Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T17:41:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 388353 bytes, checksum: 897cb0cd725d5dc562e4412ef8f785fc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:41:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 388353 bytes, checksum: 897cb0cd725d5dc562e4412ef8f785fc (MD5) Previous issue date: 2005-12-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O gênero Eucalyptus, da família Myrtaceae, apresenta cerca de 800 espécies e vários híbridos naturais. Além da importância biológica, é de múltiplo interesse comercial, destacando-se na indústria farmacêutica e na produção de biomassa lenhosa. A quantificação do conteúdo de DNA nuclear é útil em estudos de relações filogenéticas. Também é uma informação importante no mapeamento de genomas. Para a determinação do conteúdo de DNA nuclear em plantas, a citometria de fluxo é considerada a metodologia mais utilizada. No entanto, os estudos com Eucalyptus apresentam diferenças entre os valores encontrados. Outra técnica cujos resultados permitem a determinação da quantidade de DNA nuclear é a citometria de imagem. O objetivo deste trabalho é reavaliar as divergências nas quantificações de DNA nuclear em Eucalyptus, pela aplicação das citometrias de fluxo e de imagem. As quantificações foram realizadas com o uso do citômetro de fluxo, associado à coloração com iodeto de propídeo, dos núcleos isolados. Os padrões de referência foram folhas de Raphanus sativus Saxa (1,11 pg), Lycopersicon esculentum Stupicke (1,96 pg) e hemácias de Gallus gallus Leghorn fêmea (2,33 pg). Histogramas da intensidade de fluorescência relativa foram obtidos após a análise dos núcleos isolados dos padrões internos combinados com E. globulus, E. grandis e E. urophylla. Os valores em pg de DNA nuclear encontrados para E. globulus e E. grandis foram de 1,39 e 1,41 (padrão R. sativus), 1,20 e 1,22 (padrão L. esculentum), e 1,05 e 1,09 (padrão G. gallus). A quantificação para E. urophylla foi de 1,01 pg (padrão G. gallus). As espécies de Eucalyptus analisadas não apresentaram diferenças entre si maiores que 5,4% no conteúdo de DNA do genoma em pg. Todavia, variações em uma única planta, resultantes dos diferentes padrões, apresentaram divergências de até 32%. A citometria de imagem, dos núcleos corados pela reação de Feulgen, foi realizada para analisar o conteúdo de DNA de E. globulus, cujos valores foram de 1,16 (padrão R. sativus) e 1,02 pg (padrão L. esculentum). O uso de fluorocromos (intercalantes ou base específicos) e a interferência de compostos secundários na coloração foram considerados pontos críticos na análise pela citometria de fluxo; além dos padrões de referência e dos coeficientes de variação para ambas as citometrias. Em todas as análises os maiores coeficientes de variação foram 3,80 (citometria de fluxo) e 4,83% (citometria de imagem). Pela comparação entre as metodologias aplicadas, demonstrou-se o valor mais elevado da estimativa do conteúdo de DNA nuclear em E. globulus via citometria de fluxo, cerca de 16% maior do que na citometria de imagem. As proporções entre os padrões vegetais continuaram as mesmas em ambas as citometrias. Embora a quantificação mais precisa de DNA nuclear em picogramas para E. globulus seja proveniente da citometria de fluxo das folhas, pelo valor do CV, a mais acurada foi considerada a média dos dados obtidos via citometria de imagem dos meristemas, cujo valor foi 1,09 pg DNA/2C. / The Eucalyptus genus of Myrtaceae family has about 800 species and some natural hybrids. Beyond the biological importance, it is of multiple commercial interests, being distinguished in the pharmaceutical industry and the production of pulp biomass. The quantification of the nuclear DNA content is useful in studies of phylogenetics. Also it is important information for genome mapping. For nuclear DNA content determination, flow cytometry is considered the most appropriate methodology. However, Eucalyptus studies present differences between values. Another technique whose results allow the determination of the nuclear DNA amount is the image cytometry. The objective of this work was to reevaluate the divergences in the measures of nuclear DNA in Eucalyptus, for the application of flow and image cytometries. The measures had been carried through with the use of flow cytometer and stain with propidium iodide, of the isolated nuclei. The reference standards were leaves of Raphanus sativus cv. Saxa (1.11 pg), Lycopersicon esculentum cv. Stupicke (1.96 pg) and Gallus gallus female Leghorn erythrocytes (2.33 pg). Histograms of relative fluorescence intensity have generated after analysis of the isolated nuclei of combined internal standards with E. globulus, E. grandis and E. urophylla. The values in pg of nuclear DNA found for E. globulus and E. grandis xhad been of 1.39 and 1.41 (standard R. sativus), 1.20 and 1.22 (standard L. esculentum), and 1,05 and 1,09 (standard G. gallus). The quantification for E. urophylla pg was of 1.01 (standard G. gallus). The Eucalyptus species analyzed did not present differences among themselves greater than 5.4% in genomic DNA content in pg. However, intraspecific variations in only one plant, resultant of the different standards, presented divergences of up to 32%. The image cytometry analyses, with Feulgen reaction stain nuclei, were carried out to analyze the E. globulus DNA content, whose values were of 1.16 (standard R. sativus) and 1.02 pg (standard L. esculentum). The fluorochrome use (DNA- intercalating or base specific) and the secondary compounds interference in the staining were considered critical points in the analysis for the flow cytometry; besides the standards of reference and the coefficients of variation for both the cytometries. In all the analyses the bigger variation coefficients were 3.80 (flow cytometry) and 4.83 (image cytometry). For the comparison between the applied methodologies, the increase of the estimate of the nuclear DNA content was confirmed in E. globulus by flow cytometry, about 16% greater as compared to image cytometry. The ratios between plant standards remained the same ones in both techniques. Although the most precise nuclear DNA quantification in picogramas for E. globulus was proceeding from flow cytometry of leaves, by CV value, the most accurate was considered the average of meristem image cytometry data, whose value was 1.09 pg DNA/2C.

Made available in DSpace on 2018-03-22T15:59:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11695_Tese Final St_fanie Cristina de Oliveira.pdf: 1556297 bytes, checksum: e9a76ba058e80aec74bb5fddd6159037 (MD5) Previous issue date: 2017-12-21 / Entre as espécies Coffea, existe um híbrido natural denominado "Híbrido de Timor" (HT), encontrado na Ilha de Timor em 1927. HT 'CIFC 4106', o qual representa a primeira planta, possui 2n = 3x = 33 cromossomos e valor 1C DNA igual a 1C = 2.10 pg. O número cromossômico, o conteúdo de DNA e evidências geográficas, suportam uma possível origem alotriploide a partir da fusão de uma célula reprodutiva reduzida de Coffea arabica (2n = 4x = 44) com outra célula, também reduzida, de Coffea canephora (2n = 2x = 22). C. arabica, outro alopoliploide pertencente ao gênero, acumula estudos que buscam desvendar seus progenitores. Dados moleculares e cariotípicos sugerem que este alotetraploide verdadeiro seja formado a partir de uma célula reprodutiva reduzida de C. canephora (CC) e C. eugenioides (EE), seguido por um evento de poliploidização. Neste sentido, acredita-se que o genoma de C. arabica seja representado como CaCaEaEa. Com base nas evidências mencionadas, formulamos a seguinte hipótese: o genoma de HT 'CIFC 4106' é CCaEa? O presente estudo caracterizou citogenicamente C. eugenioides, C. canephora, C. arabica e HT 'CIFC 4106'. A combinação de dados morfométricos, conteúdo de DNA nuclear e cromossômico e hibridização in situ fluorescente (FISH) com rDNA 5S, expandiu o conhecimento sobre a origem evolutiva e a estrutura do genoma de HT 'CIFC 4106'. O cariograma de HT 'CIFC 4106' evidenciou pares e grupos cromossômicos delimitados de acordo com o tamanho total, classes e conteúdos de DNA cromossômicos. Com base nessas características cariotípicas, foi possível inferir a presença de dois genomas idênticos em HT 'CIFC 4106', possivelmente de C. canephora (CC) e um genoma distinto (C. eugenioides, E). Os cromossomos de HT 'CIFC 4106' apresentaram classe, conteúdo de DNA idênticos aos cromossomos de C. eugenioides, C. canephora e C.arabica. Padrões de distribuição de sinais 5S em HT 'CIFC 4106' foram similares aos encontrados nos possíveis progenitores C. eugenioides e C. canephora. Os dados revelados neste estudo corroboram com a hipótese CCaEa do genoma de HT 'CIFC 4106'.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Farmácia / Made available in DSpace on 2012-10-22T14:16:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 226939.pdf: 3454383 bytes, checksum: 7d7e59308e868c47560d7e343508b37c (MD5)

O câncer colorretal é um tumor maligno freqüente no mundo ocidental. É o terceiro em freqüência e o segundo em mortalidade nos países desenvolvidos. No Brasil está entre as seis neoplasias malignas mais encontradas e a quinta em mortalidade. Dos tumores colorretais, aproximadamente 40% estão localizados no reto. A sobrevida, em cinco anos, dos pacientes operados por câncer do reto varia entre 40% e 50%, estando os principais fatores prognósticos, utilizados na prática clínica corrente, baseados em critérios de avaliação clínico-patológicos. A avaliação das alterações morfométricas e densimétricas nas neoplasias malignas tem, recentemente, sido estudadas e avaliadas através da análise de imagem digital e demonstrado possibilidades de utilização diagnóstica e prognóstica. A assinatura digital é um histograma representativo de conjuntos de características de textura da cromatina do núcleo celular obtida através da imagem computadorizada. O objetivo deste estudo foi a caracterização dos núcleos celulares neoplásicos no adenocarcinoma primário de reto pelo método da assinatura digital e verificar o valor prognóstico das alterações nucleares da textura da cromatina nuclear para esta doença. Foram avaliados, pelo método de análise de imagem digital, 51 casos de pacientes operados no Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) entre 1988 e 1996 e submetidos à ressecção eletiva do adenocarcinoma primário de reto, com seguimento de cinco anos pós-operatório, ou até o óbito antes deste período determinado pela doença, e 22 casos de biópsias normais de reto obtidas de pacientes submetidos a procedimentos endoscópicos, para controle do método da assinatura digital. A partir dos blocos de parafina dos espécimes estocados no Serviço de Patologia do HCPA, foram realizadas lâminas coradas com hematoxilina e eosina das quais foram selecionados 3.635 núcleos dos adenocarcinomas de reto e 2.366 núcleos dos controles da assinatura digital, totalizando 6.001 núcleos estudados por análise de imagem digital. De cada um destes núcleos foram verificadas 93 características, sendo identificadas 11 características cariométricas com maior poder de discriminação entre as células normais e neoplásicas. Desta forma, através da verificação da textura da cromatina nuclear, foram obtidos os histogramas representativos de cada núcleo ou conjunto de núcleos dos grupos ou subgrupos estudados, também no estadiamento modificado de Dukes, dando origem às assinaturas digitais correspondentes. Foram verificadas as assinaturas nucleares, assinaturas de padrão histológico ou de lesões e a distribuição da Densidade Óptica Total. Houve diferença significativa das características entre o grupo normal e o grupo com câncer, com maior significância para três delas, a Área, a Densidade Óptica Total e a Granularidade nuclear. Os valores das assinaturas médias nucleares foram: no grupo normal 0,0009 e nos estadiamentos; 0,9681 no A, 4,6185 no B, 2,3957 no C e 2,1025 no D e diferiram com significância estatística (P=0,001). A maior diferença do normal ocorreu no subgrupo B de Dukes-Turnbull. As assinaturas nucleares e de padrão histológico mostraram-se distintas no grupo normal e adenocarcinoma, assim como a distribuição da Densidade Óptica Total a qual mostra um afastamento progressivo da normalidade no grupo com câncer. Foi possível a caracterização do adenocarcinoma de reto, que apresentou assinaturas digitais específicas. Em relação ao prognóstico, a Densidade Óptica Total representou a variável que obteve o melhor desempenho, além do estadiamento, como preditor do desfecho. / Colorectal cancer is a frequent malignancy in the western world, being the third cancer in frequency and the second in mortality in developed countries. In Brazil, it is among the six more frequently found neoplasias, being the fifth tumor as cause of death. Of all colorectal tumors, approximately 40% are located in the rectum. The 5-year survival rate for patients with rectal cancer is 40% to 50%. Currently, the main prognostic factors in clinical practice are based on clinicopathologic criteria. Recently, the study of pathologic changes in malignant nuclei, through analysis of digital images, was introduced showing potential use as a diagnostic tool and a prognostic predictor. It is visualized as a “digital signature”, which is displayed as a histogram descriptive of the nuclear chromatin texture obtained through computerized image. The aim of this study was to characterize the nuclear signature in a large series of rectal carcinomas, assessing the prognostic value of nuclear chromatin texture patterns in these type of tumors. Samples were obtained from 51 patients operated on for rectal adenocarcinoma and from endoscopic biopsies of 22 health subjects at the University Training Hospital (Hospital de Clínicas de Porto Alegre, HCPA), Porto Alegre, RS, Brazil, between 1988 and 1996. The sample consisted of 2.366 nuclei from normal controls and 3.635 nuclei from rectal cancer specimens paraffin-embedded, obtained at the Pathology Unit, HCPA. Therefore, a total of 6.001 HE-stained nuclei were included in the study. Ninety-three nuclear features were investigated to each nucleus. Eleven karyometric XVI features were identified as distinctive for rectal tissue. Three of them presented statistically significant differences: nuclear area, total optical density (OD) and clumpness.Likewise, comparison between average nuclear signature values also presented statistical significance, with a higher difference between patients classified as Dukes’ stage B and normal controls. Average values were 0,0009; 0,9681; 4,6185; 2,3957; 2,1025 for controls and Dukes A through D, respectively (p=0,001). Digital signatures and OD showed distinct patterns between cancer and controls, with a progressive deviation from normal values. It was possible to characterize the rectal adenocacinoma, which showed specific digital signatures. Along with cancer staging, OD was the karyometric feature with the highest prognostic value.

O câncer colorretal é um tumor maligno freqüente no mundo ocidental. É o terceiro em freqüência e o segundo em mortalidade nos países desenvolvidos. No Brasil está entre as seis neoplasias malignas mais encontradas e a quinta em mortalidade. Dos tumores colorretais, aproximadamente 40% estão localizados no reto. A sobrevida, em cinco anos, dos pacientes operados por câncer do reto varia entre 40% e 50%, estando os principais fatores prognósticos, utilizados na prática clínica corrente, baseados em critérios de avaliação clínico-patológicos. A avaliação das alterações morfométricas e densimétricas nas neoplasias malignas tem, recentemente, sido estudadas e avaliadas através da análise de imagem digital e demonstrado possibilidades de utilização diagnóstica e prognóstica. A assinatura digital é um histograma representativo de conjuntos de características de textura da cromatina do núcleo celular obtida através da imagem computadorizada. O objetivo deste estudo foi a caracterização dos núcleos celulares neoplásicos no adenocarcinoma primário de reto pelo método da assinatura digital e verificar o valor prognóstico das alterações nucleares da textura da cromatina nuclear para esta doença. Foram avaliados, pelo método de análise de imagem digital, 51 casos de pacientes operados no Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) entre 1988 e 1996 e submetidos à ressecção eletiva do adenocarcinoma primário de reto, com seguimento de cinco anos pós-operatório, ou até o óbito antes deste período determinado pela doença, e 22 casos de biópsias normais de reto obtidas de pacientes submetidos a procedimentos endoscópicos, para controle do método da assinatura digital. A partir dos blocos de parafina dos espécimes estocados no Serviço de Patologia do HCPA, foram realizadas lâminas coradas com hematoxilina e eosina das quais foram selecionados 3.635 núcleos dos adenocarcinomas de reto e 2.366 núcleos dos controles da assinatura digital, totalizando 6.001 núcleos estudados por análise de imagem digital. De cada um destes núcleos foram verificadas 93 características, sendo identificadas 11 características cariométricas com maior poder de discriminação entre as células normais e neoplásicas. Desta forma, através da verificação da textura da cromatina nuclear, foram obtidos os histogramas representativos de cada núcleo ou conjunto de núcleos dos grupos ou subgrupos estudados, também no estadiamento modificado de Dukes, dando origem às assinaturas digitais correspondentes. Foram verificadas as assinaturas nucleares, assinaturas de padrão histológico ou de lesões e a distribuição da Densidade Óptica Total. Houve diferença significativa das características entre o grupo normal e o grupo com câncer, com maior significância para três delas, a Área, a Densidade Óptica Total e a Granularidade nuclear. Os valores das assinaturas médias nucleares foram: no grupo normal 0,0009 e nos estadiamentos; 0,9681 no A, 4,6185 no B, 2,3957 no C e 2,1025 no D e diferiram com significância estatística (P=0,001). A maior diferença do normal ocorreu no subgrupo B de Dukes-Turnbull. As assinaturas nucleares e de padrão histológico mostraram-se distintas no grupo normal e adenocarcinoma, assim como a distribuição da Densidade Óptica Total a qual mostra um afastamento progressivo da normalidade no grupo com câncer. Foi possível a caracterização do adenocarcinoma de reto, que apresentou assinaturas digitais específicas. Em relação ao prognóstico, a Densidade Óptica Total representou a variável que obteve o melhor desempenho, além do estadiamento, como preditor do desfecho. / Colorectal cancer is a frequent malignancy in the western world, being the third cancer in frequency and the second in mortality in developed countries. In Brazil, it is among the six more frequently found neoplasias, being the fifth tumor as cause of death. Of all colorectal tumors, approximately 40% are located in the rectum. The 5-year survival rate for patients with rectal cancer is 40% to 50%. Currently, the main prognostic factors in clinical practice are based on clinicopathologic criteria. Recently, the study of pathologic changes in malignant nuclei, through analysis of digital images, was introduced showing potential use as a diagnostic tool and a prognostic predictor. It is visualized as a “digital signature”, which is displayed as a histogram descriptive of the nuclear chromatin texture obtained through computerized image. The aim of this study was to characterize the nuclear signature in a large series of rectal carcinomas, assessing the prognostic value of nuclear chromatin texture patterns in these type of tumors. Samples were obtained from 51 patients operated on for rectal adenocarcinoma and from endoscopic biopsies of 22 health subjects at the University Training Hospital (Hospital de Clínicas de Porto Alegre, HCPA), Porto Alegre, RS, Brazil, between 1988 and 1996. The sample consisted of 2.366 nuclei from normal controls and 3.635 nuclei from rectal cancer specimens paraffin-embedded, obtained at the Pathology Unit, HCPA. Therefore, a total of 6.001 HE-stained nuclei were included in the study. Ninety-three nuclear features were investigated to each nucleus. Eleven karyometric XVI features were identified as distinctive for rectal tissue. Three of them presented statistically significant differences: nuclear area, total optical density (OD) and clumpness.Likewise, comparison between average nuclear signature values also presented statistical significance, with a higher difference between patients classified as Dukes’ stage B and normal controls. Average values were 0,0009; 0,9681; 4,6185; 2,3957; 2,1025 for controls and Dukes A through D, respectively (p=0,001). Digital signatures and OD showed distinct patterns between cancer and controls, with a progressive deviation from normal values. It was possible to characterize the rectal adenocacinoma, which showed specific digital signatures. Along with cancer staging, OD was the karyometric feature with the highest prognostic value.

O câncer colorretal é um tumor maligno freqüente no mundo ocidental. É o terceiro em freqüência e o segundo em mortalidade nos países desenvolvidos. No Brasil está entre as seis neoplasias malignas mais encontradas e a quinta em mortalidade. Dos tumores colorretais, aproximadamente 40% estão localizados no reto. A sobrevida, em cinco anos, dos pacientes operados por câncer do reto varia entre 40% e 50%, estando os principais fatores prognósticos, utilizados na prática clínica corrente, baseados em critérios de avaliação clínico-patológicos. A avaliação das alterações morfométricas e densimétricas nas neoplasias malignas tem, recentemente, sido estudadas e avaliadas através da análise de imagem digital e demonstrado possibilidades de utilização diagnóstica e prognóstica. A assinatura digital é um histograma representativo de conjuntos de características de textura da cromatina do núcleo celular obtida através da imagem computadorizada. O objetivo deste estudo foi a caracterização dos núcleos celulares neoplásicos no adenocarcinoma primário de reto pelo método da assinatura digital e verificar o valor prognóstico das alterações nucleares da textura da cromatina nuclear para esta doença. Foram avaliados, pelo método de análise de imagem digital, 51 casos de pacientes operados no Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) entre 1988 e 1996 e submetidos à ressecção eletiva do adenocarcinoma primário de reto, com seguimento de cinco anos pós-operatório, ou até o óbito antes deste período determinado pela doença, e 22 casos de biópsias normais de reto obtidas de pacientes submetidos a procedimentos endoscópicos, para controle do método da assinatura digital. A partir dos blocos de parafina dos espécimes estocados no Serviço de Patologia do HCPA, foram realizadas lâminas coradas com hematoxilina e eosina das quais foram selecionados 3.635 núcleos dos adenocarcinomas de reto e 2.366 núcleos dos controles da assinatura digital, totalizando 6.001 núcleos estudados por análise de imagem digital. De cada um destes núcleos foram verificadas 93 características, sendo identificadas 11 características cariométricas com maior poder de discriminação entre as células normais e neoplásicas. Desta forma, através da verificação da textura da cromatina nuclear, foram obtidos os histogramas representativos de cada núcleo ou conjunto de núcleos dos grupos ou subgrupos estudados, também no estadiamento modificado de Dukes, dando origem às assinaturas digitais correspondentes. Foram verificadas as assinaturas nucleares, assinaturas de padrão histológico ou de lesões e a distribuição da Densidade Óptica Total. Houve diferença significativa das características entre o grupo normal e o grupo com câncer, com maior significância para três delas, a Área, a Densidade Óptica Total e a Granularidade nuclear. Os valores das assinaturas médias nucleares foram: no grupo normal 0,0009 e nos estadiamentos; 0,9681 no A, 4,6185 no B, 2,3957 no C e 2,1025 no D e diferiram com significância estatística (P=0,001). A maior diferença do normal ocorreu no subgrupo B de Dukes-Turnbull. As assinaturas nucleares e de padrão histológico mostraram-se distintas no grupo normal e adenocarcinoma, assim como a distribuição da Densidade Óptica Total a qual mostra um afastamento progressivo da normalidade no grupo com câncer. Foi possível a caracterização do adenocarcinoma de reto, que apresentou assinaturas digitais específicas. Em relação ao prognóstico, a Densidade Óptica Total representou a variável que obteve o melhor desempenho, além do estadiamento, como preditor do desfecho. / Colorectal cancer is a frequent malignancy in the western world, being the third cancer in frequency and the second in mortality in developed countries. In Brazil, it is among the six more frequently found neoplasias, being the fifth tumor as cause of death. Of all colorectal tumors, approximately 40% are located in the rectum. The 5-year survival rate for patients with rectal cancer is 40% to 50%. Currently, the main prognostic factors in clinical practice are based on clinicopathologic criteria. Recently, the study of pathologic changes in malignant nuclei, through analysis of digital images, was introduced showing potential use as a diagnostic tool and a prognostic predictor. It is visualized as a “digital signature”, which is displayed as a histogram descriptive of the nuclear chromatin texture obtained through computerized image. The aim of this study was to characterize the nuclear signature in a large series of rectal carcinomas, assessing the prognostic value of nuclear chromatin texture patterns in these type of tumors. Samples were obtained from 51 patients operated on for rectal adenocarcinoma and from endoscopic biopsies of 22 health subjects at the University Training Hospital (Hospital de Clínicas de Porto Alegre, HCPA), Porto Alegre, RS, Brazil, between 1988 and 1996. The sample consisted of 2.366 nuclei from normal controls and 3.635 nuclei from rectal cancer specimens paraffin-embedded, obtained at the Pathology Unit, HCPA. Therefore, a total of 6.001 HE-stained nuclei were included in the study. Ninety-three nuclear features were investigated to each nucleus. Eleven karyometric XVI features were identified as distinctive for rectal tissue. Three of them presented statistically significant differences: nuclear area, total optical density (OD) and clumpness.Likewise, comparison between average nuclear signature values also presented statistical significance, with a higher difference between patients classified as Dukes’ stage B and normal controls. Average values were 0,0009; 0,9681; 4,6185; 2,3957; 2,1025 for controls and Dukes A through D, respectively (p=0,001). Digital signatures and OD showed distinct patterns between cancer and controls, with a progressive deviation from normal values. It was possible to characterize the rectal adenocacinoma, which showed specific digital signatures. Along with cancer staging, OD was the karyometric feature with the highest prognostic value.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T17:58:33Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 606320 bytes, checksum: 39f5d5af70ea59ca04c8b23200d0b407 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T17:58:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 606320 bytes, checksum: 39f5d5af70ea59ca04c8b23200d0b407 (MD5) Previous issue date: 2016-07-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O estudo do cariótipo de plantas possibilita a identificação e classificação dos cromossomos provendo informações básicas e aplicadas à taxonomia, sistemática, evolução e melhoramento de plantas. Com o advento dos projetos genômicos e de sequenciamento de plantas, a caracterização do cariótipo da forma tradicional passou a ser insuficiente quanto a contribuição de informação de dados. Dessa forma, a quantificação do conteúdo de DNA dos cromossomos por citometria de imagem (CI) pode ser incorporada à caracterização do cariótipo. Essa metodologia fornece uma análise quantitativa a partir de imagens digitais. As imagens são convertidas em pixels, que estão relacionados a uma cor e uma intensidade em específico, e processadas pelo programa de análise de imagens, gerando valores de absorbância relacionados com a área, denominados valores de densidade óptica integrada (DOI). Por meio da quantificação de DNA cromossômico é possível resolver pequenas diferenças na quantidade de DNA de cromossomos morfologicamente semelhantes e pequenos. A utilização de técnicas que possibilitam uma melhor diferenciação dos homólogos, ou mesmo a análise do conteúdo de DNA cromossômico poderá agregar conteúdo informacional ao cariótipo de Z. mays e contribuir com projetos de sequenciamento de genoma. Portanto, o objetivo deste estudo foi determinar o conteúdo de DNA por cromossomo, bem como para os seus respectivos braços via CI em Zea mays L. Inicialmente, foi realizado a quantificação de DNA nuclear que resultou em um valor médio de 2C = 6,10 pg. As análises de CF mostraram variação nos genomas entre os acessos de Z. mays. Essa variação foi evidenciada pela comparação do conteúdo de DNA nuclear dos dois cultivares, o ‘CE-777’ e o ‘AL Bandeirante’. A variação no conteúdo nuclear em plantas tem sido atribuída principalmente aos elementos transponíveis. As técnicas de dissociação celular e secagem ao ar foram empregadas no preparo das lâminas, e essas hidrolisadas e coradas com reativo de Schiff. As imagens foram capturadas por uma vídeo-câmera CCD monocromática, acoplada a um microscópio, e analisadas com recursos digitais de análise de imagem. Distribuindo o valor 2C médio de DNA nuclear, estabelecido pela citometria de fluxo (CF), em relação aos valores médios da DOI, quantificado pela CI, o conteúdo de DNA foi mensurado para todos os cromossomos de Z. mays e seus braços. Essa metodologia possibilitou quantificar o conteúdo de DNA dos cromossomos, sendo que eles variaram de 2C = 0,803 pg (cromossomo 1) a 0,385 pg (cromossomo 10). A média dos valores para os braços cromossômicos em metáfases variaram para o braço curto de 0,376 (cromossomo 1) a 0,131 (cromossomo 10), e para o braço longo 0,427 a 0,255 dos mesmos cromossomos, respectivamente. O conteúdo de DNA da região satélite do cromossomo 6 também foi mensurado e apresentou 2C = 0,053 pg. No presente estudo, o cromossomo classificado como 9 apresentou uma maior quantidade de DNA que o cromossomo 8, devido a sua maior área. O conhecimento do conteúdo de DNA nuclear e cromossômico em plantas constitui uma informação básica, importante e útil para estudos taxonômicos e evolutivos. / The plant karyotype studies allows the identification and classification of chromosomes providing basic and applied information to the taxonomy, systematics, evolution and breeding of different crops. With the advent of plant genomic and sequencing projects, the traditional karyotype characterization became insufficient as to the contribution of data information. Thus, the quantification of DNA amount of chromosomes by image cytometry (ICM) can be incorporated to the karyotype characterization. This methodology provides a quantitative analysis from digital images. The images are converted to pixels, which are related specifically to a color and intensity, and processed by an image analysis program, generating absorbance values related with area, denominated values of integrated optical density (IOD). Through the chromosomal DNA quantification, it is possible to resolve small differences in DNA amount of morphologically similar and short chromosomes. Therefore, this study aimed to determine the DNA content by chromosome, as well for its arms by ICM in Zea mays L. Initially, nuclear DNA quantification was performed and resulted in medium value of 2C = 6.10 pg. The cell dissociation and air-drying techniques were employed in the slides preparations, and these were hydrolyzed and stained with Schiff’s reagent. The images were captured by a monochrome CCD video camera coupled to a microscope, and analyzed using digital image analysis capabilities. Distributing the average value 2C nuclear DNA, as established by the flow cytometry (FCM) in relation to the average values of IOD quantified by ICM, DNA content was measured for all Z. mays chromosomes and arms. This methodology allowed to quantify the DNA content of the chromosomes, which ranged from 2C = 0.803 pg (chromosome 1) to 0.385 pg (chromosome 10). The average values for the chromosomes arms in metaphase ranged from 0.376 short arm (chromosome 1) to 0.131 short arm (chromosome 10) 0.427 long arm to 0.255 long arm of the same chromosome, respectively. The DNA content of the satellite regions of chromosome 6 in metaphase was also measured and presented 0.053 pg. The knowledge of the plant nuclear and chromosomal DNA contents constitutes a basic, important and useful information for taxonomic and evolutionary studies. Furthermore, the results obtained in the present work may contributes to improve the informational content of maize karyotype and provides subsidies for genome sequencing projects.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T18:05:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 889327 bytes, checksum: 2e422435078bdf3008be0c06d51d330e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T18:05:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 889327 bytes, checksum: 2e422435078bdf3008be0c06d51d330e (MD5) Previous issue date: 2004-08-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O Brasil lidera o mercado mundial de café em produção e exportação e é o segundo maior consumidor desse grão. Parte do aumento da produção tem sido atribuída aos investimentos em programas de melhoramento e às inovações geradas pelos processos biotecnológicos. Espécies do gênero Coffea têm sido objetos de estudos citogenéticos e citométricos, os quais procuram dados de base citológica e genética para contribuir com programas de melhoramento. Entre os diversos níveis de contribuição, essa linha de pesquisa tem forte potencial como ferramenta de prospecção e monitoramento de genomas, considerando-se que a caracterização dos cariótipos e a quantificação do conteúdo genômico geram dados que se estendem da cultura de tecidos a processos de hibridação. Levando em conta a necessidade de aprimoramento de estratégias de pesquisas citogenética e citométrica, desenvolveram-se quatro ferramentas de estudo em Coffea. Citogeneticamente, procurou-se obter cromossomos com morfologia adequada para caracterização de C. congensis, com aplicação de metodologias que aumentam o índice metafásico e fornecem cromossomos com morfologia mais adequada para caracterização e montagem de cariogramas. O complemento de C. congensis corresponde a 2x=22 cromossomos, sendo quatro metacêntricos (4, 6, 8 e 9) e sete submetacêntricos (1, 2, 3, 5, 7, 10 e 11). A constrição secundária foi identificada na porção distal do braço curto do cromossomo 7. A citometria de imagem foi utilizada para estimar o conteúdo de DNA em picogramas (pg) de cada cromossomo de C. canephora cv. Apoatã. Neste estudo foi possível mensurar, a partir da densidade óptica, o conteúdo de DNA, com 2C=1,43 pg, dos 11 cromossomos. Os valores encontrados variaram entre 0,18 pg (cromossomo 1) e 0,10 pg (cromossomos 10 e 11). Amostras de calos e agregados celulares de C. canephora cv. Apoatã foram coletadas para verificar se há relação entre os núcleos interfásicos com diferente número e o tempo de manutenção das culturas nas condições in vitro. A partir dos valores percentuais de células com um, dois, três ou quatro nucléolos, foi aplicada a análise de regressão, que indicou que o tempo das culturas in vitro altera o número de nucléolos por núcleo, o que pode ser utilizado como ferramenta no monitoramento de ocorrências de variações somaclonais. Em termos de citometria de fluxo, analisaram-se suspensões nucleares extraídas de agregados celulares fixados de C. arabica cv. Catuaí Vermelho e corados com DAPI. Os histogramas gerados evidenciaram a ocorrência de variação somaclonal (aneuploidias e euploidias) ao longo dos subcultivos das suspensões de agregados celulares com células em diferentes fases do ciclo celular. Com este estudo, espera-se que os resultados descritos representem um avanço na prospecção do genoma do cafeeiro. / Brazil leads the world coffee market in production and exportation, and is the second biggest worldwide consumer of the grain. Part of the production increase has been ascribed to the investments on breeding programs and to the innovations brought by the biotechnological processes. Species from the genus Coffea have been investigation to cytogenetical and cytometrical studies, which search for data with cytological and genetical basis, so as to contribute with breeding programs. Among the many contribution levels, this research line has strong potential as a research and genome monitoring tool, considering that karyotype characterization and genomic content quantification generate data that range from tissue culture to hybridization processes. Considering the necessity of improving cytogenetical and cytometrical research strategies, four studying tools have been developed in Coffea. Cytogenetically, it was seeked to obtain chromosomes with adequate morphology for the characterization of C. congensis was seeked, with use of methodologies that increase the metaphasic index and provide chromosomes with adequate morphology for karyogram characterization and assembly. The complement of C. congensis corresponds to 2x=22 chromosomes, being four metacentric chromosomes (4, 6, 8 and 9) and seven submetacentric ones (1, 2, 3, 5, 7 10 and 11). The secondary constriction was identified on the distal portion of the short arm of chromosome 7. Image cytometry was used to estimate the DNA content in picograms (pg) in each chromosome of C. canephora cv. Apoatã. In the present study it was possible to measure, based on optical density, the DNA content, with 2C=1,43 pg, for the eleven chromosomes. The values found varied between 0,18 pg (chromosome 1) and 0,10 pg (chromosomes 10 and 11). Samples of calli and cell aggregates of C. canephora cv. Apoatã were collected for verification of the existence of a relationship between the interphasic nuclei with different number of nucleoli and time maintenance of the cultures an in vitro condition. Based on the percentage values of cells with one, two, three or four nucleoli, regression analysis was applied, and it suggested that the in vitro culture time alters the number of nucleoli per nucleus, which can be used as a tool for monitoring the occurrence of somaclonal variations. In terms of flow cytometry were analyzed nuclei suspensions of C. arabica cv. Catuaí Vermelho, extracted from fixed cell aggregates and stained with DAPI. The generated histograms evidenced the occurrence of somaclonal variations (aneuploidies and euploidies) throughout the passages of the cell aggregate suspensions with cells in different phases of the cell cycle. With this study, it is expected that the described results represent an advance on the research of the coffee tree genome.

Orientador: Konnradin Metze / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-15T04:15:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bedin_Valcinir_D.pdf: 1299697 bytes, checksum: a791338dc6b6d2472d05de5ecb7cd086 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Introdução: Fatores prognósticos no melanoma maligno são, atualmente, baseados em dados clínicos e análise morfológica. Estas características clínico-patológicas, apesar de serem marcadores prognósticos robustos e reprodutíveis, não servem para prever o desfecho clínico para um paciente isolado. O estudo de núcleos em preparados histológicos ou citológicos revela informações importantes sobre a fisiologia celular e, além disso, é de grande importância diagnóstica e prognóstica. Estudos anteriores demonstraram que as características fractais têm importância prognóstica em neoplasias. O objetivo deste estudo foi investigar se a dimensão fractal da cromatina nuclear de melanomas malignos, medida em preparados histológicos de rotina, poderia ser um fator prognóstico para a sobrevivência. Métodos: Foram examinados 71 espécimes de melanoma cutâneo primário e metastático, com pelo menos 1 milímetro de espessura, de pacientes com um mínimo de 5 anos de acompanhamento. A área nuclear, o fator forma e a dimensão fractal da textura da cromatina foram obtidos a partir de imagens digitalizadas de lâminas coradas por H & E. O nível de Clark, a espessura do tumor e o índice mitótico também foram determinados. Resultados: O tempo de seguimento médio foi de 104 meses. A espessura do tumor, o nível de Clark, o índice mitótico, a área nuclear e a dimensão fractal tiveram valores significativos no prognóstico quando aplicada a regressão de Cox univariada. Ao realizar a regressão de Cox multivariada, estratificada pela presença ou ausência de metástases ao diagnóstico, apenas o nível de Clark e dimensão fractal da cromatina foram incluídos como fatores prognósticos independentes no modelo final. Conclusão: Em geral, um comportamento mais agressivo é geralmente encontrado em neoplasias geneticamente instáveis, com um maior número de alterações genéticas ou epigenéticas, que, por outro lado, leva a um rearranjo da cromatina mais complexo. A dimensão fractal nuclear aumentada, encontrada em melanomas mais agressivos, é o equivalente matemático de uma arquitetura de cromatina com maior complexidade. Há fortes indícios de que a dimensão fractal da textura da cromatina nuclear pode ser uma variável nova e promissora em modelos de prognóstico do melanoma maligno. / Abstract: Background: Prognostic factors in malignant melanoma are currently based on clinical data and morphologic examination. These clinical pathological features, although robust and reproducible prognostic markers, cannot accurately predict the clinical outcome for a single patient. Examination of nuclei in histological or cytological preparations reveals important information on cell physiology and, furthermore, is of great diagnostic and prognostic importance. Previous studies demonstrated that fractal characteristics are of prognostic importance in neoplasias. The aim of this study was to investigate whether the fractal dimension of nuclear chromatin measured in routine histological preparations of malignant melanomas could be a prognostic factor for survival. Methods: We examined 71 primary cutaneous and metastatic melanoma specimens with at least 1mm thickness, from patients with a 5 year minimum follow up. Nuclear area, form factor and fractal dimension of chromatin texture were obtained from digitalized images of H&E stained of tissue micro array section. Clark's level, tumor thickness and mitotic rate were also determined. Results: The median follow-up was 104 months. Tumor thickness, Clark's level, mitotic rate, nuclear area and fractal dimension were significant at worse prognostic factor in univariate Cox regressions. When performing multivariate Cox regression, stratified for the presence or absence of metastases at diagnosis, only the Clark level and fractal dimension of the chromatin were included as independent prognostic factors in the final model. Conclusion: In general, a more aggressive behavior is usually found in genetically unstable neoplasias with a higher number of genetic or epigenetic changes, which on the other hand, provoke a more complex chromatin rearrangement. The increased nuclear fractal dimension found in more aggressive melanomas is the mathematical equivalent of a chromatin architecture with higher complexity. We would like to conclude that there is strong evidence that the fractal dimension of the nuclear chromatin texture might be a new and promising variable in prognostic models of malignant melanomas. / Doutorado / Anatomia Patologica / Doutor em Ciências Médicas

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 575171 bytes, checksum: 3cf08bba8bb6a93eab8dbf41ef32bd01 (MD5) Previous issue date: 2006-02-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Capsicum genus is one of the most important members of the Solanaceae family with high economic value. Out of 25 known species, five are extensively cultivated. Capsicum annuum is the most important commercially by its agronomic value as spice. In despite of this importance, the nuclear DNA content of C. annuum is still uncertain with values from the literature ranging from 5.52 to 10.80 pg. In face of the fast development of digital image technologies in cytometry, this study proposes the utilization of these resources to reevaluate the genomic size in C. annuum. The specific objectives were: (i) to determine the reliability parameters for image cytometry analysis by performing tests of equipment stability, linearity and uniformity of nuclei integrated optical density; (ii) to apply that parameters in analysis of erythrocytes nuclei from Gallus domesticus 'Leghorn' (male and female); and (iii) to develop image cytomery methodologies for determination of the nuclear DNA content of pepper (C. annuum L. 'Fortuna Super'). Hen and rooster blood samples were prepared by using the method of smear preparation. The slides were stained with Feulgen reaction and they were used to perform the quality control procedures and integrated optical density measurements. Root tips of C. annuum were fixed, stained with Feulgen reaction and squashed on a microscope slide. Once the parameters of the reliability for performing image cytometry were established, the application of those standardizations in the chicken red blood cells suggested that this technique allows identification of differences in the nuclear DNA content between rooster and hen. Analysis of variance demonstrated that the 4.32% difference obtained was significant and it was attributed to sexual chromosomes heteromorfism. C. annuum analyses allowed the calculation of integrated optical density values, and they were in iccordance with the international standards for DNA image cytometry. The 2C DNA value for C. annuum 'Fortuna Super', using Pisum sativum as the internal standard, was 8.10 pg. This data differs in 2% from the previously obtained by flow cytometry for the same plant population. Besides, the value obtained in this study differs in16% and 28% from those 2C values previously published by image cytometry and in 7% and 32% for flow cytometry. These results include information about C. annuum genome that can be useful in breeding programs, genome sequencing projects and for comparative studies of genome evolution. / Capsicum é um dos gêneros mais importantes economicamente da família Solanaceae. Das 25 espécies descritas, cinco são extensivamente cultivadas. Capsicum annuum é a mais importante comercialmente, pelo seu valor agronômico como especiaria. Apesar da sua importância, valores de conteúdo de DNA conflitantes, que variam de 5,52 a 10,80 pg, têm sido descritos para essa espécie. Diante dos avanços dos equipamentos digitais nas análises de citometria de imagem, o presente trabalho propôs o estabelecimento desses recursos para reavaliar o tamanho do genoma em C. annuum. Os objetivos específicos foram: (i) o estabelecimento de parâmetros de confiabilidade para análises em citometria de imagem, por meio da realização de testes de estabilidade do equipamento, linearidade e uniformidade da densidade óptica integrada dos núcleos; (ii) aplicação dessa calibração em núcleos de eritrócitos de Gallus domesticus Leghorn (macho e fêmea); e (iii) desenvolvimento de metodologias de citometria de imagem para determinação do conteúdo de DNA em pimentão (C. annuum L. Fortuna Super ). Lâminas de esfregaço de sangue de galinha e galo submetidas à reação de Feulgen foram utilizadas nos testes de calibração e para a determinação da densidade óptica integrada. As preparações citogenéticas de pimentão foram feitas pela técnica de esmagamento de meristemas radiculares submetidos à reação de Feulgen. Uma vez estabelecidos os parâmetros de confiabilidade para a realização da citometria de imagem, a aplicação dessas padronizações em análises de núcleos de eritrócitos de ave permitiu identificar diferenças de 4,32% no conteúdo de DNA nuclear entre machos e fêmeas de G. domesticus. Análise de variância demonstrou que a diferença encontrada era significativa, e essa foi atribuída ao heteromorfismo dos cromossomos sexuais. As análises de citometria de imagem em C. annuum permitiram o cálculo da densidade óptica integrada, atendendo aos parâmetros internacionalmente adotados para esse tipo de estudo. O conteúdo de DNA estimado para C. annuum Fortuna Super , utilizando Pisum sativum Ctirad com o padrão interno, foi de 8,10 pg. Esse valor difere em 2% do obtido previamente por citometria de fluxo, utilizando-se material nuclear foliar da mesma população de plantas. Além disso, o valor obtido difere em 16% e 28% dos valores 2C obtidos por citometria de imagem descritos na literatura e em 7% e 32% dos relatados por citometria de fluxo. Esses resultados abrangem informações acerca do genoma dessa espécie, que podem ser úteis em programas de melhoramento e seqüenciamento e em estudos evolutivos.