante da APX e da SOD permitem o estabelecimento da pl?ntula. Verificou-se tamb?m que as duas oleaginoasas parecem acelerar a mobiliza??o de reservas e o estabelecimento fotossint?tico quando a Catalase tem a atividade drasticamente reduzida

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:33:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IgorGB_DISSERT.pdf: 695705 bytes, checksum: 0611f2165b1e05afa1e64ceaedeacebb (MD5) Previous issue date: 2012-08-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / High levels of local, regional, and global extinctions has progressively simplified communities in terms of both species and ecosystem functioning. Theoretical models demonstrated that the degree of functional redundancy determines the rates of functional group loss in response to species extinctions. Here, we improve the theoretical predictions by incorporating in the model interactions between species and between functional groups. In this study, we tested the effect of different scenarios of interspecific interactions and effects between functional groups on the resistance to loss of community functional groups. Virtual communities have been built with different distribution patterns of species in functional groups, both with high and low evenness. A matrix A was created to represent the net effect of interspecific interactions among all species, representing nesting patterns, modularity, sensitive species, and dominant species. Moreover, a second matrix B was created to represent the interactions between functional groups, also exhibiting different patterns. The extinction probability of each species was calculated based on community species richness and by the intensity of the interspecific interactions that act upon it and group to which it belongs. In the model, successive extinctions decrease the community species richness, the degree of functional redundancy and, consequently, the number of functional groups that remain in the system. For each scenario of functional redundancy, A, and B, we ran 1000 simulations to generate an average functional extinction curve. Different model assumptions were able to generate remarkable variation on functional extinction curves. More extreme variations occurred when the matrix A and B caused a higher heterogeneity in the species extinction probability. Scenarios with sensitive species, positive or negative, showed a greater variation than the scenarios with dominant species. Nested interactions showed greater variation than scenarios where the interactions were in modules. Communities with maximal functional evenness can only be destabilized by the interactions between species and functional groups. In contrast, communities with low functional evenness can have its resistance either increased or decreased by the interactions. The concentration of positive interactions in low redundancy groups or negative interactions in high redundancy groups was able to decrease the functional extinction rates. In contrast, the concentration of negative interactions in low redundancy groups or positive interactions in high redundancy groups was able to increase the functional extinction rates. This model shows results that are relevant for species priorization in ecosystem conservation and restoration / Os n?veis elevados de extin??es locais, regionais e globais t?m simplificado progressivamente comunidades em termos de esp?cies e funcionamento do ecossistema. Modelos te?ricos demonstraram que o grau de redund?ncia funcional determina as taxas de perda de grupos funcionais ? medida que as comunidades sofrem extin??o de esp?cies. Aqui n?s aprimoramos as predi??es te?ricas pela incorpora??o no modelo de intera??es entre esp?cies e entre grupos funcionais. Neste estudo, testamos o efeito de diferentes cen?rios de intera??es interespec?ficas e de efeitos entre grupos funcionais sobre a resist?ncia das comunidades ? perda de grupos funcionais. Comunidades virtuais foram constru?das com diferentes padr?es de distribui??o de esp?cies nos grupos funcionais, tanto com alta quanto com baixa equitabilidade. Uma matriz A foi criada para representar o efeito l?quido das intera??es interespec?ficas entre todas as esp?cies, representando padr?es de aninhamento, modularidade, esp?cies sens?veis ou dominantes. Al?m disto, uma segunda matriz B foi criada para representar as intera??es entre grupos funcionais, tendo tamb?m diferentes padr?es. A probabilidade de extin??o de cada esp?cie foi calculada com base na riqueza de esp?cie da comunidade e pela intensidade das intera??es interespec?ficas que atuam sobre ela e sobre o grupo funcional ao qual ela pertence. No modelo, extin??es de esp?cies sucessivas diminuem a riqueza da comunidade, o grau de redund?ncia funcional e consequentemente o n?mero de grupos funcionais que permanecem no sistema. Para cada cen?rio de redund?ncia funcional, A e B, n?s rodamos 1000 simula??es para gerar uma curva de extin??o funcional m?dia. Diferentes suposi??es do modelo foram capazes de gerar varia??es not?veis nas curvas de extin??o funcional. Varia??es mais extremas ocorreram quando as matrizes A e B definem um efeito diferencial acentuado na probabilidade de extin??o das esp?cies dos grupos funcionais. Cen?rios com esp?cies sens?veis, positivas ou negativas, apresentaram uma maior varia??o que os cen?rios com esp?cies dominantes. Intera??es aninhadas apresentaram maior varia??o do que cen?rios em que as intera??es s?o modulares. Comunidades com redund?ncia funcional m?xima podem somente ser fragilizadas pelas intera??es entre esp?cies e grupos funcionais. Em contraste, comunidades com baixa riqueza funcional pode ter sua resist?ncia aumentada ou diminu?da pelas intera??es. A concentra??o de intera??es positivas in grupos de baixa redund?ncia ou intera??es negativas em grupos de alta redund?ncia foi capaz de diminuir as taxas de extin??o funcional. Em contraste, a concentra??o de intera??es negativas em grupos de baixa redund?ncia ou de intera??es positivas em grupos de alta redund?ncia foi capaz de aumentar as taxas de extin??o funcional. Este modelo apresenta resultados relevantes para prioriza??o de esp?cies em trabalhos de conserva??o e restaura??o dos ecossistemas

Made available in DSpace on 2015-03-03T15:47:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeonardoCTB_DISSERT.pdf: 2119704 bytes, checksum: 5bdd21de8bfa668bba821593cdd5289f (MD5) Previous issue date: 2011-02-07 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / Multi-objective combinatorial optimization problems have peculiar characteristics that require optimization methods to adapt for this context. Since many of these problems are NP-Hard, the use of metaheuristics has grown over the last years. Particularly, many different approaches using Ant Colony Optimization (ACO) have been proposed. In this work, an ACO is proposed for the Multi-objective Shortest Path Problem, and is compared to two other optimizers found in the literature. A set of 18 instances from two distinct types of graphs are used, as well as a specific multiobjective performance assessment methodology. Initial experiments showed that the proposed algorithm is able to generate better approximation sets than the other optimizers for all instances. In the second part of this work, an experimental analysis is conducted, using several different multiobjective ACO proposals recently published and the same instances used in the first part. Results show each type of instance benefits a particular type of instance benefits a particular algorithmic approach. A new metaphor for the development of multiobjective ACOs is, then, proposed. Usually, ants share the same characteristics and only few works address multi-species approaches. This works proposes an approach where multi-species ants compete for food resources. Each specie has its own search strategy and different species do not access pheromone information of each other. As in nature, the successful ant populations are allowed to grow, whereas unsuccessful ones shrink. The approach introduced here shows to be able to inherit the behavior of strategies that are successful for different types of problems. Results of computational experiments are reported and show that the proposed approach is able to produce significantly better approximation sets than other methods / Problemas de otimiza??o combinat?ria multiobjetivo apresentam caracter?sticas peculiares que exigem que t?cnicas de otimiza??o se adaptem a esse contexto. Como muitos desses problemas s?o NP-?rduos, o uso de metaheur?sticas tem crescido nos ?ltimos anos. Particularmente, muitas abordagens que utilizam a Otimiza??o por Col?nias de Formigas t?m sido propostas. Neste trabalho, prop?e-se um algoritmo baseado em col?nias de formigas para o Problema do Caminho mais Curto Multiobjetivo, e compara-se o algoritmo proposto com dois otimizadores encontrados na literatura. Um conjunto de 18 inst?ncias oriundas de dois tipos de grafos ? utilizado, al?m de uma metodologia espec?fica para a avalia??o de otimizadores multiobjetivo. Os experimentos iniciais mostram que o algoritmo proposto consegue gerar conjuntos de aproxima??o melhores que os demais otimizadores para todas as inst?ncias. Na segunda parte do trabalho, uma an?lise experimental de diferentes abordagens publicadas para col?nias de formigas multiobjetivo ? realizada, usando as mesmas inst?ncias. Os experimentos mostram que cada tipo de inst?ncia privilegia uma abordagem algor?tmica diferente. Uma nova met?fora para o desenvolvimento deste tipo de metaheur?stica ? ent?o proposta. Geralmente, formigas possuem caracter?sticas comuns e poucos artigos abordam o uso de m?ltiplas esp?cies. Neste trabalho, uma abordagem com m?ltiplas esp?cies competindo por fontes de comida ? proposta. Cada esp?cie possui sua pr?pria estrat?gia de busca e diferentes esp?cies n?o tem acesso ? informa??o dada pelo ferom?nio das outras. Como na natureza, as popula??es de formigas bem sucedidas tem a chance de crescer, enquanto as demais se reduzem. A abordagem apresentada aqui mostra-se capaz de herdar o comportamento de estrat?gias bem-sucedidas em diferentes tipos de inst?ncias. Resultados de experimentos computacionais s?o relatados e mostram que a abordagem proposta produz conjuntos de aproxima??o significativamente melhores que os outros m?todos

Made available in DSpace on 2015-03-13T17:08:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FilipeSL_DISSERT.pdf: 18861623 bytes, checksum: dec06565f69ab3657111750b25f78441 (MD5) Previous issue date: 2013-06-27 / The Camorim Oilfield, discovered in 1970 in the shallow water domain of the Sergipe Sub-basin, produces hydrocarbons from the Carm?polis Member of the Muribeca Formation, the main reservoir interval, interpreted as siliciclastics deposited in an alluvial-fluvial-deltaic context during a late rifting phase of Neoaptian age, in the Sergipe-Alagoas Basin. The structural setting of the field defines different production blocks, being associated to the evolution of the Atalaia High during the rift stage and subsequent reactivations, encompassing NE-SW trending major normal faults and NWEW trending secondary faults. The complexity of this field is related to the strong facies variation due to the interaction between continental and coastal depositional environments, coupled with strata juxtaposition along fault blocks. This study aims to geologically characterize its reservoirs, to provide new insights to well drilling locations in order to increase the recovery factor of the field. Facies analysis based on drill cores and geophysical logs and the 3D interpretation of a seismic volume, provide a high resolution stratigraphic analysis approach to be applied in this geodynamic transitional context between the rift and drift evolutionary stages of the basin. The objective was to define spatial and time relations between production zones and the preferential directions of fluid flow, using isochore maps that represent the external geometry of the deposits and facies distribution maps to characterize the internal heterogeneities of these intervals, identified in a 4th order stratigraphic zoning. This work methodology, integrated in a 3D geological modelling process, will help to optimize well drilling and hydrocarbons production. This methodology may be applied in other reservoirs in tectonic and depositional contexts similar to the one observed at Camorim, for example, the oil fields in the Aracaju High, Sergipe Sub-basin, which together represent the largest volume of oil in place in onshore Brazilian basins / O Campo de Camorim, descoberto em 1970 na por??o de ?guas rasas da Subbacia de Sergipe, produz hidrocarbonetos do Membro Carm?polis/Forma??o Muribeca, principal intervalo reservat?rio, interpretado como silicicl?sticos depositados em um contexto al?vio-fl?vio-deltaico na fase tardia do rifteamento da Bacia Sergipe-Alagoas, Neoaptiano. O arcabou?o estrutural, que subdivide o campo em blocos produtores, est? associado ? evolu??o do Alto de Atalaia durante a fase rifte e reativa??es posteriores, apresentando falhas normais principais de dire??o NE-SW e falhas secund?rias de dire??es NW-SE e E-W. A complexidade do campo est? ligada ? intensa varia??o faciol?gica, resultante da intera??o entre os ambientes deposicionais continentais e costeiros, e a justaposi??o dos estratos associada ? evolu??o estrutural. Este trabalho tem como objetivo a caracteriza??o geol?gica dos reservat?rios para dar subs?dios ?s novas perfura??es de po?os destinados a aumentar o fator de recupera??o do campo. Deste modo, a partir da an?lise faciol?gica realizada em testemunhos e perfis geof?sicos, em conjunto com a interpreta??o do volume s?smico 3D, prop?e-se uma metodologia que se baseia na an?lise estratigr?fica de alta resolu??o, aplicada em um contexto geodin?mico transicional entre os est?gios rifte e drifte de evolu??o da bacia, capaz de determinar as rela??es espaciais e temporais das zonas produtoras e as dire??es preferenciais do fluxo de fluidos, empregando para este fim, mapas de is?coras que representam a geometria externa, e mapas de distribui??o de f?cies para as heterogeneidades internas destes intervalos identificados em um zoneamento estratigr?fico de 4? ordem. Esta metodologia de trabalho, integrada em um processo de modelagem geol?gica 3D, vai ser utilizada para estabelecer a geometria da malha de po?os injetores/produtores do intervalo de interesse e pode ser aplicada em outros reservat?rios cujo contexto tect?nico-deposicional seja semelhante ao observado em Camorim, caso dos campos localizados no Alto de Aracaju, Sub-bacia de Sergipe, que juntos comp?em o maior volume de ?leo in place na por??o terrestre das bacias brasileiras