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Modeling protein evolution using secondary structures

Mohaddes, Zia 08 1900 (has links)
L’évolution des protéines est un domaine important de la recherche en bioinformatique et catalyse l'intérêt de trouver des outils d'alignement qui peuvent être utilisés de manière fiable et modéliser avec précision l'évolution d'une famille de protéines. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) est considéré comme l'outil idéal pour une telle tâche, en termes de rapidité et de précision. Par conséquent, dans cette étude, TM-Align a été utilisé comme point de référence pour faciliter la détection des autres outils d'alignement qui sont en mesure de préciser l'évolution des protéines. En parallèle, nous avons élargi l'actuel outil d'exploration de structures secondaires de protéines, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), afin qu'il puisse également être utilisé comme un outil pour la modélisation de l'évolution des protéines. / Protein evolution is an important field of research in bioinformatics and catalyzes the requirement of finding alignment tools that can be used to reliably and accurately model the evolution of a protein family. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) is considered to be the ideal tool for such a task, in terms of both speed and accuracy. Therefore in this study, TM-Align has been used as a point of reference to facilitate the detection of other alignment tools that are able to accurately model protein evolution. In parallel, we expand the existing protein secondary structure explorer tool, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), so that it can also be used as a tool to model protein evolution.
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Évaluation d’indices de comparaison pour la substitution des solvants en milieu de travail

Debia, Maximilien 04 1900 (has links)
La substitution est une méthode de prévention primaire qui permet l’élimination à la source des dangers pour les travailleurs. Une des étapes de la démarche est la comparaison des options afin de procéder au choix final. Divers indices de comparaison, basés sur des paramètres physicochimiques, sanitaires et environnementaux des substances, permettent de guider ce choix. Toutefois, aucune évaluation de ces indices n’a été effectuée dans le cas de la substitution des solvants. Une recherche de développement a été entreprise afin de proposer une méthodologie améliorée de comparaison des solvants. La démarche d’analyse de substitution et la comparaison des options de remplacement à l’aide du rapport de danger de vapeur (« Vapour Hazard Ratio », VHR) ont été appliquées à un cas réel de substitution de solvants en entreprise. Trois indices de potentiel de surexposition (IPS) (VHR, « Måleteknisk Arbejdshygiejnisk Luftbehov » (MAL) et « SUBstitution FACtor » (SUBFAC)) et trois indices globaux de hiérarchisation des dangers (indice air (ψiair), « Indiana Relative Chemical Hazard Score » (IRCHS) et « Final Hazard Score » (FHS)) ont été évalués et comparés à partir de listes de 56 et 67 solvants respectivement. La problématique de la non-idéalité des mélanges a aussi été considérée par rapport aux IPS par l’évaluation et la comparaison de 50 mélanges de solvant. Une méthodologie d’établissement d’une valeur limite d’exposition (VLE), pour les solvants n’en possédant pas, a été développée par modélisation de type relations quantitatives propriété-propriété (QPPR). La modélisation QPPR des VLE, effectuée sur une liste de 88 solvants possédant une VLE, a été effectuée à partir des coefficients de partage octanol:air, octanol:eau, sang:air et des constantes métaboliques. L’étude de cas a montré que l’utilisation du VHR facilitait la comparaison des options, bien qu’elle puisse se heurter à l’absence de VLE. Les indices VHR et SUBFAC ont été identifiés comme des méthodes très proches, caractérisées par une forte corrélation (R=0,99) alors que l’indice MAL se distingue des deux autres IPS par une perte d’information sur la volatilité résultant en une corrélation plus faible avec le VHR (R=0,75). L’impact de la non idealité, évalué par le calcul de coefficients d’activité sur une série de 50 mélanges, a permis d’établir que les ratios entre les indices VHR corrigés et non corrigés variaient entre 0,57 et 2,7, suggérant un facteur de sécurité de cinq lors de la comparaison de mélanges. Les analyses de corrélation et de sensibilité ont montré que les indices de hiérarchisation des dangers différaient de façon importante sur leur prise en compte de paramètres comme la volatilité, les VLE, l’exposition cutanée, l’inflammabilité, la cancérogénicité et les divers paramètres environnementaux. Aucun de ces indices ne peut être recommandé pour la substitution des solvants. Deux modèles QPPR ont été développés afin de prédire des VLE et des VHR, et 61 % et 87 % des VHR prédits variaient respectivement d’un facteur maximal de deux et de cinq par rapport aux VHR calculés. Nos résultats mènent à proposer une démarche améliorée de comparaison en deux étapes. Après un tri selon des critères prioritaires de santé, de sécurité et d’environnement, la comparaison devrait se baser sur le calcul du VHR tout en considérant d’autres paramètres selon la situation concrète de l’entreprise ou du procédé. La comparaison devra tenir compte de la non-idéalité pour les mélanges, et de VLE estimées pour les solvants n’en possédant pas. / Substitution is a primary preventive method which allows the elimination of hazards to workers at the source. One of the steps in substitution analysis is the comparison between options in order to choose the best alternative. Various comparison indices based on physicochemical, health and environmental parameters of substances may facilitate the choice. However, no evaluation of theses indices has been done in the case of solvent substitution. Development research was undertaken in order to propose an improved methodology for solvent substitution. A systematic procedure of solvent substitution was applied to a real workplace case and the comparison between options was made using the Vapour Hazard Ratio (VHR). Three Overexposure Potential Indices (OPIs) (VHR, « Måleteknisk Arbejdshygiejnisk Luftbehov » (MAL) and SUBstitution FACtor (SUBFAC)) and three comprehensive hazard screening indices (air index (ψiair), Indiana Relative Chemical Hazard Score (IRCHS) and Final Hazard Score (FHS)) were evaluated and compared using a list of 56 and 67 solvents respectively. In the case of mixtures, the effect of nonideality on OPIs was also investigated by comparing 50 solvent mixtures. Quantitative property-property relationship (QPPR) models were developed for estimating Occupational Exposure Limits (OELs) for solvents without OELs. QPPR models were made from octanol:air, blood:air and metabolic constants using a list of 88 solvents. The case study showed that the use of the VHR made comparison of replacement options easier, although it was limited by the absence of an OEL for a solvent. VHR and SUBFAC were shown to be close with excellent correlation between the two indices (R=0.99) but a worse correlation was calculated between MAL and VHR (R=0.75). This was attributed to the discrete nature of the volatility parameter in MAL. The impact of nonideality, evaluated by the calculation of activity coefficients on 50 solvent mixtures, resulted in ratios between corrected and non corrected VHRs varying between 0.57 and 2.7, suggesting that a safety factor of five could be used when comparing solvent mixtures. Correlation and sensitivity analysis showed that hazard screening indices differed in the way they integrate key substitution factors such as volatility, OEL, skin exposure, flammability, carcinogenicity and various environmental parameters. No index was found to be suitable for performing solvent substitution. Two QPPR modeling approaches were developed for computing OELs and VHRs; and 61 % and 87 % of the predicted VHRs were within a factor of two and five, respectively, of the calculated VHRs. Our results lead us to propose an improved comparison procedure using a two-tier approach. In the first tier, a selection would eliminate solvent candidates having crucial health, safety and environmental impacts. In the second tier, the comparison would emphasize the VHR but also consider other parameters which are relevant to the specific context. Comparison would also take into account nonideality for mixtures and predicted OELs for solvents without such values.
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SyndicalismeS et travailleurs du " bas de l'échelle ". CGT et CGIL à l'épreuve des salariés de la propreté à Marseille (France) et Bologne (Italie)

Nizzoli, Cristina 06 December 2013 (has links) (PDF)
Dans les sociétés occidentales, le processus de désindustrialisation et l'essor des secteurs du tertiaire ont représenté un important banc d'essai pour les organisations syndicales. Cela a conduit nombre de chercheurs à voir dans cette période historique les éléments d'une crise irréparable du syndicalisme, supposé incapable de survivre à l'époque du capitalisme industriel. Toutefois, le syndicalisme continue d'exister et cela aussi dans des contextes de précarité. Le choix a été fait d'étudier le syndicalisme dans un secteur emblématique du point de vue de la complexité des rapports sociaux et des différentes formes de précarité, à savoir le secteur de la propreté. Du fait de la composition de sa main-d'œuvre (majoritairement féminine, immigrée et/ou ethnicisée) et de son mode d'organisation (externalisation et temps partiel imposé), cette branche d'activité représente un terrain fécond pour l'étude du syndicalisme dans un milieu caractérisé par un " cumul de précarités ". Par ce travail de recherche, nous avons voulu positionner la focale d'analyse du côté des " pratiques syndicales en train de se faire ". Par une telle démarche, nous avons tout particulièrement montré l'importance de la prise en compte, au-delà du rapport de domination mobilisé traditionnellement pour l'étude du syndicalisme - la relation capital/travail - d'autres formes de domination. En effet, on ne peut plus se dispenser de la prise en compte des dominations liées au statut d'immigré, à l'ethnie - et plus largement à l'ethnicisation des identités sociales - et aux rapports sociaux de sexe. La combinaison entre approche ethnographique et la comparaison internationale a permis de soumettre un objet de recherche construit sur les pratiques à l'épreuve de deux contextes sociétaux différents, démarche qui s'est révélée féconde pour le processus de monté en généralité.
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Études expérimentales de l'interaction fluide-structure sur surface souple : application aux voiles de bateaux

Augier, Benoît 04 July 2012 (has links) (PDF)
Cette thèse vise à une meilleure compréhension de la dynamique du voilier et à la validation des outils numériques de prédiction de performances et d'optimisation par l'étude expérimentale in situ du problème aéro-élastique d'un gréement. Une instrumentation est développée sur un voilier de 8m de type J80 pour la mesure dynamique des efforts dans le gréement, de la forme des voiles en navigation, du vent et des attitudes du bateau. Un effort particulier est apporté à la mesure des caractéristiques géométriques et mécaniques des éléments du gréement, la calibration des capteurs et au système d'acquisition des données. Les principaux résultats montrent que le voilier instrumenté est un outil adapté pour les mesures instationnaires et soulignent l'amplitude de variation d'effort rencontrée en mer (20 à 50% de l'effort moyen dans une houle modérée). En outre, les variations du signal d'effort sont déphasées avec l'angle d'assiette, créant un phénomène d'hystérésis. Le comportement dynamique d'un voilier en mouvement diffère ainsi de l'approche quasi-statique. Les simulations numériques proviennent du code ARAVANTI, couplage implicite d'un code structure éléments finis ARA et d'un code fluide parfait, limitant son domaine de validité aux allures de près Les résultats de simulation sont très proches des cas stationnaires et concordent bien avec les mesures en instationnaire dans une houle de face. L'expérimentation numérique d'un gréement soumis à des oscillations harmoniques en tangage souligne l'importance de l'approche Interaction Fluide Structure (IFS) et montre que l'énergie échangée par le système avec la houle est reliée à la fréquence réduite et l'amplitude du mouvement. Certaines informations n'étant pas disponibles sur le voilier instrumenté, une expérience contrôlée en laboratoire est développée. Elle consiste en un carré de tissu tenu par deux lattes en oscillation forcée. Les mesures sur cette " voile oscillante " permettent d'étudier les phénomènes IFS avec décollement et sont utilisées pour la validation du couplage ARA-ISIS entre un code fluide Navier-Stokes (RANS) et le même code structure.
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Utilisation des modulations multiporteuses à base de bancs de filtres pour l'application à la radio cognitive

Zhang, Haijian 15 November 2010 (has links) (PDF)
La radio cognitive (CR) est une radio entièrement reconfigurable qui permet de changer intelligemment ses paramètres de communication en réponse à l'activité des autres réseaux radios et demandes d'utilisateur. L'objectif ultime de la CR est de permettre à l'utilisateur secondaire (SU) d'utiliser la ressource de spectre disponible sans interférer sur l'utilisateur primaire (PU) en utilisant des trous de spectre. Par conséquent, la détection du PU est l'un des défis principaux dans le développement de la CR. Par rapport aux systèmes conventionnels de communication sans fil, le système CR introduit de nouveaux problèmes d'allocation de ressource (RA) en raison de l'interférence des canaux adjacents utilisés par le SU et le PU. Dans le contexte de la CR, la plupart des efforts ont été menés sur les systèmes de CR basés sur le multiplexage par division de fréquences orthogonales (OFDM). Toutefois, la technique de l'OFDM montre quelques points faibles dans l'application à cause des remontées significatives du spectre. Les modulations multiporteuses à base de bancs de filtre (FBMC) ont été récemment proposées pour des applications de CR. Dans cette thèse, trois points importants pour le développement d'un système de CR basé sur le FBMC sont discutés.Les trois points principaux peuvent être résumés ainsi: nous examinons premièrement les problèmes de détection de spectre des signaux OFDM et FBMC en employant le détecteur de signature de cyclostationnarité (CS). En outre, nous proposons une architecture de détection multi-bande basée sur le banc de filtre polyphasé (PFB), et montrons son avantage; deuxièmement, la comparaison entre l'OFDM et le FBMC du point de vue de l'efficacité spectrale est discutée; et enfin, nous proposons un algorithme stratégique d'allocation de ressource pour les systèmes cognitifs multi-cellulaires et multi-utilisateurs.Les algorithmes proposés dans cette thèse ont été testés par simulation. Les résultats numériques prouvent que le FBMC, par opposition à l'OFDM, pourrait réaliser une efficacité spectrale plus élevée et offre un avantage attrayant dans la détection de spectre. Les contributions de cette thèse ont accru l'intérêt d'appliquer FBMC dans les systèmes de CR à l'avenir.
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Promotion des ventes, psychologie de l'achat et comportement de consommation

Chandon, Pierre 01 December 1997 (has links) (PDF)
La promotion des ventes a connu un développement considérable au cours des vingt dernières années à tel point que les sommes investies dans les opérations promotionnelles représentent aujourd'hui le double de celles investies dans la publicité. Pourtant, le bienfondé des politiques promotionnelles mises en place par les entreprises est profondément remis en cause. Bien qu'on leur reconnaisse une efficacité réelle sur le court terme, on s'interroge sur leur capacité réelle à augmenter les ventes sur le long terme. Selon la vision dominante, les promotions sont une pure conséquence du jeu concurrentiel et n'ont aucune utilité intrinsèque pour les consommateurs au delà de leur impact sur les prix. Dès lors, un nombre croissant d'entreprises cherchent à diminuer la pression promotionnelle en faveur d'une politique de bas prix constants. Dans la première partie de cette thèse, nous réexaminons la question générale de l'utilité des promotions en nous plaçant du point de vue du consommateur. Ce faisant, nous élargissons le modèle dominant des recherches sur les promotions qui se focalise sur leur dimension économique et sur leurs effets sur le comportement d'achat. Dans la deuxième partie de la thèse, nous examinons ainsi l'ensemble des bénéfices utilitaires et hédoniques des promotions pour les consommateurs en développant des échelles de mesure de ces bénéfices et en examinant expérimentalement leurs effets sur le comportement d'achat. Nos résultats montrent que les consommateurs évaluent les promotions sur la base des économies, certes, mais aussi de la qualité et de la commodité qu'elles procurent. Les promotions offrent également des bénéfices de nature hédonique : le divertissement, l'exploration de l'environnement d'achat et l'expression de soi. Nous montrons ensuite que, parce qu'elles offrent des bénéfices différents, les promotions monétaires (coupons, offres de remboursement, etc.) sont plus efficaces dans des catégories de produits utilitaires alors que les promotions non monétaires (jeux, cadeaux gratuits, etc.) sont plus efficaces dans des catégories de produits hédoniques. Dans la troisième partie de la thèse, nous examinons l'impact des promotions sur le comportement de consommation. Des expérimentations sur le terrain et en laboratoire montrent, d'une part, que le stockage promotionnel accélère significativement le rythme de consommation et, d'autre part, que cet effet est dû à la plus grande visibilité du produit stocké et à la réduction de son prix d'achat. Une analyse de données de scanner révèle ensuite que les effets du stockage promotionnel sur la consommation ne sont significatifs que pour les produits substituables et consommés par impulsion. Au total, en étudiant la psychologie de l'achat de produits en promotion et les effets des promotions sur le comportement de consommation, nos travaux nous incitent à reconsidérer l'intérêt des promotions dans la stratégie marketing des entreprises
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Montrer le monde. Volume 3, Publications

Amilhat Szary, Anne-Laure 15 December 2011 (has links) (PDF)
Recueil de publications en 5 parties 1. Détour par l'histoire 2. Développement - Périphéricité 3. Gouvernance - Comparatisme 4. Frontières - Intégration continentale 5. Art - Artistes Il n'y a pas d'âge pour faire une " égo-géographie ", disait J. Lévy (1995) au moment de tracer la sienne. L'exercice demandé me semble plus ressortir de l'" auto-histoire " : il constitue à la fois le récit et le discours qui le justifie. Cela ne peut se faire sans procéder aussi à un " éco-récit " : remettre en contexte, revenir sur les liens, les rencontres et toutes les choses petites ou grandes qui font la " vie de laboratoire " (Latour et Woolgar 1996). Dans la construction de ce mémoire, le choix de quatre chapitres thématiques me permet de mettre en avant des compétences variées... mais force la séparation entre les thèmes identifiés, et ce d'autant plus que leur présentation successive peut donner l'impression d'une temporalité linéaire. Cet effort de reconstitution des ruptures créatives ayant l'inconvénient de m'amener à atténuer les tendances plus générales de mon travail, une proposition de travail sur la frontière mobile clôt le mémoire. Si l'on dire que, de façon plus générale, traversé et questionné par la globalisation, l'espace n'est plus composé que de lieux définis par leur caractère " mobile " (Retaillé 2005, Retaillé 2011), alors les frontières ne représenteraient qu'une déclinaison spécifique d'un nouveau rapport à l'espace : il semble au contraire qu'elles constituent un lieu qui permette de penser autrement les liens entre catégories géographiques, voire la nature de la construction des objets géographiques eux-mêmes. Mes recherches récentes portent ainsi sur l'exploration des conséquences de cette hyper-mobilité sur des espaces qui, économiquement, mais aussi socialement ou anthropologiquement, continuent de représenter des limites et de servir de cadre structurel. Ceci passe par la résolution de trois problèmes dont la résolution oriente mon travail actuel : a. La limite internationale ne constitue plus une ligne stable ; b. Tous les types d'inscription matérielle ont un caractère provisoire, même ceux qui paraissent les plus stables comme les murs ; c. Les liens entre les différentes frontières du monde se trouvent renforcés.
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Analyse et commande sans modèle de quadrotors avec comparaisons

Wang, Jing 25 November 2013 (has links) (PDF)
Inspiré par les limitations de contrôleurs PID traditionnels et les différentes performances dans les cas idéals et réalistes, les quadrotors existants, leurs applications et leurs méthodes de contrôle ont été intensivement étudiés dans cette thèse. De nombreux challenges sont dévoilés: les systèmes embarqués ont des limites des ressources de calcul et de l'énergie; la dynamique est assez complexe et souvent mal connu; l'environnement a beaucoup de perturbations et d'incertitudes; de nombreuses méthodes de contrôle ont été proposées dans des scénarios idéaux dans la littérature sans comparaison avec d'autres méthodes. Par conséquent, cette thèse porte sur ces principaux points dans le contrôle de quadrotors.Tout d'abord, les modèles cinématiques et dynamiques sont proposés, y compris toutes les forces et couples aérodynamiques importants. Un modèle dynamique simplifié est également proposé pour certaines applications. Ensuite, la dynamique de quadrotor est analysée. En utilisant la théorie de la forme normale, le modèle de quadrotor est simplifié à une forme plus simple nommée la forme normale, qui présente toutes les propriétés dynamiques possibles du système d'origine. Les bifurcations de cette forme normale sont étudiées, et le système est simplifié à son point de bifurcation en utilisant la théorie de la variété du centre. Basé sur l'étude des applications de quadrotors, cinq scénarios réalistes sont proposés : un cas idéal, les cas avec la perturbation du vent, les incertitudes des paramètres, les bruits de capteurs et les fautes de moteur. Ces cas réalistes peuvent montrer plus globalement les performances des méthodes de contrôle par rapport aux cas idéaux. Un schéma déclenché par événements est également proposé avec le schéma déclenché par. Ensuite, la commande sans modèle est présentée, Il s'agit d'une technique simple mais efficace pour la dynamique non-linéaire, inconnue ou partiellement connue. La commande par backstepping et la commande par mode glissant sont également proposées pour la comparaison.Toutes les méthodes de contrôle sont mises en œuvre sous les schémas déclenchés par temps et par événements dans cinq scénarios différents. Basé sur l'étude des applications de quadrotors, dix critères sont choisis pour évaluer les performances des méthodes de contrôle, telles que l'erreur maximale absolue de suivi, la variance de l'erreur, le nombre d'actionnement, la consommation d'énergie, etc.
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Quelques propositions pour la comparaison de partitions non strictes

Quéré, Romain 06 December 2012 (has links) (PDF)
Cette thèse est consacrée au problème de la comparaison de deux partitions non strictes (floues/probabilistes, possibilistes) d'un même ensemble d'individus en plusieurs clusters. Sa résolution repose sur la définition formelle de mesures de concordance reprenant les principes des mesures historiques développées pour la comparaison de partitions strictes et trouve son application dans des domaines variés tels que la biologie, le traitement d'images, la classification automatique. Selon qu'elles s'attachent à observer les relations entre les individus décrites par chacune des partitions ou à quantifier les similitudes entre les clusters qui composent ces partitions, nous distinguons deux grandes familles de mesures pour lesquelles la notion même d'accord entre partitions diffère, et proposons d'en caractériser les représentants selon un même ensemble de propriétés formelles et informelles. De ce point de vue, les mesures sont aussi qualifiées selon la nature des partitions comparées. Une étude des multiples constructions sur lesquelles reposent les mesures de la littérature vient compléter notre taxonomie. Nous proposons trois nouvelles mesures de comparaison non strictes tirant profit de l'état de l'art. La première est une extension d'une approche stricte tandis que les deux autres reposent sur des approches dite natives, l'une orientée individus, l'autre orientée clusters, spécifiquement conçues pour la comparaison de partitions non strictes. Nos propositions sont comparées à celles de la littérature selon un plan d'expérience choisi pour couvrir les divers aspects de la problématique. Les résultats présentés montrent l'intérêt des propositions pour le thème de recherche qu'est la comparaison de partitions. Enfin, nous ouvrons de nouvelles perspectives en proposant les prémisses d'un cadre qui unifie les principales mesures non strictes orientées individus.
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Origines contrôlées. La police à l'épreuve de la question minoritaire à Paris et à Berlin. Geprüfte Herkunft. Polizeiliches Handeln gegenüber Minderheiten in Paris und Berlin.

Jérémie, Gauthier 23 February 2012 (has links) (PDF)
À partir d'enquêtes ethnographiques réalisées dans des commissariats de police en région parisienne et à Berlin, nous proposons d'analyser l'articulation entre action policière et question minoritaire, c'est-à-dire la manière par laquelle les policiers définissent et mettent en œuvre des catégories de classement articulées autour de la nationalité, de la culture, de l'origine, de l'apparence ou encore de la religion des personnes qu'ils rencontrent. À travers la réalisation d'entretiens approfondis et l'observation du travail policier au sein de territoires et auprès de populations considérés comme " sensibles " dans deux contextes nationaux, nous avons montré en quoi ces catégories contribuent à cadrer l'action policière et posent problème aux policiers dans la définition de leur identité professionnelle. En adoptant une perspective de sociologie compréhensive et en élargissant ainsi la focale de l'analyse, nous avons inscrit la question du racisme et des discriminations dans l'économie la plus large possible des pratiques et des représentations policières. L'approche comparée a permis de montrer que l'articulation entre action policière et question minoritaire dépend des normes professionnelles, des contextes urbains et sociaux et des politiques institutionnelles dans lesquels elle s'inscrit. Les différences dans le rôle attribué à la police à Berlin et en région parisienne contribuent ainsi à définir les relations entre les policiers de terrain et les populations minoritaires.

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