La population actuelle de l'archipel des Comores est considérée comme étant le résultat de contacts entre des populations d'origine Africaine Bantoue, Arabe et Austronésienne. Le but de cette étude est de décrire sa structure génétique, au travers de l'analyse de six groupes sanguins érythrocytaires, du polymorphisme du locus HLA-DR-B1 et des gènes KIR. 164 individus, non apparentés, d'origine Comorienne résidant à Marseille ont été étudiés. Les résultats révèlent que la contribution génétique des populations originaires de l'Afrique Bantoue est la plus importante (50 à 60%) et est en accord avec la forte influence culturelle encore présente. La contribution des populations en provenance de la Péninsule Arabique est plus faible (30%) et semble à la hauteur de leur influence religieuse et linguistique. Enfin, comme au niveau linguistique, l'impact du Sud Est Asiatique sur le pool génétique Comorien paraît quasiment absent. De plus, cette étude génétique, en révélant les écarts phénotypiques qui existent entre une population migrante et celle des donneurs de sang du pays d'accueil, souligne la nécessité d'actions spécifiques de sensibilisation au don de sang.

Depuis plus de 30 ans, Anjouan, île volcanique tropicale humide de l'archipel des Comores situé à l'entrée Nord du Canal de Mozambique entre l'Afrique et Madagascar dans l'océan indien, connaît une perturbation du régime hydrologique de ses bassins versants avec une diminution des ressources en eau sur les zones côtières mais aussi des excès responsables de crues violentes et de mouvements de masse. Les origines du phénomène, mal connues, sont fréquemment associées à la déforestation anthropique sur les versants. Pour répondre à cette problématique, une approche méthodologique multi-source, multi-date et multi-échelle a été adoptée. Elle s'appuie sur la mise en œuvre d'un Système d'Information Géographique associant des Modèles Numériques de Terrain, des images satellites (Spot 5 et Quickbird de de Google Earth) et des photographies aériennes (1950, 1969 et 1998) aux statistiques climatiques et démographiques ainsi qu'à des relevés écologiques et des enquêtes. Les résultats de l'étude sur deux bassins versants pilotes aux régimes d'écoulements différents, l'un permanent situé dans le domaine du Sud-Ouest et l'autre temporaire à l'Est d'Anjouan, montrent une réalité multi-causale et plus complexe de la perturbation du fonctionnement hydrologique des bassins versants d'Anjouan. Les mesures techniques ne suffisent pas pour résoudre le problème. Il est de ce fait préconisé un modèle d'aménagement qui intègre les composantes environnementales, sociales, économiques et politique des bassins versants.

De nombreuses invasions par les mouches des fruits de la famille des Tephritidae sont observées dans le monde. C'est notamment le cas aux Comores, de par sa position géographique et de ses importations de produits frais depuis les pays voisins. Afin de déterminer les stratégies nécessaires permettant de diminuer les populations de plusieurs espèces de cette famille, il est indispensable de disposer d'un état des lieux sur l'écologie et la distribution des espèces présentes dans l'archipel. Les objectifs de cette thèse étaient : i) d'inventorier les espèces de Tephritidae présentes aux Comores et d'analyser les fluctuations saisonnières des populations en lien avec les facteurs climatiques et la phénologie des principales plantes-hôtes, ii) de déterminer la gamme de plantes-hôtes des principales espèces et iii) d'inventorier les parasitoïdes indigènes des Tephritidae et de suivre l'acclimatation du parasitoïde Fopius arisanus introduit à partir de 2013. Afin de mener à bien ces objectifs, un suivi hebdomadaire d'un réseau de piégeage ainsi que la phénologie des plantes présentes dans les îles Grande-Comore, Mohéli et Anjouan, a été réalisé durant une période deux ans. De même, des fruits cultivés et sauvages ont été échantillonnés dans différentes régions de la diversité écoclimatique de l'île de la Grande-Comore durant une période de trois ans. Cinq espèces de mouches de fruits ont été retrouvées dans l'ensemble de l'archipel à partir du réseau de piégeage : Bactrocera dorsalis, Ceratitis capitata, Dacus bivittatus, Dacuspunctatifrons et Dacus ciliatus. Une forte dominance de l'espèce envahissante B. dorsalis a été observée à toutes les saisons et dans tous les sites. La densité des espèces de Tephritidae était plus importante durant la saison chaude et humide que pendant la saison fraiche et sèche. De plus, les résultats ont montré une forte abondance de B. dorsalis dans les régions humides de basses altitudes alors que C. capitata, subsiste dans les régions sèches et d'altitude plus élevée. Les résultats suggèrent un phénomène de séparation de niches entre ces deux espèces liée au climat. Parmi 42 espèces de fruits échantillonnées apparentant à 22 familles de plantes, 22 fruits de 11 familles étaient infestés par des Tephritidae. Six espèces de mouches des fruits ont émergées des fruits échantillonnés avec une large dominance (91%) de B. dorsalis. Cette dernière espèce occupe une large gamme de plantes-hôtes (16 espèces), utilisant des fruits préalablement infestés par C. capitata. Quatre espèces de parasitoïdes de la famille des Braconidae, sous-famille d'Opiinae ont émergés des fruits dont l'espèce introduite F. arisanus. Cependant très peu d'individus ont été retrouvés pour le moment et il sera nécessaire de suivre l'acclimatation du parasitoïde, en termes de taux de parasitisme, de distribution et de gamme de fruit et d'espèces de Tephritidae hôtes. / Numerous invasions by fruit flies of the Tephritidae family are observed worldwide. This is particularly the case in Comoros, because of its geographical position and its imports of fresh products from neighboring countries. In order to determine the strategies necessary to reduce the populations of several species of this family, it is essential to have a current status on the ecology and distribution of the species present in the archipelago. The objectives of this thesis were to: (i) inventory the Tephritidae species present in Comoros and analyze the seasonal fluctuations of populations in relation to climatic factors and phenology of the main host plants, (ii) determine the host plants range of the main species and (iii) inventory the Tephritidae indigenous parasitoids and follow the acclimatization of theparasitoid Fopius arisanus introduced since 2013. In order to achieve these objectives, a weekly monitoring of a trapping network as well as plants phenology present in Grande-Comore, Mohéli and Anjouan islands was carried out during a period of two years. Similarly,cultivated and wild fruits were sampled in different regions of the ecoclimatic diversity of Grande-Comore island during a period of three years. Five fruit fly species were found throughout the archipelago from the trapping network: Bactrocera dorsalis, Ceratitis capitata, Dacus bivittatus, Dacus punctatifrons and Dacus ciliatus. High dominance of the invasive species B. dorsalis was observed at all seasons and at all sites. The density of Tephritidae species was greater during the hot and wet season than during the cool and dry season. In addition, the results showed a high abundance of B. dorsalis in humid regions of low altitudes while C. capitata, persists in dry regions of higher elevation. The results suggest a niche separation phenomenon between these two species related to climate. Among 42 fruit species sampled from 22 plant families, 22 fruits belonging to 11 families were infested with Tephritidae. Six fruit fly species have emerged with a large dominance (91%) of B. dorsalis. The latter species occupies a wide range of host plants (16 species), using fruits previously infested with C. capitata. Four parasitoids species of Braconidae subfamily Opiinae have emerged in fruits including introduced species F. arisanus. However, very few individuals have been found at this timeand it will be necessary to follow acclimatization of the parasitoid in terms of parasitism rates, distribution and host fruit and Tephritidae species range.

Aux Comores, le droit maritime est une discipline qui, depuis longtemps, est restée dans le flou. Les textes internes qui étaient censés régir le droit maritime aux Comores étaient presque inconnus et difficilement trouvables. Ces textes hérités de la France, mériteraient d'être amendés ou remplacés par de nouvelles dispositions tenant compte des réalités et de normes internationales. A ce jour, le pays n'a adhéré à aucune des conventions internationales en vigueur régissant le droit maritime international. Il est en manque cruel de spécialistes en droit maritime, alors que les différends dans ce domaine ne cessent d'augmenter. Plusieurs zones d'ombre et de non-droit planent sur les questions relatives au droit maritime. en nous référant au droit français avec lequel le droit comorien entretient toujours d'étroites relations, cette thèse a pour objectif principal de revisiter le droit maritime comorien afin d'en déceler les lacunes et les originalités, dans la perspective de pouvoir proposer une réforme d'ensemble du droit maritime comorien. / In the Comoros, the maritime law is a discipline which, for a long time, remained in the blur. The internal texts whiwh were supposed to govern the maritime law to the Comoros were almost inknown and not easily findable. These texts inherited France, would deserve to be amended or replaced by new provisions taking account of realities and the international standards. To date, the country adhered to none international conventions in force governing the international maritime law. It is in cruel lack specialists in maritime law, whereas the disagreements in this field do not cease increasing. Several not-right and remote regions plane on the relative questions with the maritime law. While referring to us with the French right with the Comotian Right maintains still and always close relations, this thesis aims main aim to revisit the Comorian maritime law in order to detect the gaps and the originalities of them, with a view to be able to propose an overallreform of the Comorian maritime law.

Résumé : À l’heure où on vit la 6ème crise de la biodiversité, tous les pays signataires de la Convention sur la diversité biologique s’engagent à mettre en place des outils pour préserver leur patrimoine naturel. Les aires protégées représentent un des outils privilégiés pour la conservation de la biodiversité. Elles peuvent avoir des effets positifs et négatifs sur les populations riveraines ; parfois elles sont une source de conflits entre ces populations et les gestionnaires. Cette thèse de doctorat propose une approche interdisciplinaire pour analyser comment la réconciliation des enjeux de conservation de la biodiversité et de développement, dans et autour de la forêt du Karthala aux Comores, peut être appréhendée à partir des perceptions et des expériences des acteurs. Elle vise plus précisément à répondre à la question suivante : comment la notion d’aire protégée, qui est un concept occidental porté par des acteurs institutionnels internationaux aux Comores, entre ou non en conflit avec les perceptions des acteurs des territoires concernés ? Plusieurs méthodes complémentaires ont été utilisées. Nous mettons d’abord en lumière les représentations des composantes de la forêt et les perceptions des différents acteurs sur le projet de mise en protection. Ces perceptions sont comparées et discutées pour évaluer leur pertinence dans la prise de décisions conciliant objectifs de conservation et de développement du territoire. Nous avons ensuite mis en évidence la caractérisation des expériences de nature des riverains en explorant la relation humain-nature. Enfin, nous proposons une analyse intégrée des relation humains-forêt et du système socio-écologique qu’il représente à travers les représentations des riverains, les expériences de nature, l’importance déclarée de l’utilisation des ressources et l’identité environnementale. Toutes ces approches relativement nouvelles dans les pays du Sud permettent une discussion approfondie et importante pour discuter le processus de mise en place du Parc national du Karthala. / At the time of the 6th biodiversity crisis, all signatory countries of the Convention on Biological Diversity are committed to adopt tools allowing the preservation of their natural heritage. Protected areas are one of these tools for biodiversity conservation. These tools can have positive and negative effects on local populations; sometimes they are a source of conflict between these populations and managers. In this PhD thesis, we proposed an interdisciplinary approach to analyze how is it possible to reconcile biodiversity conservation goals and development issues in and around the Karthala forest in the Comoros. More precisely, we addressed the following question: How does the notion of protected area, which is a Western concept developed by international institutional actors, is in conflict or not with the perceptions of the actors of the territories concerned (here the Karthala forest)? We used several complementary methods for developing our analysis. We first analyzed the representations of the stakeholders regarding the Karthala forest as well as the perceptions of the project of creation of the park. These perceptions are therefore compared and discussed to to understand better if they can be a support for reconciling conservation and development objectives. We then point out the characterization of nature experiences by exploring the human-nature relationship. Finally, we propose an integrative analysis of the human-forest relationship and describe the corresponding socio-ecological system from local residents representations, experiences of nature, weights of the resources for local uses and environmental identity. These works allow for an in-depth discussion in the decision making process and the governance of the Karthala National Park.

L'étude porte sur les cadres de la vie quotidienne contemporaine dans l'île de Mayotte, Comores, canal du Mozanbique, en envisageant les aspects cognitifs de ces cadres culturellement construits. Elle tente de rendre compte du sens que les usagers de la culture donnent à leur expérience quotidienne et aux symboles qui servent à l'exprimer. Une analyse sémantique de la langue (le shimaore) de la vie courante a permis une exploration des attitudes et des comportements dans les limites des grilles d'interprétation fournies par la culture même à ses membres. Sont envisagés successivement les cadres spatio-temporels, le monde social et familial, le monde des idées, avec une vision du monde musulmane et populaire, l'action et surtout les interactions, l'image des genres (sexes), les rapports au monde matériel, enfin les rapports avec le surnaturel. L'étude contient un index des notions essentielles, une biliographie générale d'anthropologie et spécialisé sur l'islam et les Comores

Tout semble avoir été dit sur Mayotte, les Comores et la France, or le statut juridique de ce territoire n'a pas encore livré tous ses secrets, ni épuisé tous ses effets. La problématique générale de cette thèse consiste à savoir comment ce statut juridique de Mayotte peut rendre compte de la double identité, de la double appartenance de cette île. La réponse à cette question générale se décline en deux aspects très complémentaires : 1) Peut-on penser Mayotte abritée du droit international ? La réponse à cette question est négative ; 2) Peut-on penser Mayotte uniquement par référence au droit de l'État français ? Là aussi, la réponse est négative. La thèse défendue s'illustre comme suit : elle préconise la vocation internationale du statut de Mayotte et la vocation franco-comorienne de celui-ci. La vocation internationale du statut de Mayotte part de l'idée qu'il faut, aujourd'hui, dépasser le statu quo qui préside au différend territorial entre la France et les Comores. Ce statu quo est l'expression d'un antagonisme et d'un « silence » sur les rapports entre droit interne et droit international. Ce « silence » montre une opposition entre les Comores pro-internationalistes et la France, pro-interniste. Aucun dialogue ne s'ensuit. Les solutions du droit international sont au nombre de deux : une solution stricte, par application du principe de l'uti possidetis juris, soit le rattachement du territoire de Mayotte aux Comores. Une seconde solution très innovante consisterait en l'exercice d'une co-souveraineté franco-comorienne sur Mayotte. En l'état des forces politiques, les solutions du droit international paraissent délicates à mettre en oeuvre. Aussi la thèse du maintien de Mayotte française semble devoir l'emporter, mais dans une perspective modernisée. Voilà quelle pourrait être l'issue du dialogue droit interne et droit international. La vocation franco-comorienne de Mayotte signifie que le maintien de Mayotte française doit se penser en termes de double appartenance. Le renoncement, accepté par l'État comorien, devra être accompagné d'une coopération internationale bilatérale forte. C'est pourquoi le statut mahorais doit se penser en termes de double identité. Dans ces conditions, un dialogue véritable entre l'État français et l'État Comorien sur Mayotte française serait établi. On peut penser ce dialogue durable car il ne tend à donner une satisfaction exclusive ni à l'un ou ni à l'autre des protagonistes. Autant le dialogue droit interne et droit international favorise les intérêts de l'État français ; autant le dialogue qui s'ensuit doit satisfaire les deux parties. Ainsi, afin de répondre aux interrogations soulevées par notre problématique et pour mieux les appréhender, notre étude est divisée en deux parties. La première est consacrée à la vocation internationale du statut de Mayotte. La deuxième partie présente la vocation franco-comorienne du statut de cette île. / The case of Mayotte has been extensively studied. However unresolved issues regarding the legal status of the territory persist, owing to Mayotte belonging to both the Comoros and France. This study examines how the legal status of Mayotte can reflect its double identity. To answer this question, it is necessary to envision two complementary aspects of the problem: is Mayotte immune from international law? The answer is no; does Mayotte fall exclusively under French law? Again, the answer is no. This thesis reveals the opportunity for Mayotte to define itself both as an international and as a French Comorian territory. Embracing its international vocation, Mayotte would move beyond the statu quo that stems from the territorial dispute between France and the Comoros. The current situation is the symptom of an antagonism between international and domestic law which explains the absence of discussion over the case of Mayotte. The Comoros promotes international law whereas France is in favour of internal law. There are two main international law solutions: a strict one, by the application of the principle of “uti possidetis juris”, in other words the unification of Mayotte territory with Comoros. The second solution is an innovative one which would consist in a French-Comorian shared sovereignty concerning Mayotte. Considering political forces, it does not seem easy to implement international law solutions. Also, in a modernized perspective, the thesis of maintaining a French Mayotte island is to be promoted. This could eventually be the solution of internal law and international law. French-Comorian purpose about Mayotte means that the maintaining of a French Mayotte island should be thought in terms of a double belonging. The renunciation, accepted by the Comorian state, should have to be associated with a strong bilateral international cooperation. That is why the status of Mayotte also has to be thought in terms of a double identity. In these conditions, a real dialogue can be established between France and the Comoros about a French Mayotte. Thus, long-standing talks are possible because none of the protagonists will be given exclusive satisfaction. Even though the internal law and international law dialogue encourages French interests, the dialogue which follows has to satisfy both parties. Thus, to answer the questions raised by our problematic, we have divided our study into two parts, the first one is devoted to the international purpose of Mayotte’s status and the second one deals with its French-Comorian purpose.

Au travers d’une monographie des sites archéologiques d’Acoua, village de parler kibushi kimaore situé au nord-ouest de Grande Terre, cette recherche propose d’étudier la période des XIIe-XVIe siècles à Mayotte. Cette période est caractérisée par d’importants changements culturels, religieux et politiques conduisant à l’instauration progressive d’une société stratifiée et islamisée. Il sera notamment question, au travers des thématiques explorées par notre étude archéologique (pratiques funéraires, évolutions de la culture matérielle, intégration dans les réseaux marchands de l’océan Indien), de déterminer les filiations et processus culturels qui ont contribué à façonner la société ancienne de Mayotte, île dont le peuplement complexe, caractéristique des cultures dites « de franges », selon l’expression popularisée dans cette partie du monde par Paul Ottino, est située à la rencontre de grandes aires culturelles : monde africain bantou, monde malgache et monde arabo-persan, hissant cette île de l’archipel comorien au rang de véritable interface culturelle, commerciale et migratoire entre l’Afrique et Madagascar, « plaque tournante et microcosme de l’océan Indien » pour reprendre l’expression de Claude Allibert. / Through this monograph of Acoua’s archaeological sites - a Kibushi kimaore speaking village located in the northwest of Grande Terre - this research proposes to study the XIIth-XVIth centuries period, in Mayotte. This period is characterized by important cultural, religious and political changes leading to the gradual establishment of a stratified and Islamized society. It will be question here, through the themes explored by our archaeological study (funerary practices, evolutions of material culture, integration in the Indian Ocean trading networks), to determine the cultural affiliations and processes that have contributed to shaping Mayotte’s ancient society, an island whose complex settlement, characteristic of cultures known as "fringes" - according to the expression popularized in this part of the world by Ottino - is located at the meeting of meany great cultural areas: African Bantou world, Malagasy world and Arab-Persian world, hoisting this island of the Comorian archipelago to the rank of true cultural, commercial and migratory interface between Africa and Madagascar : a "hub and microcosm of the Indian Ocean", to use the expression of Claude Allibert.

Le paludisme à P. falciparum constitue le problème de santé publique principal sur l'archipel des Comores. Le présent travail propose une synthèse des informations relatives à son épidémiologie, associée à une application des méthodes récentes d'épidémiologie moléculaire et de génétique des populations plasmodiales à la situation comorienne. Celle-ci apparaît contrastée. Ainsi, Grande Comore, Mohéli et Anjouan sont des îles marquées par une morbidité palustre importante, et leur population plasmodiale est globalement homogène. La morbidité est en revanche beaucoup plus faible à Mayotte, où les cas sont pour moitié d'origine importée depuis les îles voisines, et pour moitié autochtones et concentrés dans le foyer résiduel et génétiquement isolé de Bandraboua selon une distribution microépidémique. Les niveaux de chimiorésistance, globalement élevés, sont également contrastés, du fait de pressions médicamenteuses différentes. En complément des stratégies actuelles de lutte antipaludique, ces informations conduisent donc à recommander : (1) la nécessité d'une surveillance de la chimiorésistance séparée pour chaque île, (2) le principe d'une élimination du paludisme sur les 4 îles à la fois et non pas sur une seule, et (3) un renforcement de la prévention des épidémies sur la commune de Bandraboua. Mais l'arrivée des ACT, la large distribution des moustiquaires imprégnées et le récent traitement de masse sur Mohéli devraient modifier à court terme cette situation épidémiologique. Ils devraient également relancer la pertinence d'une surveillance de la chimiorésistance excentrée à Marseille, où la représentativité génétique des parasites importés est pour l'instant limitée.

De nombreuses méthodes ont été développées dans le but d’estimer les apports génétiques (taux de mélange) de populations parentales au pool génétique d’une population mélangée. Certaines de ces méthodes ont été implémentées dans des logiciels, permettant une estimation plus ou moins rapide et précise des taux de mélange. Une comparaison complète des logiciels ADMIX (méthode des moindres carrés pondérés), ADMIX95 (méthode basée sur les identités géniques), Admix 2.0 (méthode basée sur la coalescence), Mistura (méthode de maximum de vraisemblance), LEA (méthode bayésienne de vraisemblance), et LEADMIX (méthode de maximum de vraisemblance basée sur la coalescence) a été menée. L’analyse a été faite à deux niveaux : intra-logiciel (test de chaque logiciel sous un jeu de paramètres définis), inter-logiciel (comparaison des logiciels entre eux). Les taux de mélange ont été estimés à partir de quatre types de marqueurs : autosomaux (groupes sanguins et gènes KIR), et uniparentaux (ADNmt et chromosome Y). Notre étude révèle que la précision et la fiabilité des estimations dépendent de l’adéquation du mélange étudié avec le modèle de la méthode employée, mais également d’un choix judicieux des loci et des populations parentales utilisés. La variabilité des estimations lors de modifications, même minimes, des paramètres de l’étude, nous amène à considérer que les contributions ne doivent pas être présentées sous forme de taux de mélange, mais d’« intervalles indicatifs de mélange » soulignant les tendances migratoires générales. / Different methods have been developed to estimate the genetic admixture contributions of parental populations to a hybrid one. Most of these methods are implemented in different software programs that provide estimates having variable accuracy. A full comparison between ADMIX (weighted least square), ADMIX95 (gene identity), Admix 2.0 (coalescent-based), Mistura (maximum-likelihood), LEA (likelihood-based) and LEADMIX (maximum-likelihood) software programs has been carried out, both at the “intra” (test of each software programs) and “inter” level (comparisons between them). We tested all of these programs on a real human population data set, using four kinds of markers, autosomal (Blood groups and KIR genes) and uniparental (mtDNA and Y-Chromosome). We demonstrated that the accuracy of the results depends not only on the method itself but also on the choice of loci and of parental populations. We consider that the results of admixture contribution rates obtained from human population data set should not be considered as an accurate value but rather as an indicative result and we suggest using an “Admixture Indicative Interval” as a measurement of admixture.